Sunteți pe pagina 1din 34

Translated from English to Romanian - www.onlinedoctranslator.

com

Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

pagina de pornire a jurnalului: www.elsevier.com/locate/csbj

Ficobiliproteine: aspecte structurale, caracteristici funcționale și


perspective biotehnologice
Jorge Dagnino-LeoneA, Cristina Pinto FigueroaA, Mónica Latorre CastañedaA, Andrea Donoso YoultonA,
Alejandro Vallejos-AlmirallA, Andrés Agurto-MuñozA, Jessy Pavón PérezA,b, Cristian Agurto-MuñozA,b,⇑
AGrupo Interdisciplinario de Biotecnología Marina (GIBMAR), Centro de Biotecnología, Universidad de Concepción, Concepción 4030000, Chile
bDepartamento de Ciencia y Tecnología de los Alimentos (CyTA), Facultatea de Farmacia, Universidad de Concepción, Concepción 4030000 Chile

info articol abstract

Istoricul articolului:
Ficobiliproteinele (PBP) sunt proteine fluorescente de diferite culori, inclusiv fucsia, violet-albastru și cyan, care permit captarea energiei luminoase în complexe fotosintetice auxiliare numite ficobilizomi (PBS). PBP-urile au câteva caracteristici structurale
Primit la 31 octombrie 2021
și fizico-chimice foarte bine conservate. În contextul PBS, funcția PBP este de a capta energia luminoasă în intervalul 450-650 nm și o furnizează fotosistemelor permițând fotosintezei. Pe lângă funcția de recoltare a energiei, PBP-urile s-au dovedit, de
Primit în formă revizuită 18 februarie 2022
Acceptat 19 februarie 2022 asemenea, că au activități biologice multiple, inclusiv antioxidante, antibacteriene și antitumorale, făcându-le un accent interesant pentru diferite aplicații biotehnologice în domenii precum biomedicina, bioenergia și cercetarea științifică. În zilele

Disponibil online pe 23 februarie 2022 noastre, principalele surse de PBP sunt cianobacteriile și algele micro și macro din filul Rhodophyta. Datorită activităților biologice diverse ale PBP-urilor, acestea au atras atenția diferitelor industrii, cum ar fi cea alimentară, biomedicală și cosmetică.

Acesta este motivul pentru care au fost generate un număr mare de brevete legate de producerea, extracția, purificarea PBP-urilor și aplicarea acestora ca produse cosmetice, biofarmaceutice sau aplicații de diagnostic, arătând un impact ecologic mai

mic în prerii naturale de macroalge și un timp de cultură mai mic sau o productivitate mai mare în cianobacteriile pentru a satisface piețele și aplicațiile care necesită cantități mari din aceste molecule. În această revizuire, rezumăm principalele
Cuvinte cheie:
caracteristici structurale ale PBP, biosinteza și aplicațiile biotehnologice ale acestora. De asemenea, abordăm tendințele actuale și perspectivele viitoare ale pieței PBP. acestea au atras atenția diferitelor industrii, precum cea alimentară, biomedicală și
PBP-uri

Structura proteinei cosmetică. Acesta este motivul pentru care au fost generate un număr mare de brevete legate de producerea, extracția, purificarea PBP-urilor și aplicarea acestora ca produse cosmetice, biofarmaceutice sau aplicații de diagnostic, arătând un impact

Molecule bioactive ecologic mai mic în prerii naturale de macroalge și un timp de cultură mai mic sau o productivitate mai mare în cianobacteriile pentru a satisface piețele și aplicațiile care necesită cantități mari din aceste molecule. În această revizuire, rezumăm

Biotehnologie principalele caracteristici structurale ale PBP, biosinteza și aplicațiile biotehnologice ale acestora. De asemenea, abordăm tendințele actuale și perspectivele viitoare ale pieței PBP. acestea au atras atenția diferitelor industrii, precum cea alimentară,

biomedicală și cosmetică. Acesta este motivul pentru care au fost generate un număr mare de brevete legate de producerea, extracția, purificarea PBP-urilor și aplicarea acestora ca produse cosmetice, biofarmaceutice sau aplicații de diagnostic, arătând

un impact ecologic mai mic în prerii naturale de macroalge și un timp de cultură mai mic sau o productivitate mai mare în cianobacteriile pentru a satisface piețele și aplicațiile care necesită cantități mari din aceste molecule. În această revizuire,

rezumăm principalele caracteristici structurale ale PBP, biosinteza și aplicațiile biotehnologice ale acestora. De asemenea, abordăm tendințele actuale și perspectivele viitoare ale pieței PBP. purificarea PBP-urilor și aplicarea lor ca produse cosmetice,

biofarmaceutice sau aplicații de diagnostic au fost generate, arătând un impact ecologic mai mic în prerii naturale ale macroalgelor și un timp de cultură mai mic sau o productivitate mai mare în cianobacteriile pentru a satisface piețele și aplicațiile care

necesită cantități mari din aceste molecule. În această revizuire, rezumăm principalele caracteristici structurale ale PBP, biosinteza și aplicațiile biotehnologice ale acestora. De asemenea, abordăm tendințele actuale și perspectivele viitoare ale pieței PBP.

purificarea PBP-urilor și aplicarea lor ca produse cosmetice, biofarmaceutice sau aplicații de diagnostic au fost generate, arătând un impact ecologic mai mic în prerii naturale ale macroalgelor și un timp de cultură mai mic sau o productivitate mai mare în cianobacteriile pentru a

- 2022 Publicat de Elsevier BV în numele Rețelei de Cercetare a Biotehnologiei Computaționale și Structurale.


Acesta este un articol cu acces deschis sub licența CC BY-NC-ND (http://creativecommons.org/
licențe/by-nc-nd/4.0/).

Cuprins

1. Introducere.........................................................................................................................................................................................................................1507
2. Caracteristicile structurale ale PBP.................................................................................................................................................................................................. 1509
2.1.Subunități și heterodimeri (Ab)...................................................................................................................................................................................... 1513
2.2.Trimere(Ab)3........................................................................................................................................................................................................................................................................... 1513
2.3.hexameri (Ab)6.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 1514
2.4.Tije și miez....................................................................................................................................................................................................................... 1514
3. Maturarea ficobiliproteinei.......................................................................................................................................................................................................... 1514
3.1.Biosinteza ficobilinelor..................................................................................................................................................................................................... 1515
3.2.Legarea ficobilinelor de PBP.................................................................................................................................................................................1516
3.3.Alte modificări post-traduce........................................................................................................................................................................... 1516
4. Caracteristicile spectroscopice ale PBP............................................................................................................................................................... 1516
4.1. Ficoeritrina.....................................................................................................................................................................1516
4.2. Ficoeritrocianina...........................................................................................................................................................1517
4.3. Ficocianina.......................................................................................................................................................................1517

⇑Autor corespondent la: Grupo Interdisciplinario de Biotecnología Marina (GIBMAR), Centro de Biotecnología, Universidad de Concepción, Concepción 4030000, Chile..
Adrese de email:jdagnino@udec.cl (J. Dagnino-Leone),cristinapinto@udec.cl (CP Figueroa),alevallejos@udec.cl (ML Castañeda),molatorre@udec.cl (AD Youlton),
andreadonoso@udec.cl (A. Vallejos-Almirall),andagurto@udec.cl (A. Agurto-Muñoz),jpavon@udec.cl (J. Pavón Pérez),cagurto@udec.cl (C. Agurto-Muñoz).

https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.02.016
2001-0370/- 2022 Publicat de Elsevier BV în numele Rețelei de Cercetare a Biotehnologiei Computaționale și Structurale. Acesta este un
articol cu acces deschis sub licența CC BY-NC-ND (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

4.4.Aloficocianina...................................................................................................................................................................................................1518
5. Perspectivele biotehnologice ale PBP............................................................................................................................................................................1518
5.1.Activități biologice................................................................................................................................................................................................1518
5.1.1. Activitate antioxidantă. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1518
5.1.2. Activitate antiinflamatoare. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1520
5.1.3. Activitatea anti-boală metabolică. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1520
5.1.4. Activitate anticanceroasă. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1520
5.1.5. Activitate anti-neurodegenerativă. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1521
5.1.6. Activitate anti-microorganisme. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1521
5.2.Aplicatii biotehnologice...............................................................................................................................................................................1521
5.2.1. Producția de PBP din surse naturale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1521
5.2.2. PBP recombinante. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1521
5.2.3. Extragerea PBP-urilor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1521
5.2.4. Purificarea PBP-urilor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1522
5.2.5. Încapsularea ficoliliproteinelor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1522
5.2.6. Utilizarea biomedicală a PBP-urilor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1522
....
6. Perspective de viitor..........................................................................................................................................................................................................1522
7. Finanțări...............................................................................................................................................................................................................................1523 Declarație de contribuție a
autorului CRedit................................................................................................................................................................................ 1523 Declarație de interese
concurente..................................................................................................................................................................................1523
Referințe..........................................................................................................................................................................................................................1523

1. Introducere prin patru inele pirolice. Are, de asemenea, un ion de magneziu asociat
cu inelele pirolice prin legături covalente coordonate și un lanț de
Cea mai mare sursă de energie de pe planeta noastră vine de la soare hidrocarburi cunoscut sub numele de fitol (Fig. 1A)[5,6]. Toate
sub formă de lumină, sub formă de particule indivizibile numite fotoni. O organismele fotosintetice conțin clorofilăA,întrucât toate au derivat
altă modalitate de a defini lumina este energia electromagnetică, care poate dintr-un strămoș comun[7]. Până în prezent, au fost descrise șase tipuri
fi detectată de ochiul uman la intervale de la 400 nm la 700 nm, aproximativ. diferite de clorofile (a, b, c1, c2, d și f), variind în grupele de radicali
Acest interval este folosit de mai multe organisme pentru a efectua atașate la atomii de carbon din inelul lor de porfirină, rezultând spectre
fotosinteza.[1] diferite de absorbție între diferitele clorofile. . Toate Chl diferite pot
Fotosinteza este un proces biologic de oxid-reducere, în care absorbi eficient energia luminii între 400 și 500 nm și între 650 și 720
energia chimică este obținută din compuși anorganici ca substrat și nm. În ciuda varietății mari de Chls, toți au o absorbție slabă a energiei
energia electromagnetică a luminii, captată cu ajutorul pigmenților luminii cu lungimea de undă în intervalul de la 500 la 650 nm, o zonă de
specializați. Energia captată de acești pigmenți este transformată și gol cunoscută în mod obișnuit sub numele de „Green Gap” (Fig. 1B)[
stocată în diferiți compuși, în principal carbohidrați, ca energie chimică 4,8–10].
[2]. Aproximativ 45% din fotosinteza de pe Pământ se realizează în
Clorofila (Chl), principalul pigment fotosintetic, este asociată cu medii acvatice[7], în principal de microalge. Cu toate acestea, în aceste
complexe multiproteice cunoscute sub numele de centre de reacție ale medii, iradierea și distribuția spectrală a luminii nu sunt uniforme din
fotosistemelor[3,4]. Chl este alcătuit dintr-un inel de porfirină format cauza unei serii de fenomene fizice precum reflexia,

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
Fig. 1. (a)Structura moleculară a clorofileiA. (b)Spectrul de absorbție al clorofileiAdinAgarophyton chilense. (Clorfilă o moleculă creată cu pimol din PDB:5B66. Spectrul de absorbție al Chl
a realizat de autori, date nepublicate).

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

absorbție și împrăștiere[1]. Organisme precum cianobacteriile și algele


În 2020 și 2021, structura ficobilizomilor dePorphyridium
roșii au complexe fotosintetice auxiliare care permit colonizarea unor
purpureum[17],Anabaenasp.PCC 7120șiSinechococsp.PCC 7002[18]au
medii în care energia solară nu este optimă pentru realizarea
fost raportate. Aceste structuri au oferit noi informații despre transferul
fotosintezei. Aceste complexe fac posibilă captarea luminii verzi și
de energie în cadrul acestui complex. PBS din Porphyridium purpureum
galbene (500 nm-600 nm) și apoi transferarea acesteia către moleculele
este compus din peste 860 de molecule de proteine (Fig. 2)și mai mult
Chl, permițând acestor organisme să efectueze fotosinteza și să
de 2000 de cromofori, formând un complex mare cu dimensiuni de
populeze nișe ecologice care nu au putut fi colonizate de organisme
aproximativ 680 Å lățime, 350 Å înălțime și 450 Å adâncime. Masa sa
care au doar clorofila ca lor. pigmentul fotosintetic principal. Printre
estimată a fost raportată a fi aproape de 16,8 MDa[23,24].
aceste sisteme accesorii de colectare a luminii se numără ficobilizomii.

PBP-urile sunt proteine hidrofile fluorescente, caracterizate prin


Ficobilizomul (PBS) este un complex multiproteic, care captează
faptul că au mai mulți cromofori numiți ficobiline atașați de structura
eficient energia luminii în intervalul de lungimi de undă de 450–650 nm,
lor polipeptidică. Ficobilinele constau din tetrapiroli cu lanț deschis
transferând-o într-un mod unidirecțional în structura sa și livrând-o
derivați din grupul hem[25]. Ficobilinele pot avea 64 de izomeri diferiți
moleculelor de Chl prezente în fotosisteme.
care diferă în configurații (Z/E) și conformații [sys (s)/anti (a)][26], dar cei
[11]. Componenta majoră a ficobilizomilor sunt ficobiliproteinele (PBP)
mai comuni izomeri în PBP sunt izomerii ZZZ-ssa și ZZZ-asa[17].
(85%), iar restul de 15% corespund proteinelor linker[12]. PBP-urile sunt
Ficobilinele sunt legate covalent de reziduuri de cisteină specifice și
responsabile pentru captarea și transferul energiei luminoase, iar
foarte conservate, care conferă PBP-urilor caracteristicile lor
linkerii permit asamblarea corectă a PBS și modulează transferul de
spectroscopice. Există patru ficobiline, fiecare prezentând culori
energie[13–18].
diferite: Phycocyanobilin (PCB) este albastru; ficoviolobilina (PVB) este
Experimentele de microscopie electronică au arătat că PBS posedă
violetă, ficoeritroblina (PEB) este roșie și ficourobilina (PUB) este
două substructuri clar definite: tijele și miezul[19–21]. Tijele sunt
galbenă[27]. Fiecare ficobilină posedă un sistem de duble legături
compuse din două sau trei PBP, și anume ficoeritrina (PE) și
conjugate care îi conferă o caracteristică spectroscopică. Această
ficoeritrocianina (PEC), acestea fiind cele mai distale PBP de la miez.
caracteristică depinde de numărul de duble legături conjugate pe care
Tijele sunt, de asemenea, compuse din ficocianină (PC), care este
le posedă fiecare ficobilină, cu cât este mai mare numărul de duble
ficobiliproteina cea mai apropiată de miez. Cu toate acestea, PE și PEC
legături conjugate, cu atât mai mare este deplasarea maximului de
nu fac întotdeauna parte din tijele ficobilizomilor. De exemplu, există
absorbție către roșu. Molecula PCB are nouă legături duble conjugate,
unele specii de cianobacterie, cum ar fiSpirulina platensis,ale căror tije
PVB are opt, PEB are șase și, în sfârșit, PUB are cinci legături duble
au doar linkeri PC și proteine care rămân asociate cu miezul
conjugate[28]. Ficobilinele prezente în PBP sunt responsabile pentru
ficobilizomului[15]. Miezul este format din aloficocianina (APC),
absorbția energiei luminoase în PBS, în intervalul între 500 și 650 nm. (
împreună cu proteinele linker. Acest miez transferă energia captată de
Fig. 3).
tije către clorofila prezentă în membrana tilacoidă[22].
Relația precisă în spectrul de absorbție și emisie al PBP-urilor face ca
acest complex de colectare a luminii să fie unul dintre cele mai eficiente
din natură.[23,32]. Studii recente legate de structura PBS

Fig. 2.Structura dePorphyridium purpureumficobilizom. Pe roz și roz deschis sunt afișate PE. În mov și violet deschis sunt afișate computerul. În turcoaz și turcoaz deschis sunt afișate
APC. (Imagine de ficobilizom creată cu pymol din PDB: 6xwk). (Pentru interpretarea referințelor la culoare din legenda acestei figuri, cititorul este trimis la versiunea web a acestui

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
articol.)

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Fig. 3.Spectrul de absorbție al PBP din rodofite. Spectru PE ref[29]. Spectru PC ref[30]. Ref. spectru APC[31]

au contribuit la explicarea eficienței ridicate a transferului de energie în structuri de proteine arată că PBP-urile sunt compuse din două
acest complex[17–18], aceste studii demonstrează că nu este necesar
doar să se cunoască tipul și numărul de cromofori prezenți în PBS, ci și
organizarea structurală sau arhitectura componentelor sale, deoarece
acestea joacă un rol important. Un alt factor important în transferul de
energie în PBS este geometria și proprietățile spectroscopice ale
cromoforilor, împreună cu mediul proteic.

