Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Biochimie PDF
Biochimie PDF
Colagenul este prezent în toate animalele pluricelulare şi reprezintă cea mai abundentă
proteină din vertebrate. Are localizare extracelulară şi este organizat în fibre cu mare rezistenţă la
întindere. Este component al ţesuturilor conjunctive fiind prezent în oase, dinţi, cartilaje,
tendoane, ligamente, tegument şi vase de sânge. În cantitate mică, se găseşte practic în orice ţesut.
Mamiferele prezintă 30 de catene polipeptidice distincte din punct de vedere genetic care se
asociază pentru a forma 16 tipuri de colagen care există în acelaşi individ în ţesuturi diferite.
Această proteină extracelulară este alcătuită dintr-un triplu helix , fiecare catenă din
acesta, conţinând câte 1000 resturi de aminoacizi. Secvenţa în aminoacizi este regulată, în sensul
că aproape fiecare al treilea aminoacid este reprezentat de glicină. Secvenţa Gly-Pro-Hyp se
repetă în mod curent
Colagenul este o moleculă cu o lungime de circa 3000 Å şi un diametru de 15 Å.
Figura 3.42 Secvenţa în aminoacizi la capătul C terminal al unui lanţ de colagen α I bovin ce
aparţine unei regiuni triplu helicale (Hyp* reprezintă 3-hidroxiprolina).
Legătura peptidică, plană şi rigidă, cu puţine excepţii, prezintă o conformaţie trans, astfel
încât atomii de carbon α succesivi sunt situaţi pe părţile opuse ale grupării peptidice care îi
uneşte. Conformaţia cis este cu aproximativ 8 kcal/mol mai puţin stabilă decât cea trans.
Această diferenţă de energie este mai mică în legăturile peptidice urmate de resturi de prolină
şi de aceea, circa 10% din resturile de prolină din proteine sunt implicate într-o astfel de
legătură în conformaţie cis.
Scheletul unei proteine poate fi privit ca secvenţa legăturilor peptidice
plane şi rigide legate între ele (Figura 3.17).
Structura secundară a unei proteine poate fi definită drept conformaţia locală a scheletului
catenei polipeptidice.
Figura 3.19 Diagrama Ramachandran ce arată valorile unghiurilor φ
şi ψ permise din punct de vedere steric pentru poli-L-alanină
Figura 3.20 Diagrama Ramachandran pentru resturile de glicină dintr-un lanţ polipeptidic
3.3.2.2 a Helixul
Prin rotirea cu acelaşi unghi în jurul fiecărui atom de carbon α, catena polipeptidică
adoptă o conformaţie helicală. Helixul poate fi caracterizat prin:
• numărul de unităţi de aminoacizi per tur de spiră (n),
• pasul spirei (p), care este proiecţia unui tur de spiră complet pe axa
helixului
• creşterea helixului pentru fiecare rest de aminoacid (d); d=p/n
Helixurile pot fi de dreapta sau de stânga, deci prezintă chiralitate.
De asemenea, trebuie să prezinte unghiuri φ şi ψ, care să se găsească în
regiunile permisive ale diagramei Ramachandran.
Structura α helix este un aranjament rigid al catenei polipeptidice, care prezintă simultan
unghiuri conformaţionale permisive şi numărul maxim de legături de hidrogen între unităţile
peptidice. A fost descoperită de Pauling în 1951. În cazul polipeptidelor alcătuite din α-
aminoacizi din seria sterică L, α helixul este de dreapta şi este caracterizat de n=3,6 resturi de
aminocizi per tur de spiră, p=5,4Å, d=1,5 Å şi unghiurile de torsiune φ=-57˚ şi ψ=-47˚. Legăturile
de hidrogen se formează între oxigenul carbonilic al aminoacidului n şi hidrogenul iminic al
aminoacidului n+4, ceea ce conduce la o la o distanţă N···O de 2,8 Å care este aproape de
optimumul necesar pentru formarea legăturii de hidrogen (2,55-2,77 Å). Între atomii implicaţi în
legătura peptidică se stabilesc şi interacţii van de Waals, pe lângă cele de hidrogen, ceea ce
explică stabilitatea remarcabilă a acestui tip de structură secundară.
Figura 3.21 Exemple de helixuri. Helixul de dreapta şi stânga sunt definite cu valori n pozitive, respectiv
negative.
Teoretic, se pot forma şi α helixuri de stânga, dar acestea nu au fost detectate până acum
în proteine.
Catenele laterale R ale aminoacizilor sunt orientate spre exteriorul cilindrului delimitat
de α helix, pentru a evita împiedicările sterice rezultate în urma interacţiei cu scheletul catenei
polipeptidice sau cu alte resturi.
