1

MICROBIOLOGIE CLINICĂ
2 Microbiologia clinică

 disciplină a medicinii de laborator

 oferă rapid și precis informații necesare deciziei
clinice la un pacient cu boală infecțioasă
3 ROLUL MICROBIOLOGIEI CLINICE
 diagnostic

 determinarea etiologiei bolilor infecţioase

 determinarea susceptibilității față de substanțele antimicrobiene

 furnizarea de date

 monitorizarea datelor de farmacorezistență bacteriană

 monitorizarea implicării etiologice a diferiților patogeni - rol epidemiologic

 recunoașterea unor focare de infecție - rol epidemiologic

 crearea bazelor de date

 local, regional, naţional, internaţional

 Identificarea infecțiilor asociate asistenței medicale

 comunicare – consultanță profesională

 în spitale: politică de utilizare a antibioticelor, membri ai grupurilor de lucru responsabili cu controlul microbiologic
4 recapitulare
 flora comensală (microflora normală, microbiota indigenă)

• conține aproximativ de 10x mai multe microorganisme decât numărul total de celule din organismul
uman
• este alcătuită în cea mai mare parte din bacterii dar și virusuri și fungi
• colonizează fiecare suprafață a organismului uman care este expusă mediului extern
• pielea, mucoasele care căptușesc tractul digestiv, genito-urinar și respirator

 patogen - un microorganism care, într-un organism animal sau vegetal, determină apariția unui
proces patologic. Exemple de agenți patogeni: bacterii, fungi, virusuri, paraziți, prioni

 patogen oportunist - un microorganism comensal sau puțin agresiv care este capabil a provoca o
infecție (numită infecție oportunistă) numai atunci când apărarea gazdei este deficitară (pacienți
imunodeprimați sau imunoimaturi)

 microbiom uman – genomul tuturor microorganismelor noastre

5 recapitulare
 microbiom uman – genomul tuturor microorganismelor noastre

 format din comunități de bacterii, virusuri, fungi

 deține funcții care îl fac un organ esențial în organism, fără de care nu am putea funcționa optim, funcții
precum

 dezvoltarea imunității,
 apărarea organismului de agenții patogeni,
 gazda pentru producția de acizi grași cu lanț scurt importanți pentru metabolism, sinteza vitaminelor si
depozitele de lipide,
 are totodată o influență asupra comportamentului uman

 microbiomul este dinamic și se modifică în raport cu vârsta, precum și în funcție de factori precum cei
de mediu – alimentația si folosirea antibioticelor si, in mod special, ca răspuns la boală
6 recapitulare
 factor etiologic - microorganismul care provoacă infecția

 bacterii colonizatoare - unii agenți patogeni se pot instala temporar în organism fără a provoca
boli

 stare de purtător - prezența unui agent patogen la indivizii sănătoși; poate transmite
microorganismul celor din jur

 contaminare – contaminare a probei

 la prelevare

 sputa poate fi contaminată cu flora bucală

 hemocultura poate fi contaminată cu bacterii ale pielii în timpul puncției venoase

 în timpul transportului

 în timpul prelucrării
 recapitulare
 Infecție

 multiplicarea unui agent infecțios patogen în interiorul organismului, chiar dacă este

neînsoțită de manifestări clinice de boală.

 interacțiunea dintre organismul gazdă și microorganismul care a depășit barierele

antimicrobiene primare

 Boală infecțioasă

 interrelația organism gazdă-microorganism are ca urmare leziuni importante cauzatoare

de perturbări ale homeostaziei manifestate prin simptome și semne de suferință

Boala infecțioasă

 incubația

 perioada de debut

 perioada de stare

 convalescența
Infecția
 După proveniența agentului infecțios infecțiile sunt

 endogene
 determinate de microorganisme ale microbiotei proprii

 exogene
 determinate de microorganisme provenite de la un rezervor de infecție care a străbătut o cale de transmitere și a
găsit o gazdă receptivă
Rezervorul de infecție

