Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Proteine Colagen PDF
Proteine Colagen PDF
Colagenul este prezent n toate animalele pluricelulare i reprezint cea mai abundent
protein din vertebrate. Are localizare extracelular i este organizat n fibre cu mare rezisten la
ntindere. Este component al esuturilor conjunctive fiind prezent n oase, dini, cartilaje,
tendoane, ligamente, tegument i vase de snge. n cantitate mic, se gsete practic n orice esut.
Mamiferele prezint 30 de catene polipeptidice distincte din punct de vedere genetic care se
asociaz pentru a forma 16 tipuri de colagen care exist n acelai individ n esuturi diferite.
Aceast protein extracelular este alctuit dintr-un triplu helix , fiecare caten din
acesta, coninnd cte 1000 resturi de aminoacizi. Secvena n aminoacizi este regulat, n sensul
c aproape fiecare al treilea aminoacid este reprezentat de glicin. Secvena Gly-Pro-Hyp se
repet n mod curent
Colagenul este o molecul cu o lungime de circa 3000 i un diametru de 15 .
Figura 3.42 Secvena n aminoacizi la captul C terminal al unui lan de colagen I bovin ce
aparine unei regiuni triplu helicale (Hyp* reprezint 3-hidroxiprolina).
Legtura peptidic, plan i rigid, cu puine excepii, prezint o conformaie trans, astfel
nct atomii de carbon succesivi sunt situai pe prile opuse ale gruprii peptidice care i
unete. Conformaia cis este cu aproximativ 8 kcal/mol mai puin stabil dect cea trans.
Aceast diferen de energie este mai mic n legturile peptidice urmate de resturi de prolin
i de aceea, circa 10% din resturile de prolin din proteine sunt implicate ntr-o astfel de
legtur n conformaie cis.
Scheletul unei proteine poate fi privit ca secvena legturilor peptidice
plane i rigide legate ntre ele (Figura 3.17).
Structura secundar a unei proteine poate fi definit drept conformaia local a scheletului
catenei polipeptidice.
Figura 3.19 Diagrama Ramachandran ce arat valorile unghiurilor
i permise din punct de vedere steric pentru poli-L-alanin
Figura 3.20 Diagrama Ramachandran pentru resturile de glicin dintr-un lan polipeptidic
3.3.2.2 a Helixul
Prin rotirea cu acelai unghi n jurul fiecrui atom de carbon , catena polipeptidic
adopt o conformaie helical. Helixul poate fi caracterizat prin:
numrul de uniti de aminoacizi per tur de spir (n),
pasul spirei (p), care este proiecia unui tur de spir complet pe axa
helixului
creterea helixului pentru fiecare rest de aminoacid (d); d=p/n
Helixurile pot fi de dreapta sau de stnga, deci prezint chiralitate.
De asemenea, trebuie s prezinte unghiuri i , care s se gseasc n
regiunile permisive ale diagramei Ramachandran.
Structura helix este un aranjament rigid al catenei polipeptidice, care prezint simultan
unghiuri conformaionale permisive i numrul maxim de legturi de hidrogen ntre unitile
peptidice. A fost descoperit de Pauling n 1951. n cazul polipeptidelor alctuite din -
aminoacizi din seria steric L, helixul este de dreapta i este caracterizat de n=3,6 resturi de
aminocizi per tur de spir, p=5,4, d=1,5 i unghiurile de torsiune =-57 i =-47. Legturile
de hidrogen se formeaz ntre oxigenul carbonilic al aminoacidului n i hidrogenul iminic al
aminoacidului n+4, ceea ce conduce la o la o distan NO de 2,8 care este aproape de
optimumul necesar pentru formarea legturii de hidrogen (2,55-2,77 ). ntre atomii implicai n
legtura peptidic se stabilesc i interacii van de Waals, pe lng cele de hidrogen, ceea ce
explic stabilitatea remarcabil a acestui tip de structur secundar.
Figura 3.21 Exemple de helixuri. Helixul de dreapta i stnga sunt definite cu valori n pozitive, respectiv
negative.
Teoretic, se pot forma i helixuri de stnga, dar acestea nu au fost detectate pn acum
n proteine.
Catenele laterale R ale aminoacizilor sunt orientate spre exteriorul cilindrului delimitat
de helix, pentru a evita mpiedicrile sterice rezultate n urma interaciei cu scheletul catenei
polipeptidice sau cu alte resturi.
