STRUCTURA ACIZILOR NUCLEICI

Dup provenienta lor, respectiv dup materialele din care au fost extrasi, acizii nucleici erau considerati de dou tipuri: acizi timonucleici (acizi nucleici animali) acizi zimonucleici (acizi nucleici vegetali). Ulterior denumirile lor au fost nlocuite cu denumirile de: acizi dezoxiribonucleici (ADN) acizi ribonucleici (ARN).

Secvente: - oligonucleotidice - polinucleotidice ( acizii nucleici) Unitatea de structura a acizilor nucleici este NUCLEOTIDUL alcatuit din : - baza azotata - pentoza ( zahar, glucid) - radical fosfat.

Bazele azotate - purinice : adenina(A),6-amino purina si guanina(G),2-amino-6-oxipurina - pirimidinice : citozina(C), timina(T) si uracilul(U)

Bazele azotate prezint fenomenul de tautomerie

NH C N NH
. Formele mai stabile: Forma lactam este mai stabil dect forma lactim Forma amino este mai stabil dect forma imino

NH2

NH2 C N

NH

forma amino

forma imino

Citozina

C HN O N

C OH

forma lactam

forma lactim

Zaharul este o pentoza cu 5 atomi de C. Radicalul fosfat(P) formeaza legaturi esterice cu pentozele. ribonucleotid (ADENOZIN-5-FOSFAT)

5
dezoxiribonucleotid (DEOXIADENOZIN-5-FOSFAT)

Riboza
HO CH2
4 3 2

Dezoxiriboza
HO CH2 O OH

OH
1

OH OH

OH

lipse te 2-OH

 Combina ia dintre o baz i o pentoz se nume te nucleosid Combina ia celor trei componente nucleotid.

ribonucleotid (ADENOZIN-5-FOSFAT)

baz azotat (ADENIN ) nucleozid (ADENOZIN ) dezoxiribonucleotid (DEOXIADENOZIN-5-FOSFAT)

Leg tur -N-glicozidic

Att conectarea bazelor cu pentoza, ct i a nucleosidului cu acidul fosforic se realizeaz prin pierderea unei molecule de H2O.

Baza

Nucleozidul

Nucleotid

Adenina Adenozina (A) (A)

Adenozin monofosfat (AMP) sau adenilat Adenozin difosfat (ADP) Adenozin trifosfat (ATP)

Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide (cnd pentoza = riboz )

Baza Adenina (A) Nucleozidul Adenozina (A) Nucleotidul Adenozin monofosfat (AMP) Adenozin difosfat (ADP) Adenozin trifosfat (ATP) Guanozin monofosfat (GMP) Guanozin difosfat (GDP) Guanozin trifosfat (GTP) Citidin monofosfat (CMP) Citidin difosfat (CDP) Citidin trifosfat (CTP) Uridin monofosfat (UMP) Uridin difosfat (UDP) Uridin trifosfat (UTP)

Guanina (G) Guanozina (G)

Citozina (C)

Citidina (C)

Uracil (U)

Uridina (U)

Dezoxiribonucleotide
Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP) sau dezoxiadenilat

Dezoxiadenozin difosfat (dADP)

Dezoxiadenozin trifosfat (dATP)

Terminologie Dezoxiribo-nucleozide/nucleotide (cnd pentoza = dezoxiriboz )

Baza Adenina (A) Nucleozidul Dezoxiadenozina (A) Nucleotidul Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP) Dezoxiadenozin difosfat (dADP) Dezoxiadenozin trifosfat (dATP) Dezoxiguanozin monofosfat (dGMP) Dezoxiguanozin difosfat (dGDP) Dezoxiguanozin trifosfat (dGTP) Dezoxicitidin monofosfat (dCMP) Dezoxicitidin difosfat (dCDP) Dezoxicitidin trifosfat (dCTP) Dezoxitimidin monofosfat (dTMP) Dezoxitimidin difosfat (dTDP) Dezoxitimidin trifosfat (dTTP)

Guanina (G) Dezoxiguanozina (G)

Citozina (C)

Dezoxicitidina (C)

Timina (T)

Dezoxitimidina (T)

Structura primara ADN

Lantul unei catene de ADN este format prin insiruirea celor 4 tipuri de nucleotide care se unesc intre ele cu ajutorul acidului fosforic.

O HN H2N
5' end HO

Guanine
N N

Lan ul polinucleotidic al ADN

N
CH 2

NH2 N

Cytosine
O

Lan ul polinucleotidic al ADN este nc rcat negativ la pH-ul fiziologic.

