CURS 3 si 4 Biofizica

NOŢIUNI DE BIOFIZICĂ MOLECULARĂ ŞI TERMODINAMICĂ BIOLOGICĂ

Pentru a aborda o serie de probleme de biofizică moleculară şi termodinamică biologică este

necesară reamintirea unor noţiuni de fizică moleculară şi termodinamică.

Biofizica moleculară este ramura fizicii care studiază proprietăţile fizice şi stările de
agregare ale corpurilor pe baza structurii lor moleculare, a forţelor de interacţiune dintre
particulele care alcătuiesc corpurile şi naturii mişcării termice a acestor particule.

Ea utilizează două metode complementare: o metodă statistică şi o metodă termodinamică.

Metoda statistică constă în studierea proprietăţilor sistemelor macroscopice cu ajutorul

statisticii matematice, a legilor mişcării termice pentru numărul foarte mare de particule care
alcătuiesc sistemul.

Metoda termodinamică nu ia în considerare structura internă a corpurilor ci

operează cu caracteristicile macroscopice ale obiectelor de studiu şi se bazează pe
nişte principii extrem de generale, principiile termodinamicii.

Legături intra şi intermoleculara

Molecula este cea mai mică particulă de substanţă care poate să existe în mod liber. Ea are toate
proprietăţile chimice ale substanţei respective.

Moleculele iau naştere datorită tendinţei naturale de asociere a atomilor şi datorită

faptului că atomii au afinitate unii faţă de alţii.

Când moleculele se apropie foarte mult, între molecule încep să acţioneze şi forţe de respingere
datorate învelişurilor electronice ale atomilor.
Stările de agregare ale materiei

Intensitatea forţelor de interacţiune dintre particulele care alcătuiesc substanţele, aranjarea în

spaţiu ale acestor particule şi felul în care se manifestă agitaţia termică (mişcarea
permanentă şi dezordonată a atomilor şi moleculelor) determină starea de agregare în care se
pot afla substanţele. Astfel, în starea gazoasă, moleculele se găsesc la distanţe foarte mari unele
de altele şi forţele de coeziune sunt foarte mici. Ca urmare, gazele nu au nici formă nici volum
proprii.

Starea de agitaţie termică a moleculelor este foarte intensă. La temperaturi şi presiuni foarte
ridicate, de ordinul a milioane de grade şi zeci de mii de atmosfere, gazele trec într-o
stare de ionizare totală, care constituie o stare specială a substanţei, numită plasmă.

În starea lichidă, forţele de coeziune sunt mai mari decât la gaze, ceea ce face ca lichidele să aibă
volum determinat, dar nu şi formă proprie. În starea solidă, particulele componente sunt
supuse unor puternice forţe de atracţie şi respingere, ceea ce face ca solidele să
aibă volum şi formă bine determinate

Starea lichidă

Starea lichidă este o stare a materiei stabilă, intermediară între starea stabilă solidă şi starea
stabilă gazoasă pentru o densitate şi temperatură dată.

După compoziţia chimică ,lichidele pot fi constituite dintr-o singură componentă sau din mai
multe componente – cazul soluţiilor.

Lichidele mai pot fi clasificate astfel

lichide normale - dacă proprietăţile lor sunt independente de structura

particulelor constituente;

cristale lichide – la care proprietăţile depind puternic de structura particulelor;

lichide cuantice – ca de exemplu izotopii He32 şi He42;

Lichidele normale, la rândul lor, pot fi:

lichide simple, formate din molecule sferice între care se exercită forţe de interacţiune de tip
Van der Waals, fără momente dipolare (exemple: Ar, CH4 = metan, H2, N2 şi unele metale în
stare lichidă de tipul Na, Hg );

lichide complexe, constituite din molecule cu momente dipolare, din molecule cu punţi
dehidrogeni (lichide asociate, ca de exemplu apa) sau constituite din grupări mari de molecule.

