Denumirea programului de studii: Chimie Alimentara

An:2.. Sem:3.

Profesor Dr. Ing. Gheorghe MARIA

Adresa de contact: Universitatea Politehnica din Bucuresti, Catedra de
Inginerie Chimica si Biochimica, Str. Polizu 1, Bucuresti
E-mail: gmaria99m@hotmail.com
Tel: (021) 402 3903

Proiect POSDRU ID 56711

Elemente de
Inginerie Metabolica Celulara

1.

Notiuni introductive privind domeniul ingineriei metabolice celulare.

1.

Formalizarea reactiilor biochimice (stoichiometrie si viteze de reactie

biochimice).

2.

Modele de crestere celulara si de analiza a metabolismului celular.

3.

Utilizarea bazelor de date biochimice celulare.

4.

Fluxomica, analiza controlului metabolic si reglarea celulara.

5.

Modele dinamice de reprezentare a procesele metabolice celulare.

Proiect POSDRU ID 56711

Cuprins

 Cap 1. Notiuni introductive privind domeniul ingineriei

metabolice celulare.
1.1 Structura celulelor procariote si eucariote.
1.2. Rolul principalilor componenti metabolici (aminoacizi, proteine,
DNA, RNA, etc.)
1.3. Ciclul celular. Sinteza principalelor componente celulare. Tehnici
de modificare genetica si de clonare a genelor si implicatii
industriale.
1.4. Metabolismul celular (carbohidrati, lipide, proteine).
1.5. Respiratia si eliberarea de energie celulara

Proiect POSDRU ID 56711

Continutul cursului

- Componenti metabolici:
aminoacizi, proteine,
enzime, anticorpi,
membrane, hormoni,
DNA, RNA, etc.
-- Structura proteinelor

Structura celulelor eucariote

Proiect POSDRU ID 56711

Structura celulelor procariote

Structura proteinelor
Proiect POSDRU ID 56711

DNA polimeraza, Mg 2+

(DNA) n fragmente + dNTP (DNA) n +1 + PPi

Proiect POSDRU ID 56711

- Ciclul celular. Sinteza principalelor componente celulare

- Sinteza (Replicarea) DNA

Proiect POSDRU ID 56711

- Sinteza (Replicarea) RNA

- Metabolismul zaharidelor (Glicoliza, Glucogeneza, Metabolismul
Glicogenului).
- Metabolismul acizilor grasi, grasimilor si al colesterolului.
- Respiratia si eliberarea de energie (ciclul acidului citric si
fotosinteza).
- Metabolismul aminoacizilor (ciclul acidului uric).

 Cap 2. Formalizarea reactiilor biochimice (stoichiometrie si

viteze de reactie biochimice).
2.1. Stoichiometria reactiilor biochimice celulare (determinare
experimentala).
2.2. Formalizarea reactiilor biochimice.
2.3. Factorii de dependenta ai vitezei de reactie biochimice.
2.4. Echilibrul chimic. Conceptul de stari stationare (homeostaza
celulara). Aplicatii.
2.5. Evaluarea stoichiometriei proceselor metabolice celulare
(studiu de caz - metabolismul central al Saccharomyces cerevisiae la
fermentatia alcoolica).

Proiect POSDRU ID 56711

Continutul cursului

Proiect POSDRU ID 56711

Studiu de caz - metabolismul central al Saccharomyces

cerevisiae la fermentatia alcoolica).

Proiect POSDRU ID 56711

Proiect POSDRU ID 56711

KEGG result: Metabolismul central al Saccharomyces cerevisiae

Continutul cursului

3.1. Clasificare modele de crestere celulara.

3.2. Modele cinetice nestructurate, nesegregate pentru reprezentarea
proceselor enzimatice si biologice (Michaelis-Menten, Monod, etc).
3.3. Modele cinetice nestructurate, segregate pentru reprezentarea
cresterii celulare.
3.4. Modele cinetice structurate, nesegregate, pentru reprezentarea
sintezelor celulare.
3.5. Modele cinetice structurate, complexe, pentru simularea
metabolismului celular.
3.6. Interactiuni intre celule. Modele de competitie si selectie in
sisteme biologice (Biologie Sistemica).

