ADN-ul poate fi falsificat

Unul dintre primele domenii in care dezvoltarea metodelor de recoltare si analizare a

ADN-ului si-a dovedit utilitatea, a fost in cel al justitiei. Mii de cazuri au fost rezolvate cu
ajutorul acestor probe de netagaduit, care dovedeau prezenta faptasului la locul crimei. Recent,
insa, cercetatorii din Israel au anuntat ca este destul de usor sa falsifici probele ADN, aruncand
astfel dubiul asupra uneia dintre cele mai importante probe in cazurile de omucidere.
Cercetatorii din Tel-Aviv au reusit sa falsifice probe de saliva si de sange care contineau ADN-ul
altui subiect. Masluirea a fost posibila prin accesarea profilului ADN intr-o baza de date, fara a fi
necesara utilizarea unui tesut sau a unei probe de sange provenita de la persoana careia i s-ar
inscena acuzatia.
“Orice student la biologie poate falsifica aceste probe”, sustine Dan Frumkin, autorul
acestui studiu. “ADN-ul este mai usor de plasat la locul faptei decat amprentele. Am creat un
sistem al justitiei care se bazeaza din ce in ce mai mult pe aceasta tehologie”, este de parere si
Tania Simoncelli, cercetator in cadrul ACLU.

A fost realizat primul “card ADN”

Este vorba despre primul card care contine examenul clinic complet al unui pacient, bazat
inclusiv pe informatii genetice, si a fost realizat de cercetatorii de la Stanford University.
Intr-o zi, poate ca toti vom avea in portofel acest cardspecial, ce-i drept inutil la bancomat, dar
care contine un tezaurfoarte pretios: profilul genetic personal, util pentru a cunoaste riscul de boli

1
si atunci cand este posibil, a le preveni. A fost realizat in premiera de o echipa de oameni de
stiinta de la Stanford University pentru un barbat in varsta de 40 de ani.
Primul examen clinic complet, bazat inclusiv pe informatiile genetice ale pacientului a
fost realizat de echipa de cercetatori condusa de Euan Ashley. Potrivit articolului aparut in
revista"Lancet", acestia au secventiat intregul ADN al barbatului, o persoana sanatoasa, dar cu o
ereditate incarcata.
Punand cap la cap toate datele, medicii au creat un card care contine toate informatiile de
relevanta clinica ale barbatului, care in urma investigatiilor a reiesit a avea un risc ridicat de
infarct, diabet si osteoartrita.

Dubla personalitate a ADN-ului

D ubla personalitate a ADN-ului ADN, genetică

Elicea dublă a ADN-ului poate lua o formă alternativă, dar funcţională, iar această
descoperire sugerează că există mai multe niveluri de informaţie înmagazinate în codul genetic,
potrivit cercetătorilor americani.
ADN-ul are un "alter ego", care de obicei rămâne ascuns, dar mai şi apare din când în
când şi pentru o perioadă scurtă de timp îi deformează bazele, conferindu-i o formă diferită.
Neaşteptata descoperire a fost făcută de o echipă decercetători de la Universitatea Michigan şi de
la Universitatea California din Irvine, care semnează împreună un articol pe această temă în
revista Nature.
Se ştia deja că, uneori, ADN-ul se poate îndoi şi "contorsiona" de o manieră neobişnuită,
dar că, în pofida acestui fapt, bazele sale rămân combinate în modul descris de James Watson şi
Francis Crick în 1953. Acum însă, datorită perfecţionării tehnicii rezonanţei magnetice,
cercetătorii conduşi de Hashim M. Al-Hashimi au reuşit să observe forme tranzitorii alternative,
în care anumite elemente ale spiralei clasice se separă şi se reasamblează în structuri stabile, dar
diferite de clasicele combinări de baze descrise de Watson-Crick.

2
 "Este ca şi cum s-ar lua jumătate din treapta unei scări şi s-ar întoarce în jos partea de sus.
În acest mod pot fi încă alăturate cele două părţi ale treptei, dar nu se mai poate spune că mai
există o pereche de baze Watson-Crick, ci cea numită uneori perechea Hoogsteen", a explicat Al-
Hashimi.
Aceste perechi de baze au fost deja observate în lanţurile duble de ADN, dar doar atunci
când molecula era legată de proteine sau de medicamente, sau când ADN-ul era deteriorat.
Studiul cercetătorilor americani arată însă că, şi în circumstanţe normale, fără influenţe din
exterior, anumite secţiuni din ADN se pot uneori deforma într-o structură alternativă, denumită
"stare excitată".
Având în vedere că interacţiunile dintre ADN şi proteine sunt direcţionate atât de
secvenţa de baze, cât şi de mişcările de flexiune a moleculei, potrivit cercetătorilor, aceste "stări
excitate" reprezintă un nou nivel de informaţie înmagazinat în codul genetic.

