Aspecte biochimice ale transmiterii informației

genetice

Biochimia și chimia factorilor de mediu, anul I,

semestrul II, modulul III, anul universitar 2022/2023

Pentru uz intern
Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.
 ADN A Proteină
replicație transcripție Revers- translație Reglare
transcripție epigenetică

Dublu helix ADN

Nucleozomi, histone

Structură solenoidă

Cromozom

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

Componentii ADN și ARN
 Replicația: semiconservativă

La eucariote replicarea are loc în

faza S a interfazei.

Catenele parentale se
separă formând 2
catene libere
Fiecare catenă astfel
formată este folosită
ca șablon pentru a
sintetiza o catenă
complementară (în
schemă, colorată cu
violet deschis

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

Biosinteza ADN (replicarea)

Replicarea ADN este procesul biologic de sinteză a două replici identice de

ADN dintr-o moleculă originală de ADN.

ADN-ul este alcătuit dintr-un dublu helix format din două catene
complementare. În timpul replicării, aceste catene sunt separate. Fiecare
componentă a moleculei originale de ADN servește apoi ca șablon pentru
producerea perechii sale, într-un proces numit replicare semiconservativă.

Ca urmare a replicării semi-conservative, noul helix va fi compus dintr-o

componentă originală a ADN-ului, precum și dintr-o componentă nouă
sintetizată. Mecanismele de reparare și de verificare a erorilor asigură o
fidelitate aproape perfectă pentru replicarea ADN.
Biosinteza ADN (replicarea)

Într-o celulă, replicarea ADN-ului începe în locusuri specifice, numite origini de

replicare.

Desfacerea ADN-ului începând din origine, catalizată de o enzimă cunoscută sub

numele de helicază, are ca rezultat formarea furcii de replicare care se dezvoltă
bidirecțional din origine.

O serie de proteine sunt asociate cu furca de replicare pentru a ajuta la inițierea și

continuarea sintezei ADN. Cea mai importantă, ADN polimeraza, sintetizează noile
catene prin adăugarea de nucleotide care completează fiecare catenă (șablon).

Replicarea ADN are loc în timpul etapei S a interfazei. Replicarea ADN poate fi
efectuată, de asemenea, in vitro. ADN polimerazele izolate din celule și primerii
artificiali de ADN pot fi utilizați pentru a începe sinteza ADN pentru secvențe
cunoscute într-o moleculă de ADN șablon.
Biosinteza ADN (replicarea)

”Aparatul” necesar sintezei ADN este compus din:

1. dATP, dGTP, dCTP, dTTP

2. ATP, GTP, CTP, UTP
3. Mg2+
4. Sistemul enzimatic
a) HELICAZA desface dublul helixul
b) GIRAZA ȘI TOPOIZOMERAZA I micșorează tensiunile din ADN-ul
mamă
c) ADN PRIMAZA sintetizează fragmente de ARN primer
d) ADN POLIMERAZA ADN-DEPENDENTĂ
- ADN POLIMERAZA III sintetizează catene 5’-3’, activitate
exonucleazică 3’-5’
- ADN POLIMERAZA I activitate exonucleazică 5’-3’
e) ADN LIGAZA lipește fragmente de ADN
 Replicarea la procariote
Inițierea, Elongarea, Terminarea replicării

1. Inițierea replicării necesită desfacerea inițială, la nivelul unui mic segment ,

având în vedere că procesul de polimerizare necesită drept șablon ADN
monocatenar (ADNmc).

1.1.Procesul de replicare atât la procariote cât și la eucariote începe dintr-

un punct numit origine de replicare sau regiune origine (ori). Acest locus
cuprinde o secvență scurtă de alcătuită din perechi de baze AT. La eucariote
replicarea începe la nivelul unor locusuri multiple localizate pe întreg
cromozomul, ceea ce asigură o viteză mare de replicare

1.2.Formarea furcii de replicare se face ca urmare a separării celor două

catene unde va avea loc sinteza propriu-zisă. Furca de replicare se depleaseză
bidirecțional de-a lungul moleculei de ADN

1.3.Proteinele necesare separării și stabilizării ADNmc sunt:

1.3.1.Proteina DnaA se leagă de o secvență specifică bogată în perechi
de baze AT, consumă ATP, rezultatul fiind formarea unui mic fragment de ADNmc
 Replicarea la procariote