3linkage
O P O O
CH 2 O

5linkage

O P O O
H3C O

Thymine
NH

NH

O P O O

CH2

OH 3' end

Reprezentarea simplificat a catenei de ADN

O HN H2N
5' end HO

Guanine
N N

N
CH2

NH2 N

Cytosine
O

Prin conven ie o caten de ADN se scrie n direc ia 5- 3. ex. GCT nseamn 5GCT 3

O O P O O
O CH2 O

O P O O
H3C O

Thymine
NH

NH

O P O O

CH2

OH 3' end

U.M.F IA I

STRUCTURA PRIMAR ADN este un macro-polimer de dezoxiribonucleotide;

[P 5dR - N]n

Grup fosfat
(ac.ortofosforic)

Baz azotat : Pentoz Pur A, G Pir T, C

D-2-dezoxiriboza

U.M.F IA I

Polimerizarea nucleotidelor: leg turi covalente (puternice) fosfodiesterice Se formeaz o caten (lan ): - continu , linear (neramificat !)
Aceast caten = structura PRIMAR a ADN - ce de ine informa ia ereditar codificat

 Periodiocitate celor 4 nucleotide, adica o ordonare regulata:

A-T-G-C-A-T-G-C-A-T-G-C-A.
Chargaff a demonstra prin metode fizico-chimice ordinea aperiodica a nucleotidelor din monocatena de AND : .. A-T-T-A-G-C-G-A-T-C-C-A-C-A-T.

Informa ia genetic codificat = secven a (ordinea) determin ordinea aminoacizilor n proteine. nucleotidelor 5'- ATGCCTAGATCA - 3' aa1- aa2-aa3- aa4

 alfabet nucleic = patru "litere": A, T, G, C

 "cuvinte" de trei litere = triplet sau codon

aminoacid ATG Met  asamblate ntr-o "fraz " = o gen = unitatea de informa ie genetic ; secven a nucleotide secven a AA n protein . ATG TGT AAA CCA Met cis lys pro

Structura secundara ADN

Bazele azotate se leaga complementar : A-T si G-C (formand un cuplu sau o pereche de baze pb). Analizele chimice ale ADN au dus la stabilirea regulii lui Chargaff (1951) conform careia : A+G=T+C A/T si G/C =1 si A+T/G+C este diferit de 1 si caracteristic fiecarei specii (la om e de 1,7)

Intotdeauna adenina se leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si guanina se leaga de citozina prin 3 legaturi de hidrogen.

Forma clasica de ADN descrisa de Watson si Crick reprezinta tipul B. In alte conditii, duplexul de ADN se poate gasi sub alte forme structurale.

AND de tip B Diametrul este de 20 A, pasul elicei (distanta pentru o rotatie completa de 360) este de 34 A si cuprinde o spira cu 10 perechi de nucleotide. Deci distanta dintre 2 nucleotide este de 3,4 A.

STRUCTURA TERTIARA ADN

AND-ul celulelor eucariote se asociaza cu proteine histonice formand nucleoproteina. Proteinele au o dispozitie discontinua la exteriorul helixului complementar. Analiza nucleoproteinelor prin metode fizico-chimice a aratat ca : - AND-ul constituit din doua catene complementare dispuse helicoidal, este molecula neramificata, putin rigida, prezentandu-se ca un polimer flexibil si fragil - molecula de nucleohistona are o lungime de aproximativ 4000 nanomicroni; daca este separata histona AND-ul rezidual poate ajunge la 7000, ceea ce confirma rolul histonelor in arhitectura spatiala a moleculei de AND - la om celula somatica cu cei 46 cromozomi contine aproximativ 7X10 la -9 mg AND=5,6X10 la 9 perechi de nucleotide. Dispozitia rectilinie a acestor nucleotide ar da un fir de AND cu lungimea de cca 2m.

ACIDUL RIBONUCLEIC (ARN)

Complex macromolecular, structural i func ional, similar n anumite privin e, ADN-ului. ARN-ul rezult din polimerizarea unor ribonucleotizi, care determin formarea unor lan uri lungi, monocatenare (structur primar ). Pe anumite por iuni scurte monocatena de ARN se poate r suci n jurul ei, determinnd apari ia unei structuri duble ntre secven ele complementare de baze (structur secundar ).

