Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
65
Tratat de Biotehnologie
n timpul procesului de replicare monocatenele ADN (att cele vechi, ct i cele nou sintetizate) sunt stabilizate i protejate de aciunea nucleazelor, de ctre o clas special de proteine numite proteine Ssb (Single Stranded Binding) terminarea replicrii unei molecule de ADN difer ntre moleculele circulare i cele lineare la moleculele circulare, ntlnite n majoritatea cazurilor la cromozomul bacterian i la plasmide, cele 2 bifurcaii de replicare se ntlnesc ntr-o regiune denumit ter. la moleculele ADN lineare din cromozomii de la eucariote, capetele acestora (telomerele) sunt replicate printr-un mecanism diferit, iar fragmentele sunt apoi unite de ADN ligaze
Complementaritatea dintre bazele azotate de pe cele 2 catene ale moleculei de ADN determin o structur perfect adaptat funciei de replicare, fiecare dintre cele 2 catene servind drept matri pentru sinteza unei catene complementare. In majoritatea cazurilor, replicarea se realizeaz pe model semiconservativ, macromoleculele de ADN fiice fiind formate dintr-o caten veche i una nou (Figura 4.2).
La majoritatea organismelor (chiar i la genomuri virale) replicarea ADN se desfoar bidirecional, ceea ce presupune formarea a dou bifurcaii de replicare ce avanseaz de la secvena de origine a replicrii (denumit secven oriC pentru cromozomul bacterian) ctre regiunea de terminare a replicrii (denumit secvna ter n cromozomul bacterian).
66
Tratat de Biotehnologie
Dei procesul de replicare a moleculelor de ADN se desfoar enzimatic n mod similar la toate organismele, att la cele procariote, ct i la cele eucariote, totui exist suficiente diferene ntre cele 2 tipuri principale de organisme. Astfel, cromozomul bacterian este un replicon unic, adic are o singur secven de origine a replicrii. n contrast, cromozomii de la eucariote sunt fiecare dintre ei structuri multirepliconice (au mai multe regiuni de origine a replicrii ADN) (Figurile 4.3 i 4.4).
Figura 4.3 Replicarea bidirecional a unui cromozom bacterian (A) i a unui cromozom de tip eucariot (B)
Mai mult chiar, apar diferene i datorate structurii teriare. Cromozomul bacterian are o structur circular i, ca urmare, cele 2 bifurcaii de replicare se ntlnesc la nivelul secvenei ter (Figura 4.5). Cromozomul de tip eucariot are o structur linear, iar capetele lui (denumite telomere) se replic diferit de restul cromozomului.
Figura 4.5. Imaginea de microscopie electronic i reprezentarea schematizat a unei molecule circulare de ADN n timpul replicrii.
67
Tratat de Biotehnologie
68
Tratat de Biotehnologie
Figura 4.8 Structura regiunii de origine a replicrii la drojdia de bere (Saccharomyces cerevisiae). (A) Structura secvenei ARS1, o secven ARS tipic de la S.cerevisiae, cu poziionarea secvenelor funcionale A, B1, B2 i B3. Desfacerea dublului helix are loc n regiunea B2 prin ataarea proteinei ABF1 la regiunea B3. Proteinele complexului de origine a replicrii sunt ataate permanent la regiunile A i B1.
n procesul de replicare a ADN, n diverse etape, apar zone monocatenare ce sunt stabilizate (i aprate) fa de aciunea nucleazelor prin ataare de proteine de tip Ssb (Single Stranded Binding proteine ce se ataeaz la monocatene ADN).
