Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Cap 4 Functiile Materialului Genetic PDF
Cap 4 Functiile Materialului Genetic PDF
Replicarea ADN reprezint transmiterea fidel a informaiei genetice la celulele fiice, n urma
diviziunii celulare. Replicarea este una dintre cele dou funcii eseniale ale materialului genetic. Mai
mult dect att, replicarea ADN este procesul de baz al continuitii vieii pe Pmnt.
Din punct de vedere chimic, replicarea ADN presupune urmtoarele etape principale:
desfacerea iniial a dublului helix ntr-o zon denumit regiune de origine a replicrii
sinteza unor fragmente de ARN m.c. scurt ce ofer captul 3-OH liber pentru sinteza primelor
legturi fosfo-diesterice; aceste fragmente poart numele de primeri i sunt sintetizate de ARN
polimeraze speciale denumite primaze
n bucla de ADN desfcut procesul de replicare se va desfura n ambele direcii, formndu-se deci
2 bifurcaii de replicare
n faa fiecrei bifurcaii de replicare dublul helix va fi desfcut prin intervenia topoizomerazelor
(care dersucesc dublul helix) i a helicazelor (care desfac legturile de hidrogen dintre cele 2
catene); astfel, bucla de replicare se va lrgi n fiecare din cele 2 capete
fiecare din cele 2 catene ale helixului parental va servi drept matri pentru sinteza unei catene noi
sinteza catenelor noi se realizeaz de ctre enzime numite ADN polimeraze, pe baz de
complementaritate cu catena veche folosit ca matri; nucleotidele sunt legate ntre ele prin
formarea de legturi fosfo-diesterice; alungirea catenei noi se realizeaz n direcie 5 3
datorit faptul c ADN polimerazele nu pot sintetiza o caten nou dect n direcie 5 3, la
fiecare bifurcaie de replicare, sinteza celor 2 catene noi are loc oarecum diferit :
una din catenele noi este sintetizat continuu, pornind de la un singur primer: aceast caten este
denumit catena conductoare (leading) (Figura 4.1)
cealalt caten este sintetizat discontinuu, pe msur ce dublul helix parental este desfcut n
continuare; aceast caten este denumit caten ntrziat (lagging) i este format din multe
fragmente distincte, denumite fragmente Okazaki (de la numele celul care le-a descris prima oar)
de aproximativ 100 nucleotide; fiecare asemenea fragment este iniiat de la un primer
ntr-o faz mai avansat a replicrii primerii sunt ndeprtai att din structura catenei conductoare,
ct i din cea ntrziat, dup care golurile sunt umplute tot de o ADN polimeraz
aceste fragmente sunt apoi unite ntre ele prin refacerea legturilor fosfo-diesterice de ctre o ADN
ligaz
65
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
n timpul procesului de replicare monocatenele ADN (att cele vechi, ct i cele nou sintetizate)
sunt stabilizate i protejate de aciunea nucleazelor, de ctre o clas special de proteine numite
proteine Ssb (Single Stranded Binding)
terminarea replicrii unei molecule de ADN difer ntre moleculele circulare i cele lineare
la moleculele circulare, ntlnite n majoritatea cazurilor la cromozomul bacterian i la plasmide,
cele 2 bifurcaii de replicare se ntlnesc ntr-o regiune denumit ter.
la moleculele ADN lineare din cromozomii de la eucariote, capetele acestora (telomerele) sunt
replicate printr-un mecanism diferit, iar fragmentele sunt apoi unite de ADN ligaze
Complementaritatea dintre bazele azotate de pe cele 2 catene ale moleculei de ADN determin
o structur perfect adaptat funciei de replicare, fiecare dintre cele 2 catene servind drept matri
pentru sinteza unei catene complementare.
In majoritatea cazurilor, replicarea se realizeaz pe model semiconservativ, macromoleculele
de ADN fiice fiind formate dintr-o caten veche i una nou (Figura 4.2).
66
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Figura 4.3 Replicarea bidirecional a unui cromozom Figura 4.4 Reprezentarea schematic
bacterian (A) i a unui cromozom de tip eucariot (B) a replicrii cromozomului bacterian.