1.3.2. ADN helicaza se leagă de ADNmc și produce separarea în

continuarea a dublului helix, consumând ATP

1.3.3. Proteinele SSB (Single Stranded Binding), sunt proteine care se

leagă de molecula de ADNmc rezultată ca acțiune a helicazei. Asigură de
protecția ADNmc de atacul nucleazelor care hidrolizează forma monocatenară

1.4. Ca urmare a acțiunii helicazei apare fenomenul de supraspiralizare

în zona din fața furcii de replicare. Această supraspiralizare poate fi rezolvată de:

1.4.1.Topoizomeraza de tip I scindează reversibil una dintre catenele

dublului helix eliberând tensiunea acumulată urmată de activitatea ligazică care
reface dublul helixul

1.4.2. ADN giraza este topoizomerază de tip II care introduce

supraspiralizări negative, înaintea formării furcii de replicare, folosind energia
eliberată de ATP
Replicarea la procariote
 Replicarea la procariote

1.5.ADN polimeraza sintetizează catena nouă în direcția 5-3 din acest motiv
mecanismul de replicare este ușor diferit pentru cele 2 catene:

1.5.1.Pentru catena 3-5 are loc sinteza directă după desfacerea dublului
helix numindu-se catenă înaintașă

1.5.2.Pentru catena 5-3 va fi copiată în sensul invers înaintării furcii de

replicare, printr-un proces discontinuu (rezultă fragmente Okazaki), care vor fi
transformate și unite, motiv pentru care se numește catena întârziată

1.6. ADN polimeraza este activă când găsește un fragment dublu catenar scurt
mixt ADN/ARN pe care va atașa primul deoxinucloetid. Primaza sintetizează
fragmente scurte de ARN, 5-10 nucleotide, pe matrița ADNmc.
Replicarea la procariote
 Replicarea la procariote - elongarea

2.Elongarea, ADN polimeraza lungește catena de ADN nouă prin atașarea treptată a câte
unui deoxinucleotid la capătul 3. secvența fiind dirijată de secvența nucleotidelor catenei
matriță în conformitate cu modul de realizare perechilor Watson-Crick C≡G; A=T. Sinteza
noii catene se face în direcția 5’→3’.

2.1. ADN polimeraza III este enzima care catalizează procesul de elongare. Procesul se
inițiază prin adăugarea câte unui deoxinucleotide trifosfat la capătul 3 al ARN primer.
Catena matrice dirijând ordinea de sinteză a catenei noi. Adăugarea fiecărui
deoxinucleotid determină eliberarea de pirofosfat. Energia necesară formării legăturilor
fosfodiesterice rezultă ca urmare a ruperii celor 2 legături macroergice din
deoxinucleotidul trifosfat.
Replicarea la procariote - elongarea
* La procariote există 3 tipuri de ADN polimeraze: I, II, III. Prima polimerază s-a descoperit de către A.
Kornberg. AND Pol II și III efectuează sinteză dependentă de templat, au nevoie de capăt 3’ cu –OH
liber și prezintă activitate 3’-5’ exonucleazică. Pol I elimină primer-ul ARN.

Enzimele catalizează următoarea reacție, adiția dCTP, dTTP, dATP, dGTP la un primer:
(- N -)n + dNTP ↔ (- N -)n +1 + PP
2.2. În timpul sintezei catenelor noi pot să apară greșeli de citire care pot fi fatale pentru procariot.
Acuratețea citirii este asigurată de ADN polimeraza III care are și activitate exonucleazică 3→5. Pe
măsură ce ADN polimeraza III adaugă câte un deoxinucleotid, ADN polimeraza III verifică
împerecherea corectă cu deoxinucleotidul din matrița. Dacă împerecherea nu are loc, enzima
desprinde deoxinucleotidul neîmprecheat prin activitatea ei exonucleazică.

2.3. ADN polimeraza I are activitate are activitate exonucleazică 5’→3’, care are drept rezultat
îndepărtarea primerului ARN. În prima etapă ADN polimeraza I localizează spațiul dintre ADN-ul nou
sintetizat și fragmentul de ARN după care hidrolizează pe rând câte un ribonucleotid pe direcția 5’→3’
pe m[sură ce îndepărtează ribonucleotidele le înlocuiește cu deoxiribonucleotide. De asemenea ADN
polimeraza I are și activitate exonucleazică 3’→5’ îndepărtând erorile de sinteză a ADN
polimeraza III.

