Universitatea de Medicină şi Farmacie

« Iuliu Haţieganu »
Cluj-Napoca
Facultatea de Medicină

COURS DE
BIOCHIMIE DESCRIPTIVE

Cristina Drugan

Editura Medicală Universitară „Iuliu Hațieganu”

Cluj-Napoca
2018
 © EDITURA MEDICALĂ UNIVERSITARĂ “IULIU HAŢIEGANU”
CLUJ-NAPOCA

Cours de biochimie descriptive

Descrierea CIP a Bibliotecii Naţionale a României

DRUGAN, CRISTINA
Cours de biochimie descriptive / Cristina Drugan. - Cluj-Napoca : Editura
Medicală Universitară "Iuliu Haţieganu", 2018
Conţine bibliografie
ISBN 978-973-693-820-7

577.1

Toate drepturile acestei ediţii sunt rezervate Editurii Medicale Universitare “Iuliu
Haţieganu”. Tipărit în România. Nicio parte din această lucrare nu poate fi
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PRINTED IN ROMÂNIA
 Sommaire
1. Introduction ................................................................................... 9
1.1. Importance de la Biochimie médicale ................................................... 9
1.2. Composition chimique des cellules ..................................................... 10
Bioéléments ...................................................................................... 10
Micromolécules ................................................................................ 11
Macromolécules ............................................................................... 14
1.3. Interactions moléculaires réversibles.................................................. 15
Attractions électrostatiques ............................................................. 15
Liaisons hydrogènes .......................................................................... 16
Liaisons Van der Waals ..................................................................... 17
Attractions hydrophobes .................................................................. 17
2. Acides aminés et peptides ............................................................. 19
2.1. Structure des acides aminés................................................................ 19
Structure des acides aminés standard .............................................. 19
Particularités des acides aminés standard........................................ 21
2.2. Propriétés générales des acides aminés ............................................. 25
Polarité et hydrophobicité des acides aminés .................................. 25
Ionisation des acides aminés ............................................................ 26
Propriétés optiques des acides aminés ............................................ 29
Absorbance de la lumière ultraviolette ............................................ 29
2.3. Liaison peptidique ............................................................................... 30
Propriétés de la liaison peptidique ................................................... 31
2.4. Exemples de peptides.......................................................................... 33
Le glutathion ..................................................................................... 33
La vasopressine ................................................................................. 34
Le glucagon ....................................................................................... 35
L’insuline ........................................................................................... 35
3. Structure des protéines.................................................................. 36
3.1. Organisation générale des protéines .................................................. 36
3.2. Structure primaire ............................................................................... 38
Importance des séquences peptidiques ........................................... 38
3.3. Structure secondaire ........................................................................... 39
Hélice alpha....................................................................................... 40
Feuillet bêta ...................................................................................... 41
Associations de structures secondaires ............................................ 42
3.4. Structure tertiaire ................................................................................ 42
3.5. Structure quaternaire .......................................................................... 44
3.6. Domaines des protéines ...................................................................... 45

3
 3.7. Repliement des protéines ................................................................... 47
3.8. Protéines fibrillaires ............................................................................ 47
Collagène .......................................................................................... 48
Élastine .............................................................................................. 53
3.9. Relation structure – fonction .............................................................. 54
4. Fonction des protéines .................................................................. 56
4.1. Protéines transporteuses .................................................................... 56
4.2. Myoglobine.......................................................................................... 57
4.3. Hémoglobine ....................................................................................... 60
Structure de l’hémoglobine .............................................................. 60
Oxygénation de l’hémoglobine ......................................................... 62
Affinité de l’hémoglobine envers l’oxygène ..................................... 64
Anomalies de l’hémoglobine ............................................................ 66
4.4. Glycoprotéines et protéoglycanes ...................................................... 67
4.5. Immunoglobulines ............................................................................... 68
Structure des immunoglobulines ...................................................... 68
Classes d’immunoglobulines............................................................. 69
5. Structure et fonction des enzymes ................................................. 72
5.1. Définition et propriétés générales ...................................................... 72
Importance des enzymes .................................................................. 73
Classification des enzymes................................................................ 74
Structure générale ............................................................................ 75
Cofacteurs enzymatiques.................................................................. 76
5.2. Cinétique enzymatique........................................................................ 77
Vitesse des réactions enzymatiques ................................................. 78
Étapes de la réaction enzymatique................................................... 78
Influence de la concentration de l’enzyme....................................... 80
Influence de la concentration du substrat ........................................ 82
Influence du pH sur l’activité enzymatique ...................................... 85
Influence de la température sur l’activité enzymatique .................. 86
5.3. Inhibition enzymatique ....................................................................... 87
Inhibiteurs irréversibles .................................................................... 87
Inhibiteurs réversibles compétitifs ................................................... 89
Inhibiteurs réversibles non-compétitifs ............................................ 91
Inhibiteurs réversibles incompétitifs ................................................ 93
5.4. Enzymes allostériques et voies métaboliques..................................... 94
Conformation des enzymes allostériques......................................... 94
Diagramme de Hill ............................................................................ 96
Voies métaboliques et enzymes-clé ................................................. 97
Régulation de l’activité enzymatique ............................................... 98
Isoenzymes...................................................................................... 100

4
6. Vitamines et coenzymes .............................................................. 102
6.1. Vitamines liposolubles....................................................................... 103
Vitamine A (rétinol) ........................................................................ 103
Vitamine D (cholécalciférol)............................................................ 104
Vitamine E (alpha-tocophérol)........................................................ 105
Vitamine K (2-méthyl-1,4-naphthoquinone) .................................. 106
6.2. Vitamines hydrosolubles ................................................................... 107
Vitamine B1 (thiamine) .................................................................... 107
Vitamine B2 (riboflavine) ................................................................. 109
Vitamine PP (nicotinamide) ............................................................ 110
Vitamine B6 (pyridoxine) ................................................................. 112
Biotine (vitamine H) ........................................................................ 114
Acide pantothénique ...................................................................... 114
Acide folique ................................................................................... 115
Vitamine B12 (cobalamine) .............................................................. 118
S-adénosyl-méthionine (SAM) ........................................................ 120
Vitamine C (acide ascorbique) ........................................................ 121
Coenzyme Q10 (ubiquinone)............................................................ 123
Cytochromes ................................................................................... 123
6.3. Radicaux libres ................................................................................... 124
Effets cytotoxiques et mécanismes de défense ............................. 125
7. Structure des acides nucléiques ................................................... 127
7.1. Transmission de l’information génétique ......................................... 127
7.2. Composition biochimique des acides nucléiques.............................. 129
Bases azotées .................................................................................. 130
Nucléosides et nucléotides ............................................................. 131
Hybridation des bases azotées ....................................................... 133
7.3. Structure de l’acide ribonucléique .................................................... 134
7.4. Structure de l’acide désoxyribonucléique ......................................... 135
La double hélice .............................................................................. 136
Stabilisation de la double hélice ..................................................... 138
7.5. Signification de la séquence de nucléotides ..................................... 138
8. Réplication de l’ADN .................................................................... 140
8.1. Action des ADN polymérases ............................................................ 140
8.2. Réplication semi-conservative de l’ADN ........................................... 142
9. Transcription des gènes ............................................................... 146
9.1. Principe de la transcription ............................................................... 147
9.2. Eléments régulateurs de l’ARN-polymérase II................................... 148
Structure du promoteur chez les eucaryotes ................................. 148
Séquences régulatrices ................................................................... 149

5
 Facteurs de transcription ................................................................ 151
9.3. Action de l’ARN-polymérase II........................................................... 152
Initiation de la transcription ........................................................... 152
Élongation de la transcription......................................................... 154
Fin de la transcription ..................................................................... 154
9.4. Modifications du transcrit primaire .................................................. 155
Excision - épissage........................................................................... 155
Addition de la coiffe ........................................................................ 157
Addition de la queue poly-A ........................................................... 158
Édition ............................................................................................. 158
Structure de l’ARN messager .......................................................... 159
10. Traduction des messagers ............................................................ 160
10.1. Principe de la traduction ................................................................... 160
10.2. Code génétique ................................................................................. 161
Propriétés du code génétique ........................................................ 161
10.3. Ribosomes ......................................................................................... 163
10.4. ARN de transfert ................................................................................ 166
Structure des ARN de transfert....................................................... 166
Nucléosides modifiés ...................................................................... 167
Interaction codon-anticodon .......................................................... 168
10.5. Action des aminoacyl-tARN-synthétases .......................................... 168
10.6. Initiation de la traduction .................................................................. 171
Cadre de lecture.............................................................................. 173
10.7. Élongation.......................................................................................... 174
10.8. Fin de la traduction............................................................................ 177
10.9. Modifications post-traductionnelles ................................................. 178
10.10. Mutations et polymorphismes .......................................................... 179
11. Molécules informationnelles........................................................ 180
11.1. Systèmes de signalisation .................................................................. 180
Hormones ....................................................................................... 183
Récepteurs ...................................................................................... 183
Protéines G...................................................................................... 186
Seconds messagers ......................................................................... 188
11.2. Signalisation par la voie la voie des nucléotides cycliques................ 190
Hormones agissant par la voie des nucléotides cycliques .............. 192
11.3. Signalisation par la voie des phosphoinositides et des diglycérides . 193
11.4. Signalisation par la voie des tyrosine-kinases ................................... 196
11.5. Signalisation par le monoxyde d’azote.............................................. 198
11.6. Signalisation par la voie des récepteurs nucléaires .......................... 199
Bibliographie ........................................................................................ 201

6
 Avant-propos

La biochimie est souvent perçue comme une matière difficile et plutôt

éloignée de la pratique médicale courante. Cependant, elle peut être vue comme
un socle sur lequel est bâti le raisonnement clinique. D’autre part, de nos jours, les
connaissances fondamentales interviennent de plus en plus dans la démarche
diagnostique, la prescription des médicaments ou le suivi thérapeutique.
L’interprétation des analyses médicales, l’élucidation du mécanisme d’action des
médicaments, la prescription des traitements ciblés, agissant selon le génotype des
patients, sont autant d’exemples de situations où la biochimie intervient dans la
pratique médicale, en y apportant une meilleure compréhension des maladies et
une orientation plus aisée dans le labyrinthe des possibilités thérapeutiques.
De plus, la biochimie nous fait découvrir le vivant sous un angle différent.
En étudiant cette matière, les étudiants auront l’occasion de découvrir le monde
extrêmement riche des molécules et des atomes qui constituent les organismes
vivants. Au cours du dernier siècle, les informations sur leurs interactions, leur
versatilité, leur complexité structurale et fonctionnelle ont contribué de manière
décisive à l’évolution de la médecine. Ainsi, la biochimie nous présente une
perspective inouïe sur le vivant et son étude apparaît dès lors comme un parcours à
la fois extravagant et provocateur.
Ce livre s'adresse aux étudiants francophones en première année des
études de médecine, ainsi qu'aux étudiants en années supérieures qui souhaitent
actualiser leurs connaissances fondamentales. L’étude des biomolécules commence
par la présentation de leurs fonctions et leurs principales interactions. La relation
structure - fonction est illustrée par l’étude des protéines, des enzymes et des
cofacteurs enzymatiques. Une attention particulière est accordée à la structure des
acides nucléiques et à la transmission de l'information génétique. La signalisation
moléculaire est abordée de manière schématique, en insistant sur le substrat
biochimique des interactions réversibles et sur les corrélations avec la pathologie.
Au fil des années, l’expérience de cet enseignement a été celle d’un
apprentissage réciproque. Les questions et les observations formulées par les
anciens étudiants m’ont permis de mieux comprendre cette matière et de chercher
des réponses lorsqu’ils souhaitaient en savoir plus. Je leur remercie pour l’intérêt
accordé à cette matière et j’espère que ce texte puisse trouver sa place parmi les
ouvrages ayant contribué à la formation des actuels étudiants.

7
 1. Introduction
1.1. Importance de la Biochimie médicale

La biochimie est une science assez récente, qui se propose de déchiffrer la

logique du vivant. Elle se situe à l’interface entre la biologie et la physiologie, d’un
côté, et la chimie, la mécanique quantique et la biophysique, de l’autre côté. Les
biochimistes essaient de comprendre le fonctionnement des organismes vivants, à
partir des propriétés qui définissent les atomes et les molécules, structures qui, à
l’heure actuelle, nous apparaissent inertes. La biochimie médicale est orientée vers
l’élucidation du comportement des biomolécules, en relation avec la physiologie et
la pathologie humaine.
La vie présente des propriétés exceptionnelles. Cependant, elles sont sous-
tendues par la structure et le comportement des biomolécules, qui obéissent aux
lois de la physique. Parmi les propriétés qui définissent les organismes vivants, les
plus importantes sont:
Le recueil, la transformation et l’utilisation de l’énergie disponible dans
l’environnement
La transmission de l’information génétique, c’est-à-dire la capacité de
d’autoréplication et d’assemblage d’une nouvelle cellule, identique à
son précurseur
La communication avec le milieu environnant
La différenciation et la communication entre les cellules faisant partie
des organismes pluricellulaires
La diversité des composés biochimiques et l’universalité des
biomolécules, présentes chez tous les organismes vivants (les acides
nucléiques, les protéines, les molécules riches en énergie);
l’assemblage des composés chimiques représente finalement
beaucoup plus que la somme des parties constitutives.

L’élucidation de la structure des acides nucléiques (ADN et ARN) a marqué

le début d’une révolution en biochimie et en biologie moléculaire. De nos jours,
l’analyse génomique structurelle et fonctionnelle est devenue possible grâce aux
connaissances acquises sur la transmission de l’information génétique:
La réplication de l’ADN, qui précède la division cellulaire
L’expression des gènes, qui aboutit à la synthèse des molécules d’ARN
et de protéines.

9
 L’élucidation de la structure et du rôle des protéines a ouvert de nouvelles
perspectives pour la biochimie médicale:
L’analyse du protéome, la constellation de protéines qui font partie
d’une cellule ou d’un certain type de tissu
L’élucidation des voies métaboliques
L’analyse de la transmission des signaux biologiques
La compréhension de l’embryogenèse et de la différenciation
cellulaire.

La médecine (post)génomique est un domaine récent, situé à l’interface

entre la biochimie, la biotechnologie, la génétique et la biologie moléculaire. Cette
nouvelle approche s’est constituée progressivement à partir des données issues de
l’analyse génomique des systèmes modèles (la souris, la levure, plusieurs souches
de bactéries, le nématode C. elegans, la plante Arabidopsis thaliana, le poisson
zèbre). En utilisant les développements technologiques récents, parmi lesquels les
micro-réseaux peptidiques et les puces à ADN, la médecine génomique propose
des nouvelles stratégies pour le diagnostic, la prophylaxie et le traitement des
maladies (la substitution enzymatique, la thérapie génique, l’emploi des chaperons
moléculaires et même la correction des erreurs génétiques).

1.2. Composition chimique des cellules

Bioéléments
Parmi les constituants du tableau périodique des éléments chimiques,
seulement quelques-uns sont présents dans les cellules eucaryotes (figure 1.1).
Ces éléments sont classifiés en fonction de leur abondance relative. Les
éléments principaux sont majoritaires, tandis que les oligoéléments sont présents
uniquement sous forme de traces:
Eléments majeurs – l’hydrogène, l’oxygène, l’azote, le carbone, le
phosphore, le soufre, le chlore et les éléments métalliques (le sodium,
le potassium, le magnésium et le calcium); à eux seuls, les quatre
premiers éléments représentent 99% de la masse cellulaire
Oligoéléments – le fer, le zinc, le cuivre, le cobalt, le molybdène, le
sélénium, le fluor, l’iode, souvent nécessaires à l’action des enzymes et
des transporteurs moléculaires.

10
 Figure 1.1. Eléments présents dans la composition biochimique des cellules

Parmi ces éléments, un rôle central revient à l’atome de carbone,

constituant essentiel du vivant. Ses propriétés chimiques (la réactivité, la
configuration des orbitales extérieures) expliquent l’abondance du carbone dans la
composition des biomolécules.
Cet atome se lie par liaisons covalentes (simples, doubles, triples), très
stables, à d’autres atomes pour générer des structures linéaires, branchées ou
cycliques. Son état varie entre la forme complètement oxydée (CO2) et la forme
complètement réduite (CH4). En outre, il réagit facilement avec d’autres
bioéléments, notamment l’hydrogène, l’oxygène, l’azote ou le soufre. L’addition
des groupements fonctionnels (alcool, amine, carbonyle, carboxyle) conduit à des
molécules complexes, douées d’une forte réactivité chimique et d’une
conformation spatiale unique.

Micromolécules
Les micromolécules sont représentées par l’eau, les ions, les unités de
construction des macromolécules et les intermédiaires métaboliques.
L’eau est le constituant principal de l’organisme humain: cette molécule
unique représente environ 70% de la masse cellulaire, avec des variations de
répartition tissulaire comprises entre 90% (le sang) et 25% (le tissu osseux). Sur
notre planète, la vie semble avoir apparu dans un milieu aqueux. De ce fait, les
propriétés de l’eau ont laissé leur empreinte sur l’assemblage, la structure et la
fonction des biomolécules. L’eau accomplit de nombreux rôles:
C’est le déterminant des attractions hydrophobes qui relient les
molécules non-polaires et interviennent dans la conformation des
macromolécules (protéines, acides nucléiques) et la structure des
membranes biologiques

11
 L’eau est un excellent solvant pour les molécules polaires
Elle participe au transport et à l’absorption des molécules polaires
Elle participe activement aux réactions du métabolisme
L’eau intervient directement dans les processus de détoxication
métabolique.

Les propriétés chimiques et physiques de cette molécule (figure 1.2)

expliquent son abondance dans le vivant.
L’eau est une molécule polaire: elle présente une charge négative partielle
( 2-), autour de l’atome d’oxygène et deux charges positives partielles, créées par
les deux atomes d’hydrogène (2 +). La charge négative est égale à la somme des
deux charges positives. Cette distribution des électrons entraîne l’apparition de
deux pôles électriques. La molécule est donc un dipôle. Cette polarité s’explique
par le caractère électronégatif de l’atome d’oxygène qui attire plus fort les
électrons des deux liaisons covalentes établies avec les atomes d’hydrogène. Par
conséquent, le partage des électrons entre l’oxygène et l’hydrogène est inégal,
avec une forte tendance des électrons à se placer autour du noyau de l’oxygène.
L'eau est une molécule cohésive: les dipôles de l'eau interagissent entre
eux par des attractions entre les pôles portant des charges opposées, pour former
un réseau tridimensionnel, où chaque molécule se lie avec quatre autres molécules
(figure 1.2). Ce phénomène est évident dans la structure de la glace, mais de
nombreuses molécules interagissent aussi, bien que de manière transitoire, dans
l’eau liquide. Le réseau tridimensionnel qui en résulte intervient dans la
configuration spatiale des biomolécules.
Le substrat moléculaire de cette cohésion est l’attraction entre les charges
électriques des atomes d’hydrogène et d’oxygène. Bien que faibles, ces attractions
constituent des liaisons hydrogènes, très importantes en biologie.
L’eau est le principal solvant pour les molécules polaires, constituées d’ions
ou de groupements capables d'interagir avec ses dipôles: alcool, amine, carbonyle,
carboxyle, phosphate. Ces composés sont appelés hydrophiles, par opposition aux
molécules hydrophobes, non-polaires, qui ne peuvent pas engendrer des liaisons
avec les dipôles de l'eau. Les ions OH- et H3O+ interviennent dans la solubilisation
des molécules polaires, en s’orientant de manière à favoriser les attractions entre
les charges opposées. L’orientation des dipôles de l’eau par rapport aux ions ou
aux groupements fonctionnels présents dans la solution aqueuse explique la
dissolution des solutés.

12
 Figure 1.2. Propriétés de l’eau

L’eau est également le déterminant des attractions hydrophobes. Les

molécules hydrophobes (aliphatiques ou aromatiques) n’interagissent pas avec
l’eau et détruisent le réseau des liaisons hydrogènes qui relient ses dipôles. Afin de
minimiser le contact avec l’eau, ces molécules seront «attirées» vers elles-mêmes
par des liaisons qu’on appelle hydrophobes, importantes dans la structure spatiale
des macromolécules.
Parmi les propriétés physiques de l’eau, la tension superficielle élevée, la
chaleur de vaporisation et la chaleur spécifique augmentées, ainsi que la haute
température d’ébullition, sont également importantes en biochimie. Ces
particularités sont la conséquence des forces d’attraction qui réunissent les dipôles
entre eux.

13
 Plusieurs ions positifs et négatifs (Na+, K+, Ca2+, Cl-, Mg2+, PO43-) participent
à la composition biochimique cellulaire. Ils sont importants pour les interactions
moléculaires réversibles, surtout les attractions électrostatiques qui s’établissent
entre les charges opposées.
La distribution des électrolytes dans les compartiments de l’organisme est
maintenue constante, grâce à la dépense d'une grande quantité d’énergie.
Certains ions métalliques participent aussi à la catalyse des réactions biochimiques.
Une autre catégorie de micromolécules est représentée par les
monomères pour la synthèse des macromolécules:
Les acides aminés, monomères pour la synthèse des protéines
Les nucléotides, unités de construction des acides nucléiques
Les monosaccharides, qui s’associent pour former les polysaccharides
Les acides gras, qui participent à la structure des lipides.

Les intermédiaires métaboliques sont représentés par des centaines de

molécules différentes: coenzymes libres, acides organiques, glucides, lipides. Ces
intermédiaires jouent un rôle essentiel au cours des réactions biochimiques.

Macromolécules
Les macromolécules ont une structure complexe, qui résulte de
l’enchainement répétitif des unités moléculaires de petite taille. Les
macromolécules présentes dans les systèmes biologiques sont: les protéines, les
acides nucléiques, les lipides et les polysaccharides.
Les protéines résultent de la polycondensation des acides aminés. Malgré
leur étonnante diversité structurelle et fonctionnelle, ces molécules sont formées
de seulement 20 unités différentes, répétées de façon non-périodique.
Les acides nucléiques sont constitués de nucléotides. Ces unités de
construction sont synthétisées à partir de bases azotées:
L’adénine, la cytosine, la guanine et la thymine sont présentes dans la
structure de l’ADN
L’adénine, la cytosine, la guanine et l’uracile font partie de la structure
de l’ARN.

Les lipides associent les acides gras aux alcools et éventuellement aux
monosaccharides.
Les polysaccharides sont synthétisés par la par l’association répétitive des
monosaccharides.

14
 Les ensembles supra-macromoléculaires sont des complexes formés de
protéines, acides nucléiques, coenzymes, lipides et autres molécules qui
accomplissent la même fonction: déplacement cellulaire, contraction musculaire,
transport des lipides sanguins, réplication de l’ADN, biosynthèse des protéines...

1.3. Interactions moléculaires réversibles

Les liaisons fortes sont des liaisons covalentes, très stables. Leur
dissociation exige une grande quantité d’énergie. Ces liaisons assurent la stabilité
des structures biologiques. Au contraire, les liaisons faibles, non-covalentes, sont
facilement réversibles. Plusieurs types de liaisons faibles participent aux
interactions réversibles: les attractions électrostatiques, les liaisons hydrogènes,
les liaisons Van der Waals et les attractions hydrophobes.
Malgré leur faible énergie, ces interactions sont essentielles au
déroulement des phénomènes réversibles, parmi lesquelles on peut citer:
La reconnaissance moléculaire (enzyme – substrat, récepteur – ligand)
L’acquisition de la conformation tridimensionnelle des protéines
L’acquisition de la structure des acides nucléiques
L’expression des gènes et la réplication de l’ADN
La transmission des signaux biologiques.

Attractions électrostatiques
Les attractions électrostatiques s’établissent entre les fonctions ionisées
qui portent des charges opposées, par exemple le groupement carboxyle –COO– et
le groupement amino –H3N+, présents dans la structure des acides aminés. Des
forces de répulsion surviennent entre les groupements fonctionnels ayant la même
charge électrique. L’énergie de ces liaisons est très faible (3-7 kcal/mole), ce qui
explique leur caractère réversible.
L’attraction est maximale dans le vide, mais faible dans un milieu aqueux, à
cause de l’interférence des dipôles de l’eau.
L’état d'ionisation des groupements fonctionnels est influencé par le pH du
milieu environnant. Les attractions électrostatiques sont donc dépendantes du pH.
Par exemple, les fonctions ionisables des acides aminés faisant partie de la
structure des protéines sont influencées par les variations du pH, qui modifient la
conformation des protéines.

15
 Liaisons hydrogènes
Ces liaisons résultent du partage d’un atome d’hydrogène entre deux
atomes: un donneur et un accepteur. L’accepteur est un atome à caractère
électronégatif (oxygène, azote, soufre), dont la charge négative partielle attire
l’atome d’hydrogène (figure 1.3). Malgré sa liaison covalente avec l'atome
donneur, l'hydrogène porte une charge positive partielle qui explique son
attraction vers l'atome accepteur (électronégatif).

Figure 1.3. Exemples de liaisons hydrogènes

Ces liaisons se caractérisent par une énergie très faible (3-7 kcal/mole),
mais un grand nombre de telles liaisons induit une interaction forte, surtout
lorsque les atomes participants sont colinéaires. Par exemple, la liaison entre les
deux chaînes de nucléotides dans la molécule d’ADN est fortement stabilisée par
un grand nombre de liaisons hydrogènes entre les bases azotées.

16
 Liaisons Van der Waals
Ces liaisons (figure 1.4) sont dues à l’attraction non-spécifique qui s'établit
entre deux atomes situés à proximité (3-4 Å). L’interaction qui en résulte est
causée par la distribution asymétrique des orbitales électroniques, induisant
l’apparition de charges électriques partielles.

Figure 1.4. Énergie de la liaison Van der Waals

L’énergie de cette liaison est extrêmement faible (0,6-1 kcal/mole).

Cependant, ces attractions sont importantes en biochimie, car elles stabilisent le
rapprochement moléculaire induit par la complémentarité stérique. Elles assurent
ainsi la spécificité des interactions biologiques, par exemple les liaisons entre les
enzymes et leurs substrats, ou encore entre les récepteurs membranaires et leurs
ligands.

Attractions hydrophobes
Les molécules non-polaires, hydrophobes, empêchent la formation des
liaisons hydrogènes entre les dipôles de l’eau. Ces molécules forment des zones
hydrophobes, d’où les dipôles de l’eau sont repoussés vers l’extérieur. Les
attractions hydrophobes résultent de l’agrégation spontanée des molécules non-
polaires dans un milieu aqueux, afin de minimiser leur contact avec l’eau (figure
1.5).
Ces interactions sont importantes pour la structure des membranes
biologiques, l'acquisition de la conformation des protéines, l’absorption des lipides
alimentaires, ou encore la reconnaissance des substrats hydrophobes par les
enzymes.

17
 Figure 1.5. Exemple d’interactions hydrophobes

Les molécules amphiphiles (acides gras, phospholipides…) sont constituées

d’une extrémité polaire, souvent chargée et d’une chaîne hydrocarbonée non-
polaire. Placées dans l’eau, elles s’orientent spontanément de manière à favoriser
la dissolution de l’extrémité polaire, tout en évitant le contact entre la partie
hydrophobe et les dipôles de l’eau. Il en résulte des micelles, des liposomes et des
couches lipidiques, qui sont les précurseurs des membranes (figure 1.6).

Figure 1.6. Structure des micelles et des couches lipidiques

18
 2. Acides aminés et peptides
2.1. Structure des acides aminés
Les acides aminés sont les monomères (unités de construction) qui
participent à la structure des protéines. Ils sont également les produits de
dégradation des protéines et des peptides.
Les acides aminés standard (au nombre de 20) sont spécifiés par le code
génétique, c’est-à-dire que leur incorporation dans chaque protéine est dictée par
la séquence de nucléotides dans le gène qui spécifie la protéine respective. Il existe
au moins un codon (une suite de trois nucléotides) pour chacun de ces 20 acides
aminés.
Les acides aminés non-standard ont des structures similaires, mais ne sont
pas spécifiés par le code génétique.

Structure des acides aminés standard

Du point de vue structurel, les acides aminés standard sont des composés
amphotères ayant deux groupements fonctionnels à caractère opposé (figure 2.1):
La fonction amino –NH2, basique, est capable d’accepter un proton en
solution aqueuse pour former le groupement –NH3+
La fonction carboxyle –COOH, acide, est capable de céder un proton en
solution aqueuse pour former le groupement –COO–
Les deux fonctions sont liées au même atome de carbone, appelé
alpha
Le carbone alpha lie aussi une chaîne latérale ou radical (R), différent
pour chaque type d’acide aminé et responsable de ses propriétés
uniques
Les propriétés chimiques des chaînes latérales déterminent les
propriétés des acides aminés et sont le fondement des particularités
biochimiques des protéines.

Les acides aminés non-standard (figure 2.2) sont classifiés selon leur rôle
biologique. Ceux qui font partie de la structure des protéines, sans être spécifiés
par le code génétique, résultent de la modification post-traductionnelle des acides
aminés standard. Ils sont synthétisés après la biosynthèse des protéines, par
modification chimique des acides aminés standard (par exemple l’hydroxylation de
la proline ou de la lysine, la méthylation de la lysine…).

19
 Les intermédiaires métaboliques (ornithine, citrulline, homocystéine,
homosérine, taurine...) proviennent de la diète ou des réactions du métabolisme.
Certains acides aminés non-standard sont des messagers (hormones et
neurotransmetteurs), synthétisés à partir des acides aminés standard. On y
rencontre les hormones thyroïdiennes (dérivées de l’iodo-tyrosine) et les
neurotransmetteurs comme le gamma-aminobutyrate (GABA), ou encore la
dihydroxy-phénylalanine (DOPA).

Figure 2.1. Structure des acides aminés standard

20
 Figure 2.2. Exemples d’acides aminés non-standard
A – ornithine; B – DOPA; C, D – précurseurs des hormones thyroïdiennes

Particularités des acides aminés standard

Les propriétés des acides aminés standard dépendent de leur chaîne
latérale (R). Le nom de chaque acide aminé est abrévié par un code à trois lettres
ou, pour les séquences plus longues (protéines ou peptides), un code à une lettre.
La glycine ou le glycocolle (Gly) est un acide aminé à caractère neutre.
C'est le plus petit des acides aminés, sa chaîne latérale se réduisant à
un seul atome d’hydrogène
Cette structure lui permet de participer à la constitution de sites
spécifiques des protéines (par exemple la triple hélice du collagène)
C'est le seul acide aminé ayant une structure symétrique (un carbone
asymétrique possède quatre substituants de nature différente; à cause
des deux substituants identiques liés au carbone alpha, la glycine ne
possède pas d'activité optique).

L’acide aspartique (Asp), ou l’aspartate et l'acide glutamique (Glu), ou le

glutamate sont des acides aminés à caractère acide.
Leurs chaînes latérales portent chacune une fonction acide
carboxylique
Cette fonction est ionisée au pH physiologique, ayant une charge nette
négative

21
 La charge négative leur confère un caractère polaire et hydrophile
Ces acides aminés participent aux liaisons électrostatiques avec les
charges positives des autres acides aminés (arginine, lysine),
contribuant ainsi à la structure tridimensionnelle des protéines
Le glutamate est présent souvent dans les centres actifs des enzymes,
où il fixe le substrat (molécule reconnue par les enzymes) par des
liaisons électrostatiques.

La lysine (Lys) est un acide aminé à caractère basique.

Sa chaîne latérale comporte une chaîne de quatre carbones, suivie
d’une fonction amine, positive au pH physiologique, donc polaire et
hydrophile
Cette charge positive participe aux liaisons électrostatiques avec les
charges négatives des autres acides aminés (acide aspartique, acide
glutamique), contribuant ainsi à la configuration spatiale des protéines

L’arginine (Arg) est un acide aminé à caractère basique.

Sa chaîne latérale comporte trois carbones, suivis d’un noyau
guanidinium: un atome de carbone entouré de 3 fonctions amino; ce
noyau porte une charge positive, délocalisée dans les orbitales des
liaisons C-N
Le noyau guanidinium est le plus polaire parmi les chaînes latérales
des acides aminés standard
L’arginine forme des liaisons électrostatiques avec les charges
négatives des acides aspartique et glutamique, contribuant ainsi à la
structure tridimensionnelle des protéines
L’arginine participe à la structure de nombreux sites de liaison, où elle
fixe le ligand (molécule reconnue spécifiquement par une protéine)
par des attractions électrostatiques.

L’histidine (His) est un acide aminé à caractère basique.

Sa chaîne latérale comporte un carbone attaché au noyau imidazole,
qui apparaît ionisé au pH proche du pH physiologique (7,4)
Ce noyau est polaire, mais peu hydrophile
L’histidine est présente souvent dans les centres actifs des enzymes,
où elle participe à la fixation du ligand.

22
 La cystéine (Cys) est un acide aminé soufré.
Sa chaîne latérale comporte un carbone porteur d’une fonction thiol
(SH), faiblement polaire
Cette fonction peut s’oxyder en se liant de manière covalente à une
autre fonction thiol; il en résulte un pont disulfure (figure 2.3)
Ce sont les liens les plus stables de la conformation des protéines
La cystéine (forme réduite) et cystine (forme oxydée) forment un
couple d’oxydoréduction, responsable de l’état d’oxydoréduction des
protéines.

L’asparagine (Asn) et la glutamine (Gln) sont des acides aminés porteurs

d’une fonction amide.
Leurs chaînes latérales se terminent par une fonction acide
carboxylique, amidifiée par l’ammoniac; cette modification dissimule
le caractère acide de la fonction carboxyle
A cause des liaisons hydrogènes qui entourent la fonction amide, ces
chaînes latérales sont faiblement polaires, mais ne portent pas de
charges électriques
La glutamine est le plus abondant des acides aminés libres dans le
sang; un équilibre strictement contrôlé s’établit entre la glutamine et
l’acide glutamique, en fonction du pH sanguin: l'excès d’ammoniac
induit l’augmentation du taux de glutamine, au détriment de l’acide
glutamique.

Figure 2.3. Synthèse d’un pont disulfure à partir des fonctions thiol des cystéines

23
 Les acides aminés aliphatiques linéaires sont représentés par l'alanine et la
méthionine.
L’alanine (Ala) est un acide aminé neutre, hydrophobe.
Sa chaîne latérale se réduit à un groupement méthyle, qui lui confère
un caractère apolaire, hydrophobe et l’empêche de participer aux
réactions chimiques.

La méthionine (Mét) est un acide aminé soufré.

Sa chaîne latérale est apolaire et hydrophobe
La méthionine joue un rôle particulier au cours de la biosynthèse
protéique: son codon (AUG) assure l’initiation de la traduction du
messager.

Les acides aminés aliphatiques branchés (ramifiés) sont représentés par la

valine (Val), la leucine (Leu) et l’isoleucine (Ile). Leurs chaînes latérales sont
fortement hydrophobes. Ainsi, l’isoleucine est le plus hydrophobe de tous les
acides aminés standard.
L’hydrophobicité de ces chaînes latérales induit l'apparition des attractions
hydrophobes envers d’autres acides aminés à caractère hydrophobe, qui jouent un
rôle important dans la conformation des protéines. Ces acides aminés participent
aussi à la reconnaissance des ligands hydrophobes.
Les acides aminés aromatiques sont la phénylalanine (Phé), la tyrosine
(Tyr) et le tryptophane (Trp). Leurs radicaux (phényle pour la phénylalanine et la
tyrosine et indole pour le tryptophane) leur confèrent un caractère hydrophobe.
Cette propriété apparaît atténuée pour la tyrosine, dont le noyau
aromatique porte aussi une fonction alcool, faiblement polaire. La tyrosine
apparaît souvent dans les centres actifs des enzymes. De même, le noyau indole
du tryptophane est faiblement polaire, donc cet acide aminé sera moins
hydrophobe, par rapport à la phénylalanine.
L’hydrophobicité des radicaux aromatiques explique l’apparition des
attractions hydrophobes envers d’autres acides aminés à caractère hydrophobe,
contribuant ainsi à la conformation des protéines.
La proline (Pro) est le seul acide aminé standard porteur d’une fonction
amino secondaire (NH).
Sa chaîne latérale est un noyau pyrrole (quatre carbones et un azote)
La présence d’une proline dans une séquence d'acides aminés
empêche la formation des liaisons hydrogènes avec d’autres chaînes
latérales et induit une modification de la structure tridimensionnelle.

