Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
BIOCHIMIE
BIOCHIMIE
Aceste observatii conduc la principiul general al organizarii ierarhice a vietii. Fiecare nou nivel
de organizare are ca rezultat proprietati care nu pot fi prezise numai de cele de la nivelul
anterior. Nivelele de complexitate sunt in ordine crescatoare atomii, moleculele, macromoleculele,
organitele, celulele, tesuturile, organele si apoi organismul.
Ex. Masa moleculara relativa a unei proteine tipice este 38000. Masa moleculara absoluta
are aceiasi valoare ca si masa moleculara relativa cu exceptia faptului ca este exprimata in
unitati numite daltoni (unitati de masa u (SI)- 1 dalton (Da)(SI)).
1Da=1,660538921(73)×10−27 kg
Masa molara (numita foarte des si masa moleculara!!!!) este masa (masurata in grame) a
unui mol (Molul este cantitatea de substanta din sistem ce contine atâtea entitati elementare
cati atomi sunt in 0.012kg de 12C respectiv 6.02214179(30)×1023 ).
De ex. Masa moleculara a unei proteine tipice este de 38000 daltoni ceea ce inseamna ca 1
mol de proteina cantareste= 6.02214179(30)×1023 x38000x (1Da=1,660538921(73)×10−27)
=38kg.
Microscopie electronica, limita de rezolutie aproximativ
Microscopie optica, limita de 50pm si putere de marire de circa 1.000.000X.
rezolutie aproximativ 200nm si
putere de marire de circa
1000X.
Precursorii de baza pentru formarea biomoleculelor sunt apa, dioxidul de carbon, si trei derivati
anorganici ai azotului (ionul amoniu, ionul azotat si azotul molecular).
Procesele metabolice asimileaza si transforma acesti precursori anorganici pe nivelele tot mai complexe ale
ordinii biomoleculare.
In prima etapa precursorii sunt convertiti in metaboliti, compusi organici simpli cu rol de intermediari in
transformarea energiei celulare si in biosinteza unui set variat de unitati constituente: amino acizi, zaharuri,
nucleotide, acizi grasi si glicerina.
Prin legarea covalenta a acestor unitati se construiesc macromoleculele: proteine, polizaharide, polinucleotide
(ADN si ARN), lipide. Lipidele contin relativ putine unitati constituente si nu au un caracter polimer ca alte
macromolecule, dar participa cu un rol important la nivelul urmator de complexitate structurala.
Urmatorul nivel il reprezinta organitele, entitati de dimensiuni considerabile comparabile cu celula insasi.
Organitele se gasesc numai in celulele eucariote, specifice organismelor evoluate. Organitele includ nucleul,
mitocondriile, cloroplastele, reticulul endoplasmatic, aparatul Golgi şi vacuole precum şi alte relativ mici
incluziuni celulare, cum ar fi peroxizomi, lizozomi, şi cromoplaste.
Ultimul nivel de organizare, celula este caracterizata ca fiind unitatea esentiala a vietii, cea mai mica entitate
capabila sa prezinte toate atributele unic asociate starii vii: dezvoltare, metabolism, raspuns la stimuli, si
multiplicare.
Comparatia biomoleculelor din punct de vedere al lungimii
Deşi forţele necovalente sunt slabe (mai puţin de 40 kJ / mol), acestea sunt numeroase în
aceste ansambluri şi, astfel, pot menţine arhitectura esenţială a complexului supramolecular în
condiţii de temperatură, pH, si tarie ionică care sunt vitale pentru viaţa celulelor.
Jun Zhang, Pengcheng Chen, Bingkai Yuan, Wei Ji, Zhihai Cheng, Xiaohui Qiu ”Real-
Space Identification of Intermolecular Bonding with Atomic Force Microscopy “,
Science Express, 26 September 2013
Legaturi de hidrogen in diimida
naftalentetracarboxilica depusa pe siliciu
O
H
N
O O
H
N
N
H
O
O
N
H
O
Hämäläinen, Sampsa K.; van der Heijden, Nadine; van der Lit, Joost; den Hartog,
Stephan; Liljeroth, Peter; Swart, Ingmar (2014-10-31). "Intermolecular Contrast in
Atomic Force Microscopy Images without Intermolecular Bonds". Physical Review
Letters. 113 (18): 186102
Sunt rezultatul interactiei intre functiuni cu incarcare
electrica diferita. Interactiile pot avea loc intre ioni sau
dipoli. Taria depinde de polaritatea speciilor care
interactioneaza. Unele interactiuni ionice sunt si legaturi de
Interactii ionice 20 0.25
hidrogen. -NH3- ... –OOC-. Desi nu au directionalitatea
legaturilor de hidrogen si precizia fortelor van der Waals,
datorita rigiditatii sterice a gruparilor implicate pot avea un
grad inalt de specificitate structurala.
