Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Nucleotide Acizi Nucleici
Nucleotide Acizi Nucleici
Nucleozidele derivate din aceste molecule conin riboz sau deoxiriboz legat
la nucleul purinic printr-o legtur -N-glicozidic la atomul N-1. Ribonucleozidele
conin riboz n timp ce deoxiribonucleozidele conin deoxiriboz (o molecul de
riboz n care gruparea hidroxil din poziia 2 lipsete, fiind inlocuit cu hidrogen).
compuii majori pirimidinici conin 2 sau 3 resturi de fosfat. Grupele fosfat sunt
responsabile de ncrcarea negativ a nucleotidelor i a acizilor nucleici.
n concluzie se poate vorbi de mai multe structuri care sunt strns legate unele
de altele. Astfel avem 5 baze azotate mai importante (2 cu heterociclu purinic
adenina i guanina i 3 cu heterociclu pirimidinic uracil, timina i citozina), 5
nucleozide (care conin pentoze) i 5 nucleotide (care conin 1,2 sau 3 resturi de acid
fosforic). De menionat c numrul acestor structuri este de fapt dublu dac inem
cont c putem avea ca pentoze i riboza i deoxiriboza.
In afara de cele 5 baze azotate numite i majore, se mai cunosc baze azotate
minore. Acestea se gasesc ntr-o cantitate relativ mic att n structura ADN-ului ct i
a ARN-ului, caracterizndu-se prin mici modificari ale nucleelor purinice sau
pirimidinice (metilri, prezena sulfului, izomeri ai nucleelor, etc).
PROPRIETILE NUCLEOTIDELOR
Componentele celulare coninnd fie baze purinice, fie pirimidinice pot fi
evideniate uor datorit absorbiei puternice n ultraviolet a acestora. Bazele purinice,
nucleozidele i nucleotidele corespunztoare au absobie mai puternic dect
pirimidinele i derivaii acestora. Lungimea de und la care se afl maximul de
absobie a acestor compui este n funcie de baza component, dar n cele mai multe
cazuri este n jur de 260 nm. Spectrul de absobie n UV pentru nucleozide sau
nucleotide variaz n funcie de pH. Absorbia n UV i diferenele care apar datorit
structurii specifice a bazelor reprezint o metod de cercetare pentru acesti compui.
Legtura N-glicozidic din nucleozidele purinice sau pirimidinice este stabil
fa de alcalii, n timp ce stabilitatea acestor legturi la hidroliza acid difer: legtura
N-glicozidic din nucleozidele i nucleotidele purinice este uor hidrolizat de acizi
diluai la temperatur ridicat (60C) cnd se elibereaz baza purinic i glucidul sau
glucid-fosfatul. Legtura Nglicozidic din nucleozidele i nucleotidele pirimidinice
este foarte stabil la acest tratament. Totui, condiii mai severe ca de exemplu acid
percloric 60% i 100C hidrolizeaz aceste legturi elibernd pirimidina cu
distrugerea complet a pentozei.
Datorit naltei polariti a grupului fosfat, nucleotidele purinice sau
pirimidinice sunt mult mai solubile n soluii apoase dect nucleozidele i bazele lor
libere. n general nucleozidele sunt mai solubile dect bazele purinice sau pirimidinice
libere.
Datorit caracterului aromatic al purinelor i pirimidinelor, substituenii oxo
sau amino particip la tautomeria: ceto enol i amino imino.
GTP este necesar pentru funcii ca: transducerea semnalului de ctre proteinele
G care leag GTP n scopul activrii acestora.
componente ale coenzimelor: NAD+, NADP+, FAD, FMN, adenozilcobalamina, S-adenozil-metionina i CoA sunt constitueni celulari implicai
direct n multe mecanisme enzimatice.