2.4. ADN ligaza asigură legarea lanțurilor ADN produse de activitatea ADN polimeraza III și lanțurile
de ADN sintetizate de ADN polimeraza I. Activitatea ligazei necesită energia rezultată ca urmare a
scindării unei molecule de ATP

3. Terminarea replicării are loc atunci când cele două furci de replicare se întâlnesc
Replicarea la eucariote - ADN polimeraza β umană

ADN polimeraze la eukariot: 1. beta, lambda, sigma, mu

2. alpha, delta, epsilon
3. eta, iota, kappa
4. zeta
5. gamma, theta
6. telomeraza
7. reverz transcriptaza
Replicarea la eucariote

Procesul de replicare este aproape identic cu multe deosebiri:

1. Origini de replicare multiple

2. Primerii ARN sunt îndepărtați sub acțiunea RNaza H și FEN 1 și nu de ADN
polimeraza I
3. ADN polimerazele sunt Pol α activitate tip primaza dar și activitate deoxi
polimerazică 5→3 (fragmente Okazaki)
4. Pol δ completează sinteza ADN prin alungirea fragmentelor Okazaki având
si activitate exonucleazică 3 → 5
5. Pol β și Pol ε implicate în repararea ADN
6. Pol γ intervine în replicarea ADN-ului mitocondrial
7. După îndepărtarea ARN-ului primer din capătul 5 terminal al catenei
întârziate nu există niciun mecanism de completare cu o catenă de ADN
8. Pentru protejarea de atacul nucleazelor la acest capăt se formează un
complex alcătuit dintr-un ADN necodant și proteine numit (complexul)
telomer
Telomeraza

9.Telomerii sunt alcătuiți din câteva mii

de repetiții ale unei secvențe scurte de
ADN. La vertebrate, inclusiv omul,
secvența repetată este TTAGGG.
Deoarece ADN polimerazele sunt
incapabile să copieze capetele ADN-ului
din cromozomi, ca urmare are loc o
permanentă scurtare a telomerilor
odată cu fiecare replicare, pierzându-se
aproximativ 30-200 repetiții din telomer
la fiecare ciclu. Când telomerul ajunge
la o lungime critică celula își pierde
capacitatea de diviziune.

10. Celulele germinative celulele stem și

celulele canceroase telomerii nu se
scurtează.
 Mutații

- Agenți mutageni chimici:

1. ANALOGI ai bazelor, ex. 5-brom-uracilul,
ca analog al timinei, se cuplează normal cu
adenina, dar în forma tautomeră bromul
electronegativ Br face posibilă și legarea la
guanină
2. MUTAGENI care cauzează MODIFICĂRI
CHIMICE (ex. NH2OH) – se leagă la citozină,
care cuplează adenina
- nitroderivați -deaminare-
adenina → hipoxantina, tranziție
AT → GC

Inhibarea sintezei de ADN se poate face cu analogi nucleozidici modificați la glucid prin
îndepartarea grupării OH din poziția 3 a deoxiribozei (2,3 dideoxiinozina), sau înlocuirea
deoxiribozei cu un alt glucid (arabinoza) blocând replicarea și deci diviziunea celulară și
respectiv multiplicarea virusurilor. Astfel unii analogi nucleozidici sunt folosiți în oncologie
iar alții sunt folosiți ca medicamente antivirale.
SINTEZA ADN IN VITRO: APLICAȚII BIOCHIMICE
Informația genetică din ADN se transcrie în ARNm, iar după aceea
se traduce în secvență de aminoacizi în sintreza proteinelor

Structura ARN-ului diferă de structura ADN:

- de obicei formează un polimer monocatenar, rar poate avea
structură bicatenară
- conține riboză
- intramolecular poate forma structuri secundare (bucle etc.)
- nucleobazele sunt: A, C, G și U (în loc de T)
- ARN, ca și proteinele, poate avea activitate enzimatică: ribozime
(deseori cu caracter autocatalitic)

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

BIOSINTEZA ARN PE MATRIŢĂ DE ADN –Transcripția

La procariote ARN polimeraza, sintetizează tot ARN-ul cu excepția

primerilor ARN scurți necesari replicării ADN-ului. ARN polimeraza
recunoaște o secvență de nucleotide (reg. Promotor) la începutul
unui segment de ADN care trebuie transcris.