Interactii hidrofobe
Complementaritatea structurala determina interactiunile biomoleculare. Interactiunea unei molecule cu alta
va fi mult mai precisa dacă cele două au structuri complementare, precum piesele unui puzzle sau cheia cu
lacatul.
Toate sistemele biologice de la nivel macromolecular la nivel celular opereaza printr-un mecanism specific
de recunoastere bazat pe complementaritate: proteinele recunosc metabolitul specific, elicea ADN recunoaste
elicea complementara, etc.
Macromoleculele biologice sunt funcţional active doar într-un interval îngust de condiţii de mediu, cum ar fi temperatura,
taria ionica şi aciditatea relativă. Extremele acestor condiţii perturba forţele slabe esenţiale pentru menţinerea structurii
complexe de macromolecule.
Pierderea de ordine structurală în aceste macromolecule complexe, aşa-numita denaturare, este însoţită de pierderea
funcţiei.
Ca urmare, celulele nu pot tolera reacţiile în care cantităţi mari de energie sunt eliberate. Nici nu pot genera o explozie de
energie pentru a conduce procese care necesită multa energie.
În schimb, astfel de transformari au loc prin intermediul unei serii secventiale de reacţii chimice a căror efect global atinge
schimbari dramatice de energie, chiar dacă orice reacţie dintr-o serie implica cantitati de energie modeste consumate sau
eliberate. Aceste secvenţe de reacţii sunt organizate pentru a asigura eliberarea de energie utilă in celula din metabolizarea
alimentelor sau de a lua astfel de energie şi a o utiliza pentru sinteza de biomolecule esenţiale. Împreună, aceste secvenţe de
reacţie constituie metabolismul celular-căi de reacţie ordonate prin care procesele chimice celulare şi transformările
biologice de energie sunt realizate.
Denaturarea proteinelor
Schimburile de materie şi de energie dintre organism şi mediu, care definesc însăşi
viaţa, implică desfăşurarea unui număr mare de reacţii chimice, care alcătuiesc
metabolismul, cu două laturi principale:
• catabolismul (degradarea constituenţilor celulari la compuşi mai simpli) implică
procese exergonice, în care se produce energie;
Organismele vii sunt deci sisteme deschise, aflate într-un permanent schimb de
energie şi materie cu mediul înconjurător, constituind sediul unui triplu flux, de
materie, de energie şi de informaţie.
Celula
-este unitatea de bază, structurală și funcțională, a tuturor organismelor vii.
Celulele se clasifică în: procariote si eucariote.
Celulele procariote
-au o organizare structurală mai simplă
-nu au un nucleu adevărat;
- materialul genetic este constituit dintr-o singură moleculă de ADN, această molecula
reprezintă cromozomul sau genomul bacterian, cunoscut sub denumirea de nucleoid.
-cele mai cunoscute organisme procariote sunt bacteriile. Escherichia Coli este cea mai studiata bacterie.
-sunt formate din:
-Capsula sau peretele celular format dint-un peptidoglican (un polizaharid reticulat cu lanturi scurte
peptidice).
-Membrana citoplasmatică- este de natură lipoproteică, cu o structură funcțională complexă.
Nu este permeabilă pentru macromolecule; singurele particule care o pot traversa sunt fragmentele de ADN și
enzimele extracelulare.
-Citoplasma ocupă aproape tot spațiul celular. Citoplasma este o mixtură complexă de soluții perfecte și
coloidale ale unor substanțe minerale și organice, dizolvate în apă.
Se caracterizează printr-o stare coloidală de gel permanent care asigură menținerea structurii nucleului care este
lipsit de membrană limitantă.
