Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
CLASIFICAREA PROTEINELOR
Proteine simple
a. Albumine: solubile în apă şi în soluţii saline (de ex.: albumina din serul
sangvin, albumina din ou);
b. Globuline: puţin solubile în apă, solubile în soluţii saline (de ex.:
globulinele serice şi multe globuline din seminţe);
c. Prolamine: solubile în alcool de 70-80% şi în apă sau etanol absolut (de
ex.: gliadina din grâu, zeina din porumb);
d. Gluteine: insolubile în solvenţi neutri şi solubile în soluţii diluate de acizi
sau baze (de ex.: gluteina din grâu);
e. Scleroproteinele: insolubile în solvenţi apoşi (colagen, elastina, keratine).
Proteine conjugate
1
f. Metaloproteine: sunt proteine ce conţin metale (cuceruloplasmina, Fe-
feritina, un număr de enzime, etc.);
g. Fosfoproteine: sunt proteine ce conţin resturi ale acidului fosforic ce
esterifică resturi de serină şi treonină (de ex.: cazeina din lapte şi unele
enzime).
Derivaţi proteici
2
f. Proteinele au roluri importante în controlul şi reglarea transcripţiei şi
translaţiei genelor. Printre acestea menţionăm atât histonele, proteine
represor asociate cu DNA ce controlează expresia genetică, proteinele ce fac
parte din ribozomi cât şi factorii transcripţionali şi translaţionali.
g. Receptorii membranari sunt proteine ce transmit semnalele extracelulare şi în
interiorul celulei, reglându-i activitatea fiziologică.
3
sarcinilor negative, sarcina netă fiind zero). La pI moleculele proteice
precipită din soluţie şi nu migrează în câmp electric. La pH>pI, moleculele
proteice au o sarcină electrică net negativă, iar la pH<pI sunt încărcate
pozitiv.
4. Proprietăţile acido-bazice ale proteinelor sunt determinate de grupările
ionizabile din moleculă. Proteinele sunt polielectroliţi complecşi, policationi
în soluţie acidă şi când sunt titrate cu baze dau curbe dificil de interpretat
datorită suprapunerii valorilor pKa a multor grupări care disociază. Chiar
dacă aceste curbe de titrare nu au o formă caracteristică, ele dau informaţii
asupra grupărilor ionizabile prezente. Trebuie notat că proteinele au
proprietăţi de soluţii tampon şi joacă un rol important în controlul pH-ului în
sistemele biologice. Proprietăţile fizice ale unei proteine au valori minime la
pI. La acest pH, mobilitatea în câmp electric, presiunea osmotică,
capacitatea de hidratare, vâscozitatea şi solubilitatea sunt minime.
4
Analiza compoziţiei în aminoacizi a unei proteine presupune
hidroliza proteinei respective, care se realizează de obicei prin hidroliza
acidă a legăturilor peptidice cu:
- HCl 6M, ~1000C, 24h-27h;
- mai rar, cu acid performic;
Prin aceste metode nu se determină secvenţa de aminoacizi, ci numai
compoziţia în aminoacizi.
Indiferent de agentul folosit pentru hidroliza proteinelor, hidroliza
acidă a acestora este însoţită de oxidarea unor resturi de aminoacizi:
- cisteina şi cistina sunt transformate în acid cistic;
- metionina în metioninsulfonă;
- Tyr şi Trp sunt complet distruse;
- Thr şi Ser sunt oxidate în proporţie de 5-10%;
- Asn şi Gln sunt transformate în Asp şi Glu;
Totodată există legături peptidice care sunt rezistente la hidroliză, cum
ar fi Ile-Ile, iar altele greu hidrolizabile: Val-Val, Val-Ile, Ile-Val.
Pentru a evita dezavantajele hidrolizei acide, se poate efectua
hidroliza acidă la diferite intervale de timp ( 24h, 48h, 72h) şi extrapolarea
rezultatelor la timpul „zero”.
5
Degradarea EDMAN este o metodă de îndepărtare a câte unui singur
aminoacid aflat la capătul N-terminal (care nu trebuie să fie blocat) al unei
proteine în manieră secvenţială sau succesivă.