Proiect POSDRU ID 56711

Cap 3. Modele de crestere celulara si de analiza a metabolismului

celular.

Cap 3. (continuare)
3.7. Procese metabolice oscilatorii. Ciclul celular.
3.8. Elemente de proiectare a micro-organismelor modificate genetic
OMG (Biologie Sintetica). Aplicatii.
3.9. Exemple de utilizare a simulatoarelor celulare pentru
caracterizarea metabolismului organismelor de Saccharomyces
cerevisiae, Escherichia coli, Pseudomonas putida.

Proiect POSDRU ID 56711

Continutul cursului

Clasificare modele celulare

I2
celul

I1
model nestructurat

model structurat
(X = R + I1 + I2)

nesegregate (celule identice, reacioneaz identic

la condiiile de mediu)
Modele
de populaii
celule

X = X 1 , X 2 , K , X n

mu tan t 1 mu tan t 2 L

X =
C1
,
C2
, K ,C S

componenta 1 componenta 2 L

segregate (lucreaz cu clase de celule, deosebite

dup anumite criterii)

Modele

nestructurate (celulele nu se deosebesc ntre ele prin

vrst, caracteristici fiziologice; nu se
modeleaz procesele interne)

specia

C
C 12
L C 1S
11
X= L
L
L
L
C n1 C n 2
L C nS

structurate (celulele sunt analizate n detaliu, prin modele

compartimentate / modulare, extinse / reduse,
inclusiv procesele de biosintez, bioreglare,
transfer de mas intra-celular)

mu tan tul

Proiect POSDRU ID 56711

Proiect POSDRU ID 56711

- Selectivitatea proceselor enzimatice

- Mecanismul de actiune al enzimelor
(cheie-lacat si geometrie indusa)
- Depententa de pH si Temperatura

V =

k2 C

CS

V
C
= max S
= k 2 C SE =
k 1 + k 2
dt
K m + CS
+ CS
k1

d CP

Reprezentarea grafica a
dependentei vitezei de reactie
enzimatice (Michaelis-Menten) cu
concentratia de substrat.

E0

Linearizarea Lineweaver-Burk
pentru o cinetica de tip MichaelisMenten

Proiect POSDRU ID 56711

Cinetica enzimatica simpla

r = k (C ES

k CS
+ C EIS ) =
K S 1 + CI
1+

C
CS
1+ I
KI

/ KI
K
S'
KS

Proiect POSDRU ID 56711

Cinetica enzimatica - Inhibiia competitiva

r=

(k 2 / K m ) C S ET
CS
CS CI
CI
1+
+
+
K m KI Km KI

Proiect POSDRU ID 56711

Cinetica enzimatica - Inhibiia necompetitiva

Vmax C S
r=
CI
+ K m
C S 1 +
KI

Proiect POSDRU ID 56711

Cinetica enzimatica - Inhibiia incompetitiva

Proiect POSDRU ID 56711

Cinetica enzimatica Inhibiia mixta si alosterica

Tip interacie
Neutralism
Comensalism
Naturalism
Vntor prad
Vntor prad
Amensalism
Amensalism
Competitiv

Organism
A
B
0
0
0
+
+
+
+
+
0
0
-

(+) efect benefic, pozitiv; (-) efect negativ;

(0) efect neutru.

Neutralism
Comensalism
S2
S1

A
B

S1

S2

P2(0)

S2

P1(+)

S1

A
B

Proiect POSDRU ID 56711

Tipuri de interacii ntre reactii biochimice si intre celule vii

P (+)
S2(0)

(nitrificare, digestie
anaerob metanogenare)

Mutualism
A

S2
S1

Vntor-prad
S

A (-)

P2(+)

S1 + PB

PA(+)

S2(+)

S2 + PA

PB(+)

Amensalism
S2

Competiie
A

PA (-)

PA(-)

S
A

B(+)

S1

PB(0)

PB(-)

Y
X
Y

d X
d t =a XbXY

d Y = c X Y dY
d t

Modele segregate de crestere celulara (Leslie)

X(t k ) = L X(t k 1 )

0 0 0 k k +1
k+p

i x i (t 0 )
0 0 0
0

1
x1 (t1 )