Se acceptă ipoteza conform căreia în lichide există o ordine locală, ordine la distanţă mică, de
câteva diametre moleculare.

Modelele construite pe această bază conduc la rezultate satisfăcătoare în raport cu datele

experimentale pentru lichidele simple. In cazul lichidelor complexe nu există încă o teorie
unitară.

Cristalele lichide, ca structură şi ca proprietăţi fizice, ocupă un loc intermediar între lichidele
normale şi solidele cristaline. Ele se pot obţine din încălzirea solidului cristalin peste punctul de
topire (cristalele termotrope) sau se formează din soluţii într-un anumit domeniu de concentraţii
(cristalele liotrope).

Moleculele cristalelor lichide, în special de natură organică, sunt puternic alungite,

centrelelor de masă prezentând o ordine locală. Datorită formei acestei ordini i se
adaugă şi o ordine orientaţională ceea ce face ca ele să aibă proprietăţi anizotrope.

Proprietăţi ale stratului superficial al lichidelor.

Tensiunea superficială

La suprafaţa de contact a două faze volumice apare întotdeauna o regiune de separaţie, cu o

structură proprie şi proprietăţi specifice, diferite de structura şi proprietăţile fazelor volumice.
Această regiune de separaţie se numeşte fază de interfaţă sau pătură superficială. Ea cuprinde
toate moleculele aflate sub suprafaţa aparentă a fazei volumice, până la o adâncime egală cu raza
sferei de acţiune moleculară.

Fenomenele legate de această regiune de separaţie sunt numite fenomene superficiale.

 Fenomenele de suprafaţă pot fi cu uşurinţă puse în evidenţă, atât în cazul unor pelicule
de lichid, cât şi în cazul volumelor mici de lichid, cum este cazul picăturilor acestuia.

Forţele care acţionează tangent la suprafaţa peliculei de lichid, normal şi uniform în fiecare
punct al conturului său, se numesc forţe de tensiune superficială. În general, asupra unui lichid
acţionează mai multe forţe. Când sunt create condiţii ca celelalte forţe, cum ar fi cea
gravitaţională, să fie anulate, forma lichidului este dată de forţele de tensiune superficială.
Aceasta explică, de exemplu, forma sferică a picăturilor de ulei de măsline într-o soluţie de
alcool în apă.

Curs 4

Apa pură la 0ºC are temperatura superficială de 74,64 x 10-3 Nm-1.

Dizolvând în apă cantităţi mici de substanţe organice, se obţin soluţii cu tensiune superficială
mai mică (şi vâscozitate mai mare),capabile să formeze pelicule cu stabilitate mare.

Astfel de substanţe care, dizolvate în lichide le micşorează tensiunea superficială, sunt numite
superficial–active (tensio-active), iar cele care lasă neschimbată sau cresc valoarea acestui
coeficient se numesc superficial–inactive (tensio-inactive). Atunci când se face referire la
tensiunea superficială ce caracterizează un mediu trebuie indicat şi mediul cu care aceasta se află
în contact.

Astfel, în practică se determină în fapt o tensiune interfacială. S-a arătat, de exemplu, că

deoarece suprafaţa “liberă” a unui lichid se află întotdeauna în contact cu vaporii săi,
determinările experimentale dau, în cazul lichidelor, o tensiune interfacială foarte apropiată
de cea a lichidului, aceasta pentru că şi gazele au tensiunea superficială proprie dar foarte mică.
La distanţă suficientă de perete, suprafaţa lichidului este plană şi orizontală.