 Organismul care adăpostește agentul infecțios asigurând supraviețuirea și/sau înmulțirea

acestuia
 omul
 cu boală cronică sau acută
 purtătorul sănătos

 animalul
 mediul înconjurător
Transmiterea
 eliminarea agentului infecțios din rezervor
 contaminarea elementelor din mediu
 acestea devin suportul material al transmiterii
 transmitere
 directă
 contact sexual
 sărut
 transplacentar
 intrapartum

 indirectă
 aer
 apă
 sol
 mână murdară
 vectori
Gazda receptivă

 poarta de intrare

 agentul infecțios pătruns în gazdă:

 se adaptează
 găsește țesutul sau organul care îi asigură condiții optime de dezvoltare
 Gazda receptivă
 în funcție de modul diseminării de la poarta de intrare:
 infecție de suprafață
 determinată de agenți infecțioși care se multiplică în vecinătatea porții de intrare
 infecții localizate
 microorganismul rămâne cantonat la poarta de intrare
 infecții care difuzează prin continuitate în suprafața sau profunzimea dermului/mucoaselor

 diseminare pe cale limfatică

 diseminare pe cale sanguină
 bacteriemie
 septicemie
 diseminare pe cale nervoasă
Patogeneza infecției bacteriene

 include
 inițierea procesului infecțios

 mecanismele care duc la instalarea semnelor și simptomelor bolii infecțioase

 interacțiunea bacterie - gazdă depinde de

 capacitatea microorganismului de a se stabili în macroorganism și de a cauza

leziuni

 mecanismele de apărare ale macroorganismului

Patogeneza infecției bacteriene

 Bacteria acționează prin

 capacitatea de aderare la substratul specific
 virulență
 toxigenitate
 abilitatea de a se sustrage răspunsului imun

 Dacă bacteria sau reacțiile imune lezează suficient macroorganismul apare boala
infecțioasă manifestă clinic.
 recapitulare
 Patogenitate

 capacitatea unui microorganism de a cauza boală prin virulență sau toxigenitate

 Aderență (atașare, adeziune)

 procesul prin care bacteria se leagă de suprafața celulei țintă

 principalul pas în inițierea procesului infecțios.

 Diseminare (invazie)

 procesul prin care microorganismul se răspândește de la poarta de intrare în tot

organismul
17 Solicitați o investigație

 este necesar testul? exista vreun indicație?

 prelevarea de probe

 cheia diagnosticului corect este calitatea probei

 ce? când? Cum? cât? ritmicitate? ce test ar trebui sa fie solicitat?

 furnizarea de informații relevante

 transport
 Algoritmul investigaţiei microbiologice
18

1. ipoteza clinică – pe baza simptomatologiei şi examenului clinic

2. ordonanţa şi cererea de analiză – destinată a preciza diagnosticul de suspiciune

3. prelevarea de probe adecvate, etichetarea, conservarea, transportul probelor destinate examinării

4. înregistrarea şi examinarea probelor

5. concluziile microbiologului referitoare la rezultatele obţinute

6. redactarea buletinului de analiză

7. însuşirea concluziilor de către medic

8. efectul rezultatelor asupra deciziei clinice.

ALGORITMUL
INVESTIGAȚIEI
MICROBIOLOGICE
19
 Metode de investigație în microbiologia clinică

20
 Alegerea celor mai performante teste

21  sensibilitate: probabilitatea ca testul să fie pozitiv la un pacient cu boală

 specificitate: probabilitatea ca un test să fie negativ la un pacient care nu are boala testată

 valoare predictivă pozitivă: fiabilitatea unui rezultat pozitiv al testului, adică probabilitatea ca boala să fie
într-adevăr prezentă în cazul unui rezultat pozitiv (măsoară proporţia pacienţilor cu boală din totalul celor
cu testul pozitiv)

 valoare predictivă negativă: fiabilitatea unui rezultat negativ al testului, adică probabilitatea ca boala nu
exista în cazul unui rezultat negativ (măsoară proporţia celor fără boală din totalul celor cu testul negativ)
22 Nu există un test de diagnostic perfect

 posibilitatea unor rezultate

 fals-pozitive

 fals-negative

 rezultate evaluare într-un context clinic

 importanta feedback-ului, discutarea rezultatelor

23 Cursul diagnosticului microbiologic

 prelevare de probe, înregistrare

 control de calitate a probei

 detaliile cererii

 prelucrare

 controlul calității probei

 Rezultatul depinde și de prelevare!
24

Cultură din urină prelevată printr-un cateter permanent:

Pseudomonas aeruginosa 100.000 CFU/ml
 Prelucrare

25
 detectarea antigenului microbian / acidului nucleic
 metode:
 detectarea antigenului:
 Imunocromatografie, aglutinare - teste rapide (calitative)
 Imunofluorescență, ELISA, chemiluminescență (CLIA) (determinări calitative și cantitative)
 detectarea acidului nucleic: hibridizare, metode de amplificare (PCR)

 avantaj:
 viteza
 imunocromatografie, aglutinare: metode ieftine, nu necesită echipament de laborator
 dezavantaj:
 unele metode sunt costisitoare, necesită infrastructură specială și personal instruit (diagnostic bazat pe PCR)
 nu sunt furnizate date de susceptibilitate la antibiotice, nu se face distincție între germeni vii/morți
 performanta depinde de tipul testului comercial + factori preanalitici
 Examen bacteriologic convențional

26

 frotiu direct ( frotiu de control)

 examinarea morfologiei oricăror bacterii prezente,
 înregistrarea prezenței și numărului de granulocite,
 determinarea calității probei (de ex. în spută prezența celulelor scuamoase indică contaminare orală)
 importanta:
 orientare rapidă, notificare clinică (rezultatele colorației Gram permit ajustarea terapiei)

 decizia de infectare/colonizare în comparație cu rezultatele culturii (colonizarea este probabilă în

absența granulocitelor)
 dezavantaj:
 sensibilitate scăzută (dacă există o cantitate mică de bacterii în probă, care nu sunt vizibile în frotiu),

 nu putem identifica germenii după morfologie (multe bacterii cu morfologie identică)

 Etapele diagnosticului bacteriologic - prelucrare
27

 cultivare

 în bacteriologie, poate fi necesară cultura bacteriană

 în funcție de natura probei și agenții patogeni suspectați
 inoculare pe diferite medii (dacă există suspiciune clinică specifică, aceasta trebuie
raportată la laborator)
 incubare (condiții aerobe, anaerobe, microaerofile)

 evaluarea culturilor primare, izolarea coloniilor suspecte

 identificarea izolatelor
 morfologie, caracteristici ale coloniilor, proprietăți biochimice, teste bazate pe structura

antigenică, factori de virulență etc.

28 Etapele diagnosticului bacteriologic - prelucrare

 cultivare (continuare)

 evaluare

 prezența agenților patogeni

 rolul patogen care trebuie evaluat împreună cu informațiile clinice de bază
 colonizare?

 membri ai microbiotei / oportuniști - rolul lor patologic poate fi evaluat în lumina

informațiilor clinice
29 Etapele diagnosticului bacteriologic - prelucrare
 antibiograma = testarea sensibilității față de antibiotice
 efectuarea unei antibiograme pentru un agent patogen semnificativ

 când rolul patogen al bacteriei izolate este neclar, trebuie consultat

medicul curant

 în cazul bacteriilor colonizatoare, antibiograma se efectuează doar în

situații deosebite

 alegerea metodei: în funcţie de izolat şi boală

30 Serologia
 detectarea anticorpilor în ser
 metodă de diagnostic indirect

 determinare calitativă sau cantitativă (titrare)

 determinarea IgM, IgG, IgA

 este necesar să se cunoască dinamica producției de anticorpi caracteristică infecției date,

semnificația fiecărei clase de anticorpi
 serologia în faza incipientă a infecției: poate duce la un rezultat fals-negativ

 ar trebui de obicei testat în dinamică, pot fi necesare dovezi ale creșterii nivelului de anticorpi

 serologie în infecții virale: cunoașterea semnificației markerilor virali, interpretarea

profilurilor serologice (vezi materialul de virusologie an II)
31 Serologia

 atenție la evaluarea rezultatelor!

 o singură determinare pozitivă nu indică întotdeauna o infecție activă

 trebuie cunoscute criteriile de diagnostic serologic pentru fiecare boală

infecțioasă

 cunoașterea rezultatelor serologice caracteristice infecției curente vs vechi

 în unele cazuri, serologia indică și protecție/sensibilitate

32 bacteriologia pe scurt

 recapitulare

 bacterii semnificative din punct de vedere medical

33
Coci Gram pozitivi
 Stafilococi (bacterii ubicuitare, rezistente în mediul extern, nepretențioase)

 Staphylococcus aureus - specie patogenă (identificăm producerea de exocoagulază)

 virulență: prin bogăția în enzime și producere de toxine

 boli:

 infecții localizate (de obicei infecții ale pielii și ale țesuturilor moi)

 infecții generalizate – sepsis

 infectii mediate de toxine (sindrom de soc toxic, gastroenterita, sindromul pielii opărite)

 diseminare: prin contact direct (de la om la om, de la animal la om, de pe substraturi neînsuflețite la om)

