Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Plan de lectie
1. Aminoacizi
1.1 Definitie, structura, nomenclatura
1.2 Proprietati fizice si chimice
2. Proteine
2.1Structura
2.1.1Structura primara
1.1.2.Structura secundara
2.1.2Structura tertiara
2.1.3Structura cuaternara
2.2 Relatie functie structura
2.2 Proprietati, exemple
1. Aminoacizi
1.1Generalitati definitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (-NH2) si gruparea acida (carboxil -COOH) de unde provine si denumirea lor. Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologice sunt importanti aminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbon numit si carbon .
Desen
R CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2; legata la C alfa poarta denumirea de grupare amino .
1. 2 Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimica a unuia din cei 20 aminocizi. Aminoacizii ce intra in alcatuirea proteinelor pot fi
clasificati in :
- aminoacizi esentiali - care nu pot fi sintetizati in organism si trebuie adusi prin
aport alimentar
- aminoacizi neesentiali - care pot fi sintetizati in organism.
Toti cei 20 aa prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt atasate
gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de a 4-a
valenta a atomului de carbon) si care difera la fiecare dintre ei. Astfel aminoacizii pot fi
clasificati dupa structura radicalului R in: aminoacizi alifatici (cu caracter nepolar),
aminoacizi cu caracter polar, fara sarcina electrica, aminoacizi cu caracter polar purtatori
de sarcina electrica (pozitiva-bazici, negativa-acizi), aminoacizi ce contin la radical
atomul de S, aminoacizi cu radical aromatic.
1.3 Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aminoacizilor sunt dictate de structura lor chimica.
Dintre proprietatile fizice vor fi prezentate : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile
chimice vor fi prezentate b) ionizarea si c) reactia de condensare care duce la formarea
legaturii peptidice.
a) Izomeria sterica.
Izomerii sunt compusi care au aceeasi compozitie chimica (numar si tip de atomi) dar au
structuri diferite. Izomerii optici sunt compusi care au aceleasi proprietati fizico-chimice
difera doar printr-o singura proprietate fizica si anume rotesc diferit planul luminii
polarizate.
Aparitia izomeriei optice este conditionata de prezenta unui carbon asimetric.
Prin carbon asimetric se intelege acel carbon care are 4 substituenti diferiti. Acestia se
pozitioneaza diferit in jurul atomului de carbon astfel incat pot da nastere la doua
conformatii spatiale care sunt imaginea in oglina una fata de cealalta. Cele doua structuri
spatiale sunt numite izomeri optici sau enantiomeri sau stereoizomeri. Ei pot avea
conformatia D (dextrogira ) sau L (levogira).
Carbonul alfa prezent in cei 20 aminoacizi are 4 substituenti diferiti este deci un carbon
asimetric. Prin urmare aminoacizii proteinogeni pot prezenta stereoizomeri de tip D sau L
astfel: la izomerul D gruparea NH2 este pozitionata in dreapta (atunci cand gruparea
COOH este situata la varful structurii) in timp ce la izomerul L, ea este pozitionata in
stanga. La mamifere inclusiv om aminoacizii proteinogeni apartin seriei L.
Exceptie face glicina care nu prezinta izomerie optica deoarece la C alfa are doi
substituenti identici si anume 2 atomi de H.
Tinand cont ca proteinele au o forma spatiala apare evident ca structura D sau L a unui
aminoacid influenteaza aranjamentul tridimensional si implicit functia acesteia.
b) Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom (neutru
din punct de vedere electric) se incarca cu o sarcina pozitiva sau negativa ca urmare a
transferului unei particule purtatoare de sarcina electrica (ion) sau a unui electron.
Aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxil si amino care, ambele, sunt
ionizabile. In anumite conditii (de pH) aceste grupari pot exista fie in forma ionica
(incarcate cu sarcina electrica), fie in forma moleculara, (fara sarcina electrica) sau
simultan in ambele forme.
Gruparea COOH are caracter acid in timp ce gruparea NH2 are caracter bazic.
Prin caracter acid se intelege capacitatea unei substante de a ceda un proton (H +).
Prin caracter bazic se intelege capacitatea unei substante de a accepta un proton.
Caracterul acid nu se manifesta cu aceeasi intensitate la toti acizii (lucru valabil si
pentru caracterul bazic), ci difera de la un acid la altul functie de structura chimica a
acestuia. Astfel intilnim acizi tari si acizi slabi, respectiv baze tari si baze slabe.
Prin caracter acid tare se intelege capacitatea unei substante de a ceda total,
ireversibil, protonul. Din aceasta categorie fac parte acizii minerali HCl, H2SO4.
Caracter slab pentru un acid semnifica faptul ca acesta cedeaza partial, reversibil,
protonul si este cazul acizilor organici (a caror structuta generala este R-COOH)
inclusiv a gruparii carboxil apartinand aminoacizilor. Fenomenul de ionizare al
gruparii COOH apare atat atunci cand gruparea este legata de C cat si atunci cand
gruparea COOH este situata la radical.
Prin cedarea partiala a protonului se intelege faptul ca un acid slab cedeaza reversibil
protonul, adica din numarul total de molecule unele cedeaza protonul (disociind) in
timp ce altele recapteaza protonul refacand configuratia initiala, intr-un proces
dinamic care are loc pana la stabilirea unui echilibru si este caracterizat de o constanta
numita constanta de disociere (Ka).
Cu alte cuvinte molecula unui acid slab poate exista, in functie de conditii (pH,
temperatura), nu numai in forma moleculara (protonata sau nedisociata) ci simultan si
in forma ionica (deprotonata sau disociata).
La un anumit pH proportia dintre forma moleculara si cea ionica este egala (50%
forma moleculara si 50% forma ionica, simultan). Acest pH a fost numit pKa (Ka
reprezinta constanta de disociere pentru acid).
pK pentru gruparea COOH este aproximativ 2, prin urmare:
- la valori ale pH-ului mai mici ca 2 toate gruparile COOH vor fi prezente
preponderent in forma moleculara protonata (COOH).
- la valori ale pH-ului = cu 2, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma
moleculara nedisociata (COOH) si jumatate (50%) vor fi in forma ionica,
disociata(COO-). Cu alte cuvinte la pK=2 cele doua forme vor coexista in
cantitati egale.
- la valori ale pH-ului mai mari ca 2, gruparile COOH va fi in forma ionica,
neprotonata (COO-).
- la pH fiziologic (7,4) majoritatea gruparilor COOH (99%) vor avea forma
ionica (COO-).
Aceleasi afirmatii se poate face si despre gruparea amino. Gruparea amino are
caracter slab bazic (caracterul bazic este este conferit de perechea de electroni
neparticipanti apartinand atomului de azot). Aceasta insemna ca gruparea amino
poate capta un proton, insa in mod reversibil.
Cu alte cuvinte molecula unei baze slabe poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara,neprotonata ci si in forma ionica
protonata. Fenomenul de ionizare al gruparii NH2 apare atat atunci cand gruparea
NH2 este legata de C cat si atunci cand gruparea NH2 este situata la radical.
pK pentru gruparea NH2 este aproximativ 9,5 prin urmare:
- la valori ale pH-ului mai mici ca 9,5 toate gruparile NH2 vor fi prezente
preponderent in forma ionica protonata (NH3+).
- la valori ale pH-ului = cu 9,5, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma
ionica protonata (NH3+) si jumatate (50%) vor fi in forma moleculara
neprotonata (NH2). Cu alte cuvinte la pK=9,5 cele doua forme vor coexista in
cantitati egale.
- la valori ale pH-ului mai mari ca 9,5, gruparile NH2 vor fi in moleculara
neprotonata (NH2).
- la pH fiziologic (7,4) majoritatea (99%) gruparilor NH2 vor avea forma
ionica (NH3+).
Ca urmare a proprietatii de ionizare a acizilor si bazelor slabe, in organism, la pH
fiziologic (pH =7,4) un aminocid se va prezinta sub forma de amfion (ion dipolar sau
zwiterion), incarcat in acelasi timp cu o sarcina pozitiva si una negativa fiind neutru
d.p.d.v. electric.
Gruparea deprotonata care a pierdut un proton este gruparea carboxil care se incarca
cu o sarcina negativa in timp ce gruparea protonata care accepta un proton este
gruparea amino care se incarca cu o sarcina pozitiva.
c) Reactia de condensare
O proprietate chimica esentiala pentru organismele vii este capacitatea aminoacizilor
de a reactiona intre ei prin intermediul gruparilor functionale situate la Carbonul alfa.
In urma reactiei (de condensare = eliminare de apa) dintre gruparea COOH a unui
aa si gruparea NH2 a altui aa se formeaza o legatura numita peptidica.
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de dipeptid si contine o legatura peptidica.
Adaugarea unui nou aa la un dipeptid duce la formarea unui tripeptid.
2. Proteine
Din punct de vedere chimic insa proteinele nu sunt altceva decat lanturi de aminoacizi
legati intre ei prin legatura peptidica si care prezinta diferite aranjamente spatiale mai
simple sau mai complicate. Structura tridimensionala pe care o proteina o adopta,
serveste, de regula, scopului destinat proteinei respective. Cum functiile proteinelor sunt
complexe apare evident ca si structura acestora va fi una complexa.
Studierea arhitecturii proteinelor a relevat existenta a 4 nivele de organizare numite:
structura primara, secundara, tertiara si cuaternara. Aceste 4 tipuri de structuri sunt
generate de tipuri de legaturi chimice diferite care se stabilesc intre grupari functionale
diferite astfel:
structura primara este generata de legatura peptidica ce se formeaza intre
gruparea COOH a unui aa si gruparea NH2 a altui aa.
structura secundara este generata de legaturile de hidrogen ce se stabilesc
intre atomii ce alcatuiesc legatura peptidica (elementele chimice ale
legaturii peptidice)
structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van
der Waals) si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc
intre radicalii apartinand aceluiasi lant polipeptidic.
structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice,
Van der Waals) si (in cazuri particulare) de legaturi puternice (legaturi
disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand la lanturi
polipeptidice diferite.
Structura primara
Structura primara este reprezentata de secventa de aminocizi din lantul proteic.
Prin secventa se intelege felul si ordinea aminoacizilor in lant. Structura primara este
realizata de legatura peptidica ce se formeaza intre gruparea COOH a unui aa si
gruparea NH2 a urmatorului aa. Fiecare aminoacid din lantul polipetidic mai poarta
denumirea si de reziduu sau rest. Inlocuirea accidentala (genetic sau ca urmare a unei
mutatii) a unui singur aminoacid in structura primara poate altera functia proteinei (vezi
anemia cu celule in forma de secera sau siclemia)
Caracteristicile legaturii peptidice:
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
doua notiuni au urmatoarea semnificatie:
- in afirmatia de mai sus notiunea de polaritate (poate induce confuzie) se refera la
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune “A”are directia COOH ->NH2 in timp ce o portiune “B” are directia
NH2-> COOH fata de “A” ). Deci notiunea de polaritate poate fi folosita in cele
doua sensuri diferite
- Notiunea de sens se refera la faptul ca directia corecta de citire a unui lant
polipeptidic este de la gruparea NH2 catre gruparea COOH.
Exemplu de citire:
Gly-Ala-Pro este diferit de Pro -Ala-Gly
Structura secundara
Structura secundara este generata de legaturile de hidrogen in care sunt implicati atomul
de O si H ce apartin diferitelor legaturi peptidice.