Peptidele cu cel puţin 13 resturi de aminoacizi îşi asumă spontan, în apă, această
conformaţie. Deşi diferenţa între stabilitatea termodinamică a structurii α helix şi cea complet
nepliată, dezordonată, numită random coil, este mică, poli-L-alanina adoptă o conformaţie
helicală în soluţii apoase.
O proprietate importantă ce decurge din regularitatea acestui tip de structură secundară,
care se aplică şi altora este cooperativitatea în pliere. După ce s-a format un singur tur de spiră,
adăugarea succesivă a resturilor următoare de aminoacizi se face mult mai rapid. Având în vedere
restricţiile sterice, unghiul φ este aproximativ corect pentru fiecare rest adăugat, iar pentru
unghiul ψ se ajunge la conformaţia corectă prin formarea legăturii de hidrogen dintre oxigenul
carbonilic şi hidrogenul dintr-o grupare imino a unei legături peptidice deja fixată într-o
conformaţie helicală.
Glicina dezorganizează acest tip de structură secundară, probabil datorită entropiei
crescute a lanţului polipeptidic conferite de posibilităţile conformaţionale ale unghiurilor φ şi ψ
pentru resturile glicil. Prolina dezorganizează α helixul, datorită valorilor restrictive ale
unghiurilor φ şi ψ, care fac ca helixul să se torsioneze. De regulă, resturile prolil se găsesc la
sfârşitul helixurilor. Toţi ceilalţi aminoacizi se pot integra în acest element de structură secundară,
putând să-l stabilizeze sau să-l destabilizeze. În general, aminoacizii cu catene laterale ce prezintă
constante dielectrice mici, stabilizează α helixul, pentru că favorizează formarea legăturilor de
hidrogen dintre unităţile peptidice.
Structura α helix prezintă un moment de dipol, pentru că toate legăturile de hidrogen sunt
orientate în aceeaşi direcţie şi sunt paralele cu axa structurii.
Structura α helix este un helix 3,613, adică conţine 3,6 resturi de aminoacizi per tur de
spiră şi 13 atomi, inclusiv atomul de hidrogen implicat în formarea legăturii de hidrogen (Figura
3.23).
Alte structuri helicale posibile sunt: 2,27, 310 şi 4,416. Helixul 2,27 numit şi panglică
(ribbon) nu a fost observat în natură niciodată. Helixul de dreapta 310 este mai subţire şi mai
alungit decât cel cel α şi a fost observat ocazional în proteine, făcând legătura între α helix şi o
porţiune adiacentă a catenei polipeptidice. Helixul π (4,416) a fost observat rar în proteine, la
capătul C-terminal, şi este mai scurt şi mai lat comparativ cu α helixul.
Acest element de structură secundară (numit β pentru că a fost descoperit după α helix)
este stabilizat prin legături de hidrogen ce se formează între lanţuri polipeptidice învecinate. Şi-n
acest caz, unghiurile φ şi ψ se găsesc în regiunea permisivă a diagramei Ramachandran şi este
utilizată capacitatea maximă de formare a legăturilor de hidrogen.
O catenă polipeptidică β pliată, este numită catenă β şi este aproape complet extinsă. Ca
urmare, distanţa axială între aminoacizii vecini este de 3,5 Å, în contrast cu 1,5 Å pentru α helix.
În conformaţia β legăturile de hidrogen se pot forma intracatenar sau între catene
polipeptidice adiacente. Structura β pliată poate exista în două variante:
• antiparalelă, în care lanţurile polipeptidice învecinate au polaritate opusă, iar legăturile de
hidrogen formate sunt paralele
• paralelă, în care catenele sunt orientate în aceeaşi direcţie, iar punţile de hidrogen
constituite sunt concurente
Catenele laterale ale aminoacizilor sunt orientate de o parte şi de alta a
lanţului polipeptidic. Structura β pliată se prezintă ca o foaie de hârtie împăturită în evantai.
În anumite situaţii există limitări referitoare la tipul de aminoacizi ce pot
participa la formarea β structurii. Atunci când catenele β sunt foarte aproape una de alta într-o
proteină, cum este cazul fibroinei din mătase şi al proteinei din pânza de păianjen, au un conţinut
foarte ridicat de resturi de glicină şi alanină, care au radicalii R cei mai mici. Aceşti aminoacizi
sunt preponderenţi la nivelul unei mari părţi din secvenţa proteică
Structura β pliată antiparalelă apare în proteine fibrilare de tipul fibroinei, care este o β
keratină, produsă de viermele de mătase. Dar se găseşte şi în aproximativ 80% din proteinele
globulare analizate până în prezent. În multe cazuri, întreaga proteină conţine numai β structură.