0 2 0 0

i =k
0
1x1 (t 0 ) L =
X(t1 ) = x 2 (t1 ) =
L

L L L L
L
L

0 0 L L
L
x (t ) x (t )

n 1
n 1 n 1 0
L

0 0 L L

L k +p
0
L
L

L
L

L
L

0
0
0 0

L L
0 0

0 0
0
0

Proiect POSDRU ID 56711

Modele de competitie Lotka-Volterra (sisteme oscilante)

Sunt incluse principalele procese metabolice:

transport ionic;

glicoliza;

fermentatie acid lactic (ciclul Krebs);

degradare/sinteza grasimi;

biosinteza fosfo-lipide;

transcrierea genetica;

sinteza proteine/aminoacizi;

sinteza ansamblu ribozom + polimeraza;

degradare proteine;

degradare mRNA.

Proiect POSDRU ID 56711

Simulator celular de tip Electronic-Cell (M. genitalium; Tomita et al., 2001)

 Elementele unui model V-Cell:

specii (ATP, Ca2+ etc.);
reactii (ex.: enzimatice, legare
receptor, fluxuri membranare);
structuri (ex.: RER, citosol etc.)

Proiect POSDRU ID 56711

Simulator celular de tip Virtual-Cell (Hucka et al., 2003)

Platforma M-Cell include:

- construcia sistemului prin includerea moleculelor de
ligand, parametrii de difuzie;
- definirea reaciilor posibile;
- definire: Liganzi, Efectori, Reacii, Suprafee 3D, Restricii
(limbaj MDL-Biologically oriented);
- crearea de obiecte de simulat ;
- soluionarea (simularea numerica) obiectelor;
- prezentarea rezultatelor n form numeric i vizual.

Proiect POSDRU ID 56711

Simulator celular stocastic de tip M-Cell (Bartol & Stiles, 2002)

Continutul cursului
4.1. Baze de date biochimice celulare: genomica, proteomica,
metabolomica, fluxomica.
4.2. Reprezentarea topologiei reactiilor metabolice: grupare si
modularizare.
4.3. Cuplarea bancilor de date biochimice cu tehnicile de modelare
celulara. Aplicatii.
4.4. Utilizarea bazelor de date EcoCyc, KEGG, Brenda, etc.
4.5. Exemplu - Simularea sintezei celulare a PHB (acid poli-beta-hidroxibutiric) in celula de Escherichia coli.
4.6. Modele cinetice simple privind reglarea homeostatica a sintezei
proteinelor (exemple cu aplicatii industriale).

Proiect POSDRU ID 56711

Cap 4. Utilizarea bazelor de date biochimice celulare.

Proiect POSDRU ID 56711

EcoCyc is a scientific database for the bacterium Escherichia coli K-12

MG1655.
The EcoCyc project performs literature-based curation
of the entire genome, and of transcriptional regulation, transporters,
and metabolic pathways.

EEcoCyc gene/protein page

TTranscription-unit page
TTranscription-factor page
GGenome browser
PPathway page
RReaction page
CCompound page
TTransport-reaction page
Transporter page
Metabolic map diagram
Regulatory network diagram

2011 SRI International, Menlo Park, CA 94025-3493

Proiect POSDRU ID 56711

Baza de date E. Coli cell (EcoCyc)( http://ecocyc.org/ )

The Comprehensive Enzyme

Information System

Proiect POSDRU ID 56711

Baza de date BRENDA (http://www.brenda-enzymes.org/ )

Baza de date KEGG (http://www.genome.jp/kegg/ )

Main entry point to the

KEGG web service
Data-oriented entry points
KEGG pathway maps
BRITE functional hierarchies
KEGG modules
Human diseases
[Cancer | Infectious disease]
Drugs [ATC drug classification]
Ortholog groups [KO system]
Genomes [KEGG organisms]
Genes and proteins
Chemical information
Health-related information for
wider society

Organism-specific entry points

KEGG Organisms
Analysis tools
KEGG PATHWAY - mapping tools
Navigation tool to explore KEGG maps
KEGG automatic annotation server
Sequence similarity search
Chemical structure similarity search
Biodegradation/biosynthesis pathway
prediction