Din molecule de ADN se pot rezolva probleme de matematică

Folosind procesul natural de formare şi desfacere a legăturilor dintre lanţurile (catenele)

de ADN, cercetătorii de la Caltech au dezvoltat o metodă nouă şi adaptabilă de a transforma
aceste molecule în “calculatoare”. Conceptul deschide drumul spre o serie de posibile circuite
construite în întregime din ADN, capabile să rezolve probleme matematice de bază.
In celule, ADN este prezent sub forma unor perechi de catene (AND dublucatenar)
alcătuite din unităţi numite nucleotide. Fiecare nucleotidă ADN este alcătuită din grupări fosfat,
o moleculă de dezoxiriboză şi o bază azotată. Catenele dublului helix ADN sunt unite de-a
lungul lor prin legături de hidrogen între bazele azotate complementare.

3
 Intr-un prim experiment, echipa de la Caltech a utilizat un sistem format din 130 de
lanţuri de ADN, care putea calcula rădăcina pătrată a numerelor până la 15. Pentru aceasta, au
fost utilizate diferite tipuri de lanţuri AND (cu diferite secvenţe de nucleotide) reprezentând 0 şi
1. Oamenii de ştiinţă au putut folosi ADN-ul în locul numerelor binare începând din 1994, când
matematicianul Leonard Adleman a elaborate conceptul utilizării ADN-ului în calculul
computerizat. Modelul realizat de echipa Caltech conţine părţi de bază ce pot fi amestecate şi
combinate in diferite moduri, iar echipa speră că acest sistem va permite o gamă largă de calcule.
Coautorii studiului, Lulu Qian şi Eril Winfree, au utilizat abilitatea naturală a moleculelor de
ADN de a forma legături între ele (două lanţuri de ADN se ataşează unul de celălalt, pe baza
complementarităţii, formând o spirala dublu catenară) şi de a se separa prin desfacerea acestor
legături. Sistemul imaginat de cercetători include două tipuri de AND sintetic, amestecate într-o
eprubetă: molecule de ADN monocatenar şi molecule dublucatenare, dar cu o mică porţiune
"deschisă", în care legăturile sunt desfăcute, bazele azotate fiind astfel "disponibile" pentru
formarea de noi legaturi. Moleculele monocatenare de ADN plutesc în soluţie până când
întâlnesc o moleculă ADN dublucatenară a cărei porţiune deschisă prezintă un model (o
succesiune de nucleotide) complementar cu modelul moleculei monocatenare libere. Pornind de
la această porţiune, molecula monocatenară se leagă de una dintre moleculele perechii,
dislocând-o pe celalaltă şi luându-i locul. În urma acestui proces, se formează o nouă moleculă
dublucatenară şi una monocatenară. Prin proiectarea precisă a secvenţelor de ADN, echipa ar
putea adăuga în amestec molecule reprezentând 1001 în notaţie binară şi ar putea să obţină un
răspuns binar, analizând moleculele de ADN rezultate, odată ce reacţiile s-au finalizat. În acest
caz, răspunsul a fost o rădăcină pătrată: 11 în sistemul binar (sau 3 în sistemul de numeraţie
zecimal). Deoarece porţiunile de ADN pot fi proiectate astfel încât să aibă anumite secvenţe de
nucleotide, echipa a putut cu uşurinţă să realizeze un circuit pentru a face adunări sau scăderi, în
locul extragerii rădăcinii pătrate. "Este simplitatea care permite complexitate", spune Winfree,
specialist în bioinginerie. Totuşi, spre deosebire de un calculator, acest "abac din eprubetă" are
nevoie de aproape 10 ore pentru a scoate o rădăcină pătrată.
"Pe lângă utilizarea matematică, acest circuit ar putea ajuta la descoperirea unor boli prin
identificarea prezenţei unor anumite molecule din sânge", susţine Andrew Ellington, specialist în
biotehnologie la Universitatea Texas, SUA.

4
Surprinzător, proiectul celor de la Caltech "aminteşte de ceea ce face o celulă în organizarea şi
proiectarea viitorului ei", spune Adleman, de la Universitatea Southern California din
LosAngeles. Ca un supercomputer organic, celula realizează calculi similare celor realizate de
circuitele din ADN sintetic. Cea mai importantă aplicare a acestor experimente ar putea consta în
explorarea modului în care biologia transpune biţii ADN-ului în funcţii ale organismului.

