Codul genetic

Pentru a putea folosi informaţia purtată într-un alfabet cu 4 litere, cum este
cazul acizilor nucleici, la codificarea a 20 aminoacizi, vom avea nevoie de o
succesiune de cel puţin 3 litere (George Gamow), care 64 combinaţii posibile.

4 * 4 * 4 = 64 codoni posibili
Excluzând codonii de stop ramân 61 codoni pt. a codifica aminoacizii (inclusiv
codonii de start)

Această ipoteză, că o succesiune de 3 baze azotate într-o secvenţă ADN

codifică 1 aminoacid într-o secvenţă proteică a fost confirmată experimental
(Nirenberg, 1961). A fost astfel introdus termenul de „codon”, definit ca un
triplet de baze azotate într-un lanţ de acid nucleic pentru codificarea unui
aminoacid într-o secvenţă polipeptidică.

Observăm că pentru majoritatea aminoacizilor există mai multe codificări

posibile. De asemenea există un

codon de start, precum şi trei codoni de stop – cărora nu le corespunde nici un

aminoacid.
The start codon is the first codon of a messenger RNA (mRNA) transcript
translated by a ribosome. The start codon always codes for methionine in
eukaryotes and a modified Met (fMet) in prokaryotes.

The most common start codon is AUG.

In the standard genetic code, there are several stop codons:

in RNA:
UAG ("amber")
UAA ("ochre")
UGA ("opal")

in DNA:
TAG ("amber")
TAA ("ochre")
TGA ("opal" or "umber")
Un codon este definit de un grup de nucleotide de la care pornește
traducerea (reading frame).

De exemplu, șir GGGAAACCC,

dacă citiți de la prima poziție, conține codonii GGG, AAA, și CCC; și,

dacă citiți de-a doua poziție, care conține codonii GGA și AAC;

dacă citiți incepand de la a treia poziție, GAA ACC

SN este dotat cu mecanisme complexe de apărare.

Cand unele din aceste mecanisme devin ineficiente?

Mutatii genetice la Factori de mediu (bisfenol

nivelul anumitor hidrocarburi aromatice stres social
gene si a structurii policiclice (HAP), produse
primare a unor chimice polifluoralchil
proteine specifice

tulburari psihice (anxietate, depresie, psihoză,

deficit de atentie atenție, etc)
Patologiile psihiatrice :
Depresie,
Anxietate,
Schizofrenie,
ADHD
Autismul

Patologii oncologice

implică determinism genetic intr-un procent considerabil

Utilizarea unor baze de date si studiile de genetica medicala ne permit să luam decizii
importante pentru sănătate și sa evitam bolile care sun generate de mutatii genetice
(http://www.alltech.com/)
În prezent, medicina modernă se dezvoltă în trei direcţii:

 PREVENTIE,

PREDICŢIE

TRATAMENT CENTRAT PE PACIENT.

Toate aceste direcţii sunt strâns legate de cunoştinţele de etiologie a diverselor patologii.
 Etiologie poligenică

Factorul genetic Elucidarea

inductor de patologie cauzelor genetice
Studiul patologiilor (psihiatrice, este extrem de
are o pondere de 50-
oncologice, etc) importantă
80%.
pentru terapie şi
prevenţie.

Terapiile disponibile până în

prezent pot atenua doar
temporar simptomatologia

Costurile asociate cu
tratamentul unui pacient pe
an sunt estimate în Europa,
la aproximativ € 24,000
(Tafalla et al, BMC
Psihiatrie., 2010)
 https://www.youtube.com/watch?v=l4BAfRekohk

Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis

https://www.youtube.com/watch?v=ONs9FCY74p0

Can we cure genetic diseases by rewriting DNA? | David R. Liu

https://www.youtube.com/watch?v=EO7ZjoSqhMI

Learn about Bioinformatics for Infectious Diseases

STRUCTURI CHIMICE CU IMPLICATII IN PATOLOGIILE GENETICE (SELECTIV )

Denumire compus chimic Abreviere Patologie

Mitotic checkpoint protein Mad1 sindrom bipolar,patologii

oncologice
Mitotic checkpoint protein Mad2 sindrom bipolar,patologii
oncologice
Budding uninhibited by benzimidazoles Bub1/3 patologii oncologice

