BIOCHIMIE

Ce este biochimia????

BIOCHIMIA = ştiinţa care studiază compoziţia şi procesele chimice ale

materiei vii;

-este o ştiinţă modernă, cu caracter complex, care are drept material de studiu
materia vie şi fenomenele specifice acesteia, din punct de vedere al
organizării, compoziţiei şi structurii biomoleculelor componente, precum
şi al proceselor complexe de transformare a acestora, în corelaţie cu
efectele energetice asociate reacţiilor metabolice.
• BIOCHIMIA descrie:
• structura şi proprietăţile compuşilor materiei vii;
• transformările acestor compuşi în organism;
• relaţiile între diferitele etape metabolice.
Obiective ale cursului
• Recunoașterea și definirea unor termeni specifici biochimiei.

• Cunoașterea principalelor clase de constituenţi structurali ai lumii vii.

• Cunoaşterea mecanismelor de biosinteză şi degradare care au loc în natură.

• Înţelegerea mecanismelor biocatalitice ce guvernează procesele metabolice și

degradative prezente în natură.
 Istoria biochimiei
-poate fi considerata ca incepand cu lucrarea “Lifetime” a lui Philippus Aureolus Paracelsus
(1493–1541)-medic si alchimist suedez – care proclama “Procesele vitale sunt în esență de natură
chimică și bolile pot fi vindecate prin medicamente”.

-Karl Wilhelm Scheele (1742–1786)-un farmacist suedez,care descopera compozitia chimica a

unor materiale de origine vegetala si animala. Izoleaza acidul citric din sucul de lamaie, acidul lactic
din laptele acru, acidul malic din mere si acidul uric din urina.

-Antoine Lavoisier (1743–1794), chimist francez dezvolta conceptul de oxidare si clarifica natura
respiratiei animale. El concluzioneaza ca respiratia este echivalenta combustiei si desi este mai
lenta nu este esential diferita de aceasta. Este considerat parintele biochimiei moderne.

-in 1828, Friedrich Wöhler, chimist german, sintetizeaza ureea, substanta de natura biologica din
cianat de amoniu (compus anorganic).

-Pierre Eugene Marcellin Berthellot (1827–1907) –chimist francez a sintetizat o serie de compusi
organici (alcool metilic, alcool etilic, metan, benzen, acetilena) din compusi anorganici.

-Hermann Emil Fischer (1852-1919)-biochimist german -a studiat structurile carbohidratilor,

aminoacizilor și grăsimilor.

-Claude Bernard (1813–1878) – descopera glicogenul din ficat si relatia glucidelor din sange cu
starea de sanatate.

.
-Louis Pasteur (1822–1895) –microbiolog francez studiaza procesele de fermentatie,
izoleaza cateva organisme capabile de a produce fermentatia si introduce conceptele de
organisme aerobe si anaerobe.

-Soren Sörensen (1868–1939)-chimist danez, dezvolta conceptul de pH;

-1918 - Gustav Embden si Otto Meyerhof explica din punct de vedere chimic
mecanismul glicolizei si identifica toate reactiile care au loc.

-1926, James B. Sumner (1887–1955) cristalizeaza enzima ureaza din extract de

fasole si demonstreaza natura proteinica.

-1930 - Leonor Michaelis si Maud Menten publica principiul de formare a compusului

chimic între enzimă și substrat sustinut pe baze experimentale. (cinetica Michaelis-
Menten).

-1937 - Albert Szent-Györgyi si Hans Adolf Krebs clarifica ciclul Krebs-ciclul acidului
citric.

-1941 - Fritz Albert Lipmann (1899–1986) si Kurt Henseleit fac observatii notabile
privind utilizarea ATP ca rezervor si purtator de energie in organismele vii.

-1951 - Linus Carl Pauling (1901–1994) si Robert Corey (1897–1971) –dezvolta

conceptul de structura secundara a proteinelor in forma α-helix.
-1953- James Dewey Watson si Francis Harry Compton Crick propun structura de
dubla elice pentru molecula de ADN.

1959 –Max Perutz determina structura 3-D a hemoglobinei.

1966 – incep studiile pentru descifrarea codului genetic.

1990-2003 – descifrarea genomului uman (HGP- Human Genom Project) – realizarea

unei harti a succesiunii tuturor perechilor de baze azotate ce compun ADN (aproximativ
3 miliarde).