AXN: ADN-ul sintetic care poate evolua

Oamenii de ştiinţă se apropie de sintetizarea formelor de viaţă în laborator, după ce au

reuşit să demonstreze că materialul genetic artificial AXN poate fi replicat în eprubetă în mod
asemănător cu ADN-ul.
Cercetătorii de la Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology, din Marea
Britanie, au demonstrat, pentru prima dată, că există o modalitate de extragere a informaţiei din
molecule genetice artificiale şi producerea lor în masă.
"Viaţa are la bază capacitatea uimitoare a ADN-ului şi ARN-ului de a stoca şi propaga
informaţii. Noi am demonstrat că funcţiile de bază ale ADN-ului şi ARN-ului pot fi reproduse",
a declarat Philipp Holliger, specialist în biologie moleculară.
Pentru a crea copii ale ADN-ului sintetic, oamenii de ştiinţă au inventat o metodă
specială. De asemenea, ei au dezvoltat o modalitatea de a crea fragmente de AXN, care
evoluează având anumite proprietăţi specifice. În mod special, ei au creat fragmente de AXN
care se pot lega de o ţintă moleculară din virusul HIV. Descoperirea ar putea crea o platformă
nouă pentru elaborarea unor medicamente care să trateze o gamă largă de boli.

ADN-ul a fost fotografiat direct, pentru prima dată

5
 În 1953, James Watson şi Francis Crick au dedus structura ADN-ului pe baza unor date
indirecte, iar modelul propus de ei s-a dovedit corect, fiind confirmat de toate descoperirile
ulterioare. Nimeni nu văzuse însă, realmente, ADN-ul, molecula în care sunt stocate toate
instrucţiunile genetice care guvernează dezvoltarea şi funcţionarea organismelor vii. Pentru
prima dată, un om de ştiinţă italian a reuşit să fotografieze direct ADN-ul, cu ajutorul unui
microscop electronic. Fotografia a fost realizată de Enzo Di Fabrizio, profesor de fizică la
Universitatea Magna Graecia din Catanzaro, Italia. Anterior, structura ADN-ului nu fusese
niciodată vizualizată direct, ci doar fusese imaginată pe baza unor date rezultate din analize
fizice şi chimice. Forma de dublu helix a moleculei ADN a fost descoperită folosind o tehnică
numită cristalografie în raze X, prin care forma unui obiect poate fi reconstituită analizând
modul în care razele X sunt reflectate de obiect.

Celebrul dublu helix nu e unica „formă de prezentare” a ADN-ului:

cercetătorii au descoperit ADN-ul cvadruplu c

Pentru prima dată, a fost descoperit în celulele umane ADN funcţional format din patru
catene, iar oamenii de ştiinţă cred că ar putea avea o legătură cu apariţia cancerului.
Celebra „moleculă a vieţii” care poartă „cifrul” nostru genetic ne este familiară sub forma
dublului helix (structură descoperită în 1953 de James Watson şi Francis Crick). Dar, recent, o
echipă de oameni de ştiinţă de la Universitatea Cambridge, Marea Britanie, a publicat în
jurnalul Nature Chemistry un articol în care arată că ADN-ul din celulele umane se poate
prezenta şi sub forma unui ansamblu de patru catene (lanţuri) de nucleotide şi afirmă ca această
configuraţie ar putea avea o legătură cu cancerul. Studiul acestei noi structuri ar putea duce la
descoperirea unor modalităţi noi de a preveni şi trata această boală. Prof. Shankar

6
Balasubramanian, care conduce studiile, a afirmat că existenţa acestor structuri ar putea fi legată
de un anumit genotip al celulei sau de anumite disfuncţionalităţi.

