Biochimie structurală

Prof. Dr. Adriana Isvoran

Curs 2
 Referințe bibliografice minimale
• A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, Textbook
of structural biology, World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., Tuck Link,
Singapore, 2009 (
http://www.worldscientific.com/worldscibooks/10.1142/6620)
• Structural Biology e Notes, Visveswaraya Technological University, (
http://www.freebookcentre.net/biology-books-download/Structural-Biolog
y-e-Notes.html
)
• Structural biology Protein Crystallography, Utrecht University (
http://www.crystal.chem.uu.nl/education/bachelor/bloed/index.html)
• Computational Structural Biology, Stanford University (
http://www.freebookcentre.net/biology-books-download/Computational-S
tructural-Biology.html
)
• Walter Chazin, Structural Biology Class Notes (
http://structbio.vanderbilt.edu/chazin/classnotes/)
 In loc de introducere ……
• http://ed.ted.com/on/B4DFLDpK
 Ce este biochimia structurală?
Biochimia structurală se ocupă cu studiul structurii moleculelor biologice (în
special proteine și acizi nucleici) la fiecare nivel structural, a modului în care
moleculele biologice isi construiesc această structură și cu relația dintre
structura spațială și funcțiile moleculelor biologice.
Biochimia structurală este un domeniu multi-, trans- si interdisciplinar
imbinând cunoștințe de fizică, biologie moleculară, biochimie și
bioinformatică.
Fizica oferă metode de studiu a structurii moleculelor biologice: cristalografia
de raze X, rezonanță magnetică nucleară (RMN), miroscopie electronică,
spectrometrie de masă, dicroism circular, rezonanta paramagnetică
electronică (EPR), etc.
Biologia moleculară oferă informații despre acizii nucleici, iar biochimia oferă
informații despre proteine și lipide, respectiv despre căile metabolice în care
sunt implicate moleculele biologice.
Bioinformatica permite identificarea unor motive conservate in secvențele
si/sau structurile moleculelor biologice, obținerea unor modele moleculare
pentru unele molecule biologice care nu au structură determinată, precum și
vizualizarea structurii și aprecierea interacțiunilor dezvoltate de moleculele
biologice.
 Niveluri de organizare a lumii vii
atomi – molecule - macromolecule- ansambluri subcelulare – celule- tesuturi – organe-
organisme – populații – comunități – biosfera

Macromoleculele biologice – moleculele esențiale în lumea vie și sunt structuri

polimerice formate din monomeri identici sau diferiți legați între ei covalent sau
necovalent. Funcțiile macromoleculelor stau la baza metabolsimului, evoluției și
reproducerii unui organism viu și sunt reprezentate în principal prin: depozitează energie
și/sau informație, catalizează reacții chimice, transmit semnale, transportă molecule mai
mici, oferă suport structural, etc.
Principalele tipuri de macromolecule biologice sunt:
- Acizi nucleici – unitatea structurala este nucleotidul;
- Proteine – unitatea structurală este aminoacidul;
- Membrane celulare – ansambluri de lipide;
- Carbohidrați - unitatea structurală este un zaharid.
 Repere istorice de biochimie structurală
• 28 februarie 1953 – s-a determinat structura moleculei
de ADN de către James D. Watson și Francis Crick
Maurice Wilkins, Raymond Gosling și
Rosalind Franklin au fost primii care au
utilizat difractia razelor X pentru studiul
ADN. Imaginile obtinute au fost utilizate de
Watson si Crick.
1962 Watson, Crick si Wilkins - premiul
Nobel pt fiziologie și medicină pentru
descoperirea structurii ADN

https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1962/
Repere istorice de biochimie structurală

Consecința – descifrarea și înțelegerea

genomului organismelor, înțelegerea
dezvoltării organismelor și a maladiilor.

Proiectul genomului uman a fost finalizat

în anul 2003.