Celula nu posedă organite înconjurate de membrane; la unele bacterii membrana plasmatică formează
mezozomi care au rol în respirația celulară și în ancorarea moleculelor de ADN.
-Ribozomi care se gasesc in citoplasmă si îndeplinesc funcția de sinteză proteică.
În ciuda relativei lor simplități, potențialele metabolice ale celulelor procariote actuale sunt comparabile cu
cela ale celulelor eucariote. Mai mult decât atât, metabolismul bacterian este de sute și mii de ori mai
intens decât cel al celulelor eucariote. Această capacitate metabolică este determinată de valoarea înaltă a
raportului suprafață/volum, ceea ce facilitează schimburile celulei cu mediul ambiant.
Remarcabil este și faptul că natura substanțelor pe care le catabolizează este foarte mare; pot metaboliza și
substanțe toxice precum: cauciuc, asfalt, petrol, detergenți etc.
O altă caracteristică a metabolismului bacterian este plasticitatea: bacteriile pot trece cu usurință de la
aerobioză la anaerobioză, de la autotrofie la heterotrofie, ceea ce la conferă o mare capacitate adaptativă.
Celulele procariote se divid de câteva ori pe oră în timp ce eucariotele, cu creștere foarte rapidă, se divid
doar de două ori pe zi.
Celulele eucariote
-sunt mult mai complexe;
-au dimensiuni mai mari (de 103-104 ori) mai mult decat cele procariote.
-procesele metabolice au loc in compartimente organizate, fiecare compartiment fiind dedicat
unei singure functiuni. Partitionarea este asigurata de un sistem de membrane interne.
•Vacuole - pot conține diferite enzime, coenzime, substanțe organice și anorganice, pigmenți
neasimilatori și fermenți, necesari unei bune funcționări a celulei, depozitează substanțe de
rezervă, participă la menținerea echilibrului osmotic, pot păstra în cadrul structurii lor deșeuri
metabolice, pe care ulterior le elimină;
•Lizozomi –au rol in digestie. Sunt depozite de enzime (peste 40 de tipuri de hidrolaze acide).
Au rol de distrugere a corpurilor străine sau bătrâne ale celulei.
•Plastide – specifice celulelor vegetale. Asigura conversia energiei solare in energie chimica
(cloroplaste), dau culori specifice tesuturilor si celulelor (cromoplaste), etc.
Structura moleculara
-este formata din 1 atom de O si 2 atomi de H legati covalent, intr-o structura de tip
tetraedric, avand doua perechi de electroni liberi.
Sunt neobisnuite!
Acid
fluorhidric – 92 19 360 – 54.7
Oxigen: hibridizare sp3
2 perechi de electroni neparticipanti
Hidrogen:orbital s
Apa dizolva substante polare sau substante care pot ioniza (electroliti).
Acest lucru se datoreaza constantei dielectrice mari si tendintei de a forma legaturi de
hidrogen.
.
Substantele nepolare sunt insolubile in apa. Apa are tendinta de a forma structuri
organizate in jurul acestor centre hidrofobe pentru a le separa.
Ionul hidroniu format este capabil de a dona un proton altui ion. De aceea reactia poate
fi aproximata cu cea de mai jos, desi aici nu se pune in evidenta ca la ionizarea apei
participa 2 molecule:
H2O H+ + -OH
[ H ][ OH ]
KA KA = 1.8x10-16 mol/l - determinata
[ H 2O ]
experimental prin masurarea
conductivitatii electrice
Concentratia molara [A] reprezinta numarul de moli ai speciei n, raportata la
V,volumul in care se afla.
n
c
V
Densitatea apei la 250C si presiune atmosferica este is 1 g/mL.
n
c [ H ][ OH ]
V KA
1000 g [ H 2O ]
18 g / mol [ H ][ OH ]
c KA
1L 55.56
c 55.56 M
(55.56) K A [ H ][ OH ]
KW [ H ][ OH ] 10 14
pH, pKA, si ecuatia Henderson-Hasselbalch
H2O H+ + -OH
În cazul unui acid tare procesul de disociere are echilibrul puternic deplasat spre
dreapta, cu grade de disociere ale acidului apropiate de 1, ca urmare reacţia se poate
scrie:
HA H+ + A-
Aplicatie: a. Calculati pH-ul unei solutii de acid clorhidric 0.1M si a unei solutii de acid
clorhidric 0.001M.
pH = - lg [H+] =-lg[HA] = -lg(0.1)=1;
HClO4 ClO4- -8
Problema: Determinati pH unei solutii 0.1 M de acid acetic. Acidul acetic are pKA =4.76.
