Acizi nucleici

Structura acizilor nucleici

Structura ADN

Introducere
Acizii nucleici sunt produi de
policondensare a nucleotidelor
Au rolul de a pstra i mijloci
transferul de informaie genetic
n lumea vie
Dogma central a biologiei moleculare:
replicare

reverstranscriere
ADN
transcriere

ARNm

Protein
traducere

Introducere
Se cunosc 2 clase de acizi nucleici:
Acid dezoxiribonucleic (ADN)
Acid ribonucleic (ARN)

ADN conine informaia genetic cu privire la

biosinteza proteinelelor (la om 50 000-100 000
proteine); are rolul de a stoca i transmite
aceast informaie la generaia urmtoare
ARN ndeplinete diverse funcii n procesul de
biosintez a proteinelor:
ARNm ARN mesager, transport informaia genetic din
nucleu la ribozomi
ARNt ARN de transport, transport aminoacizii necesari
biosintezei proteice
ARNr ARN ribozomal, este component esenial al
ribozomilor

Structura acizilor nucleici

Pentoz D--riboz (n ARN) sau D-dezoxiriboz (n ADN)
Baze azotate molecule plane, relativ
insolubile n ap, avnd un maxim de absorbie
n UV ntre 252-271 nm.
Purinice (derivai ai purinei): adenina (6-aminopurina), guanina (2-amino-6-hidroxi-purina)
Pirimidinice (derivai ai pirimidinei): citozina (2hidroxi-4-aminio-pirimidina), timina (2,4-dihidroxi-5metil pirimidina sau 5-metil uracil; se gsete
numai n ADN) i uracilul ( 2,4-dihidroxi-pirimidina;
se gsete numai n ARN)

Acid fosforic

1N
2

6 5

7
8

N 4
3

3N

N9
H

Pirimidin

Purin
NH2

O
N

N
N

N
H

H2N

O
HN

N
H

Citozin

N
H

Guanin

NH2

HN

Adenin

N
1

O
CH3

HN
N
H

Uracil

N
H

Timin

Baze azotate
Prezint tautomerie:
Lactam-lactim; structurile lactam
sunt mai stabile
Amino-imino (cele care nu conin grupri
OH
O
hidroxil); structurile amino
sunt mai
N
NH
C
C
stabile
forma lactam
(mai stabil)

forma lactim

NH

NH2
N

forma amino
(mai stabil)

NH

forma imino

Nucleozide
Rezult prin stabilirea unei legturi
N-glicozidice ntre hidroxilul glicozidic
de la C 1 al pentozei i atomul de N
din poziia 9 a unei baze purinice,
sau atomul de N din poziia 1 a unei
baze pirimidinice

Ribonucleozide
NH2
N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

NH2

OH

Adenozin

HN
H2N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

OH

Guanozin

O
HN

CH2OH O
H
H
H
H
OH

OH

Citidin

CH2OH O
H
H
H
H
OH
Uridin

OH

Dezoxiribonucleozide
NH2
N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

NH2

Deoxiadenozin

HN
H2N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

Deoxiguanozin

CH2OH O
H
H
H
H
OH

Deoxicitidin

CH3

HN

CH2OH O
H
H
H
H
OH

Timidin

Nucleotide
Sunt esteri fosforici ai nucleozidelor;
n structura acizilor nucleici intr
nucleozide fosforilate la C 5 al
pentozei
Se pot aduga 1,2 sau 3 resturi
fosfat formnd nucleozid mono, di i
trifosfai

Nucleotide
NH2
N

O
-O

P
O-

O
O

P
O-

O
O

O 5'

P
O

O
H

1'
H

OH
X
Acid adenilic (adenozin 5'-monofosfat, AMP)
or acid deoxiadenilic (deoxiadenozin 5'-monofosfat, dAMP)
Adenozin 5'-difosfat, ADP
or deoxiadenozin 5'-difosfat, dADP)
Adenozin 5'-trifosfat, ATP
or deoxiadenozin 5'-trifosfat, dATP)

Nucleotide naturale libere

Pe lng nucelotidele care constituie elemente
de construcie a acizilor nucleici, exist o serie
de nucleotide care ndeplinesc roluri importante
n esuturi:
Compui macroergici ATP, GTP
Componeni structurali ai unor coenzime
NAD+, NADP+, FAD
Mesageri secunzi ai unor hormoni AMPc, GMPc
Donori de grupri metil S-adenozil metionina
(SAM)
Acceptori de fosfat n fosforilarea oxidativ ADP
Efectori alosterici ai activitii enzimelor

Nucleotide naturale libere

NH2

NH2
N

CH3

HOOC

CH
NH2

CH2

CH2

CH2

O
CH2

O
H

OH

S-adenozilmetionina

O
H

O H

H
OH

H
OH

AMP ciclic (AMPc)

