BIOCHIMIE

Conf. dr. ing. Cristian Boscornea

boscornea_cristian@yahoo.com
0745186652

Ce este biochimia????
BIOCHIMIA = tiina care studiaz compoziia i procesele chimice ale
materiei vii;
-este o tiin modern, cu caracter complex, care are drept material de studiu
materia vie i fenomenele specifice acesteia, din punct de vedere al
organizrii, compoziiei i structurii biomoleculelor componente, precum
i al proceselor complexe de transformare a acestora, n corelaie cu
efectele energetice asociate reaciilor metabolice.

BIOCHIMIA descrie:
structura i proprietile compuilor materiei vii;
transformrile acestor compui n organism;
relaiile ntre diferitele etape metabolice.

Obiective ale cursului

Recunoaterea i definirea unor termeni specifici biochimiei.
Cunoaterea principalelor clase de constitueni structurali ai lumii vii.
Cunoaterea mecanismelor de biosintez i degradare care au loc n natur.
nelegerea mecanismelor biocatalitice ce guverneaz procesele metabolice i
degradative prezente n natur.

Capitolul

Coninuturi

1.

C1 Introducere
1.1 Compoziia chimic a sistemelor vii.
1.2 Organizarea moleculara a sistemelor biologice.
1.3Termodinamica proceselor biochimice
C2 . Apa n procesele biochimice.
2.1 Structura i proprietile fizico-chimice ale apei;
2.2 . Rolul apei. Influena activitii apei asupra reaciilor chimice i biochimice.
2.3 pH si solutii tampon
C3.Proprietile fizico-chimice i funcionale ale glucidelor.
3.1 Glucide. Rspndire i importan.
3.2 Monoglucide. Structur, izomerie. Proprieti fizico-chimice.
3.3 Oligoglucide. Reprezentani.
3.4 Poliglucide. Reprezentani.
C.4. Proprietile fizico-chimice i funcionale ale proteinelor.
4.1.Proprietile fizico-chimice ale aminoacizilor.
4.2 Clasificarea proteinelor.
4.3 Proprietile funcionale ale proteinelor. Activitatea chimic a proteinelor.
4.4 Organizare structurala la nivel supramolecular.
5 Proprietile fizico-chimice i funcionale ale lipidelor.
5.1Structura i proprietile fizico-chimice a lipidelor.
5.2 Acizii grai, gliceride, lipide complexe.
5.3 Proprietile funcionale a lipidelor. Interaciuni hidrofobe.
5.4 Modificarea lipidelor prin hidroliz, degradarea oxidativ i degradarea termic.
C.6 Enzime
6.1 Natura i structura enzimelor. Clasificarea, nomenclatura i simbolistica.
6.2 Proprietile fizico-chimice i catalitice. Specificitate. Cinetica reaciilor
enzimatice.
6.3Coenzime. Nomenclatur i clasificare. Structur. Proprieti.
C.7 Procese biochimice de transformare a polizaharidelor
7.1 Metabolismul glucidelor. Procese anabolice. Chimiosinteza. Fotosinteza.
7.2 Biosinteza oligoglucidelor i poliglucidelor. Catabolismul glucidelor.

2.

Nr. de ore

NR. TOTAL DE ORE

28

BIBLIOGRAFIE
1. C. Tarabasanu, C. Boscornea, V. Gorduza, "Compusi naturali - alimente", Ed. SemnE,
2001 (http://www.upb-coloranti.yzi.me/carte-1.html)
2. A. Popescu, Biochimie general, Partea I, Ed. Printech, 2001.
3. A. Popescu, Biochimie general, Partea a II-a, Ed. Printech, 2002.
4. David L. Nelson, Michael J. Cox, Lehninger Principle of biochemistry, W. H.
Freeman; Sixth Edition, (http://bcs.whfreeman.com/lehninger6e), 2013.
5. Pamela C Champe, Richard A Harvey Biochimie Ilustrat, Ed. Callisto, 2010.
6. Christopher K. Mathews, Kensal E. van Holde, Dean R. Appling, Spencer J. AnthonyCahill, Biochemistry 4/E, Prentice Hall, 2012, http://www.learningace.com
7. Reginald H. Garrett, Charles M. Grisham, Biochemistry, ed. III, Cengage Learning,
2010.