Din cauza polarizarii legaturii primare, pot apare legaturi de hidrogen care fac ca lantul
polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze forma liniara care ar
rezulta din insiruirea aminoacizilor unul dupa celalalt. Rotirea, indoirea, curbarea lantului
polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt determinate de secventa de aminoacizi, de
posibilitatea de rotatie la nivelul C si de prezenta interactiunilor chimice (leg de H)
Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura a)-helix si b)structura -
pliat
a) Structura -helix
Apare prin rasucirea lantului polipeptidice in jurul unui cilindru imaginar, rezultand o
structura asemanatoare cu un arc in spirala sau cu o elice ce are urmatoarele caracteristici:
- pasul elicei (distanta dintre doua puncte situate in planuri diferite dar echivalente
pe verticala,) este de 5.2 A si cuprinde 3, 6 aa
- sensul rasucirii elicei este de regula spre dreapta
- conformatia elicei este stabilizata de legaturile de H ce se stabilesc intre O-ul
carbonilic apartinand unui aa si H-ul de la gruparea NH apartinand celui de al
patrulea aa situat pe directia de inaintare a lantului polipeptidic. Aceasta arata ca
structura -helix apare intre aa vecini in lantul polipeptidic
- legaturile de hidrogen sunt paralele cu axul cilindrului imaginar
- radicalii sunt proiectati in afara cilindrului (asemanator unor tepi de cactus)
Exista o serie de aminoacizi care intrerup aranjarea elicolidala si anume:
- prolina este singurul aminoacid care nu prezinta H la atomul de N ce apartine
legaturii peptidice si prin urmare nu poate forma legaturi de hidrogen la acest
atom. In plus C este imobilizat intr-o structura ciclica fapt ce impiedica rotirea
permisa doar in jurul C alfa si care este necesara spiralarii (desen a)
- aminoacizii care la pH fiziologic prezinta sarcina electrica localizata pe radical
realizeaza interactii electrostatice de atractie sau de respingere care perturba
structura regulata elicoidala, atunci cand sunt in imediata vecinatate (desen b1,
b2)
- aminoacizii cu radicali voluminosi (Trp, Ile etc) atunci cand sunt in imediata
vecinatate deranjeaza structura elicoidala ca urmare a impiedicarilor sterice
(desen c)
a.
b.
c.
Caracteristici:
- legaturile de hidrogen sunt aproape perpendiculare pe axul lantului
- radicalii sunt plasati de o parte si de alta a foii
- existenta structurii beta pliate este conditionata de aparitia unei indoiri in ac de
par a lantului polipeptidic (caracterizat de schimbarea directiei de inaintare a
lantului peptidic cu 180°), indoire stabilizata de legaturile de H. Aceasta structura
se numeste beta-turn (desen b) si este cel mai intilnit tip de ac de par. Un beta-
turn este generat de 4 reziduuri dintre care in mijloc (pozitia 2 si 3) se gaseste Gly
respectiv Pro. Gly si Pro participa de regula la formarea acelor de par deoarece
Gly este un reziduu mic si flexibil iar Pro este necesara pentru ca poate adopta
forma cis favorabila indoirii (desen c). In structura de ac de par gruparea –CO din
primul reziduu formeaza o legatura de H cu gr –NH din cel de al patrulea reziduu,
elementele legaturii peptidice ale rezidiilor din mijloc neformand legaturi de H.
- pot exista doua tipuri de structuri beta foaie pliata: paralela si antiparalela
- in structura paralela ambele portiunile se aliniaza in aceeasi directie de la capatul
NH2 spre capatul COOH (desen d).
- in structura antiparalela capatului NH2 a unei portiuni ii corespunde capatul
COOH a portiunii paralele.
b.
c.
Structura beta–turn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Structurile beta-turns sunt localizate de regula la suprafata proteinelor unde elementele
legaturilor peptidice ale rezidiilor centrale (din mijloc) pot forma legaturi de hidrogen cu
apa.
Structura -helix si -pliat sunt intilnite in specificial in proteinelor globulare, solubile.
Structura tertiara
Structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand
aceluiasi lant polipeptidic.
Functie de secventa de aa din structura primara un lant polipeptidic poate adopta pe
anumite portiuni structura -helix, pe alte portiuni -pliat sau zone cu arhitectura
neregulata fata de cele anterioare. Aceasta face ca portiuni situate la distanta intr-un lant
polipeptidic sa ajunga in imediata vecinatate. In consecinta radicalii diferitelor rezidii
ajunsi astfel in apropiere pot interactiona stabilind legaturi intre ei, functie de structura
lor. Rezultanta tuturor acestor interactii genereaza o anumita impachetare a lantului
polipeptidic. Cu alte cuvinte impachetarea unui lant polipeptidic depinde de structura
primara si secundara si de interactiile dintre radicalii apartinand lantului respectiv.
Structura cuaternara
Structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si doar uneori de legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii
apartinand la lanturi polipeptidice diferite.
Unele proteine sunt alcatuite dintr-un singur lant polipeptidic; se spune despre acestea ca
au structura tertiara.
Majoritatea proteinelor sunt alcatuite din mai multe lanturi polipeptidice si se spune ca au
structura cuaternara. Lanţurile individuale se numesc protomeri sau subunităţi, fiecare
având structură primară, secundară şi terţiară proprie. Acestea sunt tinute impreuna de
interactiunile ce se stabilesc intre resturile de aminoacizi de pe segmente apartinand
diferitelor lanturi si care ajung unele in vecinatatea celorlalte. Fortele ce actioneaza
pentru asamblarea protomerilor sunt acelelasi care actioneaza in cadrul structurii terţiare,
cu deosebirea că, în acest caz, legăturile se stabilesc între protomeri sau subunitati .
Solubilitatea proteinelor
a) Proteine insolubile
Proteinele fibrilare au de regula rol structural. Acestea sunt insolubile si intra in alcatuirea
tesutului conjunctiv, a muschilor si a tendoanelor. Proteinele fibrilare au o structura
liniara care permite o organizare compacta ordonata care favorizeaza formarea unui
numar mare de interactiuni pe toata lungimea proteinei fapt care le confera acestora
rezistenta servind functiei structurale. Un exemplu de proteina insolubila este colagenul.
Unitatea structurală a colagenului se numeste tropocolagen. Acesta este un triplu helix,
alcatuit din trei lanturi care se rotesc unul in jurul celuilalt formand o structura
asemanatoare unui odgon (franghii).
b) Proteine solubile
Proteinele solubile indeplinesc in general rol functional si mai putin rol structural.
In mediu biologic se intalnesc doua tipuri de solubilitati:
- hidrosolubilitatea* care se refera la solubilitatea intr-un mediu apos (ex mediu sanguin ,
intracelular sau extracelular etc)
- liposolubilitatea** care se refera la solubilitatea in mediu lipofil /hidrofob (cum este
membrana celulara).
Si intr-un caz si in celalalt pozitionarea aminoacizilor este de asa natura incat sa
serveasca functiei proteinei astfel:
b.2 Proteinele liposolubile sunt localizate in general in membrana celulara (care dpdv
structural este un dublu strat fosfolipidic) cu caracter hidrofob. In aceasta categorie se
inscriu proteinele membranare (canale sau pori) si proteinele transmembranare
(receptori).
Exista proteine care prezinta “solubiliate” mixta adica portiuni cu caracter hidrofil si
portiuni cu carater lipofil. O astfel de proteina este receptorul beta-adrenergic (care
fixeaza adrenalina***) in care pozitionarea aminoacizilor este de asa natura incat permite
comunicarea dintre spatiul extracelular si cel intracelular.
Receptorul -adrenergic este alcatuit dintr-un singur lant polipeptidic care traverseaza de
7 ori membrana celulara generand o structura serpuita motiv pentru care acest receptor se
mai numeste si receptor serpentina. Cele 7 portiuni situate in membrana au o structura -
helix si contin aa cu radicali nepolari care formeaza legaturi nepolare cu stratul dublu
lipidic al membranei celulare. Acestea sunt legate intre ele de portiuni ce contin aa cu
radical polar si care sunt situate de o parte si de alta a membranei in spatiul extra
respectiv intra celular.
Domeniul extracelular este capabil sa fixeze in regiunea polara hormonii cu caracter
hidrosolubil (adrenalina). Domeniul intracelular este capabil sa interactioneze cu proteine
intracelulare declansand un raspuns intracelular. Astfel aceasta structura adaptata cu zona
hidrofila si hidrofoba localizate adecvat poate face legatura intre spatiul extra si cel intra
celular servind astfel functiei de comunicare.
* Notiunea de solubilitate se refera la dispersarea moleculelor unei substante printre moleculele apei. Apa
este un solvent dipolar adica contine doi poli: un pol pozitiv situat pe cei doi atomi de H,un pol negativ
situat pe O. Datorita acestei structuri apa poate interactiona cu moleculele substantelor polare formand
legaturi de hidrogen. In urma acestor interactiuni moleculele substantei sunt dispersate (imprastiate) printre
moleculele apei.
** In cazul moleculelor nepolare (din mediul biologic) notiunea de liposolubilitate se refera la caracterul
lipofil al moleculelor adica la tendinta de asociere a acestora si nu la tendinta de dispersare printre
moleculele unui mediu (solvent) nepolar.
*** Adrenalina este un hormon hidrosolubil secretat de zona medulara a glandei suprarenale. Atunci cand
adrenalina se fixeaza pe receptorul -adrenergic prezent in muschi, ficat sau tesutul adipos declanseaza la
acest nivel un raspuns celular care modifica statusul energetic al organismului (mobilizeaza rezervele
energetice) pregatindu-l sa faca fata unui stress acut (fight or flight).
Hemoglobina
Hemoglobina este prezenta in hematii (celulele rosii din sange) si are rol in transportul
oxigenului de la plamani catre tesuturi.
Hemoglobina este alcatuita din 4 lanturi polipeptidice doua de tip alfa si doua de tip
beta tinute impreuna de legaturi slabe necovalente (termenii si nu au legatura cu
cele doua structuri secundare numite -helix respectiv foaie plisata). Fiecare lant are o
structura asemanatoare cu mioglobina, fiind alcatuit din portiuni elicoidale ce formeaza
un buzunar si o grupare hem situata in acesta.
Un lant de tip si unul de tip sunt strans unite prin legaturi hidrofobe (semnificative
ca numar si deci puternice datorita numarului mare si nu datorita tariei legaturii
individuale) ce se stabilesc intre ele. Rezulta astfel doi dimeri ()1 si ()2. Cei doi
dimeri sunt tinuti impreuna prin legaturi slabe polare. Legaturile slabe polare dintre cei
doi dimeri permit deplasarea usoara a acestora unul fata de altul astfel incat ei pot ocupa
doua pozitii relativ diferite in starea oxigenata fata de starea deoxigenata:
- in starea deoxigenata cei doi dimeri sunt tinuti relativ apropiati unul de celalalt de
catre legaturile polare ce impiedica miscarea lor unul fata de celalalt. In aceasta
aranjare se realizeaza numarul maxim de legaturi polare posibile, rezultand o
structuta compacta numita T (tight, tense) care are afinitate scazuta pentru oxigen.
- in starea oxigenata, fixarea oxigenului forteaza si prin urmare a rupe o parte din
aceste legaturi polare. Se formeaza astfel o structura afinata numita R (relaxed)
care favorizeaza difuzia oxigenului si prin urmare fixarea lui. Forma R are deci o
afinitate marita pentru oxigen.
Cu alte cuvinte aceasta structura flexibila face posibila fixarea reversibila a oxigenului
fara a modifica starea de oxidare a fierului .
Citocromii
Citocromii sunt hemoproteine ce au ca grupare prostetica hemul. Acestia pot avea
structura monomerica sau pot intra ca subunitati in structuri cuaternare complexe.
Citocromii au rol in transportul electronilor functionand dupa principiul din figura :
Acest comportament este posibil datorita faptului ca legarea hemului de partea proteica se
face diferit la citocromi fata de mioglobina/hemoglobina adica la nivelul radicalilor
hemului si nu la nivelul fierului din hem.
ENERGETICĂ BIOCHIMICĂ
DE REAMINTIT!
- energia liberă Gibbs (G) – fiecare compus implicat într-o reacţie chimică conţine o
anumită cantitate de energie potenţială (potenţial chimic, care permite transformarea acelui compus
într-un altul, în cadrul reacţiei chimice), legată de tipul şi numărul legăturilor sale chimice
(măsurată în cal/mol sau J/mol; 1 cal = 4,18 J);
- entalpia (H) – este conţinutul de căldură al sistemului care reacţionează (cal/mol sau
J/mol);
- entropia (S) – măsoară gradul de dezordine (sau caracterul aleatoriu) al unui sistem
(J/mol∙K).