Nucleotide naturale libere

Metilxantinele = derivai metilai ai
xantinei, identificai la plante; prezint
O
O
CH
proprieti farmacologiceH C
N
3

HN

N
H

N
H

CH3
Xantina

Cafeina

H3C
O

O
N

N
N

N
H

CH3
Teofilina

HN
O

CH3

CH3
Teobromina

Structura primar covalent a

acizilor nucleici
Acizii nucleici sunt formai din nucleozide legate
fosfat diesteric
Gruparea OH de la C 3 a unui nucleozid este
legat de gruparea OH de la C 5 a nucleozidului
urmtor prin legtur fosfat diesteric
Fiecare caten are dou capete:
Captul 5 la care gruparea OH de la C 5 are ataat
un rest fosfat
Captul 3 la care gruparea OH de la C 3 nu este
angajat ntr-o legtur internucleotidic

Prin convenie o caten este scris

ntotdeauna n direcia 5 3

Structura primar covalent a

acizilor nucleici
n fiecare caten polinucleotidic (cu mai mult
de 50 nucleotide), legturile dintre nucleotide
au aceeai orientare de-a lungul lanului,
catenele avnd o polaritate specific
Dou lanuri polinucleotidice sunt
antiparalele cnd unul evolueaz n direcia
5 3 iar cellalt n direcia 3 5
Diversitatea polinucleotidelor este dat de
bazele azotate legate de scheletul format de
moleculele de monozaharid legate ntre ele
fosfat disteric

NH2

Capt 5'-terminal
N

P
O

CH2

NH2

5'

3'
C

OH,H

legtur fosfat
diesteric

P
H

3'

5'

O
H

O
-

5'

P
5'

O
CH2

O
H

H
OH,H

O
-

3'

3'
N

HN

H2N

O
CH2

O
H

H
H

OH

OH,H

Capt 3'-terminal

Structura secundar a ADN

Propus de Watson i Crick (1953) pe
baza rezultatelor altor cercettori:
Prin analiz cromatografic s-a stabilit
c n toate tipurile de ADN numrul de
baze purinice este egal cu numrul
bazelor pirimidinice (A+G = T+C)
Prin difracie cu raze X s-a stabilit c
ADN are 2 perioade de identitate, una
de 34 iar alta de
3,4

Structura secundar a ADN

Dou catene antiparalele formeaz o dubl elice cu
orientare dreapt prin rsucire de la stnga la dreapta n
jurul unui ax.
Scheletul extern este format din ciclurile pentozelor
legate ntre ele fosfat diesteric
Resturile fosfat sunt ionizate i ncrcate negativ la
pH fiziologic
Bazele azotate sunt orientate spre interior i
perpendicular pe axul helixului
ntre o baz purinic de pe o caten i o baz pirimidinic
de pe cealalt caten, numite baze complementare, se
formeaz legturi de hidrogen; adenina se leag de
timin prin 2 legturi de hidrogen iar guanina se
leag de citozin prin 3 legturi de hidrogen

Sant mare
H
N
H

N
N

Adenin

CH3

Timin

H
Sant mic

Sant mare
H
N

H
Guanin

N
N

N
N

H
Sant mic

Citozin

Structura secundar a ADN

Diametrul moleculei este de 20
Distana dintre 2 baze adiacente este de 3,4
Pasul elicei are 10 perechi de baze i o lungime
de 34
Helixul prezint n exterior dou anuri: unul mic, cu
limea de 12 i unul mare, cu limea de 22 , prin
intermediul crora unele proteine i medicamente vin
n contact cu bazele azotate fr s fie necesar
desfacerea dublu helixului
ntre bazele azotate se stabilesc legturi dipol-dipol,
interacii van Der Waals i interacii hidrofobe; acestea
produc stivuirea bazelor i determin conformaia
helicoidal a catenei

Forma B a ADN

Formele structurale A i Z
ale ADN
Structura ADN este dinamic n mediul apos al
celulei
Pe lng forma B, predominant n celule, pot
exista formele A-E i Z.
Conformaia A este o elice dreapt mai
compact, cu un pas de 28 si avnd 11
perechi de baze
Conformaia Z corespunde unei elice
stng, cu 12 perechi de baze pe spir i cu
un pas al elicei de 57 . Aspectul catenei este
de zig-zag, datorit conformaiei adoptate de
bazele azotate din componen