4.1.2.2 Topoizomerazele
Superspiralizarea cromzomului bacterian impune intervenia unor enzime care s realizeze relaxarea dublului helix ADN. Aceste enzime se numesc topoizomeraze i acioneaz asupra topoizomerilor ADN (Figura 4.9). Topoizomerii sunt molecule ADN cu structur primar i secundar identic i care difer n structura teriar. Dou molecule ADN d.c. ce au aceeai secven de nuceotide dar numr diferit de nlnuiri i suporarsuciri sunt topoizomere datorit diferenelor de natur topologic. La bacterii, ca de altfel i la eucariote, exist 2 clase de topoizomeraze cu mecanisme diferite de aciune (Figura 4.9) : topoizomeraze tip I induc rupturi monocatenare (i tranzitorii) n ADN topoizomeraze tip II induc rupturi bicatenare n ADN (Figura 4.10) La bacterii, topoizomeraza de tip I cea mai bine caracterizat este TopA de la E.coli, care relaxeaz suprarsuciri negative nalt rsucite. Topoizomerazele de tip II, n absena ATP, au rolul de a relaxa macromolecula ADN ca i TopA, n timp ce n prezena ATP induc suprarsuciri negative n moleculele circular covalent nchise (CCC) relaxate. Cea mai cunoscut enzim din aceast clas este ADN giraza, care poate introduce aproximativ 100 de suprarsuciri negative per minut.
Figura 4.9 Desfacerea dublului helix ntr-o bifurcaie de replicare, prin aciunea topoizomerazelor.
69
Tratat de Biotehnologie
Figura 4.10 Modul de aciune al ADN topoizomerazelor de tip I i II. (A) Topoizomerazele de tip I realizeaz ruperi monocatenare, conduc catena intact prin aceast rupere, refcnd apoi legtura fosfo-diesteric. (B) Topoizomerazele de tip II taie ambele catene dintr-un dublu helix; prin acest spaiu este trecut un alt fragment al dublului helix, iar apoi se refac cele 2 legturi fosfo-diesterice.
Figura 4.11 Rolul secvenelor terminator i al proteinelor Tus n replicarea cromozomului la E.coli.
70
Tratat de Biotehnologie
ADN polimeraza I (ADN pol I) este codificat de gena polA i are o g.m. de aprox 100 Md. n celula de E.coli exist circa 400 molecule de ADN pol I care are o vitez de polimerizare de 667 nucleotide / min. n afar de activitatea de polimerizare, aceast enzim poate desfura i activitate de exonucleaz (adic de desfacere de legturi fosfo-diesterice i eliminare de nucleotide dintr-o caten). Astfel, ADN pol I are un domeniu polipeptidic ce realizeaz activitate exonucleazic n direcie 3 5 , activitate foarte important ce i asigur enzimei i posibilitatea de a i corecta singur eventualele erori de ncorporare a unor nucleotide mperecheate greit. Aceast funcie este denumit citire corect (proof-reading). Totodat, ADN pol I poate desfura i activitate exonucleazic n direcie 5 3, activitate ce i permite ndeprtarea primerilor ARN. ADN polimeraza II (ADN pol II) este codificat de gena polB. i aceast enzim poate avea i activitate exonucleazic 5 3. ADN polimeraza III (ADN pol III) este principala replicaza a cromozomului bacterian i reprezint un adevrat complex enzimatic format din cel puin 10 subuniti funcionale (Tabelul din Figura 4.12).
Figura 4.12 Subunitile ADN polimerazei III de la procariote.
Denumirea subunitii
Gena pol C (dnaC) dnaQ holE dnaXZ dnaXZ holA holB holC holD dnaN
Funcii
Subansamblu
ADN pol Exo 5 3 Miezul enzimei Exo 3 5 structural Dimerizarea miezului complexul enzimei ATPaze complexul favorizeaz transferul sub. la matria ADN
Holoenzima ADN pol III acioneaz ca dimer, fiecare din cei 2 monomeri realiznd sinteza pe una din cele 2 catene. O excepie o reprezint complexul care acioneaz doar pe catena ntrziat.