Toate PBP au o serie de caracteristici structurale și funcționale


foarte asemănătoare. Cunoașterea caracteristicilor structurii PBP, ca
componentă principală a PBS, este de mare relevanță pentru a înțelege
activitățile lor biologice și potențialele utilizări biotehnologice. Mai
multe studii au raportat proprietăți bioactive numeroase ale PBP,
inclusiv activitate antioxidantă, anticanceroasă, antimicrobiană și
antiinflamatoare. Toate aceste proprietăți au contribuit la un interes tot
mai mare pentru PBP în industriile farmaceutice, alimentare și
cosmetice. În acest context, scopul acestui articol este de a oferi o
privire de ansamblu asupra caracteristicilor structurale ale PBP-urilor,
biosinteza lor și proprietățile lor spectroscopice și de a rezuma
aplicațiile biotehnologice ale PBP-urilor sub formă de brevete legate de
extracție, producție, purificare. In cele din urma,

2. Caracteristicile structurale ale PBP

Până în prezent, există șaizeci și una de structuri de ficobiliproteine


depozitate în Banca de date de proteine (PDB). Dintre acestea,
douăsprezece structuri corespund PE; trei sunt din ficoeritrocianină;
treizeci și șase de structuri sunt ficocianine și zece sunt aloficocianine.
Toate aceste structuri au fost obținute prin tehnica difracției cu raze X și
majoritatea aparțin cianobacteriilor și algelor roșii. Toate aceste

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
subunități, constând din două lanțuri polipeptidice cunoscute
caAșib. Aceste subunități prezintă structuri de bază similare, cu 6-8
zone elicoidale separate prin bucle și un pliu asemănător globulinic.
[33]. Din punct de vedere funcțional, fiecare subunitate poate avea
una până la trei molecule de ficobilină atașate la scheletul
polipeptidei în resturi de cisteină foarte conservate (50, 60, 81 și
150), dar reziduul Cys 81 prezintă întotdeauna o ficobilină legată.
[34].Fig. 4prezintă o aliniere structurală a APC (PDB: 6YX7), PC (PDB:
6XWK), PEC (PDB: 2C7L) și PE
(PDB: 1B8D) și cu elementele lor de structură secundară ale fiecărui
PBP. Din această aliniere, restul de cisteină care este întotdeauna
cromoforilat este evidențiat cu verde. Alături de cele de mai sus,
elicele alfa ale fiecăreia dintre subunitățile diferitelor PBP sunt
afișate ca cilindri roșii. Numărul deA- elice ale fiecărei structuri au
fost obținute din informațiile raportate în PDB de către autorii
structurilor cristalografice respective. Alinierea structurală a fost
realizată cu
serverul PDBeFold și vizualizarea aliniamentului a fost realizată cu
Jalview. Selecția structurilor utilizate în această aliniere a fost făcută
pe baza criteriului celei mai bune rezoluții a structurii cristalografice.

Analiza secvențelor de aminoacizi și a structurilor diferitelor


subunități de ficobiliproteine sugerează că acestea provin dintr-un
strămoș comun și că duplicarea genei ancestrale a dat naștere
laAșib subunități ale diferitelor ficobiliproteine
[33]. În ciuda similitudinii reduse a secvențelor subunităților, există
o serie de reziduuri care au rămas neschimbate, deoarece joacă un
rol critic în structura sau funcția ficobiliproteinei, cum ar fi locul de
legare a cromoforului și reziduurile suprafeței de interfață
dintreAșibsubunități [33].
Din punct de vedere fizico-chimic, subunitățile diferitelor
PBP au greutăți moleculare cuprinse între 16.000 și 18.000
Daltoni și cu un punct izoelectric apropiat de 6.A

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Fig. 4.Alinierea structurală aAșibsubunități ale APC, PC, PEC și PE. Reziduul verde arată reziduul de cisteină care este întotdeauna croforilat. (Pentru interpretarea referințelor la culoare
din legenda acestei figuri, cititorul este trimis la versiunea web a acestui articol.)

subunitățile sunt compuse din 161–167 de reziduuri, în timp cebsubunitățile


sunt compuse din 161–177 de reziduuri, în funcție de tipul de ficobiliproteină că valoarea RMSD întreAșibsubunități ale APC este mai mică în
comparație cu celelalte PBP. Identitatea secvenței, asemănarea și
(tabelul 1).
valorile RMSD dintre cele analizateAșibsubunitățile au fost obținute cu
Analiza secvenței aAșibsubunitățile arată o identitate care variază
serverele Lalign și, respectiv, PDBeFold.
între 30% - 40% și date despre aliniamentele structurale între lanțurile
principale ale ambelor subunități, arătând o valoare RMSD mai mică de Din analiza structurilor PBP-urilor prezente în PDB, se poate observa
2 Å (tabelul 1). Deși nivelul de identitate a secvenței dintreAșib că acele PBP care fac parte din tija PBS, PE și PC, au oligomeri de tip
subunitățile PBP-urilor este relativ scăzută, ambele subunități au o hexameric, acesta fiind ansamblul biologic responsabil cu funcția
structură aproape identică (Fig. 4). Poate fi văzut proteinei. (tabelul 1). Pe de altă parte, APC, singurul PBP prezent în
nucleul PBS,

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

tabelul 1
Informații fizico-chimice, compararea secvenței și asamblarea biologică a PBP-urilor prezente în banca de date de proteine (PDB). CB înseamnă cianobacterii, RA înseamnă alge roșii. În aldine sunt
prezentate structura utilizată pentru analiza secvenței și RMSD.

Ficobiliproteină specie Subunitate Reziduuri Molecular Izoelectric % secvență RMSD Biologic cod PDB
Masa (Da) Punct Identitate/amino (A) asamblare
asemănarea acizilor

Fico eritrina Gloeobacter Violaceus A 164 17658.04 6,73 23,7/52,5 2, 18 (Ab)6 2VJH
(CB) b 177 18427,16 7,52
Phormidium rubidum A 164 17643,87 5,84 25/44,5 2,06 (Ab)6 5NB4,5NB3, 5AQD, 5FVB
A09DM (CB) b 184 19336.16 6,57
Agarophyton chilense A 164 17751,88 5.42 27/48,6 2, 13 (Ab)6 1EYX
(RA) b 177 18604.18 5.15
Griffithsia monilis (RA) A 164 17668,86 5,69 24,5/46,8 2, 13 (Ab)6 1B8D
b 177 18481,94 5.10
Palmaria palmata (RA) A 164 17638,79 5.40 24,6/47,6 2, 14 (Ab)6 5B13
b 177 18408,00 5.42
Polysiphonia urceolata A 164 17836.07 5,70 25/50,5 2, 14 (Ab)6 1LIA,1F99
(RA) b 177 18721,38 5.15
Porfiridiu A 164 17805.05 5.42 27,2/51,1 2, 12 (Ab)3 3 V57, 3 V58
cruentum (RA) b 177 18554.18 5.43
Phyco Erythro Mastigocladus A 162 17563,74 6,82 27,5/44,4 2,00 (Ab)3 2C7L,2C7K, 2C7J
cianina laminosus (CB) b 172 18486,95 6,72
Ficocianina Acaryochloris marina A 162 17375,43 5.28 26,9/52,6 2,01 (Ab)3 5 CARE
(CB) b 172 18022.41 4,94
Cyanidium caldarium A 162 17505,66 5,81 27,6/54 1,91 (Ab)6 1PHN
(CB) b 172 18252,74 4,96
Gloeobacter Violaceus A 162 17662,90 7,74 23,7/53,2 2,03 (Ab)6 2VML,2VJR
(CB) b 172 18459,99 5.46
Leptolyngbya sp (CB) A 162 17585,87 5,83 24,6/45 1,78 (Ab)6 4L1E,2UUN
b 172 18066,54 4,80
Microchete A 162 17228,34 6,56 24,6/52,6 1,66 (Ab)6 1CPC
diplosifon (CB) b 172 17920,38 5.10
Phormidium rubidum A 162 17308,34 4,64 24,7/52,2 1,88 (Ab)6 6XWK,2UUL
A09DM (CB) b 172 18124,49 5.35
Pseudanabaena sp A 162 17222,29 5,79 22,9/51,4 1,82 (Ab)6 5TOU
(CB) b 172 17842,27 5.40
Arthrospira platensis A 162 17601,87 5,83 25,7/45,5 1,82 (Ab)6 1HA7,1GH0, 2UUM
(CB) b 172 18093,57 4,96
Sinechococ A 162 17442,70 5.36 27/52,3 1,77 (Ab)6 3L0F,4ZIZ, 4Q70, 5MJP,
elongatus (CB) b 172 18186,67 5.12 5MJM, 5O7M, 4Z8K, 5MJQ,
5UVK, 4H0M, 1JBO
Sinechocystissp.PCC A 162 17586,60 5.35 26,9/49,7 2,07 (Ab)3 4F0T
6803 (CB) b 172 18126,47 4,98
Sinechococul termic A 162 17456,72 5.36 26,4/52,3 1,74 (Ab)3 3O18,3O2C, 1KTP, 4N6S,
vulcanus (CB) b 172 18186,67 5.12 4GY3, 1I7Y, 1ON7, 4GXE
Agarophyton chilense A 162 17576,64 5.15 25,4/53,7 1,90 (Ab)6 2BV8
(RA) b 172 18162,25 4,65
Galdieria Sulphuraria A 162 17506,65 6,57 27,6/54 1,84 (Ab)6 3KVS
(RA) b 172 18224,69 4,96
Polysiphonia urceolata A 162 17569,78 5,81 27,5/56,7 1,85 (Ab)6 1F99
(RA) b 172 18000,54 4,92
Aloficocianina Arthrospira platensis A 161 17220,67 5.07 37/64,2 1,48 (Ab)3 1 TOATE

(CB) b 161 17243,70 7,67


Phormidium rubidum A 161 17475,92 4,85 34,6/62,3 1,53 (Ab)3 4RMP
A09DM (CB) b 161 17408,82 5.15
Gloeobacter Violaceus A 161 17522.09 4,92 38,3/66 1,41 (Ab)3 2VJT
(CB) b 161 17211,69 6.24
Sinechocystissp.PCC AB 161 17923,45 5.44 33,7/60,7 1,53 (Ab)3 4PO5
6803 (CB) b 161 17215,64 5.43
Mastigocladus A 161 17252,63 4,90 38,3/65,4 1,77 (Ab)3 1B33
laminosus (CB) b 161 17373,84 5.45
Sinechococ A 161 17421,76 4,79 38/67,5 1,57 (Ab)3 4F0U
elongatus (CB) b 161 17392,77 5.45
Termosinechococ A 161 17538,96 4,85 39,5/67,9 1,38 (Ab)3 3DBJ,2V8A
vulcanus (CB) b 161 17358,89 5.45
Agarophyton chilense A 161 17519.01 4,90 38,3/63,6 1,42 (Ab)3 5TJF
(RA) b 161 17471,82 5.10
Porphyra yezoensis A 161 17496,96 5.09 35,8/62,3 1,47 (Ab)6 1KN1
(RA) b 161 17443,89 5.45

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Fig. 5.Nivelul structural al PBP-urilor. (a) SubunitateA, (b) subunitateb. (c) heterodimerAb.

Fig. 6.Nivelul structural al PBP-urilor (a) trimer (Ab)3vedere din față. (b) trimer (Ab)3vedere laterală.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

posedă un ansamblu biologic trimeric.tabelul 1arată date din


un heterodimer este de aproximativ 50 Å, o distanță mare care împiedică
ansamblul biologic al PE, PEC, PC și APC din structurile depuse în PDB.
transferul de energie în interiorul heterodimerului.
Zona de interacțiune dintreAșibsubunități este de aproximativ 1400
Å2, format din 35–40 de reziduuri și este stabilizat prin 12–15 legături de
2.1.Subunități și heterodimeri (Ab) hidrogen. Aceste interacțiuni permit formarea unei suprafețe foarte
stabile, care poate fi separată doar în condiții de denaturare.
Componenta de bază a PBP-urilor sunt subunitățile. AmbiiAșib
subunitățile aparțin clasei all-alfa, cu un pliu asemănător globinei și sunt
recunoscute ca parte a PF00502.
2.2.Trimere(Ab)3
Analiza diferitelor structuri obținute prin difracția cu raze X a
heterodimerilor PBP arată căA(Fig. 5A)șibsubunități (Fig. 5B)stabilizați
reciproc formând oAbheterodimer (Fig. 5 Heterodimerii sunt aranjați simetric în jurul unei axe centrale (Fig. 6
A),formând (Ab)3trimeri. Trimerii prezintă o structură discoidală de 120
C).Distanța aproximativă dintre cromoforii din interior
Å în diametru, 30 Å în grosime și o gaură centrală de

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
Fig. 7.Nivelul structural al PBP-urilor. (a) trimeri (Ab)3 față în față, (b) hexamer(Ab)6vedere laterală. (c) hexamer(Ab)6vedere din față.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

aproximativ 10 Å în diametru[13–14,25]. În cadrul unui trimer, distanța amer de la un trimer la altul folosind cromoforiiAsubunități care
dintre cromoforii a doi heterodimeri adiacenți este aproape de 20 Å, formează suprafața de legare.
permițând transferul de energie întreAșib subunități. Această Hexamerii și trimerii PBP-urilor asociază și formează structuri
caracteristică face din trimeri unitatea funcțională minimă a PBP și funcționale PBS, cum ar fi tija și miezul[13,25,44].
unitatea biologică a APC. (Ab)3trimerii au o curbură, unde suprafața
concavă este numită față și suprafața convexă este numită înapoi (Fig. 6
B).În cazul APC, trimerul este ansamblul său biologic funcțional. 2.4.Tije și miez
Structura trimerică a APC este sensibilă la temperatură și denaturanții
chimici, care îi modifică spectrul de absorbție și emisie. Cu toate Tijele PBS sunt structuri în formă de cilindru compuse din mai mulți
acestea, ambele spectre revin la starea nativă după îndepărtarea hexameri de PE sau pentru a forma acești cilindri, hexamerii interacționează
perturbatorului[35–37]. Împreună cu cele de mai sus, spectrul observat spate în spate folosindbsubunități pentru a forma suprafața de interacțiune
în condiții de denaturare corespunde cu cel alAbheterodimer, care nu PC (Fig. 8).
este afectat în condițiile testate[35]. Când se analizează suprafețele de Miezul PBS este format din trei cilindri, fiecare fiind format din trei
contact și interacțiunile care stabilizează structura trimerică a APC, o trimeri APC. Cilindrii care sunt în contact cu membrana au oA
zonă medie de 500 Å2cu 8 legături de hidrogen și 2 punți de sare de subunitatea înlocuită cu ApcD și absubunitatea înlocuită cu ApcF. O
contact între fiecare pereche de heterodimeri pot fi observate[38]. secundaAunitatea este înlocuită cu domeniul globular (domeniul PB) al
nucleului-membrană Linker (ApcE) [18,45]. Domeniile ApcD, ApcF și PB
sunt esențiale pentru transferul de energie către sistemele foto[46–49]

Ambele structuri, tije și miez, sunt esențiale pentru funcția de


2.3.hexameri (Ab)6 transfer de energie către fotosisteme, deoarece permit poziționarea în
spațiu a cromoforilor prezenți în fiecare dintre subunitățile care
Trimere (Ab)3asociați față în față (Fig. 7A)a forma hexameri (Ab)6(Fig. alcătuiesc aceste elemente PBS.
7b și c),acestea fiind unitatea biologică funcțională a PBP-urilor, cu
excepția APC[39–42]. În asocierea față în față a celor doi trimeri, un
trimer este rotit cu aproximativ 30 de grade față de celălalt[43]. 3. Maturarea ficobiliproteinelor
Suprafața de contact care permite formarea hexamerilor este
stabilizată prin interacțiunile dintre reziduurileAsubunități ale fiecărui Pentru a obține un PBP complet funcțional, sunt necesare două
trimer[43]. Distanța cromoforilor inter-trimerici într-un hexamer este de procese independente. Prima corespunde biosintezei bilinelor, iar a
aproximativ 25 Å. Studii teoretice bazate pe structuri[17–18]și modele doua etapă corespunde unui proces de modificări post-translaționale
moleculare[21]dintre PBP propun transferuri de energie într-un care permit cromoforilor să se lege covalent la scheletul polipeptidic al
hexagonal PBP-urilor.

Fig. 8.Tija PBS. In albastruAsubunități. de PC. În violetbsubunități ale PC-ului. În magentaAsubunități ale PE. În fucsiabsubunități ale PE. În molecule verzi de PCB și PEB. Figura realizată cu pymol folosind
P. PurpureumStructura PBS (PDB id: 6KGX).

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Fig. 9.Biosinteza ficobilinelor. Reprezentările 2D se bazează pe orientarea spațială 3D experimentală a ficobilinelor.