cell-division cycle protein 20 CDC20 patologii oncologice

CSPGs -Aggrecan ACAN sindrom bipolar, schizofrenie,

CSPGs- Versican VCAN sindrom bipolar, Schizofrenie,

patologii oncologice

CSPGs- Neurocan NCAN sindrom bipolar, schizofrenie,

ADH,
Considerad un principiu din chimie si farmacologie si anume ca

STRUCTURA CHIMICA INDUCE FUNCTIA BIOLOGICA

va sugerez o posibila schema de studiu a acestor compusi chimici

STRUCTURAL Numar aminoacizi in structura primara (PDB
(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), UNIProt
(www.uniprot.org/) etc)
Structuri spatiale (PDB,)-modele cristalografice
Modificari de conformatie care duc la schimbari de functie
(Pubmed)
Situsuri de legare (Pubmed)
Domenii importante pentru functie biologica (Uniprot,
Pubmed)
BIOCHIMIC/FARMACOLOGIC Complexe moleculare , mutatii cu modificare de functie
Mecansime de activare/inactivare
Inhibitori cu rol farmacologic (Drugbank)
Grupuri de lucru (Pubmed,)
FUNCTIE CORELATA CU PATOLOGIA- Grupuri de lucru (Pubmed,consortiile genetice )
STDII EXPERIMANTALE Metode utilizate
Particularitati de populatie
Structuri farmacologice demonstrate/sugerate experimental ca
modifica functia
Mitotic checkpoint protein Mad1/Mad2
In celule, procesul de segregare corecta a cromozomilor este asigurat de mecanismele
moleculare care se desfasoara in mitoza
activarea unui sistem de control spindle assembly checkpoint (SAC), care permite ca
fazele diviziunii celulare sa se desfasoare optim.

In acest sistem intra proteinele proteins Bub1,3, Mad1 si Mad2. In cadrul acestui lant
de interactiuni un rol critic il au interactiunile dintre proteinele Mad1-Mad2 , Mad2-
Cdc20.

SAC- Functionarea complexului molecular

Mitotic checkpoint protein Mad1

Mad1 functioneaza ca un dimer avand in structura primara 718 resturi de aminoacizi

Sursa Uniprot-
Structura primara
Informatii Structurale

proteina este activa in forma de dimer si orice factor molecular care duce la destabilizarea dimerului
induce pierderea functiei proteice;

domeniul proteic reprezentat de resturile de aminoacizi 483-584 este critic pentru legarea proteinei
Mad2 si stabilizarea dimerului Mad1-Mad1. Modificarea functiei proteice in acest domeniu duce la
aneuploidie;

Formele mutante Mad1 H558 and Mad1 R558 prezentau o constanta de legare mai mica decat
forma salbateca si Mad1 R558 a fost detectata la 50% din pacientii cu cancer.

domeniul carboxi terminal Mad1 (CTD) contine aminoacizii situati in structura primara in pozitiile,
597–718 si este implicat in interactia proteinei Mad1 cu kinetocorele (proteine din domeniul celular care
intrevin in segregarea cromozomiala, in procesul de bi-orientare a cromatidelor)

Mad1 nu prezinta o structura primara care se conserva de-a lungul evolutiei

resturile de amimoacizi R617-L618-K619 determina legarea complexului Bub1-Bub3 la complexul

Mad1-Mad2;
 Relatia structura- functie pentru Mad1 abordare prin metode in vivo si in vitro
Identificarea formelor mutante Mad1 inductoare de patologie sau care modifica functia Mad1-
studii experimentale

(i) T500M (Numeroase tipuri de cancer si probabil BD), E511K (Cancer pulmonar), E516K
Numeroase tipuri de cancer), R556C (Cancer de prostata si probabil BD), R556H (Cancer pulmonar),
R558H (Numeroase tipuri de cancer ), E569K (Cancer de san ), R572H (Numeroase tipuri de cancer);

(ii) C568D, L571D, L575D, P549A, M545A, L543A rmodifica funtia biologica prin reducerea
energia de legare la nivelul complexului cu Mad2

(iii) F629A, Y655A, L677A, F682A, and L709A-modifica functia prin impiedicarea proceslui de
dimerizare Mad1

(iv) Mad1 R617A, K619A, and R630A nu afecteaza dimerizarea dar modifica functia prin
modificarea constantei de legare a Mad1 la kinetocore

Grupuri de cercetatori :
Nomoto, S.;. Oncogene, 1999, 18(50), 7180-7183.
Tsukasaki, K.; Oncogene, 2001, 20(25), 3301-3305.
Cichon, S.; Am. J. Hum. Genet., 2011, 88(3), 372-381.
Kim, S, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2012, 109(17), 6549-6554.
Relatia structura- functie pentru Mad1- abordare in silico

-exista structuri 3D a domeniilor ctitice pentru functia Mad1

Protein Data Bank code: 4DZO [10]
Protein Data Bank code: 1GO4 [19]
Structurile 3D au fost utilizate de diferite grupuri : Kim, S, 2010; Sironi, L.2002, De Antoni, 2005, Avram
2012-2016 pentru evidentierea caracteristicilor structurale, a functiilor formelor mutante, calcului de
descriptori moleculari

Dispunerea potentialului hidrofob (verde) si hidrofil (albastru) (Mad1 wt 493-579-dreapta jos), Mad1 wt
(598-718-stanga jos) si a potentialului electrostatic pozitiv (rosu) si negativ (albastru) pe suprafete
moleculare

Grupuri care studiaza Mad1 prin metode in silico: Kim, S, 2010; Sironi, L.2002, De
Antoni, 2005, Avram 2012
 Identificarea formelor mutante Mad1 inductoare de patologie sau care modifica
functia Mad1- studii in silico
In acord cu datele experimentale, plecand de la structurile tridimensionale ale domeniilor Mad1 494-583 si
Mad1 CTD 598-718 existende in baza de date PDB (proteins data bank) s-au indus mutatiile punctiforme