rol n metabolismul energetic: ATP este principala form de stocare a energiei
chimice n celulele vii. Sinteza ATP se poate face cu ajutorul reaciilor de
fosforilare oxidativ cuplate cu lanul respirator mitocondrial i cu ajutorul
reaciilor de fosforilare la nivelul substratului. ATP este utilizat pentru a dirija
reaciile metabolice i este implicat n diverse procese consumatoare de
energie: contracia muscular, transportul activ prin membrane, generarea
potenialelor de aciune n celule specializate, etc. Ca agent de fosforilare ATP
servete ca donor de fosfat pentru generarea altor nucleozid-trifosfai (GTP,
UTP, CTP i TTP).
intermediari activai: nucleotidele servesc ca transportori de intermediari
activai necesari pentru o varietate de reacii. Ca exemple se pot da: UDPglucoza este intermediar cheie n sinteza de glicogen, glicoproteine i acid
glucuronic; GDP-manoza, GDP-fucoza, UDP-galactoza, acidul CMP-sialic
sunt intermediari cheie n reaciile n care restul de zahr este transferat pentru
sinteza de glicoproteine; CDP-colina, CDP-etanolamina sau CDPdiacilglicerolul cu rol n metabolismul fosfolipidelor; S-adenozil metionina
(SAM) i 3-fosfoadenozin-5-fosfosulfatul (PAPS) sunt compui donori de
metil respectiv sulfat n diverse ci metabolice.
efectori alosterici: multe trepte reglate din cile metabolice sunt controlate de
concentraia intracelular a nucleotidelor.
BIOSINTEZA NUCLEOTIDELOR
Nucleotidele sunt sintetizate prin 2 tipuri de reacie: de novo, adic din molecule
mici precursoare i de salvare din purinele i pirimidinele care pot fi reutilizate dup
catabolismul acizilor nucleici.
BIOSINTEZA NUCLEOTIDELOR PURINICE
A. Sinteza de novo a nucleului purinic n celulele mamiferelor utilizeaz
aminoacizi ca donori de C i N iar CO 2 i formiatul ca donor de C. n figura .... sunt
indicate sursele de C i N din bazele azotate purinice.
S-a demonstrat c nivelul glutaminei i aspartatului influeneaz rata sintezei
acestor nucleotide n celulele tumorale. Multe din reaciile acestei ci necesit ATP.
Rata sintezei depinde de disponibilitatea R-5-P i de activitatea PRPPsintetazei, o enzim sensibil la concentraia de fosfat i la purin-ucleotidele care
acioneaz ca reglatori alosterici.
Reacia 2 de formare a 5-fosforibozil aminei este trepta de control n cadrul
sintezei i este puternic reglat de nucleotidele IMP, GMP i AMP.
La punctul de ramificare al cii, cele 2 enzime IMP dehidrogenaza i
adenilosuccinat sintetaza au valori ale KM similare pentru IMP, AMP este un inhibitor
competitiv al adenilosuccinat sintetazei n timp ce GMP este inhibitor competitiv
pentru IMP-dehidrogenaza. Printr-un mecanism de feed-back AMP i GMP inhib
PRPP-amidotransferaza. Produii finali ai biosintezei de novo acioneaz ca efectuori
negativi asupra enzimei care catalizeaz reacia 2. Concentraia PRPP n celul este un
determinant major n sinteza nucleotidelor purinice i reflect rata sintezei, utilizarea
i degradarea lor.
CALEA DE SALVARE
Eficiena metabolismului celular n condiii normale se datoreaz aa numitei
ci de salvare n care bazele preformate (din surse exogene sau din turn-over-ul
acizilor nucleici) pot fi reutilizate, cu economisirea unor mari cantiti de energie
pentru celul.
Enzima care catalizeaz ambele reacii este hipoxantin-guanin-fosforiboziltransferaza (HGPRT) i necesit ioni de magneziu. Este reglat de prezena IMP sau
GMP care acioneaz ca inhibitori competitivi.
Nucleozid difosfaii sunt sintetizai din NMP corespunztor i ATP care se gsete
n concentraie mai mare n celul. Enzimele implicate sunt adenilat chinaza sau
guanilat chinaza.
Adenilat chinaza este acctiv n ficat i muchi unde concentraia ATP este mare.
NDP i NTP sub aciunea nucleozid difosfat chinazei sunt interconvertibili.