 Stafilococi coagulazo negativi (S. epidermidis, S. haemolyticus, S. hominis, S. simulans, S. saprophyticus, S. lugdunensis

etc.) - membri ai microbiotei tegumentului

 provoacă infecţii oportuniste în prezenţa factorilor predispozanţi

 imunosupresie,

 prezenta dispozitivelor invazive

34 Staphylococcus spp.

coci Gram pozitivi în grămezi (ciorchine)

colonii S, mari, cremoase, pigmentate
35 Staphylococcus aureus

hemoliză beta; testul coagulazei pozitiv

 coci Gram pozitivi
36
 Streptococi (mulți reprezentanți, ubicuitari, unele specii puțin rezistente în mediul extern,
bacterii pretențioase)
 grupa A (S. pyogenes), grupa C, G (streptococi β-hemolitici)
 virulență: set bogat de enzime cu afinitate tisulară, exotoxină (S. pyogenes: toxină eritrogenă –
scarlatina)
 boli:
 scarlatina
 infectii ale pielii
 amigdalita acuta
 infectii sistemice
 complicații poststreptococice (boli mediate imun)

 grupa B (S. agalactiae) - streptococ β-hemolitic

 sepsis neonatal, meningita
 patologia sarcinii
 coci Gram pozitivi
37
 Streptococi
 Streptococcus pneumoniae - streptococ α-hemolitic
 factor de virulență – capsula
 anumite tipuri sunt mai frecvente în infecțiile invazive - împotriva lor este disponibil un vaccin
care conține un antigen capsular
 rol în patologie:
 infectii respiratorii, pneumonie comunitară
 sepsis, meningită
 grupa viridans - streptococi α -hemolitici: membrii ai florei bucale, pot provoca ocazional endocardita
 răspândire:
 de la persoană la persoană
 prin secreții respiratorii, picături nazo-faringiene
 contact direct
38 streptococi beta-hemolitici

coci Gram pozitivi, în lanțuri + granulocite

colonii punctiforme, hemoliză beta
39 Streptococcus pneumoniae

coci în diplo, Gram pozitivi, alungiți, lanceolați hemoliză alfa

 coci Gram pozitivi
40
 Enterococi
 aparțin florei gastrointestinale
 morfologie asemănătoare streptococilor
 nepretențios, ubicuitar, rezistent în mediul extern
 E. faecalis, E. faecium - specii importante din punct de vedere medical
 infecții urinare, ale plăgilor, intraadbdominale, ale căilor biliare
 sepsis, endocardită
 infecția pleacă de obicei dintr-o sursă endogenă (flora proprie a pacientului) dar poate proveni și dintr-o

sursă exogenă (sursă externă); răspândirea nosocomială este de asemenea frecventă

 tratament cu antibiotice pe termen lung: efect de selecție
 au rezistență intrinsecă la o varietate de antibiotice:
 cefalosporine, aminoglicozide, clindamicină,
 trimetoprim/sulfametoxazol
41 Enterococcus spp.

colonii S, nehemolitici
coci Gram pozitivi, alungiți, în lanțuri, în diplo
sau izolați
 coci Gram negativi
42
 Neisserii
 neisserii patogene (pretentioase, susceptibile în mediul extern)
 Neisseria gonorrhoeae
 boli cu transmitere sexuală, gonoree
 Neisseria meningitidis
 sepsis, meningită
 se răspândește prin secrețiile respiratorii
 bacterii capsulate - sunt semnificative serotipurile A, B, C, W, Y – aceste infecții
prevenibile prin vaccinare
 neisserii nepatogene
 componente ale florei comensale
43 Neisseria spp.
 bacili Gram negativi
44
 Enterobacteriile
 bacterii intestinale
 E. coli, Klebsiella, Proteus, Serratia etc. - membri ai florei comensale – infecții oportuniste
 Salmonella, Shigella, E. coli patotipuri gastrointestinale, Yersinia
 cauzeaza infecții gastrointestinale cu transmitere fecal-orală