Mai mult chiar, apar diferene i datorate structurii teriare. Cromozomul bacterian are o
structur circular i, ca urmare, cele 2 bifurcaii de replicare se ntlnesc la nivelul secvenei ter
(Figura 4.5). Cromozomul de tip eucariot are o structur linear, iar capetele lui (denumite telomere)
se replic diferit de restul cromozomului.
67
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Secvena oriC din cromozomul de E.coli are 245 bp i prezint 2 regiuni importante:
- o regiune cu 4 cutii dnaA (sunt formate din cte 9 bp, denumite 9-meri) la care se va
ataa proteina DnaA
- o regiune cu 3 cutii de tip 13-meri, bogate n adenin-timin, la care se vor ataa
complexe proteice DnaB-DnaC
Zece pn la 12 molecule de DnaA se leag la cutiile dnaA, determinnd buclarea moleculei
de ADN i, ca atare, desfacerea dublului helix n cutiile dnaB. Zonele monocatenare aprute se
complexeaz cu proteina DnaB (cu funcie de helicaz), adus de proteina DnaC. Ulterior, primaza
(DnaG) ncepe aici sinteza moleculelor de ARN primeri (Figura 4.7).
68
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
n procesul de replicare a ADN, n diverse etape, apar zone monocatenare ce sunt stabilizate
(i aprate) fa de aciunea nucleazelor prin ataare de proteine de tip Ssb (Single Stranded Binding
proteine ce se ataeaz la monocatene ADN).
4.1.2.2 Topoizomerazele
Superspiralizarea cromzomului bacterian impune intervenia unor enzime care s realizeze
relaxarea dublului helix ADN. Aceste enzime se numesc topoizomeraze i acioneaz asupra
topoizomerilor ADN (Figura 4.9). Topoizomerii sunt molecule ADN cu structur primar i secundar
identic i care difer n structura teriar.
Dou molecule ADN d.c. ce au aceeai secven de nuceotide dar numr diferit de nlnuiri i
suporarsuciri sunt topoizomere datorit diferenelor de natur topologic.
La bacterii, ca de altfel i la eucariote, exist 2 clase de topoizomeraze cu mecanisme diferite
de aciune (Figura 4.9) :
topoizomeraze tip I induc rupturi monocatenare (i tranzitorii) n ADN
topoizomeraze tip II induc rupturi bicatenare n ADN (Figura 4.10)
La bacterii, topoizomeraza de tip I cea mai bine caracterizat este TopA de la E.coli, care
relaxeaz suprarsuciri negative nalt rsucite. Topoizomerazele de tip II, n absena ATP, au rolul de a
relaxa macromolecula ADN ca i TopA, n timp ce n prezena ATP induc suprarsuciri negative n
moleculele circular covalent nchise (CCC) relaxate. Cea mai cunoscut enzim din aceast clas este
ADN giraza, care poate introduce aproximativ 100 de suprarsuciri negative per minut.
Figura 4.9 Desfacerea dublului helix ntr-o bifurcaie de replicare, prin aciunea topoizomerazelor.
69
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Figura 4.11 Rolul secvenelor terminator i al proteinelor Tus n replicarea cromozomului la E.coli.
70
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
ADN polimeraza I (ADN pol I) este codificat de gena polA i are o g.m. de aprox 100 Md.
n celula de E.coli exist circa 400 molecule de ADN pol I care are o vitez de polimerizare de 667
nucleotide / min. n afar de activitatea de polimerizare, aceast enzim poate desfura i activitate de
exonucleaz (adic de desfacere de legturi fosfo-diesterice i eliminare de nucleotide dintr-o caten).
Astfel, ADN pol I are un domeniu polipeptidic ce realizeaz activitate exonucleazic n direcie 3 5
, activitate foarte important ce i asigur enzimei i posibilitatea de a i corecta singur eventualele
erori de ncorporare a unor nucleotide mperecheate greit. Aceast funcie este denumit citire
corect (proof-reading). Totodat, ADN pol I poate desfura i activitate exonucleazic n direcie
5 3, activitate ce i permite ndeprtarea primerilor ARN.
ADN polimeraza II (ADN pol II) este codificat de gena polB. i aceast enzim poate avea
i activitate exonucleazic 5 3.