Xantin oxidaza (XO) este o enzim care conine FAD, Fe (III) i Mo (VI) n
reaciile catalizate oxigenul este substrat genernduse ap oxigenat ca produs de
reacie.
Exist afeciuni clinice n care nivelul seric al acidului uric este crescut. Guta
primar este un deficit metabolic de reglare al catabolismului purinelor i se
caracterizeaz prin hiperuricemie. Clinic guta se manifest prin crize de artrit acut
(atac de gut) legat de inflamaia produs prin depozitarea cristalelor de urat de sodiu
greu solubil la nivelul articulaiilor. Prin acelai fenomen precipitarea uratului de
sodiu la nivel renal poate produce litiaz renal. Exist i hiperuricemie secundar
datorat unei superproducii de acid uric n cadrul unor afeciuni n care catabolismul
purinelor este accelerat: cancer, iradiere, boli endocrine, etc. Tratamentul clasic cu
alopurinol inhib competitiv xantin oxidaza scznd n acest fel produsul final de
catabolism care este greu solubil.
Deficiena de adenozin dezaminaz (ADA) cauzeaz imunodeficien, implicnd
disfuncia celulelor T i B.
Deficiena de purin nucleozid fosforilaza duce la creterea nivelului de purin
nucleozide i nucleotide.
METABOLISMUL NUCLEOTIDELOR PIRIMIDINICE
A. SINTEZA
Pirimidinele sunt sintetizate de novo n celulele mamiferelor din aminoacizi. Se
folosesc glutamina i aspartatul ca donor de azot i carbon, iar CO 2 ca donor de
carbon.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
dUMP pentru aceast reacie provine din 2 ci diferite: dezaminarea dCMP sub
acinea enzimei dCMP-dezaminaza i reducerea UDP la dUDP care este convertit apoi
la dUMP.
CATABOLISMUL PIRIMIDIN NUCLEOTIDELOR
Acidul -amino izobutiric este excretat prin urin i nivelul lui crete la pacieni
cu cancer supui chimioterapiei sau radioterapiei (la acetia un nr. Foarte mare de
celule sunt omorte i ADN-ul degradat).
NUCLEOZID I NUCLEOTID KINAZELE
Purin i pirimidin nucleotidele sunt sintetizate de novo ca monofosfat. Totui
cele mai multe reacii dac nu toate necesit nucleotide ca difosfai sau trifosfai. n
acest sens exist kinaze specifice care salveaz nucleozidele ca nucleotide i care
convertesc nucleozid monofosfaii la di i trifosfai. De exemplu:
naturali din plante, bacterii sau fungi sunt inhibitori relativ specifici ai enzimelor
implicate n producerea sau interconversia nucleotidelor.
Aceti compui utilizai n terapia multor afeciuni au fost clasificai ca:
antimetabolii, antifolai, antagoniti ai glutaminei i ali compui.
ANTIMETABOLIII sunt analogi structurali ai bazelor azootate purinice sau
pirimidinice sau ai nucleozidelor i interfer cu enzimele din cile specifice acestora.
Dintre acetia amintim:
1. 6-mercaptopurina i 6-tioguanina sunt utilizate n tratamentul leucemiei
cronice. Activitatea citostatic este legat de formarea 6-mercaptopurin
ribonucleotidelor de ctre celulele tumorale.
Acizii nucleici pot fi impartiti in 2 mari clase, intre care exista diferente
structurale si functionale: acizii ribonucleici (ARN sau RNA) si acidul
dezoxiribonucleic (ADN sau DNA).
Ambele macromolecule prezinta din punct de vedere chimic o structura
polinucleotidica, construita cu ajutorul legaturilor fosfodiesterice si avand in
componenta pentoze facand din ADN si ARN molecule inrudite. Exista insa diferente
nete la nivelul structurii:
- pentoza din ARN este reprezentata de riboza iar in ADN de deoxiriboza, o
riboza in care gruparea hidroxil de la carbonul 2 lipseste fiind, inlocuita cu
hidrogen.
- ARN are o structura predominant monocatenara iar ADN are o structura
bicatenara.
