p rintele biochimiei
1950 James D. Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins structura ADNului 1962 premiul Nobel pentru Medicin
rolul genelor
premiul Nobel
BIOCHIMIA
1. Structuri celulare implicate n procesele biochimice 2. Apa rolul ei n procesele biochimice 3. Macro- i microelementele cu implica ii biochimice 4. Enzimele 5. Vitaminele 6. Metabolismul oxidativ 7. Metabolismul glucidic 8. Metabolismul proteic 9. Metabolismul lipidic 10. Acizi nucleici 11. Metabolismul hormonal
Membrana celular
- membran semipermeabil - asigur schimburile cu exteriorul celulei - men ine pH-ul celular - men ine compozi ia constant a mediului intern i poten ialul electric
Membrana celular
Compozi ie - lipide fosfolipide, colesterol, glicolipide - proteine vehiculante transport aminoacizi, ioni, glucoz - canaliculare canale hidrofile pentru molecule mici - receptoare comunicarea ntre celule - enzimatice au propriet i catalitice - semnalizatoare markeri individuali
Reticulul endoplasmatic
- sistem canalicular, anastomozat - membran cu strat dublu lipidic - RE neted con ine enzime implicate n sinteza glucidelor, fosfolipidelor, acizilor gra i - RE rugos con ine pe suprafa ribozomii
Lizozomii
- forma iuni granulare sferice, 0,4-1 m - con in enzime: proteaze, nucleaze, fosfataze, glicozidaze, lipaze - enzime latente ; pH 5 - s cule e de sinucidere - lipsa congenital a unor enzime lizozomale acumularea substratului - boala von Gierke deficit de glucozo-6-fosfataz - boala Gaucher deficit de glucocerebrozidaz - boala Tay-Sachs deficit de hexozaminidaz A ( -N-acetil-hexozaminidaz ) - deficit de glucozo-6-fosfat-dehidrogenaz susceptibilitate crescut a hematiilor fa de oxidan i acumulare de glicogen
Peroxizomii
- n cantitate mare n ficat - con in enzime ce degradeaz aa i AG - are loc sinteza de H2O2 care este inactivat de catalaz
Ribozomii
Mitocondriile
- 2 membrane lipidice - membrana extern - membrana intern enzime implicate n CATC, MAO sisteme de transport
- matricea enzime pentru -oxidarea AG, CATC - criste oxizomi enzimele lan ului respirator compu i macroergici termocentralele celulelor
Aparatul Golgi
Nucleul
- membran lipoproteic dubl - con ine ADN, ARN, nucleotide, proteine (histone) - ADN ARNm proteine
- 45-75% din greutatea corporal - depinde de: - vrst - sex - adipozitate - tipul esutului - forme apa liber - apa structurat - apa legat - distribu ie intracelular 55% - K+, PO43- extracelular 45% - Na+, Cl-
Structur molecular - tetraedru neregulat - ntre molecule exist leg turi de hidrogen - este un dipol electric - disociaz
H2O ' H+ + HO-
H+ HOK= H2 O
Rol n organism - structural n structura celulei, esuturilor - biochimic reactant, produs de reac ie - solvent - mediu transportor - lubrifiant - termoreglator
Sisteme tampon
- men in pH-ul constant - compozi ie - acid slab + baz conjugat - baz slab + acid conjugat
- ecua ia Henderson-Hasselbach
pH = pKa + log baza conjugata acid conjugat
Sisteme tampon - H2CO3 / HCO3- Na2HPO4 / NaH2PO4 - pretein / proteinat - hemoglobin / hemoglobinat - pH normal = 7,4 - varia ii fiziologice somn, vrst Modific ri pH < 7,3 acidoz pH = 7 stare comatoas pH = 6,8 deces pH > 7,42 alcaloz pH = 7,6-7,8 com pH = 8 - deces
Sodiu -142 mEq/L - distribu ia apei n organism i reglarea presiunii osmotice - realizarea echilibrului ionic - transmiterea inpulsului nervos - contrac ia mu chiului cardiac