Platforma Moodle: http://bioc.gnomio.com

Curs: BIOCHIMIE-FIM-2016
Enrolment key: Bioc-2016
Evaluare
Activitate individual (teme de rezolvat)

20% din nota final

Activitate de laborator

30% din nota final

din care
15%-prezenta la toate laboratoarele (obligatorie!)
15%-nota colocviu de laborator (5)

Examen final

50% din nota final (min. 50% din punctaj pentru

promovare!)
-test grila de 45 de intrebari cu 3 raspunsuri din care 1
corect.

Istoria biochimiei
-poate fi considerata ca incepand cu lucrarea Lifetime a lui Philippus Aureolus Paracelsus
(14931541)-medic si alchimist suedez care proclama Procesele vitale sunt n esen de natur
chimic i bolile pot fi vindecate prin medicamente.
-Karl Wilhelm Scheele (17421786)-un farmacist suedez,care descopera compozitia chimica a
unor materiale de origine vegetala si animala. Izoleaza acidul citric din sucul de lamaie, acidul lactic
din laptele acru, acidul malic din mere si acidul uric din urina.
-Antoine Lavoisier (17431794), chimist francez dezvolta conceptul de oxidare si clarifica natura
respiratiei animale. El concluzioneaza ca respiratia este echivalenta combustiei si desi este mai
lenta nu este esential diferita de aceasta. Este considerat parintele biochimiei moderne.
-in 1828, Friedrich Whler, chimist german, sintetizeaza ureea, substanta de natura biologica din
cianat de amoniu (compus anorganic).
-Pierre Eugene Marcellin Berthellot (18271907) chimist francez a sintetizat o serie de compusi
organici (alcool metilic, alcool etilic, metan, benzen, acetilena) din compusi anorganici.
-Hermann Emil Fischer (1852-1919)-biochimist german -a studiat structurile carbohidratilor,
aminoacizilor i grsimilor.
-Claude Bernard (18131878) descopera glicogenul din ficat si relatia glucidelor din sange cu
starea de sanatate.
.

-Louis Pasteur (18221895) microbiolog francez studiaza procesele de fermentatie,

izoleaza cateva organisme capabile de a produce fermentatia si introduce conceptele de
organisme aerobe si anaerobe.
-Soren Srensen (18681939)-chimist danez, dezvolta conceptul de pH;
-1918 - Gustav Embden si Otto Meyerhof explica din punct de vedere chimic
mecanismul glicolizei si identifica toate reactiile care au loc.
-1926, James B. Sumner (18871955) cristalizeaza enzima ureaza din extract de fasole
si demonstreaza natura proteinica.
-1930 - Leonor Michaelis si Maud Menten publica principiul de formare a compusului
chimic ntre enzim i substrat sustinut pe baze experimentale. (cinetica MichaelisMenten).
-1937 - Albert Szent-Gyrgyi si Hans Adolf Krebs clarifica ciclul Krebs-ciclul acidului
citric.
-1941 - Fritz Albert Lipmann (18991986) si Kurt Henseleit fac observatii notabile
privind utilizarea ATP ca rezervor si purtator de energie in organismele vii.
-1951 - Linus Carl Pauling (19011994) si Robert Corey (18971971) dezvolta
conceptul de structura secundara a proteinelor in forma -helix.

-1953- James Dewey Watson si Francis Harry Compton Crick propun structura de
dubla elice pentru molecula de ADN.
1959 Max Perutz determina structura 3-D a hemoglobinei.
1966 incep studiile pentru descifrarea codului genetic.
1990-2003 descifrarea genomului uman (HGP- Human Genom Project) realizarea
unei harti a succesiunii tuturor perechilor de baze azotate ce compun ADN (aproximativ
3 miliarde).

Biochimia este astazi o stiinta multidisciplinara, pentru a o intelege sunt

necesare cunostinte de fizica, chimie, genetica, fiziologie, biologie
celulara, microbiologie, evolutionism.