Principiul metodei constă în reacţia fenil-izotiocianatului cu gruparea
NH2-terminală, neîncărcată a proteinei, formând un fenil-tiocarbamoil-
derivat. În mediu slab acid,se eliberează un derivat ciclic al aminoacidului
terminal şi peptida (proteina) scurtată cu un aminoacid. Compusul ciclic este
feniltiohidantoina (PTH)-aminoacid, care este identificat prin procedee
cromatografice (ex: HPLC). Recuperarea aminoacidului este sub 100%.
Teoretic, metoda se poate aplica pentru identificarea tuturor aminoacizilor
din structura primară a unei proteine, indiferent de numărul acestora.
6
Spre deosebire de metoda EDMAN, această metodă nu poate fi
folosită repetativ în cazul proteinei native deoarece aceasta este degradată
total prin hidroliză acidă.
Cu ajutorul acestei metode se poate evidenţia existenţa mai multor
catene polipeptidice prin formarea numărului corespunzător de derivaţi
coloraţi ai aminoacizilor de la capatele N-terminale (ex: insulina prezintă 2
catene polipeptidice→2 capete N-terminale→2 derivaţii nitro pentru Gly şi
Phe).
7
Degradarea Edman
F H H H
+ H2N C CO NH C CO NH C CO .....
2ON NO2 R1 R2 R3
marcare cu dinitrofluorobenzen
- HF
H H H
NH C CO NH C CO NH C CO
....
R2 R3
R1
2ON
NO2
hidroliza
H
NH
C COOH + NH2 CH COOH + NH2 CH COOH + ....
2ON NO2 R1 R2 R3
dinitroderivat
Extremitate C-terminală
Determinarea aminoacidului din poziţia C-terminală se realizează în
prezenţa carboxipeptidazei A (exopeptidază) care atacă la capătul
C-terminal, hidrolizând ultimul aminoacid din această poziţie.
Scindarea specifică a unei proteine se realizează prin metode chimice sau
enzimatice.
8
- WITKOP şi GROSS au evidenţiai că bromcianul (CNBr) scindează
polipeptidele numai la partea carboxil a resturilor de metionină:
-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-... + CNBr
R CH2 R’
CH2
CH3
+
NH-CH-CO-NH-C-C=O + NH3-CH-CO-
R CH2 O R’
CH2
Observaţii
-peptidele obţinute prin scindare chimică sau enzimatică sunt separate
prin cromatografie, iar secvenţele fiecărei peptide purificate este apoi
determinată prin metoda EDMAN;
-aceste metode se aplică unei proteine ce constă dintr-o singură catenă
polipeptidică, lipsită de punţi disulfurice. Dacă o proteină constă din mai
multe catene polipeptidice legate prin S-S, determinarea structurii primare
necesită şi alte etape, respective scindarea acestor punţi şi separarea
componentelor catenare.
9
Separarea punţilor disulfurice se realizează prin diverse procedee
redox:
-oxidare cu acid performic;
-reducere cu mercaptoetanol sau ditiotreitol.
Precauţii:
Pentru a preveni reoxidarea resturilor de Cys, acestea sunt alchilate cu
iodacetat).
Structura secundară
Conformaţia proteinelor
Măsurătorile fizice de diferite tipuri au sugerat că proteinele nu conţin
catene polipeptidice total extinse, ci sunt structuri mai mult sau mai puţin
compacte, având diferite grade de pliere.
Dispoziţia lanţurilor peptidice în spaţiu defineşte conformaţia
proteinei, iar descrierea completă a moleculei unei proteine include o analiză
detaliată a valorii ungiurilor şi lungimii legăturilor, a orientării şi mărimii
substituenţilor.
Structura unităţii peptidice a fost stabilită de Linus PAULING şi
Robert COREY (1951) prin studii de difracţie X asupra unor preparate de
aminoacizi, a unor di-, tri- şi oligopeptide (primele experimentări s-au făcut
10
pe peptide sintetice rezultate din condensarea glicinei). Concluziile
experimentărilor au condus la formularea unor legităţi:
- resturile de aminoacizi ce se găsesc în lanţurile polipeptidice sunt
din seria L;
- atomii ce participă la formarea legăturii peptidice sunt coplanari;
- conformaţia trebuie să permită, formarea unui număr mare de
legături de hidrogen şi să favorizeze realizarea unei structuri stabile
energetic.