Enzima produce o copie complementară de ARN a matriței de ADN

după care recunoaște capătul secvenței ADN care trebuie transcris
(reg.Terminator).

ARN-ul este sinteMzat în direcția 5→3antiparalelă față de catena ADN

matriță. Procesul de copiere este oarecum asemănător cu cel de
sinteză al ADN cu excepția faptului că în locul timinei din ADN în ARN
avem uracil.
 ARN polimeraza

• ARN polimeraza este formată dintr-o parte enzimatică formată din 2

subunități α 1 unitate β si una β’, mai există și o unitate Ω cu o activitate
neclară încă. Partea enzimatică împreună cu subunitatea σ (subunitatea
care recunoaște regiunea promotor) formează holoenzima.

• Unele procariote au nevoie și de o subunitate de recunoaștere a reg.

terminator, respectiv subunitatea ρ.

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

Generarea transcriptului

Pentru transcript, o catenă este codificatoare, alta necodificatoare

Polaritatea și secvența transcriptului corespunde catenei codificatoare, “cu sens”, dar este
complementar catenei “antisens”, necodificatoare.

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

 Unitatea de transcriere

Cum recunoaște aparatul de transcriere secvența care se transcrie?

Cum se recunoaște catena ADN de transcris, de unde începe transcrierea, și unde se
oprește?

Unitatea de transcriere este o secvență ADN, care codifică ARNm, și posedă subunități
codificatoare și reglatoare: promoter, secvență codantă și terminator.

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

Promotor, punctul START și secvențe de recunoaștere la procariot
 Transcripția la procariot

Procesul de transcripție de la procariote cuprinde etapele de inițiere, elongare și

terminate.
Inițierea începe prin legarea holoenzimei de o regiune a ADN-ului numită
promotor. Această secvență care este recunoscută de factorul σ al ARN
polimerazei.
Regiunea promotor are 2 componente importante
1. Caseta PRIBNOW cuprinde o secvență de 6 nucleotide (5-TATAAT-3) situată
la aproximativ 10 nucleotide de punctul de începere a transcripției
respectiv spre capătul 5’
2. Secvența -35 care cuprinde 5-TTGACA-3 se găsește la aproximativ 35
nucleotide de punctul de începere a transcripției
BIOSINTEZA ARNm PE MATRIŢĂ DE ADN –Transcrierea

RNSn + rNTP RNSn+1 + PPi

Elongarea, după recunoașterea regiunii

promotor și legarea de holoenzimă are loc
desfacerea locală a dublului helix.

ARN polimeraza începe să sintetizeze o catena

de ARN pe matrița de ADN mici molecule, mai
mici de 11 nucleotide, care sunt îndepărtate,
după care factorul σ este îndepărtat, iar partea
enzimatică prăsește reg. promotor și se
deplasează de-a lungul catenei matriță ADN.

Catena ARN transcipt formează un dublu helix

mixt ADN-ARN. Transcripția se face numai în
direcția 5’→3’
BIOSINTEZA ARN PE MATRIŢĂ DE ADN –
Transcrierea-
Terminarea

A. prin intermediul factorului ρ

La acest proces participă și o proteină ρ
este o ATP-ază cu activitate helicazică
Când factorul ρ se leagă de situsul de
recunoaștere ρ (bogat în citozină) aflat
lângă capătul 3 al ARN-ului nou sintetizat
prin intermediul activității ATP-azice se
deplasează de-a lungul ARN-ului până
ajunge la ARN polimeraza oprită în reg.
Terminator. Activitatea helicazică a
factorului ρ determină separarea dublu
helixului hibrid ADN/ARN eliberând ARN-ul
BIOSINTEZA ARN PE MATRIŢĂ DE ADN –
Transcrierea-
B. Terminarea în absența factorului ρ

În această situație pe matrița de ADN este o secvență care va genera prin

transcripție o secvență auto-complementară în ARN-ul nou sintetizat. Acest
lucru permite formarea unui capăt bogat în perechi de baze GC cu formarea
unei bucle în ac de păr. Dincolo de această buclă spre capătul 3 este un șir
de nuclotide cu uracil. Legarea acestora de nucletidele cu adenină de pe
matrița ADN necesită o cantitate mică de energie pentru a fi rupte. Ca
urmare separare ARN-ului nou sintetizat de ADN-ul matriță este facilă.
 BIOSINTEZA ARNm –Transcrierea la eucarioți

Transcripția la eucariote este un proces mai complicat, care implică participarea

a 3 polimeraze distincte pentru sinteza ARNr, ARNt, ARNm. La acest proces
participă mai multe proteine numite generic factori de transcripție.