71
Tratat de Biotehnologie
72
Au fost descrise 3 mecanisme generale de replicare a plasmidelor circulare . 4.1.3.2.1 Mecanismul THETA Acest mecanism prezint asemnri foarte mari cu procesul de replicare a cromozomului bacterian. Ca i n cazul acestuia, acest mecanism poart numele de theta datorit faptului c intermediarii de replicare sunt molecule cu forma literei grecesti theta. Mecanismul theta de replicare se intlnete cu precdere la plasmidele de la bacteriile Gram-negative, dar i la unele plasmide de la Gram-pozitive (streptococ, enterococ, unii lactococi). Replicarea acestor plasmide necesit o protein iniiator, codificat plasmidial i denumit proteina Rep, iar procesul pornete de la o regiune denumita oriV, ce are organizare similar cu oriC din cromozomul bacterian. Intreg procesul de replicare de tip theta depinde de mai multe clase de proteine, din care ns doar proteinele de tip Rep sunt codificate plasmidial, celelalte sunt codificate cromozomal i sunt aceleasi proteine ce intervin i n replicarea cromozomului bacterian. O excepie o reprezint plasmidul Col E1, care se replic printr-un mecanism de tip theta, dar nu necesit prezena unei proteine iniiator de tip Rep. La plasmidele ce se replic prin mecanism theta, regiunea oriV cuprinde: 4-5 secvene ADN n repetitie direct i denumite iteroni, la care se ataeaz proteina Rep (iteronii exist i n cazul celorlalte dou mecanisme de replicare plasmidial), o regiune bogat n A/T, unde este iniiat desfacerea dublului helix, cutii dnaA, la care se ataeaz proteina DnaA. Proteinele Rep sunt proteine de tip leucine-zipper cu un domeniu HTH (-helixturnhelix) i se ataeaz la ADN intr-o manier situs-specific, i anume la secvenele iteroni. Ataarea se realizeaz astfel nct moleculele Rep sunt aliniate pe aceeai fa a moleculei ADN. Etape Procesul de replicare a plasmidelor prin mecanism theta se desfoar n urmatoarele etape : a) n prima etap are loc ataarea proteinelor Rep la secvenele iteroni; acest lucru determin o curbare a moleculei ADN n aceast zon, fapt ce faciliteaz etapa urmtoare; b) ataarea proteinelor DnaA la cutiile dnaA; la rndul ei, aceast etap o faciliteaz pe urmtoarea; c) ataarea complexului proteic DnaB-DnaC la regiunea din oriV bogat n A/T; DnaB este o helicaz i desface dublul helix n aceast zon; d) are loc sinteza unui ARN primer de ctre o ARN polimeraz codificat de o gen cromozomal; e) incepe procesul de polimerizare desfurat, la majoritatea plasmidelor din aceast clas, de ctre ADN polimeraza III (excepie face plasmidul Col E1, care este replicat prin mecanism theta, dar de ctre ADN polimeraza I); f) sinteza celor 2 catene (leading i lagging) este cuplat i se desfoar cvasi-simultan; g) sinteza se desfoar n majoritatatea cazurilor unidirecional, spre deosebire de replicarea cromozomului bacterian care la marea majoritate a speciilor bacteriene se desfoar bidirecional. Dintre cele mai cunoscute plasmide ce se replic prin mecanism theta, amintim pSC101, P1, RK2, RP4, R6K, R1, CColE2, ColE3. 4.1.3.2.2 Mecanismul STRAND-DISPLACEMENT (SD) Denumirea provine din termenul strand-displacement (dislocarea catenei) i se refer la faptul c n timpul procesului de replicare are loc dislocarea uneia din cele 2 catene ADN. Acest mecanism se ntlnete mai ales la plasmidele promiscue din grupul de incompatibilitate IncQ. La aceste plasmide regiunea oriV este alcatuit din 3 secvene ADN de tip iteroni, 1 regiune bogat n G/C (174 bp), 1 regiune bogat n A/T (31 bp) Procesul de replicare ADN de tip strand-displacement nu depinde de proteine ale celulei gazd (codificate cromozomal, cum ar fi DnaA, DnaB, DnaC), ci de trei proteine codificate plasmidial: RepA este o helicaz ce intra n dublul helix ADN n regiunea bogat n A/T i faciliteaza dislocarea catenei parentale nereplicate sub forma buclei D (forma literei D);
73
Tratat de Biotehnologie