ADN polimeraza III (ADN pol III) este principala replicaza a cromozomului bacterian i
reprezint un adevrat complex enzimatic format din cel puin 10 subuniti funcionale (Tabelul din
Figura 4.12).
Holoenzima ADN pol III acioneaz ca dimer, fiecare din cei 2 monomeri realiznd sinteza pe
una din cele 2 catene. O excepie o reprezint complexul care acioneaz doar pe catena ntrziat.
71
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
72
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Etape
Procesul de replicare a plasmidelor prin mecanism theta se desfoar n urmatoarele etape :
a) n prima etap are loc ataarea proteinelor Rep la secvenele iteroni; acest lucru determin
o curbare a moleculei ADN n aceast zon, fapt ce faciliteaz etapa urmtoare;
b) ataarea proteinelor DnaA la cutiile dnaA; la rndul ei, aceast etap o faciliteaz pe
urmtoarea;
c) ataarea complexului proteic DnaB-DnaC la regiunea din oriV bogat n A/T; DnaB este
o helicaz i desface dublul helix n aceast zon;
d) are loc sinteza unui ARN primer de ctre o ARN polimeraz codificat de o gen
cromozomal;
e) incepe procesul de polimerizare desfurat, la majoritatea plasmidelor din aceast clas,
de ctre ADN polimeraza III (excepie face plasmidul Col E1, care este replicat prin mecanism theta,
dar de ctre ADN polimeraza I);
f) sinteza celor 2 catene (leading i lagging) este cuplat i se desfoar cvasi-simultan;
g) sinteza se desfoar n majoritatatea cazurilor unidirecional, spre deosebire de replicarea
cromozomului bacterian care la marea majoritate a speciilor bacteriene se desfoar bidirecional.
Dintre cele mai cunoscute plasmide ce se replic prin mecanism theta, amintim pSC101, P1,
RK2, RP4, R6K, R1, CColE2, ColE3.
4.1.3.2.2 Mecanismul STRAND-DISPLACEMENT (SD)
Denumirea provine din termenul strand-displacement (dislocarea catenei) i se refer la faptul
c n timpul procesului de replicare are loc dislocarea uneia din cele 2 catene ADN. Acest mecanism
se ntlnete mai ales la plasmidele promiscue din grupul de incompatibilitate IncQ. La aceste
plasmide regiunea oriV este alcatuit din 3 secvene ADN de tip iteroni, 1 regiune bogat n G/C (174
bp), 1 regiune bogat n A/T (31 bp)
Procesul de replicare ADN de tip strand-displacement nu depinde de proteine ale celulei
gazd (codificate cromozomal, cum ar fi DnaA, DnaB, DnaC), ci de trei proteine codificate
plasmidial:
RepA este o helicaz ce intra n dublul helix ADN n regiunea bogat n A/T i faciliteaza
dislocarea catenei parentale nereplicate sub forma buclei D (forma literei D);
73
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
RepB este o primaz care sintetizeaz un primer ARN necesar iniierii polimerizrii ADN;
RepC este o protein iniiator care se ataeaz la secvenele iteroni din oriV.
Replicarea pornete de la dou origini (ssiA i ssiB) simetrice i adiacente, ce funcioneaz n
forma monocatenar i sunt situate pe cele 2 catene. Procesul de replicare ncepe cnd aceste 2 origini
sunt expuse monocatenar.
Etape
Procesul de replicare SD se desfoar n urmtoarele etape:
1. monomeri ai proteinei RepC se ataeaz la secvene iteroni din oriV;
2. proteina RepA (helicaza) se ataeaz la regiunea din oriV bogat n A/T, determinnd
desfacerea dublului helix;
3. proteina RepB (primaza) se ataeaz la bucla A/T i sintetizeaz un primer ARN;
4. ncepe procesul de polimerizare ADN;
5. helicaza RepA faciliteaz dislocarea catenei parentale nereplicate sub forma unei bucle D.
Produsele intermediare ale unui proces de replicare SD sunt:
- o molecul ADN circular d.c.
- o molecul ADN circular m.c. pe aceasta va fi iniiat un nou proces de replicare
care va conduce la formarea catenei complementare, i deci, a formei dublucatenare a
plasmidului.
n cazul unui asemenea mecanism de replicare sinteza celor dou catene noi ale moleculei de
ADN nu este cuplat i simultan.
