O caracteristică esenţială şi fundamental a organismelor vii este şi schimbul de substanţe şi
energie, ceea ce cuprinde atât totalitatea proceselor de preluare şi eliminare de substanţe şi energie din şi în mediu, cât şi procesele de transport şi prelucrare ale acestora în interiorul organismului. La toate organismele vii (şi la toate nivelele de organizare vii, începând de la celulă), aceste procese derulează asemănător, şi anume pas cu pas şi într-o anumită ordine, la nivelul fiecărei celule vii, fiind reglaţi de enzime, în zone celulare bine determinate (citoplasma, organite celulare). Au loc laolaltă şi în paralel atât procese consumatoare, cât şi eliberatoare de energie, aceste două aspecte ale metabolismului fiind definite şi denumite ca şi asimilaţie (anabolism) şi disimilaţie (catabolism). Asimilaţia constă din preluarea substanţelor (străine de corp) din mediu, cu consum de energie proprie şi transformarea treptată a acestora în substanţe proprii (pentru construcţia proprie a celulelor / organismului – substanţe cu rol structural / plastic: proteine şi pentru alcătuirea depozitelor de substanţe în vederea eliberării energiei – substanţe energetic: glucide şi lipide). Se disting două forme de asimilaţie: autotrofă şi heterotrofă. Asimilaţia autotrofă este de două tipuri: fotosinteză şi chemosinteză. Asimilaţia autotrofă şi heterotrofă în lumea vie sunt procese interdependente. Despre asimilaţie autotrofă vorbim când substanţele preluate din mediu sunt anorganice. Acest tip de asimilaţie este caracteristică plantelor verzi, algelor albastre (din regnul Monera) şi bacteriilor chemosintetizante. Organismele autotrofe utilizează sursă de energie externă pentru transformarea substanţelor anorganice preluate din mediu în substanţe organice (proprii, care ulterior devin sursa de materie primă pentru toate celelalte organisme heterotrofe). Sursa de energie utilizată pentru sinteza substanţelor organice în cazul fotosintezei este energia luminoasă, şi energia chimică în cazul chemosintezei. Când organismele vii preiau din mediu substanţe organice (sintetizate de cele autotrofe), vorbim despre asimilaţie heterotrofă. Acest tip de nutriţie este caracteristică majorităţii bacteriilor, ciupercilor şi animalelor. Organismele heterotrofe preiau din mediu substanţe organice (sintetizate de organism autotrofe), pe care şi le transform în subtanţe organice proprii, folosind pentru aceste transformări chiar de energia înmagazinată în aceastea. În cursul proceselor de disimilaţie (procese descompunătoare / catabolice) se eliberează energia din substanţele organice proprii (glucide şi lipide). Descompunerea acestor substanţe poate fi totală, prin oxidarea lor completă (consum de O 2) până la substanţe anorganice (printre care CO 2 şi H2O), cu eliberarea întregii energii înmagazinate, în acest caz vorbim despre respiraţie (aerobă), ceea ce caracterizează absoluta majoritate a aorganismelor vii. O mică parte de organism (unele bacteria şi unele ciuperci) nu descompun substanţele organice proprii până la stadiul final de substanţe anorganice, ci numai până la compuşi organici intermediari (care încă mai înmagazinează energie ce se poate elibera în descompunere ulteriaoră), şi cu eliberare de cantitate mică de energie. Acest tip de disimilaţie se numeşte fermentaţie. În funcţie de produsul final acesta poate fi alcoolică, acetic, lactic, butirică. În urma fermentaţiei, pe lîngă substanţa organic intermediară se produce şi CO 2, iar apă niciodată. Fermentaţia poate să aibă loc în prezenţa sau în absenţa O 2. Asimilaţia şi disimilaţia sunt procese antagonice, care se derulează la toate organismele vii în parallel, sunt în echilibru dinamic şi sunt interdependente. Fără ele viaţa nu ar fi posibilă. În creşterea organismelor predomină procesele constructive (anabolice) de asimilaţie, iar în îmbătrinire predomină cele destructive (catabolice), de disimilaţie. În prezenţa luminii procesele catabolice ale plantelor sunt “mascate” de cele asimilatoare, fotosinteza având un randament mai mare decât respiraţia, ceea ce face posibilă asigurării substanţelor organice şi O2 pentru toate organismele vii.