24
 Les acides aminés hydroxylés sont la sérine (Sér) et la thréonine (Thr).
Leurs chaînes latérales portent une fonction alcool (primaire et respectivement,
secondaire). Cette fonction n’est pas ionisée au pH physiologique. Ces acides
aminés, faiblement polaires, participent aux estérifications avec l’acide
phosphorique, importantes dans la régulation de l’activité des enzymes.
La sélénocystéine est un dérivé de la cystéine, où le sélénium remplace
l’atome de soufre. Son incorporation dans la chaîne peptidique (déterminée par le
codon Stop UGA) dépend de la disponibilité du sélénium et de la présence d’une
séquence particulière du messager (séquence d’insertion de la sélénocystéine -
SECIS).

2.2. Propriétés générales des acides aminés

Parmi les propriétés des acides aminés, celles qui interviennent dans la
conformation des protéines et influencent sur leurs particularités sont:
La polarité et l’hydrophobicité des chaînes latérales
L'ionisation des fonctions appartenant aux chaînes latérales
L’isomérie optique
L’absorbance de la lumière ultraviolette.

Polarité et hydrophobicité des acides aminés

Le caractère hydrophobe ou hydrophile des chaînes latérales repose sur
leur possibilité d’échanger des liaisons hydrogènes avec l’eau qui entoure la
protéine. La cohésion naturelle des molécules d’eau tend à rapprocher les chaînes
latérales des acides aminés hydrophobes et à diminuer la surface de contact entre
les zones hydrophobes et l’eau environnante.
Les acides aminés sont classifiés en fonction de la nature hydrophobe, ou
au contraire, hydrophile, de leurs chaînes latérales:
Les acides aminés hydrophobes (Val, Leu, Ile, Phé, Tyr, Trp) sont
généralement localisés à l’intérieur des protéines globulaires; s’ils sont
présents à la surface des protéines, ils forment le site de liaison avec
un ligand hydrophobe
Les acides aminés à caractère intermédiaire (Sér, Thr, Pro)
Les acides aminés hydrophiles (Gln, Asn, Glu, Asp, Lis, Arg, His) se
trouvent à la surface des protéines globulaires, où ils reconnaissent les
ligands polaires; ces acides aminés établissent des liaisons avec les
dipôles de l’eau, la polarité des chaînes latérales influençant l’accès
des molécules d’eau à l'intérieur de la protéine.

25
 Ionisation des acides aminés
La présence de deux fonctions à caractère opposé (la fonction amine qui
est basique et la fonction carboxyle qui est acide) confère aux acides aminés la
capacité d'agir comme systèmes tampon, capables de neutraliser une faible
quantité d’acide ou de base. Le pH de ces systèmes est décrit par l’équation de
Henderson-Hasselbalch:

pH = pKa + log10 ([base conjuguée]/[acide non-dissocié])

Dans cette équation, Ka est la constante de dissociation et pKa = - log10(Ka).

La base conjuguée est l’anion qui résulte après la dissociation de la fonction
carboxyle.
Pour les protéines, formées d’un grand nombre d’acides aminés, les
fonctions ionisables sont présentes au niveau des chaînes latérales des acides
aminés ou aux extrémités de la chaîne peptidique (la fonction COOH et la fonction
NH2 terminales). Leur dissociation dépend du pH environnant (figure 2.4).
Cette dépendance est illustrée par la variation de la charge électrique des
acides aminés au cours du titrage, c'est-à-dire la neutralisation progressive des
fonctions ionisables (figure 2.5). Ces fonctions sont positives dans un milieu riche
en ions H+, donc au pH acide. Au fur et à mesure que le titrage progresse, on
observe la dissociation des fonctions ionisables et l’apparition des charges
négatives:
À pH = 3,9, 50% des fonctions -COOH de l’acide aspartique sont
protonnées; c’est le pKa de cette fonction
La fonction -amine de la lysine passe de la forme protonnée NH3+ à la
forme NH2 au pKa = 10,5
À pH = 6, le noyau imidazole de l’histidine est à moitié protonné (pKa =
6), ce qui lui permet d’échanger plus facilement les hydrogènes au
cours des réactions chimiques.

Le pH isoélectrique (pI) des acides aminés est le pH auquel la charge nette

de la molécule est zéro (figure 2.6). Cette forme intermédiaire non-chargée,
présente au pH isoélectrique est appelée zwitterion (amphi-ion). Au pH
isoélectrique la molécule ne se déplace plus dans un champ électrique.
Lorsque le pH est inférieur au pI, la charge nette des acides aminés est
positive
Lorsque le pH est supérieur au pI, la charge nette des acides aminés
est négative.

26
 Figure 2.4. Fonctions ionisables des chaînes latérales des acides aminés
Les valeurs du pKa sont indiquées au-dessus des flèches

Figure 2.5. Titrage de la leucine (en haut) et de l’acide glutamique (en bas)

27
Selon l’individualité chimique des chaînes latérales, on distingue:
Les acides aminés à caractère acide – l’acide glutamique et l’acide
aspartique, qui portent une charge nette négative au pH physiologique
Les acides aminés à caractère basique – la lysine, l’arginine et
l’histidine, qui portent une charge nette positive au pH physiologique.

Figure 2.6. Courbe de titrage d'un acide aminé

Par extension, les protéines ont aussi un caractère acide ou basique:

Pour les protéines acides, la somme des acides aminés acides excède
celle des acides aminés à caractère basique (Glu + Asp) > (Lys + Arg)
Pour les protéines basiques, la somme des acides aminés basiques
excède celle des acides aminés acides (Glu + Asp) < (Lys + Arg).

28
 Propriétés optiques des acides aminés
Tous les acides aminés constitutifs des protéines, sauf la glycine,
possèdent un carbone asymétrique (lié à 4 substituants différents). Cette
structure engendre deux isomères optiques (énantiomères) possibles (figure 2.7).
Les deux énantiomères ne sont pas superposables et représentent chacun l'image
de l'autre dans un miroir plan.
Par définition, lorsque la molécule est représentée en respectant la
convention de Fisher (valable pour les monosaccharides linéaires), l’isomère dont
la fonction amino est orientée à gauche, par rapport au carbone asymétrique,
appartient à la série L. L’isomère dont la fonction amine est orientée vers la droite
appartient à la série D.
Tous les acides aminés optiquement actifs des protéines font partie de la
série L. On trouve cependant quelques acides aminés de la série D chez les
microorganismes. La série à laquelle appartient un acide aminé ne désigne pas le
sens dans lequel une solution de cet acide aminé dévie le plan de la lumière
polarisée: ainsi, la L-alanine est dextrogyre.

Figure 2.7. Isomères optiques des acides aminés

Absorbance de la lumière ultraviolette

Les chaînes latérales des acides aminés aromatiques (phénylalanine,
tyrosine et surtout tryptophane) absorbent la lumière ultraviolette. L’absorbance à
280 nm est due principalement aux noyaux phénol des tyrosines, car cet acide
aminé est plus fréquent que le tryptophane.
L’absorbance à 280 nm est caractéristique des protéines et permet leur
dosage en solution aqueuse lorsqu’il n’y a pas d’autres molécules absorbant les UV
à cette longueur d’onde (par exemple, les acides nucléiques). D’autres acides
aminés présentent des maximes d’absorption au voisinage de 220 nm.

29
 2.3. Liaison peptidique
Les protéines sont des macromolécules qui accomplissent de nombreux
rôles structurels et fonctionnels: ce sont les principaux effecteurs des fonctions
cellulaires. Elles sont constituées d’acides aminés standard condensés les uns à la
suite des autres, pour former une chaîne peptidique. En fonction du nombre
d’acides aminés participants, on distingue:
Les peptides qui contiennent moins de 50 acides aminés
Les protéines qui ont plus de 50 acides aminés (masse molaire
supérieure à 10 000 Da); la longueur moyenne des chaînes peptidiques
dans les protéines est de quelques milliers d’acides aminés.

La séquence (l’ordre d’enchaînement) des acides aminés dans les chaînes

peptidiques est déterminée génétiquement et représente la structure primaire des
protéines (ou des peptides). Cette structure, unique pour chaque protéine, est
spécifiée par le gène responsable de sa synthèse.
Chaque protéine possède aussi une structure tridimensionnelle qui
représente la conformation. Ces deux aspects, la structure primaire et la
conformation tridimensionnelle, sont les déterminants majeurs de la fonction
biologique des protéines.
Les chaînes peptidiques sont synthétisées par une réaction de
polycondensation (déshydratation intermoléculaire) entre les acides aminés
participants:

Cette réaction représente l’élimination d’une molécule d’eau entre le

carboxyle d’un acide aminé et le groupe amine de l’acide aminé
suivant
La réaction est répétée autant de fois qu’il y a d’acides aminés
incorporés dans la chaîne peptidique
La liaison qui en résulte réunit les acides aminés voisins et s'appelle
liaison peptidique
Sa structure –CO-NH– (figure 2.8) est celle d’un amide
La synthèse de la liaison peptidique demande un apport extérieur
d’énergie; au contraire, l’hydrolyse des protéines (peptides) a lieu
spontanément, car c’est une réaction favorable du point de vue
thermodynamique.

30
 Le résultat de la condensation répétée des acides aminés est la formation
d’une chaîne peptidique, définie par:
La séquence d'acides aminés, qui représente la structure primaire
L'extrémité NH2 (amino) terminale, qui désigne par convention la
fonction amino libre du premier acide aminé (cette fonction n’étant
pas engagée dans la liaison peptidique)
L'extrémité COOH (carboxyle) terminale, qui désigne le groupement
carboxyle libre du dernier acide aminé.

Figure 2.8. La liaison peptidique

Propriétés de la liaison peptidique

Suite au déplacement des électrons (conjugaison des électrons libres p de
l’azote avec les électrons de la double liaison du groupement carbonyle C=O), la
liaison peptidique présente le phénomène de résonance, qui lui confère des
particularités spécifiques (figure 2.9):
C'est une liaison partiellement polaire, l’oxygène du groupement
carbonyle portant une charge partielle négative, par rapport à l’azote
du groupement N–H (qui porte une charge partielle positive)
Une liaison rigide, partiellement double, s’établit ainsi entre le carbone
et l’azote (la distance C–N égale à 1,33 Å est intermédiaire entre celle
d’une liaison simple – 1,49 Å – et celle d’une double liaison – 1,27 Å)
Le caractère de liaison partiellement double empêche la rotation libre
autour de la liaison C–N; il en résulte un plan de la liaison peptidique,
où se situent tous les substituants

31
 Deux conformations, cis et trans, sont possibles; la conformation trans,
où les substituants volumineux sont éloignés, est plus stable, donc plus
fréquente dans la structure des protéines, étant favorisée par
l’absence d’encombrement stérique entre les groupements
volumineux des carbones- .

Figure 2.9. Propriétés de la liaison peptidique

Le plan rigide de la liaison peptidique interdit la rotation des atomes des

fonctions carboxyle et amine. Les seules liaisons dont l’orientation reste libre sont
celles qui entourent chacun des carbones- , porteurs des chaînes latérales des
acides aminés. La rotation autour de ces atomes est définie par les angles et
(figure 2.10). La chaîne peptidique se présente comme une suite de plans délimités
par chacune des liaisons peptidiques.

32
 La conformation de la protéine dépend de la valeur des angles de rotation
pour chacun des acides aminés constitutifs.

Figure 2.10. Angles de rotation dans la chaîne peptidique

2.4. Exemples de peptides

Les peptides résultent de la réaction de condensation d’un nombre réduit
d’acides aminés. Cependant, de nombreux peptides ont une importance
physiologique majeure, agissant comme hormones ou neurotransmetteurs.

Le glutathion
Le glutathion est un tripeptide formé par la condensation de l’acide
glutamique, la cystéine et la glycine. Les acides aminés sont réunis par des liaisons
peptidiques. Le glutathion est le γ-glutamyl-cystéinyl-glycine (figure 2.11).
Par la fonction thiol de la chaîne latérale de la cystéine, le glutathion peut
exister sous une forme réduite (G–SH), ou une forme oxydée, dans laquelle deux
molécules de glutathion sont réunies par un pont disulfure (G-S—S-G).
Par cette propriété, le glutathion intervient dans le maintien des fonctions
thiol des protéines à l’état réduit.
Le glutathion intervient aussi dans la neutralisation des radicaux libres
dérivés de l’oxygène, qui attaquent et déstabilisent les structures cellulaires:
En présence de l’enzyme glutathion-péroxydase (un exemple de
séléno-protéine), le glutathion assure la neutralisation des radicaux
libres
Une autre enzyme, la glutathion-réductase, permet la régénération du
glutathion réduit (figure 2.12).

33
 Figure 2.11. Structure du glutathion

Figure 2.12. Intervention du glutathion dans la neutralisation des radicaux libres

Le glutathion participe aussi à l’absorption intestinale des acides aminés,

dans le cadre d’une série de réactions qui constituent le cycle gamma-glutamyl.

La vasopressine
La vasopressine (appelée aussi hormone antidiurétique ou ADH) est
sécrétée par l’hypophyse pour inhiber l’excrétion rénale de l’eau. La rétention
d’eau qui en résulte augmente la pression artérielle.

34
 C'est un peptide formé de neuf acides aminés. Un pont disulfure s’établit
entre deux cystéines et la glycine terminale est amidifiée.

Le glucagon
Le glucagon est un peptide de 29 acides aminés, sécrété par le pancréas
(cellules alpha des îlots de Langerhans), dès que la glycémie est inférieure aux
valeurs normales. Son effet est hyperglycémiant: il favorise le retour de la glycémie
à ses valeurs normales. Les extrémités NH2- et COOH-terminales sont libres et
ionisées.

L’insuline
L’insuline active est un peptide à deux chaînes d’acides aminés: une chaîne
A (21 acides aminés) et une chaîne B (30 acides aminés), sécrété par le pancréas,
dès que la glycémie excède les valeurs normales. C’est une hormone
hypoglycémiante qui favorise le retour de la glycémie à ses valeurs normales.
Elle est synthétisée sous la forme d’un précurseur inactif – la pré-
proinsuline (figure 2.13).

Figure 2.13. Structure de l’insuline (les flèches indiquent le site de clivage)

Le clivage de ce précurseur libère une partie de sa séquence (le peptide C)

et induit l’activation du peptide restant, qui devient l’insuline active. Les chaînes A
et B restent liées par les ponts disulfures qui s’établissent entre les fonctions thiol
des cystéines.

35
 3. Structure des protéines
3.1. Organisation générale des protéines

Les protéines sont les principaux effecteurs des fonctions cellulaires: elles
participent à la catalyse des réactions biochimiques, au transport des
biomolécules, à la défense immunitaire, aux communications intercellulaires, ou
bien à la régulation de l’expression des gènes. Outre ces rôles fonctionnels, elles
participent aussi aux structures biologiques ou interviennent dans la génération de
l’énergie chimique. Cette diversité des propriétés biologiques est déterminée par
la structure des protéines.
Les protéines sont des polymères constitués de 20 acides aminés standard,
condensés les uns à la suite des autres, de façon non-périodique (sans respecter un
motif régulier). Les mêmes acides aminés sont présents dans la composition de
toutes les protéines, chez tous les organismes vivants. Cet « alphabet » des acides
aminés standard date d’au moins 2 milliards d’années.
La diversité chimique des acides aminés et les interactions qui s’établissent
entre eux sont le fondement de cette étonnante diversité fonctionnelle.
La structure des protéines respecte le principe d’un assemblage
hiérarchique (figure 3.1):
La structure primaire représente la séquence (l’ordre d’enchaînement)
des acides aminés dans la chaîne peptidique
La structure secondaire est le résultat des interactions entre les acides
aminés proches l’un de l’autre dans la structure primaire; les
principaux motifs tridimensionnels qui en résultent sont les hélices et
les feuillets
La structure tertiaire est le résultat des interactions qui s’établissent
entre les acides aminés éloignés dans la structure primaire
La structure quaternaire est l’arrangement spatial qui résulte lorsque
plusieurs chaînes peptidiques forment une seule protéine active;
chaque chaîne d’acides aminés représente une sous-unité.

Les structures primaire, secondaire et tertiaire sont présentes chez toutes

les protéines. La structure quaternaire est facultative, rencontrée seulement chez
les protéines constituées de plusieurs sous-unités.

36
 La conformation représente l’organisation tridimensionnelle des protéines,
c'est-à-dire l’ensemble des motifs de la structure secondaire, tertiaire et,
éventuellement, quaternaire. La conformation native est la conformation unique
adoptée par chaque protéine, la seule compatible avec sa fonction biologique.
Les domaines sont des modules structurels et fonctionnels présents dans
la conformation des protéines. Ils forment des régions compactes de 100-400
acides aminés, évidents lors de l’analyse structurelle des protéines.
Les protéines se divisent en deux grands groupes, selon leur structure
générale:
Les protéines globulaires, solubles en milieux aqueux, présentent une
forme sphérique
Les protéines fibrillaires, insolubles, forment des filaments allongés (le
collagène, la kératine, la fibroïne, l’élastine).

Figure 3.1. Organisation générale des protéines

A – structure primaire; B – structure secondaire; C – structure tertiaire;
D – structure quaternaire

37
 3.2. Structure primaire
La structure primaire d’un peptide ou d’une protéine désigne l’ordre dans
lequel les acides aminés se succèdent dans la chaîne peptidique. La suite d’acides
aminés ne respecte pas une périodicité évidente (à l’exception de certaines
protéines, comme le collagène, où la glycine est généralement présente tous les
trois acides aminés).
Pour écrire la séquence d’un peptide ou d’une protéine on écrit le nom des
acides aminés selon un code à trois lettres ou un code à une lettre. Par convention,
le premier acide aminé de la structure primaire est celui dont la fonction amine
n’est pas engagée dans une liaison peptidique. Cet acide aminé forme l’extrémité
N–terminale.
De façon similaire, le dernier acide aminé de la structure primaire est celui
dont la fonction acide carboxylique n’est pas engagée dans une liaison peptidique.
Cet acide aminé forme l’extrémité C-terminale.

Importance des séquences peptidiques

La première protéine pour laquelle la structure primaire a été décrite est
l’insuline (Sanger, 1953). Suite à l’élucidation de la séquence de l’insuline il est
devenu évident que chaque protéine a une séquence unique d’acides aminés,
spécifiée par le gène qui lui correspond.
La séquence des acides aminés de chaque protéine dépend de la séquence
de nucléotides dans l’ADN. Aujourd’hui on connaît les structures primaires de
nombreuses protéines. L’analyse de leurs séquences a mis en évidence plusieurs
aspects généraux:
Chaque protéine a une séquence unique d’acides aminés
Tous les acides aminés sont de type L-alpha, réunis entre eux par des
liaisons peptidiques
La séquence d’acides aminés est le déterminant majeur de la
conformation des protéines
La déduction de la structure primaire se fait par fragmentation de la
chaîne peptidique, suivie de l’identification de chaque acide aminé, ou
par séquençage du gène correspondant
L’analyse comparative des séquences de protéines à fonctions connues
permet d’approximer le rôle d’une protéine inconnue; cependant, la
connaissance exacte de la fonction demande l’élucidation de la
conformation native et l’identification des domaines fonctionnels

38
 La connaissance de la structure primaire est le point de départ pour la
prédiction de la conformation spatiale: l’analyse informatique de la
séquence d’acides aminés et la comparaison avec les structures des
protéines connues
La comparaison des séquences d’acides aminés des protéines
provenant d’organismes différents a permis d’évaluer la divergence
des séquences protéiques et d’en déduire l’évolution phylogénétique
(figure 3.2), c’est-à-dire l’analyse de l’homologie des séquences, le
groupage des protéines en familles et superfamilles, l’identification
des ancêtres communs.

Figure 3.2. Arbre phylogénétique de la famille des protéine-kinases

3.3. Structure secondaire

La structure secondaire est engendrée par la rotation des atomes de la
chaîne peptidique les uns par rapport aux autres, au cours de la synthèse
protéique.

39
 Elle résulte des interactions entre les acides aminés voisins dans la
structure primaire. Les motifs réguliers qui en résultent sont unis entre eux par des
boucles et des tournants aléatoires.
La structure secondaire la plus fréquente est l’hélice alpha, qui fait tourner
la chaîne peptidique par rapport à elle-même. Elle est stabilisée par des liaisons
hydrogènes.
Il arrive aussi très souvent que plusieurs segments de la chaîne peptidique
se joignent bord à bord pour former un feuillet bêta, où les groupes carbonyle
(C=O) de chaque acide aminé se lient aux groupes –NH, par des liaisons
hydrogènes.
Dans les protéines fibrillaires (collagène, kératine, fibroïne) on trouve
d’autres types d’hélices, souvent enroulées les unes autour des autres en super-
hélices.
Parfois des segments de la chaîne d’acides aminés demeurent
complètement étendus, sans adopter une structure organisée.

Hélice alpha
La structure secondaire la plus fréquente est l’hélice alpha, qui fait tourner
la chaîne carbonée par rapport à elle-même, d’un tour tous les 3,6 acides aminés.
Cette structure secondaire est présente lorsque la chaîne tourne dans le
sens des aiguilles d’une montre, autour d'un axe imaginaire (figure 3.3). Le peptide
prend la forme d’un cylindre, mais les chaînes latérales des acides aminés, plus
volumineuses, seront orientées vers l’extérieur.
L’hélice alpha est stabilisée par des liaisons hydrogène entre le carbonyle
de la liaison peptidique qui suit l’acide aminé no1 avec l’amine de la liaison
peptidique qui précède l’acide aminé no5, puis de même entre les acides aminés 2
et 6, et ainsi de suite. Ces liaisons sont parallèles à l’axe central de l’hélice. Chaque
acide aminé allonge la chaîne de 1,5 Å et induit une rotation de 100 degrés. La
proline et parfois aussi la glycine déstabilisent l’hélice.
Ce type de structure secondaire apparaît souvent dans les protéines
globulaires. Par exemple, la myoglobine et l’hémoglobine sont riches en hélices
alpha (plus de 75%).

40
 Figure 3.3. Structure de l'hélice alpha

Feuillet bêta
Le feuillet bêta est présent lorsque la chaîne peptidique est allongée.
Les segments de la chaîne peptidique sont repliés les uns à côté des autres
et se joignent bord à bord par des liaisons hydrogènes entre les groupes -C=O et -
NH- des acides aminés. Selon le sens du peptide (de l’extrémité N-terminale vers
l’extrémité C-terminale) les segments s’alignent dans la même direction - feuillet
parallèle - ou en directions opposées - feuillet antiparallèle.
Les liaisons hydrogènes sont plus fortes entre les chaînes antiparallèles, ce
qui explique leur plus grande fréquence. La connexion entre les chaînes
peptidiques se fait par des tournants ou des boucles (figure 3.4).

Figure 3.4. Structure du feuillet bêta

41
 Associations de structures secondaires
Les associations de structures secondaires se répètent souvent dans la
constitution des protéines globulaires. On y rencontre les motifs bêta-bêta, alpha-
alpha, hélice-boucle-hélice, ou encore bêta-alpha-bêta (figure 3.5).
Ces associations forment les domaines (unités structurelles et
fonctionnelles) des protéines. Les boucles et les coudes sont des structures
irrégulières, non répétitives, permettant des connections entre les structures
secondaires. Elles se situent généralement vers l’extérieur des protéines et
engagent des liaisons hydrogènes avec l’eau environnante.

Figure 3.5. Associations de structures secondaires

3.4. Structure tertiaire

La structure tertiaire est le repliement tridimensionnel de la chaîne
peptidique (figure 3.6). Elle est stabilisée par des liaisons faibles (liaisons
hydrogènes, électrostatiques, attractions hydrophobes), mais aussi par des liaisons
covalentes entre les acides aminés de la même chaîne peptidique, mais éloignés
dans la structure primaire.
Les liaisons hydrogènes s’établissent entre les fonctions (-C=O et –NH)
participantes à la liaison peptidique, entre l’une de ces fonctions et la chaîne
latérale d’un autre acide aminé, ou encore entre les chaînes latérales des acides
aminés éloignés dans la structure primaire.

42
 Les attractions électrostatiques sont dues aux charges électriques
opposées des chaînes latérales des acides aminés. Ces charges sont créées par la
dissociation des groupements fonctionnels et sont dépendantes du pH. Les acides
forts ou les bases fortes provoquent la dissociation des liaisons électrostatiques de
la structure tertiaire.

Figure 3.6. Structure tertiaire d'une chaîne peptidique (à gauche) et d'un

domaine protéique (à droite)

Pour obtenir la plus petite surface de contact, les chaînes latérales des
acides aminés hydrophobes sont repoussées les unes contre les autres, grâce aux
attractions hydrophobes. Ces liaisons résultent de la force qui réunit les molécules
d’eau, créant un véritable filet de liaisons hydrogènes autour des zones
hydrophobes.
Des liaisons covalentes s’établissent aussi entre certains acides aminés: les
ponts disulfures et les liaisons entre les dérivés de la lysine. Beaucoup de protéines
sont structurées par des ponts disulfures qui s’établissent entre les chaînes
latérales des cystéines. L’oxydation de la cystéine pour former la cystine crée une
liaison covalente, très stable, entre deux points éloignés de la chaîne d’acides
aminés. Ces protéines sont sensibles aux agents réducteurs ou oxydants qui
dissocient ces liaisons (en oxydant les cystéines ou en réduisant les ponts
disulfures).
Le résultat de toutes ces interactions est l’acquisition de la structure
tertiaire, directement associée à la fonction de la protéine. Lorsque les liaisons qui
stabilisent la structure tertiaire sont détruites, la protéine perd sa fonction - il s'agit
de la dénaturation protéique.

43
 3.5. Structure quaternaire
Lorsqu’une protéine est formée de plusieurs chaînes d’acides aminés,
chacune de ces chaînes est une sous-unité de la protéine. La fonction de la
protéine ne peut être accomplie que si toutes les sous-unités sont présentes.
L’arrangement spatial des sous-unités constitue la structure quaternaire
de la protéine (figure 3.7). Cette structure est présente uniquement chez les
protéines formées d'au moins deux chaînes d’acides aminés, identiques ou
différentes. Le nombre de sous-unités est variable (à partir de deux jusqu’à
plusieurs milliers).

Figure 3.7. Exemples de protéines à structure quaternaire: hémoglobine (à

gauche) et tubuline (à droite)

Chaque sous-unité possède sa propre structure primaire, secondaire et

tertiaire. L'assemblage des sous-unités est stabilisé par des liaisons faibles qui
s’établissent entre les acides aminés des chaînes peptidiques différentes:
attractions hydrophobes et électrostatiques, liaisons hydrogènes. Ces liaisons sont
sensibles à l'action des agents dénaturants, qui provoquent la perte de la fonction
des protéines.
L’association de quelques sous-unités forme un oligomère (par exemple
l’hémoglobine est un tétramère, formé de quatre chaînes peptidiques). Lorsque le
nombre de sous-unités est plus grand, on parle de multimères, protéines formées
par l'addition successive et symétrique d’unités structurales (par exemple, la
tubuline).
Chacune de ces unités présente des sites actifs (sites de liaison avec les
ligands, sites régulateurs). L’interaction d’une sous-unité avec un ligand modifie sa
conformation; par conséquent, les autres sous-unités subiront le même
changement, afin de maintenir la symétrie de l’ensemble.

44
 Ce phénomène représente l'allostérie (figure 3.8), c'est-à-dire la
modification de la configuration des sous-unités protéiques suite aux interactions
avec des ligands:
C'est le fondement de nombreux phénomènes cellulaires (transmission
des signaux, mouvements moléculaires)
Grâce à l’allostérie, il est possible de contrôler plus efficacement
l’activité des enzymes ou des autres protéines ayant plusieurs sous-
unités (par exemple l’hémoglobine).

Figure 3.8. Modification conformationnelle d’une enzyme induite par la liaison

du substrat (à gauche) ou d’un inhibiteur (à droite)

Des niveaux supérieurs d’organisation ont été décrits chez les protéines
constituées de plusieurs unités fonctionnelles. Il en résulte un ensemble
multimoléculaire, où chaque protéine accomplit un rôle différent, faisant partie de
la même fonction biologique. Par exemple, le complexe multienzymatique de la
pyruvate-déshydrogénase est formé par l’association de trois enzymes différentes,
dont l’action concertée est la conversion du pyruvate en acétyl-CoA.

3.6. Domaines des protéines

Les domaines sont des modules structurels et fonctionnels des protéines.
Ce sont des régions compactes, formées de quelques centaines d’acides aminés,
ayant une fonction bien individualisée: fixation d’un ligand, catalyse enzymatique,
liaison aux autres protéines ou à l’ADN...

45
 Les domaines sont constitués de plusieurs motifs secondaires, qui
engendrent une structure tertiaire compacte. Dans la conformation finale de la
protéine, les domaines identiques et différents se succèdent et sont réunis par des
segments mobiles de la chaîne peptidique (figure 3.9).

Figure 3.9. Domaines de l’activateur tissulaire du plasminogène

Chaque domaine est généralement spécifié par un fragment (exon) du

gène qui dirige la synthèse de la protéine. Les domaines sont aussi des éléments
modulaires qui ont permis l’évolution des protéines. De nouvelles protéines, ayant
des fonctions différentes ou modifiées peuvent être obtenues par l’acquisition ou
la perte des domaines préexistants (figure 3.10). L’interface entre les domaines
constitue souvent le site actif des protéines.

Figure 3.10. Evolution de nouvelles protéines à partir des domaines préexistants

46
 3.7. Repliement des protéines
L’acquisition de la conformation des protéines est un processus complexe,
qui commence dès la synthèse du peptide et continue jusqu’à ce que la protéine
ait atteint sa conformation native, c’est-à-dire la conformation unique adoptée par
chaque protéine afin de pouvoir accomplir son rôle biologique. Il est généralement
admis que la conformation native représente la forme qui correspond à l’énergie
minimale de la protéine. Ce serait donc la forme la plus favorable du point de vue
thermodynamique.
Le repliement des protéines se déroule progressivement et comporte une
série d’étapes intermédiaires:
Synthèse de la chaîne peptidique (apparition de la structure primaire)
Acquisition des structures secondaires et collapsus hydrophobe du
peptide, dirigé par l’attraction des restes hydrophobes des acides
aminés; il en résulte un intermédiaire appelé globule fondu – une
conformation transitoire qui contient la plupart des structures
secondaires, mais aucune structure tertiaire ou quaternaire
Stabilisation progressive des intermédiaires par des liaisons faibles
Formation des liaisons covalentes (ponts disulfures, desmosine)
Acquisition de la conformation tertiaire et éventuellement quaternaire
définitive, c’est-à-dire la conformation native de la protéine.

Même si le repliement des protéines est un processus d’évolution

séquentielle vers la forme la plus favorable du point de vue énergétique, ces
étapes sont souvent contrôlées par l’intervention des enzymes (peptidyl-disulfide
isomérase, peptidyl-prolyl isomérase) et des chaperons moléculaires – protéines
qui facilitent l’acquisition de la conformation correcte et empêchent les
interactions aléatoires entre les chaînes peptidiques.

3.8. Protéines fibrillaires

Les protéines fibrillaires présentent des particularités qui les différencient
des autres protéines, tant sur le plan structurel, que fonctionnel:
Elles ont une conformation allongée, riche en structures secondaires
hélicoïdales
Elles sont totalement insolubles dans l’eau
Elles assurent la résistance mécanique et l’élasticité tissulaire.

47
 Collagène
Le collagène est une protéine fibrillaire extracellulaire, la plus abondante
parmi les protéines des mammifères. Ses propriétés de résistance mécanique et de
flexibilité en font une composante essentielle de nombreux tissus: le tissu osseux,
cartilagineux, les tendons, la dentine, les parois vasculaires, le tégument, la cornée
ou encore le corps vitré.
Le collagène contient trois chaînes peptidiques hélicoïdales, d’environ
1000 acides aminés chacune. Elles sont enroulées entre elles pour former une
triple hélice.
La composition en acides aminés présente des particularités spécifiques:
La glycine est le plus abondant des acides aminés (33%), étant
présente tous les trois acides aminés, de sorte que la séquence du
collagène peut s’écrire sous la forme (Gly–X–Y)n, où X et Y sont
d'autres acides aminés
Le collagène est riche en proline et en lysine; la chaîne latérale de la
proline favorise l’orientation hélicoïdale des chaînes peptidiques
Parmi les acides aminés non-standard, on y rencontre souvent
l’hydroxy-proline et l’hydroxy-lysine (22% de la composition en acides
aminés); ils résultent de l’hydroxylation post-traductionnelle des
résidus proline et lysine, en présence de l’oxygène moléculaire et de la
vitamine C, cofacteur des enzymes responsables de ces réactions
La carence en vitamine C provoque la maladie appelée scorbut,
caractérisée par des anomalies structurelles du collagène, qui se
manifestent par des lésions vasculaires accompagnées d’hémorragies,
par des anomalies dentaires, osseuses et finalement par une
insuffisance cardiaque.

Les trois chaînes peptidiques sont enroulées chacune autour des autres,
pour former une super-hélice, désignée la triple hélice du collagène (figure 3.11),
structure résistante, mais aussi élastique, caractérisée par les propriétés suivantes:
Chaque chaîne adopte la forme d’une hélice, différente des hélices
alpha (la proline et l’hydroxy-proline empêchent la constitution d’une
telle hélice)
Ce type d’hélice tourne dans le sens antihoraire et les fonctions C=O et
-NH- s'orientent vers l’extérieur, perpendiculaires sur l’axe central
La triple hélice résulte de l’enroulement des trois hélices individuelles
et tourne dans le sens horaire; elle contient 10 résidus d’acides aminés
par tour

48
 Les chaînes latérales des acides aminés sont orientées vers l’extérieur
de la triple hélice; cela permet des interactions entre les monomères
des fibrilles de collagène
Des molécules de glucose et de galactose s’attachent sur les chaînes
peptidiques; ainsi, le collagène est une glycoprotéine.

Figure 3.11. La triple hélice du collagène

La stabilisation de chaque hélice individuelle est due à la répulsion stérique

des chaînes latérales volumineuses (la proline, la lysine et leurs dérivés
hydroxylées), ainsi qu’à l’abondance des résidus glycine.
La stabilisation de la triple hélice est le résultat des interactions diverses:
Les liaisons hydrogènes entre les fonctions carbonyle (C=O) et amino
(–NH) appartenant aux chaînes différentes
La présence de la glycine aux points de rencontre des trois hélices
Les liaisons covalentes entre les dérivés des lysines; l’allysine issue de
la désamination oxydative de la chaîne latérale des lysines subit des
condensations de type aldol et aldimine (figure 3.12); d’autres liaisons
covalentes sont de type glycosidique et réunissent les hexoses
attachés aux chaînes peptidiques.