5 [ H ]2 x
1.7578 10
0.1 [ H ] 2a
Concentratia ionilor de H+ este de 0.0013 M cand concentratia acidului acetic este de 0.1M.
Se poate aproxima 0.1 - [H+] ≈ 0.1
2
[ H ] [H+]=0.00132
1.7578 10 5
0.1
pH=-log(0.00132)=2.88
pK A log[ HA]T
pH
2
Aplicatie de calcul:
Comparati pH-urile pentru o solutie 0.1 M acid butiric (pKA=4.82) si o solutie HCl
0.1M.
pH=-lg[HCl]=-(-1)=1
pH si solutii tampon
Acizi tari: pH = - lg [H+] =-lg[HA]
pK a lg[HA]
Acizi slabi: pH
2
In cazul bazelor se poate scrie: A- +HOH HA + HO-
Daca baza e tare atunci echilibrul e total deplasat spre dreapta si se poate scrie:
pK b lg[ A ]
pOH
2
Aplicatie de calcul:
1. Sa se calculeze pH-ul unei solutii de NaOH 0,1 M.
pH= 14-3.2=10.8
Reacţii de hidroliză in cazul sarurilor. pH-ul solutiilor
Având ȋn vedere că acizii (şi bazele) se ȋmpart ȋn două categorii, slabi (parţial disociaţi ȋn
apă) şi tari (complet disociaţi ȋn apă), sărurile rezultate ȋn urma reacţiei dintre un acid şi
o bază vor fi de patru feluri:
Aceste săruri nu pot suferi reacţii de hidroliză. Ele se dizolvă ȋn apă, printr-un proces
fizic, pH-ul soluţiei rezultate fiind egal cu 7.
2. Săruri provenite de la un acid tare şi o bază slabă (AT - BS).
Cl-
+
NH4Cl NH4 +
+
+ +H + [ H ][ NH 4OH ]
NH4 H 2O NH4OH KA
[ NH 4 ]
acid baza
[ H ] [ NH 4OH ]
[ H ] K A [ NH 4 Cl ]
pK A lg[ NH 4 Cl ]
pH lg[ H ]
2
Aceste săruri suferă reacţii de hidroliză, soluţiile având un caracter slab acid,
pH < 7.
Aplicatie : Calculati pH-ul unei solutii de NH4Cl 0.1 M. Constanta de bazicitate KB=1.8x10-5.
Calculati gradul de disociere.
NH4+ +HOH NH4OH +H+
[ H ][ NH 4OH ]
K hidr KA KW 10 14
[ NH 4 ] K hidr KA 5
5.56 10 10
K B 1.8 10
[ H ][ H ] [ H ]2
[H+]=[NH4OH] Simplificand K hidr KA
[ NH 4 ]T [ H ] [ NH 4 ]T
pH=-log[H+]=5.13
[H ] 7.46 10 6
Gradul de hidroliza
100 100 7.46 10 3% -simplificarea a fost corecta
[ NH 4 ] 0.1
3. Săruri provenite de la un acid slab şi o bază tare (AS - BT).
Un exemplu de sare provenită de la un acid slab şi o bază tare este acetatul de sodiu
CH3COONa. Această sare suferă reacţia de hidroliză când este dizolvată ȋn apă:
- + - + [CH 3COOH ][ HO ]
CH 3COO Na
-
CH 3COO + Na
-
K hidrol
[CH 3COO ]
CH 3COO + H2O CH 3COOH + HO
[ HA][ HO ]
KB
[A ]
[ HO ] K B [ A ]T
pK lg[ A ] 14 pK lg[ A ]T
pOH lg[ HO ] B T
A
2 2
pH 14 pOH
Aceste săruri suferă reacţii de hidroliză, soluţiile având un caracter slab bazic,
pH > 7.