4.1.3.2.3 Mecanismul ROLLING-CIRCLE (RC)
Denumirea provine din faptul c n timpul procesului, molecula de ADN are forma unui cerc
rotativ. Acest mecanism de replicare este ntlnit la plasmide din multe bacterii Gram-pozitive, de
exemplu plasmidul pT181 (de la Staphylococcus), pUB110 i pC194 (de la Bacillus subtilis).
Ca i n cazul mecanismului SD, replicarea de tip RC depinde de o protein iniiator codificat
plasmidial (propteina Rep) i de o serie de proteine codificate pe cromozomul bacterian.
Plasmidele ce se replic prin mecanism RC au doua secvene ori situate distanat una de alta:
dso (double-stranded origin), de la care este iniiat replicarea primei catene noi (catena
leading); dso are 2 regiuni: regiunea bind, la care are loc ataarea proteinei iniiator Rep i
regiunea nick, n care proteina Rep produce ruptura monocatenar initial
sso (single-stranded origin), de la care este iniiat sinteza celei de-a doua catene noi (catena
lagging)
Etape
n procesul de replicare RC se parcurg urmtoarele etape:
- proteina Rep se ataeaz la regiunea bind a secvenei dso;
- proteina Rep taie o legtur fosfodiesteric (ruptur monocatenar) i rmne ataat la
capul 5 Tyr-fosfodiesteric; capul 3 va servi ca primer pentru sinteza catenei leading;
- n procesul de sintez a catenei leading intervin o serie de proteine codificate pe
cromozomul bacterian: helicaza, Ssb, ADN polimeraza III;
- replicarea catenei leading continu mai mult de o rund complet depind regiunea dso;
- pentru terminarea replicrii catenei leading are loc o reacie de transfer de caten: prin
monomerul liber, proteina Rep atac regiunea dso a catenei vechi, taie o legatur fosfodiesteric i
reface alta, rezultnd o molecul circular d.c. care a eliberat i un dimer de Rep inactiv i, respectiv, o
molecul circular m.c. pe care, de la sso, este sintetizat un primer i apoi o caten noua
Deci, i n cazul acestui mecanism sinteza celor dou catene ADN noi nu este cuplat.
Intr-un asemenea proces proteina Rep are un rol mai complex dect ntr-o replicare SD :
- se ataeaz la dso, avnd rol n iniierea replicrii;
- taie o legtur fosfodiesterica, producnd nick-ul iniial;
- la terminarea sintezei primei catene noi, Rep taie i reface legturi fosfodiesterice
Datorit activitatii sale catalitice, proteina Rep de la plasmidele ce se replic printr-un
mecanism RC este similar cu topoizomerazele din clasa I.
74
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
n general, plasmidele ce se replic prin RC au o alctuire modular, cel mai important modul
fiind LIC (Leading strand Initiation and Control region) care este format din dso, gena rep i
elemente de control al replicrii plasmidei. Pe baza structurii LIC au fost definite 4 familii de plasmide
ce se replic prin mecanism RC, familii ce au drept reprezentani urmatoarele plasmide: pT181,
pC194, pMV158, pSN2. Alte module importante n aceste plasmide sunt: 1-2 sso, 1 mob, 1 gen de
antibiorezisten.
Procesul de replicare ncepe cu sinteza unui ARN primer (=ARN II), ce este transcris
ncepnd de la un situs localizat la 555 pb n amonte fa de oriV. Iniial, acest transcript este separat
de ADN, ca n cazul unei transcrieri obinuite. Pe msur ce ARN polimeraza se apropie de oriV,
transcriptul ncepe s ramn hibridizat cu matria ADN; cauza probabil: ARN II contine 6 G
consecutive situate la circa 265 nucleotide n amonte fa de oriV; aceste 6 G interacioneaz probabil
cu 6 C consecutive din ADN matri, ce se gsesc la cca 20 nucleotide n amonte fa de oriV. Apoi
hibridul este tiat de RNaza H, iar capul 3 al ARN va fi elongat de ADN pol I.