Pentru un sistem biologic care funcţionează la temperatură şi presiune constantă (în
particular un sistem reactant biochimic), energia capabilă să efectueze travaliu (lucru), altfel spus
energia care susține desfășurarea reacției biochimice este energia liberă G. Funcționând la
temperatură constantă, organismul viu nu poate utiliza căldura pentru a efectua un travaliu (nu este
o mașină termică). Din acest punct de vedere, putem considera energia liberă G ca o energie de
calitate ”superioară”, iar căldura o energie de calitate ”inferioară”; energia liberă se poate
transforma în căldură, dar căldura nu poate fi transformată în energie liberă.
Într-un sistem biochimic, modificările celor 3 tipuri de energie sunt relaţionate cantitativ
prin ecuaţia:
G = H – T ∙S
În cazul unei reacţii chimice A → B (A = reactant, B = produs), este diferenţa dintre
energia produşilor şi energia reactanţilor. G poate avea valoare:
- negativă (GB < GA), reacţia are loc cu pierdere de energie liberă și se numește exergonică;
- pozitivă (GB > GA), reacția are loc cu câştig de energie liberă şi se numește endergonică;
- zero (GB = GA), sistemul este la echilibru.
1
Keq reflectă compoziţia amestecului de reacţie ajuns la echilibru, care este aceeaşi indiferent
de concentraţiile iniţiale ale reactanţilor şi produşilor (deci K eq are o valoare fixă pentru o reacţie
dată).
Există două forme ale variației energiei libere: G și G°.
■ G este diferența de energie liberă reală, caracteristică pentru condițiile reale din celula
vie (presiune, temperatură, pH și, mai ales, concentrații reale ale participanților la reacție). G a
reacției directe (A → B) este egală ca mărime și opusă ca semn cu cea a reacției inverse (A ← B).
Cunoașterea valorii lui G este utilă din două puncte de vedere:
- semnul lui G este predictiv pentru sensul de desfășurare al unei reacții A B în
condițiile reale din celula vie;
- mărimea lui G arată cât de departe de echilibru este sistemul reactant în momentul inițial
și, deci, cuantifică tendința de atingere a echilibrului (aceasta din urmă reprezintă o forță motrice
care ”pune în mișcare” reacția biochimică).
Sunt posibile trei situații:
dacă G este negativ (reacție exergonică), reacţia are loc spontan de la A către B cu
pierdere de energie liberă; dacă G are valoare mare, reacţia are, practic, caracter ireversibil (o
cantitate mare de energie liberă este degajată sub formă de căldură, iar căldura nu poate fi utilizată
pentru a permite desfăşurarea reacţiei în sens invers);
dacă G = 0, reacţia este la echilibru;
dacă G este pozitiv, reacția poate avea loc de la A către B (în sensul endergonic) numai în
condițiile în care există un aport de energie liberă dintr-o altă sursă; altfel, sensul spontan al unei
asemenea reacții este de la B către A (sensul exergonic).
Cu alte cuvinte, o reacție decurge spontan întotdeauna în sensul exergonic.
■ G° este diferenţa de energie liberă standard, caracteristică pentru condiţii standard
(temperatura de 25°C, pH = 7, reactanţii şi produşii prezenţi într-o concentraţie iniţială de 1M).
G poate fi calculată cunoscând valoarea lui G° și concentrațiile participanților la reacție,
conform ecuației lui Gibbs:
G = G° + RT ln [C][D]/[A][B]
R-constanta gazelor = 1,987 cal/mol∙K,temperatura absolută, [A], [B], [C] şi [D] sunt
concentraţiile reale din celulă în momentul respectiv).
G a unei reacţii care decurge spontan spre echilibru este întotdeauna negativă (reacţia
poate avea loc numai în sensul exergonic) şi variabilă (datorită modificării continue a
concentraţiilor reactanţilor, pe măsură ce reacţia se desfăşoară): G devine din ce în ce mai puţin
negativă pe măsură ce reacţia are loc şi este zero în punctul de echilibru, indicând faptul că nu se
mai poate produce o transformare netă în acea reacţie.
Deci când reacţia a atins echilibrul, G = 0 şi atunci:
G° = – RT ln [C]eq[D]eq/[A]eq[B]eq = – RT ln Keq
Așadar, valoarea lui G° pentru o anumită reacție poate fi calculată cunoscând valoarea
constantei de echilibru a acelei reacții. Keq fiind o constantă, rezultă că şi G° este o constantă a
cărei valoare este caracteristică pentru fiecare reacţie dată.
Deși valoarea lui G° indică sensul de desfășurare al unei reacții numai în condiții standard,
care în majoritatea cazurilor sunt diferite de cele reale din celula vie, cunoașterea valorii sale este
utilă deoarece permite compararea diverselor reacţii biochimice în privinţa variaţiei energiei libere.
Keq ln Keq G° Sensul spontan al reacţiei
>1 >0 <0 spre dreapta (A → B)
1 0 0 la echilibru (A B)
<1 <0 >0 spre stânga (A ← B)
2
O reacţie cu G° > 0 poate avea loc în sensul direct (spre dreapta) dacă G < 0, acest
lucru fiind posibil dacă termenul „RT ln [Produşi]/[Reactanţi]” este negativ şi are o valoare absolută
mai mare decât G°. Așa se întâmplă în celulă atunci când: (a) produsul de reacţie este îndepărtat
imediat pe măsură ce se formează, prin angajarea într-o altă reacţie, sau (b) are loc aportul continuu
al unor cantități mari de reactant provenit din sânge sau dintr-o altă reacţie. Ambele situaţii menţin
raportul [P]/[R] mult sub 1, astfel încât termenul RT ln [P]/[R] are o valoare negativă mare.
Pentru o cale metabolică ce cuprinde mai multe reacţii succesive, fiecare având o anumită
valoare a lui G:
diferenţa de energie liberă pentru întreaga cale este Gtotal = G1 + G2 + G3 + G4 + ..... (datorită
caracterului aditiv al variației energiei libere pentru reacţiile succesive). Dacă Gtotal < 0, calea
metabolică este exergonică în ansamblu şi are loc în sensul figurat mai sus, chiar dacă unele reacţii
individuale au G > 0.
3
TRANSFERUL ENERGIEI LIBERE ÎN CURSUL PROCESELOR METABOLICE
Celulele organismului uman îşi obţin energia liberă prin catabolismul combustibililor
biologici conținuți în nutrienţii ingerați (glucide, lipide, proteine) și în depozitele tisulare (de
glicogen, trigliceride, proteine). Catabolismul reprezintă una din laturile metabolismului și cuprinde
reacţii de degradare (rupere de legături covalente), care sunt exergonice.
Anabolismul, cea de a doua latură a metabolismului (sinteza moleculelor complexe din
precursori simpli), cuprinde reacţii de sinteză (formare de legături covalente), care sunt
endergonice, deci se desfășoară cu consum de energie liberă.
Cum este posibil ca energia liberă degajată în procesele catabolice să poate fi utilizată
(transferată) în procesele anabolice, astfel încât ea să nu se piardă sub formă de căldură? Cu alte
cuvinte, cum se poate realiza cuplarea unui proces exergonic cu unul endergonic?
Molecula care joacă un rol central în transferul energiei libere de la procesele exergonice la
cele endergonice este ATP (adenozin trifosfat).
4
- mai întâi, gruparea fosfat sau AMP din ATP este transferată pe o moleculă substrat (X)
(sau pe un rest aminoacidic dintr-o enzimă), devenind ataşată covalent şi crescând conţinutul de
energie liberă al moleculei respective;
- într-o a doua etapă, gruparea Pi sau AMP este dezlocuită de către cel de al doilea substrat
(Y). În felul acesta, o parte din energia legăturii fosfoanhidridice din ATP este transferată şi
conservată în noua legătură covalentă formată între X şi Y.
(1) X + Y + ATP → X−Y + ADP + Pi sau (2) X + Y + ATP → X−Y + AMP + PPi
X + ATP → X~P + ADP X + ATP → X~AMP + PPi
X~P + Y → X−Y + Pi X~AMP + Y → X−Y + AMP
În reacţia (2), pirofosfatul anorganic (PPi) este hidrolizat la 2Pi sub acţiunea pirofosfatazei
anorganice (enzimă prezentă în toate celulele), într-o reacţie exergonică. Îndepărtarea PPi din
mediu face ca echilibrul reacţiei de sinteză să fie şi mai mult deplasat spre dreapta.
Şi alţi compuşi au potenţial energetic ridicat (valori negative mari pentru G° la hidroliză).
Compuşii fosforilaţi din organism pot fi împărţiţi în două grupe, în funcţie de G° pentru reacţia de
hidroliză:
- compuşi „înalt energetici” (conţin legături de tip ”macroergic”, simbolizate prin „~”) - au
G° la fel de negativ sau mai negativ decât ATP-ul (la scindarea în ADP şi Pi: − 7,3 kcal/mol);
- compuşi „cu energie joasă” (conţin legături de tip ”microergic”) - au G° mai puţin
negativ decât această valoare.
▪ ATP și alți nucleozid trifosfați - GTP, UTP, CTP (2 legături tip anhidridă acidă fosforică)
- ATP este un donor universal de energie, pentru diverse procese biochimice și fiziologice;
- UTP este utilizat în procesul de sinteză a glucidelor;
- CTP este folosit în sinteza lipidelor complexe;
- GTP furnizează energie în procesul de sinteză a proteinelor;
- fosfoenolpiruvat și 1,3-difosfoglicerat sunt intermediari ai glicolizei (cale de degradare a
glucozei cu scopul de a genera energie);
- acil-CoA reprezintă forma activă a acizilor grași, sub care aceștia participă atât la procesul
de degradare cât și la sinteza diverselor clase de lipide.
5
În general, compușii fosforilați macroergici nu reprezintă forme de stocare pe termen lung a
energiei; ei sunt forme tranzitorii de depozitare a energiei, având rolul de a transporta energia dintr-
un punct în altul, de la un sistem enzimatic la altul, în cursul defășurării proceselor biologice și
chimice din celulă. ATP-ul are un turnover rapid (viteza de degradare și resinteză este mare).
Excepție face creatin-fosfatul, care reprezintă o formă de stocare a energiei în mușchiul
scheletic (și miocard), utilizabilă în condițiile creșterii substanțiale a necesarului energetic în cursul
efortului fizic susținut.
ATP are o poziţie intermediară în ceea ce priveşte valoarea G° la hidroliză (tabelul 1); în
consecinţă:
ATP poate fi sintetizat prin transferul, pe ADP, a unei grupări fosfat de la compuşii înalt
energetici care au G° mai negativ decât − 7,3 kcal/mol, conform ecuaţiei generale:
Deci ATP-ul poate transporta energia liberă între cele două categorii de compuşi biochimici
(înalt energetici şi cu energie joasă) → serveşte ca „moneda” energetică universală în celulele vii.
6
REACŢII DE OXIDO-REDUCERE
7
AH2 + B A + BH2
În reacţiile de dehidrogenare se transferă, de la o moleculă donoare la o moleculă
acceptoare, 2 echivalenţi reducători (termenul de „echivalent reducător” se referă la un electron, un
atom de hidrogen sau un ion hidrid H:−, care participă la o reacţie de oxido-reducere).
În cadrul căilor metabolice de degradare a combustibililor biologici, în reacţiile de
dehidrogenare catalizate enzimatic, electronii de la multiple substrate diferite sunt canalizaţi spre
câteva tipuri de transportori de e− universali: coenzimele piridinice şi cele flavinice.
NAD+ NADH
Majoritatea dehidrogenazelor care acţionează în catabolism sunt specifice pentru NAD + ca
acceptor de e−; unele sunt localizate în citosol, altele în citoplasmă, iar altele au izoenzime
mitocondriale şi citosolice.