Săruri provenite de la un acid slab şi o bază slabă (AS - BS).
Aceste săruri suferă reacţii de hidroliză, soluţiile având un caracter slab acid sau slab
bazic ȋn funcţie de tăria relativă a acidului şi bazei.
O astfel de sare este acetatul de amoniu, CH3COONH4. Aceasta provine de la
acidul slab CH3COOH şi baza slabă NH4OH. In momentul dizolvării, CH3COONH4 suferă
reacţia de hidroliză:
- +
CH3COONH4 CH 3COO + NH4
CH3COO- + H 2O CH3COOH+ HO
-
+
NH4 + H 2O NH4OH + H+
Curbe de titrare. Sisteme tampon
Titrarea-operatia de determinare a cantitatii de
acid din solutie prin adaugarea unei solutii bazice pH
de concentratie cunoscuta (uzual NaOH). Daca
adaugam cantitati masurate de NaOH si
determinam pH-ul putem trasa o asa numita curba
de titrare.
La inceput avem in solutie mult HAc si ceva cantitati de H+ si Ac- (care pot fi calculate).
Adaosul de NaOH permite ionilor de hidroxid sa
neutralizeze ionii H+ existenti in solutie (reactia 2- [ HA]
pH pK A log
puternic favorizata!). [A ]
Pe masura ce ionii H+ sunt neutralizati are loc
[ HA]
disocierea HAc in H+ si Ac-. pK A pK A log
La adaosul a 0.5 din cantitatea echivalenta de OH- [A ]
necesara , [HAc]=[Ac-]. [ HA] [ A ]
Conform ecuatiei Henderson-Hasselbach : pH=pKA
(metoda experimentala de determinare a KA). [ HA]
1,
[ A ]
Adaosul in continuare de OH- conduce la cresterea
exponentiala a pH-ului. [ HA]
pka ph [HA]/[A-] log 0
4.76 1.76 1000
[A ]
4.76 2.76 100 pH pK A
4.76 3.76 10
4.76 4.76 1
4.76 5.76 0.1
4.76 6.76 0.01
4.76 7.76 0.001
Titrarea acizilor slabi cu baze tari
Daca pH-ul unei solutii ramane constant prin adaugarea de mici cantitati de acid sau
baza, se spune ca solutia este tamponata.
Abilitatea unei solutii de a rezista schimbarilor de pH se numeste capacitate de
tamponare.
Sistemele tampon sunt formate din amestecuri de acid slab si baza sa conjugata (ex.
acid acetic-acetat de sodiu)
Sistem tampon Domeniu de pH
HCl, citrat de sodiu 1-5
Acid citric, citrat de sodiu 2.5 - 5.6
Acid acetic , acetat de
3.7 - 5.6
sodiu
K2HPO4, KH2PO4 5.8 - 8
Na2HPO4, NaH2PO4 6 - 7.5
Borax, Hidroxid de sodiu 9.2 - 11
1. Preparati 3 litri solutie tampon acetat 0.2M pentru pH=5 pornind de la acetat de
sodiu (trihidrat) solid (M=136) si solutie acid acetic 1M. (pK A pentru acid acetic este
4.76).
R. Din ecuatia H-H se determina raportul [HA]/[A-]:
[ HA] In 3 litri de solutie 0.2M se gasesc 0.6 moli total (HOAc si Ac-)
pH pK A log
[A ]
[ HOAc]
5.00 4.76 log
[ OAc ]
0.6 0.575
[ HOAc] x + y = 0.6 x 0.220moliHOAc
10 0.24 1.575
[ OAc] x
0,575 y 0.6 0.220 0.380moli OAc
[ HOAc] 0.575
y
[ OAc] 1
Cantitatea de acetat de sodiu necesara mOAc=0.380136 = 51.6g
Cantitatea de acid acetic necesara:
0.220
V 0.220lHOAc 220mlHOAc
1
Mod de preparare: Se dizolva 51.6g acetat de sodiu intr-o cantitate de apa (100-
200ml), se adauga apoi acidul acetic (220ml) si se dilueaza cu apa pana la 3 litri.