Proiect POSDRU ID 56711

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Main entry points:

- alege organism
- Alege subsistemul metabolic
celular
Rezultate:
- Fluxuri metabolice
- Coeficienti MCA

Proiect POSDRU ID 56711

Baza de date CellML-JWS(http://jjj.biochem.sun.ac.za/ ). Ex. Glicoliza in

E. coli
CellML: simulator metabolism celular de baza

Continutul cursului

5.1. Analiza de bilant a fluxurilor metabolice celulare (FBA).

Optimizarea fluxurilor metabolice celulare cu scop industrial.
5.2. Analiza Controlului Metabolic (MCA) cu aplicatii la realizarea de
organisme modificate genetic cu importanta in industria alimentara si
de biosinteza.
5.3. Retele de reglare genetica celulara (modele de tip circuit logic).
5.4. Evaluarea fluxurilor metabolice celulare in regim stationar (studiu
de caz - metabolismul central al Saccharomyces cerevisiae la
fermentatia alcoolica).
5.5. Exemplu - Simularea metabolismului celular al Ferului cu asimilatie
mitocondriala (in celule eucariote).

Proiect POSDRU ID 56711

Cap 5. Fluxomica, analiza controlului metabolic si reglarea

celulara.

d C j
= f j (C, k ) C j , j =1,K, m

d
t

1 d V
= (C, k )

V d t
R T
1
1
=
=
= const.

C j,0 C j

La homoestaza:
[v1 ,..., vM ] = arg Max = vbiomass
M

S ij v j = 0

v j ,min v j v j ,max

j =1

Metabolismul central al
Escherichia coli
(dupa Maria et al., 2011)

Proiect POSDRU ID 56711

Bilantul / optimizarea fluxurilor

metabolice celulare

Proiect POSDRU ID 56711

Retele de reglare genetica celulara

Module G(P)1;M(P)3
P
G

GP
P
MP

P
MPP

MPPP

3P

A1
d P1
=
d t B + P m q1 P1

1
2

d P2 = A 2 q P
2 2
d t B 2 + P1m

Proiect POSDRU ID 56711

Switch genetic bistabil (modelul Jacob-Monod de biosenzor)

 use cascade control, multiple effectors

allosteric enzyme activity control
Proiect POSDRU ID 56711

Cope with complexity

& synchronization

Dyn

Senz

Ex. Simulare metabolism Fe in miotocondrie (Hudder, Maria, 2002)

k1

[Fe/S]Cy

Cytosol

[Fe]Cy
k2
[Fe]mit
k4

k5
(S)
k3

[Fe/S]mit

[Hem]mit

k6

Mitochondria

[Hem]Cy

Proiect POSDRU ID 56711

[Fe]env

Continutul cursului

6.1. Elemente de teoria oscilatiilor in procese biochimice.

6.2. Procese metabolice oscilatorii. Ciclul celular. Aplicatii.
6.3. Testarea modelelor cinetice nestructurate pentru procese
oscilante de biosinteza celulara (studiu de caz - o etapa a
procesului de glicoliza).
6.4. Exemplu - Simularea procesului oscilant de crestere a
celulelor de drojdie de bere (model cinetic structurat).
6.5. Simularea unor procese enzimatice industriale (studiu de caz
biosinteza D-fructozei si a derivatilor sai din D-glucoza).

Proiect POSDRU ID 56711

Cap 6. Modele dinamice de reprezentare a procesele metabolice

celulare.

Modelul Goldbeter (1995) pentru ritmurile circadiene. Proteina PER este sintetizata in
citoplasma, unde este succesiv fosforilata. A doua forma fosforilata patrunde in nucleu si
reprima transcrierea genei per.

Proiect POSDRU ID 56711

Ex. Mecanismul oscilatiilor in sinteza proteinelor

1.
2.
3.
4.
5.
6.

7.
8.
9.
10.

Evaluarea indicatorilor ce caracterizeaza transformarea biochimica.

