1. INTRODUCERE N ECOGENOMIC 1.1. Un numr de 64 codoni, codific un numr de 20 aminoacizi. 1.2.

O secventa ADN este transcrisa n urmatoare secventa ARN, n care bazele sunt grupate ca si codoni: GCG CCC CAA UGU UGG ACC n cadrul unei populatii apar doua mutatii avnd ca rezultat o usoara modificare a aceleiasi secvente: GCG GCC CCA AUG UUG GAC C insertie de G nu este neutral selective se schimba succesiunea aminoacizilor GCG CCA CAA UGU UGG ACC transversie de C cu A, este neutral selective codonul codificand acelasi aminoacid 1.3. Mai jos sunt doua secvente partiale ale citocromului b din cadrul genomului mitocondrial (180pb fiecare) apartinnd unor specii neo-tropicale ale genului Poospiza (Lougheed et al., 2000). Diferentele dintre secvente sunt marcate cu litere ngrosate. Care este raportul tranzitiilor si transversiilor pentru cele 2 secvente? P. alticola CTCACTTTCCTCCACGAAACAGGCTCAAACAACCCAACGGGCATCCCCTCAGATTGCGAC P. baeri CTGACTTTCCTACACGAAACAGGCTCAAACAATCCAATAGGAATCCCCTCAGACTGCGAC

P. alticola AAAATTCCCTTCCACCCATACTACACCATCAAAGACATCTTAGGATTCGTACTAATACTC P. baeri AAAATCCCCTTCCACCCCTACTACACTATCAAAGACATCCTAGGCTTCGTAATCATACTC

P. alticola ACCCTATTAGTCTCACTAGCTTTATTCTCCCCCAATCTCCTAGGCGACCCAGAAAATTTC P. baeri TCCCTACTCGCATCACTAGCCCTATTCGCCCCCAACCTACTAGGAGACCCAGAAAACTTC =0.73 2. MARKERI MOLECULARI N ECOLOGIE 2.1. Prezentati unele avantaje si dezavantaje ale utilizrii markerilor mitocondriali n studii de genetic a populatiilor la animale.

11 tranziti si 15 trasversii

2.2. Ce genom ati urmri si de ce, daca doriti s: a. Comparati fluxul de polen si seminte la specii de angiosperme. b. Comparati fluxul de polen si seminte la specii de gimnosperme. c. Comparati dispersia masculilor si femelelor la specii de mamifere.

2.3. Cum se mosteneste ADNcp?

2.4. Cum este mostenit n general ADNmt? La animale, ADNmt este mostenit uniparental, pe linie maternal iar in cazul plantelor superioare, ADNmt se mosteneste tot pe linie materna, cu cateva exceptii la care, ADNmt, este transmis pe linie paterna Sequoia sempervirens sau biparental specii ale genului Pelargonium.

2.5. Precizati numele originii de replicare n cazul ADNmt. 2.6. Ce tip de ADN este utilizat n studii forensice si de ce?

3.1. MARKERI CODOMINANTI

3.1 Douzeci si opt de indivizi din aceeasi populatie au fost genotipati pentru un singur locus si doar dou alele (A1 and A2) au fost identificate. Zece indivizi sunt homozigoti pentru A1 si opt sunt homozigoti pentru A2. Care sunt frecventele celor dou alele n prob?

3.2 Procesul de secventiere: a. necesit enzime de restrictie b. identific compozitia exact n perechi de baze c. permite compararea taxonilor nruditi d. nu permite identificarea compozitiei n nucleotide.

3.3. Indivizii 1 si 2 din cadrul aceleiasi populatii au urmatoarele secvente ntr-un anumit locus: 1. GATTATACATAGCTACTAGATACAGATACTATTTTTAGGGGCGTATGCTCGG ATCTATAGACCTAGTACTAGATACTAGGAAAACCCGTTGTGTCGCGTGCTGA 2. GATTATACATAGTTACTAGATACAGATACTATTTTTAGGGGCGTATGCTCGG ATCTATAGACCTAGTACTAGATACTAGGAAAACCCGTTGTGTCGCGTGCTGA Daca aceste secvente sunt taiate (digerate) cu enzime de restrictie Alu care taie secventele de ADN n situsul AGCT si RsaI, care taie secventele de ADN n situsul GTAC cte benzi va produce fiecare secventa?