8
Prin reducerea celor două tipuri de coenzime în procesele catabolice, are loc conservarea
unei mari părţi a energiei libere degajate prin oxidarea combustibililor metabolici.
Sediul PO este mitocondria. Acest organit celular are două membrane care înconjoară
matricea mitocondrială:
Membrana externă este permeabilă pentru molecule mici şi ioni, care trec liber prin canale
proteice transmembranare.
Membrana internă este impermeabilă pentru majoritatea moleculelor mici hidrosolubile şi
a ionilor; moleculele care o pot străbate o fac cu ajutorul unor transportori specifici. Această
membrană conţine componentele LR şi ATP sintaza.
Matricea mitocondrială conţine enzimele care intervin în toate căile de degradare oxidativă
a substratelor energogene, cu excepţia glicolizei.
9
O2 s-ar face direct, s-ar degaja o cantitate extrem de mare de căldură; ca urmare, acest transfer se
realizează în mai multe etape, prin intermediul unor transportori de e − care acţionează secvenţial şi
care constituie lanţul respirator (acesta fiind calea finală comună prin care electronii proveniţi de
la diverşi combustibili biologici sunt transferaţi pe oxigen).
Componentele LR cuprind:
Componentele lanțului respirator sunt aşezate în ordinea creşterii potenţialului redox (E).
10
Transportorii de e− din LR sunt organizaţi în 4 complexe supramoleculare integrate în
membrana mitocondrială internă. Complexele I şi II catalizează transferul de e − către coenzima Q,
de la doi donori de e− diferiţi: NADH, respectiv succinat.
În afară de succinat, mai există și alte substrate care sunt oxidate de către dehidrogenaze
mitocondriale și care îşi trimit e− în LR la nivelul coenzimei Q, dar nu prin intermediul complexului
II:
- acil-CoA dehidrogenaza este o flavoproteină care intervine în degradarea acizilor grași; ea
catalizează transferul e− de la acil-CoA la FAD-ul din componenţa enzimei, apoi electronii sunt
transferați la ETF (electron transferring flavoprotein), iar de aici la ETF:ubiquinon oxidoreductaza,
care îi transferă în cele din urmă pe coenzima Q;
- glicerol-3-fosfat dehidrogenaza este o flavoproteină localizată pe faţa externă a membranei
mitocondriale interne, care canalizează e− din glicerol-3 fosfat spre coenzima Q; această enzimă are
rol important în transferul echivalenţilor reducători de la NADH citosolic în lanțul respirator.
CoQH2 (coenzima Q care a fost redusă sub acțiunea complexului I sau a complexului II)
difuzează în membrana mitocondrială internă pînă la complexul III, unde va fi oxidată. Fiind
capabilă să accepte şi să cedeze 1 sau 2 electroni, coenzima Q are o poziţie intermediară între un
donor de 2 e− (NADH, prin intermediul complexului I şi succinat, prin intermediul complexului II)
şi un acceptor de 1 e− (citocromul b din componenţa complexului III).
11
Complexul III (citocrom c reductaza)
Conţine citocromii b şi c1 şi proteine cu Fe-S.
Transferă e− de la coenzima Q redusă la citocromul c, conform ecuaţiei:
CoQH2 + 2 cit c (Fe3+) → CoQ + 2 cit c (Fe2+) + 2 H+
Rezultatul net al activităţii complexului III: CoQH2 este reoxidată şi 2 molecule de cit c sunt
reduse.
Citocromul c
Este o proteină solubilă din spaţiul intermembranar, asociat cu faţa externă a membranei
mitocondriale interne. Acceptă 1 e− de la complexul III, după care se deplasează spre complexul IV
pentru a-i ceda electronul.
12
- gradient electric: exteriorul membranei mitocondriale interne este mai pozitiv faţă de
interiorul său;
- gradient chimic: pe faţa externă a membranei mitocondriale interne, pH-ul este mai acid în
comparaţie cu faţa sa matriceală.
În acest gradient este stocată o energie electro-chimică, ce reprezintă o conservare temporară
a unei mari părţi a energiei eliberate prin transferul e− până la oxigen (aprox. 90%). Energia stocată
astfel se numeşte forţă proton-motoare: atunci când H+ curg spontan în sensul gradientului lor
electrochimic, energia stocată în acest gradient devine disponibilă pentru a efectua travaliu:
susţinerea sintezei ATP din ADP şi Pi.
13
Acizii nucleici -acidul deoxi ribonucleic (ADN) si acidul ribonucleic (ARN)
Cristiana Filip
Elena Petrescu
Gabriela Bordeianu
1. Generalitati
2. ADN
2.1 Structura(primara, secundara, configuratia spatiala « tertiara »)
2.2 Replicare (initiere, elongare, terminare)
2.3 Reparare ADN (tipuri de leziuni, metode de reparare)
3. ARN
3.1 Structura
3.2 Transcriptia
3.3 Prelucrari postranscriptie
4. Sinteza de proteine
4.1 Cod genetic
4.2 Translatia
1. Generalitati
Informatia genetica este stocata si transmisa prin intermediul acizilor nucleici.
Din punct de vedere chimic acizii nucleici sunt polinucleotide, nucleotidul reprezentand unitatea repetitiva.
Un nucleotid este o structura complexa alcatuita din trei elemente: o baza azotata, o pentoza si una, doua
sau trei grupari fosfat.
a. Bazele azotate care intra in alcatuirea nucleotidelor sunt de doua tipuri : baze purinice si pirimidinice:
b. O pentoza (numita si zahar) este o structura heterociclica formata din 5 atomi de carbon (penta).
Pentozele care in alcatuirea nucleotidelor sunt riboza si un derivat al acesteia deoxiriboza (careia ii lipseste
gruparea OH la C2).
c. Gruparea fosfat provine de la acidul fosforic:
Denumirea unui nucleotid contine numele nucleozidului (baza azotata si pentoza) si a numarului de grupari
fosfat atasate (MP monofosfat, DP difosfat, TP trifosfat).
Daca nucleotidul contine deoxiriboza in fata acestuia de gaseste prefixul “deoxi” notat cu “d”
Exemplu:
Acizii nucleici sunt polinucleotide cu structuri si roluri functionale diferite ce pot fi clasificati in:
- ADN sau acizi deoxi ribonucleici care reprezinta forma de depozit a informatiei genetice si
- ARN sau acizi ribonucleici care reprezinta forma de transmitere si traducere a informatiei genetice.
Informatia genetica poate fi utilizata in doua moduri:
- poate fi copiata integral fapt care determina aparitia unei noi molecule de ADN identica cu cea
initiala in procesul numit replicare sau,
- poate fi copiata doar partial ceea ce duce la aparitia unei molecule numite ARN in procesul numit
transcriptie. Transcriptia este urmata de un proces de traducere care determina aparitia unei noi
moleculele de data aceasta a unei proteine. Acest proces se numeste translatie.
“Dogma centrala” a biologiei moleculare considera ca informatia genetica trece de la ADN la ARN si se
materializeaza prin aparitia unei proteine.
A Structura primara
Este generata de secventa de nucleotide si realizata de legatura fosfodiesterica ce se stabileste intre gruparea
3’ OH a unui deoxi nucleotid si gruparea 5’ fosfo a deoxi nucleotidului urmator.
Prin secventa se intelege felul si ordinea nucleotidelor citite, in mod conventional, in directia 5’->3’.
Nucleotidele ce alcatuiesc structura ADN sunt deoxiribonucleotide alcatuite din:
baze azotate : A, T, G, C
pentoza : deoxiriboza
gruparea fosfat
Ne putem imagina formarea unei legaturi fosfodiesterice prin reactia dintre doua nucleotide la pozitiile
5’ si 3’:
Lantul polinucleotidic rezultat din legarea mai multor nucleotide este caracterizat de:
- legatura 5’-3’ fosfodiesterica care determina aparitia unui lant (schelet) pe care se insera bazele
azotate. Aceasta legatura poate fi hidrolizata de enzime numite endo respectiv exonucleaze.
- are sarcina electrica negativa conferita de ionizarea gruparii fosfat la pH fiziologic
- are polaritate si sens. In acest context notiunea de polaritate (notiune diferita de notiunea de
polaritate ce desemneaza o sarcina electrica) semnifica faptul ca lantul prezinta doua capete unul
delimitat de pozitia 3’ a ribozei la care se gaseste gruparea OH si cel de al doilea de pozitia 5’ la
care se gaseste gruparea fosfat. Lantul prezinta sens adica nucleotidele sunt “scrise” (si citite) in
mod conventional incepand de la capatul 5’ spre capatul 3’.
B Structura secundara
Structura secundara a ADN arata ca acesta este format din doua lanturi polinucleotidice helicoidale (numite
catene) care se rasucesc cel mai frecvent spre dreapta, in jurul unui ax comun rezultand o structura dublu
helicoidala numita si dublu helix.
Aceasta structura este realizata de doua tipuri de legaturi:
- legaturile de hidrogen ce se stabilesc intre bazele azotate complementare situate pe lanturi
opuse orientate antiparalel (desen ) A=T si C≡G
- legaturile hidrofobe (Van der Waals) ce se stabilesc intre moleculele bazelor azotate ale
aceluiasi lant
Aceata structura compacta trebuie relaxata si catenele separate in momentul copierii informatiei genetice.
In vivo (in celula vie) separarea catenelor are loc cu ajutorul unor enzime specializate.
In vitro (in afara celulei, in eprubeta de exemplu) cele doua catene pot fi separate, prin ruperea legaturilor
de H existente intre perechile de baze complementare, prin modificarea pH-ului sau prin cresterea
temperaturii (legaturile fosfodiesterice raman neafectate) acest fenomen fiind unul reversibil.
Pierderea integrala a structurii dublului helix, ca urmare a ruperii legaturilor de H, poarta denumirea de
denaturare.
Fenomenul denaturarii este unul reversibil, scaderea temperaturii duce la restabilirea legaturilor de H cu
refacerea helixului. Procesul poarta denumirea de renaturare sau realiniere a bazelor (reannealing).
Deoarece intre G si C se stabilesc trei legaturi de H fata de doar doua intre A si T, ADN-ul ce va contine
un numar mai mare de A si T se va denatura mai usor, deci la temperaturi mai scazute fata de ADN-ul bogat
in baze G si C.
In urma sintezei o catena parentala este pastrata, conservata, in fiecare nou dublu helix sintetizat, motiv
pentru care se spune ca replicarea este semiconservativa.
Replicarea este un proces amplu desfasurat pe mai multe etape succesive, fiecare etapa necesitand
“reactanti” si sisteme enzimatice specifice:
A. initierea replicarii cu separarea celor doua catene si formarea furcii de replicare
B. elongarea – sinteza propriu-zisa a noilor catene ADN
C. incheierea procesului
Pentru realizarea replicarii este nevoie de o serie de elemente:
1. modelul dupa care se va sintetiza noua catena ADN si care este reprezentat de fiecare din cele doua
catene. Catenele copiate se mai numesc matrite.
2. “materialele” necesare sunt reprezentate de deoxinucleotidele ce urmeaza a fi aduse, pentru
asamblarea in noul lant, conform informatiei din “matrita”. Ele sunt in forma macroergica de
deoxinucleotid trifostat, sunt notate dNTP si sunt reprezentate de dATP, dGTP, dCTP,
dTTP
3. prezenta unei “amorse”, numita si primer, adica prezenta unui capat de care sa se lege primul
nucleotid. Primerul este o secventa scurta de ARN (formata din ribonucleotide nu
deoxiribinucleotide) care are rolul de a furniza o grupare 3’ OH libera la care sa poata fi atasat
primul nucleotid.
4. enzimele specifice care vor sintetiza noua catena. Ele porta numele de ADN polimeraze deoarece
functia principala este aceea de polimerizare adica de atasare succesiva a cate un deoxiribonucleotid,
printr-o legatura fosfodiesterica. ADN polimerazele utilizeaza drept “cosubstrat” catena matrita.