Exista diferente nete la nivelul structurii acizilor nucleici:

Compozitia chimica a acizilor nucleici Compus chimic ADN ARN

Baze azotate a) Purinice Adeninia, Guanina Adeninia, Guanina

b) Pirimidinice

Citozina, Timina

Citozina, Uracil

Pentoza

2-Dezoxiriboza

Riboza

Acid fosforic

Radical

Radical

TIPURI DE ADN

ADN A ADN Z

ADN B

Caracteristicile moleculare ale diferitelor tipuri de ADN

Tipul de ADN

Perechi de baze/ pas elice

Rotatia pe perechi baze

Cresterea verticala pe perechi baze ()

Diametrul moleculei ()

11

+ 34,7

2,56

23

10

+ 34,0

3,38

20

12

- 30,0

5,71

18

+ = rotatie stanga; - = rotatie dreapta

TIPURI DE ADN
In genomul uman exist mai multe tipuri de ADN, diferite prin repeti ia secven elor nucleotidice: ADN nerepetitiv, (60%) este alc tuit din secven e unice per genom la nivelul cromozomilor se gaseste in benzile eucromatice, la nivel genic se gaseste in exoni ADN moderat repetitiv (30 %) este alc tuit din secven e scurte repetate de zeci i sute de mii de ori i dispersate n genom. Se gaseste in: elemente retrotranspozabile din clasa LINE-elemente lungi de spa iere elementele SINE- elemente mici de spatiere gene care codifica ARNr si ARNt ADN nalt repetitiv (10 % din genom) este alc tuit din secven e foarte scurte repetate n tandem (pppp), de milioane de ori; ele nu sunt transcrise. Se clasifica in: ADN satelit din regiuni heterocromatice, pericentromerice si la nivelul telomerelor ADN minisatelit cuprinde secvente polimorfe si sunt localizate la nivelul telomerelor ADN microsatelit este reprezentat de numarul repetarilor intr-un anumit locus si cel mai bine caracterizat este cromozomul Y.

TIPURI DE ARN
Exista 3 tipuri importante de ARN: ARN mesager (ARNm) ARN de transfer (ARNt) ARN ribozomal (ARNr).

ARN MESAGER-ARNm
-reprezinta 2-4% din ARN celular, este monocatenar, spiralat 2este heterogen, cu masa moleculara mica -are 150-12000 nucleotide 150- transcris in prezenta ARN polimerazei sub forma de ARN m precursor care prin maturare trece in ARNm matur. -poarta informatia genetica ce va specifica sinteza unui lant polipeptidic -preia informatia de la ADN fiind complementar cu acesta (T mesaj, la locul sintezei proteice U) si o duce, ca pe un

ARN RIBOZOMAL-ARNr
80-85% din ARN celular are zone monocatenare alternand cu zone dublu catenare este constituentul major al ribozomilor masa moleculara mare: 106 - 104 daltoni, are la eucariote 3 forme moleculare in functie de constanta de sedimentare:  5 S ARNr  18 S ARNr  28 S ARN (in functie de specie variaza de la 25 S la 30 S) 28 S ARNr si 5 S ARNr sunt in subunitatea ribozomala 60S, pe cand 18 S ARNr in cea 80S (eucariote) intervine in construirea ribozomilor

ARNt de transfer
- 8-10% din totalul ARN, este scurt: 73 - 93 nucleotide

- fixeaza un aminoacid specific si apoi amplaseaza acest aminoacid in polipeptid folosind informatia din ARNm - modelul structurii spatiale de trifoi frunza de

-transfera aminoacidul specific pe lantul polipeptidic la situsul ribozomal al sintezei proteice - are 2 situsuri : 1. o extremitate se termina cu secventa CCA- unde se va fixa aminoacidul specific; 2. a doua polaritate este bucla centrala cu o secventa de 3 nucleotide (ANTICODON), complementara codonului de pe ARNm .

In toate ARNt se imperecheaza bazele complementare dand aspectul caracteristic (structura secundara) In bucle insa bazele nu sunt complementare si deci nu pot realiza punti de hidrogen. Structura tridimensionala tertiara face ca domeniile functionale sa fie cat de departe posibil una de alta: bucla cu anticodonul (corespunzator unui triplet de baze azotate) si trunchiul acceptor de a.a.

ARN t : - bucla 1 prezinta o secventa specifica cu rol de situs pt fixarea temporara a ARNt la ribozom in timpul sintezei proteice - bucla 4 (bucla dihidrouracilului) - bucla 3 ( bucla anticodonului) prezinta o tripleta de nucleotide (3-5) care recunoaste codonul din ARNm (5-3) cu care formeaza leg de H in timpul fixarii ARNt pe complexul ARNm-ribozom.