La nivelul proteinelor globulare, acest motiv structural constă din 2 până la 15 catene
polipeptidice (media fiind 6). Catenele β au până la 15 resturi de aminoacizi, prezentând în medie
6 resturi. De exemplu, lectina concanavalina A prezintă şase catene β antiparalele. Arareori se
întâlneşte o structură β paralelă cu mai puţin de 5 lanţuri, ceea ce sugerează că aceasta este mai
puţin stabilă de cea antiparalelă
Figura 3.24 Formarea legăturilor de hidrogen în structuri β pliate
Tipul I este considerat o formă distorsionată de helix 310, iar tipul II prezintă adeseori
glicina în poziţia 3. De asemenea, în ambele tipuri de β bends, al doilea rest de aminoacid este
frecvent prolina.
În figura 3.26 sunt prezentate două variante ale motivului helix-loop-helix. În acest caz,
două segmente α sunt legate printr-o regiune loop de lungime variabilă. Varianta (a) se întâlneşte
în proteinele ce se leagă la ADN (unul din segmentele helicale interacţionează cu acidul nucleic)
iar varianta (b) este asociată cu proteinele ce leagă calciu (un cation divalent de calciu se
ancorează în mijlocul regiunii loop).
Motivul hairpin β prezintă două catene β, legate printr-o buclă de lungime variabilă, care
pot fi antiparalele (Figura 3.27a) sau paralele (Figurile 3.27 b şi c). Conexiunea dintre catenele β
se poate face spre dreapta (Figura 3.27 b), ceea ce se întâlneşte mai frecvent, sau spre stânga
(Figura 3.27 c).
Al treilea motiv, β-α-β, este constituit din două catene β paralele, legate spre dreapta cu
un α helix (Figura 3.28).
În α keratină se întîlneşte motivul αα, în care două α helixuri cu
polaritate diferită sunt legate direct.
Figura 3.21 Motivul αα din unele proteine
Enzima denaturată în urma acestui tratament, şi-a recăpătat activitatea prin îndepărtarea β
mercaptoetanolului şi ureei prin dializă. Anfinsen a dedus că grupările
sulfhidril ale enzimei denaturate sunt reoxidate în prezenţa aerului iar
enzima se repliază spontan în forma activă din punct de vedere
catalitic. Acest experiment a dovedit că informaţia conţinută în
secvenţa de aminoacizi determină structura tridimensională complexă a
ribonucleazei.
Mioglobina
Mioglobina este o proteină musculară care fixează O2. Este alcătuită dintr-un singur lanţ
polipeptidic, care conţine 153 de aminoacizi şi are o masă moleculară de aproximativ 17 kDa şi o
grupare prostetică, reprezentată de hem.
În 1957, Kendrew a determinat structura tridimensională a mioglobinei din muşchi
scheletic de caşalot , care este stabilă, şi serveşte ca rezervă de oxigen în timpul scufundării.
Această proteină are o structură compactă, cu un procent de α-helix de aproximativ 75%.
Cele opt segmente helicale, de dreapta, au fost denumite de la A la H. Primul rest de aminoacid în
helixul A este desemnat A1, al doilea A2, etc. Între helixuri există cinci segmente nehelicale,
(numite AB, CD, etc., dacă sunt localizate între helixurile A şi B, respectiv între C şi D).
Hemoglobina
Catena α conţine 141 iar catena β, 146 resturi de aminoacizi. Structurile terţiare ale celor
două lanţuri şi a mioglobinei sunt similare, deşi doar 18% din resturile de aminoacizi sunt
identice în cazul celor trei proteine. Concluzia ce se poate trage este că secvenţe de aminoacizi
diferite pot genera structuri tridimensionale similare.
La ora actuală este cunoscută secvenţa în aminoacizi a peste 60 de specii, iar în urma
analizei acesteia s-a constatat că o variabilitate semnificativă a multor poziţii, cu excepţia a 9
aminoacizi care sunt conservaţi în majoritatea speciilor şi au rol important pentru funcţionarea
moleculei de hemoglobină.
Lanţurile polipeptidice ale hemoglobinei sunt aranjate astfel încât interacţiile
semnificative au loc între subunităţile neidentice. Astfel, interacţia α1β2 (respectiv α2β1) implică
19 de resturi de aminoacizi, pe când la interfaţele α1β1 respectiv α2β2 interacţionează 35 de resturi.