- Timina din ADN este inlocuita cu uracilul in molecula de ARN.
REPLICAREA ADN
Toate celulele se divid in timpul vietii, unele dintre ele sufera mai multe
diviziuni si altele se divid de un numar limitat de ori.
In timpul diviziunii celulare informatia prezenta la nivelul ADN-ului se
conserva de la o generatie la alta din punct de vedere cantitativ si calitativ. Acest
proces care se numeste replicare este semiconservativ deoarece in celulele noi
constituite se regaseste o structura a ADN-ului construita dintr-o catena mama si o
catena noua, complementara.
Replicarea semiconservativa a fost demonstrata clar la bacterii: administranduse ca unica sursa de azot, clorura de amoniu marcata cu azot radioactiv sa observat ca
dupa prima diviziune bacteriana azotul radioactiv s-a regasit doar in procent de 50%.
La urmatoarea diviziune acest procent scade inca odata la jumatate, s.a.m.d..
Replicarea ADN necesita un sistem biochimic si enzimatic complex format din:
- ADN matrita (ADN-ul mama)
- Deoxinucleotidele necesare sintezei (dATP, dGTP, dCTP, dTTP)
- Ribonucleotidele necesare sintezei unui ARN care va folosi ca punct de plecare
pentru sinteza ADN (ATP, GTP, CTP, UTP)
- Ioni de magneziu
- Un sistem multi enzimatic compus din:
a. topoizomeraze enzime care detensioneaza elicea ADN-ului in timpul
replicarii.
b. ADN primaza enzima care produce mici fragmente de ARN, necesare
inceperii procesului de replicare.
Replicarea la eucariote
Se face asemanator cu cea de la procariote. Exista totusi o serie de particularitati:
- ADN polimerazele: aici sunt in numar de trei , si . polimeraza este
implicata in replicarea ADN-ului nuclear, polimeraza este implicata in replicarea
ADN-ului mitocondrial. Pe de alta parte nici una din enzime nu are activitate
exonucleazica.
- originea replicarii: la eucariote viteza este mai mica si s-ar parea ca nu exista
explicatie cum aprope 2 metri de ADN care contine in jur de 3 miliarde jumatate
de baze nucleotidice pot fi copiate doar in aproximativ 8 ore. Dar explicatia este
foarte simpla pentru ca exista mai multe origini de replicare, aproximativ una la
cateva zeci de mii de baze care functioneaza in acelasi timp. Aici, in momentul
inceperii copierii fiecare origine are cate un replizom care se ocupa de ambele
catene ale ADN-ului. Fidelitatea este si mai mare, riscul erorii fiind de una la
cateva miliarde.
- exista un mecanism propus pentru catena 5`-3` a ADN-ului mama in momentul
copierii. Se pare ca la nivelul replizomului aceasta catena poate face o bucla care
permite folosirea complexului de sinteza in acelasi sens ca in cazul catenei 3`-5`.
- biosinteza ADN apare in faza S a diviziunii celulare, intreaga cantitate de ADN si
histone (necesare impachetarii) fiind dublata complet.
ADN ligazele si fragmentele Okazaki se regasesc si la mamifere deci si aici
procesul este discontinuu.
Diferite situatii (radiatii puternice, toxice, etc.) pot provoca mutatii in timpul
replicarii. De exemplu, radiatiile ultraviolete pot genera formarea dimerilor intre 2
nucleotide pirimidinice (exemplu timina-timina). Acest defect poate fi inlaturat prin
actiunea unor enzime specializate care excizeaza si repara bazele anormale. Cel mai
puternic generator de mutaii ramane stressul oxidativ (de diverse cauze) care poate sa
produca diverse oxidari (de exemplu transformarea guaninei in oxiguanina),
intreruperi ale catenei acizilor nucleici, modificari ale pentozelor, etc. Consecinta
poate fi (in cazul in care repararea este depasita) oprirea ciclului celular la nivelul
punctelor de control (checkpoint) si chiar moartea celulara programata (apoptoza).
Molecula de ADN poate fi sintetizata folosindu-se ca matrita o molecula de
ARN. Este o situatie mai rar intalnita, de exemplu in cazul anumitor virusuri ARN.
