Cretu Ioana

Grupa 1424
F.I.M

Klebsiella pneumonia-analiza informatica

Klebsiella pneumonia beta-lactamase gene
1,565 bp linear DNA
Accession:X04515.1;GI:43812

Structura antetului:

Cateva informatii despre secventa in cauza, selectate din modulul „Features”:

Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

In momentul accesarii linkului CDS, se va afisa urmatoarea secventa(in poza de mai jos apare doar o
parte din secventa):

 Harta restrictiva a rezultat accesand Sequence/Nucleic Acid/Restriction Map:

Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

Compozitia in nucleotide a rezultat accesand Sequence/Nucleic Acid/Nucleotide Compozition:

Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

 Transformarea secventelor

Secventa initiala :

Transformarea secventei initiale in secventa complementara, accesand Sequence/Nucleic

Acid/Complement:
Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

Transformarea secventei initiale in secventa revers- complementara, accesand Sequence/Nucleic

Acid/Reverse Complement:

Transformarea din secventa ADN in secventa ARN s-a realizat accesand Sequence/Nucleic Acid/DNA-
RNA:

(secventa ADN)

Transformarea din ADN in ARN, se poate observa ca T-ul(timina) a fost inlocuit cu U(uracil). Se poate
de asemenea accesa Sequence/Nucleic Acid/RNA-DNA si astfel se va ajunge de la secventa initiala.

De asemenea cu ajutorul programului BioEdit se pot face diverse alte prelucrari de secvente (atat
ADN cat si proteine) cum ar fi traducerea secventelor ADN in proteine (Sequence/Nucleic
Acid/Translate).
Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

Pentru a realiza alinierea am salvat alte 3 secvente, 2 secvente de la aceeasi specie(Klebsiella

pneumonia strain SG67 16S ribosomal RNA gene, partial sequence; Klebsiella pneumoniae strain TAJ2
16S ribosomal RNA gene, partial sequence) si o a treia de la o specie diferita(Haemophilus
influenzae adhesin (hia) gene, complete cds). Am realizat alinierea multipla astfel:am selectat toate
secventele ADN si apoi am accesat Accesori Application/ClustalW Multiple alignment, am obtinut
urmatorul rezultat:

Accesand File/Grafic View a rezultat:

Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M

 In programul PerlPrimer am realizat designul primerilor astfel:din secventa initiala am copiat

primele 20 de nucleotide pe care le-am adaugat la Forward Primer din PerlPrimer, apoi
pentru Reverse Primer am selectat ultimele 20 de nucleotide din secventa initiala si accesand
Sequence/Nucleic Acid/Reveres Complement am obtinut:

Pe acesta il voi folosi in PerlPrimer la Reverse Primer, iar apoi calculez temperatura(Calculate
TM). Va rezulta:
Cretu Ioana
Grupa 1424
F.I.M