Moleculele chimice sunt entitati lipsite de viata. Dar in numar si

complexitate corespunzatoare ele compun lucrurile vii.
Aceste sisteme vii sunt distincte si diferite de lucrurile neinsufletite printro serie de proprietati extraordinare: se pot dezvolta, se pot misca, pot
efectua incredibila chimie a metabolismului, pot raspunde la stimuli
exteriori din mediul inconjurator si mai ales se pot reproduce cu fidelitate
exceptionala.
Structura complexa si comportamentul organismelor vii pot fi intelese si
descrise numai prin cunoasterea structurii lor moleculare. Chimia celulei
vii seamana cu chimia reactiilor organice.
Chimistii organicieni sunt mai interesati de desfasurarea reactiilor in
laborator in timp ce biochimistii incearca sa inteleaga cum au loc
aceastea in organismele vii.

Albert Lester Lehninger (februarie 17, 1917 Martie 4, 1986)-biochimist american.

A fost profesor la University of WisconsinMadison, University of Chicago si Johns
Hopkins University din Baltimore.
-este autorul celor mai importante tratate de biochimie adunate sub denumirea
Principiile biochimiei - Principles of biochemistry.

Lehninger a enuntat o serie de axiome care stau la baza existentei si functionarii

organismelor vii:
Exist o simplitate de baz n structura moleculelor biologice.
Toate organismele vii folosesc aceleai tipuri de molecule pentru construirea
biomoleculelor i, astfel, par s aib un strmo comun.
Identitatea fiecrei specii sau organism este conservata prin posesia de seturi
distincte
de acizi nucleici i proteine.
Toate biomoleculele au functii specifice in celule.
Organismele vii creaza i menin structuri complexe, ordonate, pe seama energiei
libere din mediul lor, returnand catre acesta energie in forme mai putin utile.
Celulele vii sunt motoare chimice care funcioneaz la temperatur constant.
Necesitile de energie ale tuturor organismelor sunt asigurate, direct sau indirect, de
ctre energia solar.
Organismele vegetale si animale sunt dependente unele de altele prin schimburi de

 Celulele vii sunt motoare chimice autoreglate, care funcioneaza pe principiul de

economie maxim.
Informaia genetic este codificat n uniti de dimensiuni submoleculare; aceste
uniti sunt cele patru tipuri de nucleotide din care este compus ADN.
Celula vie este un sistem izoterm de molecule organice auto-asamblabil, auto-reglabil,
auto-perpetuabil care extrage energia liber i materii prime din mediul su.
Celula vie efectueaz mai multe reacii consecutive organice promovate de catalizatori
organici, pe care ea nsi ii produce.
Celula vie se menine ntr-o stare de echilibru dinamic propriu care funcioneaz pe
principiul economiei maxime de parti i procese.
Sistemul foarte precis de auto-replicare de-a lungul multor generaii este asigurat de o
auto-reparare a sistemului liniar de codificare.

Materia vie este format din dou grupe principale de substane:

- substane anorganice reprezentate de apa si saruri minerale;
- substane organice reprezentate de: glucide, lipide,
nucleici, vitamine, hormoni, pigmeni, enzime.

protide, acizi

-peste 99% din atomii prezenti in organismele vii sunt asigurati de numai 4 elemente:
carbon, oxigen, hidrogen si azot.
Hidrogenul si oxigenul sunt constituenti ai apei ce formeaza circa 60-70% din masa
celulelor.
Carbonul, hidrogenul, oxigenul si azotul sunt constituentii principali ai compusilor
organici de care depind procesele fundamentale ale vietii;
Pe langa acestea compusii organici din organismele vii mai contin sulf si fosfor.
Cele sase elemente chimice sunt esentiale pentru toate organismele vii.
Al doilea grup de elemente, care reprezinta circa 0.5% din masa celulelor sunt ionii
anorganici constituiti din metale alcaline (sodiu si potasiu), metale alcalinopamantoase (magneziu si calciu) si clor. Clorul se gaseste intotdeauna in forma
ionica in componenta celulelor.
Cele doua grupuri constituie grupul macroelementelor.