Lucruri surprinzătoare despre ADN

ADN-ul este molecula organică care ne face să fim toţi la fel, dar ne acordă anumite diferenţe.
Totuşi, pe cât de comun este ADN-ul, pe atât este de complicat de înțeles ca subiect.
» ADN este prescurtarea de la acidul dezoxiribonucleic.
» ADN-ul se găseşte în toate lucrurile vii.
» ADN-ul a fost prima dată izolat de Frierdich Miescher care, în anul 1869, a descoperit o
substanţă microscopică în puroiul de pe bandajele chirurgicale aruncate, pe care a numit-o
„Nucleici”.
» ADN-ul are o structură de dublu helix, ca o scară răsucită – Scara este alcătuită din două
lanţuri organice elastice, ce sunt conectate prin “trepte” numite baze: adenina (notată cu
A), citozina (C), guanina (G) si timina (T).
» Laturile “scării” ADN-ului sunt făcute din zahăr şi molecule de fosfat.
» 1 milion de baze (adică o mega bază) din secvenţa de date din ADN este echivalent cu 1
megabyte de spaţiu de stocare a datelor pe calculator.
» Întreaga noastră secvenţă de ADN este numită genom – sunt estimate 3.000.000.000 de
genomi în ADN-ul nostru. O secvenţă completă de 3 miliarde ar avea nevoie de 3 gigabytes de
spaţiu de stocare.
» Dacă ai desface tot ADN-ul pe care îl ai în celule, ai putea ajunge pe Lună în 6000 de ore.
» 99,5% din secvenţa noastră ADN este aceeaşi cu a celorlalţi oameni.
» Această diferenţă de ADN de 0,5% dintre noi are de-a face cu numărul de nucleotide din
ADN-ul unei persoane. Când ADN-ul este copiat într-o nouă viaţă, nucleotidele fie se
acumulează, fie se pierd în proces. Din această acumulare sau pierdere rezultă diferenţele.
» 50 de ani – i-ar lua unei persoane care tasteză 60 de cuvinte pe minut, 8 ore pe zi, pentru a
scrie genomul uman.
» În 2000, un proiect dur al unei hărţi al întregului genom uman (o secvenţă ADN completă) a
fost finalizată, iar în 2003 proiectul a fost finalizat. Aceste informaţii sunt folosite pentru a
înţelege mai bine cauzele şi funcţiile bolii şi să creeze o mai bună medicină preventivă.

7
» Fraţii împart 50% din genele lor, aşa cum împarte un părinte cu copilul său.
» Maimuţele şi oamenii împart undeva în jur de 94 – 99% din ADN-ul lor.
» Conform cercetărilor recente, oamenii au între 1 şi 4% din ADN-ul neanderthalienilor (*este
fie o specie fosilă de hominid, fie, după alți cercetători, o subspecie »Homo sapiens
neanderthaliensis» a speciei Homo sapiens, al cărei areal acoperea Europa precum și părți ale
Asiei de Vest, extinzându-se pe o perioadă de timp cuprinsă aproximativ între 230.000 și 29.000
de ani înaintea contemporaneității).
» Secvenţa obţinută în cadrul proiectului “Genomului uman” este considerată un bun al întregii
umanităţi, astfel că ea a fost depusă în baza de date a Genbank de la NCBI (U.S. National
Center for Biotechnology Information).

Istoricul proiectului Genomului Uman (HGP)

S-a demonstrat experimental că genele sunt alcătuite din ADN şi că deţin informaţia
ereditară, care determină sinteza unor molecule funcţionale de ARN şi/sau proteine, utilizate
pentru realizarea caracterelor morfologice şi funcţionale ale organismului. Fiecare catenă este
formată prin polimerizarea a patru tipuri de dezoxiribonucleotide, ce conţin baze azotate purinice
– adenina (A) şi guanina (G) – şi pirimidinice: timina (T) şi citozina (C). Cele două catene sunt
legate prin bazele azotate, în mod complementar: o bază purinică cu o bază pirimidinică şi
întotdeauna A–T şi G–C.
Informaţia ereditară conţinută în genele din ADN este reprezentată de secvenţa sau
succesiunea nucleotidelor. Această informaţie este codificată şi, în codul genetic, un grup de trei
nucleotide adiacente (triplet sau codon) semnifică un anumit aminoacid din structura proteinei
(de exemplu, CGA arginina). Procesul de sinteză proteică presupune o primă etapă
de transcripţie în care informaţia din ADN este copiată („în acelaşi limbaj“ al acizilor nucleici)
în ARN mesager (ARNm) şi apoi secvenţa de codoni a ARNm este decodificată (translaţie) într-
o secvenţă de aminoacizi, specifică unui polipeptid.
În genetica moleculară, prin genom se înţelege astăzi ansamblul informaţiei ereditare din
moleculele de ADN ale unei celule/organism, situată în marea ei majoritate (99,5%) în
cromozomii1 din nucleu, dar şi în mitocondrii (0,5%); există deci un genom nuclear, mare şi
complex, şi un genom mitocondrial, mic şi simplu (secvenţiat în 1981). Uzual, termenul