Referitor la importanţa acestor fenomene pentru biologie trebuie menţionat faptul că

multeplante şi animale secretă substanţe hidrofobe ( care nu se combină cu apa sub nicio
formă); (ceară sau grăsimi) care au rolul de a micşorainteracţiunea corpului lor
cu apa care, în cantităţi mari ar deveni nocivă. De asemenea, macromoleculele
biologice, cum sunt proteinele membranare intrinseci, care se comportă ca
polielectroliţi, în mediu apos tind să se plaseze astfel încât să expună spre mediu cât mai multe
grupări hidrofile ( care absoarbe apa în mare cantitate) şi să orienteze spre zonele interioare
grupările hidrofobe, evitând astfel contactul cu apa.
Fenomene de transport în gaze şi lichide

Vitezele particulelor unui gaz sau lichid variază continuu ca rezultat al mişcării
termice dezordonate şi a ciocnirilor dintre ele. Dacă există o neuniformitate spaţială într-un astfel
de mediu, datorită – de exemplu – unei diferenţe de densitate sau temperatură, atunci apare o
mişcare ordonată, suprapusă mişcării termice a moleculelor, care va conduce la ştergerea acestei
neuniformităţi. Diferitele tipuri de mişcare care pot apărea în astfel de cazuri sunt numite
fenomene de transport.

Fenomenele de transport pot consta în apariţia unui transport de masă (de exemplu în cazul
difuziei, osmozei) sau de energie internă (în cazul conducţiei termice). Aceste
fenomene, condiţie necesară pentru menţinerea structurii şi funcţiei sistemelor biologice, pot
avea loc atât în interiorul unei faze, fie la suprafaţa de separare a diferitelor faze (de exemplu la
nivelul membranelor celulare - caz în care modul lor de desfăşurare decurge diferit funcţie de
calităţile de permeabilitate ale membranelor).

Fenomenele de transport cum sunt difuzia pasivă şi osmoza sunt cunoscute şi ca fenomene
moleculare de transport, ele fiind rezultatul agitaţiei termice a moleculelor. Ele se desfăşoară
spontan, fără consum de energie.

Fenomenele de transport care au loc sub influenţa unor cauze externe şi care înseamnă o
mişcare relativ ordonată a ansamblului tuturor particulelor sunt numite mişcări de drift.

Dacă într-un system, densitatea (concentraţia) are valori diferite în două regiuni
sau variază continuu de la un punct la altul, atunci va apare o mişcare ordonată de substanţă de
la regiunea cu densitatea (concentraţie) mai mare la regiunea cu densitate mai mică. Fenomenul
în care se stabileşte un flux de substanţă datorat neomogenităţii densităţii sau concentraţiei se
numeşte difuzie pasivă.

Difuzia decurge în mod diferit într-un mediu suport omogen (a) sau prin membrane (b) când,în
plus, trebuie ţinut cont dacă particulele care difuzează au sau nu sarcină electrică.

A. Difuzia într-un mediu suport omogen

Acest fenomen de transport este descris de legile lui Fick. Prima lege a lui Fick arată că fluxul
masic printr-o suprafaţă este direct proporţional cu aria S a suprafeţei şi cu gradientul de
densitate(fluxul masic se defineşte drept cantitatea de substanţă dm transportată printr-o
suprafaţă în unitatea de timp dt). Transportul de substanţă are loc în sensul descreşterii densităţii,
deci însensul micşorării neomogenităţii care a provocat fenomenul.

B. Difuzia prin membrane

Membranele (naturale sau artificiale) separă medii (sisteme de dispersie) care au caracteristici
fizico – chimice diferite. In cazul lor se defineşte coeficientul de permeabilitate P.

Permeabilitatea este proporţională cu mobilitatea solvitului considerat prin membrană iar în

cazul în care membrana desparte două medii apoase, permeabilitatea este determinată de
coeficientul de partiţie solvent (în acest caz membrana)/apă.

Considerând drept criteriu permeabilitatea, membranele se clasifică astfel:

membrane impermeabile

membrane permeabile (permeabilă atât pentru solvent cât şi pentru solvit);

membrane selectiv permeabile care la rândul lor pot fi:

- semipermeabile – permit numai trecerea solventului;

- reciproc permeabile – permeabile la solviţi dar într-un singur sens.