Al treilea grup este constituit din elemente prezente in cantitati foarte mici dar care sunt esentiale in
functionarea organismelor avand in special un rol biocatalitic in procesele metabolice din
organisme: fier, zinc, cupru, mangan, cobalt, etc. De asemeni iodul si seleniul intra in aceasta
categorie. Toti acesti compusi fac parte din grupul microelementelor (sau oligoelemente).

Cele mai
abundente sase
elemente sunt in
rosu (CHNOPS)
Cei cinci ioni
esentiali in violet
Microelementele in
albastru inchis
(cele mai comune)
si albastru
deschis (mai putin
comune)

Chimia vietii este chimia carbonului. De ce?

-Ce proprietate unete H, O, C, i N i face aceste
atomi att de potriviti pentru chimia vietii?
Este capacitatea lor de a forma legturi covalente
prin punerea in comun a electronilor.
n plus, H, C, N, O se numr printre cele mai
usoare elemente din tabelul periodic capabile s
formeze astfel de legaturi.
Deoarece taria legaturilor covalente este invers
proporional cu masele atomice ale atomilor
implicati, H, C, N, O vor forma i cele mai puternice
legturi covalente.

Scoarta
pamantului
Eleme
nt
H
O
C
Ca
Na
K
Mg
Ti
Si
Fe
Al

Doua proprietati ale legaturilor covalente ale

carbonului merita o atentie speciala:
-abilitatea carbonului de a forma legaturi cu el
insusi;
-structura tetraedrica a carbonului atunci cand
formeaza legaturi covalente simple care confera
posibilitatea obtinerii unei mari varietati de
compusi lineari, ramificati sau ciclici ai carbonului.
Diversitatea acestor compusi este multiplicata de
posibilitatea includerii atomilor de H, O si N in
structura compusilor formati.

Corpul uman

Element

0.22
47
0.19
3.5
2.5
2.5
2.2
0.46

63

O
C
Ca
Na
K
Mg
S
Cl
P

25.5
9.5
0.31
0.03
0.06
0.01
0.05
0.08
0.22

1.4

28
4.5
7.9

Notiuni generale privind legtura chimic

Sub form de atomi liberi pot exista numai gazele nobile, din grupa a VIII principal.
Stratul lor de valen este complet ocupat cu electroni.

POSDRU/156/1.2/G/138821

Toate celelalte elemente tind spre configuraii de gaz nobil, indiferent dac acest fapt
se manifest prin cedare sau acceptare de electroni sau prin punere n comun de
electroni.

Regula care guverneaz modificarea numrului de electroni din atomi pentru a

forma configuraii mai stabile, de gaz nobil, este regula octetului (dubletului in cazul
hidrogenului).

Dac un anume atom cedeaz, accept sau pune n comun electroni depinde de poziia
atomului n tabelul periodic al elementelor.
16
Orice compus, indiferent de natura legturilor pe care le conine, este neutru din
punct de vedere electric.

Legaturi
ionice
-se formeaza
intre cationi si
anioni obtinuti
prin cedare
respectiv
acceptare de
electroni.

Legaturi
covalente
- Se formeaza
prin punerea n
comun de
electroni din
stratul de
valen

Legaturi
covalent
coordinative
-la formarea
legturii
particip un
atom care
posed un
orbital ocupat
cu o pereche
de electroni i
un alt atom
care are un
orbital liber.

POSDRU/156/1.2/G/138821

Tipuri de legaturi chimice

17

Atomul de carbon
HIBRIDIZAREA
-tria unei legturi este cu att mai mare cu ct ntreptrunderea
orbitalilor este mai mare.

POSDRU/156/1.2/G/138821

-n funcie de tipurile de orbitali atomici care particip la formarea

legturii ntr-un compus care formeaz mai multe legturi de
acelai tip ar trebui sa existe unele legturi mai puternice i unele
mai slabe.
Metanul (CH4) formeaz legturi prin ntreptrunderea orbitalilor
2s i 2p din atomul de carbon cu orbitalii 1s din atomii de
hidrogen.

18

-Nu exist nici o dovad c legturile covalente formate ar diferi n

vreun fel din punct de vedere energetic sau geometric.