3.1.Biosinteza ficobilinelor oxigenaza 1 (HO1)[51](Fig. 7A).BV IXAacționează ca substrat pentru


biosinteza PCB și PEB. Biosinteza PCB este mediată de enzima
Ficobilinele sunt responsabile de proprietățile spectroscopice ale dependentă de ferredoxină ficocianobilină: ferredoxin oxidoreductaza
PBP și înțelegerea modului în care aceste molecule sunt sintetizate este (PcyA). PCyA catalizează un BV IXAreacție de reducere în două etape,
importantă în contextul potențialelor aplicații biotehnologice ale PBP. începând cu sinteza 18, 18-Dihidrobiliverdinei (18–18 DHVB) și ulterior
Patru tipuri de biline sunt prezente în algele roșii și în PBP-urile 3Z-PCB[51] (Fig. 7B).Pe de altă parte, PVB este sintetizat după
cianobacteriene; și anume ficocianobilină (PCB), o bilină de culoare izomerizarea PCB mediată de enzima [C-ficocianinaA- subunitate]:
albastră cu absorbție maximă la 620 nm; ficoviolobilină (PVB), care Ficourobilin liaza/izomeraza (RpcG) sau prin acțiunea ficoeritrocianinei
prezintă o culoare violet cu o absorbție maximă de 561 nm; liaza/izomeraza heterodimerică (PecE/F) [52–53](Fig. 7C).În cele din
ficoeritrobilină (PEB), care are o culoare roșiatică și are absorbția urmă, biosinteza PEB începe cu BV IXAca precursor, care suferă o
maximă la 560 nm și ficourobilin (PUB), cu o culoare gălbuie și modificare prin acţiunea enzimei 15, 16-dihidrobiliverdină: ferredoxin
absorbție maximă la 495 nm[32,50]. Principalul precursor al oxidoreductaza (PebA), formând 15, 16-dihidrobiliverdină IXa (15, 16-
ficobilinelor este Biliverdin IXA(BV IXA), care la rândul său este DHBV). sub-
produsul rezultat al acțiunii enzimei hem

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

în consecință, 15,16-DHBV este transformat prin acțiunea enzimei


responsabil de legarea moleculelor PUB dublu legate de CpeB în
Phycoerythrobilin:ferredoxin oxidoreductaza (PebB) în 3Z-PEB
Sinechococ.[61].
[51]. O altă cale pentru biosinteza PEB a fost raportată de Dammeyer și
colaboratori[54], care se bazează pe acțiunea enzimei ficoeritrobilin Familia CpcS/CpcU este responsabilă pentru legarea PCB-urilor la
resturile de cisteină 81 aleA,b,AGrupb18 subunități de aloficocianină,b
sintetazei (PebS). Această enzimă folosește și BV IXAca substrat,
subunitatea ficocianinei și legarea PEB înA
combinând acțiunea PebA și PebB într-o singură etapă pentru a forma
PEB (Fig. 7D). șibsubunități ale PE. Interesant, liaza CpcS/U nu leagă PCB-urile de
ficocianinaAsubunitate[62–63].
PUB este derivat dintr-o modificare PEB prin izomerizare mediată de
ficoeritrocianin liază/izomerază (PecE/F) după legarea la apoproteină În cele din urmă, familia T diferă de celelalte deoarece sunt enzime
monomerice. S-a raportat că aceste enzime sunt responsabile pentru
[55](Fig. 7E).Fig. 7prezintă o vedere schematică a biosintezei acestor
legarea PCB și PEB la restul de cisteină 153 albsubunitatea ficocianinei
ficobiline și a orientării lor spațiale, obținute prin difracția cu raze X.
și ficoeritrocianinei[52]. Studii recente asupra liaza CpeT sugerează că
această enzimă ar putea fi responsabilă pentru legarea PEB la
reziduurile 155 de PE[64].masa 2 prezintă un rezumat al enzimelor lază
și al activității lor asupra PBP.
3.2.Legarea ficobilinelor de PBP Majoritatea datelor referitoare la bilin liazele sunt păstrate și
ordonate într-o bază de date Cyanolyase[58].
Legarea cromoforului la PBP constă în modificări post-translaționale
mediate de enzime lază specifice. Până în prezent, au fost descrise 3.3.Alte modificări post-traduce
patru tipuri de bilin-liaze, inclusiv de tip E/F, de tip S/U, de tip T și de
tip Y/Z[55–56]. Aceste enzime lază diferite prezintă specificitate atât Theb-lanțul de PBP are o metilare la reziduul de asparagină 72,
pentru cromofor, cât și pentru restul de legare în fiecare subunitate a această modificare este realizată de enzima CpcM. Funcția acestei
ficobiliproteinei corespunzătoare. schimbări este de a crește eficiența transferului de energie în cadrul
[57]. Aceste enzime asigură legarea bilinei corecte la reziduul de PBS și de a preveni fotoinhibarea[65]. Interesant, enzima CpcM se
cisteină corespunzător cu stereochimia corectă. În acest fel, unul sau modifică doarbsubunități și nuAsubunități, în ciuda secvenței și
două dintre inelele pirolice de la capete sunt legate prin legături structurii lor similare.
tioester de resturile de cisteină[34].
Până în prezent, au fost descrise peste 1500 de bilin-liaze, toate 4. Caracteristicile spectroscopice ale PBP
aparținând cianobacteriilor. Unele dintre ele au fost deja caracterizate
la niveluri funcționale. Majoritatea bilin-liazelor cianobacteriilor PBP-urile au fost clasificate în grupuri mari în funcție de culoare,
corespund enzimelor heterodimerice compuse din două subunități evidențiind patru tipuri: ficoeritrina (PE), ficoeritrocianina (PEC),
diferite care, împreună, posedă activitate de liază. Fiecare dintre aceste ficocianina (PC) și aloficocianina (APC). Acestea, la rândul lor, au fost
subunități, individual, nu are activitate. Trei familii de enzime lază au subclasificate în funcție de sursa lor de origine, și anume C, R și B, din
fost descrise până în prezent (familiile E/F; CpcS/CpcU și T) pe baza cianobacterii, algele Rhodophyta sau, respectiv, algele din ordinul
studiilor filogenetice, structurale și biochimice, pe baza substraturilor bangiales. Maximele de absorbție a energiei vizibile ale maximelor de
lor respective și a activităților lor enzimatice.[58]. emisie de fluorescență respective sunt 576 nm în PE, 641 nm în PC și
Familia E/F este formată din liazele heterodimerice, CpcE/F liaza fiind 661 nm în APC[13,25,44], permițând o cuplare spectrală foarte precisă
prima descrisă în 1992.[59]. Această liază leagă molecula PCB de restul
[66]. Aceste caracteristici spectroscopice de absorbție și emisie de PBP
de cisteină 84 al ficocianineiAsubunitate. Un alt membru interesant al permit un transfer de energie foarte eficient în PBS.
acestei familii este liaza PecE/F. Această enzimă are două activități, o
activitate izomerazică, capabilă să transforme PCB în PVB sau PEB în
PUB și o a doua activitate constând în legarea acestora deAsubunitatea
4.1.Ficoeritrina
ficocianinei sau ficoeritrocianinei[52]. Kronfel și colaboratorii au
raportat că un membru al familiei EF poate lega PEB la reziduurile Cys
Ficoeritrinele (PE) au o culoare roz intens și cea mai mare diversitate
48/59 de PEb subunitate[60]. Un studiu recent arată că MpeV liaza-
de cromofori dintre PBP. Alături de acestea, PE se caracterizează printr-
izomeraza este
un randament cuantic ridicat, mai mare de 0,9[67]. PE este

masa 2
Specificitatea substratului familiei bilin-lazelor. PCB = ficocianobilină. PVB = Phycoviolobilin. PEB = Ficoeritrobilină. PUB = Phycourobilin.

Familia Lyase Bilin Gene Subunitate de legare Rezidu de legare


E/F PCB rpcA PC-A Cys-84
pecA PEC-A Cys-84
PVB pecA PEC-A Cys-84
RpcA PC-A Cys-84
PUB pecA PEC-A Cys-84
S/U PCB apcA APC-A Cys-81
apcB APC-b Cys-81
apcD APC-AB Cys-81
apcF APC-b18 Cys-81
cpcB PC-b Cys-81
rpcB PC-b Cys-81
pecB PEC-b Cys-81
PEB cpeA PE-A Cys-81
cpeB PE-b Cys-81
T PCB cpcB PC-b Cys-153
pecB PEC-b Cys-153
PEB cpeB PE-b Cys-153

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
cpcB PC-b Cys-153

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

situat în partea distală a tijelor PBS[17,24–25]. TheAsubunitatea PE este fost recunoscut până în prezent; PC prezent în algele roșii și
codificată de gena cpeA șibsubunitatea de către gena cpeB[14]. Au fost cianobacteriile, a căror expresie este constitutivă și provin din produșii
raportate trei tipuri de PE în cianobacterii sau alge. C-PE este subdivizat genelor cpcA și cpcB, corespunzătoareAșibrespectiv subunități ale
în C-PE-I și C-PE-II, R-PE și B-PE. Ele diferă în funcție de numărul și ficocianinei. Al doilea tip de ficocianine sunt cele prezente numai în
tipul de cromofori pe care i-au atașat. cianobacterii și au caracter inductibil printr-un sistem de adaptare
cromatică. Acestea sunt produsul genelor cpcA2 și cpcB2[72].
Tipul I (C-PE-I) conține 5 molecule PEB legate la reziduuriA-
84,A-140 sau 143,b-84 sau 82,b-50 saub-61, șib-155 sau 159. C-PE-II PC-ul este, de asemenea, clasificat în funcție de proprietățile lor spectroscopice
are 5 molecule PEB situate în aceleași poziții ca și C-PE-I și are o [69]. C-PC, prezent în majoritatea cianobacteriilor, are molecule de PCB
moleculă PUB legată deA-75 cisteină. R-PE are 4 molecule PEB atașate la atașate la reziduurile de cisteină la poziția 84 înAsubunitatea și
reziduuriA-84,A-140,b-84 șib-155 și o moleculă de PUB legată de cisteinele 84 și 155 alebsubunitate. Spectrul său de absorbție arată un
reziduurib-50 șib-61 respectiv. În cazul algelor roșii, B-PE are 5 maxim de absorbție unic la 620 nm și un maxim de emisie la 640 nm
molecule de PEB, 2 înAsubunitatea și 3 înbsubunitate în reziduuriA-84,A- [25,50]. R-PC are atașați diferiți cromofori, în funcție de originea
140,b- 84,b-155 șib-50 /b-61. ficobiliproteinei: R-PC-I este cel mai abundent, prezent în algele roșii și
a fost primul care a fost caracterizat spectroscopic. Această proteină
Spectroscopic, C-PE, B-PE și R-PE diferă prin numărul maxim de are o moleculă de PCB atașată la resturile Cis -84 aleAșibsubunitatea și
absorbție. C-PE prezintă doar un maxim de absorbție la 542 nm, în timp o moleculă de PEB atașată la reziduul Cys-155 albsubunitate. Spectrul
ce spectrele de absorbție R-PE și B-PE arată două maxime de absorbție; de absorbție al acestui tip de PC prezintă două maxime de absorbție,
cea mai mare la 566 nm, urmată de alta la 545 nm, corespunzătoare primul în mai puțin de 555 nm, atribuibil unei molecule de PEB și un al
moleculelor PEB și al treilea maxim de absorbanță mai scăzută la 495 doilea maxim mai mare, asociat cu moleculele PCB, la 619 nm. Această
nm, corespunzătoare moleculelor PUB prezente exclusiv înb proteină are o emisie maximă de 640 nm [25,73].
subunitatea R-PE. Emisia de fluorescență în diferitele tipuri de PE nu
prezintă diferențe mari cu o valoare maximă de emisie la 575 nm[68–
70].Tabelul 3prezintă un rezumat al caracteristicilor spectroscopice R-PC-II a fost primul PC cianobacterian raportat că posedă o
raportate pentru diferite PE. moleculă de PEB. Acest tip de ficocianină are o moleculă de PEB legată
de cisteina 84 înAsubunitatea, în timp cebsubunitatea are o moleculă
de PCB legată de cisteina 84 și o moleculă de PEB de cisteina 155.
4.2.Ficoeritrocianina Spectrul său de absorbție prezintă trei vârfuri la 533, 545 și 615 nm.
Emisia sa de fluorescență este de 646 nm[25,50].
Ficoeritrocianina (PEC) este, până în prezent, singura ficobiliproteină R-PC-III are două molecule de PCB și un PEB, dar spre deosebire de
prezentă exclusiv în cianobacterii. Este o ficobiliproteină de culoare R-PC-I și R-PC-II, moleculele de PCB sunt ambele la resturile 84 și 153
violet-albăstruie, cu o moleculă de PVB la reziduul 84 al alebsubunitatea și molecula de PEB la restul 84 alAsubunitate. Are
Asubunitatea și două molecule de PCB la resturile 84 și 153 aleb două maxime de absorbție, pornit la 560 nm și al doilea de mai puțină
subunitate[68]. Una dintre principalele caracteristici ale intensitate la 603 nm. Maximul de emisie a acestei ficocianine este la
ficoeritrocianinei este că abundența sa este strâns legată de 648 nm[50].
intensitatea și tipul luminii în timpul creșterii sale, crescând semnificativ R-PC-IV diferă de alte tipuri prin faptul că are o moleculă PUB
în condiții de lumină slabă cu lumină verde.[71]. Prezența lor în PBS nu atașată la restul 84 alAsubunitatea și două molecule de PCB la resturile
este exclusivă PE, deși pot absorbi zone similare din spectrul luminii 84 și 155 alebsubunitate. Spectrul său de absorbție prezintă două
vizibile.[68]. Absorbanța maximă a ficoeritrocianinei este la 570 nm cu maxime, unul la 490 nm și celălalt la 592 nm. Maximul de emisie a
un umăr la 590 nm. Emisia sa de fluorescență are maximul la 625 nm acestei proteine este la 644 nm[25].
[68].Tabelul 4prezintă caracteristicile spectroscopice ficoeritocianina. În 2009, Blot și colaboratorii. a descris un al cincilea tip de
ficocianină, R-PC-V. Această proteină este caracterizată prin faptul că
are trei tipuri diferite de cromofori PUB la reziduul 84 alAsubunitate, o
moleculă PCB la restul 82 și o moleculă PEB la restul 153 albsubunitate.
4.3.Ficocianina

Ficocianina (PC), o proteină intensă, de culoare albastră, se găsește în


R-PC-V are trei maxime de absorbție, la 495 nm, 540 nm și 590 nm.
partea proximală a tijelor PBS. Spre deosebire de PE, PC este întotdeauna Emisie de fluorescență la 640 nm[52].Tabelul 5arată a
prezent în cianobacteriile și algele roșii PC. Două tipuri de ficocianine au

Tabelul 3
Proprietăți spectroscopice ale diferitelor ficoeritrine. PEB = Ficoeritrobilină. PUB = Phycourobilin.

Proteină Rezidu de legare kAbsMax(nm) kEmMax(nm)


CysA-75* CysA-84 CysA-143 Cysb-[50 61] Cysb-84 Cysb-155
C-PE C-PE I PEB PEB PEB PEB PEB 565 575
C-PE II PUB PEB PEB PUB PEB PEB 565 575
R-PE PEB PEB PUB PEB PEB 495, 545, 566 574
B-PE PEB PEB PEB PEB PEB 545, 565 576

Tabelul 4
Proprietăți spectroscopice ale diferitelor ficoeritrocianine. PCB = ficocianobilină. PVB = Phycoviolobilin.

Proteină Rezidu de legare kAbsMax(nm) kEmMax(nm)


CysA-84 Cysb-84 Cysb-155
PEC PVB PCB PCB 570 625

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

rezumatul proprietăților spectroscopice ale diferitelor ficocianine. cobilizom la fotosistemul I și respectiv fotosistemul II [48,49,77–78].
Tabelul 6prezintă un rezumat al proprietăților spectroscopice ale
diferitelor tipuri de trimeri aloficocianinei.
4.4.Aloficocianina Pe scurt, informațiile analizate arată că diferitele PBP au o serie de
caracteristici generale, cum ar fi structura și funcția lor. Prezența
Aloficocianina (APC) are o culoare turcoaz strălucitoare și se găsește acestor proteine în contextul PBS a permis diferitelor organisme să se
exclusiv ca parte a miezului PBS. Spectroscopic, este cea mai simplă poată popula și să supraviețuiască în condiții de mediu nefavorabile,
ficobiliproteină, deoarece are doar o moleculă de PCB la reziduul 81 alA oferind un avantaj speciilor care le posedă. Cu toate acestea, PBP-urile
șibsubunitate. Unitatea biologică a aloficocianinei este trimerică. APC au arătat mai multe activități decât captarea energiei. De exemplu, în
diferă de alte PBP deoarece are 2 gene de codificare pentruA cazurile de privare de azot, PBP-urile sunt folosite ca sursă de azot,
subunitatea, numită apcA și apcD, ale cărei produse genice sunt permițând sinteza altor proteine.[79]. Trunchierea PBS în Sinechocystis
cunoscute caAsubunitatea șiABrespectiv subunitate. Are, de asemenea, sp.PCC 6803prezintă alterare în utilizarea și reglarea fierului și
2 gene de codificare pentrubsubunitatea, numită apcB și apcF, bicarbonatului, are implicații și în profilul proteomic și funcțiile asociate
responsabilă pentrubșib[18]respectiv subunități. Atât ApcD, cât și ApcF membranei celulare[80–81]. ceea ce sugerează că PBS și PBP au mai
au o abundență mai mică și îl înlocuiesc peAșibsubunități în diferiți multe funcții decât să fie doar un complex ușor de recoltare
trimeri care formează miezul ficobilizomului.
S-a demonstrat din secvențierea completă a genomului
cloroplastidian alGracilaria avetistipiatatavar liui[74], Agarophyton Următoarea secțiune analizează multiple aplicații industriale ale PBP
chilense[75], șiGloeobacter violaceus[76], că genele aloficocianinei sunt asociate cu procesele sale biotehnologice.
codificate în clusterul apcEABC, cu toate acestea, genele apcD și apcF
sunt situate izolate în diferite zone ale genomului cloroplastidului[74].
5. Perspectivele biotehnologice ale PBP
Trimeri compuse numai deAșibpentru om (Ab)3complex, care sunt
cei mai comuni trimeri și au o absorbție maximă de 650 nm și o emisie PBP-urile au proprietăți biologice importante pentru oameni și
de fluorescență maximă de 660 nm. S-a raportat un trimer aloficocianin animale care motivează dezvoltarea de noi produse și procese
(Ab)3care include, de asemenea, o proteină linker cunoscută ca linker biotehnologice[82–83]. Recent, mai multe studii au raportat
core (Lc) de 8,9 kDa, prezența acestei proteine produce o modificare bioactivitățile PBP, care pot fi rezumate în microorganisme
spectroscopică în 2 nm în maximul de absorbție și 2 nm în maximul antioxidante, anti-inflamatorii, anti-metabolice, anti-cancer, anti-
emisiei[25]. neurodegenerative și anti-patogene. Detaliile diferitelor activități
biologice ale PBP-urilor sunt revizuite pe larg în lucrările anterioare[84–
Înlocuirea unuiAsubunitatea de cătreAsubunitatea B într-un trimer ( 88]. În această secțiune vom vedea pe scurt activitățile biologice ale
ABA2b3) prezintă proprietăți spectroscopice care diferă de trimer (Ab)3, PBP-urilor prezente în publicațiile din ultimii doi ani (Tabelul 8).
cu o schimbare a maximelor de absorbție la 654 nm și a maximelor de
emisie la 679 nm[22,25].
Trimerele care aub[18]subunitatea diferă de altele deoarece, pe 5.1.Activități biologice
lângă înlocuirea unuibsubunitate, are loc o schimbare a unui
Asubunitate pentru domeniul PB la linkerul miez-membrană (Lcm)
5.1.1. Activitate antioxidantă
[22]formând o (A2 Lcmb2b18) trimer. Theb[18]subunitatea se distinge și
Stresul oxidativ celular poate fi prevenit prin PBP, în special prin PC (
de altele prin dimensiunea sa, deoarece este formată din 169 de
Tabelul 8). PC poate inhiba activitatea oxidativă a diverșilor radicali,
reziduuri, spre deosebire de celelalte trei subunități de aloficocianină cum ar fi peroxil, hidroxil și superoxid, inhibând peroxidarea lipidelor
care sunt formate din 161 de reziduuri. Acest tip de trimer are un
[89–90]. Împreună cu cele de mai sus, PC poate inhiba acțiunea
maxim de absorbție la 654 nm și un maxim de emisie la 670 nm[25].
radicalilor peroxinitrit, reducând astfel deteriorarea ADN-ului[91].
Absența luiABșib[18]subunitățile din cianobacterii a demonstrat că
Recent, activitatea antioxidantă a C-PC a fost raportată în diferite
scad eficiența transferului de energie din domenii de aplicare, în ceea ce privește reducerea oxidativului hepatic acut.