Atomii catenei principale sunt dispuşi în unităţi peptidice rigide,
fiecare unitate având două grade de libertate:
- rotirea în jurul legăturii N-Cα, iar unghiul rotaţiei în jurul acestei
legături este determinat ca fiind phi (φ);
- rotirea în jurul legăturii Cα-C’, iar unghiul corespunzător acestei
rotaţii se desemnează prin psi (ψ).
Conformaţia atomilor catenei principale este determinată de valorile
celor două unghiuri pentru fiecare rest de aminoacid al catenei polipeptidice.
Numai anumite combinaţii ale acestor unghiuri sunt premise din cauza
împiedicării sterice dintre catena principală şi catenele laterale R din fiecare
aminoacid, cu excepţia Gly.
De exemplu:
- grupările R voluminoase, cum ar fi în cazul Trp, prezintă cele
mai puţine rotaţii premise;
- în cazul în care R=H, respective în cazul Gly, nu există
constrângeri din punct de vedere al rotaţiei;
- în cazul Pro există o foarte mare restricţie în ceea ce priveşte
rotaţia legăturii, ceea ce determină tendinţa de a distruge sau
de a întrerupe structura secundară.
11
Lungimea legăturii C-N : 1,47 Å
Lungimea legăturii C=N: 1,27 Å
Lungimea legăturii C=O : 1,33 Å
Reprezentarea RAMACHANDRAN
12
unghiurilor φ şi ψ care determină coliziunea sferelor corespund conformaţiei
sterice nepermise a polipeptidei.
13
Regiunile nepermise implică, în general, împidicări sterice între
grupările metilen ale catenelor laterale şi atomii din catena principală.
Glicina, neavând catenă laterală, poate adopta orice valoare a unghiurilor φ
şi ψ din cele 4 cuadranţi ai diagramei. De aceea, acest aminoacid apare
frecvent în regiunile în care proteina îşi schimbă structura, respectiv în care
catena polipeptidică îşi modifică direcţia, regiuni în care orice alt rest de
aminoacid ar prezenta împiedicare sterică.
Analiza statistică a arătat că unghiurile φ şi ψ din proteine se regăsesc
în interiorul sau în apropierea a două regiuni favorabile ( a căror distribuţie
este prezentată în figura din stânga), cu excepţia glicinei, care poate adopta
şi alte conformaţii (distribuţia este prezentată în figura din dreapta).
14
Indiferent de metoda de determinare, distanţele intermoleculare sunt
interpretate ca fiind cele dintre atomi ce sunt asimilaţi cu nişte sfere
compacte. Se presupune că atomii ce se găsesc în apropierea unuia de
celălalt, dar nu sunt legaţi chimic între ei, se pot apropia până la atingere, dar
nu mai mult. Măsurarea distanţei dintre ei va fi egală cu suma razelor
sferelor cu care aceşti atomi sunt asimilaţi:
rA distanţa interatomică = rA + rB
rB
A B
Raza sferelor compacte cu care sunt asimilaţi atomii se numeşte raza
van der Waals sau “nonbonded radii”.
Odată cu progresele mecanicii cuantice s-a demonstrat că atomii nu
sunt, însă sfere compacte. Structura lor electronică trebuie să fie descrisă
prin funcţii de undă, iar când atomii se apropie unul de celălalt apare o
anumită întrepătrundere între funcţiile lor de undă, ceea ce conduce la
diferite tipuri de interacţiuni. Din acest punct de vedere, noţiunea de mărime
(volum) a atomului nu are sens.
Totuşi, raza van der Waals este folosită ca parametru în expresii
matematice pentru descrierea empirică a interacţiilor intermoleculare în
câmpuri de forţă.
Astfel, razele van der Waals sunt, încă, utilizate pentru definirea
volumului şi a suprafeţei unui atom sau a unei molecule. Reprezentarea
suprafeţei este utilă în studiile de determinare a structurii geometrice a
biopolimerilor.