O modalitate de control negativ al replicrii plasmidelor din familia Col E1 este prin formarea
unui al doilea ARN (=ARN I), care are funcie de ARN antisens, contine 108 nucleotide i este
transcris de la -445 fa de oriV, dar n direcie opus, de pe cealalt caten ADN.
Prin legarea lui ARN I (antisens) de ARN II (primer) este alterat conformaia secundar a
acestuia din urm, astfel nct ARN primer nu mai poate hibridiza cu oriV.
Acest ARN antisens este transcris constitutiv, dar este instabil, iar legarea lui la ARN II este
mediat de o protein numit Rop (codificat de gena rop).
Aplicarea unui inhibitor al sintezei proteice (de exemplu, cloramfenicolul) blocheaz sinteza
proteinei Rop, rezultatul fiind o crestere a frecvenei de iniiere a replicrii plasmidelor Col E1. Acest
lucru se bazeaz pe faptul c n citoplasma bacterian exist suficiente molecule de ADN pol I (cca
300), chiar dac este blocat proteosinteza.
pSC101
Prima citare a lui pSC101 n literatura de specialitate a fost n 1973 - Cohen care a folosit-o ca
vector n experimente de clonare. Ulterior ns, aceast plasmid a fost identificat ca plasmid
natural la Salmonella i Escherichia coli. Ea prezint un numr mediu de copii (6-7) per echivalent
cromosomal i are o gen de rezisten la tetraciclin. ntreaga plasmida (9263 pb) a fost complet
secveniat.
Regiunea replicativ a acestei plasmide are 3 zone majore:
(1) regiunea par - foarte important pentru stabilitate i afecteaz i numrul de copii;
(2) regiunea ori - de la care pornete replicarea unidirecional i care conine
majoritatea situsurilor necesare pentru replicare i pentru incompatibilitate;
(3) gena repA - care este o gen specific plasmidial i codific o protein de
replicare.
pSC101, mpreun cu fagul P1 i cu o serie de alte plasmide (F, R6K), aparine unei clase de
repliconi a caror replicare nu este realizat de ADN polimeraza I. Aceti repliconi codific o protein
autoreglat (RepA) esenial pentru replicare i poseda copii repetate direct ale unei secvene ce este
specific pentru fiecare plasmid i la care se ataeaza proteina RepA. RepA se ataeaz la cele 3
secvene RS din regiunea ori , participnd la iniierea replicrii.
75
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Meninerea stabil a lui pSC101 n celula bacterian presupune intervenia a mai multor clase
de proteine: DnaA (esenial i n iniierea replicrii cromosomului bacterian), IHF (Integration Host
Factor, protein histone-like implicat n reglarea unei serii de procese celulare), DnaB, DnaC,
DnaG (primaza), componente ale holoenzimei ADN polimeraza III.
Regiunea ori din plasmidul pSC101 conine situsuri multiple de legare pentru proteine
eseniale n replicarea plasmidial:
- un situs de ataare a proteinei DnaA
- 2 secvene repetate, formate din cte 13 pb (13-mer), omoloage cu secvenele din
oriC i la care se ataeaz complexul DnaB-DnaC
- o regiune bogat n A/T
- ntre regiunea A i regiunea T se gasete situsul pentru IHF
- un cluster de 3 secvene repetate direct RS1 (24 pb), RS2 (18 pb), RS3 (24 pb) la
care se atasaza proteina RepA
- ARN polimeraza se ataeaza la un promotor localizat n i ntre aceste 3 secvene
RS (promotorul pentru ARN-Y)
Procesul de transcriere n regiunea oriV i implicat n iniierea replicrii este un fenomen
extrem de frecvent n lumea bacterian, att pentru replicarea cromosomului, ct i a unor plasmide. n
cazul lui pSC101, printr-un asemenea proces de transcriere la origine, este sintetizat ARN-Y care
ncepe din mijlocul lui RS2. Acest proces nu se afl sub controlul proteinei RepA, iar rolul moleculei
ARN-Y pare s fie acela de a facilita deschiderea dublului helix ADN n regiunea ori.
Regiunea par nu este esenial pentru replicare (plasmidele par- se replic), dar este esenial
pentru stabilitatea plasmidelor n celula bacterian, probabil prin situsul pentru giraza.