RepB este o primaz care sintetizeaz un primer ARN necesar iniierii polimerizrii ADN; RepC este o protein iniiator care se ataeaz la secvenele iteroni din oriV. Replicarea pornete de la dou origini (ssiA i ssiB) simetrice i adiacente, ce funcioneaz n forma monocatenar i sunt situate pe cele 2 catene. Procesul de replicare ncepe cnd aceste 2 origini sunt expuse monocatenar. Etape Procesul de replicare SD se desfoar n urmtoarele etape: 1. monomeri ai proteinei RepC se ataeaz la secvene iteroni din oriV; 2. proteina RepA (helicaza) se ataeaz la regiunea din oriV bogat n A/T, determinnd desfacerea dublului helix; 3. proteina RepB (primaza) se ataeaz la bucla A/T i sintetizeaz un primer ARN; 4. ncepe procesul de polimerizare ADN; 5. helicaza RepA faciliteaz dislocarea catenei parentale nereplicate sub forma unei bucle D. Produsele intermediare ale unui proces de replicare SD sunt: - o molecul ADN circular d.c. - o molecul ADN circular m.c. pe aceasta va fi iniiat un nou proces de replicare care va conduce la formarea catenei complementare, i deci, a formei dublucatenare a plasmidului. n cazul unui asemenea mecanism de replicare sinteza celor dou catene noi ale moleculei de ADN nu este cuplat i simultan. 4.1.3.2.3 Mecanismul ROLLING-CIRCLE (RC) Denumirea provine din faptul c n timpul procesului, molecula de ADN are forma unui cerc rotativ. Acest mecanism de replicare este ntlnit la plasmide din multe bacterii Gram-pozitive, de exemplu plasmidul pT181 (de la Staphylococcus), pUB110 i pC194 (de la Bacillus subtilis). Ca i n cazul mecanismului SD, replicarea de tip RC depinde de o protein iniiator codificat plasmidial (propteina Rep) i de o serie de proteine codificate pe cromozomul bacterian. Plasmidele ce se replic prin mecanism RC au doua secvene ori situate distanat una de alta: dso (double-stranded origin), de la care este iniiat replicarea primei catene noi (catena leading); dso are 2 regiuni: regiunea bind, la care are loc ataarea proteinei iniiator Rep i regiunea nick, n care proteina Rep produce ruptura monocatenar initial sso (single-stranded origin), de la care este iniiat sinteza celei de-a doua catene noi (catena lagging) Etape n procesul de replicare RC se parcurg urmtoarele etape: - proteina Rep se ataeaz la regiunea bind a secvenei dso; - proteina Rep taie o legtur fosfodiesteric (ruptur monocatenar) i rmne ataat la capul 5 Tyr-fosfodiesteric; capul 3 va servi ca primer pentru sinteza catenei leading; - n procesul de sintez a catenei leading intervin o serie de proteine codificate pe cromozomul bacterian: helicaza, Ssb, ADN polimeraza III; - replicarea catenei leading continu mai mult de o rund complet depind regiunea dso; - pentru terminarea replicrii catenei leading are loc o reacie de transfer de caten: prin monomerul liber, proteina Rep atac regiunea dso a catenei vechi, taie o legatur fosfodiesteric i reface alta, rezultnd o molecul circular d.c. care a eliberat i un dimer de Rep inactiv i, respectiv, o molecul circular m.c. pe care, de la sso, este sintetizat un primer i apoi o caten noua Deci, i n cazul acestui mecanism sinteza celor dou catene ADN noi nu este cuplat. Intr-un asemenea proces proteina Rep are un rol mai complex dect ntr-o replicare SD : - se ataeaz la dso, avnd rol n iniierea replicrii; - taie o legtur fosfodiesterica, producnd nick-ul iniial; - la terminarea sintezei primei catene noi, Rep taie i reface legturi fosfodiesterice Datorit activitatii sale catalitice, proteina Rep de la plasmidele ce se replic printr-un mecanism RC este similar cu topoizomerazele din clasa I.
74
Tratat de Biotehnologie
n general, plasmidele ce se replic prin RC au o alctuire modular, cel mai important modul fiind LIC (Leading strand Initiation and Control region) care este format din dso, gena rep i elemente de control al replicrii plasmidei. Pe baza structurii LIC au fost definite 4 familii de plasmide ce se replic prin mecanism RC, familii ce au drept reprezentani urmatoarele plasmide: pT181, pC194, pMV158, pSN2. Alte module importante n aceste plasmide sunt: 1-2 sso, 1 mob, 1 gen de antibiorezisten.