Biochimia este astazi o stiinta multidisciplinara, pentru a o intelege sunt

necesare cunostinte de fizica, chimie, genetica, fiziologie, biologie
celulara, microbiologie, evolutionism.
Moleculele chimice sunt entitati lipsite de viata. Dar in numar si
complexitate corespunzatoare ele compun lucrurile vii.

Aceste sisteme vii sunt distincte si diferite de lucrurile neinsufletite printr-

o serie de proprietati extraordinare: se pot dezvolta, se pot misca, pot
efectua incredibila chimie a metabolismului, pot raspunde la stimuli
exteriori din mediul inconjurator si mai ales se pot reproduce cu fidelitate
exceptionala.

Structura complexa si comportamentul organismelor vii pot fi intelese si

descrise numai prin cunoasterea structurii lor moleculare. Chimia celulei
vii seamana cu chimia reactiilor organice.

Chimistii organicieni sunt mai interesati de desfasurarea reactiilor in

laborator in timp ce biochimistii incearca sa inteleaga cum au loc
aceastea in organismele vii.
Albert Lester Lehninger (februarie 17, 1917 – Martie 4, 1986)-biochimist american.
A fost profesor la University of Wisconsin–Madison, University of Chicago si Johns
Hopkins University din Baltimore.
-este autorul celor mai importante tratate de biochimie adunate sub denumirea
“Principiile biochimiei - Principles of biochemistry”.
Lehninger a enuntat o serie de axiome care stau la baza existentei si functionarii
organismelor vii:
• Există o simplitate de bază în structura moleculelor biologice.

• Toate organismele vii folosesc aceleași tipuri de molecule pentru construirea

biomoleculelor și, astfel, par să aibă un strămoș comun.

• Identitatea fiecărei specii sau organism este conservata prin posesia de seturi
distincte
de acizi nucleici și proteine.

• Toate biomoleculele au functii specifice in celule.

• Organismele vii creaza și mențin structuri complexe, ordonate, pe seama energiei

libere din mediul lor, returnand catre acesta energie in forme mai putin utile.

• Celulele vii sunt motoare chimice care funcționează la temperatură constantă.

• Necesitățile de energie ale tuturor organismelor sunt asigurate, direct sau indirect, de
către energia solară.

• Organismele vegetale si animale sunt dependente unele de altele prin schimburi de

• Celulele vii sunt motoare chimice autoreglate, care funcționeaza pe principiul de
economie maximă.

• Informația genetică este codificată în unități de dimensiuni submoleculare; aceste

unități sunt cele patru tipuri de nucleotide din care este compus ADN.

• Celula vie este un sistem izoterm de molecule organice auto-asamblabil, auto-reglabil,

auto-perpetuabil care extrage energia liberă și materii prime din mediul său.

• Celula vie efectuează mai multe reacții consecutive organice promovate de catalizatori
organici, pe care ea însăși ii produce.

• Celula vie se menține într-o stare de echilibru dinamic propriu care funcționează pe
principiul economiei maxime de parti și procese.

• Sistemul foarte precis de auto-replicare de-a lungul multor generații este asigurat de o
auto-reparare a sistemului liniar de codificare.
Materia vie este formată din două grupe principale de substanţe:
- substanţe anorganice reprezentate de apa si saruri minerale;

- substanţe organice reprezentate de: glucide, lipide, protide, acizi nucleici, vitamine,
hormoni, pigmenţi, enzime.
-peste 99% din atomii prezenti in organismele vii sunt asigurati de numai 4 elemente:
carbon, oxigen, hidrogen si azot.

Hidrogenul si oxigenul sunt constituenti ai apei ce formeaza circa 60-70% din masa
celulelor.

Carbonul, hidrogenul, oxigenul si azotul sunt constituentii principali ai compusilor

organici de care depind procesele fundamentale ale vietii;

Pe langa acestea compusii organici din organismele vii mai contin sulf si fosfor.

Cele sase elemente chimice sunt esentiale pentru toate organismele vii.

Al doilea grup de elemente, care reprezinta circa 0.5% din masa celulelor sunt ionii
anorganici constituiti din metale alcaline (sodiu si potasiu), metale alcalino-
pamantoase (magneziu si calciu) si clor. Clorul se gaseste intotdeauna in forma
ionica in componenta celulelor.

Cele doua grupuri constituie grupul macroelementelor.

Al treilea grup este constituit din elemente prezente in cantitati foarte mici dar care sunt esentiale in
functionarea organismelor avand in special un rol biocatalitic in procesele metabolice din
organisme: fier, zinc, cupru, mangan, cobalt, etc. De asemeni iodul si seleniul intra in aceasta
categorie. Toti acesti compusi fac parte din grupul microelementelor (sau oligoelemente).