3.4. care sunt factorii care trebuie luati n considerare cnd se decide utilizarea unui anumit marker molecular ntr-un studiu de ecogenomica?

3. POPULATIA

4.1. Urmatoarele valori, indica numarul indivizilor dintr-o populatie de Drosophila polymorpha care are trei genotipuri posibile pentru culoarea abdomenului (dup. Cunha, 1949): EE (dark): 3969 Ee (intermediate): 3174 ee (light): 927 a. Calculati frecventa fiecarei alele.

b. Calculati frecventa asteptata a genotipurilor daca populatia se afla in echilibru Hardy-Weinberg.

c. Calculati numarul indivizilor pentru fiecare genotip daca populatia se afla in echilibru Hardy-Weinberg.

d. Calculati valoarea lui X2 pentru o comparatie intre frecventele genotipurilor observate si estimate.

3.2. Strix aluco produce mai multe cnd densittile sunt mari. Un sex ratio dezechilibrat nseamn c populatia 1 const din 41 masculi apti de reproducere si 68 de femele, n timp ce, populatia 2, care este de aceeasi mrime, are un sex ratio mai echilibrat, avnd 52 de masculi si 57 de femele. Presupunnd c ambele populatii sunt formate n totalitate din adulti, calculati raportul Ne / Nc pentru cele dou populatii.

5. CALCULAREA Ne

5.1. O populatie trece printr-o etap de reducere brusc a efectivului, iar ca rezultat mrimea efectiv a populatiei dup sase generatii este 104, 104, 104, 103, 104 si 104. a. Calculati mrimea efectivului populatiei pe termen lung.

b. Calculasi raportul Ne/Nc.

5.2. ntr-o populatie mic de cinteze , alctuit din zece masculi si zece femele, care este rata la care diversitatea genetic se va pierde, dac fiecare generatie este supus driftului genetic (presupunnd c mrimea populatiei rmne constant) din: a. genomul nuclear?

b. genomul mitocondrial?

5.3. Prezentati cinci posibile explicatii, pentru o valoare semnificativ mai mic a Ho ntr-o populatie, comparativ cu valoarea He.

6. ANALIZA GENETIC A POPULAIILOR MULTIPLE

NTREBRI DE VERIFICARE

6.1. Un studiu a ase populaii de Passer domesticus din vestul Canadei au evideniat o medie a FST de 0,136 i o medie a FIS de 0,085. Care este coeficientul total de consangvinizare ntre cele ase populaii?

6.2. Utiliznd datele de la ntrebarea 1, calculai msura medie indirect a fluxului de gene ntre cele ase populaii.

6.3. O analiz n cadrul a patru populaii de Coenagrion puella a evideniat o medie a valorii lui Nem de 8,8 per generaie, n timp ce studiile de marcare recapturare au dus la identificarea a doar patru imigrani n timpul celor opt sptmni ale sezonului de mperechere. Cum poate fi explicat aceast discrepan?

7. INTERACTIUNI INTERSPECIFICE

7.1. Ce factori pot fi utilizati pentru a determina rata la care dou populatii devin genetic divergente?

7.2. Valorile FST ntre dou popula.ii ale unei specii de plant (Anthoxanthum odoratum) au fost estimate pe baza datelor obtinute prin tehnici de AFLP, ca fiind: LOCUS Locus1 Locus2 Locus3 Locus4 Locus5 Locus6 AFLP 0.124 0.098 0.103 0.699 0.111 0.107 MICROSATELITI 0.327 0.396 0.421 0.372 0.345

Pot aceste date sugera faptul c selectia natural actioneaz n oricare dintre acesti loci?

7.3. Ce concluzie se poate desprinde referitor la mrimea QTL pentru 10 populatii de floarea soarelui (Helianthus annus) situate de-a lungul gradientului latitudinal, dac. QST < FST?