Potasiu - 3,1- 5,1 mEq/L - func ia neuronilor - contractilitatea muscular - respira ia celular - activitatea cardiac Calciu - 4,5- 5,3 mEq/L - reduce excitabilitatea neuromuscular - regleaz secre ia glandelor endocrine - coagularea sngelui - activeaz enzime - integritatea i permeabilitatea membranei celulare
Fosfor - 0,78-1,51 mmoli/L - 75% - hidroxiapatita din oase - 25% - combina ii organice fosfolipide, nucleotide, acizi nucleici, compu i macroergici
Magneziu - 1,5- 2,5 mEq/L - activator enzimatic - men ine structura ADN, ARN, ribozomi
Fier - femei 0,8-1,3 mg/L - b rba i 0,9-1,5 mg/L - structura hemoglobinei, metaloproteinelor (mioglobin , citocromi) - grup ri prostetice ale enzimelor - induce sau stimuleaz procesele oxidative
Sulf - structura tioaminoacizilor, proteinelor - structura enzimelor citocrom c oxidaza - structura unor grupe func ionale enzimatice coenzima A
ENZIME
- enzime sau fermen i - proteine sintetizate n celule - catalizeaz reac iile biochimice biocatalizatori - avantaje fa de catalizatorii chimici
- vitez mare de reac ie - condi ii blnde de reac ie 37oC, p. atm., pH - specificitate de reac ie - reglarea direct sau indirect a activit ii - catalizeaz reac ii endoterme prin intermediul unor reac ii exoterme
ENZIME
Structura enzimelor - proteine simple - heteroproteine partea proteic apoprotein (apoenzim ) specificitate de substrat - partea neproteic cofactor ac iunea catalitic - organic (coenzim ), - anorganic (ioni metalici)
- nucleoproteine
Structura enzimelor - primar - succesiune de aa - secundar - ter iar - cuaternar orientarea spa ial leg. de H
Situsuri catalitice
ENZIME
- III Comisia de Enzimologie a Uniunii Interna ionale de Biochimie i Biologie Molecular (IUBMB) substrat + reac ia + -az (glucozo-6-fosfat-dehidrogenaz ) - cod EC xxxx
Denumirea enzimelor
- EC 1.1.1.1. alcool dehidrogenaza EC 1. oxido-reductaz EC 1.1. ac ioneaz asupra compu ilor cu gr. CH-OH EC 1.1.1. NAD+ sau NADP+ este acceptorul de H EC 1.1.1.1. NAD+ este acceptorul de H
Denumirea enzimelor
- EC 2.1.1.1. nicotinamid-N-metil transferaza EC 2. transferaz EC 2.1. transfer un grup de 1 at. de C EC 2.1.1. transfer un grup metil EC 2.1.1.1. donorul este metionina
S-adenozil-L-metionina + nicotinamida
S-adenozil-L-homocisteina + 1-metil-nicotinamida
Localizarea enzimelor
- nespecific - specific n toate esuturile pepsina, tripsina, H. tiroidieni
- nucleu ADN-giraza, ADN-polimeraza - lizozomi enzime degradative - ribozomi sinteza de proteine - RE sinteza de glicogen, glicoproteine, CYP 450 - mitocondrii respira ia celular , fosforilarea oxidativ , MAO, fosfolipaza A2 - aparatul Golgi procesarea proteinelor
Proenzime
- zimogeni - activare prin hidroliz limitat a unui peptid terminal - ndep rtarea unui oligopeptid din interiorul moleculei - metode de activare - chimic mediul acid pepsinogen tripsinogen
tri si oge
pepsin
- autocatalitic - catalitic -
tripsin
e teroki aza + tri si a
proelastaza
tripsi a
elastaza
vitamina K
anticoagulante cumarinice
protrombina
heparina
fibrina insolubila
plasminogen
+
urokinaza streptokinaza
Izoenzime
- au acelea i propriet i enzimatice, dar structur primar u or diferen iat , propriet i cinetice i electroforetice diferite - sunt specifice enzimelor cu structur cuaternar - eviden iate n acela i organism - numerotate n func ie de propriet ile electroforetice 1 .... N