 bacterii nefermentative - bacterii ubicuitare, provoacă infecții oportuniste (potențial

nosocomial)
 Pseudomonas aeruginosa
 Acinetobacter baumannii
 Burkholderia cepacia
 Stenotrophomonas maltophilia
 bacili Gram negativi
45
 bacili încurbați
 Vibrio cholerae – vibrion holeric – holera - diaree mediată de toxine
 Helicobacter pylori - ulcer gastric, cancer gastric
 Campylobacter jejuni / coli - infectii gastrointestinale

 bacili Gram-negativi asociați cu boli respiratorii

 Bordetella pertussis - agentul cauzal al tusei convulsive
 Legionella pneumophila - boala legionarilor, pneumonie
 prezent in sol (grădinărit!), aer conditionat, instalatii sanitare, fântâni
 Haemophilus influenzae - boli ale căilor respiratorii superioare și inferioare, meningită
 capsulă - poate provoca infecții bacteriene invazive – există un vaccin împotriva
serotipului b
46 Bacili Gram negativi

 bacili Gram-negativi care provoacă zoonoze

 Brucella melitensis, B. abortus etc. - bruceloză (febră ondulantă, boala
prelungită, cu febră) - caracteristică zonelor endemice
 Francisella tularensis - tularemie
 Pasteurella multocida, P. canis – mușcătură / zgârietură de animal
 infecție emergentă
 Bartonella spp.
 B. quintana febra de tranșee (răspândită de păduchi),
 B. henselae - boala zgârieturii de pisică
 bacili Gram pozitivi
47  difterimorfi (bacili cu capete măciucate)
 majoritatea speciilor de Corynebacterium - membri ai florei comensale - sunt ocazional patogene
 pot provoca infecții (C. jeikeium, C. striatum, C. urealyticum)
 Corynebacterium diphtheriae - difterie
 neinvazivă, toxina este responsabilă de boală
 dovada producției de toxine este necesară pentru diagnostic
 vaccinare: anatoxină - oferă protecție împotriva toxinei (ca parte a unui vaccin triplu DTP)
 Listeria monocytogenes
 patologia gravidelor și nou-născuților, infecții datorate imunosupresiei
 patogen prezent în alimente de origine animală
 infecții rare dar grave!
 bacili sporulați
 Bacillus anthracis - cauza antraxului
 cea mai comună formă - antrax cutanat
 inhalarea sporilor are ca rezultat antraxul pulmonar
 tract intestinal – rar
 sepsisul poate apărea în toate cele trei forme clinice
 bacterii necolorabile cu colorația Gram
48  bacili acido-alcoolo rezistenți
 Mycobacterium tuberculosis - agent etiologic al tuberculozei
 supraviețuiesc în macrofage – un element semnificativ al patogenezei

 micobacterii atipice – cauzează boli la imunodeprimați

 bacili moderat rezistenți la acid: Nocardia (infecții ale plămânilor, ale pielii și ale țesuturilor moi)
 Spirochete
 Borrelia burgdorferi - boala Lyme
 Treponema pallidum - agent patogen al sifilisului
 Leptospira spp. - leptospiroza
 bacteriile fără perete celular
 Mycoplasma pneumoniae – infecții respiratorii
 micoplasme urogenitale
 patogeni intracelulari
 Chlamydia trachomatis - serogrup D-K: infecții cu transmitere sexuală
 Chlamydophila pneumoniae - infecții respiratorii
 Coxiella burnetti - endocardită, febră Q
 Rickettsia - agenți patogeni transportați de artropode - febră tifoidă, febra pătată a Munților Stâncoși
 bacterii anaerobe
49  anaerobii endogeni
 membri ai microbiotei indigene - diverse bacterii
 prezenți in organism: cavitatea bucală, vagin, colon
 bacili/coci Gram pozitivi/negativi
 specii anaerobe comune:
 Bacteroides fragilis gr
 Porphyromonas, specia Prevotella
 Cutibacterium acnes
 streptococi anaerobi
 Lactobacillus etc.

 anaerobi sporulați
 Clostridium spp.
 clostridiile gangrenei gazoase – provoacă infecții ale țesuturilor moi (infecții endogene / exogene)
 C. tetani - tetanos, C. botulinum - botulism (boli mediate de neurotoxine)
 Clostridioides difficile