Pentru ca molecula s fie ct mai stabil, energia sistemului

trebuie s fie minim, iar cei 4 orbitali hibrizi trebuie s fie
distribuii ct mai uniform n spaiu. Iar pentru cele patru
elemente (orbitalii hibrizi sp3) aranjarea optim, de energie
minim, este cea cu orbitalii orientai spre vrfurile unui
tetraedru regulat, cu un unghi de 109o 28 ntre orbitali.

POSDRU/156/1.2/G/138821

Din cei 3 de tip p i 1 orbital de tip s sunt generai 4 orbitali hibrizi care au
caracter de orbital s i caracter de orbital p. Aceti orbitali nou formai vor
purta denumirea de orbitali hibrizi sp3 .

19

POSDRU/156/1.2/G/138821

Dac una dintre axe este ocupat de orbitalul p nehibridizat, rmne ca ceilali trei
orbitali, de energie egal, s ocupe planul format de celelalte dou axe.
Acesta observaie precum i aceea c energia minim a sistemului se atinge atunci cnd
orbitalii de energie egal sunt distribuii ct mai simetric n spaiu conduce la faptul c ce
trei orbitali hibrizi sunt situai n acelai plan, cu unghiuri de 120o ntre ei i formnd
un unghi de 90o cu orbitalul p nehibridizat.
Aceasta conduce la concluzia c poate exista un nou tip de hibridizare care implic un
orbital s i doi orbitali p. Este hibridizarea sp2 .

Urmarea acestei geometrii atomice este aceea c doi atomi hibridizai sp2 vor fi
legai ntre ei cu dou tipuri de legturi covalente.

POSDRU/156/1.2/G/138821

Cele de tip sunt formate de orbitalii hibrizi prin ntreptrundere frontal; cel de al doilea
tip de legturi covalente se formeaz prin ntreptrundere lateral a orbitalilor p
nehibridizai i sunt denumite legturi .

21

Doi atomi hibridizai sp vor fi legai

ntre ei prin trei legturi covalente
dintre care una este o legtur ,
iar celelalte dou sunt legturi .

POSDRU/156/1.2/G/138821

Dac dou dintre axe sunt ocupate de orbitali p nehibridizai, rmne ca ceilali doi
orbitali, hibridizai, deci de energie egal, s ocupe axa rmas liber. tiind c energia
minim a sistemului se atinge atunci cnd orbitalii de energie egal sunt distribuii ct
mai simetric n spaiu disponibil este uor de intuit c cei doi orbitali hibrizi sunt situai n
lungul aceleiai axe (colineari), cu unghiur de 180o ntre ei. Cei doi orbitali
nehibridizai formeaz ntre ei un unghi de 90o. Acest tip de hibridizare se numete,
dup orbitalii atomici implicai, hibridizare sp.

22

Legtura covalent
- este orientat n spaiu
- poate fi polar sau nepolar, n funcie de diferena de electronegativitate a celor doi
atomi care particip la legtur
- permite rotaia n jurul axei de legtur n cazul legturii simple ()
- este rigid n cazul legturilor multiple ()
- are o lungime cu att mai mic cu ct numrul de legturi crete
(ltripl < ldubl < lsimpl)
- este o legtura puternic, cu att mai puternic cu ct nesaturarea crete (simpl <
dubl < tripl)
- legturile simple i multiple pot fi delocalizate, ceea ce mrete stabilitatea moleculei.

Structura liniara (acidul stearic)

Structura ciclica(colesterol)

Structura ramificata (-caroten)

Structura planara (-clorofila)

Ar putea exista viata avand la baza alt element

chimic?
-un candidat ar putea fi siliciul?

Carbon

Siliciu

Obs.

Structura

1s22s22p2

1s22s22p43s23d03p2

-pentru a completa ultimul strat in cazul C

avem nevoie de numai 4e ceea ce face ca
legaturile covalente formate sa fie foarte
puternice in timp ce pentru Si sunt necesari
14e.

Formarea de
legaturi cu el
insusi

Foarte
buna

Se cunosc putini
compusi in stare
naturala cu mai mult
de 3 atomi de Si uniti
intre ei.