Tabelul 5
Proprietăți spectroscopice ale diferitelor ficocianine. PCB = ficocianobilină. PEB = Ficoeritrobilină. PUB = Phycourobilin.

Proteină Rezidu de legare kAbsMax(nm) kEmMax(nm)


CysA-84 Cysb-84 Cysb-155
C-PC PCB PCB PCB 620 640
R-PC R-PC-I PCB PCB PEB 555, 619 640
R-PC-II PEB PCB PEB 533, 545, 615 646
R-PC-III PEB PCB PCB 560, 603 648
R-PC-IV PUB PCB PCB 490, 592 644
R-PC-V PUB PCB PEB 495, 540, 590 640

Tabelul 6
Proprietăți spectroscopice ale diferitelor aloficocianine. PCB = ficocianobilină.

Trimer Rezidu de legare kA max (nm) kE max (nm)


CysA-84 Cysb-84
(Ab)3 PCB PCB 651 660
(Ab)3+ Lc PCB PCB 653 662
A B A 2b 3 PCB PCB 654 679
A2b2b18+ Lcm PCB PCB 654 670

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Tabelul 8
Efectul biologic al PBP și aplicarea sa propusă. Studii raportate între 2019 și 2021.

PBP
Activitate biologică Sursa de PBP / Efect biologic Cererea propusă Referinţă

PC Antioxidant Acțiune nefro-protectoare asupra leziunilor renale acute [93]


Arthrospira maxima /PCB previne alterarea markerilor de stres
oxidativ, a enzimelor antioxidante și a activităților caspazei 9 cauzate de mercur
Spirulinasp. / Atenuarea daunelor de stres oxidativ induse de radiații în ficat Efect protector asupra leziunilor hepatice induse de raze [92]
prin activarea căii de semnalizare Nrf2/HO-1 și reducerea daunelor ADN. X

Spirulinasp. / Suplimentarea alimentară reduce stresul oxidativ din ficat și Diminuarea riscului de patologii legate de [115]
rinichi indus de o dietă îmbogățită cu peroxizi lipidici la șobolanii din tulpina stresul oxidativ din cauza consumului mare de
Wistar. ulei oxidant.
Spirulinasp. / Livrare prelungită de PC, încapsulat în poli(etilen glicol)-b- Atenuarea leziunii insulelor pancreatice induse [116]
(poli(acid l-glutamic)-g-polietilenimină nano-purtător, prin injecție de ischemie hepatică/reperfuzie.
subcutanată abdominală la șobolani.
Phormidium versicolor /Previne creșterea indusă de cadmiu a nivelurilor de Acțiune de prevenire a hepatotoxicității cauzate de [117]
ALAT, ASAT și bilirubină la șobolani. Creșterea nivelului de enzime cadmiu.
antioxidante.
Antiinflamator Spirulinasp. / Inhibă denaturarea albuminei, anti-proteinaza, hemoliza Dezvoltare potențială de medicamente. [95]
indusă de hipotonicitate și activitățile anti-lipoxigenază. Spirulina
platensis /Reduceți frecvența micțiunii și inflamația vezicii urinare la Contramăsuri pentru chimioterapia anticanceroasă [118]
șoarecii cu cistită indusă de ciclofosfamidă prin inhibarea receptorului a cistitei induse de ciclofosfamidă
COX-2 și a prostaglandinei E 4.
Spirulina platensis /Inhibă expresia COX-2 în timpul terapiei cu radiații a Reducerea contramăsurilor prin tratamentul C-PC în [94]
liniilor celulare de cancer de colon și în celulele colonice normale. Spirulina timpul radioterapiei pentru cancerul de colon.
platensis /Atenuează fibroza pulmonară prin inhibarea producției de Tratamentul fibrozei pulmonare idiopatice [119]
interleukină-1 beta, factor de necroză tumorală-Ași lipopolizaharidă.
Crește diversitatea bacteriană intestinală, bogăția și reduce bacteriile
proinflamatorii.
PC Anti-metabolic Arthrospira platensis /Peptidele triptice APC și C-PC inhibă activitatea enzimei Nutraceutice sau alimente funcționale [98]
boli DPP-IVin vitro,prin urmare, acționând ca peptide hipoglicemiante. Spirulina pentru gestionarea diabetului de tip 2.
platensis /Reduce acumularea de lipide în celulele L02 de steatoză și în ficatul Nutraceutice și terapeutice ale bolii hepatice grase [45]
șoarecilor NASH. Îmbunătățește capacitatea antioxidantă a ficatului prin nealcoolice.
activarea căii AMPK a hepatocitelor.
Spirulina platensis /InhibaA-amilaza sib-activitatea enzimelor Dezvoltarea potențială de medicamente pentru tratamentul [95]
glucozidazei. diabetului de tip 2.

Anti-cancer Limnothrixsp. / Reglează atât genele anti- și pro-apoptotice prin creșterea Tratamentul celulelor canceroase de prostată [102]
nivelurilor de Bax, Apaf-1 și activează caspaza-8, caspaza-9 și caspaza-3. (LNCaP) cu reducerea agenților chimioterapeutici
Scăderea expresiei Bcl-2, Mcl-1 și survivin. În combinație cu Topotecan, convenționali, cum ar fi Topotecan.
crește expresia receptorului morții FAS și a scindat PARP.

Spirulina platensis /Efect anti-proliferativ împotriva liniilor celulare HepG-2. Dezvoltarea potențială de medicamente pentru tratamentul [95]
Limnothrixsp. KNUA002 / Utilizarea PC-ului înainte de chimioterapia cancerului. Protecția PC a celulelor împotriva citotoxicității [120]
anticancer cu cisplatină inhibă apoptoza și funcția mitocondrială protejată induse de cisplatină ca terapie anti-cancer
prin prevenirea acumulării de ROS în institutul urechii House-Organ of Corti contramăsura
1cells tratat cu cisplatină. Menține nivelurile de Bax și Bcl-2 aproape de
controlul netratat.
Spirulinasp. / Ameliorează leziunile intestinale induse de radiații și reglează Contramăsuri pentru sindromul [121]
efectul asupra microbiotei intestinale de către TLR4/Myd88/NF-jcalea B gastrointestinal indus de radiații
Spirulina platensis /Amestecul clorofilină-PC plus iradierea cu laser cu diodă a Terapia fotodinamică antimicrobiană pentru [112]
redus biofilmul cariogen ex-vivo alStreptococcus mutansprin creșterea tratamentul cariilor ca abordare auxiliară
generației sale de ROS.
PC Anti-cancer Spirulinasp. / Induce apoptoza, a suprimat creșterea celulelor NSCLC prin Tratamentul cancerului pulmonar fără celule mici. [104]
reglarea în jos a TIRAP/NF-jActivitatea B
Spirulina platensis /Funcția anti-proliferativă și anti-migratorie prin reducerea Tratamentul cancerului pulmonar fără celule mici. [105]
RIPK1/NF-jActivitatea B în celulele NSCLC.
Spirulina platensis /Anti-proliferarea carcinomului esofagian cu celule Tratamentul carcinomului spinocelular esofagian [122]
scuamoase prin oprirea ciclului celular, apoptoza de inducție și capacitatea de
invazie de suprimare. Creșterea proteinei Bax, PARP și clivată-caspază-3, dar
a redus expresia ciclinei D1, CDK4, Bcl-2, MMP-2 și MMP-9. Spirulinasp. /

Nanoparticulele C-PC/CMC-CD59sp reglează în sus expresia p21 și apoi Nou sistem de administrare a medicamentelor cu efecte [123]
reglează în jos expresiile Ciclinei D1 și CDK4 la șoarecii nuzi BALB/c. Reglează antitumorale care conține C-PC ca moleculă bioactivă principală.
în sus expresia scindării caspazei-3, reglează în jos expresia bcl-2 și inhibă
expresia proteinei MMP-2.

Spirulina platensisLEB 52 / În fenotipul de rezistență la medicamente multiple Tratamentul fenotipului de rezistență la medicamente [124]
al celulelor eritroleucemice, C-PC modulează expresia COX2 și ABCB1 pentru multiple (MDR) al celulelor eritroleucemice.
celulele K562-Lucena într-o manieră dependentă de ROS și expresia ALOX5
pentru celulele FEPS într-o manieră independentă de ROS. Galdieria
sulphuraria /Extractul apos care conține C-PC are activitate antioxidantă și Candidat anticancer pentru tratamente terapeutice [125]
exercită activitate citotoxică în celulele adenocarcinomului uman A549.

anti-neuro- Spirulina platensis /PCB reduce leziunile cerebrale în celulele neuronale PC12 după PCB ca alternativă farmacologică terapeutică pentru [126]
degenerative ischemia cerebrală focală indusă de endotelină-1 la șobolanii Wistar. PCB a restabilit pacienții cu AVC ischemic.
nivelul de expresie a proteinei de bază a mielinei și a enzimei CNPază la șobolanii
ischemici.
Spirulinasp. / Previne activitatea de creștere indusă de streptozotocină a Agent terapeutic în gestionarea bolii Alzheimer [110]
colinesterazelor hipocampale, BAX și a nivelurilor de BCL-2 și ChAT.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
(continuare pe pagina următoare)

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Tabelul 8 (a continuat)

PBP Activitate biologică Sursa de PBP / Efect biologic Cererea propusă Referinţă

De asemenea, atenuează neuro-inflamația și semnalizarea disfuncțională a


insulinei. Spirulinasp. / Inhibă A53TA-sinucleina si Abformarea fibrilelor Dezvoltarea de terapii pentru prevenirea [109]
40/42, dar nu inhibă agregarea amorfa indusă de reducere a ADH și bolii Alzheimer și/sau Parkinson.
agregarea catalazei indusă de căldură.
anti-micro- Spirulinasp. / PCB inhibă principalele activități de protează și protează PCB ca medicamente antivirale cu spectru larg împotriva [114]
organism asemănătoare papainei de la coronavirus (CoV)in vitro. In Silicon,a arătat coronavirusurilor.
activitate inhibitorie folosind alte ficobiline, cum ar fi PUB, PEB și PVB
Spirulinasp. / Abundența și diversitatea bacteriilor cresc la șoareci Baza pentru o modulare pozitivă a microbilor [127]
intestinal. Scade permeabilitatea intestinală și crește funcția de intestinali prin tratamentul cu PC.
barieră.
Spirulinasp. / Reducerea viabilității culturii deE. faecalisîn dinții premolari Terapia adjuvantă în tratamentul infecțiilor [128]
umani prin creșterea ROS intern bacterian. Formidiusp. / APC crește efectul endodontice
APC Antioxidant anti-îmbătrânire în modelul de viermi prin îmbunătățirea markerilor Utilizarea APC ca dezvoltare de medicamente pentru [129]
fiziologici. Moderează expresia A umanuluib1–42. tulburările legate de vârstă.

Antiinflamator Pyropia pseudolinearis /Peptidele produse din proteinele solubile în apă Prevenirea bolilor cardiovasculare și a [130]
(bogate în PE, PC, APC și Rubisco) au avut efect inhibitor asupra enzimei de hipertensiunii arteriale.
conversie a angiotensinei I
PE Antioxidant Pyropia yezoensis /PE a avutin vitroactivitate antioxidantă și citotoxicitate împotriva Prevenirea celulelor carcinomului hepatocelular. [131]
celulelor HepG2 (celule de carcinom hepatocelular)
Phormidium persicinum /C-PE reduce expresia nefrinei și podocinei într-un Prevenirea HgCl2-leziune renală acută indusă. [132]
model de șoarece de HgCl2-leziune renală acută indusă. Activare redusă a
IRE1Acalea și evită moartea celulară mediată de caspază. Colaconemasp. /

Antiinflamator Îmbunătățește activitatea profenoloxidazei și fagocitozei, dar inhibă ROS în Potențial imunomodulator în cultura de creveți pentru a [133]
hemocite de la creveții cu picioare albe.In vivo,PE induce genele imune și preveniVibrio parahaemolyticussau virusul sindromului
sporește parametrii imuni înnăscuți. Porphyridium purpureum /Peptida din punctului alb
Anti-metabolic PE reduce formarea celulelor spumoase, acumularea intracelulară de lipide și Prevenirea formării celulelor de spumă aterogenă. [134]
boli secreția de TNF-A
și IL-6 în linia celulară RAW 264.7 prin țintirea receptorilor de captare CD36,
SRA1 și Map Kinaza p38.
Anti-cancer Inhibă creșterea și induce apoptoza celulelor SKOV-3. Calea de semnalizare PE ca tratament potențial pentru cancerul ovarian [135]
ROS/JNK/Bcl-2, reglarea în sus a JNK, GADD45A, RAD23 și reglarea în jos a uman.
XBP1 și OS9 sunt critice în apoptoza indusă de PE în această celulă.

R-PE a modulat sistemul imunitar înnăscut și adaptiv prin TLR4/NF- Imuno-modulator în timpul terapiei de lungă durată [96]
jActivarea și diferențierea celulelor T CD4+ mediate de B într-un model cu glucocorticoizi în doze mari pentru boli autoimune
imunosupresor cu hidrocortizon. și cancer
PE anti- Porphyra haitanensis /C-PE inhibă proteina precursor a BACE1, prin urmare, Medicament terapeutic pentru complementar [111]
neurodegenerative reduce acumularea de amiloid-bproteine precursoare. PE recombinant / R- tratamentul bolii Alzheimer
anti- PE mărește abundența bacteriilor benefice în flora intestinală și reduce Modularea microbiotei intestinale pentru prevenirea [136]
microorganism bacteriile dăunătoare de la șoarecii purtători de H22. bolilor de rezistență și nutriție la animale.

daune cauzate de raze X (in vivostudiu)[92]sau pentru prevenirea Recent, PC-ul este un potențial candidat pentru anti-
stresului oxidativ în afectarea acută a rinichilor cauzată de HgCl2[93].

5.1.2. Activitate antiinflamatoare


PBPau fost raportate că au o serie de activități antiinflamatorii, în
special ficocianina (Tabelul 8). În general, activitatea antiinflamatoare
este legată de inhibarea activității COX-2, activitatea mieloperoxidazei,
suprimarea apoptozei și reducerea răspunsului autoimun.[84,87]. În
plus, pentru a reduce contramăsura terapiei cu radiații pentru pacient,
C-PC a fost propus ca radiosensibilizant datorită inhibării exprimării
COX-2 în timpul radioterapiei pentru cancerul de colon.[94]. Recent,
efecte antiinflamatorii precumin vitroinhibarea denaturarii albuminei,
activitatile antiproteinazei, hemolizei induse de hipotonicitate si
antilipoxigenazei au fost determinate folosind ficocianina[95]. Pe de
altă parte, activitatea imuno-modulatoare a R-PE în sistemul imunitar
înnăscut și adaptativ prin intermediul TLR4/NF-jDiferențierea
imunocitelor dependente de B a fost identificată într-un model
imunosupresor indus de hidrocortizon (HC)[96].

5.1.3. Activitatea anti-boală metabolică


PBP, în principal PCB și PC (Tabelul 8), au fost raportate cu activitate
antidiabetică datorită inhibării NADPH oxidazei și efectului protector
împotriva apoptozei hLEC (celule endoteliale limfatice umane).[84].