76
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Legarea simultan a proteinelor Rep A, IHF, Dna A, DnaB-Dna C este favorizat de curbarea
ADN determinat de legarea IHF (curbeaza dublul helix ADN cu150o la situsul de atasare), i
determin formarea REPLISOMULUI.
Reglarea numrului de copii plasmidiale la pSC101 i, probabil, i la alte plasmide i sisteme
similare, nu este produsul unui singur mecanism de reglare, ci este o rezultant a unui set de
interaciuni moleculare (ADN-proteine, ADN-ADN, proteine-proteine), fiecare dintre ele contribuind
la replicarea, stabilitatea i partiia eficient a plasmidului.
Principii i definiii
77
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Figura 4.17 Reprezentarea schematizat a unui proces de transcriere monocistronic i, respectiv, policistronic.
4.2.2 Enzime
Procesul de transcriere genetic este catalizat de o clas special de enzime numite ARN
polimeraze.
La organismele procariote eixst cte o singur specie molecular de ARN polimeraz per
celul, aceasta realiznd sinteza tuturor tipurilor de ARN din celul.
La eucariote, majoritatea celulelor dein cte 3 specii moleculare de ARN polimeraze, fiecare
dintre ele sintetiznd anumite specii de ARN.
78
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
4.2.3.2 Terminatori
Transcrierea genetic continu de la promotori pn la terminatori. Acetia reprezint regiuni
din molecula ADN ce prezint o anumit secven de nucleotide:
- 2 copii ale unei secvene poli-GC n repetiie invers; aceast regiune prezint
complementaritate intracatenar i determin formarea n transcriptul ARN a unei structuri n ac-de-
pr (hairpin) ce mpiedic avansarea ARN polimerazei
- o regiune format din 4 10 adenine (ce corespunde pe transcript cu 4 10 resturi de uracil)
care reprezint semnalul propriu-zis de terminare a transcrierii
Dei regiunile terminator sunt identificate pe molecula ADN, terminarea transcrierii este de
fapt realizat de catena ARN (Figura 4.19).
Pn n prezent au fost identificate 2 clase de terminatori la procariote:
- terminatori Rho independeni : sunt regiuni de tip terminator n care cele 2 secvene poli-
GC prezint complementaritate intracatenar perfect, realiznd o structur n ac-de-pr stabil
- terminatori Rho dependeni : sunt regiuni terminator n care cele 2 poli-GC nu prezint
complementaritate intracatenar perfect; n acest caz structura n ac-de-pr este stabilizat de ctre o
protein numit proteina Rho (de la litera greceasc Rho - ) care alunec pe molecula ARN pn la
acul-de-pr i l stabilizeaz.
79
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
80
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
Iniierea transcrierii
Aceast etap ncepe prin ataarea ARN polimerazei la un promotor, proces ce se desfoar
el nsui n mai multe etape:
a) etapa de promotor nchis I ARN polimeraza se ataeaz la hexamerul -35
b) etapa de promotor nchis II (promotor curbat) ARN polimeraza se ataeaz apoi i la
hexamerul -10; cei 2 hexameri nu sunt ns orientai steric optim fa de situsurile de ataare la ARN
polimeraz (i anume lla subunitatea s); ca urmare, pentru a se ataa la amndoi hexamerii, enzima
trebuie s distorsioneze molecula de ADN; deci, promotorul curbat prezint o tensiune torsional ce va
fi eliberat prin deschiderea dublului helix pe o distan de 10 18 pb, ajungndu-se astfel n cea de-a
treia etap, cea de
c) etapa de promotor deschis; se formeaz astfel bucla de transcriere care depete situsul
START (nucleotidul +1 al catenei matri)
Se formeaz astfel un complex binar: ADN ARN polimeraz. Iniierea transcrierii continu
cu ataarea primului nucleotid, care de obicei la procariote este ATP sau GTP. Complexul devine
astfel din binar, ternar: ADN ARN polimeraz ARN. Dup sinteza a aproximativ 8-10
ribonucleotide, subunitatea se desprinde din complex, considerndu-se c acest eveniment ncheie
etapa de iniiere a transcrierii.