Atasarea nucleotidelor nu necesita energie, acestea fiind gata activate sub forma de dNTP.
Nucleotidul ce urmeaza a fi atasat formeaza mai intai o pereche complementara cu baza de pe matrita,
dupa care se formeaza o legatura fosfat intre gruparea 5’ a nucleotidului atasat si gruparea 3’OH de la
capatul lantului in crestere cu eliminarea unei grupri pirofosfat (PPa) (vezi desen).
Restul de pirofosfat (PPa) rezultat din reactie este descompus de catre o pirofosfataza , pentru a se
asigura ireversibilitatea reactiei.
Pe langa functia de sinteza, aceste enzime prezinta o functie suplimentara exonucleazica. Prin
aceasta functie ele sunt capabile sa hidrolizeze legatura nou formata. In urma actiunii exonucleazice
nucleotidul marginal poate fi indepartat. Aceasta actiune suplimentara serveste functiei de corectare
in cazul adaugarii unui nucleotid gresit “necomplementar” (C atasat gresit adica CA in loc de
TA).
5. Exista mai multe tipuri de ADN polimeraze:
a. La procariote : ADN polimeraza I, II, III
b. La eucariote: functii corespunzatoare ADN polimarazele , , , ,
ADN polimerazele difera intre ele prin: structura, viteza de sinteza si procesivitatea lor.
Prin procesivitate se intelege numarul de deoxinucleotide adaugate inainte de detasarea polimerazei
Etapele procesului de sinteza a ADN-ului vor fi prezentate pentru celule procariote deoarece, pentru acest
tip de celule, sinteza ADN a fost complet elucidata. La eucariote sinteza este mai complexa dar implica
aceleasi mecanisme generale.
A. Initierea.
Este un proces ce are loc in doua etape: a) desfacerea dublului helix si b) construirea primerului.
a) Desfacerea dublului helix.
Pentru ca replicarea sa aiba loc este necesara derasucirea dublului helix si separarea celor 2 catene ale
ADN –ului parental
Desfacerea dublului helix este realizata prin ruperea legaturilor de H, dintre bazele complementare, cu
consum de ATP, in prezenta unei enzime numita helicaza, in anumite regiuni numite ori (origin of
replication). La procariote exista o singura regiune ori, la eucariote insa, replicarea incepe simultan in mai
multe puncte ori ale helixului.
- Regiunile in forma de “V” formate prin desfacerea dublului helix poarta denumirea de furci de replicare.
Aceasta avanseaza in directii opuse, motiv pentru care se spune ca replicarea este bidirectionala. In spatele
furcii de replicare are loc sinteza ADN simultan in ambele directii.
- Pentru a impiedica reunirea catenelor in spatele furcii de replicare pe fiecare catena se ataseaza o serie de
proteine numite “single strand DNA binding proteins” (SSB) care au in plus si rolul de a proteja catena
expusa fata de actiunea endonucleazelor.
b) Construirea primerului
ADN polimeraza nu poate initia sinteza lantului complementar pe o catena matrita ci are nevoie de un
primer. Prin primer se intelege un fragment de ARN scurt, oligonucleotidic, situat la inceputul catenei
matrita, care sa furnizeze gruparea OH libera la capatul 3’. Acest hidroxil functioneaza ca acceptor al
primului deoxiribonucleotid “adus si atasat” de catre ADN polimeraza. Primerul este sintetizat de o ARN
polimeraza (primaza) (la eucariote primaza este Pol ) complementar si antiparalel cu catena matrita
rezultand un fragment in care la A de pe matrita corespunde U pe primer. In tehnicile de laborator care
implica folosirea ADN polimerazei (ex PCR – polymerase chain reaction) primerii folositi sunt fragmente
de ADN.
Pe masura ce cele doua catene sunt separate in vederea copierii apar supra-spiralari in directia de inaintare,
aceasta fiind blocata la un moment dat.
Exista enzime specifice care desfac aceste supra-spiralari (rezultate prin “inghesuirea” numarului de spire)
si indeparteaza tensiunea creata de acest fenomen, numite topoizomeraze. Acestea au actiune dubla:
- endonucleazica adica rup legatura fosfodiesterica de pe una sau pe ambele catene pentru a
permite derasucirea acestora
- ligazica, de resigilare, adica refac legaturile rupte dupa indepartarea supraspiralarii
Sunt cunoscute doua topoizomeraze;
- Topoizomera I - care rupe o singura catena permitand trecerea celeilalte prin bresa facuta, nu
necesita ATP pentru actiunea lor si, la eucariote, indeparteaza atat suprahelicarile + cat si pe
cele -.
- Topoizomeraza II – care rupe ambele catene permitand rotirea capetelor libere si derasucirea
acestora, ca ulterior acestea sa fie resigilate cu consum de ATP (la eucariote).
B. Elongarea
Prin elongare se intelege adaugarea de deoxiribonucleotide, cate una pe rand, la capatul 3’OH a catenei nou
sintetizate, actiune realizata de enzime numite ADN polimeraze. Secventa de deoxiribonucleotide adaugate
este dictata de secventa din matrita si complementara cu aceasta.
In final, catena lagging va fi sintetizata discontinuu fiind alcatuita din mai multe fragmente Okazaki.
Acestea vor fi unite de catre ADN ligaza pentru a se constitui catena continua.
Actiunea ADN ligazei este aceea de a sigila micile golurile lasate de fragmentele Okazaki prin legarea
capatului 3’OH a unui fragment cu capatul 5’-P al fragmentului vecin, legare ce necesita consum de energie
furnizata prin hidroliza ATP la AMP si PPa.
C. Terminarea replicarii
Are loc atunci cand doua bifurcatii de replicare se intilnesc venind din directii opuse.
Dimerii de timina se pot forma in celulele umane ca urmare a expunerii la raze UV. Exista unele boli
genetice in care celula nu poate repara leziunea ADN cauzata de dimerii de timina, rezultand o acumulare
a acestora si in final aparitia cancerului de piele (xeroderma pigmentosa).
c. Formarea unor perechi incorecte de baze (mismatch).
Prin perechi incorecte se intelege formarea altor perechi de baze in afara celor 2 perechi considerate corecte
si anume A si T respectiv G si C care au fost dovedite a se gasi in ADN. De regula aceste greseli sunt
reparate in procesul de replicare de catre de actiunea de corectare a ADN polimerazelor. In situatia in care
aceste greseli raman totusi dupa replicare ele sunt inlaturate intr-un proces (mismatch repair -MMR) in care
catenele parentale pot fi diferentiate fata de cele nou formate. La bacterii catenele parentale sunt metilate
in timp ce catenele nou sintetizate sunt metilate ceva mai tarziu. Aceasta permite proteinelor implicate in
procesul de reparare sa distinga intre cele doua tipuri de catene si sa actioneze pe catena fiica indepartand
fragmentul incorect si inlocuindu-l cu unul corect. Un mecanism asemanator dar neelucidat complet
functioneaza si la eucariote.
ARN (acid ribonucleic) reprezinta un grup de acizi nucleici care impreuna participa la sinteza de proteine.
Ei au rol in copierea si traducerea informatiei genetice care se concretizeaza in sinteza unei molecule
functionale care poate fi o proteina sau o molecula de ARN.
Spre deosebire de ADN, ARN este prezent in mai multe forme (ARNm, ARNt, ARNr) cu structuri si
functii diferite, participand la procesele de transcriptie si translatie.
- gruparea fosfat
Moleculele de ARN sunt, de regula, monocatenare. Pe anumite portiuni insa, acolo unde
complementaritatea bazelor o permite, ARN-ul poate avea structuri dublu catenare. Portiunile
monocatenare sunt expulzate in afara zonelor bicatenare sub forma unor bucle, imprimand moleculei o
structura de ac de par.
Exista mai multe tipuri de ARN prezentate in imagine, insa cele trei tipuri majore de ARN sunt : ARNm,
ARNt, ARNr
ARNm
ARNm mesager este cel care contine informatia copiata din ADN, o transporta in citozol unde va servi
drept “program” pentru sinteza de proteine. “Programul” pentru sinteza proteinelor este dat de asa-numitii
codoni care alcatuiesc ARNm. Un codon este un grup de trei nucleotide care semnifica un singur
aminoacid, prin urmare succesiunea de codoni din ARN va indica succesiunea de aminoacizi din proteina
ce urmeaza a fi sintetizata.
ARNt
ARNt de transfer este o molecula translator care indeplineste doua functii: citeste mesajul genetic si
transporta aminoacizii necesari sintezei proteice.
Este cel mai mic ARN (dpdv al numarului de nucleotide) si exista in mai multe forme, cel putin cate una
pentru fiecare aminoacid. In mod firesc ar trebui sa existe 20 ARNt, in realitate insa exista mai multi ARNt
care sa transporte acelasi aminoacid si care sunt numiti ARNt izoacceptori. Aminoacizii sunt atasati la o
tripleta CCA prezenta la capatul 3’-OH al ARNt.
ARNt are o forma de cruce sau trifoi, pe unul din brate este prezenta o secventa de 3 nucleotide numita
anticodon. Cu ajutorul anticodonului ARNt recunoaste codonul cu structura complementara prezent pe
ARNm.
ARNr
ARNr este reprezentat de mai multe fragmente scurte de ARN care se gasesc in ribozomi asociate cu
proteine. ARNr are o structura monocatenara dar prezinta si portiuni bicatenare asemanatoare intr-o
anumita masura cu ARNt.
El are rol structural, catalitic (ribozim) si de “fixare/pozitionare” a ARNm pentru ca acesta sa poata fi citit
de catre ARNt.
Formarea legaturii peptidice dintre aminoacizi in lantul polipeptidic in crestere este realizata de catre ARNr
28S localizat in subunitatea mare a ribozomului. Acest fragment de ARN ribozomal apartine unei proteine
numite peptidil-transferaza, numita si ribozim, care are ARNr ca centru catalitic.
3.2. Transcriptia
Transcriptia reprezinta copierea unei fragment din informatia genetica a ADN-ului avand drept rezultat
formarea unei molecule de ARN.
ADN contine informatia genetica sub forma de gene. Genele sunt portiuni de ADN care contin toata
informatia necesara sintezei unei molecule functionale. Daca gena codifica o proteina atunci rezultatul
transcriptiei este ARNm, altfel in urma transcriptiei se sintetizeaza ARNt sau ARNr.
Referitor la procesul transcriptiei, catena ce contine portiunea ce urmeaza a fi copiata se numeste matrita
(antisens), catena complementara care nu este copiata poarta numele de catena codanta (sens). O catena
matrita pentru o anumita gena poate deveni catena codanta pentru alta gena; obligatorie ramane doar
respectarea directiei de sinteza si anume 5’->3’.
Spre deosebire de ADN polimeraze, ARN polimerazele prezinta o serie de trasaturi particulare:
- nu necesita primer
- nu au activitate 3’→5’ exonucleazică (nu au funcție de verificare a corectitudinii
transcripției și de corectare a erorilor)
- nu au functie ligazica (nu exista ARN ligaze)
a) Caseta TATA
La caseta TATA se leaga proteine numite factori generali de transcriptie (TFII), facilitand in felul acesta
si legarea ARN polimerazei II (aceasta enzima nu recunoaste singura promotorul, deci nu stie unde sa se
fixeze - ‘‘enzima oarba’’)
Asocierea factorilor generali de transcriptie este prezentata in figura de mai sus: proteina de legare la
caseta TATA (TBP - TATA-binding protein), care este o componentă a factorului TFIID, recunoaște caseta
TATA și se leagă la ea, dupa care se asociaza si TFIIA și TFIIB.
TFIIB recrutează ARN polimeraza II (având TFIIF asociat) si ulterior, TFIIE și TFIIH se asociază la
ARN-Pol II
Asocierea factorilor generali de transcripție și a ARN-Pol II la nivelul casetei TATA duce la formarea
complexului bazal de transcripție.