(i)T500/ S/ N/ L/ W; E511/ R/D /N /Q; E516/ T/ M/ F /L; R556/K/ L/ F/ I; R558/ A/W/M/ G;

E569/D/ Q /P/ W; R572/ K/ L /F/ I;

(ii)F629/S/ G /H; Y655/ S /G/ H; L677/ S /G/ H; F682/ S/ G /H; L709 / S/ G/ H; R617/ S/ G/
H; K619/ S/ G/ H; R630/ S/ G/ H.
SUMARIZARE
Putem raspunde la intrebarile –
avem informatii structurale despre proteina Mad1- DA
avem informatii despre liganzi-DA
avem informatii despre formele mutante care prin mecanisme specifice modifica
functia Mad1-DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode experimentale au concluzionat
implicarea Mad1(forma native si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie -DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode experimentale au concluzionat
implicarea Mad1(forma native si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie- DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode in silico au concluzionat
implicarea Mad1(forma native si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie- DA
putem initia un studiu de relatie structura chimica cantitativ-NU
 Mitotic checkpoint protein Mad2
Informatii structurale
Mad2 contine 205 aminoacizi in secventa primara (sursa Uniprot)
Prezinta doi conformeri - inactiv –deschisa (O-Mad2)
- activ –inchisa (C-Mad2)
Mad2 adopta conformatia inchisa in interactie cu Cdc20 si Mad1
Situsul activ al proteinei Mad2 este reprezentat de capatul C-terminal (10 aminoacizi)-deletia celor 10
aa induce forma open-Mad2 care nu interactioneaza cu Mad1 sau Cdc20
Proteina Mad2 prezinta o structura primara care se conserva de-a lungul evolutie speciilor
LIGANZII
Mad2 interactioneaza cu Mad1 sub forma de dimer
Mad2 interactioneaza cu Cdc20 sunf forma de monomer

Relatia structura- functie pentru Mad2 abordare prin metode in vivo si in vitro

Identificarea formelor mutante Mad2 inductoare de patologie sau care modifica

functia Mad2- studii experimentale

Expresia Mad2 este asociata cu progresia tumorii si rezistenta la chimioterapie;

Modificarea nivelului de exprimare a proteinei Mad2 a fost asociată cu defecte cromozomiale care au
fost observate în multe tipuri de cancer uman

Supraexprimarea Mad2 a fost corelata cu procesul de aneuploidie

Studiile nu arata in mod cert implicarea directa a Mad2 in patologia bipolara

 Grupuri care studiaza Mad2 prin metode experimentale

Yang, M.; Li, B.; Liu, C.J.; Tomchick, D.R.; Machius, M.; Rizo, J.; Yu, H.; Luo, X. Insights into mad2
regulation in the spindle checkpoint revealed by the crystal structure of the symmetric mad2 dimer.
PLoS Biol., 2008, 6(3), e50.

Kulukian, A.; Han, J.S.; Cleveland, D.W. Unattached kinetochores catalyze production of an anaphase
inhibitor that requires a Mad2 template to prime Cdc20 for BubR1 binding. Dev. Cell, 2009, 16(1), 105-
117

Diaz-Rodriguez, E.; Alvarez-Fernandez, S.; Chen, X.; Paiva, B.; Lopez-Perez, R.; Garcia-Hernandez,
J.L.; San Miguel, J.F.; Pandiella, A. Deficient spindle assembly checkpoint in multiple myeloma. PLoS
One, 2011, 6(11), e27583.

Zhang, S.H.; Xu, A.M.; Chen, X.F.; Li, D.H.; Sun, M.P.; Wang, Y.J. Clinicopathologic significance of
mitotic arrest defective protein 2 overexpression in hepatocellular carcinoma. Hum. Pathol., 2008,
39(12), 1827-1834.
Relatia structura- functie pentru Mad2- abordare in silico
exista structuri 3D a domeniilor crititice pentru functia Mad2
Grupuri de cercetatori : Yang,2008; Sironi, L.2002, De Antoni, 2005, Avram 2014 pentru
evidentierea caracteristicilor structurale, a functiilor formelor mutante, calcului de descriptori
moleculari si relatie structura-chimica activitate biologica

Identificarea formelor mutante Mad2 care modifica functia Mad2- studii in

silico
SUMARIZARE
Putem raspunde la intrebarile –
avem informatii structurale despre proteina Mad2- DA
avem informatii despre liganzi-DA
avem informatii despre formele mutante care prin mecanisme specifice modifica
functia Mad2-DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode experimentale au concluzionat
implicarea Mad2(forma native si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie -DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode experimentale au concluzionat
implicarea Mad2(forma nativa si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie- DA
exista grupuri de cercetatori care prin diverse metode in silico au concluzionat
implicarea Mad2(forma nativa si mutante) in procesul de euploidie/aneuploidie- DA
putem initia un studiu de relatie structura chimica cantitativ-DA