Structura secundară reprezintă aranjamentul spaţial al resturilor de
aminoacizi dintr-o catenă polipeptidică, care rezultă din combinaţiile
unghiurilor φ şi ψ într-o formă (stare) stabilă. Elementele structurii
secundare sunt stabilizate prin punţi de hidrogen între electronii
neparticipanţi ai unui atom de oxigen carbonilic al unei unităţi proteice
(peptidice) şi atomul de hidrogen al altei unităţi.
Trei elemente de structură secundară se găsesc în mod obişnuit în
structura proteinelor: α-helix, β-structură pliată (β-sheet) şi β-turns.
Secvenţele fără o structură secundară organizată se numesc random coils şi
ele au o mare flexibilitate în soluţii.
Unghiurile de torsiune φ şi ψ ale legăturilor din jurul atomului Cα sunt
diferite în funcţie de tipul de structură secundară:
φ = ψ = 1800 (conformaţie planară, complet extinsă)
φ = -570; ψ = -470 (α-helix de dreapta)
φ = -1390; ψ = +1350 (β-sheet antiparalel)
15
φ = -1190; ψ = +1130 (β-sheet paralel)
16
100 pm = 1 Å
1000 pm = 1 nm
17
Structurile β-pliate sunt stabilizate de legături de hidrogen
poziţionate aproape perpendicular pe axa structurii. Distanţa axială între doi
aminoacizi vecini este de 3,5 Å comparativ cu 1,5 Å din α-helix. Acest tip
de structură secundară se regăseşte atât în proteinele fibroase, cât şi în cele
globulare.
18
În formarea β-structurii, 2 regiuni (de 5-10 resturi aminoacizi) se
aliniază paralel sau antiparalel, stabilindu-se punţi de hidrogen, cu
formarea unei structuri mai extinse decât cea a α-helixului. Grupările R se
găsesc de o parte şi de alta a planurilor generate de caracteristicile peptidice
şi punţilor de hidrogen.
19
φ = -1400; ψ = -1300. În contrast, în structurile α-helicale, ambele unghiuri
au valori negative.
În β-structuri, două sau mai multe lanţuri polipeptidice se găsesc unul
de-a lungul celeilalte şi sunt legate în mod ordonat şi regulat prin legături de
hidrogen stabilite între grupările C=O şi N-H din lanţurile principale. De
aceea, toate legăturile de hidrogen din β-structură se stabilesc între diferite
fragmente ale polipeptidei spre deosebire de structurile α-helix unde punţile
de hidrogen implică acelaşi element al structurii secundare.
În structurile β-pliate paralele, catenele au aceeaşi direcţie, pe când în
cele antiparalele, acestea sunt direcţionate în mod opus una faţă de cealaltă.
În cazul, β-structurilor mixte, unele catene sunt paralele, iar altele,
antiparalele.
Structură β-pliată
25-300
20
β-structurile paralele sunt mai puţin răsucite decât cele antiparalele şi
sunt în general puţin expuse spre exteriorul proteinei. Spre deosebire de
acestea, β-structurile antiparalele pot suferi mari distorsiuni, cum ar fi
răsucirile, şi sunt în mare parte expuse spre solvenţi. Acest lucru înseamnă
că structurile antiparalele sunt mai stabile decât cele paralele, ceea ce se
corelează cu geometria legăturilor de hidrogen şi cu faptul că structurile
paralele apar rar.
Structurile „turns” reprezintă cea de-a treia categorie de structuri
secundare „clasice” (aproximativ 1/3 din totalul resturilor de aminoacizi din
structura proteinelor globulare având structura „turn”). Această structură
permite catenei polipeptidice să-şi schimbe brusc direcţia.
Structurile „turns” sunt localizate, în primul rând, la suprafaţa
proteinei şi în consecinţă sunt alcătuite de resturi de aminoacizi polari şi
încărcaţi electric.