Evaluarea stoichiometriei proceselor metabolice celulare (studiu de caz - metabolismul central
al Saccharomyces cerevisiae).
Evaluarea fluxurilor metabolice celulare in regim stationar (studiu de caz - metabolismul
central al Saccharomyces cerevisiae).
Calculul constantei de echilibru si a conversiei de echilibru (bio)chimic.
Simularea sintezei celulare a PHB (acid poli-beta-hidroxi-butiric) in celula de Escherichia coli.
Simularea metabolismului celular al Ferului cu asimilatie mitocondriala. Simularea raspunsului
celular la perturbatii externe pentru celula normala si cea mutanta. Simularea maladiei de
asimilare defectuoasa a Ferului in celula umana.
Modele cinetice simple privind reglarea homeostatica a sintezei proteinelor (exemple cu
aplicatii industriale).
Testarea modelelor cinetice nestructurate pentru procese oscilante de biosinteza (studiu de
caz).
Simularea performantelor unei reactii consecutive de sinteza biochimica, in sistem oscilant.
Exemplificare pentru o etapa a procesului de glicoliza (Model cinetic structurat).
Simularea procesului oscilant de crestere a celulelor de drojdie de bere (model cinetic
structurat).

Proiect POSDRU ID 56711

Lucrari de laborator de calcul (simulatoare celulare)

 1. Stephanopoulos, G.N., Aristidou, A.A., Nielsen, J., Metabolic engineering. Principles and
methodologies, Academic Press, NY, 1998.
2. Heinrich, R., Schuster, S., The Regulation of Cellular Systems, Chapman & Hall, New York, 1996.
3. The Metabolic Control Analysis Web, The University of Manchester, 2004.
http://dbkgroup.org/mca_home.htm
4. Mihail, R., Muntean, O., Lavric, V., Ingineria Proceselor Biochimice, Litografia Institutului
Politehnic Bucuresti, 1988.
5. Ofiteru, D., Lavric, V., Woinaroschy, A., Introducere in bioingineria celulelor animale, Ed. Matrix
Rom, Bucuresti, 2003.
6. Lavric, V., Ofiteru, D., Woinaroschy, A., Modelarea bioreactoarelor cu celule animale, Ed. Matrix
Rom, Bucuresti, 2004.
7. Muntean, O., Bales, V., Meszaros, A., Biochemical Technology, Ed. Printech, Bucuresti, 2003.
8. Vallino, J.J., Stephanopoulos, G., Flux determination in cellular bioreaction networks:
Applications to lysine fermentations, In: Frontiers in bioprocessing (Sikdar, S.K., Bier, M., Todd, P.,
Eds.), CRC Press, Boca Raton, 1990.
9. Maria, G., Modular-based modelling of protein synthesis regulation, Chemical and Biochemical
Engineering Quarterly 19, 213-233 (2005).
10. Maria, G., Application of lumping analysis in modelling the living systems -A trade-off between
simplicity and model quality, Chemical & Biochemical Engineering Q. 20, 353-373 (2006).

Proiect POSDRU ID 56711

Bibliografie

 11. Maria, G., Modelling bistable genetic regulatory circuits under variable volume framework,
Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 21, 417-434 (2007).
12. Maria, G., Enzymatic reactor selection and derivation of the optimal operation policy by using
a model-based modular simulation platform, Comput. & Chem. Engineering 36(1), 325341
(2012).
13. Maria, G., Xu, Z., Sun, J., Investigating alternatives to in-silico find optimal fluxes and
theoretical gene knockout strategies for E. coli cell, Chem. & Biochemical Eng. Q. 25(4), 403-424
(2011).
14. Maria, G., Ene, M.D., Jipa, I., Modelling enzymatic oxidation of D-glucose with pyranose 2oxidase in the presence of catalase, Jl. Molecular Catalysis B: Enzymatic 74, 209-218 (2012).
15. Rensing, L., Meyer-Grahle, U., Ruoff, P., Biological timing and the clock metaphor: oscillatory
and hourglass mechanisms, Chronobiology International 18 (2001) 329-369.
16. Tyson, J.J., Novak, B., Regulation of the Eukaryotic Cell Cycle: Molecular Antagonism,
Hysteresis, and Irreversible Transitions, J. theor. Biol. 210 (2001) 249-263.

Proiect POSDRU ID 56711

Bibliografie (continuare)