Les liaisons covalentes qui s’établissent entre les allysines réunissent entre
elles les trois chaînes peptidiques.

49
 Ainsi, la condensation entre deux allysines produit une liaison de type
aldol, la condensation entre deux allysines et une histidine engendre une liaison
histidine-aldol, la condensation d’une lysine avec une allysine produit un dérivé
appelé lysinonorleucine et enfin, la condensation qui réunit trois allysines et une
lysine aboutit à une structure tridimensionnelle appelée desmosine. Ces liaisons
covalentes expliquent la robustesse des tissus riches en collagène (figure 3.12).

Figure 3.12. Désamination de la lysine et condensation des résidus allysine

La biosynthèse du collagène est un processus séquentiel, où les

monomères, représentés par les triples hélices, se joignent pour former des
fibrilles. Ce processus comporte plusieurs étapes, déroulées dans les fibroblastes
(tissu conjonctif), les ostéoblastes (tissu osseux) ou les chondroblastes (tissu
cartilagineux):
Synthèse des chaînes peptidiques dans les ribosomes attachés au
réticulum endoplasmique (RE) et leur passage dans la lumière du RE
(figure 3.13 - 1)
Dans ce compartiment a lieu le clivage de l’extrémité N-terminale (le
peptide-signal), l’hydroxylation des résidus proline et lysine et la
glycosylation des hydroxy-lysines, qui réagissent avec le glucose (Glc)
ou le galactose (Gal) (figure 3.13 - 2)

50
 Assemblage de la triple hélice, initié par les ponts disulfures qui
s’établissent entre les chaînes, au niveau de leurs extrémités C-
terminales; ces liaisons permettent un alignement favorable pour
orientation hélicoïdale; il en résulte un intermédiaire appelé pro-
collagène, prêt pour le transfert vers l’appareil de Golgi, en vue de la
sécrétion extracellulaire (figure 3.13 - 2)

Figure 3.13. Biosynthèse et assemblage des fibrilles de collagène

51
 Dans le compartiment extracellulaire, le pro-collagène subit le clivage
des extrémités N- et C-terminales pour produire la triple hélice
caractéristique, appelée tropocollagène, qui va servir de monomère au
cours des étapes ultérieures (figure 3.13 - 3)
Ces structures sont capables d’auto-assemblage en fibrilles,
constituées de monomères alignés de manière parallèle et décalée
(figure 3.13 - 4)
Oxydation des résidus lysine et hydroxy-lysine, condensation des
allysines et constitution des liaisons covalentes entre les peptides des
monomères différents (figure 3.13 - 5), aboutissant à des structures
fibrillaires, à la fois élastiques et résistantes.

Plus de vingt types de collagène ont été décrits, différents selon la nature
des hélices individuelles (alpha-1 avec les sous-types I-V, alpha-2 et alpha-3) et de
leurs combinaisons possibles (tableau 3.1). Ces différences structurelles
influencent sur les propriétés physiques et chimiques du collagène et le rendent
adapté aux tissus où il est particulièrement abondant.

Tableau 3.1. Types de collagène et leur distribution

Type de collagène Structure Distribution tissulaire
Tissu osseux, tendineux, cutané
I ( 1I)2 2 Tissu conjonctif des parois
vasculaires et des organes internes
II ( 1II)3 Tissu cartilagineux, corps vitré
Téguments, vaisseaux sanguins,
III ( 1III)3 Tissu conjonctif des parois
vasculaires et des organes internes
IV ( 1IV)3 Membranes basales
Tissu osseux, tendineux, cutané
V ( 1V)2 2 Tissu conjonctif des organes
internes

Les mutations qui induisent des anomalies structurelles du collagène ou les

déficiences des enzymes et des cofacteurs impliqués dans sa maturation
(hydroxylases, lysyl-oxydases, peptidases…) provoquent des maladies sévères,
multi-systémiques.

52
 Le syndrome d’Ehlers-Danlos, un groupe de maladies génétiques causées
par des mutations qui empêchent l’assemblage des fibrilles, associe une
hyperlaxité ligamentaire aux anomalies cutanées et vasculaires, potentiellement
létales.
L’ostéogenèse imparfaite, ou la maladie «des os de verre», est caractérisée
par une fragilité osseuse et une faible masse osseuse, à l’origine de fractures à
répétition, survenant à la suite des traumatismes bénins. Il s’agit plutôt d’un
groupe de maladies, sous-tendues par des anomalies génétiques variées, affectant
le collagène de type I. Les manifestations cliniques sont liées à la fragilité osseuse,
associant les déformations du squelette aux fractures à répétition, à l’hyperlaxité
ligamentaire, à l’atteinte dentaire (appelée dentinogenèse imparfaite), ou encore à
la fragilité vasculaire et cutanée.

Élastine
Un autre exemple de protéine fibrillaire est l’élastine, abondante surtout
dans la peau et les parois alvéolaires et artérielles. Son principal atout est la
possibilité de subir des déformations considérables, sans pour autant perdre sa
conformation initiale, qu’elle retrouvera dès l’arrêt des forces de traction.
Sa structure comprend un assemblage de monomères, représentés par des
chaînes peptidiques capables d’interagir entre elles et avec d’autres protéines
fibrillaires extracellulaires, pour générer un réseau tridimensionnel (figure 3.14).

Figure 3.14. Structure de l’élastine à l’état relâché et tendu

53
 Les monomères de tropoélastine sont des peptides relativement linéaires,
riches en acides aminés non-polaires, en proline et en lysine. L’hydroxy-proline
apparaît moins souvent que dans la structure du collagène. Parvenus dans le
compartiment extracellulaire, ces peptides se disposent sous la forme d’un réseau,
constitué à partir de l’échafaudage fourni par d’autres protéines extracellulaires,
notamment la fibrilline. Des liaisons covalentes s’établissent entre les molécules de
tropoélastine, suite aux condensations entre les résidus lysine et allysine,
engendrant des structures tridimensionnelles complexes, comme la desmosine.

3.9. Relation structure – fonction

La relation qui s’établit entre la structure et la fonction des protéines a fait
l’objet de nombreuses études. Par exemple, les recherches effectuées sur la
ribonucléase (enzyme agissant sur l’ARN), ont mis en évidence l’importance de la
conformation native:
La dénaturation survient lorsque la conformation native est détruite,
sous l’action des agents dénaturants (acides, bases, sels neutres,
agents oxydants ou réducteurs, températures extrêmes); ces agents
détruisent les liaisons qui stabilisent la conformation et suppriment la
fonction des protéines
La renaturation (possible dans certains cas, lorsque l’agent dénaturant
est enlevé) représente la reprise de la conformation native et de la
fonction biologique des protéines.

Ces études ont permis de conclure que la séquence d’acides aminés et

l’environnement moléculaire sont les déterminants majeurs de la conformation
native des protéines. La conformation native est le fondement de l’activité
biologique des protéines. L’importance de la conformation native est illustrée par
la liaison spécifique des ligands, dépendante de la complémentarité spatiale qui
s’établit entre les deux molécules.
Les protéines incorrectement repliées sont normalement dégradées par
les enzymes présentes dans les lysosomes et les protéasomes. Toutefois, elles
peuvent s’accumuler dans certaines situations pathologiques, induisant
l’apparition des maladies. Les amyloïdoses sont un groupe de maladies,
caractérisées par la présence de dépôts de protéines extracellulaires,
incorrectement repliées et, de ce fait, insolubles. Leur accumulation est causée par
l’âge avancé ou par des anomalies au niveau du repliement protéique.

54
 Les amyloïdoses affectent souvent le système nerveux central: la maladie
d’Alzheimer en est l’exemple le plus connu. Cette maladie neuro-dégénérative se
caractérise par l’accumulation extracellulaire de peptides, capables de s’auto-
agréger spontanément. Ces peptides, riches en feuillets bêta, sont issus du clivage
d’une protéine transmembranaire (APP ou protéine précurseur de l’amyloïde),
exprimée normalement dans les neurones. Les dépôts d’amyloïde affectent la
vascularisation et le fonctionnement des neurones. Une autre protéine cérébrale,
appelée tau, participe également à la pathogenèse de la maladie, en s’associant
sous forme de réseaux fibrillaires qui perturbent l’activité neuronale.
Les encéphalopathies spongiformes sont des maladies rares, causées par la
multiplication d’une protéine ayant une conformation aberrante. Il s’agit de la
protéine du prion, exprimée normalement dans les cellules du système nerveux
central.
La forme modifiée de cette protéine, notée PrPSc, caractérisée par une
conformation riche en feuillets bêta, apparaît suite à une mutation de son gène (la
forme génétique) ou par contamination avec des produits biologiques contenant
des protéines modifiées (la forme infectieuse). Incorrectement repliée, la protéine
du prion est un agent infectieux, dépourvu d’acide nucléique (figure 3.15).
Par des mécanismes encore insuffisamment compris, la protéine PrPSc
induit la transformation des protéines cellulaires correctes (PrPC), riches en hélices
alpha. Un effet de type «domino» conduit à la multiplication exponentielle des
protéines à conformation incorrecte.

Figure 3.15. Conversion autopropagéable de PrPC (à gauche) en PrPSc (à droite)

Les protéines PrPSc s’agrègent spontanément, en formant un réseau

extracellulaire fibrillaire, insoluble et insensible à l’action des protéases. Après une
longue période d’incubation, nécessaire pour atteindre un niveau seuil, les lésions
cérébrales provoquent l’apparition des signes cliniques. Les maladies neuro-
dégénératives qui en résultent sont toujours fatales, comprenant chez l’homme la
maladie de Creutzfeldt-Jacob (maladie de la vache folle), la maladie de Kuru ou
encore l’insomnie familiale fatale.

55
 4. Fonction des protéines

Par la diversité des acides aminés constitutifs et la complexité de leur

conformation, les protéines peuvent assurer une grande variété de fonctions.
La classification des protéines en fonction de leur rôle biologique est
illustrée par le tableau 4.1. En dehors des rôles structurels ou dynamiques, les
protéines musculaires sont aussi des substrats énergétiques en cas de jeûne
prolongé.

Tableau 4.1. Classification des protéines

Classe Rôle biochimique Exemples

Protéines Structure de la matrice tissulaire

Collagène, élastine
structurelles Structures cellulaires

Enzymes qui catalysent les Pyruvate déshydrogénase

réactions du métabolisme Amino-transférases
Albumine, transferrine
Transport
Hémoglobine
Contraction musculaire Actine, myosine
Protéines Insuline, facteurs de
Hormones peptidiques
dynamiques croissance
Signalisation et transmission des
Récepteurs, protéines G
signaux
Immunoglobulines,
Protection de l’organisme
interférons
Régulation de l’expression génique Facteurs de transcription

4.1. Protéines transporteuses

Les protéines exercent leur rôle en interagissant avec d’autres molécules

(généralement de petite taille); ces molécules reconnues et fixées manière
spécifique par les protéines sont appelées ligands. Le site de liaison du ligand est
représenté par les chaînes latérales des acides aminés qui participent à la fixation
du ligand.

56
 Les protéines transporteuses sont capables de reconnaître et fixer un
ligand dans un tissu (ou un compartiment cellulaire), de le transporter et de le
relâcher dans un autre tissu (ou compartiment cellulaire). Elles présentent les
particularités suivantes:
Le transport peut s’effectuer dans la même cellule (par exemple du
cytoplasme vers le noyau), ou bien à travers une membrane
biologique, ou encore dans la circulation sanguine d’un tissu vers un
autre tissu
L’affinité de la protéine transporteuse envers son ligand est une
mesure quantitative de la vitesse de liaison spécifique de celui-ci
L'affinité sera toujours plus forte au point de départ qu’au point
d’arrivée, cette variabilité étant expliquée par l'influence du milieu
environnant, ou bien par la liaison des ligands régulateurs.

Les plus importantes protéines de transport sont l'albumine, l'hémoglobine

(transport de l’oxygène), la transferrine (transport du fer).
L’albumine est la principale protéine de transport présente dans le sang.
Elle est synthétisée par le foie et secrétée dans la circulation, où elle accomplit son
rôle: transport des acides gras, de la bilirubine, de certaines hormones ou
médicaments. Une diminution importante de la concentration sérique de
l’albumine est l’indicateur d’une insuffisance hépatique. L’albumine est aussi la
principale protéine qui contribue au maintien de la pression colloïde-osmotique du
sang. En cas d’hypoalbuminémie, la chute de cette pression entraîne l’apparition
d’œdèmes et d’ascite, c'est-à-dire l'accumulation de liquide dans la cavité
péritonéale. Les principales causes de ce syndrome sont l’insuffisance hépatique et
la malnutrition protéique.

4.2. Myoglobine
La myoglobine est une protéine globulaire, localisée dans le tissu
musculaire. Elle agit comme transporteur de l’oxygène à l’intérieur du cytoplasme
des cellules musculaires; c'est aussi un réservoir d’oxygène, auquel les cellules
musculaires font appel en cas d’effort intense ou prolongé.
La myoglobine transporte l’oxygène provenant de l’hémoglobine vers les
mitochondries qui l’utilisent pour la contraction musculaire. Afin de réaliser cette
fonction, la myoglobine fixe réversiblement une molécule d’oxygène: il en résulte
la myoglobine oxygénée.

57
 La myoglobine est formée d’une chaîne peptidique et d’un noyau
hydrophobe de nature non-peptidique. Sa structure (figure 4.1) comporte les
éléments suivants:
Une chaîne peptidique de 153 acides aminés, dont la structure
secondaire est organisée sous forme de huit hélices alpha (A-H)
L’hème, une structure aromatique située dans une crevasse de la
structure tertiaire du peptide, où les acides aminés sont hydrophobes;
des attractions hydrophobes et quelques liaisons électrostatiques
l'attachent à la chaîne peptidique
L'hème est formé d’une structure aromatique (hydrophobe), appelée
protoporphyrine IX et d’un atome de fer (Fe2+)
La protoporphyrine IX est constituée de quatre noyaux pyrrol, dont les
carbones périphériques sont substitués par des chaînes latérales, qui
contribuent au caractère hydrophobe de cette structure (figure 4.2)
Au centre de la protoporphyrine, l’atome de fer est lié par six liaisons
covalentes de coordination, dont quatre aux azotes de la
protoporphyrine et deux aux résidus histidine du peptide; l’une de ces
liaisons, entre le fer et l’histidine distale, est temporairement dissociée
par la fixation réversible d’une molécule d’oxygène (figure 4.3).

La myoglobine est une protéine globulaire compacte. Dans la structure

tertiaire, les chaînes latérales des acides aminés hydrophobes se situent à
l’intérieur, où elles participent aux attractions hydrophobes avec l'hème. Les
acides aminés polaires s'orientent vers le milieu aqueux cytoplasmique.

Figure 4.1. Structure de la myoglobine

58
 Figure 4.2. Structure de la protoporphyrine IX

Figure 4.3. Oxygénation de l'hème: le Fer se rapproche du plan de la

protoporphyrine

59
 La représentation graphique de la saturation en oxygène, en fonction de la
pression partielle de ce gaz, est la courbe de dissociation de l’oxygène. Pour la
myoglobine, elle a l’aspect d’une hyperbole (figure 4.4), qui illustre la forte affinité
de cette protéine pour l’oxygène, dès que sa pression partielle commence à
s’élever.

Figure 4.4. Aspect comparatif de la courbe de dissociation de l’oxygène

A – myoglobine, B – hémoglobine

4.3. Hémoglobine
Structure de l’hémoglobine
L’hémoglobine est une protéine qui fait partie de la même famille que la
myoglobine. C’est une protéine globulaire, localisée dans le cytoplasme des
hématies, qui transporte l’oxygène provenant des alvéoles pulmonaires vers tous
les tissus, où l’oxygène sera livré aux cellules.
Une faible partie du dioxyde de carbone issu des réactions du métabolisme
est transporté par l’hémoglobine vers les poumons, où il sera éliminé. Appart ces
rôles majeurs, l’hémoglobine participe aussi à la neutralisation de l’excès de
protons, faisant partie des systèmes tampon de l'organisme.
L’hémoglobine est formée de quatre chaînes peptidiques (quatre sous-
unités), identiques deux à deux, qui forment un tétramère. Les chaînes
peptidiques, similaires à celle de la myoglobine, présentent huit segments
organisés sous forme d'hélices alpha (désignées A-H).

60
 Chaque sous-unité lie aussi un noyau hydrophobe non-peptidique –
l'hème, qui contient un atome de fer bivalent (figure 4.5). L'hème fixe
réversiblement une molécule d’oxygène: au total, l’hémoglobine transporte 4
molécules d’oxygène.
Ces sous-unités sont exprimées au cours du développement embryonnaire
à partir de neuf gènes différents, aboutissant à des formes différentes du
tétramère:
L’hémoglobine embryonnaire est formée de deux fois deux chaînes
peptidiques associées (type Gower 1, Gower 2 ou Portland)
L’hémoglobine fœtale (F) est formée de deux chaînes de type alpha et
deux chaînes de type gamma.

Figure 4.5. Structure de l’hémoglobine

Chez l’adulte on trouve plusieurs types d’hémoglobine (Hb), différentes

par la structure primaire des chaînes peptidiques:
L’hémoglobine A1 – Hb adulte majeure ( 2β2) est formée de deux
chaînes alpha et deux chaînes bêta et représente 90-95% du total
L’hémoglobine A2 – Hb adulte mineure ( 2δ2) représente 1,5-3,5%
L’hémoglobine A1c - Hb glycosylée ( 2β2) représente normalement
moins de 3% du total, mais peut augmenter jusqu’à 15% en cas de
diabète sucré
L’hémoglobine F – Hb fœtale majeure ( 2 2) représente chez l’adulte
moins de 1% du total.

61
 De façon similaire à la myoglobine, l’hème est lui-même formé de la
protoporphyrine IX et d’un atome de fer. Situé au centre du noyau hydrophobe de
la protoporphyrine, l’atome de fer y est attaché par six liaisons covalentes de
coordination:
Quatre liaisons fixent le fer sur les atomes d’azote de la
protoporphyrine
Une autre valence du fer est liée à l'un des azotes d’une histidine de
l'hélice F (l’histidine proximale) de la chaîne peptidique
La dernière valence du fer est liée à l'histidine de l'hélice E (l’histidine
distale) de la chaîne peptidique.

La stabilisation de chaque sous-unité est assurée aussi par des attractions

hydrophobes entre l'hème et les chaînes latérales hydrophobes des acides aminés
qui l’entourent et forment une crevasse hydrophobe. La stabilisation du tétramère
est réalisée par des interactions non-covalentes, électrostatiques, entre les chaînes
latérales des acides aminés situés aux points de contact des quatre sous-unités.

Oxygénation de l’hémoglobine
L’hémoglobine transporte l’oxygène dans les hématies. Chaque sous-unité
peut fixer réversiblement une molécule d’oxygène pour former l’hémoglobine
oxygénée.
L’oxygène dissocie temporairement la liaison entre l’atome de fer et
l’histidine distale. Lors de l’oxygénation, le fer se rapproche du plan de l'hème,
entraînant aussi l’histidine proximale et toute l’hélice alpha à laquelle elle
appartient (figure 4.3).
Contrairement à la myoglobine, la vitesse de transport de l’oxygène en
fonction de la pression partielle de ce gaz, c'est-à-dire la courbe de dissociation de
l’oxygène, a une allure sigmoïde (figure 4.4):
Chaque sous-unité possède un site de liaison de l’oxygène
La liaison de l’oxygène sur un site amplifie l’affinité des autres sous-
unités pour ce ligand
Cette propriété représente la coopérativité des sous-unités
Elle confère à l’hémoglobine une forte affinité pour l’oxygène dans les
poumons, où il est abondant (pression partielle élevée), et au contraire
une faible affinité pour l’oxygène dans les tissus périphériques
(pression partielle diminuée), où il sera transmis aux cellules

62
 La courbe de dissociation de l’oxygène illustre le comportement de
l’hémoglobine et de la myoglobine lorsque la pression partielle de
l’oxygène est diminuée, c'est-à-dire dans les tissus périphériques: la
myoglobine contient plus d’oxygène que l’hémoglobine, ce qui
correspond à son rôle de réservoir d’oxygène dans le muscle en repos;
dans les mêmes conditions, l’hémoglobine apparaît sous forme
désoxygénée.

Ces différences entre la myoglobine et l’hémoglobine s’expliquent par leur

structure différente. La myoglobine contient une seule chaîne peptidique, sur
laquelle chaque molécule d’oxygène vient se fixer de manière indépendante.
La coopérativité des sous-unités de l’hémoglobine correspond
parfaitement au rôle de cette protéine: fixation de l'oxygène dans les alvéoles
pulmonaires et, au contraire, sa libération consécutive dans les tissus. Ainsi,
l’hémoglobine s’adapte mieux aux conditions du milieu grâce à l’allostérie, c’est-à-
dire la modification de la conformation protéique suite à la liaison des ligands
(dans ce cas les molécules d’oxygène).
On considère que chaque sous-unité peut se présenter sous deux états
conformationnels possibles: l’état tendu (T) et l’état relâché (R)
L’état relâché implique une plus forte affinité pour l’oxygène, qui
favorise lui-même le passage à cet état
Selon le modèle symétrique, lorsque les quatre sous-unités sont à
l’état tendu, la liaison de l’oxygène sur l’une d’entre elles se fait
difficilement et induit un changement conformationnel de cette sous-
unité (passage à l’état relâché), manifeste par une plus forte affinité
pour l’oxygène
La chaîne alpha a plus d’affinité pour l’oxygène et passe en premier à
la forme oxygénée, correspondant à l’état relâché (figure 4.6)
Par l’intermédiaire des liaisons électrostatiques qui unissent les
chaînes, ce passage modifie de la même manière la conformation des
autres sous-unités, de sorte que leur affinité pour l’oxygène augmente
également
Le modèle séquentiel suppose que le passage de chaque sous-unité de
l’état tendu à l’état relâché se fait de manière successive, le tétramère
passant par des états intermédiaires mixtes, composés de sous-unités
tendues et relâchées.

63
 Figure 4.6. Coopérativité des sous-unités lors de la fixation de l’oxygène
A – modèle symétrique; B – modèle séquentiel

Affinité de l’hémoglobine envers l’oxygène

Plusieurs facteurs influencent l’affinité de l’hémoglobine envers l’oxygène:
le 2,3-bisphosphoglycérate, le pH et la concentration du dioxyde de carbone.
Le 2,3-bisphosphoglycérate (2,3-BPG) est un ligand de l’hémoglobine. C’est
un anion fort, dont les trois fonctions acides sont ionisées au pH des hématies, où
il est produit au cours de la glycolyse (figure 4.7). Lorsqu’il se fixe dans la cavité
centrale située entre les quatre sous-unités, le 2,3-BPG empêche leur
coopérativité. Ainsi, il réduit l’affinité de l’hémoglobine pour l’oxygène et favorise
le passage à la forme désoxygénée.

Figure 4.7. Structure du 2,3-bisphosphoglycérate

L’hémoglobine fœtale lie le 2,3-BPG moins fort que l’hémoglobine adulte

A1, ce qui entraîne une plus forte affinité de l’hémoglobine F pour l’oxygène. Cette
particularité favorise l’oxygénation de l’hémoglobine fœtale. L’accumulation du
2,3-BPG dans les échantillons de sang prélevés sans inhibiteur de la glycolyse
explique la désoxygénation de l’hémoglobine.

64
 Les variations du pH influencent aussi l’affinité de l’hémoglobine pour
l’oxygène. Dans les tissus, le pH est plus acide que dans les poumons, ce qui
favorise la dissociation de l’oxygène. En milieu acide, l’hémoglobine fixe
préférablement les protons. Cette particularité, appelée l’effet Bohr, empêche la
liaison de l’oxygène: l’hémoglobine apparait alors sous forme désoxygénée.
Dans les alvéoles pulmonaires, la liaison de l’oxygène conduit à la
dissociation des protons, qui forment l’acide carbonique avec l'anion bicarbonate.
L’anhydrase carbonique dissocie cet acide en H2O et CO2, éliminé par l’expiration.
L'alcalinisation du pH suite à l’expiration du CO2 favorise l’oxygénation de
l’hémoglobine.
En somme, au pH acide (dans les tissus périphériques) l’hémoglobine fixe
les protons et libère facilement l’oxygène, alors que dans les poumons, où le pH
est plus alcalin, suite à l’expiration du CO2, l’hémoglobine libère les protons et fixe
l’oxygène. Ces différences sont causées par les modifications de la structure
secondaire des sous-unités, qui affectent surtout les acides aminés de l’extrémité
C-terminale.
La plupart du CO2 issu des réactions métaboliques dans les tissus
périphériques est transporté vers les poumons sous forme de bicarbonate dissous
dans le sang. Une faible partie est liée de manière covalente à l’hémoglobine, sous
forme de carbamate d'hémoglobine (Hb-NH-COO-).
Dans les poumons, où la pression partielle de l’oxygène est élevée,
l’oxygène est lié à l’hémoglobine, libérant les protons et le CO2 qui forment l’acide
carbonique. L’anhydrase carbonique dissocie rapidement l’acide carbonique en
CO2 (expiré) et H2O. L'influence de ces facteurs sur la courbe de dissociation de
l'oxygène est illustrée par la figure 4.8.

Figure 4.8. Facteurs qui influencent l’affinité de l’hémoglobine pour l’oxygène

65
 Anomalies de l’hémoglobine
L’hémoglobine a été la première protéine pour laquelle la relation entre
les mutations qui affectent la conformation du tétramère et l’apparition des
maladies a été élucidée.
Les hémoglobinopathies sont des maladies génétiques causées par des
mutations qui modifient la séquence d’acides aminés; il s'agit de substitutions,
insertions ou délétions ponctuelles. Selon leurs conséquences, on distingue
plusieurs classes de mutations:
Mutations qui affectent les acides aminés extérieurs; par exemple, le
remplacement du glutamate 6 de la chaîne bêta avec une valine induit
la précipitation de l’hémoglobine modifiée, appelée HbS, la
déformation des hématies et l’occlusion des capillaires sanguins; la
maladie qui en résulte est l’anémie falciforme (syclémie)
Les mutations qui affectent le site actif; par exemple, le remplacement
de l’histidine proximale avec une tyrosine conduit à la stabilisation du
fer sous la forme Fe3+, ce qui empêche l’oxygénation de l’hémoglobine
modifiée, appelée Hb M (méthémoglobinémie)
Les mutations qui affectent les acides aminés situés aux points de
contact entre les sous-unités déstabilisent la structure quaternaire et
se manifestent par l’instabilité de l’hémoglobine
Les mutations qui affectent les acides aminés impliquées dans la
coopération des sous-unités se répercutent sur l’affinité envers
l’oxygène.

Les thalassémies sont des maladies génétiques, causées par des mutations
qui empêchent la synthèse des chaînes peptidiques de l’hémoglobine. On en
distingue deux catégories:
L’alpha-thalassémie, due à l'absence des chaînes alpha
La bêta-thalassémie, due à l'absence des chaînes bêta; l’association
des chaînes alpha avec les chaînes gamma ou delta conduit à
l’augmentation du pourcentage d’hémoglobine F ou A2.

L’absence des peptides alpha ou bêta peut avoir plusieurs causes:

La délétion totale du gène correspondant
L’absence ou l’instabilité de l’ARN messager
La synthèse d’un peptide modifié, suite aux mutations qui perturbent
la séquence d’acides aminés ou qui induisent une terminaison précoce
de la synthèse protéique.

66
 4.4. Glycoprotéines et protéoglycanes
Les hétéroprotéines sont des protéines composées de chaînes peptidiques
et de groupements de nature chimique différente.
Les glycoprotéines sont des hétéroprotéines formées par la liaison
covalente de chaînes glucidiques (branchées et de faible poids moléculaire) sur la
chaîne peptidique. Elles présentent les particularités suivantes:
Les glycoprotéines se trouvent surtout dans les fluides biologiques, car
la présence de glucides (hydrophiles) facilite leur sécrétion
extracellulaire
D’autres glycoprotéines tapissent la face extracellulaire des
membranes cellulaires formant une barrière appelée glycocalyx,
impliquée dans la signalisation, la reconnaissance et la communication
cellulaire
La masse des glucides peut aller de 5 à 40% de la masse molaire de
l’ensemble; certaines protéines présentent plusieurs oligosaccharides
La glycosylation survient pendant la synthèse du peptide (modification
co-traductionnelle) ou immédiatement après (modification post-
traductionnelle)
Des liaisons O-glycosidiques s’établissent entre les carbones des
glucides et les acides aminés hydroxylés (sérine et thréonine)
Des liaisons N-glycosidiques se forment entre les carbones des glucides
et l’azote amidique de l’asparagine de la chaîne peptidique.

La plupart des protéines sériques sont des glycoprotéines hydrophiles (à

l’exception de l’albumine). Ces protéines accomplissent plusieurs rôles:
Transport des ligands (albumine, transferrine, apoprotéines, protéine
transporteuse de la thyroxine)
Défense immunitaire spécifique (immunoglobulines, cytokines)
Réaction inflammatoire et défense non-spécifique (protéine C réactive,
fibrinogène, inhibiteurs des protéases sériques)
Facteurs de coagulation et protéines impliquées dans la fibrinolyse.

Les protéoglycanes sont des macromolécules extracellulaires,

éventuellement ancrées à la surface externe des membranes cellulaires, formées
de courts chaînons d’acides aminés liés à plusieurs chaînes glucidiques, de masse
molaire totale supérieure à 10000 Da. Ils sont les constituants majeurs de la
matrice extracellulaire.

67
 4.5. Immunoglobulines
Les immunoglobulines (appelées aussi anticorps) sont des protéines
capables de faire la distinction entre les structures propres à l’organisme et les
structures étrangères. Elles reconnaissent et lient de manière spécifique les
macromolécules étrangères, appelées antigènes, appartenant aux
microorganismes, aux protéines alimentaires, aux médicaments…
Par ces propriétés, les immunoglobulines assurent la défense spécifique et
participent à la «mémoire» immunologique, c’est-à-dire la reconnaissance d’un
antigène préalablement rencontré et l'amplification de la réaction immunologique
envers celui-ci. Lorsqu’un complexe antigène-anticorps est formé, il déclenche une
cascade d’événements conduisant à la neutralisation du microorganisme porteur
de l’antigène.
Les immunoglobulines sont impliquées aussi dans les anomalies de la
réponse immunitaire:
Les allergies et les réactions d’hypersensibilité (réponses exagérées
face à certains antigènes)
Les maladies auto-immunes, causées par des anticorps dirigés contre
les structures propres de l’organisme
Les gammapathies monoclonales, maladies prolifératives des
plasmocytes, cellules qui synthétisent les immunoglobulines.

Structure des immunoglobulines

Les immunoglobulines sont synthétisées par les lymphocytes B, qui se
différencient en plasmocytes, lorsqu’elles rencontrent l’antigène. Elles sont
véhiculées par le sang et diffusent dans les espaces extracellulaires et les
sécrétions exocrines.
Toutes les immunoglobulines ont la même structure générale (figure 4.9).
Ce sont des glycoprotéines composées de deux chaînes de grande taille, appelées
«lourdes» (H) et de deux chaînes plus petites, appelées «légères» (L).
Plusieurs gènes structuraux codent pour ces peptides et leurs
remaniements permanents constituent le fondement de la variabilité des
immunoglobulines, capables de reconnaître des milliers d’antigènes différents.
Chaque chaîne peptidique possède un domaine variable, où la séquence
d’acides aminés diffère d’une molécule à l’autre, et un ou plusieurs domaines
constants, dont la séquence d’acides aminés demeure inchangée. Chaque domaine
contient environ 110 acides aminés:

68
 Les chaînes légères sont formées d’un domaine variable (VL) et d’un
seul domaine constant (CL)
Les chaînes lourdes sont formées d’un domaine variable (VH) et de 3
ou 4 domaines constants (CH1-4)
Les domaines constants et variables comprennent deux feuillets bêta
superposés, réunis par un pont disulfure
Les quatre chaînes peptidiques sont réunies par des ponts disulfures
Les domaines variables des chaînes lourdes et légères constituent
ensemble le site de liaison de l’antigène; les acides aminés participants
lient l’antigène au niveau d’une région appelée hypervariable
Les domaines constants des immunoglobulines sont responsables de
leurs fonctions effectrices, c’est-à-dire l’activité antibactérienne et
antivirale, la liaison sur les récepteurs cellulaires, l’activation du
complément.

Figure 4.9. Structure générale des immunoglobulines

Classes d’immunoglobulines
La variabilité des immunoglobulines se manifeste surtout au niveau des
régions hypervariables, impliquées dans la reconnaissance de l’antigène. D’autre
part, les immunoglobulines se distinguent en plusieurs classes (G, A, M, D, E), qui
diffèrent par la nature des chaînes lourdes constitutives (figure 4.10).

69
 D’autres différences structurelles et fonctionnelles ont été mises en
évidence au niveau des domaines constants des chaînes lourdes: le nombre de
ponts disulfures et de domaines constants, l’affinité pour les protéines du système
complément, le nombre de monomères qui s’associent pour former des structures
plus complexes.

Figure 4.10. Particularités structurales des diverses classes d’immunoglobulines

La majorité des anticorps sériques sont des immunoglobulines de type G

(IgG). Les chaînes légères sont formées de 2 domaines (variable et constant) et les
chaînes lourdes comportent 4 domaines (un domaine variable et 3 domaines
constants). Ce type d’immunoglobulines possède des fonctions spécifiques:
Activation du système complément
Passage transplacentaire et participation à l'immunité fœtale
Participation à la « mémoire » immunologique (immunité prolongée)
contre les antigènes.

Les immunoglobulines D et E ont une structure similaire à celle des IgG.

Les immunoglobulines E (IgE) sont impliquées dans les réactions
d’hypersensibilité envers certains antigènes, appelés allergènes: poussières,
pollen, aliments, certains médicaments ou toxines. Présentes sur la membrane des
cellules de la série blanche, ces immunoglobulines induisent la libération des
médiateurs pro-inflammatoires et vasoactifs lors d'une seconde rencontre avec les
allergènes.
Les immunoglobulines D (IgD) se fixent sur la membrane des lymphocytes
B. Avec les IgM, ce type d’immunoglobulines sert de récepteur membranaire pour
l’antigène.

70
 Les immunoglobulines A (IgA) sont des anticorps présents dans le sang et
les sécrétions exocrines: salive, sucs digestifs, sécrétions bronchiques, larmes, lait.
Ces anticorps assurent la défense locale des téguments et des muqueuses:
Les IgA présentes dans les secrétions exocrines (IgA sécrétoires) sont
des dimères; deux monomères sont associés par une pièce J qui assure
la jonction du dimère et une pièce S, indispensable à la sécrétion de
l’ensemble par les glandes exocrines
Chacun de ces dimères porte quatre sites de liaison à l’antigène.

Les immunoglobulines M (IgM) sont des pentamères:

Les cinq monomères sont associés par des liaisons covalentes avec la
pièce J qui assure la jonction du pentamère
Chacun de ces pentamères possède dix sites de liaison à l’antigène.

Ce sont les anticorps de la réponse immunitaire primaire, c’est-à-dire la

première réaction avec l’antigène. Ils sont les principaux activateurs du système
complément. Les auto-anticorps, dirigés contre les structures propres de
l’organisme, sont aussi des IgM.