8
de genom uman se foloseşte cu precădere pentru ADN cromozomial din nucleu, deosebindu-se
un genom diploid (caracteristic celor 46 de cromozomi din nucleul celulelor somatice) şi un
genom haploid (corespunzător celor 23 de cromozomi din gameţi).
Genotipul uman este alcatuit din 80.000-100.000 de gene ce insumeaza in jur de 3
miliarde de nucleotide. Aceasta complexitate este ilustrata si de capacitatea organismului uman
de a sintetiza aproximativ 80.000 de proteine diferite.
Genele umane variaza intre limite largi ca lungime, cuprinzand adesea sute de baze insa
doar despre aprox. 10% din genom se stie ca include secventele codificatoare ale proteinelor
(exoni). Intercalate cu genele se gasesc numeroase secvente noninformationale (introni). Aflarea
de noi informatii asupra structurii genelor si a functiilor acestora impunea o cunoastere detaliata
a codului genetic. Astfel a demarat Proiectul Genomului.
Cunoştinţele despre genomul uman au depins de-a lungul timpului de metodele
disponibile într-o anumită perioadă. Descoperirea tehnologiei ADN recombinant (prezentată
într-un articol anterior) – bazată pe secţionarea ADN cu enzime de restricţie, amplificarea (prin
clonare celulară sau acelulară – PCR), secvenţierea şi hibridizarea ADN – a marcat începutul
unei perioade revoluţionare în genetică şi medicină.
În 1980, a apărut ideea secvenţierii întregului genom uman, care treptat a început să
prindă contur, sub forma Proiectului Genomul Uman (PGU), probabil cel mai amplu şi mai
scump proiect de cercetare biomedicală internaţională. Lansat în 1990, pentru o durată de 15 ani,
PGU a avut ca obiective principale determinarea secvenţei nucleotidice complete a ADN nuclear
(dintr-un set haploid de 22 autozomi, plus X şi Y – numit şi „genom de referinţă“) şi
identificarea, localizarea şi analiza funcţiei genelor ce alcătuiesc genomul uman. În esenţă, se
spera că prin cunoaşterea aprofundată a „anatomiei şi fiziologiei“ genomului uman (denumit
metaforic „cartea vieţii“) se vor putea afla multe date importante pentru biologie, în general, şi
pentru medicină, în special. Marcatorul este orice sectiune scurta a unui ADN care poate fi
recunoscuta printr-o sectiune asociata a carei secventa este cunoscuta. Din cauza modului in care
sunt legate cele doua spirale ale ADN-ului, fiecare segment are un singur complement. Daca acel
complement este dat, segmentul poate fi recunoscut. Exista deja banci de gene care detin
complementele unor secvente cunoscute de ADN. Primii doi ani au fost consacrati gasirii acestor
marcatori-index. Cercetarile au avut utilitate imediata, ducand la crearea unei harti mai detaliate
si usurand munca de cautare a unei anumite gene.

9
 Obiectivele principale ale acestui program au fost:
•sa identifice cele aproximativ 100.000 de gene din ADN-ul uman
•sa determine secventa celor 3 miliarde de perechi de baze azotate ce alcatuiesc ADN-ul uman,
cu precizia de o eroare estimata/10.000 de baze
•stocarea informatiei obtinute intr-o baza de date
•dezvoltarea metodelor si tehnologiilor pentru studiul acestor date
•sa dea raspunsuri problemelor etice, legale si sociale care pot aparea in urma studiilor.
Acest prim succes a determinat cresterea numarului de participanti la HGP, implicandu-
se europenii (centrul Sanger din Marea Britanie, laboratoare din Franta si Germania) si Japonia.
O data cu atingerea acestui scop intermediar (o ”ciorna” a proiectului) s-a stabilit o noua directie
de cercetare: identificarea variatiilor individuale ale genomului uman.
Chiar daca 99,5% din secventele de ADN sunt identice la toata populatia, micile variatii
pot avea un impact major asupra raspunsului la diferitele boli, rezistenta la bacterii, virusi, toxine
si substante chimice, precum si la tratamentele medicamentoase.
Se dezvolta metode pentru a detecta diferitele tipuri de variatii, in special cele de tip SNP
(single nucleotide polymorphism) care apar cu o frecventa de 1/250 de baze. Cercetatorii spera
ca aceste studii sa ajute la identificarea corelata a genelor asociate cu boli complexe ca diabetul,
cancerul, afectiunile vasculare si unele boli mintale. Aceste corelari sunt greu de stabilit cu
metode traditionale de ”vanare” a genelor deoarece o singura gena alterata isi poate aduce doar o
mica contributie la riscul de boala.
Primul plan cincinal (1990-1995) a fost revizuit in 1993 datorita progreselor neasteptate.
Un al doilea plan a stabilit obiectivele proiectului pana in 1998. Al treilea si cel mai recent a fost
stabilit la 23 octombrie 1998 in urma unei conferinte internationale. Complexitatea extraordinara
a proiectului face necesara participarea cercetatorilor din domenii variate: biologie, informatica,
chimie, matematica, fizica, inginerie aplicata, etc.
Una din noile metode de cercetare o constituie studiul comparat al genotipurilor.
Functiile genelor umane si a altor zone ale ADN-ului sunt deseori puse in evidenta prin
studiul comparat al secventelor corespunzatoare la alte specii. Pentru asemenea comparatii,
cercetatorii au obtinut secvente complete pentru speciile: Escherichia coli, Saccharomyces
cerevisiae si Caenorhabditis elegans, genotipurile Drosophilei si a soarecelui de laborator.