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
diabetici (tip 2) agenţi terapeutici naturali datorităin
vitroinhibarea metabolismului glucidic (A-amiloza si A-
glucozidază) și enzime dipeptidil peptidază IV (PC și peptidele sale
triptice)[95,97–98].
Activitatea anti-obezitate a fost identificată pentru PC prin inhibarea
activității lipazei pancreatice[99]. În plus, C-PC reduce acumularea
de lipide în celulele steatozei L02 și ficatul șoarecilor cu
steatohepatită nealcoolică (NASH) și îmbunătățește capacitatea
antioxidantă a ficatului [45].

5.1.4. Activitate anti-cancer


Activitatea anti-cancer PBP a fost identificată în mai multe
tipuri de cancer și/sau celule tumorale[84,87,100–101](Tabelul 8).
PC prezintă cea mai mare activitate prin modificarea creșterii
diferitelor linii celulare tumorale la diferite niveluri ale
mecanismelor lor moleculare. Efectul său anticancerigen asupra
celulelor tumorale (in vitroși/sauin vivostudii) a fost raportată
asupra cancerelor de sân, col uterin, prostată, ficat, plămân,
pancreatic, colon, leucemie și măduvă osoasă, în care oprirea
ciclului celular/proliferarea redusă, migrarea/invazia redusă a
celulelor tumorale și apoptoza/necroza sunt principalele
moleculare. mecanisme [100.102]. Recent, MacCarty și
colaboratorii [103]a emis ipoteza capacității PBP de a preveni
cașexia cancerului prin reducerea semnalizării TLR4 în mușchii
scheletici și efectul ficocianobilinei asupra cancerului pancreatic
prin inhibarea ROS mitocondriale. În plus, C-PC suprimăin
vitroproliferarea și migrarea celulelor canceroase pulmonare non-
microcelulare prin reducerea

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

din RIPK1/NF-jB și TIRAP/NF-jActivitatea B[104–105]. În general, PC nu a


producția de PBP. În 2021, Rula și colaboratorii au testat trei factori
avut efecte proliferative aproape deloc sau ușoare asupra celulelor din
(intensitatea luminii, mișcarea apei și densitatea populației) pentru a
țesutul normal, iar concentrația de nivel ridicat nu afectează viabilitatea
îmbunătăți creșterea și producția de PE.Halymenia durvillei
celulară normală.[106]. Cu toate acestea, principalele mecanisme de acțiune
și țintele sale celulare nu au fost încă definite[101].
[142]. O altă perspectivă în căutarea creșterii producției de PBP în
algele roșii a fost folosită de Souza și colaboratori, care au folosit
biostimulatori, derivați din alge brune, pentru a crește cantitatea de PE,
5.1.5. Activitate anti-neurodegenerativă
PC și APC deGracilaria caudatașiLaurencia catarinensiscu succes
boala Parkinson și Alzheimer (Tabelul 8), care sunt mediate de
considerabil[143]. S-a dovedit că nu numai cantitatea de lumină crește
plierea și agregarea greșită a proteinelor precumA- sinucleina (AS) și
producția de PBP, ci și compoziția spectrală și efectul acesteia asupra
amiloid-b (Ab),respectiv[107], unde este inhibat de C-PC[108], dar a fost
creșterii producției de PBP în alge.Halyenia floresii[144]. Abordări
ineficient în inhibarea agregării amorfe induse de reducere a ADH și
similare au fost făcute pentru macroalgeColaconema spșiPorphiridium
agregării catalazei indusă de căldură[109]. În plus, declinul cognitiv
intracerebroventricular în boala Alzheimer[110]. PE a fost, de purpureum[145–147].Realizarea echilibrului între creșterea biomasei și
asemenea, propus ca un medicament terapeutic presupus pentru boala productivitatea PBP-urilor este provocarea actuală, atât pentru
cianobacterii, cât și pentru algele roșii.
Alzheimer, datorită inhibăriibeta-enzima-1 de scindare a proteinei
precursoare ale amiloidului (BACE1)[111]. Studiile viitoare ar trebui să
se concentreze pe înțelegerea mecanismelor responsabile pentru
formarea și inhibarea acestor agregate de proteine și dezvoltarea 5.2.2.PBP recombinante
potențială terapeutică. O altă alternativă pentru producerea de PBP este utilizarea
bacteriilor precumE colipentru biosinteza lor.prin expresie heterolog.
Această aproximare a fost reușită de tehnici de inginerie genetică
[31,50,56,148–149]. În biosinteza PBP sunt implicate două procese: 1)
5.1.6. Activitate anti-microorganisme
sinteza apoproteinelor și ficobilinelor și 2) legarea ficobilinelor de
S-au identificat PBP cu activități antibacteriene, antifungice și
antivirus, în principal pentru PC prin inhibarea creșterii apoproteine prin cataliză enzimatică.[150–151].
microorganismului selectat. Recent (Tabelul 8), terapia fotodinamică
antimicrobiană folosind un laser cu diodă (DL) plus amestec de După ce a fost sintetizat înE coli,ficobilinele trebuie să se lege de
clorofilină-ficocianină ca fotosensibilizant a redus cariile dentare locul corect al apoproteinei. În PBP recombinante, legătura dintre
produse de Streptococcus mutans[112]. Acest lucru indică gama largă ficobilină și apoproteină se formează cu eficiență și corectitudine mai
de aplicații în domeniul antibacteriene. Activitatea antifungică a C-PC a ridicate atunci când este catalizată de o liază. Prin urmare, utilizarea
fost identificată și prin inhibarea efectelor citopatice[113]. Activitatea liazelor PBP este cheia pentru a sintetiza eficient PBP recombinantein
antivirus a fost raportată pentru PCB, PUB, PEB și PVB, care inhibă vitro[86].
proteazele SARS-CoV-2 și alte coronavirus (CoV) O problemă comună curentă cu PBP-urile sintetizate recombinant
este că recombinantul se leagă doar de o moleculă cromofor e, iar
[114].
deplasarea lui Stokes este mică, de obicei 10-25 nm. ÎnE coligenele au
5.2.Aplicații biotehnologice fost introduse ca gene de ficobiliprotein liază cpcS și cpcT, ficocianinab
gena subunității cpcB, gena hemooxidază Ho1 și ficoeritrobilin
reductază pebS. Această metodologie construiește o cale de sinteză a
PBP-urile sunt utilizate în mai multe sectoare industriale[137–138].
proteinei fluorescente ficobiliproteinei și obține proteina fluorescentă
Printre diferitele aplicații comerciale, acestea pot fi găsite ca aditivi pentru
colorarea alimentară și în produsele cosmetice. De asemenea, ele pot fi recombinantă cu schimbarea mare de stokes[152].
găsite în laboratoarele clinice sau de cercetare sub formă de fluorofori
[139]. PBP-urile sunt utilizate ca coloranți alimentari naturali peste coloranții Prin proiectarea moleculară, mai multe funcții îmbunătățite ar putea
sintetici care prezintă carcinogenitate.S. platensisșiPhorphyridium
fi obținute cu mai multe aplicații. De exemplu, a fost dezvoltată o
aerugineumPE extras este utilizat ca coloranți de cofetărie, deserturi cu proteină de fuziune între ficocianinăA-subunitatea CPCA gen și Light-
gelatină și produse cosmetice. De asemenea, PC este un ficopigment activ Harvesting Complex LHC-II gen înE coli.Acest nou produs prezintă un
din punct de vedere farmaceutic datorită proprietăților sale antioxidante, spectru larg de absorbție, o caracteristică excelentă pentru
neuroprotectoare și hepatoprotectoare.[139]. fotosensibilizatori, utilizat ca colorant natural în panourile solare[153].

5.2.1. Producția de PBP din surse naturale 5.2.3. Extragerea PBP-urilor

Optimizarea adecvată a condițiilor de creștere este esențială pentru Sunt disponibile abordări tehnologice pentru extracția industrială a
dezvoltarea industriei PBP și procesarea ulterioară a acesteia. Deoarece PBP din surse de alge. Cu toate acestea, selecția metodologiei depinde
producția și creșterea metaboliților în cianobacterii depind nu numai de de factori precum compoziția organismului, stabilitatea și rezistența
factori biotici, ci și de factori abiotici (lumina, temperatura, concentrația peretelui celular[139]. Pe lângă randamentul biosintezei PBP, ar trebui
de nutrienți, pH-ul, salinitatea și compoziția chimică a mediului pot luată în considerare și recuperarea PBP din biomasă. Sunt necesare
modifica metabolismul organismului) grade diferite de puritate, în funcție de aplicarea prevăzută a PBP.
Puritatea PBP-urilor este de obicei exprimată prin raportul Amax/A280[86],
[84]. Cultura condiționează creșterea producției de biomasă a
diferitelor microalge, cum ar fiSpirulina platensis,este unul dintre Pentru alimente și produse cosmetice, valorile de puritate raportate
instrumentele care sunt utilizate experimental și industrial pentru sunt cuprinse între 0,56 și 4,4.
acumularea de PBP. Printre factorii care au fost utilizați în aceste studii Procesele de extracție pot fi utilizate pentru a obține pigmenții
se numără obținerea de biomasă bogată în PBP în condiții foto, hetero eliberați din biomasa ruptă (extracție cu solvent organic, extracție cu
și mixotrofe.[140]. Optimizarea fotobioreactoarelor, compoziția medie solvent sub presiune, extracție lichid ionic și extracție cu dioxid de
și mediile de cultură sunt variabilele majore pe care cercetătorii le carbon supercritic[139]
folosesc pentru acumularea rapidă a biomasei și producția ridicată. Sunt disponibile mai multe tehnologii pentru ruperea pereților celulelor
[140–141]. microalgelor pentru a elibera pigmenții intracelulari, tratamente mecanice
(omogenizare la presiune înaltă (HPH), măcinare de mărgele, ultrasunete,
Cealaltă sursă principală de obținere a PBP, în afară de
cianobacteriile, sunt algele roșii. Acestea pot fi micro sau macro alge. câmp electric cu impulsuri, proces de congelare-dezghețare, șoc osmotic și
cuptor cu microunde), tratamente enzimatice și chimice. tratamente (de
De ani de zile s-au făcut diverse eforturi pentru a le cultiva și promova

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
exemplu, tampon fosfat), Cu toate acestea, este specific speciei și
celulei

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

structura peretelui[154]. Comparând diferitele tratamente, se pot găsi tumorale sau a altor boli la om. In acest
avantaje și dezavantaje clare pentru producție. Metodele mecanice nu
sunt selective și consumă cantități considerabile de energie, cu toate
acestea, sunt non-toxice, rapide și potrivite pentru producția la scară
largă. În schimb, tratamentele chimice și enzimatice sunt descrise ca
fiind mai puțin potrivite pentru extindere datorită costului lor ridicat,
stabilității scăzute, consumului de timp și toxicității.[141].

5.2.4. Purificarea PBP-urilor


Este posibilă purificarea PBP-urilor prin precipitare, centrifugare cu
gradient de zahăr și tehnici cromatografice[84]. Sunt utilizate cantități
diferite de carbon activat prin precipitare cu sulfat de amoniu și
precipitare cu chitosan. Printre acestea se numără extracția apoasă în
două faze cu polietilen glicol, concentrarea cu ultrafiltrare sau
ultrafiltrarea în flux tangențial (30–50 kDa). Apoi, extractul poate fi
purificat printr-o coloană cromatografică din cauza diferențelor de
culori și polaritate a pigmenților sau a mărimii acestora (cromatografia
de schimb anionic cu coloană Q-Sepharose, cromatografia de
permeație pe gel cu coloană Sephadex G-150 și cromatografia anioică
cu dietilamino). etanol celuloză).
Studiile anterioare au investigat recuperarea PBP din biomasa de
microalge și cianobacterie[155], a dezvoltat o metodă rapidă pentru
extracția și cuantificarea PE criptofitic dinRhodomonas salina,iar
condițiile de distrugere și extracție celulară au fost înghețare și tampon
fosfat. Criptofitele nu au perete celular; posedă un periplast fragil sub
membrana plasmatică care poate fi rupt cu ușurință prin acțiunea de
liofilizare. A fost necesară o filtrare simplă pentru a obține un
randament/recuperare maxim de 8,04
qg PE/celulă.[155].
O altă metodă este cea a lui Rodrigues și a colaboratorilor[156] care
au raportat aplicarea de lichide ionice protice în extracția asistată cu
microunde (MAE) a PBP dinArthrospira platensis.Au lucrat
concentrându-se pe APC, PC și PE. Extracția a fost combinată cu
utilizarea de lichide ionice protice, acetat de 2-hidroxietil amoniu (2-
HEAA) și formiat de 2-hidroxietil amoniu (2-HEAF) (1:1) Puritatea
obținută pentru PC, APC și PE a fost 1,22 , 1,03 și, respectiv, 0,71[156].

Până în prezent, s-a raportat că încă lipsesc metode eficiente de


separare și purificare pentru a obține PBP de puritate mai mare,
ceea ce a restrâns foarte mult aplicațiile acestora.[84,86].
Procesul de distrugere, extracție și purificare a celulelor au fost
dezvoltate printr-o combinație a metodelor menționate mai sus. De
exemplu, înSpirulina,a fost dezvoltată o metodă în care probele au fost
plasate într-un congelator la -28 grade C. Apoi, au fost de trei ori
congelate-dezghețate, biomasa a fost omogenizată timp de
aproximativ 5 minute pentru a sparge celulele și ulterior centrifugate.
[157].
Chitosanul a fost folosit pentru purificarea acestor extracte la 2% și
cromatografia cu schimb ionic[157]a arătat puritate ridicată a PBP-
urilor. O altă soluție pentru obținerea unui produs de înaltă puritate
este o pulbere din amestec de algePorphyra yezoensis,alge roșii,
cianobacterii și Spirulina platensis,care se triturează, se precipită cu
sulfat de amoniu și se hidroliza cu tripsină[158]. Această strategie
generează polipeptide ficobiliproteice care sunt ușor de digerat și
absorbit, destinate industriei medicale, cosmetice și alimentare.

5.2.5. Încapsularea ficoliliproteinelor


Încapsularea PBP îi îmbunătățește protecția termică și își păstrează
proprietățile active. În acest context, metoda de electrospray a arătat o
eficiență ridicată de încapsulare a ficocianinei
[159], cu accent deosebit pe industria alimentară. În plus, în ultimii ani
au fost aplicate și alte tehnici pentru microîncapsularea ficocianinei
[160–164]pentru a-i spori stabilitatea. Cu toate acestea, o livrare
specifică a PBP-urilor ar trebui să asigure bioactivitatea acestuia în
celulele sau țesuturile țintă, în special pentru tratamentul celulelor

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
context, abordări similare au fost raportate recent. Un mediilor terestre sau acvatice, timpi lungi de recoltare și un consum
nanomedicament care conține C-PC încapsulat în carboximetil- considerabil de energie. Ca rezultat, o alternativă promițătoare și
chitosan etichetat cu CD59sp a fost dezvoltat pentru a trata viabilă din punct de vedere economic este obținerea acestor coloranți
cancerul de col uterin în in vivofemele de șoareci BALB/c nuzi și de la microbi. Există mai multe exemple de succes ale acestei strategii.
celule HeLa[123.165– 166]. Peng și colaboratorii și Yan Wen și
colaboratorii au încapsulat ficocianina într-o fibră electrofilată,
pentru a preveni cancerul de colon. Mai mult, adăugarea PC-ului la
medicamente anti-cancer bine stabilite ar putea îmbunătăți în mod
semnificativ terapia cancerului[100.102].

5.2.6. Utilizarea biomedicală a PBP-urilor

Au fost dezvoltate invenții care vizează aplicarea în științele


biomedicale, datorită efectelor antioxidante și antitumorale,
printre altele. PBP-urile au prezentat proprietăți antioxidante
ambele in vitroși in vivo.PC-ul ar putea elimina eficient radicalii
hidroxil (-OH) și radicalii alcoxi (RO-) și inhibă peroxidarea
lipidelor [86,89]. Mai mult, PC-urile care conțin seleniu (Se-PC) au
demonstrat o capacitate de a elimina radicalii de superoxid și
peroxid de hidrogen corelat pozitiv cu conținutul de Se.[167]. În
acest context, a fost dezvoltat un proces de selenizare
înSpirulina,util pentru tratamentul bolilor inflamatorii
intestinale[168]. La fel de in vivoșiin vitroPBP-urile au arătat
proprietăți antitumorale, C-PC purificat dinOscillatoria tenuisa
inhibat creșterea celulelor HT-29 (cancer de colon) și A549 (cancer
pulmonar) și induce moartea celulelor apoptotice[169]. Tumorile
cutanate pot fi induse de f12-O-tetradeca noil-forbol-13-acetat
(TPA). În stadiul incipient al progresiei tumorii, administrarea orală
de extracte de C-PC din Spirulina,inversează modelul de expresie
al proteinelor legate de cancer ca interlukin-6 și pSTAT3[170].

Pe de altă parte, administrarea de APC recombinant a inhibat


dimensiunea tumorilor la șoarecii model de hepatom H22[171]. În
mod similar, PE recombinant ar putea inhiba creșterea celulelor
HeLa, dependentă de concentrație[172]. Aceste studii indică faptul
că PBP nativ și PBP recombinat au valoare medicală potențială în
aplicații antitumorale. În plus, formulări orale de extract de
polizaharidă PBP au fost dezvoltate pentru tratamentul sau
prevenirea cancerului pancreatic[173]. De asemenea, PBP-urile
sunt utile în terapiile antitumorale fotodinamice în cancerul de
piele[174]De asemenea, a fost concepută o metodologie de
obținere a PBP-urilor în terapii antitumorale fotodinamice, industria
cosmetică și alimentară.[158].
Tabelul 9Rezumă brevetele legate de producție, extracție, purificare și
aplicații biomedicale în diferite industrii.