71
 5. Structure et fonction des enzymes

5.1. Définition et propriétés générales

Les enzymes sont des protéines ou des molécules d’ARN (ribozymes) qui
agissent comme biocatalyseurs. Leur synthèse est déterminée génétiquement, en
fonction du métabolisme de chaque cellule.
Chez la plupart des organismes vivants, les réactions biochimiques ont lieu
dans des conditions strictement contrôlés: température (37 C) et pression (760
mm Hg) constante, pH (7,35-7,45) proche de la neutralité et solvants aqueux. Dans
chaque compartiment cellulaire de nombreux réactants peuvent interférer avec
ceux engagés dans les réactions biochimiques. Dans ces conditions, les réactions
biochimiques seraient trop lentes pour permettre le déroulement des
phénomènes biologiques; l’action des enzymes rend possible la vie telle que nous
la connaissons.
Les enzymes accomplissent plusieurs fonctions:
Ce sont des catalyseurs, c’est-à-dire qu’en agissant à des
concentrations très faibles, elles augmentent la vitesse des réactions
chimiques, sans en modifier le résultat; l’accélération moyenne de la
vitesse est d’environ 1011 fois, par rapport à la réaction spontanée; les
enzymes agissent en quantités infimes, par rapport aux réactants, et se
retrouvent inchangées à la fin de la réaction, capables de reprendre
leur fonction
Les enzymes assurent la spécificité et le contrôle des réactions
biochimiques; l’activité enzymatique est en permanence contrôlée et
ajustée selon les nécessités de l’organisme.

Toutes les molécules qui entrent dans une réaction enzymatique et y sont
définitivement modifiées sont appelées substrats. La nouvelle molécule qui résulte
de la transformation catalysée par l’enzyme est appelée produit. Lorsque le sens
d’une réaction enzymatique réversible est changé, le produit redevient substrat.
Les réactions réversibles aboutissent à l’établissement d’un équilibre entre les
réactants:
Substrat (S) Produit (P)

72
 Par exemple, l’anhydrase carbonique est une enzyme présente dans toutes
les cellules. C’est une petite protéine (264 acides aminés) qui catalyse l’addition
d’une molécule d’eau sur une molécule de gaz carbonique pour former l’acide
carbonique. La présence d’un atome de Zinc est nécessaire à son activité. Les
substrats sont l’eau et le dioxyde de carbone. Le produit final est l’acide
carbonique.
Le cycle catalytique comporte les étapes suivantes:
Le rapprochement et l’orientation correcte des substrats
La liaison des substrats au centre actif de l’enzyme
La dissociation et la modification des liaisons chimiques des substrats
et la formation de nouvelles liaisons, spécifiques des produits de la
réaction
La libération des produits et la régénération de la conformation initiale
de l’enzyme, qui reprend aussitôt son activité.

La spécificité enzymatique est la capacité des enzymes d’agir

sélectivement sur la même molécule et de catalyser la même réaction. Par rapport
aux catalyseurs industriels, les enzymes sont hautement spécifiques:
Chaque enzyme est spécifique d’une réaction, c’est-à-dire qu’elle
catalyse toujours la même transformation chimique
Chaque enzyme agit sur le même substrat; la spécificité du substrat
peut être absolue ou relative (l’enzyme reconnaît une classe de
substrats apparentés)
La stéréospécificité permet aux enzymes de distinguer parmi les
substrats qui ne diffèrent que par leur conformation; les enzymes
reconnaissent un seul isomère géométrique, optique, ou un seul
groupe fonctionnel, lorsque le substrat en présente plusieurs.

On considère que les premières enzymes qui sont apparues étaient des
ribozymes, ayant une action catalytique sur elles-mêmes ou sur d’autres molécules
d'ARN. Les enzymes protéiques seraient apparues ultérieurement.

Importance des enzymes

L’élucidation des réactions biochimiques et la connaissance du
métabolisme a ouvert la voie aux nombreuses applications médicales. L'activité
catalytique des enzymes est souvent modifiée en cas de maladies. De ce fait, les
enzymes sont des marqueurs biochimiques utiles pour le diagnostic, le suivi
thérapeutique et le pronostic de nombreuses maladies.

73
 En médecine, l’étude des enzymes a conduit aux applications pratiques,
telles que:
La connaissance des réactions métaboliques et de leurs mécanismes
de contrôle
L’élucidation des maladies causées par les déficiences enzymatiques –
les erreurs innées du métabolisme
Le déchiffrage du rôle des vitamines et des coenzymes, comme
principaux cofacteurs enzymatiques.

Les enzymes sont aussi la principale cible pour la synthèse de

médicaments qui agissent comme activateurs, inhibiteurs ou substituants de
celles-ci. Aujourd'hui il est possible de traiter certaines déficiences enzymatiques
par substitution avec des enzymes recombinantes.

Classification des enzymes

La classification des enzymes est basée sur la nature des réactions
enzymatiques et des molécules participantes. La nomenclature internationale
attribue à chaque enzyme un numéro unique, exprimé par quatre chiffres séparés
par des points:
Le premier chiffre désigne le type de réaction catalysée
Le 2ème et le 3ème expriment la nature des corps chimiques sur lesquels
agit l’enzyme, c'est-à-dire le groupe fonctionnel ou la liaison impliquée
dans la réaction et, respectivement, la nature de l’accepteur
participant à la réaction
Le quatrième est un numéro d’ordre.

Chaque enzyme est ainsi encadrée dans l'une des six classes principales, en
fonction de la réaction catalysée:
Classe 1 – les oxydoréductases – catalysent le transfert d’électrons
entre un groupement donneur et un groupement accepteur
Classe 2 – les transférases – catalysent le transfert d’un groupe
fonctionnel entre deux substrats, un donneur et un accepteur
Classe 3 – les hydrolases – catalysent l’addition d’une molécule d’eau à
une liaison de type C-O, C-N, C-S
Classe 4 – les lyases – catalysent la formation des liaisons doubles ou
l’addition de groupes fonctionnels à ces liaisons
Classe 5 – les isomérases – catalysent la conversion entre les formes
isomères d’une molécule

74
 Classe 6 – les ligases – catalysent la synthèse de nouvelles liaisons C-C,
C-S, C-O, C-N en utilisant l’énergie issue de l’hydrolyse d’une liaison
riche en énergie (par exemple l’ATP); ces enzymes catalysent la
formation d’une nouvelle liaison chimique et l’hydrolyse concomitante
de la molécule riche en énergie, qui dégage l’énergie consommée par
la réaction de synthèse.

Structure générale
Les enzymes sont des protéines (la plupart des enzymes connues) ou des
molécules d’ARN (ribozymes). Expérimentalement, on a pu synthétiser des
anticorps à fonction catalytique (abzymes) qui agissent en stabilisant
l’intermédiaire transitoire qui apparaît au cours des réactions.
Toutes les enzymes présentent un centre actif qui est le site de liaison du
substrat et de la catalyse proprement-dite, c'est-à-dire la dissociation des liaisons
chimiques du substrat et la création de nouvelles liaisons, spécifiques du produit
de la réaction. Le centre actif diffère d’une enzyme à l’autre, mais présente des
propriétés générales communes:
Les acides aminés participants forment une structure
tridimensionnelle où la liaison du substrat se fait par complémentarité
spatiale; ces acides aminés ne sont pas forcément successifs ou
proches l’un de l’autre dans la structure primaire; parfois les acides
aminés qui forment le centre actif se situent sur plusieurs chaînes
peptidiques différentes
La conformation du centre actif est généralement celle d’une poche ou
d’une crevasse à la surface de l’enzyme; l’exclusion des molécules
d’eau est assurée par la présence des acides aminés hydrophobes
Parmi les acides aminés qui forment le centre actif on trouve certains
spécialisés dans l’interaction avec le substrat et d’autres spécialisés
dans la catalyse enzymatique (les acides aminés catalytiques); ces-
derniers sont souvent par la sérine, l’histidine, la tyrosine ou encore la
cystéine.

La liaison du substrat est due à la complémentarité spatiale entre cette

molécule et le centre actif de l’enzyme. Leur liaison conduit à la formation d’un
complexe intermédiaire enzyme-substrat (ES), stabilisé par des liaisons faibles,
non-covalentes.
Deux modèles expliquent la liaison du substrat (figure 5.1):

75
 Le modèle de la complémentarité exacte entre le centre actif et le
substrat
Le modèle de la complémentarité induite: malgré la complémentarité
initialement imparfaite, les deux molécules subissent un changement
conformationnel, afin d’établir dans une seconde étape la
complémentarité exacte
Le résultat final est l’établissement de plusieurs liaisons entre l’enzyme
et son substrat, donc la formation du complexe intermédiaire enzyme-
substrat.

Figure 5.1. Modèle de la complémentarité exacte (à gauche) et induite (à droite)

entre le centre actif de l’enzyme (E) et le substrat (S)

Les enzymes allostériques, formées de plusieurs sous-unités et impliquées

dans la régulation des voies métaboliques, présentent, en plus du centre actif, des
sites de liaison des effecteurs, appelés centres allostériques. Les effecteurs sont
des activateurs ou des inhibiteurs qui agissent en modifiant la conformation de
l’enzyme.
Le centre allostérique est une structure tridimensionnelle qui n’intervient
pas directement dans la catalyse, mais représente plutôt un centre de contrôle. La
reconnaissance des effecteurs allostériques est basée sur le principe de la
complémentarité spatiale.

Cofacteurs enzymatiques
Certaines réactions enzymatiques se produisent simplement entre le
substrat et l’enzyme, aboutissant à un produit de la réaction. D’autres enzymes
exigent la présence d'une autre molécule, qui participe au déroulement de la
réaction: il s’agit du cofacteur enzymatique.

76
 Les cofacteurs sont des atomes ou des molécules qui interviennent dans la
réaction enzymatique, sans être transformés à la fin de cette réaction. Ils
interviennent pour transporter le substrat, pour recevoir le produit, comme
participants à la catalyse proprement-dite, ou bien à la structure de l’enzyme.
Les enzymes reconnaissent spécifiquement les cofacteurs dont elles ont
besoin.
Les cofacteurs sont classifiés en fonction de leur nature chimique:
Les ions métalliques (Zinc, Magnésium, Cuivre, Fer, Manganèse)
Les molécules plus complexes, appelées coenzymes.

Les coenzymes sont des cofacteurs indispensables à la catalyse

enzymatique. Cependant, seulement une partie de ces molécules sont synthétisées
par l’organisme:
Les vitamines sont des coenzymes qui ne peuvent pas être
synthétisées chez l’homme et doivent faire partie de la diète
D’autres coenzymes sont synthétisés par l’organisme ou par les
bactéries intestinales; ceux-ci ne sont pas essentiels dans la diète.

Les coenzymes sont des molécules libres ou, au contraire, liées à la

protéine enzymatique. Lorsque les coenzymes sont liés à l’enzyme par des liaisons
de type électrostatique ou plus faibles encore, cette liaison est temporaire et sera
renouvelée à l'occasion de chaque réaction effectuée. Ces coenzymes sont appelés
libres, parce qu’ils se dissocient de l’enzyme à chaque réaction catalysée.
Lorsqu’au contraire, les coenzymes sont liés aux enzymes par des liaisons
covalentes, stables, leur concentration est nécessairement la même que celle de
l’enzyme. Ces coenzymes sont appelés liés, parce qu’ils ne se dissocient pas de
l’enzyme (par exemple les coenzymes dérivés du noyau flavine qui s’attachent aux
enzymes pour former des flavoprotéines).

5.2. Cinétique enzymatique

La cinétique enzymatique étudie la vitesse des réactions catalysées par les
enzymes et les facteurs qui influencent cette vitesse:
La concentration de l’enzyme
La concentration du substrat
L'action des effecteurs enzymatiques
Les facteurs du milieu, c'est-à-dire le pH et la température.

77
 Vitesse des réactions enzymatiques
Pour mesurer la vitesse d’une réaction enzymatique n’ayant qu’un substrat
et un produit, on observe les concentrations du substrat ou du produit, qui sont
des fonctions du temps écoulé: la concentration du substrat décroît au cours du
temps, celle du produit augmente (figure 5.2).
Pendant l'intervalle de temps dt, la différence entre les concentrations du
substrat dS est l’opposé de la différence entre les concentrations du produit dP. On
appelle vitesse de la réaction le rapport:

v = – (dS/dt) = (dP/dt)

La vitesse de réaction représente le nombre de moles de substrat

transformées en moles de produit, dans un volume et un intervalle de temps
précis.

Figure 5.2. Évolution des concentrations du substrat et du produit au cours de la

réaction enzymatique

Étapes de la réaction enzymatique

Pour comprendre la cinétique enzymatique, on doit considérer chaque
réaction enzymatique comme une suite de réactions intermédiaires, conduisant
aux états transitoires, avant d’aboutir aux produits finaux et à la régénération de
l’enzyme active. Ces réactions intermédiaires sont:

78
 La formation du complexe intermédiaire enzyme-substrat (ES); dans
un premier temps, chaque molécule d’enzyme va se lier à une
molécule de substrat; la réaction étant réversible, ce complexe peut se
redissocier
La catalyse enzymatique et la formation du complexe intermédiaire
enzyme-produit (EP); durant cette étape, l’effet catalytique de
l’enzyme transforme le complexe enzyme-substrat en complexe
enzyme-produit; si la réaction conduit à un état d’équilibre, cette
phase de la réaction est réversible
La dissociation du complexe enzyme-produit et la libération de
l’enzyme et du produit; dans un dernier temps, le complexe enzyme-
produit peut se dissocier, l'enzyme retrouvant sa conformation initiale;
si la réaction est réversible, le produit redevient substrat en s’associant
à l’enzyme pour revenir au point de départ.

En somme, une réaction réversible comporte les réactions intermédiaires

suivantes:
E + S ES EP E + P

La vitesse de la réaction enzymatique est variable au cours de ces étapes

intermédiaires et peut être calculée en analysant la variation de la concentration
du produit final en fonction du temps (figure 5.3).
Après une brève phase de latence, on distingue une phase stationnaire, au
cours de laquelle la vitesse de réaction est constante. Durant cette phase, les
molécules de substrat se lient à l’enzyme et la concentration du complexe ES est
croissante. Durant la phase stationnaire, la vitesse de la réaction est appelée
vitesse initiale.
Au cours de la phase stationnaire, le rapport entre la concentration du
complexe ES et la concentration totale de l’enzyme est maximum. C’est l’étape où
un nombre maximum de molécules d’enzyme sont liées au substrat.
Dans ces conditions, l’efficacité catalytique de l’enzyme est optimale, donc
la vitesse initiale est la plus grande de toutes les vitesses mesurables pendant les
phases de la réaction.
Plus tard, lorsque la concentration du produit augmente, le complexe
intermédiaire EP s’accumule et la vitesse diminue, à cause de la réaction inverse
qui commence à se produire. Enfin dans la dernière phase, la vitesse de la
transformation inverse devient égale à celle de départ: les concentrations ne
changent plus et l’équilibre s’établit.

79
 Figure 5.3. Evolution de la vitesse de réaction
Ordonnée – la concentration du produit, abscisse – le temps
1) phase pré-stationnaire, 2) phase stationnaire, 3) phase d'équilibre

Influence de la concentration de l’enzyme

Les données expérimentales montrent que la vitesse de la réaction dépend
de la concentration d’enzyme active.
Lorsqu’on change la concentration de l’enzyme, la quantité de produit
obtenu pendant le même intervalle de temps sera différente pour chacune des
concentrations essayées. Lorsque la concentration de l’enzyme est élevée, la
vitesse initiale est plus grande que lorsque la concentration de l’enzyme est faible.
La représentation graphique de la variation de la vitesse initiale en
fonction de la concentration de l’enzyme montre que cette dépendance est
linéaire (figure 5.4). La vitesse initiale d’une réaction enzymatique est donc
directement proportionnelle à la concentration de l’enzyme active.
Ce constat est le fondement des dosages enzymatiques en biochimie. Afin
d’évaluer la quantité d’une enzyme présente dans les tissus ou dans les fluides
biologiques, il suffit de mesurer la vitesse initiale de la transformation qu’elle
catalyse, appelée aussi activité enzymatique.
L’activité enzymatique mesure l’activité catalytique d’une enzyme et
représente la quantité de substrat transformé dans un certain intervalle de temps,
dans des conditions optimales de température, pH, concentration du substrat et
des cofacteurs.

80
 Figure 5.4. Influence de la concentration de l’enzyme sur la vitesse initiale

En pratique, l’activité enzymatique s’exprime par les unités suivantes:

L’unité internationale (UI) représente la quantité d’enzyme qui
catalyse la transformation d’une micromole de substrat par minute,
dans des conditions opératoires optimales
Le katal (Kat) représente la quantité d’enzyme qui catalyse la
conversion d’une mole de substrat par seconde; en pratique on utilise
souvent le microkatal (10-6 Kat) et le nanokatal (10-9 Kat).

Pour exprimer la concentration d’enzyme active on rapporte l'activité

enzymatique au volume (par exemple UI/mL de sérum), ou bien à la concentration
de protéines dans le prélèvement analysé:
Dans un fluide biologique (sérum) on exprime l’activité en UI/L ou
UI/mL
Dans un prélèvement tissulaire on exprime l’activité spécifique, qui est
le rapport UI/mg de protéines dans l’échantillon; c’est une mesure de
la concentration de l’enzyme active.

En pratique, les dosages ont lieu dans des conditions particulières, de sorte
que l'action catalytique des enzymes ne dépende que de leur concentration:
On mesure la vitesse de disparition du substrat ou la vitesse
d’apparition du produit
La concentration du substrat doit être suffisante pour que la vitesse
initiale n'en soit pas influencée
On mesure la vitesse initiale de la transformation enzymatique

81
 La température et le pH doivent être maintenus constants
Aucun inhibiteur ne doit être présent dans le milieu réactionnel.

Influence de la concentration du substrat

Un autre facteur qui influence la vitesse de réaction est la concentration
du substrat. Expérimentalement, les mesures de la vitesse d'apparition du produit
en fonction du temps sont différentes pour chacune des concentrations de
substrat essayées.
Lorsque la concentration du substrat est élevée, la vitesse initiale dépasse
celle observée pour une faible concentration de substrat.
Pour déduire la relation entre la vitesse de réaction et la concentration du
substrat, on mesure les vitesses initiales pour chaque concentration du substrat et
on représente la variation des vitesses initiales en fonction des concentrations
testées (figure 5.5).
Les vitesses initiales augmentent en fonction des concentrations du
substrat. Contrairement à la corrélation entre la vitesse initiale et la concentration
d’enzyme active, cette relation n’est pas linéaire, le graphique de cette fonction
étant une hyperbole:
Lorsque la concentration du substrat est nulle, la vitesse initiale est
zéro, donc l’hyperbole passe par l’origine des axes (la fonction n’a pas
de sens en dessous de ce point)
Un phénomène de saturation survient lorsque la concentration du
substrat est très élevée et dans ce cas la vitesse devient indépendante
de la concentration du substrat
Lorsque la concentration du substrat tend vers l’infini, l’hyperbole se
rapproche de son asymptote; l’asymptote correspond à la vitesse
initiale qu’on observerait si la concentration du substrat était infinie,
c'est-à-dire à la vitesse maximum théorique
Le point de la courbe pour lequel l’ordonnée est la moitié de celle de
l’asymptote correspond sur l’axe des abscisses à une concentration de
substrat pour laquelle la vitesse initiale est la moitié de la vitesse
maximum; cette concentration de substrat représente la constante de
Michaelis (Km).

82
Figure 5.5. Influence de la concentration du substrat illustrée par l'hyperbole de
Michaelis-Menten

La relation qui décrit l’influence de la concentration du substrat sur la

vitesse initiale d’une réaction enzymatique est l’équation de Michaelis-Menten:

V0 est la vitesse initiale qui correspond à la phase stationnaire

Vmax est la vitesse maximum théorique, c'est-à-dire la vitesse initiale
qui correspondrait à une concentration infinie de substrat; cette
vitesse ne sera jamais atteinte
Km est la constante de Michaelis, c'est-à-dire la concentration de
substrat pour laquelle la vitesse initiale est la moitié de la vitesse
maximum.

En étudiant cette équation on observe les aspects suivants:

La vitesse initiale V0 est nulle si la concentration du substrat est nulle
Le terme [S]/(Km+[S]) tend vers 1 lorsque la concentration du substrat
tend vers l’infini, ce qui entraîne que la vitesse initiale V0 tende vers
Vmax
Lorsque la constante Km est égale à la concentration du substrat, la
vitesse initiale devient égale à la moitié de la vitesse maximum.

83
 La vitesse maximum est une vitesse initiale théorique. Elle est néanmoins
un indicateur de la capacité catalytique de l’enzyme.
La constante de Michaelis (Km) est une mesure de l’affinité de l’enzyme
envers son substrat: Km est proportionnel à l’inverse de l’affinité de l’enzyme
envers son substrat. Lorsque Km est élevé, l’enzyme a besoin d’une grande quantité
de substrat pour atteindre la moitié de la vitesse maximum, ce qui indique une
faible affinité pour son substrat.
Par exemple, l’enzyme lactate-déshydrogénase (cofacteur Zinc et
coenzyme NADH/NAD+) réduit le pyruvate en lactate en lui transférant les
hydrogènes apportés par le coenzyme. Pour atteindre la moitié de la vitesse
maximum, la concentration du pyruvate doit être 0,8 millimolaire, soit 70 mg/L:

CH3-CO-COO- + H+ CH3-CH(OH)-COO-
Pyruvate Lactate

Pour calculer les paramètres Km et Vmax on utilise le diagramme de

Linewaever et Burk, dont la représentation graphique est une droite. La
linéarisation de l’équation de Michaelis-Menten est faite à partir des inverses des
deux facteurs de l’équation.
Dans la transformation de Linewaever-Burk, l’inverse de la vitesse initiale
est exprimé en fonction de l’inverse de la concentration du substrat et des
constantes Km et Vmax. Il en résulte une fonction linéaire de type y = ax + b:

La représentation de cette fonction linéaire est le graphique en double

inverse, puisque les deux variables sont les inverses des variables de l’hyperbole de
Michaelis-Menten (figure 5.6).
L’étude de cette fonction montre que l’ordonnée à l’origine est égale à
l’inverse de la vitesse maximum. Une telle droite est facile à tracer à partir des
mesures expérimentales. Cette extrapolation permet le calcul des paramètres
cinétiques Km et Vmax.

84
 Figure 5.6. Diagramme de Linewaever-Burk

Influence du pH sur l’activité enzymatique

Parmi les facteurs qui influencent sur la vitesse des réactions
enzymatiques, il y a aussi des facteurs physiques: le pH et la température.
Les variations du pH agissent en modifiant la conformation de l’enzyme,
dépendante à son tour des charges électriques des fonctions ionisables des acides
aminés. La variation du pH affecte la structure secondaire, tertiaire et,
éventuellement, quaternaire de l’enzyme, suite à la dissociation des liaisons
électrostatiques qui stabilisent ces structures. Finalement, l’enzyme peut subir une
dénaturation et son interaction avec le substrat, les cofacteurs ou les effecteurs
sera annulée.
La charge électrique des fonctions ionisables appartenant aux acides
aminés du centre actif influence la formation du complexe ES. La liaison du
substrat, des cofacteurs ou des effecteurs enzymatiques dépend des attractions
électrostatiques entre les molécules situées à proximité. Les variations du pH
modifient ces interactions et affectent l’activité enzymatique. Par exemple, le
milieu réactionnel influence la charge électrique des acides aminés:
Au pH acide, les fonctions ionisables des chaînes latérales sont
protonnées (COOH et NH3+)
Au pH alcalin les fonctions ionisables sont déprotonnées (COO- et NH2)
Au pH proche de la neutralité, la plupart des chaînes latérales à
fonctions ionisables sont chargées, ce qui favorise les attractions
électrostatiques enzyme-substrat ou enzyme-coenzyme.

85
 Il y a donc un pH du milieu réactionnel où les charges électriques des
acides aminés du centre actif sont les plus favorables à la liaison du substrat. Cette
valeur représente le pH optimum et correspond au maximum d’activité
enzymatique. Pour toute autre valeur du pH, on constate une diminution rapide de
la vitesse de réaction (figure 5.7).
Les enzymes ont des pH optimums différents, selon leur environnement
physiologique. Par exemple, l’activité de la pepsine gastrique est maximale dans un
milieu acide, comme celui de l’estomac, où elle est secrétée. Au contraire, les
enzymes pancréatiques, comme l’amylase ou la trypsine, ont un pH optimum
alcalin, car elles exercent leur activité dans le duodénum, où le pH est proche de 8.
Certaines enzymes reconnaissent deux valeurs du pH optimum, l’activité
enzymatique n’étant pas forcément identique pour les deux valeurs du pH.

Figure 5.7. Variation de la vitesse de réaction en fonction du pH

Influence de la température sur l’activité enzymatique

La représentation graphique de la variation de l’activité enzymatique en
fonction de la température est une courbe ascendante jusqu’à une température
optimale, où l’activité est maximale (figure 5.8).
Chez l’homme, la température optimale des réactions enzymatiques se
situe à 37 C. Au-delà de cette valeur, on remarque une diminution rapide de
l'activité enzymatique, car les enzymes seront dénaturées. Cependant, la vitesse
d’une réaction non-enzymatique augmenterait, à cause de l’agitation thermique
croissante.

86
 Figure 5.8. Influence de la température sur la vitesse de réaction

5.3. Inhibition enzymatique

Les effecteurs sont des ligands qui modifient l’activité catalytique ou la
vitesse de la réaction, sans être des cofacteurs indispensables. Ce sont des atomes
ou des molécules plus complexes, organiques ou minérales. Les effecteurs qui
accélèrent la réaction sont des activateurs enzymatiques. Ceux qui la ralentissent
sont les inhibiteurs enzymatiques.
Les inhibiteurs enzymatiques interviennent dans le contrôle des réactions
du métabolisme et sont employés comme agents thérapeutiques (antibiotiques,
chimiothérapiques, anti-inflammatoires). Ce sont des ligands qui interagissent avec
l’enzyme pour former un complexe inactif enzyme-inihibiteur (EI). En fonction de la
vitesse de dissociation du complexe EI, on distingue:
Les inhibiteurs réversibles, qui permettent la reprise de l’activité
enzymatique lorsqu’ils se dissocient de l’enzyme; ce type d’inhibition
intervient dans le contrôle des réactions du métabolisme
Les inhibiteurs irréversibles, qui forment un complexe EI dont la
vitesse de dissociation est tellement lente, que l’enzyme ne retrouve
pratiquement plus son activité; ce type d’inhibition intervient dans le
mécanisme d'action de nombreux médicaments.

Inhibiteurs irréversibles
Ces inhibiteurs détruisent les enzymes, en modifiant irréversiblement les
acides aminés du centre actif. L'activité catalytique sera poursuivie seulement par
les molécules qui viennent d'être synthétisées et n’ont pas encore interagi avec
l'inhibiteur.

87
 Parmi les médicaments qui agissent comme inhibiteurs irréversibles, on
peut citer les antibiotiques de la famille des pénicillines (inhibiteurs des enzymes
de synthèse la paroi cellulaire bactérienne), les anti-inflammatoires non-
stéroïdiens (inhibiteurs de la cyclooxygénase, enzyme qui génère des signaux pro-
inflammatoires à partir de l’acide arachidonique membranaire (figure 5.9).

Figure 5.9. Action de l'aspirine comme inhibiteur irréversible de la

cyclooxygénase

D’autres inhibiteurs irréversibles sont des poisons mortels. C'est le cas des
dérivés organophosphorés ou de certains ions métalliques (Pb2+, Hg2+). Les dérivés
organophosphorés bloquent les enzymes ayant une sérine dans le centre actif (par
exemple l’acétylcholinestérase, impliquée dans la transmission des influx nerveux).

88
 Inhibiteurs réversibles compétitifs
Les inhibiteurs réversibles permettent la régénération de l’enzyme active,
soit par dissociation spontanée du complexe EI, soit par dilution de l’inhibiteur. On
en connaît plusieurs types:
Les inhibiteurs compétitifs ont une conformation similaire au substrat;
ils s'attachent au centre actif et y empêchent la liaison du substrat
Les inhibiteurs non-compétitifs se fixent en dehors du centre actif
Les inhibiteurs incompétitifs se fixent et inactivent le complexe ES.

Les inhibiteurs compétitifs ont une conformation similaire au substrat: de

ce fait, le substrat et l’inhibiteur sont en compétition pour le centre actif de
l’enzyme. La liaison d’un tel inhibiteur sur le centre actif de l’enzyme empêche la
liaison du substrat.
Concurremment à la liaison enzyme-substrat, il y a une liaison enzyme-
inhibiteur, qui aboutit à un complexe EI inactif:

E+S ES
E+I EI

L’effet de compétition entre le substrat et l’inhibiteur peut être annulé en

augmentant la concentration du substrat (dans ce cas la réaction reprend), ou de
l’inhibiteur (dans ce cas toutes les molécules d’enzyme se retrouvent finalement
bloquées sous la forme EI).
L'équation de Michaelis-Menten apparaît modifiée: la constante Km est
augmentée d’un coefficient qui dépend de la concentration de l’inhibiteur et de la
constante d’inhibition, c'est-à-dire l’affinité enzymatique pour l’inhibiteur. La
vitesse maximum, qui ne dépend que du complexe ES, puisque le complexe EI est
inactif, demeure inchangée.
En conclusion, les inhibiteurs compétitifs diminuent l’affinité de l’enzyme
envers son substrat, sans modifier la vitesse maximum de la réaction (figure 5.10).

89
 Figure 5.10. L’inhibition réversible compétitive
En haut: compétition entre l’inhibiteur et le substrat
En bas: diagramme de Linewaever-Burk en absence d'inhibiteur ([I] = 0) et pour
deux concentrations d’inhibiteur (x et 2x); l’inverse de Vmax demeure inchangé

L’inhibition compétitive affecte, par exemple, la réaction de la succinate-

déshydrogénase (enzyme mitochondriale), qui catalyse l’oxydation du succinate en
fumarate avec transfert des hydrogènes sur le coenzyme Q.

90
 Le succinate est un diacide à quatre atomes de carbone, qui se fixe sur
l’enzyme grâce aux charges négatives de ses deux fonctions acides. Le malonate
est un autre diacide et la distance entre ses charges négatives est similaire à celle
du succinate. Il agit comme inhibiteur compétitif, qui se fixe sur le centre actif de
l’enzyme et la rend inactive. Une concentration plus élevée de l’un de ces deux
diacides chassera l’autre du centre actif de l’enzyme.
Les sulfonamides (appelées aussi sulfamides) sont des antibiotiques
utilisés en thérapeutique antibactérienne. Ce sont des analogues de l'acide para-
aminobenzoïque. Leur compétition avec ce substrat empêche la biosynthèse de
l'acide folique nécessaire pour la croissance des bactéries (figure 5.11). Cette
réaction ne survient pas chez l'homme, pour lequel l'acide folique est une vitamine
et, de ce fait, ne peut pas être synthétisé.

Figure 5.11. Similitude structurelle entre la sulfanilamide (à gauche) et l’acide

para-aminobenzoïque (à droite)

Inhibiteurs réversibles non-compétitifs

Lorsque la liaison d’un inhibiteur sur l’enzyme se fait sur un site
indépendant du centre actif, il n’y a aucune compétition entre le substrat et
l’inhibiteur, mais l’inhibiteur rend toutefois l’enzyme incapable de catalyser la
réaction: c’est l’inhibition non-compétitive.
L’enzyme libre, en s’associant avec l’inhibiteur, forme un complexe EI, qui
peut toujours lier une molécule de substrat, pour former un complexe ESI inactif.
En outre, le complexe ES peut lier une molécule d’inhibiteur pour former le
complexe inactif ESI. Appart le complexe actif ES, il y a deux autres formes de
l'enzyme: le complexe EI et le complexe ESI.

91
 Sur le graphique en double inverse (figure 5.12) on observe que l’inverse
de la vitesse maximum augmente avec la concentration de l’inhibiteur. Par contre,
le négatif de l’inverse du Km (-1/Km) demeure inchangé, permettant le calcul de la
constante de Michaelis.
En conclusion, ces inhibiteurs diminuent la vitesse maximum de la réaction
sans modifier l’affinité de l’enzyme pour son substrat.
L’anhydrase carbonique, enzyme érythrocytaire, est inhibée par
l’acétazolamide, qui est un médicament. Cette inhibition est non-compétitive par
rapport au gaz carbonique, qui est le substrat de l’enzyme:

CO2 + H2O H2CO3 HCO3– + H+

Figure 5.12. L’inhibition réversible non-compétitive

En haut: liaison de l’inhibiteur sur l’enzyme et le complexe ES
En bas: diagramme de Linewaever-Burk en absence d'inhibiteur ([I] = 0) et pour
deux concentrations d’inhibiteur (x et 2x); 1/Vmax augmente et -1/Km demeure
inchangé

92
 Inhibiteurs réversibles incompétitifs
Les inhibiteurs incompétitifs se fixent sur le complexe ES et le rendent
inactif. Ces inhibiteurs ne s’attachent pas à l’enzyme libre. On considère que la
liaison du substrat sur l'enzyme entraîne une modification de la conformation de
celle-ci, exposant un site de fixation pour l'inhibiteur; en revanche, celui-ci modifie
la conformation du centre actif et empêche le déroulement de la réaction. Ces
inhibiteurs affectent surtout les enzymes à substrats multiples.
Les inhibiteurs incompétitifs diminuent la vitesse maximum, mais aussi la
constante Km. Apparemment, l'affinité de l'enzyme envers le substrat augmente,
parce que la formation du complexe ESI diminue le nombre de complexes ES,
favorisant ainsi la liaison du substrat à l'enzyme. Cette inhibition ne peut pas être
annulée en augmentant la concentration de substrat (figure 5.13).

Figure 5.13. L’inhibition réversible incompétitive

En haut: liaison de l’inhibiteur sur le complexe ES
En bas: diagramme de Linewaever-Burk en absence d'inhibiteur ([I] = 0) et pour
deux concentrations d’inhibiteur (x et 2x); Vmax et Km sont diminués

93
 5.4. Enzymes allostériques et voies métaboliques
Conformation des enzymes allostériques
Contrairement aux enzymes michaeliennes, dont la cinétique est décrite
par l’équation de Michaelis-Menten, d’autres enzymes à structure plus complexe
ont une affinité variable envers le substrat, influencée par la concentration du
substrat ou des effecteurs enzymatiques. Ces enzymes sont appelées allostériques.
Elles ont toujours une structure quaternaire, composée de plusieurs sous-
unités, arrangées dans l’espace de façon symétrique. Les sites de liaison des
ligands sont présents sur chaque sous-unité (figure 5.14).

Figure 5.14. Structure et action d’une enzyme allostérique

La liaison du substrat au centre actif entraîne un changement conformationnel
qui stabilise l’état actif de l'enzyme; au contraire, la liaison d’un inhibiteur
allostérique induit un changement conformationnel qui rend l’enzyme inactive

94
 Chaque sous-unité présente deux sites de liaison des ligands:
Un centre actif pour la liaison du substrat
Un centre allostérique pour la liaison des effecteurs allostériques –
activateurs ou inhibiteurs de l'enzyme; ces effecteurs contrôlent les
paramètres cinétiques et donc l’activité enzymatique.