2. Pornind de la o solutie 1.0M acid acetic si o solutie 0.50M NaOH, preparati 100.mL solutie
tampon acetat 0.10M pentru pH=4.50. (pKA pentru acid acetic este 4.76).
R. Din ecuatia H-H se determina raportul [HA]/[A-]:
[ HA] In 100 ml de solutie 0.1M se gasesc 0.01 moli total (HOAc si Ac-)
pH pK A log
[A ] 0.01moli-------------------------2.819
[ HOAc] x moli HOAc-------------------1.819
4.50 4.76 log
[ OAc ]
0.01 1.819
[ HOAc]
100.26 x 0.0064moliHOAc
2.819
[ OAc]
[ HOAc] 1.819 y 0.01 0.0064 0.0036moli OAc
[ OAc] 1
Acetatul se obtine prin reactia dintre HOAc si NaOH. Deci necesarul de acid acetic
este: 0.0064 moli + 0.0036 moli = 0.01 moli acid acetic.
Rezulta 10 ml solutie acid acetic 1M.
Pentru a obtine concentratia de ioni acetat necesara trebuie neutralizata o parte din
acidul acetic cu solutie de NaOH pentru a obtine 0.0036 moli -OAc.
0.0036
VNaOH 0.0072lsol.NaOH 7.2mlsol.NaOH
0.5
Mod de lucru: Intr-un balon cotat de 100ml se introduc 10ml solutie acid acetic 1M, se
adauga apoi 7.2 ml solutie NaOH 0.5M si se dilueaza cu apa pana la 100ml.
Importanta sistemelor tampon-aplicatie de calcul
O reactie catalizata enzimatic are loc in solutie tampon Tris 0.2 M la pH=7.8. Ca rezultat al reactiei
se produc 0.03mol/l H+. pKA pentru Tris este 8.1.
a. Care este raportul Tris+(acid)/Tris0(baza) la inceputul reactiei?
b. Care este concentratia de Tris+ si Tris0 la inceputul reactiei?
c. Care este concentratia de Tris+ si Tris0 la sfarsitul reactiei?
d. Care este pH-ul la sfarsitul reactiei?
e. Care are fi pH-ul final daca sistemul tampon nu ar fi prezent?
OH OH
[Tris ]
0
pH pK A log
+ +
[Tris ] 2
[Tris ] 0.2 0.133M
NH3 NH2 + H
HO HO
3
[Tris 0 ] 1
HO HO
7.8 8.1 log
[Tris 0 ] 0.2 0.066 M
3 Tris+ Tris0 + H+
[Tris ]
[Tris 0 ] Tris0 + H+Tris+
log
7.8 8.1 0.3
[ T ris ] [Tris ] 0.133M 0.03M 0.163M
[Tris ] [Tris 0 ] 0.066 M 0.03M 0.036 M
0
10 0.3
2
[Tris ] [Tris 0 ] 0.036
pH pK A log
8.1 log 8.1 0.656 7.44
[ T ris ] 0.163
2. Intr-un laborator de spital o proba de 10 ml suc gastric, obtinut la cateva ore dupa ce
pacientul a mancat, a fost titrata cu solutie 0.1M NaOH pentru neutralizare totala. Au fost
necesari 7.2 ml solutie NaOH. Care este pH-ul sucului gastric prelevat de la pacient?
3. Aspirina este un acid slab, avand pKa= 3.5. Ea se absoarbe in sange prin CH3
stomac si prin intestinul subtire. Absorbtia implica trecerea prin membrana O
celulara, care este determinata de polaritatea moleculei, respectiv cu cat COOH
molecula este mai polara si incarcata electric cu atat ea trece mai greu in
sange. pH-ul sucului gastric din stomac este aproximativ 1.5 in timp ce in
intestinul subtire este aproximativ 6. In ce zona se absoarbe mai multa
aspirina, in stomac sau in intestinul subtire? Justificati raspunsul.
4. Descrieti prepararea a 10 litri de solutie tampon fosfat 0.045M (pKa2= 7.2) pentru pH=7.5
folosind:
a) K2HPO4 (solid) si KH2PO4 (solid)
b) H3PO4 1M si KOH 1M
c) KH2PO4 (solid) si KOH 1M
d) K2HPO4 (solid) si HCl 1M.