• Cele mai
abundente sase
elemente sunt in
rosu (CHNOPS)
• Cei cinci ioni
esentiali in violet
• Microelementele in
albastru inchis
(cele mai comune)
si albastru
deschis (mai putin
comune)
 Chimia vietii este chimia carbonului. De ce? % (masa) in
% (masa) in
% (masa) in
Element Scoarta
Sistemul Solar Corpul uman
terestra
-Ce proprietate uneşte H, O, C, şi N şi face aceste
atomi atât de potriviti pentru chimia vietii? Hidrogen 70.6 0.14 9.5
Heliu 27.5 Urme Urme
Este capacitatea lor de a forma legături covalente Carbon 0.30 0.03 18.5
prin punerea in comun a electronilor. Azot 0.11 Urme 3.3
Oxigen 0.59 47 65
În plus, H, C, N, O se numără printre cele mai
Sodiu 0.0033 2.8 0.2
usoare elemente din tabelul periodic capabile să
Magneziu 0.0069 2.1 0.1
formeze astfel de legaturi.
Fosfor Urme 0.07 1
Deoarece taria legaturilor covalente este invers Sulf 0.0396 0.03 0.3
proporţională cu masele atomice ale atomilor Clor Urme 0.01 0.2
implicati, H, C, N, O vor forma şi cele mai puternice Potasiu Urme 2.6 0.4
legături covalente. Calciu 0.006 3.6 1.5
Fier 0.12 5 Urme
Siliciu 0,8 27,7 Urme

Doua proprietati ale legaturilor covalente ale carbonului merita o

atentie speciala:
-abilitatea carbonului de a forma legaturi cu el insusi;

-structura tetraedrica a carbonului atunci cand formeaza legaturi

covalente simple care confera posibilitatea obtinerii unei mari
varietati de compusi lineari, ramificati sau ciclici ai carbonului.

Diversitatea acestor compusi este multiplicata de posibilitatea

includerii atomilor de H, O si N in structura compusilor formati.
Notiuni generale privind legǎtura chimicǎ

Sub formă de atomi liberi pot exista numai gazele nobile, din grupa a VIII principală.
Stratul lor de valenţă este complet ocupat cu electroni.

Toate celelalte elemente tind spre configuraţii de gaz nobil, indiferent dacă acest fapt
se manifestă prin cedare sau acceptare de electroni sau prin punere în comun de
electroni.

Regula care guvernează modificarea numărului de electroni din atomi pentru a

forma configuraţii mai stabile, de gaz nobil, este regula octetului (dubletului in cazul
hidrogenului).

Dacă un anume atom cedează, acceptă sau pune în comun electroni depinde de poziţia
atomului în tabelul periodic al elementelor.

Orice compus, indiferent de natura legăturilor pe care le conţine, este neutru din
punct de vedere electric.
 Tipuri de legaturi chimice

Legaturi ionice Legaturi covalent

-se formeaza intre Legaturi covalente coordinative
cationi si anioni - Se formeaza prin -la formarea
obtinuti prin punerea în comun de legăturii participă
cedare respectiv electroni din stratul un atom care
acceptare de de valenţă posedă un orbital
electroni. ocupat cu o
pereche de
electroni şi un alt
atom care are un
orbital liber.
Atomul de carbon

HIBRIDIZAREA
-tăria unei legături este cu atât mai mare cu cât întrepătrunderea orbitalilor este mai
mare.

-în funcţie de tipurile de orbitali atomici care participă la formarea legăturii într-un
compus care formează mai multe legături de acelaşi tip ar trebui sa existe unele legături
mai puternice şi unele mai slabe.

Metanul (CH4) formează legături prin întrepătrunderea orbitalilor 2s şi 2p din atomul de

carbon cu orbitalii 1s din atomii de hidrogen.

-Nu există nici o dovadă că legăturile covalente formate ar diferi în vreun fel din punct de
vedere energetic sau geometric.

Unghiul între legăturile C-H din molecula de metan este de 109o 28’ şi nu de 90o după
geometria celor 2 orbitali de tip p care ar fi implicaţi.

Cele 4 legături C-H sunt identice. Acest lucru poate fi explicat doar dacă ne imaginăm că
toţi orbitalii din stratul 2 să „se contopească” formând 4 orbitali identici.
Din cei 3 de tip p şi 1 orbital de tip s sunt generaţi 4 orbitali hibrizi care au ¼
caracter de orbital s şi ¾ caracter de orbital p. Aceşti orbitali nou formaţi vor
purta denumirea de orbitali hibrizi sp3 .