Contrairement aux enzymes à cinétique michaelienne, les enzymes

allostériques ont une structure plus complexe et des propriétés cinétiques
différentes.
Leur affinité vis-à-vis du substrat (exprimée par le paramètre Km) ou leur
vitesse maximum (Vmax) sont variables en fonction de la concentration du substrat
et des effecteurs allostériques. Cette variabilité s’explique par l’action des ligands
qui modifient la conformation de l’enzyme:
Chaque sous-unité participe aux liaisons avec les autres sous-unités de
l’enzyme, le plus souvent de type électrostatique
La conformation de chaque sous-unité est influencée par la
conformation des autres sous-unités et sera modifiée suite à la fixation
d’un ligand (le substrat ou l’effecteur allostérique)
Il y a au moins deux états possibles pour chaque sous-unité, qui
diffèrent par leur niveau d’énergie libre – l’état tendu et l’état relâché
(figure 5.15)
Lorsque l’énergie interne d’une sous-unité augmente suite à la liaison
d’un inhibiteur allostérique, elle passe à un état tendu, défavorable à
la catalyse enzymatique
Au contraire, lorsque la liaison du substrat ou d’un activateur impose
une conformation correspondant à une énergie interne diminuée, on
dit que cette sous-unité passe à un état relâché
Le passage d’une sous-unité de l’état tendu à l’état relâché (ou vice-
versa), impose la même modification conformationnelle aux autres
sous-unités, afin de maintenir la symétrie de l’ensemble
Ces changements d’énergie interne se traduisent par des modifications
globales de l’affinité de l’enzyme envers le substrat, ou encore des
variations de la vitesse de réaction
Cette particularité des enzymes allostériques représente la
coopérativité des sous-unités.

95
 Figure 5.15. Conformation des enzymes allostériques
Lorsqu’une sous-unité change de conformation, la conservation de la symétrie
impose le même changement aux autres sous-unités

Diagramme de Hill
La variation de la vitesse initiale d’une enzyme allostérique en fonction de
la concentration de substrat ne peut pas être décrite par une hyperbole, comme
c’est le cas des enzymes michaéliennes. Les paramètres cinétiques (Km et Vmax)
varient en fonction des ligands, de sorte que la courbe prend une allure sigmoïde,
caractéristique de la coopérativité qui s’établit entre les sous-unités (figure 5.16).

Figure 5.16. Diagramme de Hill

A – enzymes michaeliennes, B – enzymes allostériques

96
 Le diagramme de Hill représente la variation de la vitesse initiale d’une
enzyme allostérique en fonction de la concentration d’un substrat, qui exerce lui-
même un effet sur l’enzyme: en général, cet effet est l’amplification de l’affinité
envers le substrat.
La coopérativité des sous-unités permet une meilleure régulation des
enzymes allostériques, par rapport aux enzymes michaeliennes.
Les modifications conformationnelles des sous-unités sont décrites par le
modèle séquentiel ou le modèle symétrique, qui illustrent les transitions induites
par la fixation d’un ligand sur l’une des sous-unités (figure 4.6).
L’hexokinase est un exemple d’enzyme allostérique. Elle catalyse la
phosphorylation du glucose, en présence de l’ATP, qui agit comme donneur
d’énergie et de phosphate (figure 5.17). Le glucose-6-phosphate, produit de la
réaction catalysée, est en outre un inhibiteur allostérique de l’enzyme. Il se fixe sur
un centre allostérique différent du centre actif et cette liaison diminue l’affinité
enzymatique envers le glucose. Il en résulte un ralentissement de la vitesse de
réaction.

Figure 5.17. Réaction catalysée par l'hexokinase

Voies métaboliques et enzymes-clé

L’unité de production cellulaire d’un composé biologique est une voie
métabolique. C’est une série de réactions biochimiques, le produit d’une réaction
étant le substrat de la réaction suivante. Les voies métaboliques comprennent
plusieurs réactions, catalysées par des enzymes diverses (figure 5.18).
La vitesse d'apparition du dernier produit dépend de la plus lente des
enzymes participantes. Si le produit final est en quantité insuffisante, il faut activer
cette enzyme. Si, au contraire, il y a une forte accumulation du produit final, il faut
que cette enzyme soit inhibée.

97
 Pour éviter l'accumulation des intermédiaires, l’enzyme la plus lente, qui
doit être régulée, est généralement celle qui catalyse la première réaction d'une
voie métabolique.

Figure 5.18. Exemple de voie métabolique

Dans une voie métabolique, l’enzyme la plus lente et qui, par conséquent,
contrôle la vitesse d'apparition du produit final, est appelée enzyme-clé. Les
enzymes-clé sont le siège de régulation des voies métaboliques et présentent
quelques propriétés générales:
Ce sont toujours des enzymes allostériques, contrôlées par de
nombreux effecteurs (activateurs et inhibiteurs allostériques); ces
enzymes sont le site d’intervention des molécules-signal qui contrôlent
le déroulement des réactions métaboliques
Ce sont habituellement les premières enzymes des voies métaboliques
et, de ce fait, elles contrôlent l’engagement des substrats dans les
voies respectives
Elles sont inhibées pour diminuer la synthèse du produit final (rétro-
inhibition par le produit) ou, au contraire, activées pour l’augmenter
Elles catalysent des réactions irréversibles.

Régulation de l’activité enzymatique

Plusieurs mécanismes agissent pour contrôler efficacement l'activité
enzymatique. Une même enzyme est souvent influencée par plusieurs molécules-
signal, qui agissent de façon complémentaire.

98
 La protéolyse ménagée signifie le clivage d’un court fragment de l’enzyme,
permettant d’activer celle-ci. La conversion des pro-enzymes digestives
(zymogènes) en enzymes actives, ou l’activation des facteurs de coagulation sont
des exemples qui illustrent ce mécanisme, dont l’importance est liée au contrôle
du moment où l’enzyme devient active (figure 5.19).

Figure 5.19. Activation des enzymes par protéolyse ménagée

Pour la majorité des enzymes, la modification covalente (figure 5.20) est

réalisée par transfert réversible d’un radical phosphoryle sur un acide aminé
(sérine ou tyrosine) de l’enzyme. La phosphorylation est catalysée par les protéine-
kinases, la déphosphorylation par les phosphoprotéine-phosphatases. Certaines
enzymes deviennent actives par phosphorylation, d’autres, au contraire, sont
actives à l’état déphosphorylé.
D’autres mécanismes de régulation de l’activité enzymatique, qui
interviennent au cours du métabolisme, sont:
Le contrôle de l’expression du gène codant pour l’enzyme, c’est-à-dire
l’induction ou, au contraire, la répression de la synthèse de l’enzyme
L’action des effecteurs allostériques sur les enzymes-clé des voies
métaboliques

99
 La fixation d’un cofacteur sur l’enzyme, par exemple le Zinc sur les
déshydrogénases à NAD, la flavine sur les flavoprotéines, l’hème sur
les cytochromes
Le transfert de radicaux acyle ou alkyle sur les acides aminés de
l’enzyme
L’interaction avec les protéines régulatrices (par exemple le complexe
calcium-calmoduline, qui intervient dans l’activation de certaines
enzymes-clé).

Figure 5.20. Activation et inactivation des enzymes par modification covalente

Isoenzymes
Les isoenzymes sont des formes moléculaires différentes d’une même
enzyme. Elles catalysent la même réaction, mais diffèrent par leur séquence en
acides aminés et leurs propriétés biochimiques:
La localisation tissulaire ou intracellulaire (cytoplasme, mitochondries)
La composition en sous-unités pour les enzymes à structure
quaternaire
Le moment de l’expression (chez l'adulte ou pendant le
développement embryonnaire)
Les paramètres cinétiques (Km, Vmax)
Le pH optimum.

100
 En pratique, le dosage des isoenzymes sert à localiser une lésion tissulaire.
Par exemple, la créatine-phosphokinase (CPK) est constituée de deux sous-unités,
une de type M (exprimée surtout dans le muscle) et une de type B (exprimée dans
le cerveau). Cette enzyme comprend les isoenzymes suivantes:
Le dimère BB, exprimé dans le cerveau, mais normalement indécelable
dans le sang
Le dimère MM, exprimé surtout dans le muscle squelettique
Le dimère MB, caractéristique du myocarde et dont l’augmentation
sérique accompagne la survenue d’un infarctus du myocarde.

101
 6. Vitamines et coenzymes

Les coenzymes sont des molécules organiques qui participent à la catalyse

enzymatique. Elles sont classifiées en fonction de leur provenance:
Celles qui sont nécessaires dans l’alimentation, leur synthèse
biochimique étant insuffisante ou impossible chez l’homme, sont les
vitamines
D’autres coenzymes sont synthétisées par l’organisme ou par les
bactéries intestinales en quantités suffisantes (un déficit manifeste
n’ayant pas été signalé chez l’homme).

En fonction de leur interaction avec l’enzyme, les coenzymes sont libres –

celles qui se dissocient de l’enzyme après la réaction, ou liées – celles qui
s'attachent à l’enzyme par des liaisons covalentes, stables.

Les vitamines doivent faire partie de l'alimentation équilibrée. Cependant,

les quantités nécessaires sont réduites (de l’ordre de quelques milligrammes ou
même microgrammes par jour). En revanche, leurs rôles biologiques sont très
importants:
Coenzymes pour la catalyse enzymatique; les provitamines
alimentaires sont absorbées et modifiées avant d’être transformés en
coenzymes actives
Hormones (vitamine D)
Antioxydants (carotènes, vitamines C et E).

Les déficiences en vitamines surviennent en cas de malnutrition,

malabsorption, alcoolisme. Leur carence provoque des maladies spécifiques,
traitables par l'apport de la vitamine déficitaire. L’excès en vitamines (surtout A, D,
nicotinamide et vitamine B6) est également toxique.

La classification des vitamines en fonction de leur solubilité et leur

absorption intestinale permet de différencier deux grands groupes:
Les vitamines liposolubles – A, D, E et K
Les vitamines hydrosolubles (tableau 6.1).

102
Tableau 6.1. Vitamines hydrosolubles et coenzymes dérivés
Vitamine Coenzymes
Thiamine (B1) Thiamine-pyrophosphate (TPP)
Riboflavine (B2) Flavine-mononucléotide (FMN)
Flavine-adénine-dinucléotide (FAD)
Pyridoxine (B6) Pyridoxal-phosphate (PLP)
Nicotinamide (PP) Nicotinamide-adénine-dinucléotide (NAD)
Nicotinamide-adénine-dinucléotide-phosphate
(NADP)
Acide pantothénique Coenzyme A (HSCoA)
Biotine Biotine attachée aux carboxylases
Acide folique Tétra-hydrofolate (FH4)
Cobalamine (B12) Désoxy-adénosyl-cobalamine
Acide ascorbique (C) Coenzyme des hydroxylases

6.1. Vitamines liposolubles

Les vitamines liposolubles sont absorbées avec les lipides alimentaires,
après avoir subi l’action émulsifiante des sels biliaires. Elles sont ensuite
transportées par les chylomicrons (complexes lipoprotéiques qui transportent les
lipides dans le sang) vers tous les tissus.
Les déficiences en vitamines liposolubles sont assez rares, car l’organisme
constitue des réserves dans le foie (vitamines A, D et K) et le tissu adipeux
(vitamine E); par contre, leur surdosage est toxique.

Vitamine A (rétinol)
La vitamine A (rétinol) est présente dans les aliments d’origine végétale
(surtout les carottes) et les aliments d’origine animale (lait, foie œufs). Les
provitamines A sont appelées carotènes. Ils sont absorbés et métabolisés par le
foie et l’intestin pour former le rétinol.
Le rétinol est le précurseur du rétinal et des acides rétinoïques (figure 6.1):
Le rétinal est le substrat pour la synthèse de la rhodopsine (pigment
rétinien présent dans les cellules qui assurent la vision nocturne)
Les acides rétinoïques sont impliqués dans la différenciation et la
signalisation cellulaire, l’embryogenèse, la réponse immunitaire, la
minéralisation osseuse; ce sont des ligands pour deux familles de
récepteurs nucléaires (RAR et RXR), qui influencent l’expression de
nombreux gènes.

103
 Le déficit en vitamine A se manifeste surtout par des anomalies de la vision
nocturne et de l’adaptation à la lumière crépusculaire. Aux anomalies visuelles
s’ajoutent l’anémie, les déficiences de la réponse immunitaire, la sécheresse
cutanée, cornéenne et conjonctivale.
Le surdosage est toxique pour le développement embryonnaire, mais aussi
pour le système nerveux central (hyperpression intracrânienne et troubles
neurologiques) et le foie (hépatomégalie et fibrose).

Figure 6.1. Structure du rétinol et de ses métabolites (rétinal et acides

rétinoïques)

Vitamine D (cholécalciférol)
La vitamine D est présente dans les légumes, le lait, la viande, les œufs, le
foie. Sa synthèse est possible dans les cellules de la peau, en présence des rayons
ultraviolets, à partir du 7-déshydrocholestérol, mais cette synthèse s'avère
insuffisante chez les enfants en période de croissance, qui ont des nécessités
élevés. Dans les pays peu ensoleillés on recommande des suppléments en vitamine
D, surtout pendant l'hiver.
La vitamine D est le précurseur du calcitriol, hormone essentielle pour
l’absorption intestinale et la fixation du calcium dans le tissu osseux. Sa synthèse à
partir de la vitamine D exige deux hydroxylations successives, catalysées par les
enzymes hépatiques (25-hydroxylase) et rénales (1-hydroxylase) (figure 6.2).
Le calcitriol (1,25-dihydroxycholécalciférol) est une hormone
hypercalcémiante:
Elle induit la synthèse des protéines qui fixent et transportent le
calcium

104
 Elle active le renouvellement osseux et favorise la minéralisation
osseuse
Elle favorise l’absorption intestinale et la réabsorption rénale du
calcium.

La vitamine D agit aussi comme régulateur de l’expression des gènes, en se

fixant sur des récepteurs nucléaires spécifiques. Elle intervient dans la régulation
de la réponse immunitaire, la stimulation de la division cellulaire et de la synthèse
d’autres hormones: l'insuline, les hormones thyroïdiennes et parathyroïdiennes.
La carence en vitamine D provoque le rachitisme chez l’enfant (retard de
croissance, déformations du squelette) et l’ostéomalacie chez l’adulte
(déminéralisation osseuse, prédisposition aux fractures et hypocalcémie).

Figure 6.2. Structure et métabolisme de la vitamine D

Vitamine E (alpha-tocophérol)
La vitamine E (figure 6.3) fait partie des aliments d’origine végétale
(céréales et légumes) et des produits d’origine animale (lait, viande, œufs).
La principale fonction de cette vitamine est celle d'antioxydant: elle
participe à la neutralisation des radicaux libres dérivés de l’oxygène.

105
 La vitamine E intervient dans la protection des lipides membranaires
contre la peroxydation induite par l’attaque des radicaux libres. Elle protège ainsi
les membranes cellulaires, surtout celles des hématies, contre les agents oxydants.
Un autre rôle de la vitamine E est celui d’immunomodulateur, surtout pour
l’immunité cellulaire.
La vitamine E participe aussi à la régulation de la biosynthèse du
cholestérol, en réduisant le taux de cholestérol synthétisé par l’organisme. Dans ce
contexte, les études cliniques montrent une corrélation significative entre la
diminution du taux de vitamine E sérique et la mortalité cardiovasculaire.
L'hypovitaminose se manifeste par l’anémie hémolytique chez le nouveau-
né, l’augmentation du risque d’athérosclérose et des maladies dégénératives chez
l’adulte. Des anomalies neurologiques et musculaires ont été décrites chez les
animaux d’expérience.

Figure 6.3. Structure de la vitamine E

Vitamine K (2-méthyl-1,4-naphthoquinone)
La vitamine K (figure 6.4) est présente dans les végétaux - la vitamine K1.
Une forme similaire, la vitamine K2, est synthétisée par les bactéries intestinales.
Chez l’adulte, la quantité nécessaire est assurée par ces bactéries de la flore
intestinale.
La principale fonction biochimique de la vitamine K est celle de cofacteur
de la -glutamil-carboxylase, enzyme qui ajoute un groupement carboxyle sur les
restes d’acide glutamique des protéines. La carboxylation des facteurs de la
coagulation (VII, IX, X) et de la prothrombine est essentielle à leur fonction
physiologique, c'est-à-dire la fixation des ions de calcium (figure 6.5). Certaines
protéines osseuses subissent aussi cette modification de l'acide glutamique, après
leur synthèse.
Le déficit en vitamine K se manifeste par des hémorragies et des anomalies
osseuses. Le syndrome hémorragique est évident surtout chez les nouveau-nés
(colonisation bactérienne intestinale insuffisante), ou chez l’adulte suite aux

106
traitements antibiotiques ou anticoagulants qui bloquent l’action de la vitamine K.
L'hypovitaminose a été décrite aussi en cas de malabsorption intestinale.

Figure 6.4. Structure de la vitamine K

Figure 6.5. Action de la vitamine K

6.2. Vitamines hydrosolubles

Vitamine B1 (thiamine)
La vitamine B1 est présente surtout dans les céréales, le lait, la viande et
les œufs.
C'est le précurseur du coenzyme thiamine-pyrophosphate (TPP),
synthétisé en présence d’ATP comme donneur d’énergie et de pyrophosphate
(figure 6.6).

107
 Le TPP est le cofacteur de plusieurs enzymes:
Les enzymes de la décarboxylation oxydante des acides alpha-
cétoniques (par exemple la conversion du pyruvate en acétyle-CoA,
catalysée par la pyruvate-déshydrogénase, ou la décarboxylation de
l’alpha-cétoglutarate)
L'alpha-cétoacide-déshydrogénase des acides aminés branchés (valine,
leucine et isoleucine)
La transcétolase (enzyme qui transfère la fonction carbonyle d'un
donneur vers un accepteur)

Un autre rôle du coenzyme TPP est celui de participant à la transmission

de l'influx nerveux, en agissant comme donneur de phosphate dans la
phosphorylation d’un canal de sodium présent dans les membranes neuronales.
Le déficit en vitamine B1 se manifeste par plusieurs syndromes:
La maladie de Béribéri, caractérisée par anorexie (inappétence),
neuropathie périphérique et lésions cardiaques
Le syndrome d’encéphalopathie et psychose associé à l’alcoolisme
chronique ou à l’abus de narcotiques
Les anomalies du métabolisme des glucides (augmentation du lactate
et du pyruvate sérique).

Figure 6.6. Structure de la vitamine B1 et du coenzyme TPP

108
 Vitamine B2 (riboflavine)
La vitamine B2 est présente dans les végétaux (légumes, céréales) et les
produits d’origine animale (lait, viande, foie, œufs).
C’est le précurseur de deux coenzymes liés, participants à la structure des
flavoprotéines: le flavine-mononucléotide (FMN) et le flavine-adénine-dinucléotide
(FAD) (figure 6.7). Une liaison covalente fixe l’un des méthyles du noyau flavine sur
une histidine ou une cystéine de la protéine enzymatique.
Le flavine-mononucléotide (FMN) a la structure d’un nucléotide, où le
ribose a été remplacé par le ribitol. Le flavine-adénine dinucléotide (FAD) a la
structure d’un dinucléotide: le FMN et le 5'-adénosine-monophosphate sont unis
par une liaison de type anhydride.

Figure 6.7. Structure de la riboflavine et des coenzymes dérivés

Suite à la réduction du noyau flavine, ces coenzymes participent au

transfert des électrons: ce sont des coenzymes des réactions d’oxydoréduction,
par exemple celles de la chaîne respiratoire mitochondriale ou de l'oxydation des
acides gras.

109
 La forme réduite est obtenue en fixant deux atomes d’hydrogène sur les
azotes 1 et 10 du noyau flavine: FAD FADH2 et FMN FMNH2 (figure 6.8). Ce
noyau absorbe la lumière du spectre visible; les solutions de ces coenzymes ont la
couleur jaune.
Le déficit en vitamine B2 provoque des lésions cutanées, conjonctivales et
muqueuses: dermatite et sécheresse cutanée, lésions oculaires et buccales.

Figure 6.8. Oxydoréduction des coenzymes dérivés de la riboflavine

Vitamine PP (nicotinamide)
Le nicotinamide est présent surtout dans les aliments d’origine animale
(lait, viande, œufs). L’absorption de la vitamine est plus difficile à partir de
végétaux (céréales et légumes). Cette vitamine peut être synthétisée à partir du
tryptophane (acide aminé essentiel dans la diète), réduisant ainsi le nécessaire
quotidien, lorsque la diète est riche en protéines.

110
 Le nicotinamide est l’amide de l’acide nicotinique. C’est le précurseur des
coenzymes libres nicotinamide-adénine-dinucléotide (NAD+) et nicotinamide-
adénine-dinucléotide-phosphate (NADP+) (figure 6.9). Ce dernier porte un radical
phosphate sur le carbone 2' du nucléotide à adénine. La structure de ces
coenzymes est celle d'un dinucléotide, composé de 5'-adénosine-monophosphate
et d'un second nucléotide, dont la base azotée est l’acide nicotinique (amidifié par
l’ammoniac).
Les coenzymes NAD+ et NADP+ sont des accepteurs d’électrons au cours
des oxydoréductions cellulaires (figure 6.10): la chaîne respiratoire mitochondriale,
la glycolyse, les réactions de synthèse. Au cours de ces réactions, la forme oxydée
NAD+ reçoit un hydrogène et un électron sous la forme de l'ion hydride H-. On
aboutit à la forme réduite NADH.

Figure 6.9. Structure des coenzymes NAD+ et NADP

Figure 6.10. Oxydoréduction des coenzymes NAD+ et NADP+

111
 Le coenzyme NAD+ participe aussi à l’inactivation contrôlée des protéines
cellulaires, par transfert et liaison covalente d’un nucléotide à ADP-ribose.
Le coenzyme NADPH participe aux réactions de biosynthèse et à la
neutralisation des radicaux libres dérivés de l'oxygène.
L'hypovitaminose provoque la pellagre, maladie caractérisée par une
dermatite associée à la photosensibilité et à d’autres signes cliniques: diarrhée,
démence, anorexie, fatigabilité. La vitamine PP doit son nom à cette maladie: c'est
la vitamine «pellagro-préventive».
Le spectre d’absorbance des coenzymes NAD+/NADH dépend de leur état
d’oxydation (figure 6.11). À 340 nm, le NADH absorbe fortement la lumière
ultraviolette, alors que le NAD+ ne l’absorbe pas. Cette propriété est utilisée pour
mesurer l’activité des enzymes ayant le NADH comme cofacteur (par exemple
l'alcool-déshydrogénase), puisque l’absorbance à 340 nm est proportionnelle à la
concentration du NADH et donc à l’activité enzymatique.

Figure 6.11. Spectre d'absorbance des coenzymes NAD+ et NADH

Vitamine B6 (pyridoxine)
La vitamine B6 est présente dans les céréales, les légumes et les produits
laitiers, de même que la viande et les œufs. Les bactéries de la flore intestinale
participent aussi à la synthèse de cette vitamine.
La vitamine B6 est le précurseur du pyridoxal-phosphate (PLP) (figure 6.12),
coenzyme essentiel pour l’activité de nombreuses enzymes:
Les transaminases - enzymes qui transfèrent une fonction amine entre
un acide aminé donneur et un acide alpha-cétonique accepteur

112
 Les désaminases des acides aminés
Les décarboxylases des acides aminés
La glycogène-phosphorylase - enzyme de dépolymérisation du
glycogène.

L'hypovitaminose se manifeste par des signes non-spécifiques: dermatite,

anémie, neuropathie périphérique, insomnie, convulsions. La carence sévère
provoque l'hyper-homocystéinemie, associée aux anomalies du métabolisme du
tryptophane, à la diminution de la synthèse de l'hème et de la décarboxylation des
acides aminés, induisant une déficience secondaire en neurotransmetteurs.

Figure 6.12. Structure de la vitamine B6 et synthèse du coenzyme PLP

113
 Biotine (vitamine H)
La biotine nécessaire au déroulement des réactions biochimiques est
synthétisée en quantités suffisantes par les bactéries intestinales. Une carence
manifeste apparaît en cas de malabsorption ou de traitements antibiotiques
prolongés. Les aliments riches en biotine sont surtout celles d’origine animale (lait,
viande, œufs).
La biotine est le coenzyme lié des carboxylases (figure 6.13). Sa liaison avec
la chaîne peptidique est constituée entre le carboxyle de la biotine et la fonction
amine d’une lysine de la protéine.
La biotine intervient comme transporteur du CO2 activé dans les
carboxylations dépendantes d’ATP:
La carboxylation de l’acide pyruvique au cours de la néoglucogenèse
La carboxylation de l’acétyle-CoA au cours de la biosynthèse des acides
gras
La carboxylation du propionyl-CoA et du méthylcrotonyl-CoA.

L'hypovitaminose se manifeste par des signes neurologiques, musculaires

(fatigabilité, hypotonie) et des lésions cutanées.

Figure 6.13. Structure de la biotine

Acide pantothénique
L’acide pantothénique est présent dans la plupart des aliments, surtout
celles d’origine animale (lait, viande, œufs).
C’est le précurseur du coenzyme A (HS CoA), qui assure l’activation et le
transfert des radicaux acyle (R–C=O), liés à son groupe thiol (–SH) par des liaisons
riches en énergie, de type thio-ester (figure 6.14).
Le coenzyme A intervient dans plusieurs réactions biochimiques, parmi
lesquelles celles de la synthèse des acides gras et du cholestérol, l’oxydation des

114
acides gras, la décarboxylation oxydante des acides alpha-cétoniques, le cycle de
Krebs...
Un déficit en acide pantothénique est rare, voire absent chez l’homme.
Expérimentalement, chez les animaux d'expérience, la carence en coenzyme A se
manifeste par des signes non-spécifiques (asthénie, lésions cutanées, retard de
croissance), des états d’immunodéficience (prédisposition aux infections
respiratoires), des lésions musculaires et neurologiques.

Figure 6.14. Structure de l’acide pantothénique et du coenzyme A

Acide folique
L’acide folique est une vitamine présente exclusivement dans les aliments
d’origine végétale. Sa synthèse est possible aussi chez les microorganismes, y
compris celles de la flore intestinale.
La dose recommandée (200 μg/jour) doit être augmentée dans certaines
conditions physiologiques et pathologiques. Au cours de la grossesse, la dose
quotidienne doit être supplémentée jusqu’à 400 μg, afin de prévenir les
malformations du tube neural. Une corrélation significative a été mise en évidence
entre les anomalies du développement neurologique et la carence en acide
folique.

115
 Cette vitamine est le précurseur du tétrahydrofolate (FH4), obtenu par
deux réductions consécutives de l'acide folique, catalysées par la dihydrofolate-
réductase, en présence du coenzyme NADPH (figure 6.15).
Le tétrahydrofolate assure la liaison, l’activation et le transfert des
groupements fonctionnels formés d’un seul atome de carbone: formyle,
méthenyle, méhylène, méthyle (figure 6.16).

Figure 6.15. Synthèse du tétrahydrofolate

116
 Les métabolites actifs de l’acide folique interviennent dans plusieurs
réactions importantes (figure 6.17):
La biosynthèse des bases azotées puriques (adénine et guanine)
La synthèse du thymidine-monophosphate, nucléotide essentiel à la
biosynthèse et la réparation de l’ADN (cofacteur de la thymidylate-
synthétase)
Le métabolisme des acides aminés (l’histidine, la sérine, la méthionine
et la glycine)
La biosynthèse de la choline.

Figure 6.16. Dérivés actifs du tétrahydrofolate

117
 Figure 6.17. Rôles métaboliques de l’acide folique (THF: tétrahydrofolate)

Le méthyle-tétrahydrofolate ne peut céder le groupement méthyle que si

la vitamine B12 intervient comme accepteur. Une déficience en vitamine B12 induit
finalement le blocage de l'acide folique sous la forme méthyle-tétrahydrofolate, ce
qui entraîne un déficit secondaire en acide folique.
Le tétrahydrofolate est essentiel pour la division cellulaire. Les antifolates
sont des analogues structurels de ce coenzyme, utilisés comme antibiotiques ou
cytostatiques en raison de leur capacité d'agir comme inhibiteurs de la
thymidylate-synthétase.
Les conséquences de la carence en acide folique sont très sévères:
La maturation déficitaire des hématies, manifeste par l’apparition des
précurseurs immatures dans la circulation (anémie mégaloblastique)
Les anomalies du développement embryonnaire du tube neural.

Vitamine B12 (cobalamine)

La vitamine B12 (figure 6.18) est présente exclusivement dans les aliments
d’origine animale (lait, viande, œufs, poissons). L'hypovitaminose survient chez les
végétariens, après plusieurs années de régime rigoureux, lorsque les réserves de
l’organisme sont épuisées.
La vitamine B12 est le précurseur des coenzymes actifs méthyle- et
adénosyl-cobalamine. Ils agissent comme coenzymes des transférases, des
isomérases et des mutases.
La vitamine B12 participe aussi à la prévention du blocage de l’acide folique
sous la forme méthyle-FH4. La conversion homocystéine – méthionine, catalysée

118
par l’homocystéine-méthyle-transférase, permet de régénérer le tétrahydrofolate
libre. De ce fait, la vitamine B12 est aussi importante que l'acide folique pour la
synthèse des acides nucléiques (figure 6.19).

Figure 6.18. Structure de la vitamine B12

La 6-ème liaison du cobalt s’établit avec l'ion CN- (cyan-cobalamine), l’hydroxyle
(hydroxy-cobalamine), l’eau (aqua-cobalamine), le méthyle (méthyl-cobalamine)
ou la 5’-désoxy-adénosine (adénosyl-cobalamine)

Une autre réaction à laquelle participe la vitamine B12 est la conversion du

méthyl-malonyl-CoA en succinyl-CoA, importante pour le métabolisme des acides
aminés et des acides gras à nombre impair d’atomes de carbone (figure 6.20).
La carence en vitamine B12 se manifeste par plusieurs syndromes:
Anémie mégaloblastique et anémie pernicieuse (causée par
l’absorption déficitaire de la vitamine B12, suite à l'absence d'une
protéine gastrique)
Acidémie méthyle-malonique (blocage de la formation du succinyl-
CoA)

119
 Neuropathie périphérique et centrale
Hyper-homocystéinemie et ses conséquences cliniques (prédisposition
à l’athérosclérose coronarienne et aux accidents thromboemboliques,
hypertension artérielle, anomalies du tissu conjonctif).

Figure 6.19. Conversion homocystéine – méthionine (THF: tétrahydrofolate)

Figure 6.20. Conversion du méthyl-malonyl-CoA en succinyl-CoA

S-adénosyl-méthionine (SAM)
C'est un coenzyme synthétisé à partir de la méthionine (alimentaire ou
dérivée de l’homocystéine) par couplage avec l’adénosine. Il participe directement
aux réactions du tétrahydrofolate et de la vitamine B12.
SAM intervient comme donneur du groupe méthyle dans les réactions de
synthèse et d’inactivation des métabolites. La libération du méthyle transforme
SAM en S-adénosyl-homocystéine (SAH). La régénération de la forme active SAM
dépend de la vitamine B12 (figure 6.21).

120
 Figure 6.21. Structure et rôle du coenzyme S-adénosyl-méthionine

Parmi les produits dont la synthèse nécessite le cofacteur SAM, les plus
importants sont:
Les catécholamines (l’adrénaline, la noradrénaline et la dopamine)
La sérotonine (neurotransmetteur)
La mélatonine (hormone sécrétée par la glande pinéale)
La créatine (molécule riche en énergie)
Les nucléotides méthylés (participants à la régulation de l’expression
des gènes)
Les phospholipides (constituants des membranes cellulaires).

La déficience en méthionine ou en cystéine entraîne une diminution

secondaire du coenzyme SAM et des anomalies des réactions de méthylation.

Vitamine C (acide ascorbique)

La vitamine C (figure 6.22) est présente dans les légumes et les fruits,
surtout les agrumes. En raison de ses propriétés antioxydantes, c’est aussi un
agent industriel de conservation des aliments. La dose recommandée varie entre
30-120 mg/jour. Un apport supplémentaire est recommandé au cours des

121
infections, lorsque le nombre de leucocytes augmente et que le taux de vitamine C
intra-leucocytaire diminue.
Appart son rôle antioxydant, qui assure la neutralisation des radicaux
libres dérivés de l’oxygène (figure 6.23), la vitamine C est le coenzyme des
oxydoréductases et des hydroxylases (par exemple, les enzymes de la synthèse des
catécholamines et de la synthèse du collagène - proline et lysine-hydroxylases).
Elle favorise aussi l’absorption intestinale du fer.
L'hypovitaminose provoque le scorbut, maladie sévère caractérisée par la
présence d'hémorragies, ostéoporose, anémie, asthénie, fragilité vasculaire.

Figure 6.22. Acide ascorbique (à gauche) et acide déshydroascorbique (à droite)

Figure 6.23. Intervention des vitamines C et E dans la neutralisation des

peroxydes et la régénération des acides gras membranaires

122
 Coenzyme Q10 (ubiquinone)
Les aliments riches en coenzyme Q10 sont les légumes, la viande, les
poissons. Cependant, la synthèse de ce coenzyme est possible aussi chez l’homme.
C'est un coenzyme transporteur d’électrons qui présente la particularité
d’être liposoluble. Cette propriété est due à une longue chaîne hydrophobe
constituée d’unités isoprènes répétées 10 fois. À l’extrémité de cette chaîne se
trouve le noyau aromatique de la quinone (figure 6.24). Ce noyau sera réduit en
noyau quinol lorsqu’il accepte deux atomes d'hydrogène sur ses fonctions
cétoniques CoQ CoQH2.
Ce coenzyme est présent dans les membranes lipidiques, comme la
membrane interne mitochondriale, où il diffuse librement parmi les
phospholipides et participe à la régénération de l'ATP (molécule riche en énergie).

Figure 6.24. Structure du coenzyme Q10: la forme oxydée (ubiquinone) subit deux
réductions successives pour aboutir à la forme réduite (ubiquinol)

Cytochromes
Les cytochromes sont des protéines contenant l’hème comme cofacteur
lié, responsable du transfert d’électrons. L’hème est formé de la protoporhyrine IX
et d’un atome de Fer. Ce dernier y est attaché par six liaisons, dont quatre avec les
azotes de la protoporphyrine et deux avec les acides aminés de la protéine (figure
6.25).
Cette structure peut être réduite, en recevant un électron supplémentaire.
Celui-ci se place sur une vaste orbitale commune à tous les carbones de la
protoporhyrine et à l’atome de Fer.
Les cytochromes sont abondants dans les mitochondries, où ils participent
à la régénération de l'ATP, par la voie métabolique de la phosphorylation oxydante
mitochondriale. Ils absorbent la lumière visible et sont colorés en rouge brun. Ils
donnent cette couleur caractéristique aux organes riches en mitochondries (foie,
muscle squelettique et myocarde).

123
 Figure 6.25. Structure des cytochromes

6.3. Radicaux libres

Un radical est un atome qui possède un électron libre sur une orbitale
extérieure. Cette propriété le rend extrêmement réactif et capable d’initier des
réactions enchaînées, par l’extraction d’un électron appartenant à une autre
molécule pour compléter son orbitale.
L’oxygène se comporte comme un double radical, à cause de ses deux
électrons extérieurs non appariés, qui résident sur deux orbitales différentes. Les
radicaux libres qui résultent de la réduction de l’oxygène ont des effets toxiques
sur la cellule. Ils s’accumulent surtout au niveau des mitochondries, suite aux
oxydoréductions qui ont lieu dans la membrane interne mitochondriale.
Par exemple, la réduction de l’oxygène, au cours de la dernière étape de la
phosphorylation oxydante mitochondriale, est susceptible de générer des radicaux
libres (figure 6.26).
Les principaux radicaux libres dérivés de l’oxygène sont:
L’anion superoxyde (O2–), produit par la chaîne respiratoire
mitochondriale
Le peroxyde d’hydrogène (H2O2), qui réagit avec les ions métalliques
(Fe2+) et diffuse facilement à travers les membranes cellulaires

124
 Le radical hydroxyle (OH ), le plus réactif des radicaux libres, issu de la
réaction entre le peroxyde d’hydrogène et les ions métalliques
Le radical peroxyde organique (RCOO ), dérivé de l’attaque des acides
gras par le radical hydroxyle
L’acide hypochloreux (HOCl) produit par les macrophages au cours des
réactions de défense antibactérienne
L’oxygène moléculaire (O2) avec les électrons extérieurs sur des
orbitales antiparallèles.