Acestia prezinta o enzima speciala numita revers transcriptaza care este o ADN
polimeraza ARN dependenta si are capacitatea de a copia informatia de pe ARN-ul
virusului care a patruns in celula pe o molecula de ADN care dupa ce devine dublu
catenar se insera in genomul gazdei. Celula astfel parazitata va fabrica inconstient
proteine si ARN, acesta fiind modul de inmultire a unui virus. Cel mai bun exemplu
este virusul HIV care infecteaza in special limfocitele T helper si care poate fi partial
inhibat cu medicamente care blocheaza revers transcriptaza.
Revers transcriptaza modifica intr-o mica masura teoria clasica mendeliana a
geticii care postuleaza procesul ADNARN proteine. Intre ADN si ARN
informatia poate fi copiata in ambele sensuri. Pe de alta parte revers transcriptaza este
utila obtinerii genelor sintetice plecandu-se de la diferiti ARN mesageri, usor de
izolat.
Exista o multitudine de baze azotate modificate artificial care pot sa inhibe
replicarea normala a AND-ului. Unele dintre acestea pot fi folosite ca medicamente
antivirale sau citostatice (ex. : 5-fluorouracil, 5-bromouracil etc.)
TRANSCRIPTIA ARN
Reprezinta un proces absolut necesar de transfer a informatiei genetice de pe
ADN (o portiune a ADN-ului numita gena) pe ARN-ul mesager. Acesta este
modalitatea de transport a informatiei care se gaseste in nucleu la ribozomii din
citoplasma in vederea sintezei proteinelor.
Exista 3 tipuri importante de ARN:
1. ARN mesager (ARNm).
2. ARN de transfer (ARNt).
3. ARN ribozomal (ARNr).
Deci transcriptia reprezinta sinteza ARN-ului mesager. Structura acestuia este
dictata de matrita ADN-ului copiat (gena). Aceasta matrita sau portiune de ADN
numita gena se poate afla pe oricare dintre cele 2 catene ale ADN-ului si este
transcrisa in functie de necesitatile proteice ale fiecarei proteine.
La procariote exista o singura ARN-polimeraza care catalizeaza formarea
tuturor tipurilor de ARN (ribozomal de transfer si mesager).
La eucariote procesul este mai specializat in sensul ca exista 3 tipuri de ARNpolimeraza:
- ARN-polimeraza I pentru sinteza ARN ribozomal
- ARN-polimeraza II pentru sinteza ARN mesager
- ARN-polimeraza III pentru sinteza ARN de transfer
portiuni repetitive de nucleotide numite introni care nu detin nici o informatie pentru
sinteza proteica. Acesta este motivul pentru care ARN-ul mesager primar este mult
mai lung decat ARN-ul mesager folosit de ribozom. Deci intronii trebuie excizati si
pastrate doar portiunile cu informatie utila numite exoni.
metionina sau metionina, deci codonul AUG sau GUG este codonul de initiere. Se
consuma energie generata de GTP.
Unele molecule de ARN mesager pot codifica mai multe proteine pe acelasi
lant, deci asta inseamna ca vor fi prezenti mai multi codoni de initiere pe lantul
acestui tip de ARN. Exista o secventa polinucleotidica bogata in purine situata in fata
codonului de initiere care mareste afinitatea subunitatii mici ribozomale pentru acesta.
Urmeaza legarea primului aminoacid care reste bineinteles formil-metionina.
Acesta este adus de ARN-ul de transfer specific si pozitionat in situsul p ribozomal in
dreptul codonului corespunzator prin potrivirea codon-anticodon(deci anticodonul
ARN-ului de transfer se potriveste numai cu codonul initiator al ARN-ului mesager).
Etapa necesita factorii de initiere 1 si 2(IF1, IF2).
Ultima etapa a procesului de initiere implica legarea subunitatii ribozomale
mari care reintregeste ribozomul. S-a format acum un complex intre ribozom, ARN
mesager si primul ARN de transfer. Constructia proteinei va necesita mai departe
miscarea lantului ARNm in ribozom care este citit, si informatia va servi sintezei
proteinei.