Pentru ca molecula să fie cât mai stabilă, energia sistemului

trebuie să fie minimă, iar cei 4 orbitali hibrizi trebuie să fie
distribuiţi cât mai uniform în spaţiu. Iar pentru cele patru
elemente (orbitalii hibrizi sp3) aranjarea optimă, de energie
minimă, este cea cu orbitalii orientaţi spre vârfurile unui
tetraedru regulat, cu un unghi de 109o 28’ între orbitali.
 POSDRU/156/1.2/G/138821
Dacă una dintre axe este ocupată de orbitalul p nehibridizat, rămâne ca ceilalţi trei
orbitali, de energie egală, să ocupe planul format de celelalte două axe.
Acesta observaţie precum şi aceea că energia minimă a sistemului se atinge atunci când
orbitalii de energie egală sunt distribuiţi cât mai simetric în spaţiu conduce la faptul că ce
trei orbitali hibrizi sunt situaţi în acelaşi plan, cu unghiuri de 120o între ei şi formând
un unghi de 90o cu orbitalul p nehibridizat.
Aceasta conduce la concluzia că poate exista un nou tip de hibridizare care implică un
orbital s şi doi orbitali p. Este hibridizarea sp2 .
Urmarea acestei geometrii atomice este aceea că doi atomi hibridizaţi sp2 vor fi
legaţi între ei cu două tipuri de legături covalente.

Cele de tip σ sunt formate de orbitalii hibrizi prin întrepătrundere frontală; cel de al doilea
tip de legături covalente se formează prin întrepătrundere laterală a orbitalilor p
nehibridizaţi şi sunt denumite legături π.
Dacă două dintre axe sunt ocupate de orbitali p nehibridizaţi, rămâne ca ceilalţi doi
orbitali, hibridizaţi, deci de energie egală, să ocupe axa rămasă liberă. Ştiind că energia
minimă a sistemului se atinge atunci când orbitalii de energie egală sunt distribuiţi cât
mai simetric în spaţiu disponibil este uşor de intuit că cei doi orbitali hibrizi sunt situaţi în
lungul aceleiaşi axe (colineari), cu unghiul de 180o între ei. Cei doi orbitali
nehibridizaţi formează între ei un unghi de 90o. Acest tip de hibridizare se numeşte,
după orbitalii atomici implicaţi, hibridizare sp.

Doi atomi hibridizaţi sp vor fi legaţi

între ei prin trei legături covalente
dintre care una este o legătură σ,
iar celelalte două sunt legături π.
Legătura covalentă
- este orientată în spaţiu
- poate fi polară sau nepolară, în funcţie de diferenţa de electronegativitate a celor doi
atomi care participă la legătură
- permite rotaţia în jurul axei de legătură în cazul legăturii simple (σ)
- este rigidă în cazul legăturilor multiple (π)
- are o lungime cu atât mai mică cu cât numărul de legături π creşte
(ltriplă < ldublă < lsimplă)
- este o legătura puternică, cu atât mai puternică cu cât nesaturarea creşte (εsimplă <
εdublă < εtriplă)
- legăturile simple şi multiple pot fi delocalizate, ceea ce măreşte stabilitatea moleculei.
Structura liniara (acidul stearic)

Structura ciclica(colesterol)

Structura ramificata (β-caroten)

Structura planara (α-clorofila)

Ar putea exista viata avand la baza alt element
chimic?
-un candidat ar putea fi siliciul?

Carbon Siliciu Obs.

Structura 1s22s22p2 1s22s22p43s23d03p2 -pentru a completa ultimul strat in cazul C avem nevoie
de numai 4e ceea ce face ca legaturile covalente formate
sa fie foarte puternice in timp ce pentru Si sunt necesari
14e.

Formarea de legaturi Foarte Se cunosc putini Legaturile siliciu-siliciu sunt mai putin puternice, ele
cu el insusi buna compusi in stare devenind instabile în prezenta a multor lichide, mai ales
naturala cu mai mult în prezenta apei.
Si realizeaza greu legaturi duble si triple, ceea ce
de 3 atomi de Si uniti limiteaza gama de compusi chimici bazati pe siliciu.
intre ei.