Figure 6.26. Génération de l’anion superoxyde

Effets cytotoxiques et mécanismes de défense

Les radicaux libres attaquent les structures cellulaires et réagissent avec la
plupart des molécules. Parmi leurs effets nocifs, on peut noter:
La dénaturation des protéines cellulaires et mitochondriales
La dénaturation des complexes de la chaîne respiratoire
mitochondriale
La peroxydation des lipides, y compris celles des membranes
biologiques et l’altération consécutive de la perméabilité membranaire
La modification chimique des nucléotides, responsable de l'apparition
des mutations dans la séquence des acides nucléiques.

Les radicaux libres sont impliqués dans la pathogenèse de plusieurs

maladies, ainsi que dans les mécanismes moléculaires du vieillissement. Lorsque
leurs effets nocifs s’accumulent au-delà d’un niveau seuil, ils contribuent à
l’apparition des maladies multifactorielles: les maladies dégénératives
(l’athérosclérose, la maladie de Parkinson), les accidents vasculaires, l’emphysème
pulmonaire, les cancers, le diabète sucré, l’insuffisance rénale...
En dehors des effets toxiques, les radicaux libres participent activement
aux réactions de la chaîne respiratoire mitochondriale, à la destruction des
bactéries au cours de la phagocytose, à la synthèse des hormones ou à la catalyse

125
enzymatique (action du cytochrome P450, des oxygénases, carboxylation de
l’acide glutamique).
Plusieurs systèmes de défense assurent dans la neutralisation des radicaux
libres:
L’intervention du glutathion (qui agit en coopération avec la
glutathion-réductase et la glutahion-péroxydase, en présence du
Sélénium et du coenzyme NADPH) (figure 2.12)
L’intervention des vitamines C, E et des bêta-carotènes
L'action des enzymes - la catalase, la superoxyde-dismutase (figure
6.27)
La compartimentation intracellulaire
La réparation des mutations de l’ADN
L’intervention des antioxydants cellulaires - l’acide urique, la
bilirubine.

Figure 6.27. Action de la superoxyde-dismutase et de la catalase

126
 7. Structure des acides nucléiques
7.1. Transmission de l’information génétique

L’hérédité représente la transmission des caractères au fil des générations.

Ces informations sont codifiées par la structure des acides nucléiques.
Le génotype représente la constitution génétique d’un organisme, c'est-à-
dire l’ensemble des informations qui spécifient les caractères héréditaires. Le
génome est la totalité du matériel génétique d’un individu. Le génome humain est
représenté par l’acide désoxyribonucléique (ADN) nucléaire (3 x 109 paires de
bases, environ 20 000 gènes) et mitochondrial (environ 16,6 x 103 paires de bases,
37 gènes).
Le phénotype est la totalité des caractères observables d’un organisme.
Ces caractères sont déterminés par le génotype, mais aussi par l’environnement.
Le support biochimique du matériel génétique est représenté par les
acides nucléiques. L’acide désoxyribonucléique (ADN) est le matériel génétique
chez la plupart des organismes (bactéries, virus et cellules eucaryotes). L’acide
ribonucléique (ARN) représente le matériel génétique chez certains virus.
Le rôle de l’ADN comme dépositaire du matériel génétique chez la plupart
des organismes a été démontré par de nombreuses expériences:
La transformation génétique des microorganismes (pneumocoques),
c'est-à-dire le transfert d’un fragment d'ADN provenant d’une souche
virulente vers une autre, non-virulente, permet de modifier la souche
non-virulente, qui acquiert des propriétés pathogènes
La création d’animaux transgéniques, modèles des maladies humaines;
l’insertion d’un fragment d’ADN exogène codant pour un caractère
étudié ou l’inactivation d’un gène propre auquel on veut étudier la
fonction, modifient le phénotype initial; à présent de nombreux
organismes transgéniques ont été créés dans les laboratoires
(microorganismes qui synthétisent des protéines thérapeutiques,
plantes et animaux transgéniques ayant les caractères souhaités par
les éleveurs)
L’étude des maladies génétiques et de la variabilité de leur expression
clinique
L’étude de la variabilité phénotypique dans la population générale,
permettant d'estimer les différences génomiques entre les individus.

127
 La transmission de l’information génétique a lieu par une suite d’étapes
qui conduisent à l’expression de cette information dans toutes les cellules et à la
duplication de l’ADN avant chaque division cellulaire. Les connaissances actuelles
permettent de synthétiser cette transmission sous la forme:

ADN ARN Protéines

La réplication de l’ADN est le processus par lequel l’ADN génomique est

doublé avant chaque division cellulaire. Il en résulte deux copies identiques du
matériel génétique, distribuées aux cellules-filles.
L’expression de l’information génétique représente la synthèse des
protéines et des ARN cellulaires (figure 7.1), déroulée sur plusieurs étapes:
La transcription, c'est-à-dire la synthèse initiale d’une molécule d’ARN
(le transcrit primaire) qui contient l’information d’un gène
La modification du transcrit primaire conduisant à l'ARN messager, qui
sera exporté vers le cytoplasme; d'autres ARN cellulaires résultent
aussi de la modification spécifique du transcrit primaire
La traduction, c'est-à-dire la synthèse cytoplasmique des protéines en
utilisant l’information de l’ARN messager.

Figure 7.1. Transmission de l’information génétique chez les eucaryotes

128
 7.2. Composition biochimique des acides nucléiques
Les molécules qui contiennent l’information génétique sont les acides
nucléiques: ADN (acide désoxyribonucléique) et ARN (acide ribonucléique).
Du point de vue biochimique la molécule d’ADN est formée de:
Quatre types de bases azotées: adénine (A), thymine (T), cytosine (C)
et guanine (G)
L’acide phosphorique (PO4H3)
Un pentose: le 2-désoxyribose.

L’autre type d’acide nucléique, ARN, comporte les éléments suivants:

Quatre types de bases azotées: adénine (A), uracile (U), cytosine (C) et
guanine (G)
L’acide phosphorique (PO4H3)
Un pentose: le ribose.

Le ribose est un monosaccharide à cinq carbones (pentose) de la série D

(projection de Fisher), cyclisé en ribofuranose (figure 7.2).
Le désoxyribose, constituant de l’ADN, est dérivé du ribose par réduction
de la fonction hydroxyle du carbone n°2 (figure 7.2). Ceci confère à l’ADN une plus
grande stabilité chimique, propre à sa fonction de stockage de l’information
génétique. L’absence d’hydroxyle au carbone n°2 favorise aussi la structure
secondaire de la molécule d’ADN, formée par l’association stable de deux chaînes
macromoléculaires.

Figure 7.2. Structure du désoxyribose (à gauche) et du ribose (à droite)

129
 Bases azotées
Les bases azotées sont des molécules hydrophobes, dont le noyau
aromatique est une purine (bases puriques), ou une pyrimidine (bases
pyrimidiques). Ce sont des hétérocycles qui contiennent des atomes d’azote dans
le cycle aromatique (figure 7.3).

es bases azotées
Figure 7.3. Structure des

Les purines possèdent un double noyau aromatique comportant un cycle

hexagonal (quatre carbones et deux azotes) et un cycle pentagonal (trois carbones,
dont deux communs avec le précédent et deux atomes d’azote).

130
 Les bases puriques sont l’adénine (A) et la guanine (G):
L’adénine est constituée d’un noyau purique, dont le carbone n°6 est
substitué par une fonction amine; c'est la seule base des acides
nucléiques dont la structure ne contient pas d’oxygène
La guanine est constituée d’un noyau purique, dont le carbone n°2
possède une fonction amine et le carbone n°6 porte une fonction
cétonique.

Les bases pyrimidiques présentes dans les acides nucléiques sont la

cytosine (C), l’uracile (U) et la thymine (T). Les pyrimidines possèdent un seul
noyau aromatique hexagonal, formé de quatre atomes de carbone et deux atomes
d’azote:
La cytosine est constituée d’un noyau pyrimidique, dont le carbone n°4
porte une fonction amine et le carbone n°2 une fonction cétonique; la
cytosine est souvent méthylée sur le carbone n°5, pour former la 5-
méthyle-cytosine
L’uracile est constitué d’un noyau pyrimidique, dont les carbones n°2
et n°4 portent des fonctions cétoniques
La thymine est constituée aussi d’un noyau pyrimidique, dont les
carbones n°2 et n°4 portent des fonctions cétoniques, mais le carbone
n°5 est substitué par un radical méthyle.

Nucléosides et nucléotides
Un nucléoside est composé d’un pentose (ribose ou désoxyribose) lié par
une liaison N-osidique à une base azotée. Selon la nature du pentose, on distingue
les ribonucléosides (adénosine, guanosine, cytidine, thymidine, uridine) et les
désoxy-ribonucléosides (désoxy-adénosine, désoxy-guanosine, etc).
Les nucléotides sont les esters phosphoriques des nucléosides. Un
nucléotide est composé d’un nucléoside lié par une liaison ester à l’acide
phosphorique. Les nucléotides possèdent un, deux ou trois résidus phosphate
(figure 7.4).
Par exemple, l’adénosine mono-phosphate (AMP) est un nucléoside mono-
phosphate. L’adénosine di-phosphate (ADP) est un exemple de nucléoside di-
phosphate et l’adénosine tri-phosphate (ATP) est un nucléoside tri-phosphate. La
nomenclature des nucléosides et des nucléotides faisant partie des acides
nucléiques est indiquée dans le tableau 7.1.

131
 Les acides nucléiques sont des macromolécules formées par la
condensation répétée de nombreux nucléotides, réunis entre eux par des liaisons
phosphodiester.

Figure 7.4. Nucléosides et nucléotides

Tableau 7.1. Nomenclature des nucléosides et des nucléotides

Bases azotées Nucléosides Nucléotides
Adénosine AMP, ADP, ATP
Adénine
Désoxy-adénosine dAMP, dADP, dATP
Guanosine GMP, GDP, GTP
Guanine
Désoxy-guanosine dGMP, dGDP, dGTP
Cytidine CMP, CDP, CTP
Cytosine
Désoxy-cytidine dCMP, dCDP, dCTP
Thymidine TMP, TDP, TTP
Thymine
Désoxy-thymidine dTMP, dTDP, dTTP
Uridine UMP, UDP, UTP
Uracile
Désoxy-uridine dUMP, dUDP, dUTP

132
 Hybridation des bases azotées
Les nucléotides établissent des liaisons hydrogènes associant les molécules
deux par deux, de sorte qu’un nucléotide purique est toujours lié avec un
nucléotide pyrimidique. Ces liaisons hydrogènes s’établissent entre les bases
azotées.
Les observations expérimentales ont démontré que dans la molécule
d’ADN, formée de deux chaînes nucléotidiques, le nombre de moles d’adénine est
toujours égal au nombre de moles de thymine et que le nombre de moles de
cytosine est toujours égal au nombre de moles de guanine (la loi de Chargaff). Ce
rapport constant entre les bases puriques et les bases pyrimidiques s'explique par
la formation des liaisons hydrogènes:
Un nucléotide à adénine se lie avec un nucléotide à thymine (ou à
uracile dans l’ARN) par deux liaisons hydrogènes
Un nucléotide à guanine se lie avec un nucléotide à cytosine par trois
liaisons hydrogènes (figure 7.5).

Figure 7.5. Hybridation des bases azotées

On désigne cette liaison sous le terme d’hybridation des bases azotées. Les
appariements A=T et A=U sont moins stables (2 liaisons hydrogènes, -21 kJ) que
celles de type G C (3 liaisons hydrogènes, -63 kJ).

133
 On appelle complémentaires deux fragments d'acides nucléiques qui
s’apparient entre eux, en respectant les hybridations des bases azotées. Ces
fragments peuvent faire partie d’une même molécule, ou de deux molécules
différentes.

7.3. Structure de l’acide ribonucléique

L’acide ribonucléique (ARN) est constitué de nucléotides à adénine,
guanine, cytosine et uracile (A, G, C, U), dont les pentoses sont des riboses. Les
nucléotides sont condensés les uns après les autres par des liaisons
phosphodiester qui s’établissent entre le carbone 3’ du ribose d’un nucléotide et le
carbone 5’ du ribose du nucléotide suivant. Il en résulte une macromolécule
formée d’un seul brin de nucléotides (figure 7.6). Il existe cependant des molécules
d’ARN double brin, qui interviennent dans la régulation de l’expression des gènes.

Figure 7.6. Structure de l’acide ribonucléique

134
 Les liaisons phosphodiester définissent un sens à la molécule: le début est
le nucléotide dont le phosphate du carbone 5’ du ribose n’est lié à aucun autre
nucléotide et la fin correspond au nucléotide dont la fonction alcool du carbone 3’
du ribose n’est pas estérifiée.
Les nucléotides des molécules d'ARN peuvent s’autohybrider en formant
des structures secondaires en forme de plis ou épingles à cheveux, qui servent de
signaux le long de la structure de l’ARN. Ces appariements ont lieu entre les
séquences complémentaires, appartenant à deux molécules d’ARN, à une
molécule d’ARN et une molécule d’ADN, ou bien à la même molécule d’ARN.
D’autres signaux sont constitués par des séquences spécifiques de
nucléotides, par exemple la séquence AAUAAA, qui marque la fin de la
transcription des gènes.

7.4. Structure de l’acide désoxyribonucléique

L’acide désoxyribonucléique (ADN) est constitué de nucléotides à adénine,
guanine, cytosine et thymine (A, G, C, T) dont les pentoses sont des désoxyriboses.
Ces nucléotides sont condensés les uns après les autres par des liaisons
phosphodiester qui s’établissent entre le carbone 3’ du désoxyribose d’un
nucléotide et le carbone 5’ du désoxyribose appartenant au nucléotide suivant
(figure 7.7).
Les macromolécules d’ADN sont formées de deux brins de nucléotides
dont les bases azotées sont hybridées deux à deux sur toute la longueur. Les deux
brins sont complémentaires, c'est-à-dire que l’ordre des nucléotides d'une chaîne
est complémentaire par rapport à celle de la chaîne opposée.
Chacun des brins de l’ADN a un sens: le début est le nucléotide dont le
phosphate du carbone 5’ du désoxyribose est libre et la fin correspond au
nucléotide dont la fonction alcool du carbone 3’ du désoxyribose n’est pas
estérifiée. Les deux brins sont antiparallèles: l’extrémité 5’ de l’un se situe en face
de l’extrémité 3’ du brin opposé (figure 7.8).
Chaque brin adopte une conformation hélicoïdale, de sorte que l’ensemble
de deux brins forme une double hélice.

135
 Figure 7.7. Structure d’un brin de nucléotides de l’ADN

La double hélice
La macromolécule d’ADN est constituée de deux longues chaînes de
nucléotides, liés entre eux par des liaisons de type phosphodiester qui réunissent
les fonctions alcool des désoxyriboses.
Ces deux brins de nucléotides sont unis entre eux par des forces de
stabilisation pour former un hybride en forme de double hélice (modèle de
Watson et Crick, 1953), dont les deux chaînes sont antiparallèles et
complémentaires sur toute la longueur (chaque adénine d’un brin est liée par deux
liaisons hydrogènes avec une thymine de l’autre brin, et chaque guanine d’un brin
est liée par trois liaisons hydrogènes avec une cytosine du brin opposé).
Les bases azotées, fortement hydrophobes, sont tournées vers l’intérieur,
tandis que les désoxyriboses et les groupements phosphate, hydrophiles, se
trouvent à l’extérieur de la double hélice (figure 7.8).

136
 Figure 7.8. La double hélice de l’ADN

La complémentarité entre les deux brins explique la conservation et la

transmission de l’information génétique au cours de la réplication de l’ADN et de
l'expression des gènes. En fait, les deux brins portent la même information,
spécifiée par la séquence de nucléotides. Lorsque les deux brins se dissocient l’un
de l’autre, chacun porte une copie de cette information et peut servir de matrice
pour la synthèse du brin complémentaire. C’est le fondement de l’autoréplication
de l’ADN. L’expression des gènes est basée sur le même principe: la
complémentarité des bases permet de copier l’information génétique sur une
molécule d’ARN et de l'utiliser ensuite pour diriger la synthèse des protéines et des
molécules d'ARN.
La double hélice de type B est formée de 10 paires de bases pour chaque
tour complet. D’autres types d’hélices avec des propriétés différentes ont été
décrits, mais ce sont des structures moins stables et rarement présentes dans les
cellules.
La haute température ou le pH alcalin peut dissocier les deux brins de
nucléotides de la double hélice: c’est la fusion ou la dénaturation de l’ADN. Les
segments riches en paires A-T sont dénaturés les premiers, suivis des séquences
riches en hybrides C-G. Cette fusion est réversible: si la température baisse
lentement les deux chaînes vont s’hybrider à nouveau (la renaturation de l’ADN).

137
 En mesurant l’absorbance de la lumière d’une solution d’ADN et en traçant
sa variation en fonction de la température on obtient la courbe de fusion de l’ADN.
La température qui correspond à la moitié de la transition entre la forme
dénaturée et la forme native est la température de fusion (Tm). Cette température
dépend du pourcentage de (G+C) de la séquence (figure 7.9).

Figure 7.9. Courbe de fusion d’une séquence d’ADN

Stabilisation de la double hélice

Les interactions entre les deux brins de nucléotides de la double hélice
sont des forces de stabilisation et de répulsion (déstabilisation).
Les forces de stabilisation sont:
Les liaisons hydrogènes entre les bases complémentaires sur les deux
brins (effet aditif sur toute la longueur de la molécule).
Les attractions hydrophobes entre les bases azotées situées à
l’intérieur de la double hélice
Les interactions Van der Waals entre les atomes proches l’un de l’autre
(effet aditif sur toute la longueur de la molécule)

Les forces de déstabilisation sont créés par les interactions

électrostatiques entre les charges négatives des groupements phosphate. Cette
répulsion est diminuée en présence de charges positives (cations ou protéines).

7.5. Signification de la séquence de nucléotides

Chez l’homme, l’information génétique transmise aux descendants (le
génome haploïde, c'est-à-dire un seul exemplaire de chaque chromosome)

138
représente environ 3 milliards de paires de bases (l'équivalent d'une bibliothèque
de 7000 livres de 300 pages chacun). Le substrat moléculaire de l’information
génétique est la séquence de nucléotides de l’ADN.
Les protéines du noyau cherchent sur les brins de l’ADN des séquences sur
lesquelles elles se fixent spécifiquement pour initier la synthèse des protéines ou
des molécules d’ARN. Ces séquences représentent les gènes; elles sont séparées
par de longs segments intergéniques, dont la fonction demeure peu connue. Un
gène est un fragment de la molécule d’ADN qui code pour une protéine ou un ARN
cellulaire.
Dans la structure des gènes eucaryotes on distingue les éléments suivants:
Des séquences régulatrices situées généralement en amont, qui
contrôlent l’expression du gène
Un site d’initiation de la transcription (le promoteur)
Une suite variable d’exons (séquences traduites) et d’introns
(séquences non-traduites)
Un signal qui indique la fin de la transcription à la fin du dernier exon.

L’ensemble des mécanismes qui conduisent à la production d’un ARN ou

d’une protéine à partir de la séquence de nucléotides d'un gène est désigné sous le
terme d’expression du gène respectif.

139
 8. Réplication de l’ADN
8.1. Action des ADN polymérases

Le génome humain contient 23 paires de chromosomes. Chaque

chromosome est formé d’une seule molécule d’ADN, associé aux protéines
spécifiques. La réplication est la synthèse de nouvelles molécules d’ADN,
identiques aux molécules initiales.
Le but de la réplication est de copier et dédoubler le matériel génétique,
avant la division cellulaire, pour que chaque cellule fille reçoive un génome
complet dans son noyau.
La réplication a lieu au cours du cycle cellulaire et précède la division de la
cellule. Le cycle cellulaire est l’intervalle de temps qui se déroule d’une division
mitotique à la suivante (figure 8.1). Pour les cellules qui ne se divisent plus, le cycle
cellulaire est arrêté dans une phase intermédiaire (G0), dans laquelle elles
persistent indéfiniment ou un pendant certain intervalle de temps, avant de
reprendre la division sous l’influence des signaux spécifiques.

Figure 8.1. Le cycle cellulaire chez les eucaryotes

140
 La réplication a lieu pendant la phase S (au milieu du cycle cellulaire), grâce
à l’activité de l’ADN-polymérase-alpha. D’autres polymérases participent à la
réparation de l’ADN ou à la réplication de l’ADN mitochondrial.
Le cycle cellulaire est strictement contrôlé. L’entrée et la sortie de la
mitose et l’initiation de la réplication sont marqués par des « points de contrôle »
où des protéines spécifiques agissent en fonction des signaux intracellulaires et
extérieurs. Toute perturbation qui affecte ces protéines peut entraîner une
prolifération excessive, ou la division d’une cellule porteuse de mutations
irréparables, ce qui peut initier la transformation tumorale des cellules.
La réplication de l’ADN est assurée par les ADN-polymérases, enzymes du
noyau qui agissent pendant phase S pour doubler l’ensemble du matériel
génétique.
Plusieurs types d’ADN-polymérases ont été décrits chez les eucaryotes:
L’ADN-polymérase-alpha est présente dans le noyau et dirige la
réplication de l’ADN, dans la direction 5’ 3’
L’ADN-polymérase-bêta a les mêmes caractéristiques, mais intervient
seulement dans la réparation de l’ADN qui porte des erreurs
L’ADN-polymérase-gamma agit dans les mitochondries et dirige la
réplication de l’ADN mitochondrial, ainsi que la correction de cette
réplication
L’ADN-polymérase-delta est présente dans le noyau et participe à la
réplication de l'ADN; en plus de son activité de polymérase dans la
direction 5’ 3’, elle a aussi une activité exonucléasique dans la
direction 3’ 5’, ce qui lui permet de vérifier l’appariement du dernier
nucléotide et de l’enlever s’il n’est pas complémentaire à celui du brin
parental
L’ADN-polymérase-epsilon agit dans le noyau, au cours de la
réparation et de la vérification de la réplication, par ses activités de
polymérase 5’ 3’ et d’exonucléase 3’ 5’
L’hydrolyse des amorces est assurée par une autre enzyme, la RNA-se
H.

La réaction catalysée par l’ADN-polymérase- exige les conditions

suivantes:
La dénaturation locale de l’ADN parental et l’accès à chacun des brins
qui vont servir de matrice pour la synthèse du brin complémentaire
La présence des désoxy-ribonucléoside-triphosphates (dATP, dCTP,
dGTP et dTTP) comme monomères pour la synthèse de l'ADN

141
 La présence d’une amorce d’ARN, ayant une fonction 3’-OH libre,
synthétisée par une sous-unité de l’ADN-polymérase- , appelée
primase; cette enzyme produit un fragment d'ARN complémentaire au
brin matrice de l'ADN; chaque amorce sera ensuite prolongée par
l’ADN-polymérase-
L’énergie nécessaire résulte de l’hydrolyse des liaisons riches en
énergie faisant partie des désoxy-ribonucléoside-triphosphates (dNTP).

La synthèse du brin nouveau avance dans la direction 5’ 3’. Une fois la

synthèse amorcée par l’ADN-polymérase-alpha, c’est la polymérase-delta qui
prolonge les brins en cours de synthèse. Les brins nouveaux apparaissent sous
forme de petits fragments qui seront finalement reliés entre eux par une autre
enzyme, l’ADN-ligase.
La réaction catalysée par les ADN-polymérases alpha et delta (figure 8.2)
est l’addition de désoxy-ribonucléoside-triphosphates (dATP, dCTP, dGTP et dTTP)
à l’amorce d’ARN ou à la chaîne d’ADN en cours de synthèse. Chaque nucléotide
doit être complémentaire à celui qui lui correspond sur le brin matrice. Si cette
complémentarité n’est pas respectée, les liaisons hydrogènes entre les deux bases
azotées ne s’établissent pas et le nucléotide sera libéré. Au contraire, si
l’hybridation des bases peut avoir lieu, le nouveau nucléotide sera attaché par une
liaison phosphodiester à l'extrémité de la chaîne préexistante. L’énergie résulte de
l’hydrolyse de la liaison phospho-anhydride entre le premier et le deuxième radical
phosphate du nucléotide.
Le pyrophosphate qui en résulte sera rapidement hydrolysé par une autre
enzyme présente au site de réplication, la pyrophosphatase. Cette dernière
réaction rend irréversible l’addition de chaque nucléotide.

8.2. Réplication semi-conservative de l’ADN

La réplication implique l’utilisation des brins de l'ADN parental comme
matrice pour la synthèse des chaînes complémentaires. La réplication est semi-
conservative: chacune des deux molécules d’ADN qui en résultent est formée d’un
brin parental (le brin matrice) et d’un brin nouveau-synthétisé (figure 8.3).
Les ADN-polymérases commencent leur synthèse sur chaque chromosome,
en plusieurs points d’initiation (environ toutes les 150 kb). A chacun de ces points
s’établit une fourche de réplication, qui résulte de la dénaturation locale de l’ADN
et de la liaison des protéines qui forment l’appareil de réplication. La fourche de

142
réplication se déplace le long des chromosomes jusqu’à ce que chaque
chromosome soit dédoublé.

Figure 8.2. Action des ADN-polymérases

Les protéines présentes au niveau de la fourche de réplication sont les

suivantes (figure 8.4):
Les enzymes de la réplication (ADN-polymérases, ADN-ligase, RNA-se
H, pyrophosphatase)
L’ADN-hélicase, protéine qui dissocie localement les deux brins de
l’ADN parental et se déplace le long de celui-ci (ATP lui fournit
l’énergie nécessaire)
Les protéines de liaison à l’ADN monobrin (SSB ou single strand
binding proteins), qui stabilisent chacune des deux chaînes et
préviennent leur réassociation
Les ADN-topoisomérases, enzymes qui coupent et raccordent ensuite
chaque brin afin d’en éliminer les forces de tension.

143
 Figure 8.3. Réplication semi-conservative de l’ADN: chacun des brins de
l’ADN parental sert de matrice pour la synthèse d’un nouveau brin

La réplication avance vers la fourche de réplication et les réactions

catalysées par les ADN-polymérases se poursuivent dans la direction 5’ 3’. Dans
cette direction, l’un des deux brins nouveaux-synthétisés, appelé brin avancé, sera
produit dans la direction 5’ 3’, de manière continue (figure 8.4).

Figure 8.4. La fourche de réplication

144
 La synthèse de l’autre brin appelé brin retardé, est plus complexe, parce
que l’ADN-polymérase ne peut avancer que dans la direction 5’ 3’, qui est
contraire au sens de déplacement de la réplication (figure 8.5).

Figure 8.5. La synthèse du brin retardé

Dans ce cas, la réplication est plus lente et se fait de manière discontinue:

L’ADN-polymérase-alpha synthétise des amorces d'ARN de quelques
dizaines de nucléotides en avant de la zone de réplication (action de la
sous-unité primase)
En prolongation des amorces, l’ADN-polymérase-alpha construit
également des petits fragments d’ADN dans la direction 5’ 3’,
appelés fragments Okazaki; la taille moyenne de ces fragments est
d’environ 1000 nucléotides
La RNA-se H hydrolyse les amorces d’ARN qui précèdent les fragments
Okazaki
L’ADN-polymérase-delta prolonge les fragments Okazaki, après
l’hydrolyse des amorces, jusqu’à la rencontre du fragment suivant.

Les fragments Okazaki seront finalement reliés entre eux par l’ADN-ligase,
enzyme capable de reconstituer la liaison phosphodiester entre deux nucléotides
adjacents d’un brin d'ADN, si l’autre brin est intact. L’énergie nécessaire à la
synthèse de cette nouvelle liaison provient de l’hydrolyse des liaisons riches en
énergie de l’ATP.

145
 9. Transcription des gènes

L’expression des gènes aboutit à la synthèse des molécules d’ARN et des

protéines, dont la structure primaire est déterminée par la séquence de
nucléotides de l’ADN génomique.
Cette expression a lieu en deux étapes principales:
La transcription - la séquence de l’ADN s’exprime d’abord par la
synthèse des ARN complémentaires
La traduction - certains ARN, appelés messagers, dirigent dans le
cytoplasme la synthèse des peptides et des protéines, dont la
séquence traduit en acides aminés l’information de l’ADN.

La transcription est la lecture d’un gène par une ARN-polymérase qui

synthétise un ARN complémentaire du gène transcrit.
Les cellules eucaryotes contiennent plusieurs types de molécules d’ARN:
Les ARN ribosomaux (ARNr) qui font partie de la structure des
ribosomes et interviennent directement dans la synthèse des
protéines
Les ARN de transfert (ARNt) qui participent comme transporteurs des
acides aminés au cours de la synthèse des protéines
Les ARN messagers (ARNm), qui encodent l’information génétique et
servent de matrice pour la synthèse de la chaîne peptidique
Les transcrits primaires ou ARN hétérogènes nucléaires (ARNhn) qui
sont les précurseurs des ARN messagers
Les ARN nucléaires de petite taille (ARNsn) qui participent à l’épissage
des transcrits primaires
Les ARN cytoplasmiques de petite taille (ARNsc)
Les ARN interférents, qui participent à la régulation de l'expression des
gènes
Les ARN mitochondriaux (ARN de transfert des acides aminés qui
participent à la synthèse mitochondriale des protéines).

Ces molécules sont synthétisées par les ARN-polymérases, au cours de la

transcription, à partir de l’information contenue dans la séquence de nucléotides
de l'ADN.

146
 9.1. Principe de la transcription
Chez les procaryotes, l’ARN-polymérase est constituée de plusieurs sous-
unités ( 2 ' ) qui forment ensemble l’enzyme active. Parmi ces sous-unités, le
facteur sigma est facilement dissociable du reste de l'enzyme. C’est un facteur
d’initiation qui assure la liaison de l’ARN-polymérase sur l’ADN, uniquement au
début des séquences transcrites. Ce facteur reconnaît les séquences qui signalent
le début des gènes et induit la liaison stable de l’ARN-polymérase à cet endroit. Par
ces propriétés, le facteur sigma assure un taux élémentaire de transcription des
gènes.
Chez les eucaryotes, la transcription est assurée par plusieurs enzymes:
L’ARN-polymérase I qui synthétise les ARN ribosomaux
L’ARN-polymérase II qui synthétise les ARN messagers et certains ARN
nucléaires de petite taille (ARNsn)
L’ARN-polymérase III qui synthétise les ARN de transfert et une partie
des ARN ribosomaux
L’ARN-polymérase mitochondriale qui synthétise les ARN
mitochondriaux.

Les ARN-polymérases reconnaissent et se fixent spécifiquement sur les

séquences qui signalent le début de chaque gène. Ces séquences sont appelées
promoteurs. Les événements ultérieurs vont produire une molécule d’ARN
complémentaire du brin transcrit (figure 9.1):

Figure 9.1. Principe de la transcription

147
 La dénaturation locale de l‘ADN et «choix» du brin transcrit, appelé
antisens
La catalyse des réactions de la transcription, c'est-à-dire l’addition de
nucléotides complémentaires à celles du brin antisens et la vérification
de chaque nouveau nucléotide incorporé
La synthèse avance dans la direction 5’ 3’, en respectant la
complémentarité des bases azotées
La synthèse d’une chaîne d’ARN initialement attachée au brin antisens
de l’ADN, dont elle s’en dissocie progressivement, au fur et à mesure
que la transcription avance
Vers la fin du gène, l’ARN-polymérase rencontre un signal de fin
d’activité; la transcription s’arrête peu après ce signal
La renaturation de l’ADN derrière le site de transcription et sa
dénaturation en aval.

Le résultat final est une molécule d’ARN complémentaire du brin antisens

et identique au brin sens, qui représente le transcrit primaire. Ses modifications
ultérieures conduisent aux différents types de molécules d’ARN de la cellule.
Chez les eucaryotes chaque gène est transcrit indépendamment, à partir
de son promoteur. Il en résulte un transcrit primaire qui correspond à un seul
gène. Par contre, chez les procaryotes, plusieurs gènes impliqués dans une voie
métabolique sont transcrits simultanément et forment une unité structurelle et
fonctionnelle appelée opéron.

9.2. Eléments régulateurs de l’ARN-polymérase II

Structure du promoteur chez les eucaryotes
Le segment d’ADN qui précède le premier nucléotide transcrit représente
le promoteur, constitué de plusieurs séquences reconnues par les protéines
nucléaires (l'ARN-polymérase et les facteurs d’initiation). Ces protéines assurent
l'initiation et la régulation de la transcription.
Le promoteur de chaque gène est spécifique et possède des séquences qui
diffèrent plus ou moins par rapport aux autres promoteurs.

148
 Chez les eucaryotes, le promoteur comporte les éléments (figure 9.2):
Vers -20 ou -30 (en amont du premier nucléotide transcrit) une
séquence TATAAAA appelée «boîte TATA», qui est reconnue par la
protéine appelée TBP (TATA-binding protein); cette protéine est une
sous-unité de la protéine TFIID, cofacteur de l’ARN-polymérase II
Vers -50 la séquence appelée «boîte GC», reconnue par le facteur Sp-1
Vers -80 une séquence appelée «boîte CAT ou CAAT» sur laquelle se
fixe la protéine régulatrice CTF (CAAT box transcription factor)
La séquence TGACTCA, sur laquelle se fixent des protéines de la famille
AP-1 pour activer la transcription.

Par tous ces éléments, le promoteur assure l’initiation de la transcription à

un niveau élémentaire, très faible.
La régulation plus subtile de la transcription se fait par la liaison des
facteurs de transcription sur d’autres séquences régulatrices, généralement
situées en amont du promoteur. Par exemple, en amont du promoteur (vers -130)
se trouve une séquence octamérique (ATTTGCAT) qui fixe le facteur de
transcription appelé OTF (octamer transcription factor).

Figure 9.2. Structure du promoteur chez les eucaryotes

Séquences régulatrices
Certains gènes sont transcrits de manière constante et continue. Ils codent
pour des protéines de structure ou des enzymes nécessaires en quantité
constante. Ce sont des gènes dont les produits sont essentiels à la survie ou à la
constitution des structures cellulaires. Ces gènes sont appelés «domestiques»
(house-keeping genes).

149
 Cependant, la plupart des gènes s’expriment de manière contrôlée, selon
le moment du temps, les nécessités métaboliques et les signaux de
l’environnement. La régulation de la transcription est impliquée aussi dans la
différenciation tissulaire. Toutes les cellules ont le même génotype, cependant la
spécialisation tissulaire très diverse est le résultat de l’expression différente des
mêmes gènes.
La régulation de la transcription affecte la fréquence d’initiation sur le
promoteur et peut éventuellement conduire à la suppression définitive de
l’expression du gène (le cas des gènes actifs pendant le développement
embryonnaire, qui ne s’expriment plus après la naissance).
L’expression des gènes est le résultat de la liaison de nombreux facteurs de
transcription sur des séquences d’ADN reconnues spécifiquement par ces
protéines. Les séquences régulatrices sont appelées facteurs cis-régulateurs. Elles
sont reconnues par une classe de protéines spécifiques, les protéines de liaison à
l’ADN, appelées facteurs trans-régulateurs.
Outre le promoteur, les principales séquences régulatrices sont les
suivantes (figure 9.3):
La séquence TE (transcription element) ou élément de transcription
La séquence LCR (locus control region) qui est un élément de contrôle
régional, responsable de la régulation de plusieurs éléments de
transcription.