6. Perspective de viitor

În prezent, există o mare îngrijorare cu privire la utilizarea


coloranților sintetici în industria alimentară, din cauza impactului
negativ pe care îl pot avea asupra sănătății umane și asupra
mediului. În acest sens, s-a demonstrat că roșu Allura accelerează
formarea tumorilor în sistemul imunitar al șoarecilor și provoacă
hiperactivitate la copii.[189]. Indigo-carminul a fost asociat cu
dezvoltarea tumorilor cerebrale[190]iar galbenul apus de soare
poate fi legat de hiperactivitate și hipersensibilitate la copii[191].
Pe lângă efectele lor nocive asupra sănătății, acești coloranți
sintetici sunt greu de îndepărtat din apele uzate industriale,
provocând daune mediului. În acest sens, coloranții obținuți din
surse naturale reprezintă o alternativă atractivă. Astfel, piața
coloranților naturali este de așteptat să ajungă la 3,2 miliarde de
dolari până în 2027. În acest scenariu, PBP- urile pot oferi
proprietăți de colorare, alături de diverse activități biologice,
oferind valoare adăugată acestor compuși. Cu toate acestea, cei
mai obișnuiți coloranți naturali utilizați ca ingrediente alimentare
sunt obținuți din plante sau alge. Aceasta implică o utilizare mare a

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Tabelul 9 sinteza si inginerie metabolica. În plus, selectarea microorganismelor


Brevete legate de ficocianine în domeniile producției, extracției, epurării și aplicațiilor considerate General Recognized As Safe (GRAS) este crucială pentru a
biomedicale.
garanta siguranța acestora. În cele din urmă, după luarea în
Tip de brevet Titlu Referinţă considerare a caracteristicilor spectroscopice ale PBP discutate mai sus,
Productie o abordare interesantă ar fi utilizarea ingineriei metabolice pentru a
Metodă de inducere a sintezei PBP. O [175]
moleculă de proteină fotosintetică [153] avea un singur microorganism care să producă PBP de diferite culori,
recombinantă cu o gamă largă de absorbție și contribuind astfel la reducerea costurilor de obținere a coloranților
procesul de construcție
naturali și la creșterea productivității.
Proteină fluorescentă ficobiliproteină [152]
recombinantă cu deplasare mare de stokes și
metoda de preparare a acesteia

Extracţie
Metode de extracție și purificare [176] 7. Finanțări
Nostoc sphaeroides Kutzing
ficobiliproteină și ficoeritrina purificată Autorii ar dori să recunoască sprijinul Agencia Nacional de
Investigación y Desarrollo (ANID). Această lucrare a fost finanțată prin
Metoda de extracție și purificarepentru [177]
sphaeroizii Nostoc Kutzingficobiliproteină și
grantul FONDECYT Postdoctorado 3180614, Fondo de Fomento al
ficoeritrina purificată Desarrollo Científico y Tecnológico (FONDEF) cu numărul de grant
Metoda de extracție a ficobiliproteinei [172] ID19I-10295 și FONDEQUIP EQM180201. Opiniile exprimate și
Nostoc sphaeroides Kutzing Phycobiliprotein concluziile la care s-a ajuns sunt ale autorilor și nu sunt neapărat
atrage cu mulți fallers unitatea de reacție a [179]
atribuite agențiilor de finanțare.
descărcarii corona
Purificare Tehnologie pentru separarea și purificarea [180]
ficobiliproteinei deGracilaria tenuistipitata
soluție de natron de procesare profundă Declarație de contribuție a autorului CRedit

Metodă de extracție și purificare a [181] Jorge Dagnino-Leone:Conceptualizare, Scriere - schiță originală,


ficobiliproteinei și a ficocianinei purificate Vizualizare, Scriere - revizuire și editare, Administrare proiecte.Cristina
Procesul de obținere a celui mai înalt grad de [157]
puritate a medicamentului de c-ficocianina din
Pinto Figueroa:Scriere - schiță originală.Mónica Latorre Castañeda:
Spirulinaalgă Scriere - schiță originală.Andrea Donoso Youlton:Scriere - revizuire și
Diagnostic Kit pentru depistarea precoce a cancerului hepatic și [182] editare.Alejandro Vallejos-Almirall: Scriere - schiță originală.Andrés
aplicarea metoda de preparare a acestuia
Agurto-Muñoz:Scriere - revizuire și editare.Jessy Pavón Pérez:Scriere -
Un fel de bară de reactiv de detectare [183] revizuire și editare.Cristian Agurto-Muñoz:Supraveghere, Achizitie de
recombinantă de fluorescență finantare, Resurse.
subunitatea de ficobniliproteină și metoda de
preparare a acesteia
Farmaceutic Compoziție care conține extract de [173] Declarație de interese concurente
aplicarea polizaharidă de ficobiliproteină și utilizarea
unei compoziții care conține extract de
omice împreună cu cele biologice.
polizaharidă de ficobiliproteină
Metoda de preparare a pulberii de [158]
polipeptidă ficobiliproteină
Clinic și Purtător de medicament antitumoral și metoda de [184]
cosmetic aplicare a acestuia
Aplicație Metoda de preparare a hidrogelului cu rețea [185]
dublă încărcată cu ficobiliproteină
AntienteritaSpirulinaSelenilarea complexului [168]
ficobiliproteinpolipeptidic și prepararea și
aplicarea acestuia Compoziții pentru
protejarea pielii [186]
cuprinzând enzime de reparare a ADN-ului
și ficobiliproteine
Proteza de valvă cardiacă, metoda de pregătire și [187]
in-vivometoda de sterilizare a protezei valvulare
cardiace
Compoziție de ficocianină pentru utilizare [188]
în inhibarea resorbției osoase
Material nou bazat pe coajă naturală de [174]
diatomee și ficobiliproteină și aplicare

Guerrero-Rubio și colaboratorii au produs betalaine (betacianine (roșu-


violet) și betaxantine (galben-portocalie)) din L-DOPA într-un bioreactor
de 2 L deEscherichia coli[192]. Wehrs și colaboratorii au produs un
pigment albastru natural din indigoidinăSaccharomyces cerevisiaeîntr-
un bioreactor de 2 l[193]. Un alt exemplu a fost dezvoltat de Wang și
colaboratori, care au conceput o tirozinază dinBacilul megateriumîntr-o
bacterieVibrio natriegens,rezultând un pigment asemănător melaninei
[194]. Pentru a valida producția industrială a acestor compuși și pentru
a asigura menținerea culorii, este necesar să se integreze tehnicile

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

Autorii declară că nu au interese financiare concurente


cunoscute sau relații personale care ar fi putut părea să influențeze
munca raportată în această lucrare.

Referințe

[1] Kirk JT. O.Lumina și fotosinteza în ecosistemele acvatice ediția a 3-a.


(Cambridge, 2011).
[2] Sven Beer, Mats Bjork, JBFotosinteza în mediul marin.2014).
[3] Fischer WW, Hemp J, Johnson JE. Evoluția fotosintezei oxigenate. Annu
Rev Earth Planet Sci 2016;44(1):647–83.
[4] Tanaka A, Tanaka R.Biochimia, fiziologia și evoluția ciclului clorofilei.
Progrese în cercetarea botanică90, (Elsevier Ltd., 2019).
[5] Morançais M, Mouget JL, Dumay J. Proteine și pigmenți. În: Microalge în
sănătate și prevenirea bolilor. Elsevier; 2018. p. 145–75.https://doi.org/
10.1016/ B978-0-12-811405-6.00007-4.
[6] Nobel PS. Fotochimia fotosintezei. Physicochem Environ Plant Physiol
2009;228–275. https://doi.org/10.1016/b978-0-12-374143-1.00005- 3.

[7] Falkowski PG. Raven JAFotosinteza acvatică. (Princeton University Press,


2013). 10.1515/9781400849727
[8] Chen M, Blankenship RE. Extinderea spectrului solar folosit de fotosinteză.
Trends Plant Sci 2011;16:427–31.
[9] Larkum A, Douglas S, Raven J. Govindjee.Fotosinteza la alge.
(2003). 10.1007/978-94-007-1038-2_13
[10] Solovchenko A, Yahia EM, Chen C. În: Postharvest Physiology and Biochemistry
of Fruits and Vegetables. Elsevier; 2019. str. 225–52.https:// doi.org/10.1016/
B978-0-12-813278-
4.00011-7.
[11] David L și colab. Studiile structurale arată transferul de energie în cadrul
ficobilizomilor stabilizați, independent de modul de asamblare a tijei-miez.
Biochim Biophys Acta - Bioenerg 2014;1837:385–95.
[12] De Marsac NT et al. Ficobiliproteine și ficobilizomi: observațiile timpurii.
Photosynth Res 2003;76:193–205.
[13] MacColl R. Ficobilizomi cianobacterieni. J Struct Biol
1998;124(2- 3): 311–34.
[14] Adir N, Dines M, Klartag M. Asamblarea și dezasamblarea ficobilizomilor.
Monografii de microbiologie 2006;2:47–77.
[15] Su H, Xie B, Chen X, Wang J. Separarea și purificarea eficientă a
aloficocianinei din Spirulina (Arthrospira) platensis. J Appl Phycol
2010;22:65–70.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

[16] Liu L, Chen X, Zhang Y, Zhou B. Caracterizarea, structura și funcția


polipeptidelor linker în ficobilizomii cianobacteriilor și algelor roșii: o prezentare cianobacteria Synechocystis PCC 6803. J Photochem Photobiol, B 2014;133:153–60.
generală. BBA 2005;1708:133–42.
[17] Ma J, You X, Sun S, Wang X, Qin S, Sui SF. Baza structurală a transferului de [48] Calzadilla
PI, Muzzopappa F, Sétif P, Kirilovsky D. Roluri diferite pentru ApcD și ApcF
energie în ficobilizomul Porphyridium purpureum. Nature 2020;579(7797):146– în Synechococcus elongatus și Synechocystis sp. PCC 6803 ficobilizomi. Biochim
51. Biophys Acta - Bioenerg 2019;1860:488–98.
[18] Zheng L și colab. Perspectivă structurală asupra mecanismului de transfer
de energie în ficobilizomii cianobacterian. Nat Commun 2021;12:1–11. [49] Ashby MK, Mullineaux CW. Rolul ApcD și ApcF în transferul de energie de la
ficobilizomi la PS I și PS II într-o cianobacterie. Photosynth Res 1999;61:169–
[19] Arteni A, Ajlani G, Boekema EJ. Organizarea structurală a ficobilizomilor
din Synechocystis sp. tulpina PCC6803 și interacțiunea lor cu membrana. 79.
BBA 2009;1787:272–9.
[20] Arteni AA et al. Structura și organizarea ficobilizomilor pe membranele algei [50] AlveyRM, Biswas A, Schluchter WM, Bryant DA. Atașarea cromoforilor neînsușiți la
roșii Porphyridium cruentum. Photosynth Res 2008;95:169–74. CpcA de Synechocystis sp. PCC 6803 și Synechococcus sp.
[21] Figueroa M et al. Model in silico al unei antene a unui ficobilizom și PCC 7002 prin expresie heterologă în Escherichia coli. Biochimie 2011;50(22):4890–
determinarea ratelor de transfer de energie prin abordarea teoretică Förster. 902.
Protein Sci 2012;21:1921–8. [51] Frankenberg-Dinkel N, Terry MJ. Sinteza și rolul bilinelor în organismele
[22] MacColl R. Aloficocianina și transferul de energie. BBA 2004;1657:73–81. fotosintetice. În: Warren MJ, Smith AG, editori. Tetrapiroli. New York, NY: Springer
New York; 2009. p. 208–20.https:// doi.org/10.1007/978-0-387-78518-9_12.
[23] Adir N, Bar-Zvi S, Harris D. The amazing phycobilisome. Biochim Biophys Acta
- Bioenerg 2020;1861:148047. subunităților APCD și APCF asupra fluorescenței ficobilizomului
[24] Zhang J, Ma J, Liu D, Qin S, Sun S, Zhao J și colab. Structura ficobilizomului din
alga roșie Griffithsia pacifica. Nature 2017;551(7678):57–63.
[25] Sidler WA. Structuri de ficobilizom și ficobiliproteine. înBiologia moleculară a
cianobacteriilor139–216. În: Bryant DA, editor. Biologia moleculară a
cianobacteriilor. Dordrecht: Springer Olanda; 1994. p. 139–
216.https://doi.org/ 10.1007/978-94-011-0227-8_7.
[26] Mroginski MA și colab. Determinarea structurilor cromoforelor în ciclul de reacție
foloindus al fitocromului. J Am Chem Soc 2004;126:16734–5.

[27] Frank HA. Cogdell RJ.Captarea luminii în fotosinteză. Biofizică cuprinzătoare


8, (Elsevier Ltd., 2012).
[28] Mimuro M, Kikuchi H. Antenna Systems and Energy Transfer in Cyanophyta and
Rhodophyta. în 281–306 (2003). 10.1007/978-94-017-2087-8_9
[29] Sepúlveda-Ugarte J, Brunet JE, Matamala AR, Martínez-Oyanedel J, Bunster M.
Spectroscopic parameters of phycoerythrobilin and phycourobilin on
phycoerythrin from Gracilaria chilensis. J Photochem Photobiol A Chem
2011;219:211–6.
[30] Ma Y, Xie J, Zhang R, Hu C, Zhao J. Proprietățile moleculare ale subunităților R-
ficocianinei din Polysiphonia urceolata în tampon fosfat de potasiu. Photochem
Photobiol Sci 2008;7:263–8.
[31] Dagnino-Leone J, Figueroa M, Uribe E, Hinrichs MV, Ortiz-López D, Martínez-
Oyanedel J, et al. Biosinteza și caracterizarea unei aloficocianine eucariote
recombinante folosind enzime accesorii procariote. Microbiologyopen 2020;9(3).
https://doi.org/10.1002/mbo3.v9.310.1002/ mbo3.989.

[32] Glazer AN. N. Ghiduri de lumină. Transfer direct de energie într-o antenă
fotosintetică. J Biol Chem 1989;264:1–4.
[33] Apt KE, Collier JL, Grossman AR. Evoluția ficobiliproteinelor. J Mol Biol
1995;248(1):79–96.
[34] Scheer H. MicroReview Maturarea biliproteinei: atașamentul cromofor. Mol
Microbiol 2008;68:263–76.
[35] MacColl R, Eisele LE, Menikh A. Allophycocyanin: Trimeri, monomeri, subunities, and
homodimers. Biopolymers 2003;72(5):352–65.
[36] MacColl, R. Stabilitatea structurii cuaternare a aloficocianinei. 223, 24–32 (1983).

[37] MacColl R, Csatorday K, Berns S. Relația dintre aloficocianina structurii cuaternare și


spectrul său. 208, 42–48 (1981).
[38] Dagnino-Leone J, Figueroa M, Mella C, Vorphal MA, Kerff F, Vásquez AJ, et al. Modele
structurale ale diferiților trimeri prezenți în miezul ficobilizomilor din Gracilaria
chilensis bazate pe structuri și secvențe cristaline. PLoS ONE
2017;12(5):e0177540.

[39] Brejc K, Ficner R, Huber R, Steinbacher S. Izolarea, cristalizarea, analiza structurii


cristaline și rafinarea aloficocianinei din cianobacteria Spirulina platensis la
rezoluție de 2,3 A. J Mol Biol 1995;249:424–40.

[40] Marx A, Adir N. Structurile cristaline de aloficocianina și ficocianina dezvăluie fațete


ale ansamblului ficobilizomului. BBA 2013;1827:311–8.
[41] McGregor A, Klartag M, David L, Adir N. Stabilitatea și funcționalitatea trimerului
aloficocianinei se datorează în primul rând hidrofobicității polare îmbunătățite a
buzunarelor de legare a ficocianobilinei. J Mol Biol 2008;384:406–21.
[42] Reuter W, Wiegand G, Huber R, Than ME. Analiza structurală la 2,2 A a cristalelor
ortorombice prezintă asimetria complexului aloficocianin-linker, AP*LC7.8, din
ficobilizomii Mastigocladus laminosus. Proc Natl Acad Sci 1999;96:1363–8.

[43] implicații structurale pentru stabilitatea termică în ansamblul ficobilizomului. Adir,


N., Dobrovetsky, Y. & Lerner, N. Structura c-ficocianinei din cianobacteria termofilă
Synechococcus vulcanus la 2,5 A. J Mol Biol 2001;313:71–81.

[44] Adir N. Elucidarea structurilor moleculare ale componentelor ficobilizomului:


reconstruirea unui gigant. Photosynth Res 2005;85(1):15–32.
[45] Ma P și colab. Utilizarea potențială a C-ficocianinei în boala hepatică grasă non-alcoolică.
Biochem Biophys Res Commun 2020;526:906–12.
[46] Maxson P, Sauer K, Zhou J, Bryant DA, Glazer AN. Studii spectroscopice ale
ficobilizomilor cianobacterieni fără polipeptide de bază. Biochim Biophys Acta -
Bioenerg 1989;977(1):40–51.
[47] Kuzminov FI, Bolychevtseva YV, Elanskaya IV, Karapetyan NV. Efectul epuizării

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
[52] Blot N și colab. Ficocianina tricromatică ficourobilinică din cianobacteriile
oceanice este formată post-translațional de o ficoeritrobilin liazizomerază.
J Biol Chem 2009;284:9290–8.
[53] Zhao KH și colab. Activitate nouă a unei ficobiliprotein liaze: Atât atașarea
ficocianobilinei, cât și izomerizarea la ficoviolobilină sunt catalizate de
proteinele PecE și PecF codificate de operonul de ficoeritrocianină. FEBS Lett
2000;469:9–13.