Peptidele cu cel puin 13 resturi de aminoacizi i asum spontan, n ap, aceast
conformaie. Dei diferena ntre stabilitatea termodinamic a structurii helix i cea complet
nepliat, dezordonat, numit random coil, este mic, poli-L-alanina adopt o conformaie
helical n soluii apoase.
O proprietate important ce decurge din regularitatea acestui tip de structur secundar,
care se aplic i altora este cooperativitatea n pliere. Dup ce s-a format un singur tur de spir,
adugarea succesiv a resturilor urmtoare de aminoacizi se face mult mai rapid. Avnd n vedere
restriciile sterice, unghiul este aproximativ corect pentru fiecare rest adugat, iar pentru
unghiul se ajunge la conformaia corect prin formarea legturii de hidrogen dintre oxigenul
carbonilic i hidrogenul dintr-o grupare imino a unei legturi peptidice deja fixat ntr-o
conformaie helical.
Glicina dezorganizeaz acest tip de structur secundar, probabil datorit entropiei
crescute a lanului polipeptidic conferite de posibilitile conformaionale ale unghiurilor i
pentru resturile glicil. Prolina dezorganizeaz helixul, datorit valorilor restrictive ale
unghiurilor i , care fac ca helixul s se torsioneze. De regul, resturile prolil se gsesc la
sfritul helixurilor. Toi ceilali aminoacizi se pot integra n acest element de structur secundar,
putnd s-l stabilizeze sau s-l destabilizeze. n general, aminoacizii cu catene laterale ce prezint
constante dielectrice mici, stabilizeaz helixul, pentru c favorizeaz formarea legturilor de
hidrogen dintre unitile peptidice.
Structura helix prezint un moment de dipol, pentru c toate legturile de hidrogen sunt
orientate n aceeai direcie i sunt paralele cu axa structurii.
Structura helix este un helix 3,613, adic conine 3,6 resturi de aminoacizi per tur de
spir i 13 atomi, inclusiv atomul de hidrogen implicat n formarea legturii de hidrogen (Figura
3.23).
Alte structuri helicale posibile sunt: 2,27, 310 i 4,416. Helixul 2,27 numit i panglic
(ribbon) nu a fost observat n natur niciodat. Helixul de dreapta 310 este mai subire i mai
alungit dect cel cel i a fost observat ocazional n proteine, fcnd legtura ntre helix i o
poriune adiacent a catenei polipeptidice. Helixul (4,416) a fost observat rar n proteine, la
captul C-terminal, i este mai scurt i mai lat comparativ cu helixul.
Acest element de structur secundar (numit pentru c a fost descoperit dup helix)
este stabilizat prin legturi de hidrogen ce se formeaz ntre lanuri polipeptidice nvecinate. i-n
acest caz, unghiurile i se gsesc n regiunea permisiv a diagramei Ramachandran i este
utilizat capacitatea maxim de formare a legturilor de hidrogen.
O caten polipeptidic pliat, este numit caten i este aproape complet extins. Ca
urmare, distana axial ntre aminoacizii vecini este de 3,5 , n contrast cu 1,5 pentru helix.
n conformaia legturile de hidrogen se pot forma intracatenar sau ntre catene
polipeptidice adiacente. Structura pliat poate exista n dou variante:
antiparalel, n care lanurile polipeptidice nvecinate au polaritate opus, iar legturile de
hidrogen formate sunt paralele
paralel, n care catenele sunt orientate n aceeai direcie, iar punile de hidrogen
constituite sunt concurente
Catenele laterale ale aminoacizilor sunt orientate de o parte i de alta a
lanului polipeptidic. Structura pliat se prezint ca o foaie de hrtie mpturit n evantai.
n anumite situaii exist limitri referitoare la tipul de aminoacizi ce pot
participa la formarea structurii. Atunci cnd catenele sunt foarte aproape una de alta ntr-o
protein, cum este cazul fibroinei din mtase i al proteinei din pnza de pianjen, au un coninut
foarte ridicat de resturi de glicin i alanin, care au radicalii R cei mai mici. Aceti aminoacizi
sunt prepondereni la nivelul unei mari pri din secvena proteic
Structura pliat antiparalel apare n proteine fibrilare de tipul fibroinei, care este o
keratin, produs de viermele de mtase. Dar se gsete i n aproximativ 80% din proteinele
globulare analizate pn n prezent. n multe cazuri, ntreaga protein conine numai structur.