Figure 9.3. Séquences régulatrices de l’ARN-polymérase II

P – promoteur, TE - élément de transcription, LCR – élément de contrôle régional

150
 L’élément de transcription TE est responsable de la fréquence d’initiation
de la transcription sur le promoteur d’un seul gène. Il contient des séquences
d’activation, ou au contraire, d’inhibition du taux de la transcription, ainsi que des
éléments de réponse aux hormones. La localisation de l’élément TE est variable: en
amont, en aval, ou même à l’intérieur des gènes contrôlés. Certains gènes ont
plusieurs éléments de transcription.
L’unité de contrôle régional LCR participe à la régulation de plusieurs
gènes, exprimés ou non, en fonction des particularités tissulaires.

Facteurs de transcription
Les facteurs de transcription sont des protéines capables d’interagir avec
l’ADN, appartenant à plusieurs familles. Ce sont généralement des dimères (homo-
et hétéro-dimères), ce qui amplifie leur diversité. Leur conformation comprend des
domaines spécifiques de reconnaissance et liaison aux séquences régulatrices
(figure 9.4):
Les doigts de zinc (structures formés de feuillets bêta antiparallèles et
une hélice alpha, contenant un atome de Zinc lié à deux résidus
cystéine et deux résidus histidine), par exemple les protéines de la
superfamille des récepteurs nucléaires
Les domaines riches en leucine (fermeture éclair) qui contiennent des
résidus leucine placés tous les 7 acides aminés sur une hélice alpha
Les homéodomaines – formées d’une région basique, une hélice alpha,
une boucle et une autre hélice alpha
Les domaines riches en glutamine ou en proline
Les hélices alpha acides (formées d’acide aspartique et glutamique).

Figure 9.4. Exemples de facteurs de transcription

À gauche: récepteur des hormones stéroïdiennes (domaines à doigts de Zinc)
À droite: dimère d’un domaine «fermeture éclair» riche en leucine

151
 Les facteurs de transcription agissent en stabilisant ou, au contraire, en
empêchant la formation du complexe d’initiation de la transcription. La stabilité et
la fréquence d'assemblage de ce complexe déterminent le taux d’initiation de la
transcription, ce qui contrôle finalement le niveau d’expression du gène.
La liaison des facteurs de transcription sur les séquences régulatrices
dépend des circonstances physiologiques qui influencent l’expression du gène. Par
exemple, les hormones stéroïdiennes agissent en se liant aux récepteurs
nucléaires, une superfamille de facteurs de transcription. La séquence GRE
(élément de réponse aux hormones glucocorticoïdes) liée au complexe formé
entre le récepteur nucléaire du cortisol et le cortisol (hormone hyperglycémiante)
active l’expression des gènes de la néoglucogenèse, voie métabolique de synthèse
du glucose.
D’autres facteurs de transcription activent les gènes qui s’expriment
uniquement dans certains tissus: le tissu adipeux, les lymphocytes.

9.3. Action de l’ARN-polymérase II

L’ARN-polymérase II est l’enzyme qui transcrit les gènes exprimés sous
forme de protéines. La réaction qu’elle catalyse (figure 9.5) demande la présence
des ribonucléoside-triphosphates comme unités de construction (ATP, CTP, GTP et
UTP) et plusieurs cofacteurs protéiques, qui sont des facteurs de transcription.
L’énergie nécessaire à la synthèse de la liaison phosphodiester qui unit
chaque nucléotide incorporé à l’extrémité 3’ de la chaîne en cours de synthèse est
fournie par l’hydrolyse des liaisons riches en énergie des ribonucléoside-
triphosphates. L’enzyme utilise le brin antisens de l’ADN comme matrice pour la
synthèse de l’ARN complémentaire, en respectant la complémentarité des bases
(A=U, T=A, G C et C G). La synthèse de l’ARN avance dans la direction 5’ 3’.

Initiation de la transcription
L’initiation de la transcription par l’ARN-polymérase II implique plusieurs
facteurs de transcription, appelés TFII-A, B, D, E, F, H et J.
La reconnaissance du promoteur par l’ARN-polymérase II dépend de
l’association de la protéine TBP (TATA binding protein) avec la boîte TATA du
promoteur. Les protéines TFIIB et RAP-30, petite sous-unité de TFIIF, sont
nécessaires pour la fixation de la polymérase et déterminent à la fois le brin qui
sera transcrit et la direction de la transcription (figure 9.6). Le brin transcrit est
spécifique pour chaque gène et son «choix» dépend de l’emplacement correct de
la polymérase.

152
Figure 9.5. Réaction catalysée par l’ARN-polymérase II

Figure 9.6. Initiation de la transcription

153
 Le complexe d’initiation de la transcription recouvre une séquence
d’environ 100 nucléotides du brin antisens de l’ADN, provoquant l’ouverture et la
dénaturation partielle de la double hélice à cet endroit. La transcription se poursuit
en remontant le brin antisens en direction de son extrémité 5’.
La régulation de la transcription s'exerce principalement au cours de
l'étape d'initiation. La formation du complexe d'initiation est activée ou, au
contraire, inhibée par les facteurs de transcription liés aux séquences régulatrices.

Élongation de la transcription
L’élongation de la transcription est basée sur le principe de
complémentarité des bases azotées. Chaque ribonucléoside-triphosphate doit être
complémentaire au nucléotide correspondant du brin antisens. Lorsque cette
complémentarité n’est pas respectée, l’hybridation des bases n'aura pas lieu et le
nucléotide est libéré. Au contraire, si l’hybridation est possible, il sera incorporé
dans la chaîne d’ARN en cours de synthèse. Contrairement à l’ADN-polymérase,
l’ARN-polymérase n'exige pas d'amorce ARN pour initier la synthèse du nouveau
brin.
La liaison riche en énergie entre le premier phosphate estérifiant le
carbone 5’ du ribose et le second phosphate sera hydrolysée, libérant un
pyrophosphate. La pyrophosphatase hydrolyse rapidement le pyrophosphate.
Cette transformation rend irréversible l'incorporation de chaque nucléotide. Le
ribonucléoside mono-phosphate restant sera lié par une liaison ester au carbone 3’
libre du dernier nucléotide du transcrit en cours de synthèse (figure 9.5).
Le transcrit primaire reste temporairement hybridé avec le brin antisens
de l’ADN. La séquence de nucléotides du transcrit primaire est la copie de celle du
brin sens, mais composée de ribonucléotides au lieu des désoxyribonucléotides et
d’uracile à la place de la thymine. Au fur et à mesure que la transcription avance,
l’ARN se dissocie du brin antisens, ce qui rend possible la renaturation de l’ADN en
amont de l’ARN-polymérase.

Fin de la transcription
Vers la fin du gène, l’ARN-polymérase rencontre la séquence 3’-TTATTT-5’
qu’elle transcrit sous la forme 5’-AAUAAA-3’. Cette séquence est reconnue comme
un signal de terminaison de son activité. La transcription s’arrête en effet peu
après cette séquence, appelée signal de polyadénylation.
La terminaison demande la présence d’un facteur protéique de
terminaison, appelé Rho, qui catalyse la dissociation de l’ARN-polymérase et la

154
libération du transcrit primaire. Ce transcrit contient l’information nécessaire pour
l’expression du gène sous forme de protéines, mais il sera modifié avant de quitter
le noyau.

9.4. Modifications du transcrit primaire

Ces modifications ont lieu dans le noyau et conduisent aux différents types
d’ARN cellulaires. Les transcrits primaires sont les précurseurs des ARN messagers
(ARNm), qui sont exportés vers le cytoplasme pour y diriger la synthèse des
protéines (la traduction). Leurs modifications sont (figure 9.7):
L’addition de la coiffe (cap) à l’extrémité 5’
Le clivage après le signal de polyadénylation et l’addition de la queue
poly-A à l’extrémité 3’
L’édition de la séquence de nucléotides
L’excision des introns et l’épissage des exons.

Excision - épissage
Chez les eucaryotes, les gènes sont formés d’une suite d’exons ou
séquences codantes, séparées par des introns, séquences transcrites, mais non-
codantes, qui ne se retrouvent pas dans la séquence d’acides aminés de la
protéine spécifiée par le gène respectif.

Figure 9.7. Modifications du transcrit primaire conduisant à l'ARN messager

155
 Le transcrit primaire est formé d’une suite d’exons et d’introns:
Les exons sont les fragments d’un gène qui seront conservés dans la
structure de l’ARN messager et seront traduits en séquences d’acides
aminés au cours de la synthèse protéique
Les introns sont des séquences non-codantes qui seront excisées du
transcrit primaire.

Un exon code le plus souvent pour un domaine fonctionnel de la protéine

ou une partie d’un tel domaine, de sorte que les protéines formées de plusieurs
domaines sont spécifiées par des gènes possédant au moins autant d’exons.
L’alternation des exons et des introns dans la structure des gènes est importante
pour l’évolution de nouveaux gènes. Au cours de l’évolution, le gène peut être
modifié par substitution, insertion ou délétion d’un exon entier, ce qui modifie,
apporte ou retire à la protéine un domaine fonctionnel intégral.
L’excision – épissage est une étape de la maturation des transcrits
primaires chez les eucaryotes, ou les introns sont coupés de la structure primaire
(excision) et les exons sont ensuite liés entre eux bout à bout (épissage), pour
établir la séquence primaire de l’ARN messager.
Les jonctions exon-intron sont reconnues par des séquences invariables:
GU au début des introns (site donneur 5’) et AG à la fin de l’intron (site accepteur
3’).
L’excision et l’épissage résultent de l’action d’enzymes protéiques et de
ribozymes qui catalysent la coupure du transcrit primaire et la fermeture de la
brèche (ARN-ligases). Ces ribozymes sont des molécules d’ARN à localisation
nucléaire (ARNsn) qui agissent sur les séquences localisées à l’intérieur des introns
ou aux jonctions exons - introns.
L’épissage peut être alternatif, c'est-à-dire qu’il peut conduire à plusieurs
types d’ARNm: ces messagers alternatifs ont en commun certains exons, ainsi que
des exons qui leur sont propres (figure 9.8). Par exemple, l’épissage alternatif du
transcrit primaire de la troponine T (protéine musculaire) produit 64 isoformes
différentes:
Les exons 4-8 sont épissés alternativement, produisant 32 possibilités
Les exons 16 et 17 sont mutuellement exclusifs, ce qui double le
nombre de possibilités; il en résulte 64 isoformes différentes.

156
 Figure 9.8. Possibilités d'épissage alternatif du transcrit primaire

Addition de la coiffe
Les ARN messagers sont vulnérables à l'action des ribonucléases
cytoplasmiques. Leur hydrolyse libère les nucléotides constituants qui seront
recyclés.
Pour protéger les ARN messagers de cette dégradation cytoplasmique, une
structure appelée coiffe du messager (cap) dissimule leur extrémité 5’-terminale.
La coiffe assure aussi l’emplacement correct des ARN messagers sur le ribosome,
afin d’initier la synthèse des protéines.
La coiffe est formée du 7-méthyle-guanosine, ajouté par une enzyme sur
les phosphates du carbone 5’ du premier nucléotide du transcrit. Des radicaux
méthyle seront également transférés sur les nucléotides suivants (figure 9.9):
Si le premier nucléotide est une adénine, celle-ci peut être méthylée
sur l’azote n°6
Les riboses des nucléotides initiaux sont quelquefois méthylés sur
l’oxygène appartenant à la fonction alcool en 2’.

Ces modifications font un début commun à tous les transcrits primaires qui
sont les précurseurs des ARN messagers.

157
 Figure 9.9. Structure de la coiffe de l’ARN messager

Addition de la queue poly-A

La queue poly-A est une autre structure qui protège l’ARN messager du
clivage par les ribonucléases cytoplasmiques.
L’enzyme poly-A-polymérase coupe le transcrit à environ 10-20
nucléotides au-delà de la séquence signal AAUAAA. La même enzyme synthétise
sur le carbone 3’ libre du dernier nucléotide restant une longue chaîne de 500 à
2000 nucléotides à adénine polymérisés.

Édition
L’édition modifie la séquence du transcrit primaire et détermine la
synthèse de protéines différentes à partir du même gène. Après l’édition, un
même transcrit primaire forme plusieurs ARN messagers, qui vont conduire chacun
à une autre protéine. Considéré auparavant un phénomène extrêmement rare,
l’édition des transcrits primaires est aujourd’hui reconnue comme un mécanisme
courant d’amplification de la diversité des protéines synthétisées à partir d’un
nombre limité de gènes.
Des enzymes peuvent «éditer» (au sens anglais du terme) la structure
primaire du transcrit en modifiant certaines bases. L’édition est employée pour
engendrer les isoformes tissulaires des protéines.
Par exemple, le transcrit primaire du gène des apoprotéines B subit le
remplacement d’une cytosine par l’uracile, catalysé par une cytosine-désaminase.

158
Cette modification produit un codon STOP prématuré qui induit la fin de la
traduction de l’isoforme apo B48, spécifique de l’intestin. L’édition n’affecte pas le
transcrit produit dans le foie, qui sera traduit en une protéine plus longue, l’apo
B100 (figure 9.10).

Figure 9.10. Edition du transcrit primaire du gène codant pour les apoprotéines B

Structure de l’ARN messager

Après ces transformations, le transcrit primaire devient ARN messager et
quitte le noyau.

Figure 9.11. Structure de l’ARN messager

L’ARN messager contient plusieurs types de séquences (figure 9.11):

Une séquence 5’ non-codante, qui ne sera pas traduite en acides
aminés; les ribosomes vont s’assembler successivement à cet endroit
pour initier la traduction
Une suite de trois nucléotides (AUG) qui signale le début de la
traduction
Une longue séquence de nucléotides qui codent pour les acides
aminés de la structure primaire de la protéine
Les nucléotides qui signalent la fin de la traduction (UAA, UAG ou UGA)
Une séquence 3’ non-traduite qui s’achève par la queue poly-A.

159
 10. Traduction des messagers
10.1. Principe de la traduction
La traduction est la dernière étape de la transmission de l’information
génétique. Elle représente la synthèse de protéines en utilisant l’information
contenue par l’ARN messager. Contrairement à la transcription ou la réplication de
l’ADN, la traduction a lieu dans le cytoplasme, au niveau des ribosomes (organites
cellulaires constitués de protéines et de molécules d’ARN), qui en assurent le
support et la catalyse des réactions. Les ribosomes mitochondriaux participent à la
synthèse de protéines mitochondriales, à l’intérieur de la matrice (compartiment
interne) de ces organites.
L’ARN messager «dirige» la traduction: la suite de nucléotides du messager
détermine la séquence d’acides aminés de la protéine en cours de synthèse.
Cependant, le principe de la complémentarité des bases ne s’applique pas de façon
directe au cours de la traduction, car les nucléotides du messager ne s’hybrident
pas avec les acides aminés de la chaîne peptidique. La correspondance entre la
séquence de nucléotides du messager et la séquence d’acides aminés de la
protéine est assurée indirectement, par deux molécules adaptateur (figure 10.1):
Les ARN de transfert (ARNt) – transporteurs des acides aminés activés
vers les ribosomes
Les aminoacyl-tARN synthétases – enzymes qui chargent les acides
aminés sur leurs ARN de transfert.

Figure 10.1. Principe de la traduction

160
 La traduction s’achève par la synthèse d’une chaîne peptidique qui sera
modifiée avant de devenir une protéine fonctionnelle. Les protéines sont ensuite
dirigées vers le compartiment cellulaire ou extracellulaire où elles exercent leur
rôle.

10.2. Code génétique

Le code génétique est la relation entre la séquence de nucléotides de
l’ARN messager et la séquence d’acides aminés de la protéine. Il y a quatre types
de nucléotides de l’ARN messager (A, G, C, U) et 20 types d’acides aminés dans la
composition des protéines. Il est évident que seulement les combinaisons de
nucléotides peuvent spécifier tous les acides aminés. Le calcul du nombre de
nucléotides qui spécifient un acide aminé conduit à plusieurs variantes:
Pour 2 nucléotides (4 types différents) on aura 42 = 16 combinaisons
possibles, ce qui est inférieur à 20
Pour 4 nucléotides (4 types différents) on aura 44 = 256 combinaisons
possibles, ce qui est excessif par rapport à 20
Pour 3 nucléotides (4 types différents) on aura 43 = 64 combinaisons
possibles, ce qui est toujours supérieur à 20, sans être excessif.

Les expériences réalisées pour déchiffrer le code génétique ont confirmé

qu’un ensemble de trois nucléotides de la séquence du messager spécifie
l’incorporation d’un seul acide aminé dans la séquence de la protéine.
Chaque suite de trois nucléotides de la séquence du messager représente
un codon et spécifie l’incorporation d’un acide aminé dans la protéine en cours de
synthèse. La séquence codante est une suite de codons, chacun permettant
d’incorporer spécifiquement un acide aminé dans la protéine.
Le code génétique est la totalité des codons qui spécifient les 20 acides
aminés présents dans la structure primaire des protéines (figure 10.2).

Propriétés du code génétique

Le code génétique est formé de 64 codons:
61 codons spécifient les 20 acides aminés standard
3 codons appelés STOP (UAA, UAG et UGA) ne codent pour aucun
acide aminé, mais indiquent la fin de la séquence traduite.

161
 Figure 10.2. Le code génétique

Parmi les 61 codons qui spécifient les acides aminés, le codon AUG (qui
spécifie la méthionine) est appelé initiateur. Chez les eucaryotes, la traduction
commence toujours au niveau du premier AUG de l’extrémité 5’ du messager, qui
code pour une méthionine. Cette particularité permet l'emplacement correct du
messager sur le ribosome. Les codons AUG suivants (internes) codent pour des
méthionines faisant partie de la séquence protéique.
Le code génétique est dégénéré (au sens mathématique du terme): il
contient 61 codons pour spécifier les 20 acides aminés standard. Les acides aminés
sont spécifiés par plusieurs codons (entre deux et six), qui diffèrent en général par
leur troisième nucléotide. Les différents codons qui spécifient le même acide
aminé sont appelés synonymes. La dégénérescence affecte le plus souvent le
nucléotide 3’-terminal (figure 10.2). Seulement la méthionine et le tryptophane
disposent d'un codon unique (AUG et respectivement UGG). Même s’il y a
plusieurs codons pour le même acide aminé, chaque codon spécifie un seul acide
aminé. L'exactitude de la traduction repose sur cette dernière propriété.
Le code génétique est universel, c'est-à-dire qu'il a été décrit chez tous les
organismes vivants, à partir des bactéries et jusqu’à l’homme. On en connaît moins

162
de 3 ou 4 variations, dues aux codons propres à la synthèse mitochondriale de
protéines.
Le code génétique n’est pas superposable et ne contient pas de signes de
ponctuation:
Chaque nucléotide du messager est lu une seule fois, faisant partie de
la suite de trois nucléotides d'un codon
Les codons se succèdent l’un après l’autre, sans être séparés par des
espaces ou des signes de ponctuation.

10.3. Ribosomes
Les ribosomes sont des structures cellulaires formés par l’association de
protéines et de molécules d’ARN. Ils sont le siège de la biosynthèse des protéines.
La structure des ribosomes cytoplasmiques diffère chez les cellules eucaryotes et
procaryotes.
Les ribosomes cytoplasmiques des cellules eucaryotes sont des complexes
multienzymatiques qui associent environ 82 types de protéines et quatre types
d’ARN ribosomaux (figure 10.3). Ces molécules sont associées entre elles pour
former deux particules distinctes, qui peuvent se dissocier facilement:
La grande sous-unité (60 S ou 2.800.000 daltons) contient trois types
d’ARN et 49 protéines différentes
La petite sous-unité (40 S ou 1.400.000 daltons) contient un seul type
d’ARN, associé à 33 protéines différentes.

Le coefficient de sédimentation (exprimé en unités Svedberg) dépend de la

masse et de la forme moléculaire.
Les ribosomes eucaryotes cytoplasmiques ont plusieurs sites de fixation:
Le site de l’ARN messager
Le site A, pour la liaison des ARN de transfert qui apportent les acides
aminés
Le site P où se fixe le peptide en cours de synthèse
Le site catalytique où se trouve la peptidyl-transférase ribosomale, un
ribozyme qui catalyse la formation des liaisons peptidiques
Des sites de fixation pour les cofacteurs protéiques de l’initiation, de
l’élongation et de la terminaison de la traduction
Des sites de fixation pour les facteurs de régulation.

163
Figure 10.3. Ribosomes procaryotes (à gauche) et eucaryotes (à droite)

164
 L’initiation est un phénomène permanent à l’extrémité 5’ d’un ARN
messager et les ribosomes se succèdent sur le même messager (environ un tous
les 100 nucléotides). Cette structure représente un polyribosome (figure 10.4). Les
ribosomes se déplacent le long du messager dans la direction 5’ 3’. La synthèse
de la protéine commence à l’extrémité N-terminale et finit à l’extrémité C-
terminale.
Lorsque les ribosomes rencontrent un codon de terminaison, la lecture est
achevée et les deux sous-unités se dissocient, libérant le peptide synthétisé.
D’autres ribosomes recommencent en permanence la lecture à l’extrémité 5’ du
messager.

Figure 10.4. Aspect d'un polyribosome

165
 10.4. ARN de transfert
Structure des ARN de transfert
Les ARN de transfert (ARNt) sont des petites molécules qui transportent
les acides aminés du cytoplasme vers les ribosomes, afin d'être incorporés dans les
polypeptides en cours de synthèse. Ce sont des molécules adaptateur, qui
constituent le lien chimique entre chaque codon et l’acide aminé spécifié par ce
codon.
Il y a plus de 20 types d’ARNt (au moins un pour chaque acide aminé
standard). Chaque acide aminé a son propre ARNt, capable de le reconnaître et le
fixer. Certains acides aminés sont reconnus par plusieurs ARN de transfert, mais
chaque type d’ARNt reconnaît spécifiquement et transporte un seul acide aminé.
La structure générale de ces molécules présente des particularités
communes (figure 10.5):
Ce sont des molécules de petite taille (quelques dizaines de
nucléotides)
La séquence de nucléotides présente des segments complémentaires
qui peuvent s’autohybrider pour former des structures secondaires en
forme de branches ou épingles à cheveux, séparés par des boucles
La branche de l’acide aminé contient le site de liaison de l’acide aminé,
représenté par une adénine qui est constamment présente à
l’extrémité 3’
A l’extrémité opposée se trouve la boucle de l’anticodon, un segment
de trois nucléotides complémentaires et antiparallèles au codon qui
spécifie l’acide aminé transporté par l’ARN respectif
La branche D, terminée par la boucle D et la branche T, avec sa boucle
terminale contiennent des nucléotides modifiés et, respectivement,
des nucléotides à thymine.

Les appariements entre les bases éloignées dans la séquence primaire

créent des structures spatiales complexes, importantes dans la reconnaissance des
acides aminés. La conformation tridimensionnelle des ARN de transfert ressemble
à la lettre «L», le site de liaison de l’acide aminé et la boucle de l’anticodon étant
placés aux extrémités de la molécule, afin de permettre leurs interactions
ultérieures sans encombrement spatial.
La liaison des ARNt avec le messager se fait par complémentarité entre les
nucléotides de chaque codon du messager et les anticodons des ARNt. Au cours de
la traduction, le codon et l’anticodon se lient de manière antiparallèle, et l’acide

166
aminé apporté par l’ARNt est ainsi incorporé à la chaîne peptidique en cours de
synthèse.
Chaque acide aminé est attaché spécifiquement (par une aminoacyl-tARN-
synthétase) à l’extrémité 3’ de l’ARN de transfert dont l’anticodon lui correspond,
produisant un ARNt chargé.

Figure 10.5. Structure générale des ARN de transfert

Nucléosides modifiés
Les molécules d’ARN contiennent souvent des bases modifiées, résultant
de la modification chimique (réduction, méthylation, désamination, isomérisation)
des bases standard. En outre, un faible pourcentage de nucléosides à thymine
apparaît dans la séquence de certains ARN (figure 10.6).

Figure 10.6. Exemples de bases modifiées dans la structure des ARN

167
 La dihydrouridine, la pseudo-uridine et la ribothymine apparaissent
souvent dans la structure des branches D et T des ARN de transfert.

Interaction codon-anticodon
L’appariement entre le codon du messager et l’anticodon de l’ARNt chargé
est antiparallèle et complémentaire. À cause de la dégénérescence du code
génétique, qui affecte souvent le troisième nucléotide du codon, cet appariement
est «flexible», c'est-à-dire qu’il permet des hybridations non-standard entre les
bases (figure 10.7).
Les interactions «flexibles» se produisent entre la dernière base (3’-
terminale) du codon et la première (en 5’) de l’anticodon, comme dans les
exemples suivants:
C peut s’hybrider non seulement avec G, mais aussi avec l’inosine (I),
une base modifiée qui résulte de la désamination de l’adénine
A peut s’hybrider non seulement avec U, mais aussi avec I
G peut s’hybrider avec C ou avec U
U peut s’hybrider avec A, G ou I
L’inosine peut s’hybrider avec C, U ou A.

Grâce à ces interactions «flexibles» un même ARNt chargé peut

reconnaître deux, ou même trois codons synonymes. Par exemple, le même ARN
de transfert pour la leucine, portant l’anticodon 3’-GAU-5’ reconnaît deux codons
synonymes parmi les six codons de la leucine (5’-CUA-3’ et 5’-CUG-3’).
Ces hybridations non-standard amplifient la vitesse de la lecture du
messager par les ARNt chargés, sans pour autant affecter l’exactitude de la
traduction.

10.5. Action des aminoacyl-tARN-synthétases

Les aminoacyl-tARN-synthétases sont les enzymes qui chargent les acides
aminés libres du cytoplasme sur les ARNt correspondants. Il en résulte un ARNt
chargé (aminoacyl-tARN). Ces enzymes sont capables de reconnaître en même
temps les acides aminés et les ARN de transfert qui leur correspondent, en
fonction des anticodons et de leur conformation tridimensionnelle. Il y a autant
d’aminoacyl-tARN-synthétases qu'il existe des ARN de transfert (plus de 20 types).

168
 Les aminoacyl-tARN-synthétases ont une double spécificité pour leurs
substrats (figure 10.8):
L’acide aminé spécifié par l’anticodon de l’ARNt
L’ARNt, dont l’anticodon est complémentaire du codon correspondant
à cet acide aminé dans le code génétique.

Figure 10.7. Hybridations non-standard entre le codon et l'anticodon

L’exactitude de la traduction repose entièrement sur cette double

spécificité: les aminoacyl-tARN-synthétases doivent «connaître le dictionnaire de
la traduction».
La reconnaissance de l’ARNt se fait par l’anticodon (l’enzyme ne tenant pas
toujours compte de la première base de l’anticodon, ce qui explique la
dégénérescence du code génétique) ou bien encore par d’autres séquences

169
communes aux ARNt synonymes (qui transportent le même acide aminé et
possèdent des anticodons synonymes). La conformation des ARNt intervient aussi
dans cette reconnaissance. Certaines aminoacyl-tARN-synthétases sont régulées
par phosphorylation-déphosphorylation réversible.

Figure 10.8. Action des aminoacyl-tARN-synthétases

Le couplage d’un acide aminé sur son ARNt a lieu en deux étapes
successives:
L’activation de l’acide aminé par liaison de l'AMP sur son groupe
carboxyle; l’AMP et l’énergie nécessaire proviennent de l’hydrolyse
d’une molécule d’ATP en AMP et pyrophosphate (figure 10.9)
L’acide aminé ainsi activé réagit avec l’hydroxyle libre du ribose de
l’adénosine 3’-terminale faisant partie de l’ARN de transfert.

La liaison ester entre l’acide aminé et son ARNt est riche en énergie et sert
à fournir l’énergie nécessaire au cours de la traduction.

170
 Figure 10.9. Synthèse de l’aminoacyl-tARN

10.6. Initiation de la traduction

L’initiation est l’étape la plus lente de la traduction. Les sous-unités
ribosomales sont initialement dissociées. Une cascade d’évènements aboutit à la
formation du complexe d’initiation. L’initiation demande la présence des facteurs
régulateurs (eIF – eucaryotic initiation factors) et des molécules riches en énergie
(ATP et GTP). Les deux sous-unités ribosomales, le messager et les ARNt chargés y
participent aussi (figure 10.10).

171
 Figure 10.10. Initiation de la traduction chez les eucaryotes

Le facteur eIF2 est porteur d’un GDP. En présence du facteur eIF2B, un GTP
est substitué à ce GDP. Ainsi activé, le facteur eIF2 peut lier l’ARNt chargé d’une
méthionine dont l’anticodon s'apparie avec le codon d’initiation (AUG) du
messager.
En présence du cofacteur eIF4C, la petite sous-unité ribosomale peut fixer
le facteur eIF2 activé qui porte l’ARNt chargé de la méthionine. L’énergie de la
formation de ce complexe est fournie par l’hydrolyse de la liaison riche en énergie
du GTP porté par le facteur eIF2.
La séquence 5’ non-traduite du messager est reconnue par des cofacteurs
spécifiques. Grâce à l’hydrolyse d’un ATP pour fournir l’énergie, le messager est
transféré sur le site P de la petite sous-unité ribosomale de façon à hybrider les
nucléotides du codon d’initiation (AUG) avec ceux de l’anticodon de l’ARNt chargé
de la méthionine initiale.
En présence du dernier cofacteur eIF5, le complexe va lier la grande sous-
unité pour constituer un ribosome fonctionnel. Les cofacteurs d’initiation sont
libérés et la traduction peut commencer. Le cofacteur eIF2, porteur de son GDP,
est libéré pour recommencer un nouveau cycle (figure 10.10).

172
 Cadre de lecture
La séquence primaire de l’ARN messager est «lue» par groupes de trois
nucléotides, qui constituent les codons. Au cours de la traduction, chaque
nucléotide du messager peut se trouver dans la première, la deuxième ou la
troisième position dans un codon. Le groupage des nucléotides par codons et la
place occupée par chaque nucléotide dans son codon représente le cadre de
lecture.
Ce groupage influence de façon décisive la lecture du messager.
Théoriquement, il y a trois cadres de lecture possibles pour chaque séquence, ce
qui correspond à trois peptides complètement différents.
Par exemple, la séquence du messager 5’-CUCAGCGUUACCAU-3’ peut être
traduite selon trois cadres de lecture différents:

1. CUC AGC GUU ACC AU traduit par la séquence Leu – Ser – Val – Thr
2. C UCA GCG UUA CCA U traduit par la séquence Ser – Ala – Leu – Pro
3. CU CAG CGU UAC CAU traduit par la séquence Gln – Arg – Tyr – His

L'emplacement du messager par rapport à la petite sous-unité ribosomale

et l’établissement du cadre de lecture sont obligatoires pour une traduction
correcte.
Chez les procaryotes, le choix du cadre de lecture dépend de la présence
d’une séquence de reconnaissance (séquence Shine-Dalgarno) située
immédiatement avant le premier AUG de l'extrémité 5' du messager. Lorsque
plusieurs gènes, faisant partie d’un opéron, sont transcrits simultanément sur le
même ARN (phénomène courant chez les bactéries), chaque AUG qui signale de
début d’un nouveau peptide est précédé d’une séquence Shine-Dalgarno. Les
codons AUG intérieurs, qui spécifient les méthionines faisant partie de la chaîne
peptidique, ne sont pas précédés de telles séquences (figure 10.11).

Chez les eucaryotes, le ribosome reconnaît la coiffe du messager et

parcourt l’ARNm de son extrémité 5’ vers 3’ jusqu’à la rencontre du premier AUG,
qui est le codon initiateur. Il sera reconnu par l’ARNt initiateur, porteur de la
méthionine avec laquelle commence la traduction. Tous les codons AUG suivants
seront considérés intérieurs et traduits par des méthionines faisant partie de la
structure primaire de la protéine (figure 10.11).
L’ARNt de la méthionine initiale occupe le site P du ribosome (le site
peptidique qui contiendra le peptide en cours de synthèse). Le codon AUG du
messager, en s’hybridant sur le site P avec l’anticodon de l’ARNt initiateur, place le

173
messager de telle sorte que le codon suivant apparaisse dans le site A (site de
l’acide aminé), qui sert à la fixation des nouveaux acides aminés qui vont être
incorporés.

Figure 10.11. Initiation chez les procaryotes et les eucaryotes

10.7. Élongation
L’élongation est une suite de réactions qui se répètent de façon cyclique
pour chaque acide aminé incorporé dans la chaîne peptidique en cours de
synthèse.
Le ribosome lie les ARNt chargés sur le site A si leur anticodon s’apparie
avec le codon du messager à cet endroit. Ensuite le ribosome transfère le peptide
déjà synthétisé (ou, au début de la traduction, la méthionine initiale) sur le nouvel
acide aminé, apporté par l’ARNt chargé. Enfin, la dernière étape de chaque cycle
est le déplacement du ribosome par rapport au messager, afin de permettre la
lecture du codon suivant. La lecture du messager avance dans la direction 5’ 3’.
La synthèse de la protéine se poursuit de l’extrémité N-terminale vers l’extrémité
C-terminale.

174
 Figure 10.12. Élongation de la chaîne peptidique

L’incorporation de chaque acide aminé (figure 10.12) se fait en plusieurs

étapes:
La liaison de l’ARNt chargé sur le site libre A
L’hybridation du codon du messager au fond du site A avec l’anticodon
de l’ARNt ayant apporté le nouvel acide aminé, ce qui va permettre
l’incorporation de cet acide aminé
Un ribozyme (une séquence de l’ARN ribosomal 28S), à savoir la
peptidyle-transférase ribosomale – catalyse le transfert du peptide,
situé sur l’ARNt du site P, sur la fonction amine du nouvel acide aminé
L’énergie nécessaire à la synthèse de la liaison peptidique provient de
l’hydrolyse de la liaison riche en énergie entre le peptide et l’ARNt du
site P; ainsi, chaque acide aminé fournit l’énergie nécessaire pour
l’incorporation de l’acide aminé suivant (figure 10.13)
L’ARNt du site P reste libre et quitte le ribosome
Le messager et l’ARNt restant (couplé maintenant au peptide en cours
de synthèse) sont enfin déplacés du site A vers le site P; c’est la
translocation du messager (figure 10.14).

175
 Le cycle recommence par la lecture du codon suivant, qui se trouve
maintenant en regard du site A, redevenu libre.
L’addition de chaque acide aminé consomme quatre liaisons riches en
énergie:
Deux liaisons sont consommées par l’aminoacyl-tARN-synthétase
(hydrolyse d’un ATP en AMP et pyrophosphate)
Une liaison riche en énergie est nécessaire au recrutement de l’ARNt
avec un facteur d’élongation (hydrolyse d’un GTP)
Une liaison riche en énergie est consommée pour la translocation du
messager.

