Orice mișcare executată de MUCN se raportează la un sistem de referință ortogonal
drept. Originea sistemului este punctul în care X=0, Y=0, Z=0 respectiv A=0, B=0, C=0. Alegerea originii este arbitrară, atât pentru axele de translație cât și pentru axele de rotație. Originea sistemului de referință asociat mașinii unelte poartă denumirea de punct zero al mașinii sau nulul mașinii. Pe MUCN, punctul zero al mașinii reprezintă un punct fix și bine stabilit în spatiu, odată cu montarea traductoarelor și testarea mașinii, adică a tuturor reglajelor în regim de comandă numerică. Față de acest punct se poziționează piesa de prelucrat pe mașină. Mașina în sine, axele de coordonate și punctul zero sunt de fapt un sistem rigid din punct de vedere geometric, cu un sistem de axe bine stabilit. Orice piesă pe care o vom prelucra trebuie mai întâi poziționată față de sitemul de coordonate rigid al mașinii (OmXmYmZm) sau sistem absolut și apoi identificat punctul de unde începe prelucrarea (punctul de start). Programul se scrie însă, față de un sistem de referință al piesei (OpXpYpZp) numit și sistem relativ, care se alege de programator. Acest sistem este legat de sistemul absolut al MUCN printr-un vector de poziție. Această operațiune se numește poziționarea piesei. Programatorul va trebui să indice pe fișa tehnologică unde a ales sistemul de referință și unde este punctul de start. Poziționarea piesei are ca efect transformarea coordonatelor piesei din sistemul (OpXpYpZp) în sistemul (OmXmYmZm) printr-o translație efectuată automat de MUCN. În practica programării, primul pas care trebuie făcut este alegerea sistemului relativ al piesei (OpXpYpZp). Acest sistem se alege în așa fel încât exprimarea deplasărilor sculei să se facă cât mai comod după desenul piesei. Un alt criteriu ar fi posibilitățile de poziționare a semifabricatului pe masa mașinii. Nu există reguli precise pentru alegerea acestui sistem. Cel mai bun ajutor în acest sens este experiența programatorului. Pentru piesele spațiale trebuie să se stabilească cu atenție și planul Z=0. Această alegere este foarte importantă deoarece în planele paralele cu planul X0Y au loc deplasările de poziționare ale sculei, iar o greseală de programare poate duce la atingerea accidentală a piesei de către sculă. Ca o măsură de prevedere este indicat ca planul Z=0 să se aleagă pe o suprafață plană cu altitudinea cea mai mare (în cazul în care arborele principal este vertical)