CT

RMN

Formate de imagini
NUCLEAR

Laborator 3
US

TSI
 CT Conținut

• Formate medicale:
RMN ▪ Dicom
▪ Analyze
▪ Nifti
NUCLEAR • Formate comune:
▪ RAW
▪ TIFF
US ▪ BMP
▪ JPEG
TSI ▪ PNG
• Instrucțiuni Python
 CT Formate medicale

RMN 1. Formate pentru stadardizarea imaginilor

generate de dispozitivele de diagnosticare
• DICOM

NUCLEAR
2. Formate pentru facilitarea postprocesării și
analizei:
US
• Analyze
• Nifti

TSI
 CT Formate medicale. DICOM

RMN

NUCLEAR
Siemens CT Scan Machine Philips Digital Radiography System

US

TSI OKI DICOM Printer AGFA PACS System

 CT Formate medicale. DICOM

▪ 1985 – Standardul ACR-NEMA

RMN
• nu comunică în rețea
• diferite protocoale de comunicații în funcție de
producători
▪ 1993 – publicat Standardul DICOM
NUCLEAR
▪ 1995 – DICOM recunoscut în Europa

US

TSI
 CT Formate medicale. DICOM
DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine)
Obiectiv: platformă disponibilă publicului larg pentru comunicarea
RMN imaginilor medicale și a datelor conexe
+ susținerea rețelelor PACS și garantarea interoperabilității
între diferite programe și dispozitive DICOM
Facilități:
NUCLEAR • Elaborarea Păstrarea Afișarea Procesarea

Imaginilor medicale și
US
Documentelor derivate structurate

Trimiterea Preluarea Interogarea Printarea

TSI • Gestionarea fluxului de lucru
 CT Formate medicale. DICOM
Structură fișier DICOM
Extensie: .dcm
[1]
Tipuri de date: int, uint (8b,
RMN
16b, 32b)

Standard vs Implementare

NUCLEAR Standard: modalitățile de codare

și transfer a imaginilor
medicale și a informațiilor
asociate
US

Implementare: transpunerea în
practică a modalității de
TSI
vizualizare a fișierelor DICOM

[1] Varma DR. Managing DICOM images: Tips and tricks for the radiologist. The Indian Journal of Radiology & Imaging. 2012;22(1):4-13.
 CT Formate medicale. DICOM
Structura Data Element
tag: - Eticheta informației conținute
RMN - Identificator unic al Data Elementului
- Group Number (2B)+Element Number(2B)
VR (value representation): tipul datei și dimensiunea corespunzătoare unui
Data Element. Conține și VM (Multiplicitatea Volorii) de câte ori poate
fi specificată o anumită etichetă
NUCLEAR Value Length: 16 sau 32 biți, în funcție de reprezentarea valorii: implicită
sau explicită
Value Field: număr impar de
octeți conținând valorile Data
US
Element-ului

Data elemente în funcție de

TSI investigație:
https://dicom.innolitics.com/ciods/x-ray-
radiofluoroscopic-image
 CT DICOM. Exemple de etichete
Tag Name VR VM
(0008,0008) Image Type CS 1-n
RMN (0008,0012) Instance Creation Date DA 1
(0010,0010) Patient’s Name PN 1
(0010,0020) Patient ID LO 1
(0010,0030) Patient’s Birth Date DA 1
NUCLEAR (0010,0040) Patient Sex CS 1
(0018,0015) Body Part Examined CS 1
(0018,1050) Spatial Resolution DS 1
US (0028,0005) Image Dimensions US 1
(0028,0010) Rows US 1
(0028,0011) Columns US 1
TSI
(0028,0012) Planes US 1
(0028,0031) Zoom Factor DS 1
 CT DICOM. Extragere Informație din fișier

• Verifică existența caracterelor D, I, C, M;

RMN

• Stabilirea tipului VR;

NUCLEAR • Stabilirea ordonării octeților (BigEndian,

LittleEndian);

US
• Căutarea unui tag în fișierul DICOM;

TSI • Extragerea valorii corespunzătoare acelui tag.

 DICOM. Algoritm de extragere imagini
CT

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Formate medicale pt. postprocesare
1. Analyze [1]
RMN • Extensie: .img, .hdr
• Tipuri de date: uint8, int (16b,32b), float (32b, 64b),
complex (64b)
• Proiectat pentru stocarea datelor multidimensionale
(un fișier poate stoca date 3D sau 4D)
NUCLEAR • .img - valorile voxelilor (voxel = pixel volumetric)
• .hdr - metadate
2. Nifti [2]
• Extensie: .nii
US
• Tipuri de date: int sau uint(8-64b), float (32–128b),
complex (64-256b)
• Analyze adaptat pentru neuroimagistică
TSI

[1] http://www.celebisoftware.com/File_Formats/analyze.aspx
[2] https://brainder.org/2012/09/23/the-nifti-file-format/
 CT Formate comune (1)
1. RAW [1]
• Extensie: .raw, .cr2, .nef, .orf, .sr2, etc.
RMN
• Fișiere neprocesate, informația obținuta direct de
dispozitiv fară procesări suplimentare
2. TIFF [2]
• Extensie: .tif, .tiff
NUCLEAR • Imagine de calitate înaltă, cu sau fără compresie (cu
– compresie fără pierderi)
• 1-n plane
• Poate conține plan de transparență
US
3. BMP (Bitmap)[3]
• Extensie: .bmp
• Imagine de calitate înaltă fără compresie
TSI
• Dezvoltat de Microsoft pt. Windows
• Se preferă înlocuirea cu tif [1] https://en.wikipedia.org/wiki/Raw_image_format
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/TIFF
[3] https://en.wikipedia.org/wiki/BMP_file_format
 CT Formate comune (2)
4. JPEG
• Extensie: .jpg, .jpeg
RMN
• Imagine de calitate slabă, cu compresie cu pierderi
• 3 plane
• Tip de date: uint8
• Obs. Există și .jp2 (jpeg 2000) compresie fară pierderi
NUCLEAR 5. PNG (Portable Network Graphics)
• Extensie:.png
• Imagine de calitate bună, compresie fără pierderi
• 1-4 plane
US
• Tip de date: float [0-1]
• Poate avea plan de transparență
• Folosit în special în web
TSI
 CT Instrucțiuni Python
Citire fișiere DICOM (.dcm):
• Biblioteca pydicom
RMN
• Citire fișier dicom: mydcm = dicom.read_file(cale_dcm)
• Citire imagine dicom: dcm_img = mydcm.pixel_array

Citire fișiere NIFTI (.nii.gz) [1]:

NUCLEAR • Biblioteca nibabel
• Citire fișier nifti: mynii = nibabel.load(cale_niigz)
• Citire imagine nifti: nii_img = np.array(mynii.dataobj)

US
Citire fișiere TIFF, PNG, BMP, JPEG:
• import matplotlib.pyplot as plt; myimg = plt.imread(cale_file)
• from PIL import Image; myimg = Image.open(cale_file)

TSI

[1] https://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html https://nipy.org/nibabel/nifti_images.html