75
Tratat de Biotehnologie
Meninerea stabil a lui pSC101 n celula bacterian presupune intervenia a mai multor clase de proteine: DnaA (esenial i n iniierea replicrii cromosomului bacterian), IHF (Integration Host Factor, protein histone-like implicat n reglarea unei serii de procese celulare), DnaB, DnaC, DnaG (primaza), componente ale holoenzimei ADN polimeraza III. Regiunea ori din plasmidul pSC101 conine situsuri multiple de legare pentru proteine eseniale n replicarea plasmidial: - un situs de ataare a proteinei DnaA - 2 secvene repetate, formate din cte 13 pb (13-mer), omoloage cu secvenele din oriC i la care se ataeaz complexul DnaB-DnaC - o regiune bogat n A/T - ntre regiunea A i regiunea T se gasete situsul pentru IHF - un cluster de 3 secvene repetate direct RS1 (24 pb), RS2 (18 pb), RS3 (24 pb) la care se atasaza proteina RepA - ARN polimeraza se ataeaza la un promotor localizat n i ntre aceste 3 secvene RS (promotorul pentru ARN-Y) Procesul de transcriere n regiunea oriV i implicat n iniierea replicrii este un fenomen extrem de frecvent n lumea bacterian, att pentru replicarea cromosomului, ct i a unor plasmide. n cazul lui pSC101, printr-un asemenea proces de transcriere la origine, este sintetizat ARN-Y care ncepe din mijlocul lui RS2. Acest proces nu se afl sub controlul proteinei RepA, iar rolul moleculei ARN-Y pare s fie acela de a facilita deschiderea dublului helix ADN n regiunea ori. Regiunea par nu este esenial pentru replicare (plasmidele par- se replic), dar este esenial pentru stabilitatea plasmidelor n celula bacterian, probabil prin situsul pentru giraza.
76
Tratat de Biotehnologie
Legarea simultan a proteinelor Rep A, IHF, Dna A, DnaB-Dna C este favorizat de curbarea ADN determinat de legarea IHF (curbeaza dublul helix ADN cu150o la situsul de atasare), i determin formarea REPLISOMULUI. Reglarea numrului de copii plasmidiale la pSC101 i, probabil, i la alte plasmide i sisteme similare, nu este produsul unui singur mecanism de reglare, ci este o rezultant a unui set de interaciuni moleculare (ADN-proteine, ADN-ADN, proteine-proteine), fiecare dintre ele contribuind la replicarea, stabilitatea i partiia eficient a plasmidului.
77
Tratat de Biotehnologie
Procesul de transcriere pornit de la promotori continu pn n anumite zone din ADN, cu anumite secvene, zone denumite terminatori. n aceste zone, ADN polimeraza se desprinde de pe molecula de ADN, bucla de transcriere format n dublul helix ADN se nchide, iar transcriptul ARN este eliberat. O zon din ADN cuprins ntre un promotor i un terminator poart numele de unitate de transcriere. Din cele 2 catene ale moleculei de ADN, catena care este folosit ca matri pentru sinteza unui transcript ARN este complementar cu aceasta i este numit caten antisens. Catena nematri este denumit caten codificatoare sau caten sens. Admind c o gen reprezint o zon din ADN (sau mai exact, secvena de nucleotide de pe una din catenele ADN dintr-o anumit zon) ce codific un polipeptid (sau o molecul de ARNr, ARNt ARNhn), o unitate de transcriere poate include : - o singur gen, caz n care se numete transcriere monocistronic - sau mai multe gene, caz n care se numete transcriere policistronic Dei exist i destule excepii, n general, transcrierea monocistronic este caracteristic organismelor eucariote, iar cea policistronic procariotelor (Figura 4.16)
Figura 4.17 Reprezentarea schematizat a unui proces de transcriere monocistronic i, respectiv, policistronic.