Denaturarea i renaturarea ADN

DENATURARE = ruperea legturilor de hidrogen i a
diferitelor tipuri de interaciuni dintre catenele moleculei
de ADN se poate realiza prin creterea temperaturii, la
valori extreme de pH (ADN este stabil ntre pH 4-10)
sau la modificarea triei ionice a soluiei; acesta
duce la separarea celor 2 catene.
Dac denaturarea este determinat de modificri
de temperatur procesul se numete TOPIRE
Prin denaturare se modific unele proprieti fizice ale
ADN:
Scade vscozitatea
Crete absorbana la 260 nm (absorbana bazelor azotate n
catenele libere este cu 40% mai mare dect n ADN = efect
hipercrom)
Crete densitatea
Se modific capacitatea de rotire a luminii polarizate

Denaturarea i renaturarea
ADN
1 .5

De ns ita te optic (260 nm)

1 .4
100
1.3
1.2

50

1.1

Tm

1.0

0
30

50

70
o

( C )

90

Denaturarea i renaturarea
ADN
Denaturarea se poate urmri prin creterea
absorbanei la 260 nm
Temperatura de topire, Tm, este temperatura
la care jumtate din ADN este denaturat
Compoziie ADN n baze azotate influeneaz
Tm; un procent mai mare de GC fa de AT din
ADN determin o cretere a Tm. Coninutul de
perechi de baze GC la om este de 40% iar
punctul de topire in jur de 87 C
n celule pentru denaturare se folosesc enzime
numite helicaze, care utilizeaz ATP

Denaturarea i renaturarea
ADN
pH >11,3 determin deprotonarea bazelor
azotate, ceea ce le mpiedic s mai formeze
legturi de hidrogen
Se prefer denaturarea cu soluii de baze
pentru a preveni ruperea legturilor fosfat
diesterice (situaie posibil n cazul
temperaturilor mari sau a pH acide)
La adugarea unor ageni denaturani
(formamida) se produce destabilizarea
legturilor de hidrogen dintre baze, putndu-se
face denaturarea la temperaturi mai mici

Denaturarea i renaturarea
ADN
Renaturarea este procesul prin care se
reface dublul helix prin restabilirea
valorilor de pH, temperaturii sau triei
ionice la valorile fiziologice
Renaturarea este folosit n tehnica
hibridizrii moleculare care permite
combinarea unor catene de ADN sau a
unei catene de ADN cu o caten de ARN
dac exist un grad mare de
complementaritate ntre cele dou catene.

Hidroliza acizilor nucleici

ADN este rezistent la hidroliza bazic; ARN este hidrolizat
la un amestec de 2 i 3 nucleotide
ADN este relativ stabil poate fi pstrat n soluii apoase la
pH ~ neutru
ADN mono i bicatenar precum i ARN poate fi hidrolizat de
enzime numite nucleaze:
Exonucleaze- hidrolizeaz nucleotidele terminale de la capetele
3 sau 5 ale unui lan polinucleotidic (ex. ADN polimerazele I i
III) producnd 3 mononucleozid fosfai sau 5 mononucleozid
fosfai; se poate produce degradarea total a acidului nucleic
Endonucleaze- hidrolizeaz legturi fosfat diesterice din
interiorul catenei polinucleotidice; pot hidroliza i polinucleotide
ciclice pentru c nu necesit un capt terminal liber

Deoxiribonucleazele pot fi specifice pentru ADN

monocatenar sau dublu catenar

Hidroliza acizilor nucleici

Un grup special de endonucleaze produse de
microorganisme se numesc endonucleaze de restricie
sau restrictaze
Au fost izolate peste 100 restrictaze i au fost denumite n
funcie de specia bacterian de la care au fost izolate
(deoarece fiecare bacterie conine mai multe restrictaze, se
utilizeaz o cifr roman pentru a identifica fiecare enzim)
Enzimele recunosc secvene specifice, numite secvene de
recunoatere avnd 4-6 nucleotide i taie ambele catene
Secvenele de recunoatere sunt palindroame = secvene
cu dubl simetrie rotaional, n care secvena nucleotidic,
citit pe ambele catene n direcia 5 3 este identic

Hidroliza acizilor nucleici

Unele endonucleaze de restricie taie ADN
bicatenar formnd capete boante, drepte,
neadezive (blunt ends), altele formeaz
capete monocatenare, coezive (sticky
ends)

5'

AAGCTT

3'

5'

TGGCCA

3'

5'

GAGCTC

3'

3'

TTCGAA

5'

3'

ACCGGT

5'

3'

CTCGAG

5'

Hind III
5'

3'

TTCGA

Bal I

Sst I

AGCTT

3'

5'

TGG

CCA

3'

5'

GAGCT

5'

3'

ACC

GGT

5'

3'

capete coezive

capete boante

3'