Elongarea transcrierii
Aceast etap ncepe dup desprinderea subunitii i este realizat de subunitatea care
formeaz legturi fosfo-diesterice ntre ribonucleotide. Catena ARN crete n direcia 5 - 3. Odat cu
ARN polimeraza, i bucla de transcriere se deplaseaz pe molecula de ADN, transcriptul rmnnd n
hibrid cu matria ADN doar pe o poriune de aproximativ 12 nucleotide.
Rata de polimerizare a ARN polimerazei de la E.coli este de circa 30 40 nucleotide per
secund. Frecvena erorilor de ncorporare (a ribonucleotidelor greit mperecheate cu cele din catena
matri ADN) de ctre aceast enzim este de 1 baz greit per 104 baze ncorporate. Dup ce ARN
polimeraza a trecut de promotor, o alt enzim (cu tot cu subunitate ) se poate ataa la acesta i poate
ncepe o nou rund de transcriere.
Terminarea transcrierii
Terminarea transcrierii are loc n momentul n care ARN polimeraza ajunge n regiunea unui
terminator. Acul-de-pr format n catena transcriptului (vezi figura 4.18) blocheaz avansarea enzimei
i o determin s staioneze cteva milisecunde; acest timp este ns suficient pentru ca transcriptul s
se desprind din hibridul cu catena ADN matri (desprinderea este facilitat i de faptul c legturile
dintre poli-A de pe ADN i poli-U din ARN sunt slabe). Bucla de transcriere se inchide i astfel
procesul este ncheiat.
Moleculele de ARN transcript pot evolua fie ca ARN measger, ARN ribozomal, ARN de
transfer.
Majoritatea moleculelor de ARNm de la procariote sunt monocistronice i sunt altuie din 3
regiuni mai importante :
- regiunea cap (leader), care conine secvena SHINE-DALGARNO (5-AGGAGG3) ce
este complementar cu un hexamer de la capul 3 al moleculelor de ARNr de 16S
- regiunea codificatoare, care ncepe cu codonul start AUG i se termin cu un codon stop
- regiunea cozii
81
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
82
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
83
Tratat de Biotehnologie Cap.4 Funciile materialului genetic
BIBLIOGRAFIE SELECTIV
1. Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P., 2002, Molecular Biology of the Cell. 4th ed.,
Garland Publishing House, New York.
2. Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L., 2002, Biochemistry. , W. H. Freeman and Co., New York.
3. Brown T.A., 2002, Genomes. 2nd ed., BIOS Scientific Publishers, Ltd, Oxford, UK.
4. Campbell A.M., 1992, Chromosomal insertion sites for phages and plasmids. Journal of Bacteriology
174(23):7495-7499.
5. Cohen S.N., 1993, Bacterial plasmids: their extraordinary contribution to molecular genetics. Gene 135:67-76.
6. Cooper G.M., 2000, The Cell - A Molecular Approach. 2nd ed., Sinauer Associates, Inc., SUA.
7. Cornea C.P., 1998, Elemente de Inginerie Genetic, Editura ALL, Bucureti.
8. Covic M., tefnescu D., Sandovici I., 2004, Genetic medical, Editura Polirom.
9. Dale J.W., 1998, Molecular Genetics of Bacteria, 3rd Edition.Anonymous Chichester, UK:John Wiley & Sons.
10. Del Solar G., Giraldo R., Ruiz-Echevarria M.J., Espinosa M., Diaz-Orejaz R., 1998, Replication and control of
circular bacterial plasmids. Microbiol Molec Biol Rev 62(2):434-464.
11. Embley T.M., Hirt R.P., Williams D.M., 1994, Biodiversity at the molecular level: the domains, kingdoms and
phyla of life. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 345(1311):21-33.
12. Espinosa M., del Solar G., Rojo F., Alonso J.C., 1995, Plasmid rolling circle replication and its control. FEMS
Microbiol Lett 130:111-120.
13. Freifelder D., 1987, Microbial Genetics. Jones and Bartlett Publishers. Boston, USA.
14. Gavril L., 2003, Genomica Un tratat despre genom, de la virusuri la om, vol.I, vol.II, Ed. Encicl., Bucureti.
15. Gilson E., Bachellier S., Perrin S., Perrin D., Grimont P.A.D., Grimont F., Hofnung M., 1990, Palindromic unit
highly repetitive DNA sequences exhibit species specificity within Enterobateriaceae.. Researches in
Microbiology 141:1103-1116.