4.2.2 Enzime
Procesul de transcriere genetic este catalizat de o clas special de enzime numite ARN polimeraze. La organismele procariote eixst cte o singur specie molecular de ARN polimeraz per celul, aceasta realiznd sinteza tuturor tipurilor de ARN din celul. La eucariote, majoritatea celulelor dein cte 3 specii moleculare de ARN polimeraze, fiecare dintre ele sintetiznd anumite specii de ARN.
78
Tratat de Biotehnologie
- o regiune situat ntre poziiile -40 i -60, bogat n A i T, denumit elementul UP (Upstream = amonte) Cei 2 hexameri i elementul UP au secven de nucleotide nalt conservat, secvenele consensus fiind 5-TTGACA-3 pentru hexamerul -35 i, respectiv, 5-TATAAT-3 pentru hexamerul -10 (Figura 4.18). Cu ct secvenele de nucleotide din cei 2 hexameri sunt mai apropiate de cele de mai sus, cu att tria promotorului respectiv este mai mare, adic cu att ARN polimeraza se va ataa mai strns i cu att gena respectiv va fi transcris cu o rat mai ridicat. Cei 2 hexameri din promotori sunt recunoscui de subunitatea ARN polimerazei, iar la elementul UP se ataeaz subunitatea -CTD a acestei enzime.
4.2.3.2 Terminatori
Transcrierea genetic continu de la promotori pn la terminatori. Acetia reprezint regiuni din molecula ADN ce prezint o anumit secven de nucleotide: - 2 copii ale unei secvene poli-GC n repetiie invers; aceast regiune prezint complementaritate intracatenar i determin formarea n transcriptul ARN a unei structuri n ac-depr (hairpin) ce mpiedic avansarea ARN polimerazei - o regiune format din 4 10 adenine (ce corespunde pe transcript cu 4 10 resturi de uracil) care reprezint semnalul propriu-zis de terminare a transcrierii Dei regiunile terminator sunt identificate pe molecula ADN, terminarea transcrierii este de fapt realizat de catena ARN (Figura 4.19). Pn n prezent au fost identificate 2 clase de terminatori la procariote: - terminatori Rho independeni : sunt regiuni de tip terminator n care cele 2 secvene poliGC prezint complementaritate intracatenar perfect, realiznd o structur n ac-de-pr stabil - terminatori Rho dependeni : sunt regiuni terminator n care cele 2 poli-GC nu prezint complementaritate intracatenar perfect; n acest caz structura n ac-de-pr este stabilizat de ctre o protein numit proteina Rho (de la litera greceasc Rho - ) care alunec pe molecula ARN pn la acul-de-pr i l stabilizeaz.
79
Tratat de Biotehnologie
4.2.3.3 ARN polimeraza de la procariote
Aceast enzim este una dintre cele mai mari proteine din celula bacterian, avnd o greutatea de 480 kd, un diametru de aproximativ 100 Angstromi i fiind vizibil i la microscopul electronic. O celul de E.coli conine n medie 7000 de molecule de ARN polimeraz. Holoenzima este format din 4 tipuri de subuniti:, b, b i . Subunitatea este dimerizat, formul general a enzimei fiind 2a . Subunitatea este codificat de gena rpoA i este dimerizat. Ea are un prim rol n asamblarea tuturor subunitilor enzimei, proces ce se desfoar n ordinea: 2 2- 2- 2---. Fiecare monomer de este format din 3 regiuni: CTD reprezint domeniul carboxi-terminal al subunitii i se ataeaz direct la ADN, recunoscnd secvena UP din structura promotorilor. NTD reprezint domeniul amino-terminal al subunitii; nu se ataeaz direct la ADN, ci la subunitatea - linker polipeptidic ce are o structur flexibil i face legtura dintre cele 2 domenii terminale Subunitatea este codificat de gena rpoB i realizeaz formarea propriu-zis a legturilor fosfo-diesterice ntre ribonucleotide, acest proces desfurndu-se ntotdeauna n direcie 5 3. Subunitatea este codificat de gena rpoC i are rol n ataarea iniial, situs-nespecific a ARN polimerazei la molecula de ADN (Figura 4.20). Subunitatea Celula procariot conine mai multe specii moleculare de subunitate , fiecare recunoscnd anumii promotori i, deci, transcriind anumite gene. Astfel, n celula de E.coli, cele mai des ntlnite specii moleculare de sunt: 70 are o g.m. de 70 kd i codificat de gena rpoD; acest recunoate cele 2 secvene consensus TTGACA i TATAAT, fiind folosit de celula bacterian n condiii generale de mediu. Ca urmare, marea majoritate a genelor bacteriene sunt transcrise cu ajutorul acestei subuniti 70. 60 are g.m. 60 kd, este codificat de gena rpoN i este folosit de celul n condiii de privare de azot. 32 are g.m. de 32 kd, este codificat de gena rpoH i este folosit de celul n condiii de oc termic; cu ajutorul acestei subuniti sunt transcrise genele de oc termic. 24 are g.m. 24 kd, nu este cunoscut gena codificatoare i este folosit de celul n condiii de oc termic extrem; se pare c 24 particip la transcrierea unui set de gene ce determin o moarte celular programat, o sinucidere celular (asemntoare proceselor de apoptoz de la celulele eucariote).