Cromosomii la eucariot se organizează în nucleosom. ADN-ul trebuie să fie

accesibil transcrierii, ceea ce se asigură de enzime și proteine de remodelare

Pe lângă promotori, sunt prezente și alte secvențe reglatoare: enhancer/silencer

Genele sunt discontinue și se așează la distanță, posedă exoni și introni. Se

generează un transcript primar, care trebuie procesat în faza de maturare.
Exonii și intronii

Pe capătul 5’ al pre-ARNm se cuplează enzimatic un “cap”- 7-metil-guanozină

Pe capătul 3’ se produce o poliadenilare [secventă (–A-A-A-A-A-A-)n], n=5-250,
Care protejează transcriptul față de nucelaze
Spliceing-ul în maturarea ARN mesager
BIOSINTEZA ARN PE MATRIŢĂ DE ADN –
Transcrierea-
ARN polimeraza eucariotelor
1. ARN polimeraza I, această enzimă catalizează sinteza precursori de ARNr de
28S, 18S, 5,8S
2. ARN polimeraza II această enzimă catalizează sinteza precursorilor de ARNm
care intervin în sinteza proteinelor

Promotorii și factorii de transcripție pentru ARN polimeraza II

Promotorul pentru ARN polimeraza II se găsește localizată la aproximativ 25 de
nucleotide spre capătul 5 față de situsul de inițiere a transcripției (echivalentul
casetei Pribnow de la procariote) se numește caseta TATA sau HOGNESS, iar la o
distanță de 70-80 nucleotide se găsește o a doua secvență numită caseta CAAT.
Pentru că aceste secvențe se găsesc pe aceeași moleculă de ADN ca și gena care
este transcrisă se numesc elemente cis-regulatoare. Pe aceste secvențe se leagă
proteinele denumite factori de transcripție care vor interacționa între ele și cu
ADN polimeraza II
 BIOSINTEZA ARN PE MATRIŢĂ DE ADN –Transcrierea

ARN polimeraza eucariotelor

Pentru ca factorii de transcripție sunt sintetizați în citoplasmă și se deplasează
până la locul de acțiune ele se numesc elemente trans-reglatoare. Factorii de
transcripție sunt cei recunosc promotorul și ajută ARN polimeraza II să se lege de
promotor și să inițieze transcripția.

Rolul activatorilor în reglarea genelor eucariote

Activatorii sunt secvențe de ADN cis-reglatoare care inițiază transcripția de către
ARN-polimeraza II. Activatorii se găsesc pe același cromozom cu gena a cărei
transcripție o inițiază. Activatorii conțin secvențe de ADN numite secvențe
stimulatoare de răspuns care leagă factori de transcripție specifici stimulându-i
3. ARN polimeraza III catalizează sinteza de molecule de ARN mici ARNt ARNr
de 5S
4. ARN polimeraza mitocondrială care este asemănătoare cu ARN polimeraza
bacteriană
 Transcripția

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

 Procesarea ARN-ului

• Exoni: secvențe codificatoare de aminoacizi

• Introni: regiuni necodificatoare (vor fi clivate)

• Exonii sunt legați

• Se pot adăuga sau elimina segmente de polynucleotide

• Se formează ARNm, ARNr, ARNt, care își îndeplinesc funcția finală

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

 Reverz transcripția

• Apare la virusuri ARN (ex. HIV)

• Genomul este ARN, se transcrie în ADN (este necesară reverz
transcriptaza)
• ARN-ul este descompus din hibridul ARN-ADN și este înlocuit de o
catenă de ADN
• ADN-ul viral este inserat în ADN-ul celulei gazdă, care poate fi
transcris, sau poate rămâne latent
• Gene ale retrovirusurilor: gag (miezul virusului), pol (protează,
integrază, reverz transcriptază), env (envelope-înveliș), mutațiile sunt
frecvente

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.

Sinteza de ADN pe matriţă de ARN -revers transcriptia-

Este interzisă copierea și distribuirea neautorizată a acestui material.