Aplicații: screening-ul prenatal în

vederea depistării afecțiunilor genetice,
identificarea rămășițelor umane, testele
in criminalistică, conceperea unor
scheme raționale de tratament pentru
boli, etc.
 Repere istorice de biochimie structurală
• 1958 - John Kendrew și Max Perutz au determinat structura
spațială a mioglobinei după o muncă de mai mult de 20 de ani
(au început în 1937)
1962 Perutz (stânga) și
Kendrew (dreapta) - premiul
Nobel pt chimie pentru
descoperirea structurii
mioglobinei și hemoglobinei

Acum se gasesc 149174 structuri de molecule

biologice si complexe formate de acestea in PDB,
in urma cu un an erau 137917
https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1962/
Repere istorice de biochimie structurală
 Repere istorice de biochimie structurală
• Structurile proteinelor se gasesc in Protein
Data Bank https://www.rcsb.org/

Acum se gasesc 149174 structuri de molecule biologice si complexe formate de

acestea in PDB, in urma cu un an erau 137917
 Repere istorice de biochimie structurală
• 1967 – ”consistent force field (CFF)” (Lifson) – functia de energie potentiala care permite
simularea oricarui sistem molecular. La început a fost utilizat pentru proprietatile
structurale si termodinamice ale moleculelor organice mici.
• 1969 – primul model computational simulat pentru ARNt – Michael Levitt
• 2013 – M. Levitt, Martin Karplus, Ariel Warschel au primit premiul Nobel pentru Chimie
"for the development of multiscale models for complex chemical systems."

https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2013/
 Provocări în biochimia structurală
• Biologia structurală a proteinelor: complexitatea aminoacizilor, dificultăți în exprimarea
proteinelor în cantitati mari, dificultăți în cristalizarea proteinelor și obținerea structurii
spațiale.
Dupa anul 2000:
• Genomica structurală - 2003
• Proteomica structurală – 2002

• Determinarea structurii proteinelor importante prin metode de cristalografie a razelor X si

metode RMN – depozitarea structurilor determinate în baze de date – Protein Data Banck. (http
://www.rcsb.org/pdb/home/home.do), Nucleic Acids Database (http://ndbserver.rutgers.edu/).
Modelarea computațională a
impachetării structurii spațiale a
proteinelor, caracterizarea
suprafetelor/interfețelor proteinelor,
prezicerea interacțiunilor proteine-
proteine și proteine liganzi, designe-ul
de medicamente – toate acestea
reprezinta preocupari actuale în
domeniul biologiei structurale
computaționale.
 Proteine
• Unitate structurală – aminoacid.
• Aminoacid:

• Legătura peptidică

Isvoran A., Morariu V.V., Analiza si modelarea structurii si dinamicii proteinelor, Ed. Mirton
Timisoara, 2002
 Proteine

Niveluri structurale:
- Structura primara – secventa
- Structura secundara
- Structura spatiala
- Structura cuaternara

Isvoran A., Morariu V.V., Analiza si modelarea structurii si dinamicii proteinelor, Ed. Mirton
Timisoara, 2002
 Proteine
- Structura primara – secventa
UNIPROT https://www.uniprot.org/

>sp|P0DP23|CALM1_HUMAN Calmodulin-1
OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CALM1
PE=1 SV=1
MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELG
TVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADG
NGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVF
DKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDE
EVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK
 Proteine
- Structura secundara – organizarea locala a lanțului proteic

- Helix
- Foi pliate beta
 Proteine
- Structura spatiala– organizarea tridimensionala a lanțului proteic
 Proteine
- Structura cuaternara – organizarea tridimensionala a lanțului proteic
 Lipide si glucide
• Lipid - 1 “cap” polar (hidrofil) şi două “cozi” – lanţuri
hidrocarbonate (hidrofobe)
– trigliceride. - micele
-straturi lipidice
-lipozomi

Glucidele
-monozaharide, de exemplu glucoza,
-polizaharide întâlnite ca formă de depozitare la plante (amidonul)
sau la animale (glicogenul) sau cu rol structural (celuloza).
Isvoran A., Morariu V.V., Analiza si modelarea structurii si dinamicii proteinelor, Ed. Mirton
Timisoara, 2002