10
 Toate acestea constituie pasi importanti in biologie, savantii comparand genotipuri
complete, ceea ce va duce la noi puncte de vedere asupra evolutiei biochimice, a meta-
bolismului si a fiziologiei. De asemenea, cercetarile vor duce la noi metode de analiza a
proteinelor si explicarea mecanismului mutatiilor.
In prezent 18 tari participa activ la proiect. Recent si China s-a alaturat acestui effort
international. Munca a fost impartita astfel incat fiecare grup de cercetare are de studiat cate un
cromozom sau set de cromozomi. S-au incheiat acorduri pentru utilizarea unui limbaj si a unor
instrumente comune pentru a usura schimbul de informatii atat de necesar.
Se prevedea ca pana in 2009 tranzactiile avand ca obiect produse si tehnologii pe baza de ADN
vor ajunge la 45 de miliarde $ anual. De aici si atentia sporita acordata studiilor in domeniu.
Aplicatii prezente si potentiale ale cercetarilor HGP
•Medicina moleculara
–diagnostic imbunatatit
–detectarea din timp a predispozitiei spre o anumita boala
–terapie genica avansata
–control mai eficient al actiunii medicamentelor
Tehnologiile promovate de HGP incep sa aiba un impact profund asupra cercetarii
biomedicale si promit sa revolutioneze un spectru larg al cercetarii biologice si medicinii clinice.
Hartile cromozomiale de mai mare acuratete au ajutat la localizarea genelor implicate in
numeroase boli genetice (distrofia myotonica, Alzheimer, unele cancere genetice).
Noua medicina moleculara se va caracteriza nu atat prin tratarea simptomelor cat prin
cautarea cauzelor fundamentale ale bolii. Noi medicamente si inlocuirea genelor defecte prin
terapie genica vor deschide alte perspective in tratamentul unor boli azi incurabile.
•Microbiologie
In 1994 a aparut MGP (Microbial Genome Project) care are ca scop identificarea
sistemelor microbiologice cu potential util (sisteme fotosintetizatoare, organisme care pot
metaboliza deseuri, enzime care pot mari randamentul unor procese industriale, biocombustibili,
etc.). Aplicatiile actuale sunt dintre cele mai diverse: agenti coagulanti in industria branzeturilor,
inalbirea hartiei, indepartarea rujului de pe pahare, schimbarea aspectului tesaturilor,
antiaglutinogeni in industria alimentara.

11
Deasemenea, se va ajunge la o intelegere aprofundata a interactiunilor biologice si la
determinarea punctelor critice din ecosisteme.
•Bioarheologie si antropologie
–corelare cu diferitele evenimente istorice
–urmarirea migratiilor umane pe baza studierii cromozomului Y
–noi date despre relatiile intre archaebacterii-eucariote-procariote
•Medicina legala
–identificarea suspectilor pe baza probelor biologice
–identificarea victimelor catastrofelor/crimelor
–stabilirea paternitatii si a altor relatii de rudenie
•Diferite identificari
–gasirea speciilor in pericol pe baza analizei genetice
–identificarea bacteriilor/organismelor care pot polua apa,aerul,solul,hrana.
–compatibilitatea donor-primitor de organe
–pedigree pentru diferite animale
–autentificarea vinurilor,a caviarului…
•Agricultura, cresterea animalelor, bioprocesare
–obtinerea de culturi mai rezistente la boli, insecte, seceta
–animale mai productive si mai sanatoase
–biopesticide
–obtinerea de produse mai nutritive
–incorporarea unor vaccinuri in mancare
–organisme transgenice si mutatii controlate
–depoluarea zonelor prin cultivarea plantelor modificate genetic si care au capacitatea
de a metaboliza toxinele.
Realizarea proiectului s-a confruntat cu două mari probleme: • probleme tehnice şi
logistice ale procesului de secvenţiere, ţinând cont de mărimea genomului uman (3,2 miliarde de
nucleotide), heterogenitatea structurii sale (secvenţele repetitive sunt foarte abundente),
complexitatea şi diversitatea elementelor structurale • probleme biologice foarte dificile deoarece
sub aparenta simplitate a unor structuri unidimensionale se ascunde un conţinut informaţional
foarte complex, care trebuia descifrat.