Reactia cu O2 -rezulta -rezulta SiO2, solid CO2 se combina usor, la rândul lui, cu alti compusi
CO2, un chimici, iar legatura dintre carbon si oxigen se poate
gaz rupe usor în cadrul unor procese biochimice, cum este
cel de fotosinteza.

Cu siliciul lucrurile stau cu totul altfel. Si el se combina

usor cu oxigenul, numai ca bioxidul de siliciu rezultat în
urma reactiei este un solid, foarte stabil din punct de
vedere chimic.
Se pot pune in evidenta cateva dintre caracteristicile pe care ar trebui sa le îndeplineasca un anumit element
chimic pentru a sta la baza materiei vii.

1. Elementul ce sta la baza vietii trebuie sa fie suficient de abundent pe planeta, pentru a favoriza reactiile
chimice prebiotice.

2. Acesta trebuie sa poata participa la ciclurile bio-geo-chimice din ansamblul biosferei, atmosferei,
oceanelor, pentru a favoriza dezvoltarea ecosistemelor.

3. Atomii de baza ai materiei vii trebuie sa formeze cel putin trei legaturi chimice, pentru a realiza un
sistem de biopolimeri.

4. Legaturile chimice dintre atomii care alcatuiesc materia vie trebuie sa fie suficient de stabile, pentru a
evita ca structura creata sa fie distrusa la variatii foarte mici ale conditiilor exterioare.

Avem nevoie de carbon si de ce altceva?

În cazul cunoscut de noi, avem nevoie de apa în stare lichida. Sa enumeram câteva dintre caracteristicile apei,
care o fac de neînlocuit pentru desfasurarea proceselor biologice.

• În stare lichida, apa prezinta avantajul ca poate ajuta formele vii, dizolvând componentii, transportând
moleculele cheie si activând reactiile chimice.

• Apa este un solvent universal. Atomii de hidrogen din compozitia ei se pot lega usor cu alte molecule.

• Datorita structurii sale, apa permite constructia enzimelor, molecule de aminoacizi care catalizeaza
reactiile chimice. În absenta apei si enzimelor, nu s-ar putea realiza reactiile metabolice din celule.

• Apa are o proprietate extrem de importanta: cea mai ridicata caldura specifica dintre substantele
cunoscute. Altfel spus, este nevoie de o cantitate mare de caldura pentru a ridica cu putin temperatura
apei. Aceasta calitate a apei face ca ea sa poata juca rolul unui excelent regulator termic.
Reactiile biochimice necesita legaturi chimice specifice sau anumite grupari functionale.
Cele mai importante astfel de centre de reactie sunt prezentate in continuare:
Compusi organici
O O O R2 R2

R OH R C H R1 C R2 R C OH R SH R NH2 R1 NH R1 N R3

Alcooli Aldehide Cetone Acizi carboxilici Tioli Amine

Grupari functionale:
O O O

OH C R C C O SH NH2 NH3

Hidroxi Acil Carbonil Carboxil Tiol Amino

O O

O P O P O

O O

Fosf at Fosf oril

Legaturi in compusi biochimici O O O
O O
C O P O O P O P O
C O C C O C N C
O O O

Esterica Eterica Amidica Fosf oester Fosfoanhidrida

Aplicatii:
1. Identificati si denumiti gruparile functionale din urmatorii compusi:
O
HC O
O
H C OH CH2
HO C CH
HO C H C HC OH H N 2 C
2 C CH OH
H C OH NH2
O
H C OH O NH
2
H2C A s p a ra g in a
OH A c id a s p a r tic

D-Glucoza

OH
H2 C

C O
O O
HO C H
CH2 C
OH HS CH OH H C OH
NH2
HO NH2 H C OH

T ir o z in a C is te in a H2 C
OH

F ru c to z a
2. Rezolvati problema:
O substanta necunoscuta X a fost izolata din muschiul de soarece. Analiza cantitativa
arata ca substanta este formata numai din C, H si O, iar substanta contine 40% C,
6.71% H si 53.29% O (procente de masa). Spectrometria de masa arata ca substanta X
are masa moleculara de 90 daltoni. Spectroscopia in infrarosu arata ca substanta X
contine o singura dubla legatura. Substanta X se dizolva usor in apa, conducand la o
solutie acida.
a. Aflati formula bruta si formula moleculara a substantei;

b. Desenati structurile moleculare posibile ale substantei X (nu se vor lua in considerare
structurile ciclice!)

c. Care structura din cele desenate la punctul b corespunde tuturor observatiilor

rezultate in urma analizei substantei X?