[54] Dammeyer T, Hofmann E, Frankenberg-Dinkel N. Phycoerythrobilin synthase


(PebS) of a marine virus. Structurile cristaline ale complexului de biliverdină
și forma fără substrat. J Biol Chem 2008;283:27547–54.
[55] Schluchter WM.et al.Progrese recente în procariotele fototrofe. 675, 211–228 (2010).

[56] Biswas A și colab. Biosinteza ficobiliproteinelor cianobacteriene în Escherichia


coli: eficiența cromoforilării și specificitatea tuturor bilinlyazelor din
Synechococcus sp. Tulpina PCC 7002. Appl Environ Microbiol 2010;76:2729–
39.

[57] Scheer H, Zhao KH. Maturarea biliproteinelor: atașarea cromoforului. Mol


Microbiol 2008;68:263–76.
[58] Bretaudeau A şi colab. CyanoLyase: O bază de date cu secvențe, motive și
funcții de ficobilin liază. Nucleic Acids Res 2013;41:396–401.
[59] Zhou J, Gasparich GE, Stirewalt VL, De Lorimier R, Bryant DA. Genele cpcE și
cpcF ale Synechococcus sp. PCC 7002. Construcția și caracterizarea
fenotipică a mutanților interpozon. J Biol Chem 1992;267:16138–45.

[60] Kronfel CM și colab. CpeF este bilin-liaza care leagă ficoeritrobilina dublu legată de
-ficoeritrina din cianobacteria Fremyella diplosiphon. J Biol Chem
2019;294:3987– 99.
[61] Carrigee LA şi colab. MpeV este o liază izomerază care leagă o ficourobilină
dublu legată de peb-subunitatea ficoeritrinei I și II în Synechococcus marin.
J Biol Chem 2021;296:100031.
[62] Saunée NA, Williams SR, Bryant DA, Schluchter WM. Biogeneza
ficobiliproteinelor: II. CpcS-I și CpcU cuprind bilin-liaza heterodimerică care
leagă ficocianobilina la
CYS-82 OF beta-ficocianină și CYS-81 din subunitățile aloficocianinei din
Synechococcus sp. PCC 7002. J Biol Chem 2008;283:7513–22.

[63] Shen G, Schluchter WM, Bryant DA. Biogeneza ficobiliproteinelor: I. mutanții


cpcS-I și cpcU ai cianobacteriei Synechococcus sp. PCC 7002 definește o
fiococianobilin liază heterodimerică specifică pentru subunitățile beta-
ficocianinei și aloficocianinei. J Biol Chem 2008;283:7503–12.
[64] Nguyen AA și colab. CpeT este ficoeritrobilin liaza pentru Cys-165b-
ficoeritrina din Fremyella diplosiphon și proteina asemănătoare chaperonei
CpeZ își îmbunătățește foarte mult activitatea. Biochim Biophys Acta -
Bioenerg 2020;1861:148284.
[65] MillerCA şi colab. Biogeneza ficobiliproteinelor. III. CpcM este asparagin
metiltransferaza pentru subunitățile beta ficobiliproteinei din cianobacterii.
J Biol Chem 2008;283:19293–300.
[66] Palenik B. Adaptarea cromatică în tulpinile de sinechococ marin.Societate67,
991– 994 (2001).
[67] Grabowski J, Gantt E. proprietăți fotofizice ale ficobiliproteinelor din
ficobilizomi: durate de viață de fluorescență, randamente cuantice și
spectre de polarizare. Photochem Photobiol 1978;28:39–45.
[68] Bryant DA. Ficoeritrocianina și ficoeritrina: proprietăți și apariție în
cianobacterii. J Gen Microbiol 1982;128(4):835–44.
[69] Gault P., Marler H.Manual despre cianobacteriile: biochimie,
biotehnologie și aplicații. Dezvoltarea cercetării în bacteriologie (Nova
Science Publishers, Inc, 2009).
[70] MacColl R. Studii de fluorescență asupra R-ficoeritrina și C-ficoeritrina. J
Fluoresc 1991;1(2):135–40.
[71] Hirose Y și colab. Diverse procese de aclimatizare cromatică care
reglează ficoeritrocianina și ficobilizomul în formă de tijă în
cianobacterii. Mol Plant 2019;12:715–25.
[72] Debreczeny MP, Sauer K, Zhou J, Bryant DA. C-ficocianina monomerică la
temperatura camerei și 77 K: rezoluția spectrelor de absorbție și
fluorescență ale cromoforilor individuali și constantele vitezei de transfer
de energie. J Phys Chem 1993;97:9852–62.
[73] Contreras-Martel C și colab. Structura la rezoluție de 2 Å a ficocianinei din
Gracilaria chilensis și rețeaua de transfer de energie într-un complex PC-PC.
Biophys Chem 2007;125:388–96.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

[74] Hagopian JC, Reis M, Kitajima JP, Bhattacharya D, de Oliveira MC. Analiza
comparativă a secvenței complete a genomului plastidului algei roșii Gracilaria [101]
tenuistipitata var. liui oferă perspective asupra evoluției rodoplastelor și a relației
lor cu alte plastide. J Mol Evol 2004;59:464–77.

[75] Lee J și colab. Reconstituirea istoriei evolutive complexe a plasmidelor mobile din
genomul algelor roșii. Sci Rep 2016;6:23744.
[76] Nakamura Y. Structura completă a genomului Gloeobacter violaceus PCC 7421, o
cianobacterie care nu are tilacoizi (supliment). DNA Res 2003;10 (4):181–201.

[77] Jallet D, Gwizdala M, Kirilovsky D. ApcD, ApcF și ApcE nu sunt necesare pentru
stingerea fluorescenței ficobilizomelor legate de proteina carotenoid portocaliu în
cianobacteria Synechocystis PCC 6803. Biochim Biophys Acta - Bioenerg 2012;181–
187:.
[78] Zhao KH și colab. Atașarea cromoforului în ficocianina. Aminoacizi funcționali ai
ficocianobilin-alfa-ficocianin liazei și dovezi pentru legarea cromoforului. FEBS
J 2006;273:1262–74.
[79] Hsieh-Lo M, Castillo G, Ochoa-Becerra MA, Mojica L. Phycocyanin and phycoerythrin:
Strategies to improve production andield and chemical stability. Algal Res
2019;42:101600.
[80] Liberton M, Chrisler WB, Nicora CD, Moore RJ, Smith RD, Koppenaal DW și colab.
Trunchierea ficobilizomului cauzează modificări proteomului pe scară largă în
Synechocystis sp. PCC 6803. PLoS ONE 2017;12(3):e0173251.
[81] Collins AM și colab. Localizarea pigmentului fotosintetic și morfologia membranei
tilacoide sunt modificate în mutanții ficobilizomului synechocystis 6803. Plant
Physiol 2012;158:1600–9.
[82] Venkatraman KL, Mehta A. Beneficiile pentru sănătate și efectele farmacologice ale speciilor
Porphyra. Alimente vegetale Hum Nutr 2019;74(1):10–7.
[83] MU., N., Mehar JG, Mudliar SN, Shekh AY. Progrese recente în microalgele bioactive
pentru alimente, furaje și produse de îngrijire a sănătății: potențial comercial,
spațiu de piață și durabilitate.Compr. Rev. Food Sci. Alimente sigure.18, 1882–
1897 (2019).
[84] Pagels F, Guedes AC, Amaro HM, Kijjoa A, Vasconcelos V. Phycobiliproteins from
cyanobacteria: Chemistry and biotechnological applications. Biotechnol Adv
2019;37:422–43.
[85] Piniella-Matamoros B, Marín-Prida J, Pentón-Rol G. Potențialul nutraceutic și
terapeutic al Phycocyanobilin pentru tratarea bolii Alzheimer. J Biosci 2021;46(2).
https://doi.org/10.1007/s12038-021-00161-7.
[86] Li W și colab. Ficobiliproteine: Structura moleculară, producție, aplicații și
perspective. Biotechnol Adv 2019;37:340–53.
[87] Bannu SM, Lomada D, Gulla S, Chandrasekhar T, Reddanna P, Reddy MC. Aplicații
terapeutice potențiale ale C-Ficocianinei. Curr Drug Metab 2020;20(12):967–76.

[88] de Andrade AF, Porto ALF, Bezerra RP. Microorganismele fotosintetice și moleculele
lor bioactive ca produs nou pentru vindecarea rănilor. Appl Microbiol Biotechnol
2022;106:497–504.
[89] Romay C și colab. Proprietăți antioxidante și antiinflamatorii ale Cficocianinei din
algele albastre-verzi. Inflamm Res 1998;47:36–41.
[90] Romay C, Gonzalez R, Ledon N, Remirez D, Rimbau V. C-Phycocyanin: A
Biliprotein with Antioxidant, Anti-Inflammatory and Neuroprotective Effects.
Curr Protein Pept Sci 2003;4:207–16.
[91] Bhat VB, Madyastha KM. Eliminarea peroxinitritului de către ficocianina și
ficocianobilina din Spirulina platensis: Protecție împotriva daunelor oxidative ale
ADN-ului. Biochem Biophys Res Commun 2001;285:262–6.

[92] Liu Q, Li W, Qin S. Efectul terapeutic al ficocianinei asupra leziunilor oxidative acute
ale ficatului cauzate de raze X. Biomed Pharmacother 2020;130:110553.
[93] Garcia-Pliego E și colab. Ficocianobilina este molecula responsabilă de acțiunea
nefroprotectoare a ficocianinei în leziunile renale acute cauzate de mercur. Food
Funct 2021;12:2985–94.
[94] Kefayat A, Ghahremani F, Safavi A, Hajiaghababa A, Moshtaghian J. Cphycocyanin:
un produs natural cu proprietăți de radiosensibilizare pentru îmbunătățirea
eficacității terapiei cu radiații pentru cancerul de colon prin inhibarea expresiei
COX-2. Sci Rep 2019;9:1–13.
[95] Prabakaran G, Sampathkumar P, Kavisri M, Moovendhan M. Extracția și
caracterizarea ficocianinei din Spirulina platensis și evaluarea efectului său
anticancer, antidiabetic și antiinflamator. Int J Biol Macromol 2020;153:256–63.

[96] Wang C și colab. Activitatea imunomodulatoare a R-ficoeritrinei de la: Porphyra


haitanensis prin TLR4/NF-jDiferențierea imunocitelor B-dependentă. Food Funct
2020;11:2173–85.
[97] Machmudah S, Diono W, Kanda H, Goto M. Extracția cu fluide supercritice a
compușilor valoroși din alge: perspective și provocări viitoare. ing. J. 2018;22:13–
30
.
[98] Li Y, Aiello G, Bollati C, Bartolomei M, Arnoldi A, Lammi C. Phycobiliproteins from
Arthrospira Platensis (Spirulina): A New Source of Peptides with Dipeptidyl
Peptidase-IV Inhibitory Activity. Nutrienți 2020;12(3):794. https://doi.org/10.3390/
nu12030794.
[99] Chakdar H, Pabbi S. Algal Pigments for Human Health and Cosmeceuticals. În: Algal
Green Chemistry. Elsevier; 2017. str. 171–88.https://doi.org/10.1016/

B978-0-444-63784-0.00009-6.
[100] Braune S, Krüger-Genge A, Kammerer S, Jung F, Küpper JH. Ficocianina din
arthrospira platensis ca potențial medicament împotriva cancerului: revizuirea
studiilor in vitro și in vivo. Viața 2021;11:1–14.

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527
Fernandes e Silva E, Figueira FdS, Lettnin AP, Carrett-Dias M, Filgueira DDMVB, Kalil S, et al. C- ischemia cerebrală focală indusă de endotelină-1. Clin Exp Pharmacol Physiol
Ficocianina: ținte celulare, mecanisme de acțiune și rezistență la mai multe medicamente în cancer. 2020;47:383– 92.

Pharmacol Rep 2018;70(1):75–80.


[102] Kaur P, Dhandayuthapani S, Venkatesan T, Gantor M, Rathinavelu A. Molecular
mechanism of C-phycocyanin induced apoptosis in LNCaP cells. Bioorganic
Med Chem 2020;28(3):115272.https://doi.org/10.1016/j. bmc.2019.115272.

[103] McCarty MF, Iloki-Assanga S, Lujany LML. Direcția nutraceutică a semnalizării


TLR4 are potențialul de prevenire a cașexiei canceroase. Med Ipoteze
2019;132:109326. https://doi.org/10.1016/j.mehy.2019.109326.

[104] Hao S, Li S, Wang J, Yan Y, Ai X, Zhang J și colab. Ficocianina exercită efecte


anti- proliferative prin reglarea în jos a TIRAP/NF-jActivitatea B în celulele
canceroase pulmonare umane non-mici. Cells 2019;8(6):588.https://doi.
org/10.3390/ cells8060588.
[105] Hao S, Li S, Wang J, Zhao L, Yan Y, Wu T și colab. C-ficocianina suprimă
proliferarea și migrarea in vitro a celulelor canceroase pulmonare fără celule
mici prin reducerea RIPK1/NF-jActivitatea B. Mar Drugs 2019;17(6):362.
https://doi.org/ 10.3390/md17060362.
[106] Liu Q, Huang Y, Zhang R, Cai T, Cai Y. Aplicarea medicală a c-ficocianinei
derivate din spirulina platensis. Complement bazat pe dovezi. Altern Med
2016;2016:1–14.

[107]Chiti F, Dobson CM. Plierea greșită a proteinelor, amiloid funcțional și boala umană.
Annu Rev Biochem 2006;75(1):333–66.
[108] Barbalace MC, Malaguti M, Giusti L, Lucacchini A, Hrelia S, Angeloni C.
Anti- Inflammatory Activities of Marine Algae in Neurodegenerative
Diseases. Int J Mol Sci
2019;20(12):3061.https://doi.org/10.3390/ijms20123061.
[109] Liu Y, Jovcevski B, Pukala TL. C-Ficocianina din Spirulina InhibăA- sinucleina si
amiloid-bFormarea fibrilei, dar nu și agregarea amorfa. J Nat Prod 2019;82:66–73.

[110] Agrawal M, Perumal Y, Bansal S, Arora S, Chopra K. Phycocyanin ameliorează


deficitele cognitive și moleculare induse de ICV-STZ prin calea dependentă de
PI3- kinaza. Food Chem Toxicol 2020;145:111684.
[111] Chaubey MG și colab. Potențialul terapeutic al proteinei pigmentului
cianobacterian ficoeritrina: studiul in silico și in vitro al interacțiunii BACE1 și
in vivo Ab reducere. Int J Biol Macromol 2019;134:368–78.
[112] Afrasiabi S, Pourhajibagher M, Chiniforush N, Aminian M, Bahador A.
Antibiofilm și efecte anti-metabolice ale terapiei fotodinamice
antimicrobiene folosind amestecul de clorofilină-ficocianină împotriva
Streptococcus mutans în modelul experimental de carie biofilm pe plăci de
smalț. Fotodiagnostic Photodyn. Acolo. 2020;29:101620.
[113] Murugan T, Radhamadhavan T. Screening pentru activitatea antifungică și
antivirală a C-ficocianinei din Spirulina platensis. J Pharm Res 2011;4:4161–3.
[114] Pendyala B, Patras A, Dash C. Phycobilins ca potenți inhibitori alimentari
bioactivi cu spectru larg împotriva proteazelor SARS-CoV-2 și a altor
coronavirusuri: un studiu preliminar. Front Microbiol 2021;12:645713.
[115] Ould Amara-Leffad L, Ramdane H, Nekhoul K, Ouznadji A, Koceir EA.
Efectul spirulinei asupra modulării toxinelor furnizate de alimente,
impact asupra funcțiilor hepatice și renale. Arch Physiol Biochem
2019;125:184–94.
[116] Tong F, Tang X, Liu D. Phycocyanin/PEG-b-(PG-g-PEI) atenuat ischemia
hepatică/ reperfuzie indusă de leziune a insulelor pancreatice și
funcționalitatea insulei mărită. Int J Nanomedicine 2019;14:339–51.
[117] Gammoudi S și colab. Optimizarea, izolarea, caracterizarea și efectul
hepatoprotector al unui nou complex pigment-proteină (ficocianină)
producătoare de microalge: Phormidium versicolorNCC-466 utilizând
metodologia suprafeței de răspuns. Int J Biol Macromol 2019;137:647–56.
[118] Bao XQ, Huang YC, Chen F. C-Ficocianina atenuează inflamația și disfuncția
vezicii urinare în cistita indusă de ciclofosfamidă într-un model de șoarece
prin inhibarea COX-2 și EP4. Evid Based Complement Alternat Med
2019;2019:8424872.