Legaturile siliciu-siliciu sunt mai putin

puternice, ele devenind instabile n prezenta
a multor lichide, mai ales n prezenta apei.
Si realizeaza greu legaturi duble si triple,
ceea ce limiteaza gama de compusi chimici
bazati pe siliciu.

Reactia cu O2

-rezulta
CO2, un
gaz

-rezulta SiO2, solid

CO2 se combina usor, la rndul lui, cu alti

compusi chimici, iar legatura dintre carbon si
oxigen se poate rupe usor n cadrul unor
procese biochimice, cum este cel de
fotosinteza.
Cu siliciul lucrurile stau cu totul altfel. Si el se

Se pot pune in evidenta cateva dintre caracteristicile pe care ar trebui sa le ndeplineasca un anumit element
chimic pentru a sta la baza materiei vii.
1. Elementul ce sta la baza vietii trebuie sa fie suficient de abundent pe planeta, pentru a favoriza reactiile
chimice prebiotice.
2. Acesta trebuie sa poata participa la ciclurile bio-geo-chimice din ansamblul biosferei, atmosferei,
oceanelor, pentru a favoriza dezvoltarea ecosistemelor.
3. Atomii de baza ai materiei vii trebuie sa formeze cel putin trei legaturi chimice, pentru a realiza un
sistem de biopolimeri.
4. Legaturile chimice dintre atomii care alcatuiesc materia vie trebuie sa fie suficient de stabile, pentru a
evita ca structura creata sa fie distrusa la variatii foarte mici ale conditiilor exterioare.
Avem nevoie de carbon si de ce altceva?
n cazul cunoscut de noi, avem nevoie de apa n stare lichida. Sa enumeram cteva dintre caracteristicile apei,
care o fac de nenlocuit pentru desfasurarea proceselor biologice.
n stare lichida, apa prezinta avantajul ca poate ajuta formele vii, dizolvnd componentii, transportnd
moleculele cheie si activnd reactiile chimice.
Apa este un solvent universal. Atomii de hidrogen din compozitia ei se pot lega usor cu alte molecule.
Datorita structurii sale, apa permite constructia enzimelor, molecule de aminoacizi care catalizeaza
reactiile chimice. n absenta apei si enzimelor, nu s-ar putea realiza reactiile metabolice din celule.
Apa are o proprietate extrem de importanta: cea mai ridicata caldura specifica dintre substantele
cunoscute. Altfel spus, este nevoie de o cantitate mare de caldura pentru a ridica cu putin temperatura
apei. Aceasta calitate a apei face ca ea sa poata juca rolul unui excelent regulator termic.

Reactiile biochimice necesita legaturi chimice specifice sau anumite grupari functionale.
Cele mai importante astfel de centre de reactie sunt prezentate in continuare:
Compusi organici

Grupari
functionale:

Legaturi in compusi
biochimici

Aplicatii:
1. Identificati si denumiti gruparile functionale din urmatorii compusi:
HC
H

OH

HO
C

HO

OH

OH

H2C

CH2

HC

H N
2

OH

NH2

CH

NH
2

A s p a ra g in a

A c id a s p a r tic

OH

CH
2

D-Glucoza
OH
H2C

O
OH
NH2

HO
T ir o z in a

HO

OH

OH

O
HS

CH2

CH

NH2
C is te in a

OH

H2C

OH

F ru c to z a

OH

2. Rezolvati problema:
O substanta necunoscuta X a fost izolata din muschiul de soarece. Analiza cantitativa
arata ca substanta este formata numai din C, H si O, iar substanta contine 40% C,
6.71% H si 53.29% O (procente de masa). Spectrometria de masa arata ca substanta X
are masa moleculara de 90 daltoni. Spectroscopia in infrarosu arata ca substanta X
contine o singura dubla legatura. Substanta X se dizolva usor in apa, conducand la o
solutie acida.
a. Aflati formula bruta si formula moleculara a substantei;
b. Desenati structurile moleculare posibile ale substantei X (nu se vor lua in considerare
structurile ciclice!)
c. Care structura din cele desenate la punctul b corespunde tuturor observatiilor
rezultate in urma analizei substantei X?