Natura interacţiilor este predominant hidrofobă, dar există şi legături de hidrogen şi ionice. În
schimb, interacţiile α1-α2 şi β1-β2 sunt puţine şi au caracter polar.
Oxigenarea determină modificări importante de structură cuaternară a hemoglobinei,
astfel că oxi- şi deoxihemoglobina (proteina care are a şasea poziţie de coordinare a Fe (II)
ocupată de o moleculă de apă, în loc de oxigen molecular) prezintă forme cristaline diferite.
Oxigenarea determină rotaţia dimerului α1β1 cu 15˚ faţă de dimerul α2β2. Molecula oxigenată este
mai compactă, astfel încât distanţa între ionii de Fe (II) din lanţurile β scade de la 40 (cât este în
molecula de deoxihemoglobină) la 33 Å. În oxihemoglobină, resturile C-terminale ale celor patru
lanţuri polipeptidice prezintă o libertate de rotaţie aproape completă, pe când în
deoxihemoglobină, aceste grupări terminale sunt legate între ele. Grupările carboxil terminale şi
catenele laterale ale resturilor C-terminale participă la interacţii electrostatice care rigidizează
tetramerul. În consecinţă, structura cuaternară a deoxihemoglobinei este denumită T (tensionată)
iar cea a oxihemoglobinei R (relaxată) (Figura 3.50). Legarea O2 la deoxihemoglobină modifică
structura cuaternară a moleculei prin faptul că determină mişcarea în planul porfirinei. Atunci
când Fe2+ se mişcă în planul hemului, antrenează în mişcare şi restul de His, ceea ce determină
modificări conformaţionale la nivelul interfeţei subunităţilor. Acest fapt determină trecerea T→R.
Deci o modificare structurală la nivelul unei subunităţi este transmisă la nivelul interfeţei dintre
subunităţi. Legarea oxigenului la o moleculă de hem este comunicată la nivelul unor părţi din
molecula de hemoglobină aflate la distanţe mai mari.
Hemoglobina nu transportă numai oxigenul molecular ci şi H+ şi CO2.
Proprietăţile de legare a oxigenului sunt reglate prin interacţii dintre situsuri separate
neadiacente. Hemoglobina este o proteină alosterică, în timp ce mioglobina nu este. Această
diferenţă se manifestă în trei moduri:
1) Legarea oxigenului molecular la hemoglobină favorizează
legarea unei alte molecule de oxigen la aceeaşi moleculă de hemoglobină. Cu alte cuvinte,
oxigenul se leagă cooperativ la hemoglobină, situaţie care nu se întîlneşte în cazul mioglobinei
2) Afinitatea hemoglobinei pentru oxigen depinde de pH, în
timp ce în cazul mioglobinei, acest parametru este independent de pH. Molecula de CO2 afectează
şi ea caracteristicile de legare a oxigenului de către hemoglobină. Atât H+ cât şi CO2 favorizează
eliberarea O2 legat şi reciproc, O2 determină eliberarea H+ şi CO2 legaţi.
3) Afinitatea pentru oxigen a hemoglobinei este reglată de 2,3-
bifosfoglicerat. Ca urmare hemoglobina prezintă o afinitate mai scăzută pentru oxigen decât
mioglobina.
Dacă se reprezintă grafic saturaţia Y (fracţia de situsuri de legare a oxigenului ocupate) în
funcţie de presiunea parţială a oxigenului, pO2 se obţine aşa numita curbă de disociere a
oxigenului
Funcţia proteinelor poate fi înţeleasă numai în corelaţie cu structura acestora, adică relaţia
tridimensională dintre atomii componenţi.
În mod clasic, descrierea din punct de vedere structural a proteinelor se referă la patru
nivele de organizare:
1. Structura primară care reprezintă secvenţa de aminoacizi a
catenei polipeptidice, respectiv numărul şi succesiunea resturilor de aminoacizi
2. Structura secundară care se referă la aranjamentul spaţial local al
atomilor aminoacizilor implicaţi în formarea legăturii peptidice
3. Structura tridimensională ce constituie rezultatul interacţiilor
dintre catenele laterale ale aminoacizilor din catenele polipeptidice
4. Structura cuaternară care este rezultatul interacţiunii dintre
catenele polipeptidice independente, cu structuri primare, secundare şi terţiare bine definite
3.3.1 Structura primară a proteinelor
Prima determinare a structurii primare a unei proteine a fost realizată de Frederick Sanger
în 1953, care a determinat compoziţia în aminoacizi a insulinei bovine. După ce această tehnică
de secvenţiere a fost pusă la punct, a fost elucidată secvenţa în aminoacizi a altor mii de proteine.