La nivelul proteinelor globulare, acest motiv structural const din 2 pn la 15 catene
polipeptidice (media fiind 6). Catenele au pn la 15 resturi de aminoacizi, prezentnd n medie
6 resturi. De exemplu, lectina concanavalina A prezint ase catene antiparalele. Arareori se
ntlnete o structur paralel cu mai puin de 5 lanuri, ceea ce sugereaz c aceasta este mai
puin stabil de cea antiparalel
Figura 3.24 Formarea legturilor de hidrogen n structuri pliate
Tipul I este considerat o form distorsionat de helix 310, iar tipul II prezint adeseori
glicina n poziia 3. De asemenea, n ambele tipuri de bends, al doilea rest de aminoacid este
frecvent prolina.
n figura 3.26 sunt prezentate dou variante ale motivului helix-loop-helix. n acest caz,
dou segmente sunt legate printr-o regiune loop de lungime variabil. Varianta (a) se ntlnete
n proteinele ce se leag la ADN (unul din segmentele helicale interacioneaz cu acidul nucleic)
iar varianta (b) este asociat cu proteinele ce leag calciu (un cation divalent de calciu se
ancoreaz n mijlocul regiunii loop).
Motivul hairpin prezint dou catene , legate printr-o bucl de lungime variabil, care
pot fi antiparalele (Figura 3.27a) sau paralele (Figurile 3.27 b i c). Conexiunea dintre catenele
se poate face spre dreapta (Figura 3.27 b), ceea ce se ntlnete mai frecvent, sau spre stnga
(Figura 3.27 c).
Al treilea motiv, --, este constituit din dou catene paralele, legate spre dreapta cu
un helix (Figura 3.28).
n keratin se ntlnete motivul , n care dou helixuri cu
polaritate diferit sunt legate direct.
Figura 3.21 Motivul din unele proteine
Enzima denaturat n urma acestui tratament, i-a recptat activitatea prin ndeprtarea
mercaptoetanolului i ureei prin dializ. Anfinsen a dedus c gruprile
sulfhidril ale enzimei denaturate sunt reoxidate n prezena aerului iar
enzima se repliaz spontan n forma activ din punct de vedere
catalitic. Acest experiment a dovedit c informaia coninut n
secvena de aminoacizi determin structura tridimensional complex a
ribonucleazei.
Mioglobina
Mioglobina este o protein muscular care fixeaz O2. Este alctuit dintr-un singur lan
polipeptidic, care conine 153 de aminoacizi i are o mas molecular de aproximativ 17 kDa i o
grupare prostetic, reprezentat de hem.
n 1957, Kendrew a determinat structura tridimensional a mioglobinei din muchi
scheletic de caalot , care este stabil, i servete ca rezerv de oxigen n timpul scufundrii.
Aceast protein are o structur compact, cu un procent de -helix de aproximativ 75%.
Cele opt segmente helicale, de dreapta, au fost denumite de la A la H. Primul rest de aminoacid n
helixul A este desemnat A1, al doilea A2, etc. ntre helixuri exist cinci segmente nehelicale,
(numite AB, CD, etc., dac sunt localizate ntre helixurile A i B, respectiv ntre C i D).
Hemoglobina
Catena conine 141 iar catena , 146 resturi de aminoacizi. Structurile teriare ale celor
dou lanuri i a mioglobinei sunt similare, dei doar 18% din resturile de aminoacizi sunt
identice n cazul celor trei proteine. Concluzia ce se poate trage este c secvene de aminoacizi
diferite pot genera structuri tridimensionale similare.
La ora actual este cunoscut secvena n aminoacizi a peste 60 de specii, iar n urma
analizei acesteia s-a constatat c o variabilitate semnificativ a multor poziii, cu excepia a 9
aminoacizi care sunt conservai n majoritatea speciilor i au rol important pentru funcionarea
moleculei de hemoglobin.
Lanurile polipeptidice ale hemoglobinei sunt aranjate astfel nct interaciile
semnificative au loc ntre subunitile neidentice. Astfel, interacia 12 (respectiv 21) implic
19 de resturi de aminoacizi, pe cnd la interfaele 11 respectiv 22 interacioneaz 35 de resturi.