Figure 10.13. Formation de la liaison peptidique

Figure 10.14. Translocation du messager

176
 La traduction se déroule avec un taux d’erreur extrêmement réduit: un
acide aminé faux pour 10000 acides aminés incorporés. Il y a deux mécanismes qui
assurent cette exactitude:
L’action des aminoacyl-tARN-synthétases
La «vérification cinétique», c'est-à-dire le délai qui existe entre la
liaison de chaque ARNt chargé et la formation de la nouvelle liaison
peptidique; pendant cet intervalle de temps, l’hybridation
complémentaire entre le codon et l’anticodon doit se produire; sinon,
l’acide aminé est faux et il aura le temps de se dissocier avant d’être
incorporé dans la chaîne peptidique.

L’intervalle de temps nécessaire à la vérification cinétique est celui de

l’hydrolyse du GTP attaché au facteur d’élongation qui intervient dans le
recrutement de l’ARNt chargé (figure 10.15).

Figure 10.15. Vérification cinétique avant la synthèse de la liaison peptidique

10.8. Fin de la traduction

La translocation du messager permet la lecture consécutive des codons,
jusqu’à l’apparition d’un codon Stop (UAA, UAG, UGA) en face du site A. Ce codon
annonce la terminaison de la traduction (figure 10.16).
Il induit le recrutement d’un facteur de dissociation (eRF – eucaryotic
release factor) au lieu du nouvel ARNt chargé. Ce facteur se fixe sur le codon Stop
et détermine l’addition d’une molécule d’eau à la fin du polypeptide, libérant ainsi
son extrémité C-terminale.

177
 Les deux sous-unités du ribosome se dissocient et la protéine est libérée,
ainsi que le dernier ARN de transfert.

Figure 10.16. Fin de la traduction

10.9. Modifications post-traductionnelles

Aussitôt la synthèse de la chaîne peptidique achevée, elle sera modifiée
pour former la protéine fonctionnelle. De nombreuses modifications chimiques se
produisent après l’incorporation des acides aminés. On y distingue:
Les modifications co-traductionnelles qui se produisent alors que la
traduction se poursuit encore et que le peptide naissant est encore
attaché au ribosome (par exemple le clivage du peptide signal, situé à
l’extrémité N-terminale de la protéine)
Les modifications post-traductionnelles proprement dites.

La protéine mature qui en résulte est la forme chimique définitive de la

protéine, compatible avec ses fonctions biologiques.
Parmi les modifications post-traductionnelles on distingue:
La protéolyse limitée, c'est-à-dire la coupure d'un fragment du peptide
afin de le rendre actif (le peptide signal)
La glycosylation – l'attachement de restes glucidiques sur des sérines
ou des asparagines
L'hydroxylation des résidus proline ou lysine
La méthylation des histidines
La phosphorylation des résidus sérine, thréonine, tyrosine
La liaison d’un cofacteur (ion métallique, hème, coenzymes FAD ou
FMN).

178
 10.10. Mutations et polymorphismes
Les mutations sont des variations de la séquence de nucléotides faisant
partie des gènes ou de leurs éléments régulateurs. Les mutations provoquent de
nombreuses maladies, génériquement appelées maladies génétiques. Ces
modifications de la séquence de nucléotides affectent un ou plusieurs gènes.
Les mutations qui affectent un seul gène nucléaire se caractérisent par:
La faible prévalence (moins de 1%) dans la population générale
La transmission héréditaire, d’une génération à l’autre.

Les mutations survenues dans les cellules somatiques ne se transmettent

pas aux descendants, mais leur accumulation est progressive. L’influence des
facteurs environnementaux s’ajoute pour conduire éventuellement aux maladies
dégénératives et aux cancers. Ces mutations participent aussi aux mécanismes
moléculaires du vieillissement.
Les polymorphismes sont des variations fréquentes de la séquence de
l’ADN (environ 1-2% dans la population générale). Ils sont responsables des
différences entre les individus appartenant à la même espèce. Certaines
associations de polymorphismes prédisposent à l’apparition des maladies.
Plusieurs types de polymorphismes ont été décrits:
Les polymorphismes qui affectent un seul nucléotide (SNP single
nucleotide polymorphisms) sont des variations ponctuelles et
fréquentes de la séquence de nucléotides (environ 1/500–1/1000
paires de bases)
Les variations du nombre de répétitions des séquences d’ADN; ces
séquences (appelées mini- ou microsatellites) sont des répétitions en
tandem d’une même suite de nucléotides, de longueur variable.

179
 11. Molécules informationnelles
11.1. Systèmes de signalisation

Les organismes pluricellulaires sont constitués de tissus ayant des

spécialisations diverses. La communication intercellulaire est indispensable à
l’existence et au fonctionnement de ces organismes. Cette communication assure:
La réception et l’intégration des signaux provenant du milieu extérieur,
ce qui rend possible l’adaptation aux variations du milieu environnant
La réception et l’intégration des signaux provenant du milieu interne,
ce qui assure la coordination des fonctions de l’organisme
Le développement tissulaire et cellulaire.

L'absence de communication cellulaire conduit à la perte de la capacité

adaptative de l'organisme. La prolifération cellulaire devient incontrôlée, sans
corrélation avec les nécessités tissulaires, conduisant à l'apparition des cancers.
Les molécules informationnelles assurent la transmission des signaux biologiques.
Il s'agit d'informations concernant les événements internes ou externes.
Parmi les molécules informationnelles, les acides nucléiques transmettent
l’information génétique aux cellules qui se divisent et expriment cette information
sous la forme de protéines et de molécules d’ARN. Les systèmes de signalisation
intercellulaire utilisent un réseau de protéines constitué de récepteurs
membranaires ou intracellulaires, d'enzymes et de protéines de liaison au
cofacteur GTP.
Les molécules informationnelles sont reconnues par les cellules-cibles qui
reçoivent leur signal et le traduisent en un effet prédéterminé.

Les principales classes de molécules informationnelles sont:

Les amines biologiques, les acides aminés et leurs dérivés
(catécholamines, hormones thyroïdiennes, acide gamma-
aminobutyrique - GABA)
Les alcools dérivés des phospholipides (acétylcholine, phospho-
inositides)
Les protéines et les peptides (hormones peptidiques,
neurotransmetteurs, opioïdes, immunoglobulines, facteurs de
croissance, interférons)
Les nucléosides, les nucléotides et les acides nucléiques (adénosine,

180
 guanosine et leurs dérivés cycliques, acides nucléiques cellulaires et
exogènes)
Les acides gras, les phospholipides et les dérivés de l’acide rétinoïque
(rétinoïdes); les dérivés des acides gras, par exemple les hormones
eicosanoïdes (prostaglandines, thromboxanes, leucotriènes)
Les stérols (dérivés du cholestérol) et les hormones stéroïdiennes
(aldostérone, cortisol, oestrogènes, progestérone, testostérone)
Les ions de calcium ou le monoxyde d'azote.

L’extinction du signal survient rapidement et assure la réversibilité des

effets biologiques, ainsi que la possibilité d'agir pour contrôler la signalisation.

La signalisation extracellulaire représente la communication des signaux

provenant du milieu extérieur vers le milieu intracellulaire. Ses conséquences sont:
Les modifications du métabolisme cellulaire, selon la nature des
signaux reçus
Le développement cellulaire et tissulaire.

Quatre types de signalisation extracellulaire ont été décrits (figure 11.1):

La signalisation endocrine
La signalisation paracrine
La signalisation neuronale
La signalisation par contact direct entre les cellules.

La signalisation endocrine est réalisée par les hormones. Libérées par les
glandes endocrines dans la circulation, les hormones sont des molécules
informationnelles qui diffusent vers tous les tissus et sont finalement captées par
les cellules-cibles pourvues de récepteurs spécifiques.
La signalisation paracrine désigne la synthèse de médiateurs chimiques par
des cellules spécialisées. Contrairement aux hormones, ces médiateurs diffusent
localement, et se fixent sur les récepteurs spécialisés des cellules-cibles voisines.
Un cas particulier est celui de la signalisation autocrine. Dans ce cas, le médiateur
se fixe sur les récepteurs membranaires de la cellule qui l’a synthétisé.
La signalisation neuronale représente la transmission des
neurotransmetteurs à travers les synapses neuronales ou neuromusculaires. Les
cellules-cibles sont équipées de récepteurs spécifiques, capables de reconnaître et
de capter le neurotransmetteur.

181
 Figure 11.1. Types de signalisation extracellulaire
A – endocrine; B – paracrine; C – neuronale; D – par contact intercellulaire

Parmi les neurotransmetteurs, les plus importants sont: l’adrénaline, la

noradrénaline, l’acide gamma-aminobutyrique (GABA), la sérotonine,
l’acétylcholine.
La signalisation par contact direct entre les cellules survient lorsque la
cellule qui émet un signal synthétise une molécule informationnelle et la fixe
ensuite sur sa membrane. Ce signal sera reconnu par une cellule-cible qui possède
le récepteur spécifique, établissant ainsi un contact direct entre les deux cellules.
Ce type de signalisation intervient dans la communication des cellules
immunocompétentes.
À chaque moment, une cellule peut recevoir tous les signaux pour lesquels
elle dispose de récepteurs spécifiques. Il en résulte une grande variété de
stimulations qui influencent la division, la différenciation et les fonctions
cellulaires.

182
 Hormones
Les hormones sont des molécules informationnelles produites par les
glandes endocrines et transportées vers tous les tissus. La présence d’une
hormone est détectée au-dessus d’un certain taux par les cellules-cibles qui
possèdent un récepteur capable de la reconnaître spécifiquement.
Les hormones se caractérisent par des propriétés spécifiques:
L’activité biologique à des concentrations très réduites: 10-6–10-12M
L’interaction avec les cellules-cibles déclenchée par la liaison aux
récepteurs membranaires, cytoplasmiques ou nucléaires
Les effets spécifiques sur les cellules-cibles dépendent de la nature de
l’hormone, du récepteur et du métabolisme cellulaire.

L’action intracellulaire des hormones diffère selon leur nature chimique:

Les hormones liposolubles franchissent les membranes biologiques,
grâce à des transporteurs qui permettent le passage dans le
cytoplasme et dans le noyau, afin de s’y lier spécifiquement aux
récepteurs nucléaires pour former un complexe qui agit sur l’ADN, en
modifiant l’expression des gènes
Les hormones peptidiques ne peuvent pas franchir la membrane
cellulaire; ils se fixent sur les récepteurs membranaires et le complexe
hormone-récepteur induit la synthèse intracellulaire d’un second
messager, molécule qui transmet le message hormonal vers les
effecteurs cellulaires; il en résulte l'activation ou l'inhibition des
enzymes ou la modulation de l'expression des gènes.

Les cellules-cibles sont pourvues de récepteurs capables de traduire le

signal d’une molécule informationnelle en un effet spécifique de cette cellule et de
la molécule reconnue. Suite à leur action intracellulaire, les hormones seront
rapidement captées, inactivées, détruites ou excrétées.

Récepteurs
La membrane cellulaire est une barrière physiologique limitant les milieux
extra- et intracellulaires, qui constitue un obstacle pour certaines molécules. Les
récepteurs membranaires sont des protéines qui reconnaissent et lient les ligands
du milieu extérieur. Ils exercent souvent une activité enzymatique lorsqu’ils sont
liés à leur ligand.

183
 Les ligands sont des molécules informationnelles, porteuses d'un message
qui déclenche des modifications intracellulaires (hormones, neurotransmetteurs,
facteurs de croissance), ou bien des nutriments transportés par des protéines
spécifiques (par exemple le fer transporté par la transferrine, le cholestérol
apporté par les lipoprotéines).
Chaque récepteur interagit de manière stéreospécifique avec son ligand.
Cette interaction est déterminée par l’établissement de liaisons non-covalentes,
réversibles: attractions électrostatiques entre les charges opposées, interactions
hydrophobes si le ligand est hydrophobe, liaisons hydrogènes ou Van der Waals.
Ces interactions sont facilitées par la complémentarité spatiale entre les deux
molécules.

Figure 11.2. Structure du récepteur pour les lipoprotéines à faible densité

Les récepteurs membranaires présentent le site de fixation du ligand sur la

face externe de la membrane cellulaire (figure 11.2). La plupart de ces récepteurs
sont des glycoprotéines. De l’extrémité N-terminale à l’extrémité C-terminale, on y
distingue les domaines suivants:
Le domaine de liaison du ligand (extracellulaire) comporte les acides
aminés qui forment le site de fixation du ligand; la nature de ces acides
aminés diffère selon le type de ligand qui doit être reconnu
Le domaine glycosylé, toujours extracellulaire, comporte des acides
aminés (sérine, thréonine, asparagine) sur lesquels se fixent les
chaînons glucidiques
Le domaine transmembranaire est riche en acides aminés
hydrophobes qui traversent le milieu lipidique situé entre les deux
faces de la membrane

184
 Le domaine cytoplasmique déclenche la réponse cellulaire préconisée
par la liaison du ligand; ce domaine, riche en acides aminés polaires,
est en contact avec les protéines du cytosquelette qui participent aux
mouvements d’internalisation des complexes ligand-récepteur.

Les principales classes de récepteurs sont:

Les récepteurs membranaires, souvent capables d'une activité
enzymatique lorsqu'ils sont attachés aux ligands
Les récepteurs nucléaires qui participent au contrôle de l’expression
des gènes dans le noyau
Les canaux qui permettent la diffusion facilitée d’un composant
hydrophile
Les pompes qui utilisent des molécules riches en énergie pour faire
passer un ligand à travers une membrane, contre un gradient de
concentration.

Les récepteurs à sept domaines transmembranaires (figure 11.3) font

partie des récepteurs membranaires. Ils sont constitués de 7 domaines
hydrophobes par lesquels la chaîne peptidique traverse successivement la
membrane cellulaire d’une face à l’autre. Les acides aminés qui relient ces
domaines forment trois boucles sur chaque face de la membrane.

Figure 11.3. Structure d'un récepteur à sept domaines transmembranaires

L’extrémité N-terminale, extracellulaire, forme le site de liaison du ligand,

qui est une molécule informationnelle. L’extrémité C-terminale se situe dans le
cytoplasme, en relation avec le cytosquelette.

185
 Ces récepteurs sont couplés aux protéines G. Ils agissent en activant ces
protéines, afin de transmettre le message du ligand. Les effets de l’activation sont:
L’ouverture ou la fermeture d’un canal membranaire
L’activation ou l’inhibition des enzymes intracellulaires participantes à
la transmission des signaux (l'adénylate-cyclase, la phosphodiestérase,
la phospholipase C).

Protéines G
Les protéines G sont des enzymes membranaires qui fixent une molécule
de GTP et l’hydrolysent aussitôt, sous l’influence d’un signal d’activation, en GDP
et acide phosphorique. Elles sont attachées à la surface interne de la membrane
cellulaire par une ancre lipidique. Les protéines G trimériques sont formées de
trois sous-unités: alpha, bêta et gamma (figure 11.4).
La sous-unité alpha présente plusieurs sites de liaison:
Le site de liaison au récepteur membranaire
Le site catalytique d’hydrolyse du GTP
Le site de liaison aux effecteurs cellulaires, le plus souvent représentés
par l'enzyme adénylate-cyclase.

Les sous-unités alpha peuvent activer, ou, au contraire, inhiber

l’adénylate-cyclase. Cette propriété permet de classifier les protéines G en
protéines stimulatrices et respectivement, inhibitrices, par rapport à l’adénylate-
cyclase membranaire.
Les sous-unités bêta et gamma portent des sites de liaison avec d’autres
effecteurs. Elles participent aussi à la transmission des signaux.
Lorsqu’elles sont liées au GDP, les protéines G sont inactives. La
transmission du signal est initiée lors de la fixation d’un GTP, qui survient lorsqu'un
ligand se fixe au récepteur membranaire. Il en résulte une dissociation des sous-
unités, permettant à la sous-unité alpha de se lier et de moduler l'activité de
l’adénylate-cyclase, dont l’action consiste à synthétiser un second messager, l'AMP
cyclique (AMPc). Ce messager est responsable des effets intracellulaires de la
molécule informationnelle liée au récepteur membranaire.
Des protéines régulatrices activent ou inhibent la liaison du GTP, ou la
dissociation du GDP, permettant de contrôler l’activité des protéines G. Par son
activité enzymatique, la sous-unité alpha va finalement hydrolyser le GTP en GDP,
permettant la réassociation avec les sous-unités β et γ pour redémarrer un
nouveau cycle.

186
 Figure 11.4. Structure des protéines G

Les protéines G jouent un rôle essentiel dans la transmission des signaux

biologiques. Toute modification de leur fonction entraîne des conséquences
pathologiques:
L'impossibilité d'extinction du signal conduit à une signalisation
excessive, voire permanente; c'est le cas des cancers causés par des
mutations survenues dans les sous-unités alpha inhibitrices et du
syndrome McCune-Albright causé par une mutation embryonnaire des
sous-unités alpha stimulatrices; les exotoxines bactériennes (toxine
cholérique et pertussique) bloquent les protéines G dans leur état
actif, suite à une modification permanente des sous-unités alpha; il en
résulte une signalisation permanente, responsable des effets cliniques
observés en cas d’intoxication
La déficience ou l’absence totale d’une sous-unité conduit à l’absence
du signal (l’aveuglement nocturne est causé par une mutation de la
sous-unité alpha inhibitrice, le pseudo-hypoparathyroïdisme de type Ia
est causé par une mutation de la sous-unité alpha stimulatrice)
L’initiation aberrante du signal conduit à une signalisation excessive;
c'est le cas de l’hypertension artérielle essentielle causée par une
mutation de la sous-unité bêta.

Des agents pharmacologiques agissant sur les protéines G ou sur la voie de

signalisation dépendante de leur action sont employés couramment pour induire
la prolongation ou l’amplification du signal:

187
 Les analogues non-hydrolysables du GTP
Les activateurs de l’adénylate-cyclase
Les méthyl-xanthines, comme la caféine ou la théobromine, qui
agissent comme inhibiteurs de la phosphodiestérase, enzyme qui
hydrolyse les seconds messagers et participe ainsi à l’extinction du
signal.

Seconds messagers
La liaison des hormones peptidiques sur leurs récepteurs membranaires
déclenche la synthèse intracellulaire d’une autre molécule informationnelle,
appelée second messager. Celui-ci transmettra à son tour le signal aux enzymes
régulatrices des voies métaboliques ou bien aux facteurs de transcription qui
contrôlent l’expression des gènes.
On connaît plusieurs classes de seconds messagers (figure 11.5):
Les ions (Ca++, H+)
Les inositol-phosphates
Les nucléotides cycliques – l’AMP ou le GMP cyclique
Les diglycérides, le cholestérol, les céramides
Le monoxyde d’azote (NO).

Figure 11.5. Exemples de seconds messagers

188
 L’AMP cyclique (AMPc) est le produit de l’enzyme adénylate-cyclase qui
hydrolyse l’ATP pour former une liaison ester interne. L’AMPc active les protéine-
kinases A (AMPc-dépendantes), qui catalysent la phosphorylation des enzymes-clé
des voies métaboliques.
Le GMP cyclique (GMPc) est produit par la guanylate-cyclase, à partir du
GTP. C’est un second messager antagoniste de l’AMPc.
Les enzymes activées par les seconds messagers sont souvent des
protéine-kinases qui transfèrent un radical phosphate provenant de l’ATP sur une
protéine. En fonction de la nature de la protéine, cette phosphorylation réversible
induit l’activation ou au contraire, l’inactivation de celle-ci.
Le phosphate estérifie la fonction alcool d’une sérine ou d’une thréonine
(Sér/Thr-protéine-kinases), ou bien la fonction phénol d’une tyrosine (Tyr-
protéine-kinases).
Les Ser/Thr-protéine-kinases sont activées par les seconds messagers AMP
ou GMP cyclique. D’autres protéine-kinases sont activées par les diglycérides ou
les ions de Ca++.
Parmi les Tyr-protéine-kinases, certaines sont activées directement par la
formation du complexe ligand-récepteur. Par exemple, le récepteur de l’insuline
ou les récepteurs des facteurs de croissance possèdent aussi une activité
enzymatique, de type tyrosine-kinase.
Dans toutes les voies de transmission de signaux faisant appel à la
phosphorylation d’une protéine, catalysée par une protéine-kinase, l’extinction du
signal dépend d’une autre enzyme qui hydrolyse rapidement la liaison ester entre
le phosphate et la protéine: c’est la phosphoprotéine-phosphatase (ou protéine-
phosphatase). Certaines protéines-phosphatases déphosphorylent les sérines ou
les thréonines, d’autres sont spécifiques des tyrosines-phosphorylées.
Le cycle de phosphorylation-déphosphorylation des protéines (figure 11.6)
est entièrement réversible. Son rôle est de permettre la régulation rapide de
l’activité des protéines.

Figure 11.6. Phosphorylation et déphosphorylation réversible des protéines

189
 Certaines protéine-kinases sont à leur tour activées par phosphorylation
sous l’effet d’une autre protéine-kinase, de sorte qu’il se crée des cascades de
phosphorylations qui amplifient le signal, car chaque molécule activée agit à son
tour sur plusieurs molécules de substrat (figure 11.7). L’amplification finale qui en
résulte est d'au moins 104 fois, ce qui explique pourquoi une seule molécule
informationnelle qui se fixe sur son récepteur membranaire suffit pour induire des
effets intracellulaires remarquables.

Figure 11.7. Cascades d’amplification dans la transmission des signaux

biologiques

11.2. Signalisation par la voie la voie des nucléotides cycliques

La transmission intracellulaire des signaux fait appel à plusieurs réseaux de
signalisation, qui diffèrent par les seconds messagers employés et par leurs effets
sur le métabolisme cellulaire:
La voie des nucléotides cycliques
La voie des phosphoinositides et des diglycérides
La voie des tyrosine-kinases
La voie des récepteurs nucléaires
La voie de signalisation par le monoxyde d’azote.

190
 Les seconds messagers de la voie des nucléotides cycliques sont l’AMP
cyclique (AMPc) et le GMP cyclique (GMPc) (figure 11.8).

Figure 11.8. Structure de l’AMPc (à gauche) et du GMPc (à droite)

Cette voie de signalisation comporte plusieurs événements (figure 11.9)

déclenchés par la formation du complexe membranaire ligand-récepteur:
Les récepteurs membranaires couplés aux protéines G reconnaissent
les molécules informationnelles comme les catécholamines,
l’acétylcholine ou le glucagon
La liaison des hormones sur leurs récepteurs active les protéines G
trimériques, qui activent à leur tour l'adénylate-cyclase, enzyme
membranaire qui synthétise l’AMPc à partir de l’ATP
L’AMPc agit comme second messager et active les protéine-kinases A
(AMPc-dépendantes)
Ces kinases possèdent quatre sous-unités, deux sous-unités
catalytiques (C) et deux sous-unités régulatrices (R); dans cet état elles
sont inactives
L’AMPc se lie aux sous-unités R et libère ainsi les sous-unités C qui
deviennent actives, c'est-à-dire capables de phosphoryler leurs
substrats
Une fois actives, ces kinases phosphorylent les enzymes-clé des voies
métaboliques et les facteurs de transcription
Les enzymes phosphorylées deviennent actives, ou, au contraire,
inactives; la phosphorylation permet d’activer ou d’inhiber les
réactions catalysées et donc de contrôler le déroulement des voies

191
 métaboliques; la phosphorylation des facteurs de transcription permet
de réguler la transcription des gènes
L’AMPc est enfin hydrolysé en 5’AMP par une phosphodiestérase,
activée par l’insuline, ce qui induit la disparition du signal
Le GMPc est un second messager qui agit comme antagoniste de
l’AMPc sur les protéine-kinases A.

Figure 11.9. Transmission des signaux par la voie des nucléotides cycliques

Hormones agissant par la voie des nucléotides cycliques

Les récepteurs bêta-adrénergiques pour les catécholamines et le glucagon
utilisent l’AMPc comme second messager.
L’adrénaline (épinéphrine) est une hormone de réponse au stress, sécrétée
par les glandes médullosurrénales. Ses effets permettent de faire face aux besoins
énergétiques imprévus, par exemple les activités physiques ou les situations
dangereuses. Elle augmente le taux intracellulaire d’AMPc, produisant les effets
suivants:

192
 Activation de la néoglucogenèse (synthèse hépatique du glucose)
Activation de la glycogénolyse (libération du glucose à partir des
réserves)
Inhibition de la glycogénogenèse (stockage du glucose)
Activation de la lipolyse (dégradation des triglycérides de réserve par
la lipase hormono-sensible)
Inhibition de la lipogenèse (synthèse des acides gras)
L’adrénaline est aussi sympathomimétique; elle accélère la fréquence
cardiaque, ce qui augmente l’oxygène disponible pour la chaîne
respiratoire mitochondriale.

Le glucagon est un peptide hyperglycémiant sécrété par le pancréas, dès

que la glycémie devient inférieure aux valeurs normales. C’est une hormone qui
augmente le taux intracellulaire d’AMPc, surtout dans le foie, produisant les effets
suivants:
Activation de la néoglucogenèse
Activation de la glycogénolyse
Inhibition de la glycogénogenèse
Activation de la lipolyse
Inhibition de la lipogenèse et de la synthèse du cholestérol.

L’insuline, dont l’action est antagoniste à celle du glucagon, agit en

activant une phosphodiestérase cellulaire qui hydrolyse l’AMPc en 5’AMP. Cette
action explique la disparition des effets métaboliques du glucagon.

11.3. Signalisation par la voie des phosphoinositides et des

diglycérides
La voie des phosphoinositides et des diglycérides est un autre réseau de
signalisation intracellulaire, déclenché par la liaison de molécules
informationnelles sur d’autres types de récepteurs membranaires.
Les phospholipases sont des enzymes qui hydrolysent les liaisons ester des
phospholipides. Plus spécifiquement, les phospholipases C hydrolysent la liaison
entre le phosphate et la fonction alcool primaire, libérant un diglycéride et un
phosphoalcool (figure 11.10). Il y a plusieurs espèces de phospholipases C:
La phospholipase C-bêta, activée par les récepteurs couplés aux
protéines G

193
 La phospholipase C-gamma, activée par les récepteurs à activité de
type tyrosine-kinase
La phospholipase C-delta, activée par l’inositol-triphosphate.

Figure 11.10. PIP2 et les seconds messagers engendrés par son hydrolyse: IP3 et
DG

Le phosphatidyl-inositol-diphosphate (PIP2) est un phospholipide

membranaire, dont l’hydrolyse par les phospholipases C (figure 11.10), fait
apparaître deux seconds messagers: les diglycérides (DG) et l’inositol-1,4,5,-
triphosphate (IP3).
Les diglycérides (DG) sont des seconds messagers qui agissent en activant
les protéine-kinases C (calcium-calmoduline dépendantes).
L’inositol-triphosphate (IP3) est un second messager qui facilite la
libération cytoplasmique du calcium contenu dans les citernes du réticulum
endoplasmique. L’inositol-tétraphosphate (IP4) est obtenu par une nouvelle
phosphorylation de l’IP3. Il agit spécifiquement sur les canaux de calcium de la
membrane cellulaire, permettant l’entrée du Ca++ extracellulaire.
La dégradation d'IP3 par une phosphatase provoque l’extinction du signal.

194
 Figure 11.11. Signalisation par la voie des phosphoinositides et des diglycérides

Les étapes de la transmission du signal (figure 11.11) sont:

Les récepteurs alpha-adrénergiques couplés aux protéines G et liés à la
phospholipase C fixent leur ligand (la molécule informationnelle)
La phospholipase C-bêta hydrolyse le phosphatidyl-inositol-
disphosphate (PIP2) membranaire et libère deux seconds messagers:
l’inositol-1,4,5-triphosphate (IP3) et les diglycérides (DG)
IP3 libéré dans le cytoplasme est reconnu par un récepteur de la
membrane du réticulum endoplasmique; ceci déclenche l'ouverture
d'un canal de calcium, libérant les ions de Ca++, normalement
séquestrés dans les citernes du réticulum endoplasmique
IP3 active aussi les canaux de la membrane plasmique, permettant
l’entrée du Ca++ extracellulaire dans le cytoplasme
Les diglycérides (DG) activent les protéine-kinases C; une autre
protéine-kinase C inactive du cytoplasme est transportée vers la
membrane cellulaire, où elle est rendue active.

Il en résulte une forte augmentation de la concentration du calcium

intracellulaire (de 0,01–0,1 M à l’état initial jusqu’à 1-10 M). Les ions de calcium
sont libérés instantanément sous l’action d’IP3 comme second messager.
Le Ca++ cytoplasmique est fixé par une protéine appelée calmoduline,
apparentée à la troponine C. Le complexe calcium-calmoduline active les protéine-
kinases CaM qui phosphorylent les protéines cellulaires, induisant plusieurs effets
métaboliques:

195
 L'activation de la phosphodiestérase
La contraction des fibres musculaires lisses
La stimulation des mouvements du fuseau mitotique (présent lors de
la division cellulaire)
L'activation de la glycogénolyse et inhibition de la glycogénogénèse
L'activation de la NO-synthétase (enzyme qui synthétise un autre
messager intracellulaire, le monoxyde d’azote).

Les ions de Ca++ se fixent aussi sur la troponine C, initiant la contraction

musculaire. Dans les cellules pancréatiques, l’augmentation du calcium
intracellulaire induit la sécrétion d’insuline.
Parmi les hormones qui agissent par les seconds messagers IP3 et DG, les
plus important sont: l’acétylcholine, la vasopressine, l’angiotensine, l’histamine, la
gastrine.
L’extinction du signal et la reconstitution des phosphoinositides
membranaires se fait par une voie métabolique qui porte le nom de cycle des
phosphoinositides.
L’hydrolyse des diglycérides est catalysée par une lipase, qui les
transforme en monoglycérides. L’action catalytique de la diglycéride-lipase libère
l’acide arachidonique, précurseur des hormones eicosanoïdes, une autre classe de
molécules informationnelles.

11.4. Signalisation par la voie des tyrosine-kinases

Les récepteurs ayant une activité enzymatique de type tyrosine-kinase
possèdent un domaine cytoplasmique responsable de cette activité. Sur ce
domaine on retrouve un site de liaison de l’ATP (coenzyme donneur d’énergie et
du phosphate) et un site de liaison du substrat. Ce dernier est une protéine dont
un résidu tyrosine sera phosphorylé sur la fonction phénol.
Ces récepteurs sont des dimères et chaque sous-unité est capable de
phosphoryler aussi une tyrosine de l’autre sous-unité, appartenant au même
récepteur. Ainsi, ces récepteurs sont capables d’auto-phosphorylation induite par
la liaison de leurs ligands.
Le récepteur de l’insuline est un dimère (figure 11.12). La liaison de
l’insuline déclenche l’activité enzymatique du récepteur (action de type tyrosine-
kinase), qui phosphoryle le récepteur lui-même (autophosphorylation), ainsi que
d’autres tyrosines appartenant aux protéines cytoplasmiques. Une cascade de

196
phosphorylations est initiée, caractérisée par l'activation successive des tyrosine-
kinases. Ces réactions s’achèvent par la phosphorylation d’une sérine-kinase
spécifique de l’insuline.

Figure 11.12. Structure du récepteur de l’insuline

Cette sérine-kinase phosphoryle et active ainsi les protéine-phosphatases

cytoplasmiques. Finalement, celles-ci hydrolysent les enzymes intracellulaires qui
étaient phosphorylées.
Le signal de l’insuline se traduit donc par l’activation finale des
phosphoprotéine-phosphatases. Ces dernières contrôlent la déphosphorylation
des enzymes intracellulaires, responsable des effets métaboliques de l’insuline.
L’extinction du signal résulte de la rephosphorylation des protéines ainsi
déphosphorylées, par l'action des protéine-kinases AMPc-dépendantes (protéine-
kinases A), des diglycérides et de la protéine-kinase C (calcium-calmoduline
dépendante).
L’insuline est une hormone peptidique sécrétée par le pancréas au cours
de la digestion, dès que la glycémie excède les valeurs normales. C’est une
hormone hypoglycémiante: elle favorise le retour de la glycémie aux valeurs
normales. L’insuline active aussi les transporteurs du glucose dans les membranes
cellulaires, favorisant le transport actif du glucose vers le cytoplasme.

197
 Ses effets métaboliques sont le résultat de la diminution du taux
intracellulaire des seconds messagers AMPc et Ca++ et de l’activation de la voie des
tyrosine-kinases:
Inhibition de la néoglucogenèse
Activation de la glycogénogenèse
Inhibition de la glycogénolyse
Activation de la lipogenèse
Inhibition de la lipolyse.

11.5. Signalisation par le monoxyde d’azote

Le monoxyde d’azote est un second messager, dont la synthèse dépend de
l’enzyme NO-synthétase, active en présence de ses cofacteurs NADPH, FAD, FMN,
bioptérine:
Arginine + O2 Citrulline + NO + H2O

Plusieurs isoformes tissulaires de l’enzyme ont été décrites, différentes par

leur localisation et leur rôle biologique:
L’enzyme endothéliale (eNOS) est importante dans le contrôle de la
vasodilatation; son activation est dépendante du taux de Ca++
intracellulaire
L’enzyme neuronale (nNOS) est importante dans la communication
neuronale; son activation est dépendante du Ca++
L’enzyme présente dans la plupart des cellules nucléées, surtout les
macrophages (iNOS) est impliquée dans la défense immunitaire; son
activation est indépendante de la concentration du Ca++.

Le monoxyde d’azote est un radical instable, impliqué dans plusieurs

processus physiologiques. C’est un gaz facilement diffusible, capable de franchir les
membranes cellulaires. Son rôle de messager de la communication intercellulaire
s’exerce surtout dans le système nerveux central.
Le monoxyde d’azote est aussi un important agent vasodilatateur. Il active
la guanylate-cyclase qui transforme le GTP en GMPc, second messager qui induit la
relaxation des muscles lisses des parois vasculaires. La vasodilatation qui en résulte
explique l'usage des nitro-dérivés comme médicaments vasodilatateurs
(nitroglycérine, nitroprussiate). Ce messager participe aussi à la réponse
immunitaire anti-tumorale et antiparasitaire.

198
 11.6. Signalisation par la voie des récepteurs nucléaires
Les molécules informationnelles hydrophobes (stérols, stéroïdes, dérivés
des acides gras) franchissent les membranes biologiques pour se lier aux
récepteurs nucléaires. Ils forment un complexe hormone – récepteur qui va se lier
directement à l’ADN sur des séquences spécifiques appelées éléments de réponse
aux hormones (hormone responsive elements). Cette liaison permet de d'activer,
ou, au contraire, de réprimer la transcription des gènes adjacents (figure 11.13).
Des facteurs intermédiaires sont quelquefois nécessaires à cette régulation.
Parmi les messagers utilisant cette voie, les hormones thyroïdiennes
franchissent la membrane cellulaire grâce aux transporteurs spécifiques. Parvenue
dans le cytoplasme, la thyroxine (T4) est activée par une 5’-désiodase qui la
transforme en tri-iodothyronine (T3), qui traverse la membrane nucléaire. Son
récepteur nucléaire est un facteur trans-régulateur qui interagit avec l’ADN, sur la
séquence T3RE. La liaison du complexe hormone – récepteur sur ce type de
séquence permet de moduler l'expression du gène situé en aval.

Figure 11.13. Action du complexe hormone – récepteur nucléaire

Les hormones thyroïdiennes contrôlent la transcription des gènes

intervenant dans l’embryogenèse, la croissance (expression du gène de l’hormone
de croissance) et le développement cérébral.
Les hormones thyroïdiennes sont aussi des découplants de la chaîne
respiratoire mitochondriale, ce qui entraîne les effets suivants:
L’activation des oxydations cellulaires, avec production
supplémentaire de chaleur (la thermogenèse)
L’activation des voies énergétiques d'oxydation des glucides et des
lipides.

199
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