Clasificarea enzimelor - dup sistemul IUBMB 1. Oxidoreductaze 2. Transferaze 3. Hidrolaze 4. Liaze 5. Izomeraze 6. Ligaze
1. Oxido-reductaze
ox1 + red2 red1 + ox2
1. 1. Dehidrogenaze
- H de la grupe func ionale ( -CH2-OH, -CHO, -CH2-NH2), nucleotide (NADH, NADPH) la substrat n absen a oxigenului - oxidare anaerob AH2 + B A + BH2
ADH
CH3-CH2-OH +
NAD+
CH3-CHO + NADH + H+
1. 2. Oxidaze
- H de la substrat la oxigen H2O sau H2O2 - oxidare aerob AH2 + O2 A + H2O AH2 + O2 A + H2O2
1. 3. Oxigenaze
- introduc atomi de oxigen n molecul
1.3.1. Monooxigenaze (hidroxilaze) AH + O2 + BH2 A-OH + B + H2O - CYP 450 - CYP450 (hemoprotein ) substratul i O2 - NADPH-CYP450 reductaza - fosfatidilcolina
RH + O2 + 2H+ + 2e ROH + H2O
1.3.2. Dioxigenaze A + O2
CH2-CH-COOH N triptofa NH2 + O2
AO2
C-CH 2-CH-COOH O NH2 NH-CHO N-formil-ki rei a
1. 4. Hidroperoxidaze
- catalaza H2O2 + H2O2 2 H2O + O2 H2O2 + AH2 2 H2O + A
2. Transferaze
A + BC AB + C
2. 1. Aminotransferaze
R1-CH-COOH NH2 + R2-C-COOH O R1-C-COOH O + R2-CH-COOH NH2
2. 2. Kinaze
-glucoza + ATP hexokinaze I, II, III, IV glucozo-6-fosfat + ADP
2. 3. Glicoziltransferaze
glu-UDP + -(glu)n-1-
hexozil transferaza
glicogen + UDP
2. 4. Metiltransferaze
S-adenozil-metionina + dopamina COMT 3-metoxi-tiramina + S-adenozil-homocisteina
3. Hidrolaze
AB + H2O A-OH + BH
tripsina
-NH-CH-CO-NH-CH-CO- + H2O R1 R2 proteaza -NH-CH-COOH + H2N-CH-COR2 R1
trigliceride + H2O
lipaza
4. Liaze
- catalizeaz eliminarea din molecule CO2, H2O, NH3
4. 1. Decarboxilaze
CH3-C-COOH O piruvat decarbo ilaza CH3-CHO + CO 2
acid glutamic
glutamat decarboxilaza
GABA + CO2
4. 2. Dehidraze
acid citric
citrat dehidraza
5. Izomeraze
- catalizeaz transformarea izomerilor optici sau structurali
5. 1. Epimeraze (racemaze)
L-serina serin racemaza D-serina
5. 2. Mutaze
fosfogluco mutaza
glu-6-fosfat
glu-1-fosfat
6. Ligaze (sintetaze)
- C-C; C-N; C-S; C-O
Etape - recunoa terea substratului, fixarea substratului - transformarea substratului - eliberarea produsului de reac ie - refacerea enzimei
Centru activ (situs activ) preformat, dup activarea enzimei -COOH acid glutamic, acid aspartic, lizin -OH serin , tirozin -SH cistein -heterociclu histidin - aminoacizi adiacen i centrului catalitic
Centru activ (situs activ) format din: - centrul de recunoa tere - centrul catalitic
Ex. acetilcolinesteraza - centru de recunoa tere centru anionic COO- din acid aspartic - centru catalitic (esterazic) - OH din serin , rest histidin
H3C H3C N+-CH2-CH 2- O-C- CH 3 H 3C O acetilcoli a
Specificitatea enzimelor
- de reac ie enzima catalizeaz un singur tip de reac ie - lactat-dehidrogenaza, glucozo-6-fosfataza - excep ie enzime piridoxalfosfat dependente (transaminare, decarboxilare, aldolizare)
gl -6-fosfat izomeraza fosfogl co m taza gl -6-fosfat gl cozo-6-fosfat e i roge aza gl -6-fosfataza aci 6-fosfogl co ic gl coza + H 3PO4 fr -6-fosfat gl -1-fosfat
- de substrat enzima ac ioneaz asupra unui substrat sau grupuri de substrate nrudite chimic - tipuri - absolut - relativ anhidraza carbonic , ureaza, catalaza alcool dehidrogenaza
ADH ADH ADH
- larg
- stereochimic
enzima transform un singur tip de izomer sau determin formarea unui tip de izomer geometric sau optic
- proteaze pentru L-aa - maltaza leg turi -glicozidice - lactat dehidrogenaza acid L-lactic n acid piruvic - enzime glucolitice doar izomerii D ai glucozei - succinat dehidrogenaza acid succinic n acid fumaric (nu acid maleic)