TFIIH acționează ca o ADN helicază ATP-dependentă ce desface dublul helix ADN pentru a permite
procesul transcripției insa are si o activitate kinazica (una din subunitati), fosforiland ARN polimeraza II.
In forma fosforilata, ARN-Pol II părăsește caseta TATA și începe să transcrie catena de ADN matriță,
începând cu nucleotidul +1 (punctul de start al transcripției), cu initierea formarii ARN-ului transcript
primar.
Rata transcripției poate fi reglată si suplimentar, de la nivelul unor elemente reglatorii distale ale genei.
Acestea pot fi situate la distanțe considerabile, uneori de mii de nucleotide, față de punctul de start (în
amonte sau în aval). Secventele reglatorii pot mari ritmul transcriptiei (se numesc enhancer) sau pot
scadea ritmul transcriptiei (se numesc silencer). Aceste elemente reglatorii mediaza răspunsul la semnale
variate, incluzând unii hormoni si nivelul expresiei genice va fi adaptat la necesitățile specifice ale
țesutului/organismului în diverse circumstanțe particulare. Mai multe informatii despre asamblarea
aparatului de transcriptie si expresia reglata a unei gene vor fi discutate la capitolul Hormoni- biochimie.
B. Elongarea
ARN polimeraza II disociază de factorii generali de transcripție (numai TFIIF rămâne asociat) → se
deplasează de-a lungul catenei de ADN matriță și adaugă ribonucleotide (conform cu regulile de
complementaritate), unindu-le prin legături fosfodiesterice.
Catena de ADN matriță este citită în sensul 3’→5’, iar transcriptul ARN este sintetizat în sensul 5’→3’
C. Terminarea transcriptiei
Transcripția este terminată atunci când ARN-Pol II întâlnește un semnal de terminare în catena de ADN
matriță (localizat în aval față de regiunea codantă a genelor). ARN-Pol II este defosforilată și reciclată,
fiind capabilă să inițieze un nou transcript.
Molecula de ARN sintetizată inițial prin procesul transcripției se numește transcript primar (hnRNA -
heterogenous nuclear RNA). Transcriptul primar va suferi prelucrări complexe pentru a deveni ARNm
(matur), care va migra în citoplasmă, pentru a fi translat într-o proteină.
2. Adăugarea cozii poliadenilice - poli(A) la capatul 3’ - constau in atasarea unei cozi de pana la
200 polinucleotide de tip adenilic, asa-numita coada poli-A. Aceasta secventa nu este transcrisa din
ADN ci adaugata dupa transcriptie de o enzima numita poliA-polimeraza. Rolul acestei cozi este
de a facilita transloca ARNm din nucleu si de a-l proteja fata de actiunea exonucleazelor.
Structura ARNm cu “cap” si “coada”
3. Procesul de splicing
ARN transcript primar (hnARN), precursorul ARNm, este alcatuit din doua tipuri de secvente si
anume:
4. Sinteza de proteine
Proteinele sunt structuri complexe care indeplinesc diferite functii. Din acest motiv sinteza unei proteine
presupune o serie de etape, care fiecare in parte participa la modelarea acestei structuri si necesita
componente specifice.
Astfel sinteza unei proteine presupune:
- formarea secventei de aminoacizi care este dictata de codul genetic
- impachetarea tridimensionala realizata de “echipamente” specifice numite chaperonii
- maturarea proteinelor nou sintetizate prin diverse procese de glicozilare, fosforilare, farnezilare
- daca o etapa esueaza se declanseaza degradarea si reciclarea proteinei.
In tot acest lant de evenimente acizii nucleici intervin in faza initiala care dicteaza structura primara a
proteinei. Ei fac acest lucru prin copierea si traducerea informatiei ce specifica proteina in cauza.
4.1 Codul genetic
Celulele isi reinnoiesc in permanenta proteinele, unele avand un turnover foarte rapid. Semnalul care
initiaza sinteza unei proteine este dat de transcriptie. In urma transcriptiei informatia genetica pentru sinteza
proteinei respective este adusa din nucleu, sub forma ARNm si decodificata cu ajutorul ARNt.
ARNt este o molecula “translator”, bi-informationala, care recunoaste doua tipuri de limbaje, limbajul
genetic si limbajul proteic, reusind sa faca conexiunea intre ele. Altfel spus ARNt este capabil sa citeasca
si sa traduca codul genetic.
Limbajul genetic (numit codul genetic) reprezinta modalitatea de scriere a informatiei genetice si el
utilizeaza 4 semne de cod: A, U, G, C (adica 4 litere).
Limbajul proteic utilizeaza 20 de semne de cod (adica 20 litere) cate unul pentru fiecare aminoacid.
Pentru a obtine cele 20 semne de cod ale proteinelor din doar cele 4 semne de cod ale acizilor nucleici,
acestea din urma trebuie asociate cate trei. Rezulta astfel unitatea de codare, numita codon care este
alcatuita dintr-un grup de 3 nucleotide.
Prin aceasta asociere diferita a celor 4 semne, luate cate trei se obtin 64 de semne de cod pentru cei 20
aminoacizi, cu mult peste numarul necesar. Aceasta a dus la constatarea ca unui aminoacid ii pot corespunde
unul sau mai multi codoni.
Cei 64 de codoni ce alcatuiesc codul genetic sunt astfel repartizati:
- un codon care indica inceperea mesajului (asa cum in scriere litera mare indica inceputul frazei) si
care este AUG.
- trei codoni care indica terminarea mesajului numiti codoni Stop sau non-sens: UAG, UGA, UAA
- doi codoni care indica fiecare un singur aminoacid: Met si Trp
- ceilalti aminoacizi au alocati intre 2-6 codoni.
Trasaturile codului genetic sunt:
- codul genetic este specific (non-ambiguu) (ambiguitate = lipsa de precizie), ceea ce inseamna ca
unui codon ii corespunde intotdeauna un singur aminoacid
- este degenerat (redundant): adica ofera informatie suplimenatara prin alocarea mai multor codoni
unui singur aminoacid. Este un fenomen asemanator utilizarii sinonimelor. Aceasta caracteristica
prezinta importanta in evitarea partiala a mutatiilor, uneori inlocuirea unei “litere” in codon ducand
la pastrarea informatiei despre acelasi aminoacid.
- este universal: adica este aceleasi la toate speciile (cu foarte putine exceptii, mitocondria eucariota)
conservat de-a lungul evolutiei.
- nu are suprapuneri si semne de punctuatie: adica de la un punct de start secventa de nucleotide
este citita in grupe de cate trei, pana la sfarsit, in continuare, fara pauze.
Analiza codului genetic arata ca primele doua baze ale codonului sunt “strict” specifice pentru un
aminoacid, cea de a treia baza este lipsita de specificitate, putand fi oricare din cele 4 baze fara a determina
schimbarea aminoacidului specificat.
a. Mutatiile punctiforme poti cauzate de inlocuirea unei baze cu o alta. In urma inlocuirii pot apare
mutatii diferite: silance, missense respectiv non-sense functie de pozitia pe care baza inlocuita
o ocupa in codon.
O mutatie silance apare atunci cand este inlocuita de regula ultima nucleotida a codonului cea care
prezinta cea mai mica specificitate si prin urmare aminoacidul codificat nu se modifica.
O mutatie missense apare atunci cand baza inlocuita ocupa prima sau a doua pozitie in codon si
determina codificarea altui aminoacid diferit de cel initial
O mutatie nonsense apare atunci cand baza inlocuita determina aparitia codonului stop, care indica
oprirea citirii. Aceasta situatie determina aparitia unei proteine mai scurte.
b. Insertia/deletia a una sau doua baze determina si intr-un caz si in celalalt modificarea asa-
numitului cadru de citire fiind alterata astfel citirea pe intreaga secventa determinand sinteza
unor proteine eronate incepand cu punctul de insertie/deletie. Daca are loc insertia /deletia unui
grup de trei nucleotide care specifica un aminoacid atunci este adaugat respectiv inlaturat acel
aminoacid.
Atasarea aminoacidului are loc in felul urmator:gruparea carboxil a aminoacidului formează o legătură
esterică macroergică cu gruparea 3'-OH a moleculei de riboză a nucleotidului cu adenină (AMP) de la
capătul 3’ al ARNt.
Acesta este un proces consumator de energie care are loc în două etape, implicând participarea ATP →
reacția generală este:
Amino acid + ARNt + ATP → aminoacil-ARNt + AMP + PPi
In ceea ce priveste citirea mesajului genetic ARNt recunoaste codonii de pe ARNm prin intermediul
anticodonului cu care se fixeaza antiparalel si complementar pe codoni.
Un anticodon poate recunoaste mai multi codoni ai aceluiasi aminoacid (acelasi aminoacid poate fi
specificat de mai multi codoni). Mecanismul prin care un anticodon poate sa recunoasca mai mult de un
singur codon pentru acelasi aminoacid este explicat de asa-numitul efect “wobble” (wobble inseamna
oscilare, clatinare). Aceasta inseamna ca prima baza a anticodonului (capatul 5’) si ultima baza a codonului
(capatul 3’) nu sunt fixate rigid prin legaturile complementare uzuale. Oscilarea usoara permite formarea
unor perechi de baze neconventionale cu baza variabila din ultima pozitie a codonului. Fenomenul
“wobble” explica de ce nu este nevoie de 61 ARNt corespunzatori celor 61 de codoni, in realitate existand
in jur de 32 ARNt.
C. ARNm care sa contina succesiunea de codoni specifici proteinei ce urmeaza a fi sintetizata. Acesta este
recunoscut si fixat la unitatea mica a ribozomilor pentru a putea fi citit de catre ARNt.
D. Ribozomi functionali care reprezinta sediul unde se realizeaza sinteza proteinelor. Ribozomii sunt
localizati:
- liberi in citosol sau
- asociati reticulului endoplasmatic conferindu-i acestuia un aspect accidentat de unde si numele de
reticul endoplasmatic rugos.
Din punct de vedere structural ribozomii sunt complexe alcatuite din :
- fragmente de ARNr (vezi capitolul structura)
- proteine cu rol structural si functional
Ribozomii sunt alcatuiti din doua subunitati, o subunitate mare (60S) si o subunitate mica (40S), ale caror
marimi sunt indicate de coeficientul de sedimentare S = Svedberg.
Ribozomul functional format prin asocierea celor doua subunitati prezinta trei situsuri de legare specifice
care se extind pe ambele subunitati. Aceste situsuri acopera ca lungime secventa a trei codoni vecini si sunt
notate:
- A (provine de la aminiacid) este situsul unde se fixeaza ARTt~aminoacid-ul ce urmeaza a fi atasat
la lantul in crestere
- P (provine de la peptid) este situsul ocupat de ARNt-ul incarcat cu lantul polipeptidic deja
sintetizat si care este in crestere
- E (provine de la loc gol=empty) este situsul ocupat de ARNt ramas fara aminoacid in urma
descarcarii acestuia
E. Factori de natura proteica necesari si specifici pentru fiecare etapa: factori de initiere, de elongare, de
terminare, cu rol structural in asamblarea si stabilizarea ribozomului functional sau cu actiune catalitica.
A. Initierea
Are loc in doua etape:
- asamblarea subunitatii mici 40S cu ARNm si cu ARNti –Met (ARNti provine de la ARNt de initiere)
- dupa asamblarea elementelor de mai sus este atasata subunitatea mare 60S
In urma asamblarii:
E = gol
P = ARNti-Met
A = gol
B. Elongarea
In cadrul procesului de elongare pot fi identificate 4 etape:
a. Fixare ARNt-aa1 la pozitia A, pe baza complementaritatii cerute de ARNm.
In urma fixarii :
E = gol
P = ARNti-Met
A = ARNT-aa1
b. Formarea legaturii peptidice dintre Met si primul aminoacid atasat este realizata de peptidil-transferaza.
Peptidil-transferaza nu este o proteina ci este ARNr 28S localizat in subunitatea mare (peptidil-transferaza
este o enzima care are ARN ca centru catalitic si se numeste ribozim). Realizarea legaturii peptidice duce
la transferarea Met (sau lantului in formare) de la pozitia P la A.
