Universitatea Politehnică din București

Facultatea de Chimie Aplicată și Șiinţa Materialelor

PROIECTARE
MOLECULARĂ

Coc Lucia Marina Cristina

Moroșan Alina

2014
 Optimizarea geometriei moleculare a carbocationilor butanului

Metodele folosite pentru optimizarea geometriei moleculare vor fi metode de

căutare a unui minim de energie potenţială necunoscută. Aceasta înseamnă găsirea acelor

coordonate carteziene pentru care toate componentele vectorului gradient se anulează:

Pentru o suprafaţă monodimensională care ar fi corespunzătoare unei molecule

diatomice ce posedă 3N-5=1 grade de libertate, găsirea unei configuraţii stabile, de

echilibru, corespunzătoare minimului de energie, este simplă.

În cazul moleculelor poliatomice suprafaţa de energie potenţială este o

hipersuprafaţă n dimensională, n fiind numărul gradelor de libertate şi îm general, va

prezenta mai multe minime energetice. Metodele obişnuite de căutare pe o suprafaţă nu

permit escaladarea sau penetrarea barierelor de potenţial şi, din această cauză, există

pericolul găsirii unui minim local şi nu a celui global.

O altă problemă particulară care trebuie evitată în aplicarea procedurilor de

optimizare este aceea a unor structuri iniţile, de plecare, riguros plane. În astfel de cazuri,

metodele de optimizare, făcând făcând apel la direcţiile forţelor care acţionează asupra

atomilor şi neexistând iniţial forţe care să acţioneze în afara planului, vor conduce

întotdeauna la structuri moleculare plane. Aceste structuri pot fi irelevante. De aceea

pentru a evita astfel de situaţii se scoate oricare din atomi în afara planului. Numai în

acest fel se poate obţine, dacă este cazul, un minim energetic corespunzător unei structuri

neplanare.
 În optimizarea structurilor moleculare se face apel în general la două criterii de

convergenţă: rădăcina mediei pătratelor gradientului (root mean square-RMS) şi numărul

de cicluri folosite în procesul de optimizare.

RMS - ul gradientului este definit de relaţia:

RMS-gradient =

Este indicată terminarea procesului de optimizare pe baza RMS-ului gradientului,

care trebuie să fie cât mai mic posibil.

Numărul de cicluri necesare minimizării depind pe de o parte de structura de la

care se pleacă, dar şi de metoda de optimizare. Nu există nici un criteriu de a prevedea

numărul de cicluri necesar minimizării.

În această lucrare se va optimiza geometria carbocationilor butanului (primar,

secundar şi terţiar) cu scopul de a compara stabilitatea lor.

Fig. 1. Structura carbocationilor butanului

Se foloseşte programul wxMalMolPlt pentru proiectarea celor trei carbocationi iar

programul gamess64 pentru optimizarea geometriei carbocationilor respectivi. Pentru

realizarea acestui lucru se parcurg următoarele etape:

1. Se deschide fişierul conţinând structura carbocationului primar al butanului creat

cu ajutorul programului MacMolPlt şi se efectuează urmatoarele secvenţe:

 2. Se efectuează optimizarea geometriei moleculei prin următoarea secvenţă de

comenzi:
Start→All Programs→Accessories→Command Prompt
Se introduce următoarea secvenţă de comenzi în Command Prompt:

În urma optimizării carbocationului primar s-au obţinut următoarele valori:

Enucleară= 123.3806574876
Eelectronică= -279.7575073745
Etotală= -156.3768498869
Aceleași etape se parcurg și pentru optimizarea celorlalţi doi carbocationi, obţinându-se:
Enucleară = 121.9222303022
Eelectronică = -278.3192030467
Carbocation Etotală = -156.3969727446
secundar Enucleară = 123.1021607131
Eelectronică = -279.5232366004
Etotală = -156.4210758872
Carbocation
terţiar În concluzie, comparând energiile obţinute în urma optimizării pentru cei trei

carbocationi, rezultă că stabilitatea acestora crește astfel:

Carbocation primar Carbocation secundar Carbocation terţiar