16. Griffiths A.J.F., Miller J.H., Suzuki D.T., Lewontin R.C., Gelbart W.M., 1999, Introduction to Genetic
Analysis. 7th ed., W. H. Freeman & Co., New York.
17. Hardy K.G., 1988, Plasmids: A Practical Approach. IRL Pres. Oxford, UK.
18. Herlea V., 1998 Microbiologie general, Ed. Univ., Bucureti.
19. Hinnebusch H., Barbour A.G., 1992, Linear- and circular-plasmid copy numbers in Borrelia burgdorferi. J.Bact.
174(16):5251-5257.
20. Hinnebusch J., Tilly K., 1993, Linear plasmids and chromosomes in bacteria. Molecular Microbiology
10(5):917-922.
21. Hiraga S., 1992, Chromosome and plasmid partition in E.coli. Annu Rev Biochem 61:283-306.
22. Lewin B. , 1997, Genes. 6th ed., Oxford University Press, New York, USA.
23. Lodish H., Berk A., Zipursky S.L., Matsudaira P., Baltimore D., Darnell J.E., 2000, Molecular Cell Biology. 4th
ed., W. H. Freeman & Co. Publishing, New York.
24. Manen D., Caro L., 1991, The replication of plasmid pSC101. Molecular Microbiology 5(2):233-237.
25. Margulis L., 1992, Biodiversity: molecular biological domains, symbiosis and kingdom origins. Biosystems
27(1):39-51.
26. Moller-Jensen J., Gerdes K.J.R., 2000, Plasmid and chromosome segregation in prokaryotes. Trends in
Microbiology 8(7):313-320.
27. Nester E.W., Evans Roberts C., Nester M., 1995, Microbiology, A Human Perspective, WCB Publishers, SUA.
28. Pettijohn D.E., 1988, Histone-like proteins and bacterial chromosome structure. J Biol Chem 263(26):12793-6.
29. Prescott L.M., Harlez J.P., Klein D.A., 1996, Microbiology. Third Edition, WCB Publishers, SUA.
30. Raicu P., Stoian V., 1991, Genetica dezvoltrii la eucariote, Editura Academiei Romne.
31. Russel P.J., 1994, Fundamentals of Genetics, Harper Collins College Publishers, SUA.
32. Sakaguchi K., 1990, Invertrons, a class of structurally and functionally related genetic elements that includes
linear DNA plasmids, transposable elements and genomes of adeno-type viruses.. Microbiol Rev 54(1):66-74.
33. Stoica I., Vassu T., Ssrman E., 2002 Biologia i taxonomia molecular a microorganismelor. Colecia de
culturi microbiene. Ed. Arvin Press.
34. Strachan T., Read A.P., 1999, Human Molecular Genetics 2. 2nd ed., BIOS Sci. Publishers, Ltd,Oxford, UK.
35. Summers D.K., 1996, The Biology of Plasmids.Anonymous Anonymous Oxford, UK:Blackwell Science Ltd.
36. Sykora P., 1992, Macroevolution of plamids: a model for plasmid speciation. J Theor Biol 159:53-65.
37. Trun N.J., 1998, Architecture of a bacterial chromosome. ASM News 64(5):276-283.
38. Vassu T., Stoica I., Cstuak O., Muat F., 2001, Genetica microorganismelor i Inginerie genetic microbian.
Note de curs i Tehnici de laborator. Editura Petrion, Bucureti.
39. Watson J.D., Baker T.A., Bell S.P., Gann A., Levine M., Losick R., 2004, Molecular Biology of the Gene. Fifth
Edition, CSHL Press.
40. Weaver R.F., 1999, Molecular Biology, WCB McGraw-Hill Press.
41. Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. , 1990, Towards a natural system of organisms: proposal for the
domains Archaea, Bacteria and Eucarya., Proc Natl Acad Sci USA, 87, pp 4576-4579.
42. Zarnea G., Tratat de Microbiologie Generala. vol I (1983), II (1984) i V (1994), Editura Academiei Romane.
84