80
Tratat de Biotehnologie
81
Tratat de Biotehnologie
82
Tratat de Biotehnologie
Figura 4.21 Structura unui promotor la eucariote. Figura 4.22 Factorii generali de transcriere pentru ARN polimeraza II
Factori generali de transcriere TBP TFIIA TFIIB TFIIE TFIIF TFIIH proteine TAF
Numrul de subuniti 1 2 1 2 3 9 11
Caseta 4. ....Rolul celorlalte proteine GTF Proteinele TAF se asociaz cu factorul TBP, mediind ataarea acestuia la cutia TATA. TFIIB se pare c mediaz legtura dintre complexul TBP-TATA i ARN polimeraz. TFIIF modific conformaia steric a ARN polimerazei facilitnd ataarea acesteia la promotor. TFIIE l aduce pe TFIIH i i regleaz activitatea. TFIIH desface legturile de hidrogen dintre cele 2 catene ADN, cu formarea buclei de transcriere. S-a constatat c in vivo iniierea transcrierii la eucariote necesit i alte proteine n afar de cele listate mai sus, inclusiv un aa-numit complex mediator, a
83
Tratat de Biotehnologie
BIBLIOGRAFIE SELECTIV 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41. 42.
Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P., 2002, Molecular Biology of the Cell. 4th ed., Garland Publishing House, New York. Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L., 2002, Biochemistry. , W. H. Freeman and Co., New York. Brown T.A., 2002, Genomes. 2nd ed., BIOS Scientific Publishers, Ltd, Oxford, UK. Campbell A.M., 1992, Chromosomal insertion sites for phages and plasmids. Journal of Bacteriology 174(23):7495-7499. Cohen S.N., 1993, Bacterial plasmids: their extraordinary contribution to molecular genetics. Gene 135:67-76. Cooper G.M., 2000, The Cell - A Molecular Approach. 2nd ed., Sinauer Associates, Inc., SUA. Cornea C.P., 1998, Elemente de Inginerie Genetic, Editura ALL, Bucureti. Covic M., tefnescu D., Sandovici I., 2004, Genetic medical, Editura Polirom. Dale J.W., 1998, Molecular Genetics of Bacteria, 3rd Edition.Anonymous Chichester, UK:John Wiley & Sons. Del Solar G., Giraldo R., Ruiz-Echevarria M.J., Espinosa M., Diaz-Orejaz R., 1998, Replication and control of circular bacterial plasmids. Microbiol Molec Biol Rev 62(2):434-464. Embley T.M., Hirt R.P., Williams D.M., 1994, Biodiversity at the molecular level: the domains, kingdoms and phyla of life. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 345(1311):21-33. Espinosa M., del Solar G., Rojo F., Alonso J.C., 1995, Plasmid rolling circle replication and its control. FEMS Microbiol Lett 130:111-120. Freifelder D., 1987, Microbial Genetics. Jones and Bartlett Publishers. Boston, USA. Gavril L., 2003, Genomica Un tratat despre genom, de la virusuri la om, vol.I, vol.II, Ed. Encicl., Bucureti. Gilson E., Bachellier S., Perrin S., Perrin D., Grimont P.A.D., Grimont F., Hofnung M., 1990, Palindromic unit highly repetitive DNA sequences exhibit species specificity within Enterobateriaceae.. Researches in Microbiology 141:1103-1116. Griffiths A.J.F., Miller J.H., Suzuki D.T., Lewontin R.C., Gelbart W.M., 1999, Introduction to Genetic Analysis. 