12
 Determinarea secvenţei genomului uman sau stabilirea ordinii „liniare“ a nucleotidelor
din ADN a implicat trei etape majore: • secvenţierea unor fragmente mici (circa 800 de
nucleotide) de ADN (obţinute prin secţionare aleatorie a ADN cromozomial), comparabilă
cu „fabricarea elementelor unui puzzle“ • asamblarea genomului – cu ajutorul unor programe
computerizate care ordonează, orientează şi asamblează secvenţele segmentelor mici în secvenţe
continue din ce în ce mai mari, pentru a crea reprezentarea originală a cromozomului din care
derivă; asamblarea genomului este comparabilă cu „reconstituirea unui puzzle“• adnotarea
genomului – efectuată în doi timpi: (1) identificarea şi localizarea elementelor structurale ale
genomului (gene2 cu regiuni codante, necodante şi reglatoare; regiuni intergenice etc.)
sau adnotarea structurală; (2) ataşarea informaţiei biologice (funcţie şi expresie) la aceste
elemente sau adnotarea funcţională; adnotarea genomului este comparabilă cu „descifrarea unui
text neinteligibil“.
O primă „schiţă de lucru“ a genomului uman, încheiată în iunie 2000, a fost publicată la
15 februarie 2001. Era, firesc, incompletă şi imperfectă dar pentru prima oară era posibilă o
perspectivă clară asupra structurii genomului uman. Versiunea iniţială a fost ulterior
îmbunătăţită, iar la 14 aprilie 2003 (sărbătorind 50 de ani de la descoperirea structurii ADN), cu
doi ani mai devreme decât era planificat, a fost anunţată prima „versiune finisată“ (precizie de
99,9%), aproape completă a genomului uman, „inaugurându-se oficial era genomicii“; ea a fost
publicată în 2004 şi este accesibilă gratuit pe internet. Versiunea finisată cuprindea secvenţa
foarte precisă a circa 93% din genomul uman (2,85 miliarde de nucleotide dintr-un total estimat
la 3,2 miliarde), ce corespunde la 99% din eucromatină, partea „activă“ a genomului (au rămas
nesecvenţiate cca 1% din eucromatină şi cca 6% din regiunile de heterocromatină, partea
„inactivă“, care foarte probabil nu conţine gene). Finalizarea PGU a reprezentat o etapă
fundamentală în progresul medicinii şi înţelegerea biologiei şi evoluţiei umane, care inaugurează
era medicinii genomice.
După publicarea (2004) versiunii finisate a genomului uman, a urmat resecvenţierea cu
noi tehnici a fiecărui cromozom iar în 2007 secvenţierea întregului genom uman a fost declarată
„încheiată“, deşi, evident, vor continua alte finisări. Ne găsim acum în etapa de adnotare
structurală şi, mai ales, funcţională a genomului uman sau faza de „exploatare“ – un proces
complex, dificil şi de lungă durată, deoarece presupune „decriptarea“ secvenţei liniare a