Difuzia particulelor neîncărcate prin membrane

Difuzia ionilor prin membrane

In cazul unei membrane care prezintă aceiaşi permeabilitate pentru toţi ionii, difuzia ionilor
decurge în sensul gradientului de concentraţie la fel ca şi în cazul particulelor neîncărcate,
ajungându-se în final la egalizarea concentraţiilor din cele două compartimente separate de
membrană.O altă situaţie poate fi aceea în care de o parte şi de cealaltă a membranei
permeabile se află o soluţie de electrolit în aceiaşi concentraţie iar între cele două
compartimente se aplică (şi se menţine) o diferenţă de potential.
 Difuzia ionilor printr-o membrană permeabilă atunci când între compartimente se
menţine o diferenţă de potenţial V2> V1 (C0 – concentraţiainiţială; [K+] ‚ [Cl-] –
concentraţiile ionilor de potasiu, respectiv de clor) (dupăDimoftache, C., ş.a., 1993)
Electrolitul se află în stare disociată; ionii negativi Cl- vor fi atraşi spre potenţialul pozitiv
(V2)iar ionii pozitivi K+ spre potenţialul negativ (V1). In felul acesta pentru fiecare ion ia
naştere o diferenţă de concentraţie ceea ce antrenează, un fenomen de transport (difuzie) în
sens invers.

De data aceasta însă echilibrul se stabileşte în momentul în care cele două fluxuri de
sensuri contrare, şi anume fluxul conjugat gradientului de potenţial electric şi
cel conjugat gradientului de concentraţie, se egalează. In final, în cele două
compartimente vor exista concentraţii inegale ale celor două tipuri de ioni . O a treia
situaţie care, alături de cele prezentate anterior, explică fenomene din lumea vie, este cel în
care cele două compartimente, în care se află aceiaşi soluţie dar în concentraţii diferite (C10
> C20) sunt separate de o membrană selectiv permeabilă (PNa < PCl ; fig. 5.7).

Polarizarea unei membrane selectiv permeabile care separă compartimente în care

se află soluţie de Na Cl la concentraţii iniţiale C10 ,respectiv C20 (C1, C2 –
concentraţiile de NaCl la echilibru în cele două compartimente; V1-V2 –
potenţialul de joncţiune) (după Dimoftache, C.,ş.a.,1993) In acest caz clorul difuzează
mai uşor din compartimentul (1) în compartimentul (2) şi în acestfel ia naştere o concentrare
de sarcini negative pe faţa 2 a membranei sau o diferenţă de potenţial întrefeţele membranei
(potenţial de difuzie sau de joncţiune). Diferenţa de potenţial creată
favorizeazădifuzia ionilor de sodiu şi se opune difuziei ionilor de clor. La echilibru,
concentraţiile soluţiilor dincele două compartimente nu vor fi egale şi, în plus, membrana va
fi polarizată, între cele două feţe alesale existând o diferenţă de potenţial Importanţa difuziei
în biologieDifuzia gazelor (CO2, O2, N2) este întâlnită în procesele de respiraţie şi în
fotosinteză.

La plantele superioare schimburile de gaze au loc la nivelul frunzelor iar la

animalele superioare, la nivelul alveolelor pulmonare şi la nivelul ţesuturilor.

Osmoza.

Osmoza este fenomenul fizic de amestecare a două soluţii, cu concentraţii diferite, separate
printr-o membrană semipermeabilă, care permite trecerea solventului, dar se
opune traversării substanţelor dizolvate. Dacă punem în contact, printr-o membrană
semipermeabilă într-un vas, o soluţie(zahăr în apă) şi solventul pur (apă), se constată un
fenomen de difuzie în care particulele substanţei dizolvate se distribuie uniform în toată masa
solventului. Apa trece prin membrana semipermeabilă în soluţie şi, după trecerea unui
 interval de timp, nivelul acesteia se ridică. Aceasta dovedeşte că, există o presiune,
numită presiune osmotică, egală cu presiunea hidrostatică a coloanei de lichid. Fenomenul
prezentat este cunoscut şi ca osmoză directă. Există şi osmoza inversă care aparea tunci
când membrana semipermeabilă separă două soluţii de concentraţii diferite şi asupra soluţiei
mai concentrate se exercită din exterior o presiune foarte mare ceea ce determină trecerea
moleculelor de solvent prin membrană, de la soluţia mai concentrată la cea mai diluată.