Natura interaciilor este predominant hidrofob, dar exist i legturi de hidrogen i ionice. n
schimb, interaciile 1-2 i 1-2 sunt puine i au caracter polar.
Oxigenarea determin modificri importante de structur cuaternar a hemoglobinei,
astfel c oxi- i deoxihemoglobina (proteina care are a asea poziie de coordinare a Fe (II)
ocupat de o molecul de ap, n loc de oxigen molecular) prezint forme cristaline diferite.
Oxigenarea determin rotaia dimerului 11 cu 15 fa de dimerul 22. Molecula oxigenat este
mai compact, astfel nct distana ntre ionii de Fe (II) din lanurile scade de la 40 (ct este n
molecula de deoxihemoglobin) la 33 . n oxihemoglobin, resturile C-terminale ale celor patru
lanuri polipeptidice prezint o libertate de rotaie aproape complet, pe cnd n
deoxihemoglobin, aceste grupri terminale sunt legate ntre ele. Gruprile carboxil terminale i
catenele laterale ale resturilor C-terminale particip la interacii electrostatice care rigidizeaz
tetramerul. n consecin, structura cuaternar a deoxihemoglobinei este denumit T (tensionat)
iar cea a oxihemoglobinei R (relaxat) (Figura 3.50). Legarea O2 la deoxihemoglobin modific
structura cuaternar a moleculei prin faptul c determin micarea n planul porfirinei. Atunci
cnd Fe2+ se mic n planul hemului, antreneaz n micare i restul de His, ceea ce determin
modificri conformaionale la nivelul interfeei subunitilor. Acest fapt determin trecerea TR.
Deci o modificare structural la nivelul unei subuniti este transmis la nivelul interfeei dintre
subuniti. Legarea oxigenului la o molecul de hem este comunicat la nivelul unor pri din
molecula de hemoglobin aflate la distane mai mari.
Hemoglobina nu transport numai oxigenul molecular ci i H+ i CO2.
Proprietile de legare a oxigenului sunt reglate prin interacii dintre situsuri separate
neadiacente. Hemoglobina este o protein alosteric, n timp ce mioglobina nu este. Aceast
diferen se manifest n trei moduri:
1) Legarea oxigenului molecular la hemoglobin favorizeaz
legarea unei alte molecule de oxigen la aceeai molecul de hemoglobin. Cu alte cuvinte,
oxigenul se leag cooperativ la hemoglobin, situaie care nu se ntlnete n cazul mioglobinei
2) Afinitatea hemoglobinei pentru oxigen depinde de pH, n
timp ce n cazul mioglobinei, acest parametru este independent de pH. Molecula de CO2 afecteaz
i ea caracteristicile de legare a oxigenului de ctre hemoglobin. Att H+ ct i CO2 favorizeaz
eliberarea O2 legat i reciproc, O2 determin eliberarea H+ i CO2 legai.
3) Afinitatea pentru oxigen a hemoglobinei este reglat de 2,3-
bifosfoglicerat. Ca urmare hemoglobina prezint o afinitate mai sczut pentru oxigen dect
mioglobina.
Dac se reprezint grafic saturaia Y (fracia de situsuri de legare a oxigenului ocupate) n
funcie de presiunea parial a oxigenului, pO2 se obine aa numita curb de disociere a
oxigenului
Funcia proteinelor poate fi neleas numai n corelaie cu structura acestora, adic relaia
tridimensional dintre atomii componeni.
n mod clasic, descrierea din punct de vedere structural a proteinelor se refer la patru
nivele de organizare:
1. Structura primar care reprezint secvena de aminoacizi a
catenei polipeptidice, respectiv numrul i succesiunea resturilor de aminoacizi
2. Structura secundar care se refer la aranjamentul spaial local al
atomilor aminoacizilor implicai n formarea legturii peptidice
3. Structura tridimensional ce constituie rezultatul interaciilor
dintre catenele laterale ale aminoacizilor din catenele polipeptidice
4. Structura cuaternar care este rezultatul interaciunii dintre
catenele polipeptidice independente, cu structuri primare, secundare i teriare bine definite
3.3.1 Structura primar a proteinelor
Prima determinare a structurii primare a unei proteine a fost realizat de Frederick Sanger
n 1953, care a determinat compoziia n aminoacizi a insulinei bovine. Dup ce aceast tehnic
de secveniere a fost pus la punct, a fost elucidat secvena n aminoacizi a altor mii de proteine.