13
genomului uman, necesară pentru a da „un sens“ şi a interpreta semnificaţia diferitelor categorii
de secvenţe („elemente“) genomice.
Ca şi alte proiecte celebre („un om în spaţiu“ sau „oameni pe Lună“), care au
reprezentat o extraordinară victorie a spiritului de cunoaştere şi a inteligenţei umane, generând
numeroase descoperiri ştiinţifice care au marcat definitiv umanitatea, PGU a produs „o explozie“
de tehnici performante şi începutul unor mari descoperiri medicale. În ultimii zece ani s-au
implementat: hibridizarea simultană (paralelă) multiplă cu mii de sonde oligonucleotidice diferite
imobilizate pe microreţele (cip ADN), tehnicile de secvenţiere a ADN de generaţia doua şi a
treia, analiza expresiei genelor, inclusiv prin tehnici de „manipulare genetică“ (inactivarea
selectivă a unor gene). Randamentul crescut şi costurile mai mici ale noilor metode de analiză
genomică au permis studiul genomurilor personale (diploide) la persoane sănătoase sau bolnave
(mai ales în diferite tipuri de cancere) şi lansarea unor noi proiecte de studiu al funcţiei şi
variaţiilor genomului uman.
Viitorul genomicii umane a fost definit de Francis Collins şi colab. pe trei domenii
interdependente, fundamentate pe baza descoperirilor PGU: • genomică şi biologie –
identificarea tuturor componentelor structurale şi funcţionale, reconstituirea reţelelor genice şi
proteice şi elucidarea rolului lor în determinismul fenotipurilor, catalogarea variaţiilor ereditare
ale genomnului („variom“), identificarea mecanismelor moleculare ale evoluţiei, prin
compararea genomurilor diferitelor specii • genomică şi sănătate – identificarea factorilor
genomici ce determină boli, precum şi susceptibilitatea/ rezistenţa la boli („teste predictive“) sau
sensibilitatea şi răspunsul individual la medicamente („terapie personalizată“); depistarea
precoce a bolilor prin teste genomice (aplicate inclusiv prenatal); dezvoltarea unor noi
medicamente • genomică şi societate –precizarea opţiunilor politice şi etice privind accesul şi
folosirea genomicii în context medical şi nemedical (prevenirea discriminării genetice).
Deşi unele detalii se vor schimba, există multe puncte clare privind structura şi
organizarea genomului uman. De aceea, în prezentarea viitoare a marilor „surprize“ generate de
PGU, vom ţine cont în special de elementele certe, care se constituie deja în progrese decisive ale
cunoaşterii biomedicale.

14
Programele oxDNA si oxRNA

oxDNA este un cod de simulare inițial dezvoltat pentru implementarea modelului ADN
cu granulație grosieră introdus de T. E. Ouldridge, J.P. K. Doye și A.A. Louis. De atunci a fost
redeschis și acum este un cadru de simulare și analiză extensibilă. Aceasta susține nativ
simulările ADN (oxDNA și oxDNA2) și ARN (oxRNA) atât pe procesoare, cât și pe GPU-uri
NVIDIA.
Codul implementează Monte Carlo și Molecular Dynamics. Dezvoltatorii sunt L.
Rovigatti, F. Romano, P. Šulc, B. Snodin, F. Randisi și T. E. Ouldridge în grupurile Doye și
Louis de la Universitatea din Oxford. În plus, simulările Molecular Dynamics care modelează
nanoparticule legate de ADN au fost implementate de J. Hendricks, T. Fochtman și B. Walcutt în
grupul Patitz de la Universitatea din Arkansas.
Modelele oxDNA și oxRNA sunt destinate să ofere o reprezentare fizică a proprietăților
termodinamice și mecanice ale ADN-ului și a ARN-ului monocatenar și dublu-catenar, precum
și a tranziției dintre cele două. În același timp, reprezentarea ADN și ARN este suficient de
simplă pentru a permite accesul la procesele de asamblare care au loc pe perioade lungi de timp,
dincolo de simulările atomice. Printre exemplele de bază se numără formarea duplexului de la un
singur fir și plierea unei singure fire auto-complementare într-un ac de păr. Acestea sunt
procesele care stau la baza domeniului nanotehnologiei ADN-ului și a nanotehnologiei ARN,
precum și a multor utilizări biofizice ale ADN / ARN, care permit modelul să fie folosit pentru a
înțelege aceste sisteme fascinante.
De asemenea, există o implementare a modelelor oxDNA și oxDNA2 pentru LAMMPS
în pachetul USER-CGDNA, dezvoltat de Oliver Henrich (cu ajutorul lui Tom E. Ouldridge, F.
Romano și L. Rovigatti). Codul vine cu orice descărcare regulată din depozitul central
LAMMPS.

http://unafold.rna.albany.edu/ Serverul web UNAFold (Unified Nucleic Acid Folding and

hybridization package)
este o combinație de două servere web existente: mfold & DINAMelt. Scopul acestui site web
este de a integra serverele existente și de a se extinde prin dezvoltarea de algoritmi și software
care să ofere noi servicii comunității științifice.

15
Aplicatii:
Homodimer simulations

Hybridization of two different strands of DNA or RNA

Quikfold

Two-state melting (hybridization)

Two-state melting (folding)

Zipfold

https://www.youtube.com/watch?v=Wi2eFjnPQqY

Analize pentru ARN date:

https://galaxyproject.org/tutorials/rb_rnaseq/
https://vimeo.com/163625221
http://molbiol-tools.ca/
http://www-labgtp.na.icar.cnr.it/VAR2GO/

16