7th ed., W. H. Freeman & Co., New York. Hardy K.G., 1988, Plasmids: A Practical Approach. IRL Pres. Oxford, UK. Herlea V., 1998 Microbiologie general, Ed. Univ., Bucureti. Hinnebusch H., Barbour A.G., 1992, Linear- and circular-plasmid copy numbers in Borrelia burgdorferi. J.Bact. 174(16):5251-5257. Hinnebusch J., Tilly K., 1993, Linear plasmids and chromosomes in bacteria. Molecular Microbiology 10(5):917-922. Hiraga S., 1992, Chromosome and plasmid partition in E.coli. Annu Rev Biochem 61:283-306. Lewin B. , 1997, Genes. 6th ed., Oxford University Press, New York, USA. Lodish H., Berk A., Zipursky S.L., Matsudaira P., Baltimore D., Darnell J.E., 2000, Molecular Cell Biology. 4th ed., W. H. Freeman & Co. Publishing, New York. Manen D., Caro L., 1991, The replication of plasmid pSC101. Molecular Microbiology 5(2):233-237. Margulis L., 1992, Biodiversity: molecular biological domains, symbiosis and kingdom origins. Biosystems 27(1):39-51. Moller-Jensen J., Gerdes K.J.R., 2000, Plasmid and chromosome segregation in prokaryotes. Trends in Microbiology 8(7):313-320. Nester E.W., Evans Roberts C., Nester M., 1995, Microbiology, A Human Perspective, WCB Publishers, SUA. Pettijohn D.E., 1988, Histone-like proteins and bacterial chromosome structure. J Biol Chem 263(26):12793-6. Prescott L.M., Harlez J.P., Klein D.A., 1996, Microbiology. Third Edition, WCB Publishers, SUA. Raicu P., Stoian V., 1991, Genetica dezvoltrii la eucariote, Editura Academiei Romne. Russel P.J., 1994, Fundamentals of Genetics, Harper Collins College Publishers, SUA. Sakaguchi K., 1990, Invertrons, a class of structurally and functionally related genetic elements that includes linear DNA plasmids, transposable elements and genomes of adeno-type viruses.. Microbiol Rev 54(1):66-74. Stoica I., Vassu T., Ssrman E., 2002 Biologia i taxonomia molecular a microorganismelor. Colecia de culturi microbiene. Ed. Arvin Press. Strachan T., Read A.P., 1999, Human Molecular Genetics 2. 2nd ed., BIOS Sci. Publishers, Ltd,Oxford, UK. Summers D.K., 1996, The Biology of Plasmids.Anonymous Anonymous Oxford, UK:Blackwell Science Ltd. Sykora P., 1992, Macroevolution of plamids: a model for plasmid speciation. J Theor Biol 159:53-65. Trun N.J., 1998, Architecture of a bacterial chromosome. ASM News 64(5):276-283. Vassu T., Stoica I., Cstuak O., Muat F., 2001, Genetica microorganismelor i Inginerie genetic microbian. Note de curs i Tehnici de laborator. Editura Petrion, Bucureti. Watson J.D., Baker T.A., Bell S.P., Gann A., Levine M., Losick R., 2004, Molecular Biology of the Gene. Fifth Edition, CSHL Press. Weaver R.F., 1999, Molecular Biology, WCB McGraw-Hill Press. Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. , 1990, Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucarya., Proc Natl Acad Sci USA, 87, pp 4576-4579. Zarnea G., Tratat de Microbiologie Generala. vol I (1983), II (1984) i V (1994), Editura Academiei Romane.
84