Majoritatea proteinelor sunt constituite din combinaţii de elemente ale
structurii secundare: α-helix şi β structurile, legate între ele prin regiuni
„turns” sau „loop” de diferite lungimi şi cu forme neregulate. O combinaţie a
elementelor structurii secundare formează miezul hidrofob stabil al
moleculei, regiunile „loop”- bogate în aminoacizi apolari – găsindu-se la
suprafaţa moleculei proteice. Grupările CO şi NH ale legăturii peptidice din
aceste regiuni „loop” nu formează punţi de hidrogen între ele, fiind expuse
spre mediu, şi formează legături de hidrogen cu moleculele de apă.
Recunoaşterea anticorpilor, fosforilarea, glicozilarea, hidroxilarea şi
reacţia intron/exon se realizează frecvent în zona sau în apropierea zonei
„turns”. Totuşi, nu se poate afirma cu precizie dacă acest lucru se datorează
recunoaşterii specifice sau localizării la suprafaţă a conformaţiei „turn”.
Aceste structuri se mai numesc „reverse turns”, β-bends sau hairpin
bends/loops deoarece aceste secvenţe sunt adesea de structură β antiparalelă.
Structurile „turn” au fost identificate de VENKATACHALAM
(1968), care a evidenţiat trei tipuri, toate trei conţinând 4 resturi de
aminoacizi, cu o punte de hidrogen ce apare între oxigenul carbonului de la
aminoacidul i şi azotul aminic al aminoacidului i+3:
- tipul I: poate conţine orice rest de aminoacid în poziţiile i - i+3, cu
excepţia Pro în poziţia i+2
- tipul II: necesită Pro în poziţia i+1 şi Gly în poziţia i+3
- tipul III: este o tură din 310-helix.
S-au făcut multe speculaţii referitoare la rolul acestui tip de structură
secundară în proteinele globulare, extrem de diferite:
21
- considerarea acestor structuri ca fiind „partea slabă” (vulnerabilă)
din lanţul polipeptidic, permiţând celorlalte 2 tipuri de structuri secundare
(helix şi piate) să determine conformaţia;
- considerarea lor ca fiind segmente de nucleare a structurii, ce apar în
faze timpurii ale procesului de formare a structurii proteinei (maturarea
acesteia),
Aproape toate proteinele au mai mult de 60 de resturi de aminoacizi
implicate în mai multe elemente „loop” de 6-16 resturi, a căror lungime este
mai mică de 10 Å.
Când secvenţe de aminoacizi omoloage de la diferite specii sunt
comparate, se constată că cele mai multe inserţii sau deleţii apar în aceste
regiuni “loop” în cursul evoluţiei miezul hidrofob fiind mai stabil.
Aranjamentul elementelor structurii secundare din miezul hidrofob este
relative insensibil la lungimea regiunii “loop”. La nivelul acestor regiuni, se
găsesc frecvent situsurile de legare şi centrele catalitic active ale enzimelor.
Structura supersecundară
β-structură
β-hairpins
β-structură
22
Acest motiv este prezent frecvent în majoritatea structurilor
antiparalele, cât şi ca parte a unor structuri mai complexe, de ex: inhibitorul
tripsinei, proteina din veninul de şarpe.
2. Structura β-corners
Catenele cu structură β au o uşoară răsucire spre dreapta astfel încât
împachetarea în structuri β are o anumita curbură spre stânga. Catenele
antiparalele ce formează structurile β-hairpins pot fi acomodate prin
schimbarea direcţiei cu 900, structură cunoscută sub numele de β-corners.
3. Helix hairpins (ααhairpins)
Această structură se referă la regiunea „loop” ce conectează două
segmente α-helicale antiparalele.
4. αα corner
Scurte regiuni „loop” ce conectează helixuri care sunt aproape
perpendiculare una pe cealaltă.
Structura tertiară
23
- un domeniu leagă NAD+ (este format din 6 secvenţe cu structuri α-
helix la capete) şi este constituit din partea N-terminală a catenei
polipeptidice sau C-terminală.
- un domeniu care recunoaşte şi leagă substratul.
Situsul catalitic activ se găseşte într-o fantă, poziţionată între cele 2
domenii.
24
25
Structura cuaternară
26