În decursul celui de al doilea Război Mondial, un al doilea val de
emigranți s-a produs, sub auspiciile societății evreiești „Aliyah” (condusă de Șmuel Leibovici și de Eugen Meissner) în vremea prigoanei antonesciene și imediat după lovitura de stat de la 23 august 1944. Evreii care plecau atunci trebuiau să-și lase toate bunurile și toți banii, și călătoreau în condiții de război, unii pierind în aceste tentative (cazul navei „Struma”, torpilată de submarinul sovietic ȘC-213 din clasa „Știuca” : toți pasagerii, peste 700, precum și echipajul, s-au încecat în Marea Neagră, cu excepția unuia singur, David Stoliar). În perioada antonesciană au părăsit România circa 60.000 de evrei iar după după 23 august 1944 încă aproximativ 120.000, dintre care mulți nu au putut intra în Palestina deoarece până la 12 septembrie 1944 autoritățile britanice îi socoteau „cetățeni ai unei țări inamice” și oricum se opuneau imigrării evreiești inclusiv după 12 septembrie : după multe dificultăți, majoritatea au ajuns, în general, în Statele Unite și Franța. Evreii basarabeni (în majoritate evrei ruși) care supravițuiseră holocaustului (circa 130.000) au devenit definitiv sovietici în 1944.
Al treilea și ultimul val de emigranți s-a produs în deceniul 1945-1955,
sub regimul comunist, când circa 166.400 de evrei români s-au stabilit în Israel. Și aceștia au trebuit să-și abandoneze bunurile, și au trebuit să plătească (sau să plătească Israelul pentru ei) taxe proporționale cu nivelul de studii, care era în general ridicat. Dintre cei 756.930 evrei recenzați în România în 1930 (441.293 în 1941 fără nordul Transilvaniei, aproximativ 250.000 în toamna 1944 fără nordul Transilvaniei și Bucovinei, și fără Basarabia), în 1956 mai rămăseseră în Republica Populară Română 146.274 evrei care au continuat să plece : în 1970 mai erau încă 24.667, în 1992 un număr de 9.670 iar în 2002 doar 6.179. Plecarea evreilor basarabeni a fost mai târzie, valul producându-se în deceniul 1980-1990 ca pentru ceilalți evrei sovietici.