In urma formarii legaturii peptidice se obtine:
E = gol
P = ARNti
A = ARNT-aa1-Met
c. Traslocarea. Dupa formarea legaturii peptidice ribozomul avanseaza pe ARNm pe o distanta de trei
nucleotide in directia 5’->3’. In urma translocarii, lantul polipeptidic in formare va ocupa situsul P
deplasand ARNti descarcat pe situsul E.
E = ARNti
P = ARNT-aa1-Met
A = gol
d. In prezenta factorilor elongarii, ARNt descarcat se disociaza de pe ribozom eliberand pozitia E permitand
continuarea elongarii prin reluarea etapelor a,b,c.
Elongarea are loc pana cand la situsul A apare un codon STOP (nonsens) .
C. Terminarea
Apare atunci cand unul din cei trei codoni STOP intra in situsul A. Acesta este recunoscut de un factor
specific eRF, care hidrolizeaza legatura esterica dintre ultimul aminoacid si ARNt, eliberandu-l pe acesta
din urma. Fixarea codonilor STOP determina detasarea lantului nou sintetizat de pe ribozomul functional,
a ARNm cat si disocierea celor doua subunitati ale ribozomului care pot participa la initierea altei sinteze.
Prelucrari post translationale
Dupa sinteza, lanturile polipeptidice nou sintetizate sufera modificari ulterioare care presupun, atasarea
unor grupari functionale sau a unor fragmente specifice care au ca scop marcarea lor pentru o anumita
locatie (spatiu extracelular, nucleu) sau pentru o anumita functie (activare realizata prin fosforilare).
Tot in categoria prelucrarilor post translationale intra modificari precum atasarea unor resturi neproteice,
clivari si eliminari ale unor portiuni proteice etc.
Exemplu: preproinsulina după modificările post-translație (folding, oxidare cu formarea puntilor de sulf si
clivarea peptidului semnal) este transformată în proinsulina, si apoi în insulină (dupa clivarea unui fragment
numit peptid c).
Unele dintre antibiotice isi bazeaza efectul terapeutic pe inhibarea translatiei la bacterii:
- cloramfenicol = inhiba peptidil-transferaza
- eritromicina si toxina difterica = se fixeaza pe translocaza
- puromicina = inlocuieste un ARNt-Tyr si blocheaza sinteza
- streptomicina, tetraciclina = se leaga la subunitatea mare a procariotelor distorsionand structura
acestuia sau impiedicand fixarea ARNt-aan.
METABOLISMUL GLICOGENULUI
Glicogenul reprezintă forma de depozitare a glucozei în organismele animale. Cele mai
importante depozite de glicogen se găsesc în:
- ficat - glicogenul poate reprezenta până la 10% din greutatea organului (aprox. 100 g);
- muşchi - glicogenul poate reprezenta până la 1-2% din greutatea ţesutului (în jur de 400
g).
Motivul pentru care glucoza este depozitată sub formă de glicogen constă în faptul că
acesta reprezintă o formă de stocare din care glucoza poate fi rapid mobilizată, pentru a asigura
necesarul de glucoză al ţesuturilor gluco-dependente, în perioadele în care lipseşte aportul
exogen sau când crește substanțial necesarul de glucoză ca sursă de energie, cum se întâmplă în
cursul exercițiului fizic.
O altă rezervă de energie o reprezintă trigliceridele depozitate în ţesutul adipos; deşi
însumează aprox. 130.000 kcal (faţă de aprox. 800 kcal, cât reprezintă rezervele de glicogen),
depozitarea energiei sub formă de lipide are două inconveniente faţă de depozitarea sa ca
glicogen:
- trigliceridele nu pot fi utilizate ca sursă de energie în absenţa oxigenului;
- acizii graşi din componenţa trigliceridelor nu pot fi transformaţi în glucoză (absolut
necesară pentru ţesuturile gluco-dependente).
Depozitarea glucozei se face sub formă de glicogen şi nu sub formă de glucoză liberă
deoarece glucoza este o substanţă osmotic activă → dacă într-o celulă s-ar acumula acelaşi
număr de molecule de glucoză sub formă liberă, presiunea osmotică intra-celulară ar creşte foarte
mult → apa atrasă din mediul extra-celular ar determina liza osmotică a celulei (o concentraţie a
glicogenului de 0,01 M este echivalentă cu o concentraţie a glucozei de 0,4 M).
Structura glicogenului
Glicogenul este un polimer de glucoză cu structură ramificată:
- porţiunile liniare sunt formate din molecule de glucoză unite prin legături (1-4)-
glicozidice;
- ramificaţiile sunt create prin formarea de legături (1-6)-glicozidice.
Ramificaţiile sunt situate la distanţă de 4 resturi glucozil (în interiorul moleculei), fiind
mai rare spre periferia moleculei; fiecare lanţ liniar conţine 12-14 molecule de glucoză, iar pe
fiecare lanţ sunt ataşate două ramificaţii. Molecula glicogenului conține un singur capăt
reducător (C-1 al unei molecule de glucoză, ce poartă gruparea hidroxil glicozidic), toate
celelalte capete ale lanțurilor de glicogen fiind nereducătoare (au liberă gruparea hidroxil de la
C-4).
Structura ramificată a glicogenului prezintă un mare avantaj: permite sinteza și
degradarea sa rapidă, enzimele implicate putând acționa simultan la nivelul capetelor
nereducătoare de pe mai multe lanțuri.
I. SINTEZA GLICOGENULUI (GLICOGENOGENEZA)
- glicogenina: este o proteină pe care sunt asamblate, la nivelul unei grupări −OH dintr-
un rest de tirozină, primele câteva molecule de glucoză (provenite din UDP-glucoză, sub
acţiunea glucozil-transferazică a proteinei); glicogenina rămâne legată la singurul capăt reducător
al moleculei de glicogen.
Glicogen sintaza poate realiza numai legături (1-4)-glicozidice. Pentru formarea
legăturilor (1-6)-glicozidice (care creează puncte de ramifiere), atunci când lanţul s-a alungit cu
11 resturi de glucoză intervine o altă enzimă: enzima de ramifiere [amilo(1-4)→(1-6)
transglicozilaza]: aceasta transferă un fragment cu aproximativ 6 resturi glucozil de la capătul
nereducător al unui lanţ → la atomul C6 al unui rest de glucoză din acelaşi lanţ sau dintr-un lanţ
diferit. Prin formarea unei legături (1-6)-glicozidice, se creează un punct de ramifiere. Ulterior
intervine glicogen sintaza, care va adăuga noi molecule de glucoză prin legături (1-4)-
glicozidice şi va alungi ramificaţia.
Ca urmare a modului de acţiune al glicogen sintazei, molecula de glicogen conţine un
singur capăt reducător şi o multitudine de capete nereducătoare: acesta constituie un avantaj,
întrucât creează numeroase situsuri de acţiune pentru enzimele implicate în sinteza şi degradarea
glicogenului, ceea ce asigură o eficienţă sporită a acestor procese.
I. Reglarea glicogenogenezei
Glicogen sintaza este supusă controlului metabolic prin intermediul reglării covalente şi
al reglării alosterice.
1. Reglarea covalentă
Enzima poate exista sub două forme:
- glicogen sintaza a - este forma activă, defosforilată
- glicogen sintaza b - este forma inactivă, fosforilată
Fosforilarea glicogen sintazei se realizează la mai multe resturi de serină, prin transferul
de grupări fosfat din ATP, sub acţiunea mai multor protein kinaze diferite, principala fiind
protein kinaza A. Aceasta este activată de AMP ciclic, care se formează din ATP sub acţiunea
adenilat ciclazei, iar aceasta la rândul său este activată în urma cuplării unor hormoni cu
receptorii lor membranari. AMPc este, deci, mesagerul secund prin intermediul căruia acţionează
aceşti hormoni şi anume:
- glucagonul - acţionează asupra glicogenului din ficat;
- adrenalina - acţionează asupra glicogenului din ficat şi din muşchi; activarea adenilat
ciclazei se realizează ca urmare a cuplării adrenalinei cu receptori β-adrenergici.
Defosforilarea glicogen sintazei se realizează prin îndepărtarea hidrolitică a fosfatului
sub acţiunea protein fosfatazei-1, enzimă care este activată de către insulină.
2. Reglarea alosterică
Glucozo-6-fosfatul acţionează ca modulator alosteric pozitiv pentru glicogen sintaza b:
el se leagă la un situs alosteric de pe suprafaţa enzimei şi determină o modificare
conformaţională, care favorizează acţiunea protein fosfatazei-1 → defosforilarea glicogen
sintazei b → activarea sa (trecerea la forma „a”). Acest efect al glucozo-6-P se exercită după
prânzurile glucidice, când concentraţia sa în celule creşte.
După prânzurile glucidice: creşte nivelul insulinei în sânge → aceasta activează protein
fosfataza-1 → defosforilarea - glicogen sintazei → activarea sa
- glicogen fosforilazei → inactivarea sa.
Deci în aceste perioade - este accelerată sinteza de glicogen
- este încetinită degradarea glicogenului.
Astfel, în perioadele în care nivelul glicemiei este crescut, este favorizată depozitarea
unei părţi din glucoza plasmatică sub formă de glicogen în ficat.
Reprezintă un grup de boli cu caracter genetic cauzate de deficite ale enzimelor implicate
în metabolismul glicogenului. Ele se caracterizează prin acumularea în ţesuturi a unor cantităţi
excesive de glicogen sau a unui glicogen cu structură anormală. Există mai multe tipuri de
glicogenoze; câteva dintre acestea sunt:
- Deficitul glucozo-6-fosfatazei (boala von Gierke sau tipul I de glicogenoză) - se
caracterizează prin depozitarea de cantităţi excesive de glicogen cu structură normală în ficat, cu
mărirea de volum a acestuia (hepatomegalie); de asemenea, boala se manifestă prin
hipoglicemie, datorită incapacităţii de eliberare a glucozei din glucoză-6-fosfat.
- Deficitul enzimei de deramifiere (boala Cori-Forbes sau tipul III) - se caracterizează
prin acumularea în ficat şi muşchi a unui glicogen cu structură anormală (un polizaharid
ramificat).
- Deficitul glicogen fosforilazei musculare (boala McArdle sau tipul V) - se
caracterizează prin acumularea de cantităţi excesive de glicogen în muşchi şi toleranţă scăzută la
efortul muscular (crampe musculare).
- Deficitul glicogen fosforilazei hepatice (boala Hers sau tipul VI) - se caracterizează prin
creşterea conţinutului de glicogen în ficat, cu hepatomegalie şi tendinţă spre hipoglicemie.
CALEA ACIDULUI GLUCURONIC
Este o cale de metabolizare a glucozei care duce la sinteza acidului UDP-glucuronic.
1
Ribulozo-5-P se poate transforma în alte două pentoze prin două reacţii de izomerizare:
2
Ecuaţia globală a primei etape a căii pentoz-fosfaţilor este:
Glucoză-6-P + 2 NADP+ + H2O Riboză-5-P + CO2 + 2 NADPH + 2 H+
În această fază au loc o serie de rearanjări ale scheletelor de C ale pentozelor fosforilate
formate în prima etapă, care vor realiza reciclarea pentoz-fosfaţilor la hexoz-fosfaţi, permiţând
astfel oxidarea continuă a glucozo-6-P.
Mai întâi, transcetolaza catalizează transferul unui fragment cu 2 C de la un donor
cetozic (xiluloză-5-P) la un acceptor aldozic (riboză-5-P), cu formare de sedoheptuloză-7-P şi
gliceraldehidă-3-P. Enzima necesită participarea tiamin pirofosfatului (forma activă a vitaminei
B1) în calitate de coenzimă: TPP joacă rolul de transportor al fragmentului de 2 C între cele două
pentoze fosforilate.
Apoi, transaldolaza catalizează transferul unui fragment de 3 C de la sedoheptuloză-7-P
la gliceraldehidă-3-P, formându-se fructoză-6-P şi eritroză-4-P (o aldo-tetroză).