Fenomenul de osmoză

Osmoza ilustrează tendinţa naturală a tuturor sistemelor de a-şi mări entropia

(starea dedezordine).

Apa .Structură. Proprietăţi

Apa, un lichid foarte obişnuit şi cu extrem de largă răspândire, are, în multe

situaţii, un comportament diferit de cel al lichidelor tipice şi, de aceea, necesită o tratare
separată.

Apa este o substanţă cu proprietăţi fizico-chimice deosebite, care au o mare influenţă asupra
comportării corpurilor sau substanţelor cu care vine în contact.

Structura apei

Se consideră că molecula de apă este alcătuită dintr-un atom de oxigen şi doi

atomi dehidrogen. Dar, chiar apa pură din natură, este o substanţă mult mai complexă. Ea este
un amestec de oxid de hidrogen cu oxizi ai izotopilor hidrogenului, deuteriul D şi tritiul T în
proporţii foarte reduse(1/6000 D2O şi proporţii mult mai mici de T2O).

Structura moleculei de apă

Înmulţirea extrem de rapidă asistemelor unicelulare, de exemplu, face ca un număr de

astfel de sisteme (bacterii) să supravieţuiască şi în condiţiile cele mai nefavorabile.
Redundanţa structurală este întâlnită şi la nivelul celulei, ea dispunând de un set dublu
de cromozomi. Pe lângă redundanţa structurală, sistemele biologice mai apelează la
redundanţa funcţională şi cea combinatorie. -Între elementele sistemului se stabilesc anumite
raporturi sau conexiuni. Conexiunile relativ stabile definesc modul de organizare a
sistemului. Organizarea este cea care transformă mulţimea elementelor într-un ansamblu
integrat şi unitar, adică într-un sistem.
Sistemul este capabil să lupte cu mai multă eficacitate împotriva celui de-al doilea principiu al
termodinamicii şi este totdeauna mai stabil decât suma elementelor sale. Calităţile noi ale
sistemului derivă tocmai din modul deorganizare a elementelor lui, adică din conexiunile care se
stabilesc între ele.

Conexiunile pot fi substanţiale, energetice sau informaţionale şi se desfăşoară în spaţiu şi timp.

Organizarea pleacă dela nivelul atomic, molecular, macromolecular, subcelular, celular, tisular şi
organic, ajungând pânăla nivelul integrat al organismului şi chiar la nivele situate
deasupra acestuia (biocenozele). Organizarea în serie este frecvent întâlnită în
sistemele biologice.

Glicoliza este, de exemplu, rezultatul organizării în serie a celor 11 reacţii de descompunere

anaerobă a glucozei. Organizarea în paralel se realizează prin îndeplinirea unei funcţiuni de către
două sau mai multe elemente alesistemului. De exemplu, celula dispune de mai multe
mitocondrii care desfăşoară oxidările celulareşi de mai mulţi ribozomi care sintetizează
proteinele.

Organizarea în circuit este unul dintre celemai importante mijloace de autoreglare a

sistemelor biologice. De exemplu, între enzimă, substratul şi produsul său se stabileşte
o relaţie de tip feedback: creşterea cantităţii de substrat intensifică activitatea enzimatică
iar creşterea cantităţii de produs final inhibă această activitate,ceea ce contribuie la păstrarea
stabilităţii produsului final. Prin organizare, sistemul biologic reuşeşte să lege toate
elementele componente între ele, această hiperintegrare reprezentând unul dintre cele mai eficace
mijloace antientropice.