Cinetica enzimatic
- substrat activat - energie liber de activare 1 mol substrat la temp. T, n stare de tranzi ie (kcal/mol) - enzimele reduc energia de activare
E
Cre terea vitezei reac iei enzimatice - fixarea substratului optim pentru atacul enzimatic - adaptarea indus a structurii enzimatice - interac iunea gr. NH2 sau COOH din centrul catalitic cu substratul - fixarea covalent a unei por iuni de substrat
E + P
Exprimarea vitezei de reac ie mol/s, mg/s, mol/min, mg/min Nr de turnover = nr. molec substrat transf de 1 molecul de enzim n 1 s UI = cantit de enzim care transform 1 mol substrat, la 25oC, pH optim Katal = cantit de enzim care transform 1 mol substrat n 1 s
Influen a pH-ului - pH optim acid (pepsina, enzime lizozomale), neutru, bazic (tripsina, chimotripsina) -modificarea pH-ului - modificarea gradului de ionizare a grupelor func ionale - denaturarea structurii proteice - ionizarea substratului
v = k [E] v = [P] / t
k [E] = [P] / t
[E] = [P] / k t
[E] ~ [P]
v1 = k1 [E] [S] v2 = k2 [ES] v0 = k3 [ES] v1 = v2 + v0 k1 [E] [S] = [ES] (k2 + k3) k1 [E] [S] = k3 [ES] + k2 [ES]
KM =
KM
vo = vma
[S] KM + [S]
[ES] =
v0 = k3 [ES]
ecua ia Michaelis-Menten
de KM
vo = vmax
[S] KM
vo ~ [S]
de KM
vo ~ vmax
[S] = KM
vo =
vmax 2
Ecua ia Lineweaver-Burk
+ v =v vma ma
KM . [S]
E-CHO + AA1-NH2
E-CH2-NH2 CA1
CHO
E-CHO + AA2-NH2
ECD
-C -D
ED EC
-D -C
E E
- condi ii
reac ii reversibile
R-O-PO3H2 fosfataza alcalin R-OH + H3PO4
ES E+P EI
- ex. - ioni ai metalelor grele gr. SH - chelatarea cationilor din centrul activ
3. Inhibi ia uncompetitiv
E + S ES
+I
ESI
4. Inhibi ia ireversibil E + I EI
i farmacie
- antibiotice -lactamice peniciline, cefalosporine - anticanceroase - metotrexat - diuretice inhibitoare ale anhidrazei carbonice - antiinflamatoare COX1 (AAS), COX2 - antihipertensive IEC (captopril) - antidepresive IMAO (fenelzina) - antiglaucomatoase, miastenia grav anticolinesterazice
Legare covalent - activitatea enzimei este controlat prin fixarea sau ndep rtarea unor grupe de atomi - ex. - fosforilare defosforilare
+ ATP - ADP kinaza
E-OH
+ H2O fosfataza -H3PO4
E-O-PO3H2
- metilare demetilare - acetilare deacetilare - adenilare deadenilare - proteoliz par ial tripsinogen tripsin
Enzime alosterice - interac iune necovalent cu liganzi n centri diferi i de centrul activ - catalizeaz reac ii dintr-o cale metabolic - con in 2 centri activator, inhibitor - nu respect ecua ia Michaelis-Menten - interac iunile cu liganzii - homotrope - heterotrope 2 tipuri K KM se modific , vmax constant - V - KM constant, vmax se modific
Modele structurale pentru interac iunea enzim -ligand a. simetric (concertat) (MWC)
b. secven ial
i farmacie
1. Reactivi analitici - dozarea medicamentelor - dozarea compu ilor endogeni: glucoza, uree, acid uric - dozarea unor compu i exogeni alcool - tehnica ELISA
2. Agen i terapeutici - streptokinaza, urokinaza - reptilase (Bothrops atrox, Bothrops jararaca) - hialuronidaza - asparaginaza - enzime proteolitice tripsina, chimotripsina
3. Indicatori paraclinici - AST, ALT - cresc n infec ii virale hepatice, ALT persist mai mult - infarct miocardic cre te AST - distrofie muscular cre te AST - CPK (CK) - cre te copii, afec iuni musculare, hipertermia malign - CK2 i CK3 crescute - afec iuni miocardice, transplant - CK1 crescut - leziuni cerebrale, neurochirurgie - fosfataza alcalin - cre te - obstruc ia c ilor biliare, afec iuni ale oaselor