Urmează o nouă intervenţie a transcetolazei, care catalizează transferul unui fragment de
2 C de la o nouă moleculă de xiluloză-5-P la eritroză-4-P, cu formare de fructoză-6-P şi
gliceraldehidă-3-P.
3
Bilanţul global al celor două faze ale căii pentoz-fosfaţilor constă în degradarea a 3
molecule de glucoză-6-P la două molecule de fructoză-6-P şi o moleculă de gliceraldehidă-3-P.
Multiplicând cu 2, se ajunge la următoarea ecuaţie globală (având în vedere că una din
cele două molecule de gliceraldehidă-3-P se poate izomeriza la dihidroxiaceton-P, iar cele două
trioze formează împreună o moleculă de fructoză-1,6-P2, care apoi se transformă în fructoză-6-
P):
6 G-6-P + 12 NADP+ + 7 H2O 5 F-6-P + 6 CO2 + 12 NADPH + 12 H+ + Pi
5 G-6-P
Bilanţul net constă, deci, în oxidarea totală a unei molecule de glucoză-6-P la 6 CO2:
Glucoză-6-P + 12 NADP+ + 7 H2O 6 CO2 + 12 NADPH + 12 H+ + Pi
4
H2O2 este un agent oxidant puternic, care poate ataca membranele celulare, ducând la lezarea
acestora. Contracarând acţiunea peroxidului de hidrogen, GSH este unul din componentele
importante ale echipamentului de apărare anti-oxidantă al celulelor, având efect protector asupra
membranelor celulare.
Calea pentoz-P are o importanţă particulară în eritrocit, unde reprezintă singura sursă de
NADPH (în alte ţesuturi mai există alte două posibilităţi de sinteză a NADPH: reacţia malic-
enzimei şi reacţia izocitrat dehidrogenazei NADP+-dependente).
În cazul unui deficit genetic al glucozo-6-P dehidrogenazei, scade generarea de NADPH
în eritrocit, ceea ce afectează negativ activitatea glutation reductazei și duce la scăderea
rezervelor de glutation redus. Ca urmare, scade capacitatea de descompunere a peroxidului de
hidrogen, iar acumularea acestuia determină lezarea oxidativă a membranei plasmatice a
eritrocitului (hemoliză); reducerea duratei de viaţă a hematiilor se manifestă sub forma anemiei
hemolitice.
5
Dacă necesarul de NADPH este mai mare decât necesarul de riboză-5-P (cum se
întâmplă, de exemplu, în ţesutul adipos) → faza oxidativă este activă și produce NADPH în cele
două reacții de dehidrogenare, iar ribozo-5-P este îndepărtat prin angajare în faza a doua a
şuntului. Fructozo-6-P şi gliceraldehida-3-P formate la finalul acestei faze sunt transformate în
glucoză-6-P, care intră din nou în faza oxidativă, generând cantități suplimentare de NADPH;
alternativ, produșii fazei neoxidative se pot angaja în glicoliză în vederea degradării. Deci într-un
asemenea ţesut sunt active ambele faze ale căii pentoz-P.
Dacă necesarul de riboză-5-P este mai mare decât cel de NADPH (într-un ţesut precum
muşchiul) → deşi faza I a şuntului are activitate foarte redusă, este posibilă, totuşi, sinteza de
riboză-5-P pornind de la fructoză-6-P şi gliceraldehidă-3-P (care sunt obținuți din glicoliză), prin
parcurgerea în sens invers a fazei neoxidative a şuntului (care are caracter reversibil). Ca urmare,
nu este necesar să existe o cale a pentoz-fosfaţilor complet funcţională pentru ca un ţesut să poată
sintetiza riboză-5-P.
6
GLUCONEOGENEZA
Lactatul provine din glicoliza anaerobă în muşchiul în activitate şi eritrocit → de aici este
eliberat în sânge → captat în ficat, unde este transformat în glucoză prin GNG → glucoza este
eliberată în sânge de unde este captată parțial de muşchi şi eritrocit, care o vor folosi ca sursă de
energie. În felul acesta se creează aşa-numitul ciclu lactat-glucoză între muşchi/eritrocit şi ficat
(ciclul Cori) (fig.1).
GNG din lactat are loc, în principiu, prin parcurgerea în sens invers a glicolizei. Însă
echilibrul global al glicolizei favorizează net formarea lactatului/piruvatului (procesul este puternic
exergonic); ca urmare:
- reacţiile reversibile din glicoliză pot fi parcurse în sens invers, în GNG, sub acţiunea
aceloraşi enzime (enzime comune celor două procese);
- trei dintre reacţiile glicolizei sunt ireversibile (fiind puternic exergonice), deci reprezintă
bariere termodinamice care împiedică desfăşurarea lor în sens invers → pentru depăşirea lor, în
1
GNG intervin enzime distincte de cele din glicoliză, care catalizează reacţii diferite de cele
glicolitice (enzime specifice gluconeogenezei).
Deci, deşi glicoliza şi GNG împărtăşesc mai multe etape (7 enzime sunt comune), totuşi ele
nu sunt căi identice care se desfăşoară în sensuri opuse.
GNG din lactat începe cu transformarea lactatului în piruvat sub acţiunea lactat
dehidrogenazei.
(1) Urmează prima etapă care constituie o barieră energetică: transformarea piruvatului în
fosfoenolpiruvat (PEP). În glicoliză, transformarea PEP în piruvat este realizată într-o
singură etapă, catalizată de piruvat kinază. În GNG, transformarea piruvatului în PEP are loc
în două etape:
(2) Mai întâi, piruvatul este transformat în oxalacetat prin carboxilare sub acţiunea
piruvat carboxilazei (PC, piruvat carboxiligaza, enzimă din clasa ligazelor).
2
Biotina (o vitamină hidrosolubilă) intervine în calitate de coenzimă în această reacţie; ea
este legată covalent de apoenzima piruvat carboxilazei.
(3) Piruvat carboxilaza este o enzimă mitocondrială, iar restul enzimelor
gluconeogenezei sunt localizate în citosol; oxalacetatul nu poate fi transferat în citosol ca atare
(membrana mitocondrială internă nu conţine un transportor pentru oxalacetat), ci sub formă de
malat: !!!!!
- oxalacetatul este redus la malat sub acţiunea malat dehidrogenazei mitocondriale;
- malatul este translocat în citosol cu ajutorul unui transportor specific;
- în citosol, malat dehidrogenaza citosolică oxidează malatul înapoi la oxalacetat.
Reacţiile piruvat carboxilazei şi PEP carboxikinazei au, în anasamblu, G° = 0,2 kcal/mol,
dar G real este de aproximativ −6 kcal/mol, ceea ce face ca transformarea piruvatului în PEP să fie
ireversibilă la concentraţiile reale ale celor doi compuşi în celulă (PEP este consumat imediat în
reacţiile ulterioare ale GNG).
(2) PEP parcurge mai multe etape reversibile din glicoliză, sub acţiunea enzimelor comune
glicolizei şi gluconeogenezei, până când se ajunge la cea de a doua barieră energetică din glicoliză
ce trebuie depăşită: transformarea fructozo-1,6-difosfatului în fructoză-6-fosfat (care
corespunde reacţiei din glicoliză catalizată de fosfofructokinaza-1). În GNG, această transformare
are loc prin îndepărtarea hidrolitică a fosfatului sub formă de fosfat anorganic, sub acţiunea
fructozo-1,6-difosfatazei.
Fructozo-6-fosfatul este convertit în glucoză-6-fosfat sub acţiunea fosfohexoz-izomerazei.
3
(3) Ultima barieră energetică este transformarea glucozo-6-fosfatului în glucoză;
scindarea hidrolitică a fosfatului este catalizată de glucozo-6-fosfataza.
4
5
2. GNG din lipide
Lipidele de rezervă (trigliceridele) din ţesutul adipos reprezintă o altă sursă de glucoză. Prin
hidroliza trigliceridelor rezultă glicerol şi acizi graşi.
a) Glicerolul este eliberat în sânge, de aici este captat în ficat şi rinichi, unde poate fi
transformat în glucoză în modul următor: este fosforilat sub acţiunea glicerol kinazei, după care
glicerol-3-P este oxidat în prezenţă de NAD + sub acţiunea glicerol-3-P dehidrogenazei, cu formare
de dihidroxiaceton-fosfat (DHAP).
DHAP este un intermediar al glicolizei/gluconeogenezei: din 2 molecule de DHAP, una este
izomerizată la gliceraldehid-3-P (GA-3-P); cele două trioze formează împreună fructoză-1,6-
difosfat, care apoi parcurge etapele din GNG până la formarea de glucoză:
DHAP + GA-3-P F-1,6-P2 F-6-P G-6-P Glucoză
b) Acizii graşi cu număr par de atomi de C (cum sunt marea majoritate a acizilor graşi din
componenţa trigliceridelor depozitate în ţesutul adipos), eliberaţi în sânge după hidroliza
trigliceridelor, sunt captaţi parţial în ficat: aici sunt degradaţi prin -oxidare la acetil-CoA.
Pentru a se transforma în glucoză, acetil-CoA ar trebui să se transforme mai întâi în piruvat:
acest lucru este imposibil, datorită ireversibilităţii reacţiei piruvat dehidrogenazei (care catalizează
reacţia inversă, de transformare a piruvatului în acetil-CoA) → din acest motiv, acizii graşi cu
număr par de C nu constituie substrate pentru GNG (având în vedere că nici nu există o altă cale
prin care acetil-CoA să se transforme în piruvat sau într-un alt intermediar al GNG).
6
3. GNG din aminoacizi
7
- diverşi intermediari ai ciclului Krebs → aceştia, parcurgând ciclul, sunt convertiţi în
oxalacetat, care după transformare în fosfoenolpiruvat, intră în calea GNG şi generează glucoză.
8
REGLAREA GLUCONEOGENEZEI
Viteza de desfăşurare a gluconeogenezei este reglată prin două tipuri de mecanisme, care
acționează la nivelul enzimelor cheie ale acestui proces: este vorba de cele patru enzime specifice
gluconeogenezei, care catalizează reacțiile ce corespund etapelor ireversibile din glicoliză.
Cele două procese cu caracter opus sunt reglate într-o manieră coordonată, reciprocă:
creşterea vitezei unui dintre ele are loc simultan cu scăderea vitezei celuilalt şi viceversa, astfel
încât ele să nu funcţioneze concomitent cu viteze egale. (vezi slide) O asemenea situaţie ar duce la
irosirea substratelor celor două căi metabolice şi la consum de ATP fără realizarea de travaliu
metabolic (în glicoliză se generează 2 moli ATP per mol de glucoză degradată, iar gluconeogeneza
din lactat consumă 6 moli de ATP per mol de glucoză sintetizată). S-ar realiza, deci, un ciclu inutil
(„futile cycle”).
Pentru a evita formarea unui asemenea ciclu inutil, reglarea coordonată a celor două procese
este asigurată la nivelul a două puncte de control:
9
1. Primul punct de control determină soarta piruvatului din mitocondrie:
sub acţiunea piruvat dehidrogenazei, piruvatul este degradat la acetil-CoA, care apoi va fi
degradată total în ciclul Krebs;
sub acţiunea piruvat carboxilazei, piruvatul este transformat în oxalacetat, care se va angaja
în procesul gluconeogenezei.
În condiţii de depleţie glucidică, în ficat are loc o intensificare a degradării acizilor graşi
(ficatul îşi obţine energia pe această cale) → creşte formarea de acetil-CoA → acest metabolit
influenţează, prin modulare alosterică, activitatea celor două enzime de mai sus:
- inhibă piruvat dehidrogenaza → scade degradarea piruvatului (în felul acesta are loc și
diminuarea degradării glucozei ca sursă de energie);
- activează piruvat carboxilaza → determină orientarea piruvatului spre GNG.
10
2. Al doilea punct de control este situat la nivelul etapei de:
11