Franța nu este numai în haos, dezordine și confuzie, ci este și guvernată de o mână
de oameni "înecați în datori și crime". La sfârșitul lui septembrie 1795, frământarea se face simțită, Convenția agonizează, iar unsprezece din membrii săi s-au pus pe lucru și la 5 fructidor - 27 august 1795 a fost votată o nouă Constituție, cea a anului III. Puterea este preluată de un directorat, se constituie Consiliul celor Cinci sute și Consiliul Bătrânilor, deputați care vor fi luați din rândurile Convenției. Secțiile regalistă se revoltă și oamenii sunt chemați la arme împotriva Convenției. Paul Barras este numit comandant suprem al Armatei de interior, care la 9 thermidor a atacat Primăria orașului, unde se afla Robespierre. Barras știe prea bine că nu este decât un general de ocazie, fără nici un fel de experiență, vrea să aibă alături de el un general adevărat, de preferință un artilerist, dă ordin să-l caute pe Buonaparte. Este numit aghiotantul lui Barras, dispune să fie adusă artileria de la Sablons, organizează opt sute de complete de armament, așază personal tunurile din strada Neuve-Saint-Roch și Saint-Honore. În data de 13 vendemiar - 5 octombrie 1795 are loc o ciocnire violentă între secționari și soldații comandați de Barras. După spusele lui Thiebault, ofițer de stat-major și viitor general, "bătălia este condusă de generalul Bonaparte personal". Bonaparte reușește să-i învingă pe inamici care-i atacaseră la Tuilerii. Cinci zile mai târziu, Convenția, la propunerea lui Barras, îl numește pe generalul Bonaparte, comandant secund, iar la 16 octombrie Napoleon este avansat în gradul de general de divizie. La 26 octombrie, Barras, devenind unul din cei cinci directori, demisionează din funcția sa și Bonaparte îi urmează la comanda Armatei de interior.
El nu e deloc îmbătat de glorie și pare chiar perfect conștient de lipsa sa de
competență în ce privește sarcinile de comandant al garnizoanei și de general comandant al Armatei de interior. Thiébault chiar spune că era o persoană care "nu se jena de fel să arate față de subordonații săi cât de multe lucruri în materie nu știa, lucruri pe care era de presupus că și ultimul dintre ei le știa la perfecție".
Bonaparte o cunoaște pe Joséphine de Beauharnais, viitoarea lui soție. La 2 martie,
Bonaparte este numit comandantul armatei de Italia, susținut de Barras și de Carnot în Directorat. La 8 martie 1796 are loc semnarea actului de căsătorie între Napoleon și Joséphine, în cancelaria avocatului Raguideau, notarul doamnei de Beauharnais.