3. Elongarea lantului polipeptidic se face prin adaugarea succesiva a aminoacizilor
necesari sintezei. Fiecare dintre acestia este adus de ARN-ul sau de transfer specific si
pozitionat corect prin potrivirea codon-anticodon intre ARN-ul mesager si ARN-ul de
transfer. Este nevoie de factorul de elongare si energie sub forma de GTP. Intregul
mecanism consta de fapt in miscarea ARN-ului mesager in ribozom care isi expune
codonii rand pe rand pentru a fi cititi. Citirea reprezinta contactul intre acesti codoni
si anticodonii ARN-urilor de transfer, care vin rand pe rand cu aminoacizii ce vor
constitui proteina. Intregul proces se desfasoara deci in ribozom, la nivelul situsurilor
p si a. ARNt vine cu aminoacidul 2 in situsul a, aminoacidul initiator se leaga de al
doilea formandu-se un dipeptid pozitionat deci in situsul a, ARNt ramas liber pleaca
din situsul p si ARNt-dipeptidul se muta in situsul p prin miscarea ARN-ului mesager
in ribozom.
Procesul continua in aceeasi maniera pana la elongarea completa a proteinei.
Deci, spre exemplu, aminoacidul 3 vine in situsul a, se formeaza legatura peptidica
intre aminoacizii 2 si 3, ARN-ul mesager se muta in ribozom astfel incat complexul
ARNt-tripeptid se va muta la randul lui din situsul a in situsul p, s.a.m.d.
Miscarea ARN-ului mesager in ribozom consuma GTP si este posibila datorita unei
translocaze. Aminoacidul initiator (formil-metionina) va fi inlaturat din lantul
polipeptidic deorece nu are decat un rol de start al sintezei proteice.
Pentru realizarea legaturii peptidice intre aminoacizi este nevoie de o enzima
numita peptidiltransferaza, un factor de elongare G si consum de energie.
Toxina difterica, molecula foarte toxica fabricate de Corynebacterium
diphtheriae microorganismul care provoaca difteria blocheaza sinteza proteica
prin inhibarea unui singur factor de elongare. Astfel, o singura molecula poate
distruge o celula.
4.
Terminarea sintezei se face cand pe ARN-ul mesager ce trece prin ribozom
apare un codon care nu codifica nici un aminoacid. Acesta se mai numeste codon stop
sau nonsens si nu exista un ARN de transfer cu anticodonul corespunzator. In acest
moment polipeptidul sintetizat se desface de ARNt, acest ultim ARNt este eliberat din
ribozom si ribozomul se desface din nou in cele doua subunitati fiind pregatit pentru o
noua sinteza. ARNm dupa copiere este eliminat prin hidroliza.
Sinteza de proteine necesita deci un complex de factori, o mare cantitate de
energie si se desfasoara foarte rapid (100 de aminoacizi pot fi legati in 5 secunde).
La eucariote aminoacidul initiator este metionina, si viteza de sinteza este mult mai
mare decat la procariote.
Procesul inhibat
Mitomicina
Replicare
Acid nalidixic
Rifampicina
Actinomicina
Replicare
Transcriere
Transcriere
Streptomicina
Translatie
Cloramfenicol
Translatie
Tetraciclina
Translatie
Eritromicina,Azitromicina
Translatie
Puromicina
Translatie
Kanamicina
Translatie
Mecanismul de actiune
Impiedica separarea
catenelor de ADN
Inhiba ADN giraza
Inhiba ARN polimeraza
Se fixeaza pe ADN
Inhiba legarea ARNt
initiator la subunitatea 30S
Inhiba peptidil transferaza
Inhiba legarea ARNt la
ribozomi
Blocheaza subunitatea 50S
Blocheaza elongarea
inhiband competitiv ARNt
Inhiba citirea codului
genetic
Mecanisme de actiune
(acceptori de ADP-riboza)
Factorul de elongare 2
(EF-2)
EF-2
Fractiunea ribozomala 60S
si factorul EF-1