[119]Xie Y și colab. Efectele ficocianinei asupra fibrozei pulmonare induse de


bleomicina și asupra microbiotei intestinale la șoarecii C57BL/6. Appl
Microbiol Biotechnol 2019;103:8559–69.
[120] Kim YR, Do JM, Kim KH, Stoica AR, Jo SW, Kim UK și colab. C-ficocianina din
specia Limnothrix KNUA002 atenuează ototoxicitatea indusă de cisplatină
prin blocarea căii apoptotice mitocondriale în celulele auditive. Mar Drugs
2019;17(4):235. https://doi.org/10.3390/md17040235.
[121] Lu L şi colab. Ficocianina ameliorează toxicitatea intestinală acută indusă de
radiații prin reglarea efectului microbiotei intestinale asupra TLR4/Myd88/
NF-jCalea B. JPEN J Parenter Enteral Nutr 2020;44:1308–17.
[122] Zhang X și colab. C-Ficocianina a provocat eficacitate antitumorală prin stoparea
ciclului celular, inducerea apoptozei și inhibarea invaziei în carcinomul esofagian
cu celule scuamoase. J Recept Signal Transduct Res 2019;39:114–21.
[123] Jiang L, Wang Y, Zhu F, Liu G, Liu H, Ji H și colab. Mecanismul molecular al
activității anticancer a nano-medicamentului C-PC/CMC-CD59sp NPs în cancerul
de col uterin. J Cancer 2019;10(1):92–104.
[124] Fernandes E, Silva E, et al. Modularea nivelurilor de oxigen reactiv și a
expresiei genelor în celulele tumorale sensibile și rezistente de către C-
fiocianina. Mol Biol Rep 2019;46:1349–56.
[125] Bottone C și colab. Proprietăți antioxidante și antiproliferative ale
extractelor din culturi heterotrofe de Galdieria sulphuraria. Nat Prod Res
2019;33:1659–63.

[126] Pavón-Fuentes N și colab. Ficocianobilina reduce leziunile cerebrale după

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

[127]Xie Y, Li W, Zhu L, Zhai S, Qin S, Du Z. Efectele ficocianinei în modularea microbiotei


intestinale la șoareci. Microbiologyopen 2019;8(9).https://doi. org/10.1002/ [153]Ge B, Hou Q, Yu Q. O moleculă de proteină fotosintetică recombinantă cu un
mbo3.v8.910.1002/mbo3.825. spectru larg de absorbție și metoda de construcție a acesteia. Brevet N-DE
102018125376 A1, China (2020).
[128] Pourhajibagher M, Chiniforush N, Bahador A. Acțiunea antimicrobiană a C- [154]Nemer G, Louka N, Vorobiev E, Salameh D, Nicaud JM, Maroun RG, et al. Tehnologii
Ficocianinei fotoactivate împotriva biofilmelor de Enterococcus faecalis: Atenuarea mecanice de distrugere a celulelor pentru extracția coloranților și pigmenților din
sistemului de detectare a cvorumului. Fotodiagnostic Photodyn. Acolo. microorganisme: o revizuire. Fermentation 2021;7(1):36. https://doi.org/10.3390/
fermentation7010036.
2019;28:286–91.
[129] Chaubey MG, Patel SN, Rastogi RP, Madamwar D, Singh NK. Proteina pigmentului [155] Thoisen C, Hansen BW, Nielsen SL. O metodă simplă și rapidă de extracție și
cianobacterian aloficocianina prezintă longevitate și reduce Ab- paralizie mediată cuantificare a ficoeritrinei criptofite. MethodsX 2017;4:209–13.
la C. elegans: complicitate la ortologul FOXO și NRF2 DAF-16 și SKN-1.3.Biotech [156] Rodrigues RDP și colab. Aplicarea lichidelor ionice protice în extracția asistată cu
2020;10:332. microunde a ficobiliproteinelor din Arthrospira platensis cu activitate antioxidantă.
Sept Purif Technol 2020;252:117448.
[130]Kumagai Y, Toji K, Katsukura S, Morikawa R, Uji T, Yasui H și colab. Caracterizarea
peptidelor inhibitoare ACE preparate din proteina Pyropia pseudolinearis. Mar [157] Hoseini F, Hoseini S. Procesul de atingere a celui mai înalt grad de puritate a
Drugs 2021;19(4):200.https://doi.org/10.3390/ md19040200. medicamentului a c-ficocianinei din alga Spirulina. Cerere de brevet N-WO
2019;2019/193614 A2:Iran.
[131]Ulagesan S, Nam TJ, Choi YH. Extracția și purificarea subunității alfa R-ficoeritrina [158]Wenming J.et al.Metoda de preparare a pulberii de polipeptidă ficobiliproteină.
din algele roșii marine Pyropia Yezoensis și activitățile sale biologice. Molecules Cererea de brevet N-CN 109536557 A, China (2019).
2021;26(21):6479.https://doi.org/ 10.3390/molecules26216479. [159] Schmatz DA, da Silveira Mastrantonio DJ, Vieira Costa JA, de Morais MG.
Încapsularea ficocianinei prin electrospray: o abordare promițătoare pentru
[132]Blas-Valdivia V, Rojas-Franco P, Serrano-Contreras JI, Sfriso AA, Garcia-Hernandez protecția compușilor sensibili. Food Bioprod Process 2020;119:206–15.
C, Franco-Colín M, et al. C-ficoeritrina din Phormidium persicinum previne leziunea
acută a rinichilor prin atenuarea stresului oxidativ și al reticulului endoplasmatic. [160] Pradeep HN, Nayak CA. Stabilitate îmbunătățită a colorantului C-ficocianină prin
Mar Drugs 2021;19(11):589.https://doi.org/ 10.3390/md19110589. încapsulare prin extrudare. J Food Sci Technol 2019;56:4526–34.
[161] Pan-utai W, Iamtham S. Microîncapsularea îmbunătățită a C-ficocianinei din
[133]Lee PT, Huang J, Huang CY, Liu ZX, Yeh HY, Huang HT și colab. Ficoeritrina din Arthrospira prin liofilizare cu diferite materiale de perete. Tehnologia alimentară.
Colaconema sp. Are efecte imunostimulatoare asupra creveților cu picioare albe Biotehnologia. 2020;58:423–32.
Litopenaeus vannamei și crește rezistența la Vibrio parahaemolyticus și virusul [162] Hashimoto T și colab. Încapsularea biomacromoleculelor prin înmuiere și
sindromului petei albe. Anim. un J. cu acces deschis din MDPI 2021;11(8):2371. cocristalizare în cristale proteice poroase de hemocianina. Biochem Biophys
https://doi.org/10.3390/ani11082371. Res Commun 2019;509:577–84.
[134] Kavitha MD și colab. Efectul ateroprotector al peptidelor noi din Porphyridium [163] Chandralekha A, Prashanth HS, Tavanandi H, Raghavarao KSMS. O nouă metodă de
purpureum în linia celulară de macrofage RAW 264.7 și studiul său de andocare încapsulare dublă a C-ficocianinei folosind sisteme apoase în două faze pentru
moleculară. Biotechnol Lett 2019;41:91–106. prelungirea duratei de valabilitate. J Food Sci Technol 2021;58:1750–63.
[135] Ying J și colab. Studiu transcripțional asupra apoptozei celulelor SKOV-3 induse de [164] Chen D și colab. Dezvoltarea ficocianinei „Armor-Plated” MOF și inhibarea sinergică
ficoeritrina din Gracilaria lemaneiformis. Anticancer Agents Med Chem a respirației celulare pentru terapia fotodinamică hipoxică în modele de xenogrefă
2021;21:1240–9. derivate de la pacient. Adv Healthc Mater 2021;10:2001577.
[136]Qi H, Liu Y, Qi X, Liang H, Chen H, Jiang P și colab. Ficoeritrina recombinantă
dietetică modulează microbiota intestinală a șoarecilor purtători de tumori H22. [165] Wen P și colab. Livrarea țintită a ficocianinei pentru prevenirea cancerului de colon
Mar Drugs 2019;17(12):665.https://doi.org/10.3390/md17120665. folosind fibre electrofilate. Food Funct 2019;10:1816–25.
[137] Sekar S, Chandramohan M. Phycobiliproteins ca marfă: tendințe în cercetarea [166] Wen Y și colab. Încapsularea ficocianinei prin fibre electrofilate pe bază de prebiotice
aplicată, brevete și comercializare. J Appl Phycol 2007;20:113–36. și polizaharide și efecte îmbunătățite de prevenire a cancerului de colon. Int J Biol
Macromol 2020;149:672–81.
[138] Sonani RR. Progrese recente în producția, purificarea și aplicațiile ficobiliproteinelor. [167] Huang Z, Guo B, Wong R, Jiang Y. Caracterizarea și activitatea antioxidantă a
World J Biol Chem 2016;7:100. ficocianinei care conține seleniu izolate din Spirulina platensis. Food Chem
[139]Vinothkanna A, Sekar S. Diagnostic Applications of Phycobiliproteins. În: Pigmenti 2007;100:1137–43.
din manualul de microalge585–610 (Springer International Publishing, 2020). [168]Zhi, H., Qinjie, L., Chenghui, ZH. & Zhihui, CA. Complexul polipeptidic
10.1007/978-3-030-50971-2_24 ficobiliprotein de selenilare a spirulinei antienterite și prepararea și aplicarea
[140]Kannaujiya VK, Kumar D, Pathak J, Sinha RP. Ficobiliproteinele și semnificația lor acestuia. Cererea de brevet N-CN 106491659 A, China (2017).
comercială. înCianobacterii207–216 (Elsevier, 2019). 10.1016/ [169] Thangam R și colab. C-Ficocianina din Oscillatoria tenuis a prezentat o activitate
B978-0-12-814667-5.00010-6 antioxidantă și antiproliferativă in vitro prin inducerea apoptozei și oprirea ciclului
[141] Corrêa PS, Morais Júnior WG, Martins AA, Caetano NS, Mata TM. Biomolecule de celular G 0/G1. Food Chem 2013;140:262–72.
microalge: metode de extracție, separare și purificare. Procese 2021;9:1–40. [170] Gupta NK, Gupta KP. Efectele C-Ficocianinei asupra genelor reprezentative ale
dezvoltării tumorii în pielea de șoarece expusă la 12-O-tetradecanoil-forbol-13-
[142] Rula NAM, Ganzon-Fortes ET, Pante MJR, Trono GC. Influența luminii, a mișcării apei acetat. Environ Toxicol Pharmacol 2012;34:941–8.
și a densității populației asupra creșterii și conținutului de pigment al Halymenia [171] Ge B și colab. Fermentarea și purificarea la scară pilot a aloficocianinei recombinate
durvillei (Rhodophyceae) în condiții de laborator. J Appl Phycol 2021;33:2367–77. supraexprimate în Escherichia coli. Biotechnol Lett 2005;27:783–7.

[143] Souza JMC, Castro JZ, Critchley AT, Yokoya NS. Răspunsuri fiziologice ale algelor [172] Wen R, Sui Z, Zhang X, Zhang S, Qin S. Exprimarea genei ficoeritrinei Gracilaria
roșii Gracilaria caudata (Gracilariales) și Laurencia catarinensis (Ceramiales) în lemaneiformis (Rhodophyta) în E. coli și evaluarea bioactivității PE recombinant. J
urma tratamentului cu un extract comercial din alga brună Ascophyllum nodosum Ocean Univ Chin 2007;6(4):373–7.
(AMPEP). J Appl Phycol 2019;31:1883–8. [173]Qing, Q. . Compoziție care conține extract de polizaharidă ficobiliproteină și
[144] Godínez-Ortega JL, Snoeijs P, Robledo D, Freile-Pelegrín Y, Pedersén M. Creșterea și utilizarea compoziției care conține extract de polizaharidă ficobiliproteină. Patent
compoziția pigmentului în alga roșie Halymenia floresii cultivată sub diferite acordat N-CN 108472323 B, China (2019).
calități de lumină. J Appl Phycol 2008;20:253–60. [174]Zhao, H., Pu, Y., Wei, M., Li, W. & Qin, S. Material nou bazat pe coajă naturală de
[145] Lee MC şi colab. Îmbunătățirea creșterii, producția de ficoeritrină și compoziția diatomee și ficobiliproteină și aplicare. Patent acordat N-CN 110292635 B, China
pigmentului în alga roșie Colaconema sp. Prin condiții optime de mediu într-un (2021).
sistem interior. Bioresour Technol 2021;333:125199. [175]Ouada, H. Ben & Ammar, J. Metode pentru inducerea sintezei ficobiliproteinelor.
[146] Xu Y și colab. Modelul de cultivare indus a îmbunătățit producția de ficoeritrină în (2017).
alga roșie Porphyridium purpureum. Bioprocess Biosyst Eng 2020;43:347–55. [176]Jia, Y.et al.Metode de extracție și purificare a ficobiliproteinei Nostoc Sphaeroides
kutzing și a ficoeritrinei purificate. Patent acordat N-CN 107200774 B, China
[147] Sosa-Hernández JE și colab. Intensitatea luminii și concentrația de azot influențează (2020).
producția de biomasă și ficoeritrină de către porphyridium purpureum.
Mar Drugs 2019;17:1–12. [177]Jia, Y.et al.Metodă de extracție și purificare pentru sphaeroizii Nostoc cu
[148] Bryant DA și colab. Clonarea moleculară și secvența de nucleotide a Așib subunități ficobiliproteină și ficoeritrina purificată. Patent acordat N-CN 107200774 B,
ale aloficocianinei din genomul cianele de Cyanophora paradoxa. Proc Natl Acad China (2020).
Sci USA 1985;82:3242–6. [178]Hongying L.et al.Metoda de extracție a ficobiliproteinei din Nostoc sphaeroides
[149] Liu S și colab. Biosinteza trimerului aloficocianin cianobacterian fluorescent în kutzing. Cererea de brevet N-CN 106432480 A, China (2017).
Escherichia coli. Photosynth Res 2010;105:135–42. [179]Li Z, Yiliang P, Wenjun S. Phycobiliprotein desenează cu mulți fallers unitatea de
[150] Zhao KH și colab. Reconstituirea linkerului nucleo-membrană ficobilizom, LCM, prin reacție a descărcarii corona. Brevet limitat N-CN 206219594 U, China (2017).
legarea cromoforului autocatalitic la ApcE. BBA 2005;1706:81–7. [180]Heshan X, Zhenxiang C. Tehnologie pentru separarea și purificarea ficobiliproteinei
[151] Gambetta GA, Lagarias JC. Ingineria genetică a biosintezei fitocromului în bacterii. din soluția de natron de procesare profundă a gracilaria tenuistipitata. Cererea de
Proc Natl Acad Sci USA 2001;98(19):10566–71. brevet N-CN 106220728 A, China (2016).
[152]Huaxin C, Peng J. Proteină fluorescentă recombinantă de ficobiliproteină cu [181]Yu, J.et al.Metodă de extracție și purificare a ficobiliproteinei și a ficocianinei
schimbare mare de stokes și metoda de preparare a acesteia. Brevet N- purificate. Patent acordat N-CN 107011433 B, China (2020).
CN108841846 B, China (2018). [182]Baosheng G, Xiangfa W, Fang H, Haixia CH. Kit pentru depistarea precoce a cancerului
hepatic și metoda de preparare a acestuia. Cerere de brevet N-CN 109085362
A, China (2018).

1
J. Dagnino-Leone, Cristina Pinto Figueroa, Mónica Latorre Castañeda et al. Jurnalul de biotehnologie computațională și structurală 20 (2022) 1506–1527

[183] Xudong J, Wenjun L. Song QI. Bandă de reactiv de detectare care utilizează subunitatea de
ficobiliproteină fluorescentă recombinată și metoda de preparare a acesteia. Cerere de cortexul prefrontal medial al șobolanilor și taurina îl pot proteja. Acta Histochem
brevet N-CN 107064490 A, China (2017). 2018;120:586–94.
[184]Tianfeng C, Wenjie Z, Yanyu H. Purtător de medicament antitumoral și metoda de [190] Altunay N. O abordare de optimizare pentru determinarea rapidă, simplă și precisă
aplicare a acestuia. Patent acordat N-CN 104667289 B, China (2018). a indigo-carminului în probele alimentare. Spectrochim Acta Partea A
[185]Wenjun L.et al.Metoda de preparare a hidrogelului cu rețea dublă încărcat cu Mol Biomol Spectrosc 2021;257:119791.
ficobiliproteină. Patent acordat N-CN 109535448 B, China (2021). [191] Coros M și colab. Oxid de grafen redus termic ca adsorbant verde și ușor disponibil
pentru decontaminarea Sunset Yellow. Environ Res 2020;182:109047.
[186]Ruiz Canovas E.et al.Compoziții pentru protecția pielii care includ enzime de
reparare a ADN și ficobiliproteină. Patent acordat N-US 11071707 B2, Spania
(2021). [192] Guerrero-Rubio MA, López-Llorca R, Henarejos-Escudero P, García-Carmona F,
Gandía-Herrero F. Scaled-up biotechnological production of individual betalains in
[187]Yang J, Zheng Y. Proteza de valvă cardiacă, metoda de pregătire și metoda de
sterilizare in vivo a protezei valvei cardiace. Patent acordat N-CN 109999219 a microbial system. Microb Biotechnol 2019;12:993–1002.
B, China (2021). [193]Wehrs M și colab. Eficiența producției indigoidinei peptidei non-rizozomale
bacteriene se bazează pe starea metabolică respiratorie la S. cerevisiae. Microb.
[188]Coxam R, Davicco MJ, Leotoing L, Wauquier F. Phycocyanin Composition For Use In
Inhibiting Bone Resorbtion. Brevet acordat N-FR 3066919 B1, Franța (2020). Cell Factory 2018;171(17):1–11.
[194] Wang Z, Tschirhart T, Schultzhaus Z, Kelly EE, Chen A, Oh E și colab. Melanina
produsă de bacteria marina cu creștere rapidă vibrio natriegens prin biosinteză
[189] Noorafshan A, Hashemi M, Karbalay-Doust S, Karimi F. Doza mare de roșu Allura,
mai degrabă decât doza ADI, induce modificări structurale și comportamentale în heterologă: Caracterizare și aplicare. Appl Environ Microbiol 2020;86(5).https://
doi.org/10.1128/AEM.02749-19.

S-ar putea să vă placă și