- amilaza cre te n pancreatita acut , traumatisme abdominale, radiografie abdominal - lipaza - cre te n pancreatita acut - scade - steatoree - colinesteraza - scade n hepatit , ciroz , infec ii acute, infarct miocardic, intoxica ii cu insecticide organofosforice - cre te n tumori cerebrale - deficit apnee dup suxametoniu - fosfataza acid cre te n cancerul de prostat
Coenzime
- anorganice - ioni metalici - organice - nevitaminice - vitaminice 1. Coenzime anorganice - ioni metalici - stabilizeaz structura, n centrul catalitic - tipuri de enzime - metaloenzime - metalul este fixat pe protein anhidraza carbonic - metaloporfirine citocromi - metaloflavine xantinoxidaza (2Mo, 8Fe, 2FAD) - enzime activate de metale (amilaza salivar carboxilaze Mn2+, ureaza Ni2+) Ca2+; SOD,
hem B
hem A
hem C
- grupare prostetic
Coenzima Q (ubiquinona)
O H3CO H3CO CH3 (CH2-CH=C-CH2)10-H CH3
- descoperit n 1957 - surse - endogen - sintetizat n organism din tirozin - exogen i acetil-CoA
- absorb ie ca i vitaminele liposolubile - transportor de hidrogeni - ac iune antioxidant cancer, boli neurodegenerative, migren
FMNH2 FADH2 FMN FAD
OH H3CO CH3 R OH
H3CO
Acidul lipoic
(CH2)4-COOH + R-CHO SH FADH2 FAD SH CoA-S~CO-R (CH2)4-COOH SH (CH2)4-COOH S-CO-R + CoA-SH
- aciltransferaza, piruvat-dehidrogenaza
Tetrahidrobiopterina
fe ilala i a O2 H2 N HN N H N N H CH3 CH-CH-CH3 OH OH tirozi a H2O N N O H N N
H2N
CH3 CH-CH-CH3 OH OH
O TH-biopteri a
S-adenozil-metionina
NH2 N CH3 HOOC-CH-CH 2-CH2-S-CH2 NH2 N
N N
OH OH
ATP
NH2 N N N N O- O- OCH2-O-P-O-P-O-P-O O O O
OH OH
Vitamine
- liposolubile A, D, E, K - hidrosolubile B1, B2, B3 (niacina), B5 (acid pantotenic), B6, B7 (biotina), B9 (acid folic), B12, C
Vitamina A
H3 C CH3 CH2-OH H3 C CH3 CHO
- derivat poliizoprenic - lichid uleios, insolubil n ap , solubil n solven i organici - UV fluorescen verzuie
- surse retinilesteri, caroteni - ficat 6500 g, morcov 835 g, brocoli frunze 800 g, unt 684 g - ou 140 g, piersici 96 g - Momordica cochinchinensis, uleiul de palmier
beta-caroten retinilesteri
o idare + H2O
retinol
acizi grasi
retinilesteri
chilomicroni
+
contraceptive
H3C H3C CH3 H3C CH3 beta-caroten caroten-dio igenaza H3C CH3 CHO CH3
- abs. 30-35%
H3C
CH3
CH3
Efecte biologice - necesar zilnic 1 mg retinol, 6 mg -caroten (sex, vrst , starea fiziol.) - retinol, acid retinoic cre terea i diferen ierea celulelor (RAR, RXR) - men inerea integrit ii epiteliului - vedere
impuls ervos
ro opsi a t eric
l mi a
11-cis-reti ol
Deficit de vitamina A - cauze - aport insuficient - tulbur ri de absorb ie - tulbur ri de depozitare n ficat - cre terea elimin rii renale - caren a de proteine - expunerea la oxidan i
Deficit de vitamina A simptomatologie 250.000-500.000 cazuri de orbire la copii - xerodermie - nictalopie - xeroftalmie - ulcera ii ale corneei - retinita pigmentar - spoturi Bitot - anemie - reducerea rezisten ei la infec ii, HIV
Hipervitaminoza A - niveluri plasmatice = 10 x necesarul zilnic - intoxica ia acut dureri abdominale, gre uri, vom , cefalee, ame eli, descuamarea pielii - intoxica ia cronic dureri osoase, articulare, c derea p rului, usc ciune i fisuri ale buzelor, anorexie, hipertensiune intracranian benign , hepatomegalie - exces de caroten colorarea tegumentelor n galben - risc de malforma ii la deriva ii de sintez