TCGAG

5'

capete coezive

Hidroliza acizilor nucleici

O enzim de restricie are aceeai secven de
recunoatere indiferent de sursa ADN (bacterian, din
plante sau din animale)
O molecul de ADN poate s nu aib nici un situs de
recunoatere, unul sau mii de situsuri
Capetele ADN pot fi legate de ADN ligaz rezultnd
ADN recombinat, utilizat n ingineria genetic,
diagnosticul prenatal al unor boli genetice sau la
alctuirea hrilor de restricie
La bacterii enzimele de restricie au rol de protecie
mpotriva infeciilor virale; bacteria i metileaz A i C
din secvena de recunoatere i astfel i-o protejeaz

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Moleculele de ADN au de la cteva
perechi de baze (virusuri mici) pn
la miliarde de perechi de baze
(plante, animale)
Cu excepia unor bacteriofagi care au
ADN moncatenar, majoritatea
moleculelor de ADN sunt dublu
catenare, liniare sau circulare

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Moleculele de ADN dintr-o celul alctuiesc
cromozomii celulei
Fragmentele cromozomiale care conin informaia
genetic cu privire la sinteza unui singur lan
polipeptidic au fost denumite gene.
Fiecare cromozom conine un set unic de gene
Totalitatea genelor cuprinse n cromozomii unei
celule constituie genomul acesteia
La procariote avem un singur cromozom,
circular, care conine setul complet de gene pentru
specificarea caracterelor celulei (4,6 x 106 perechi de
baze, lungime aprox. 1,6 mm)

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
n celulele procariote, ADN este distribuit ntr-o mas
cromozomial
n citoplasma celulei se afl cantiti mici de ADN
extracromozomial. Aceste molecule se numesc plasmide
i conin o cantitate redus de informaie genetic
Plasmidele:
Trec uor prin membrana celulei gazd
Molecule mici, ce codific gene accesorii - conin gene ce le
confer bacteriei rezisten la antibiotice
Se autoreplic extrem de rapid, independent de ADN
cromozomial
Pot migra de la o celul cu rezisten la antibiotic la alt celul,
cu sensibilitate la antibioticul respectiv, fcnd-o i pe aceasta
rezistent (pericol pentru terapia cu antibiotice)
Sunt utilizate n manipularea genic, fiind vectori pentru
fragmente strine de ADN

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
La eucariote ADN se afl n nucleu
n perioadele de repaus, materialul se
gsete sub form de cromatin = material
amorf, dispersat n nucleu, care conine ADN,
proteine bazice (histone), proteine
nehistonice (hertine) i mici cantiti de ARN
n timpul mitozei cromatina se condenseaz
i se subdivide n cromozomi = complexe
ADN-proteine (o singur molecul de
ADN)

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Genomul uman const n 46 cromozomi grupai n 23
perechi i conine aproximativ 6 x 109 perechi de baze
Cea mai mare parte a genomului este
necodificatoare avnd rol n reglarea exprimrii
genelor n timpul dezvoltrii, diferenierii i adaptrii la
condiiile de mediu
n mitocondrii se afl molecule de ADN circular, cu
mas mic, care difer de ADN nuclear prin structur
i proprieti (reprezint 1% din ADN total) ; specific
proteine mitocondriale, cum ar fi proteine ale lanului
respirator; majoritatea proteinelor mitocondriale sunt
ns specificate de ADN nuclear.

Cromozomii eucariotelor
Fiecare cromozom conine o singur molecul de
ADN cu o lungime de aprox. 2 m !!!
mpachetarea presupune scurtarea de 10 000 ori a
lungimii sale
Primul stadiu n condensarea ADN, realiznd un
grad de compactare egal cu 7, este nucleozomul
Nucleozomul este unitatea de baz a
cromatinei; fibra de cromatin arat ca un irag
de mrgele, mrgelele fiind nucleozomii iar aa
poriuni de ADN liber (ADN de legtur cu 8-120
perechi de baze)

Cromozomii eucariotelor
Histonele sunt proteine bazice, cu
mas molecular mic, care
interacioneaz ionic cu anionii fosfat
din catenele de ADN; exist 5 clase
de histone:
Histone bogate n lizin H2A, H2B
Histone bogate n arginin H3, H4
Histone de legtur H1, cu rol de
protejare a ADN de aciunea nucleazelor

Cromozomii eucariotelor
Nucleozomul are forma unui cilindru turtit i cuprinde
un octamer histonic constituit din 2H2A, 2H2B, 2H3, 2H4 n
jurul cruia se nfoar de aprox. 2 ori cu rsucire spre
stnga o secven de ADN avnd aprox. 140 perechi de
baze
Histona H1 se leag de ADN de legtur; ea are rol
esenial n etapa urmtoare de compactare cu formarea
unei structuri care arat ca un solenoid i care asigur
o scurtare de 40 ori a moleculei de ADN
Solenoizii se asociaz ntre ei determinnd o
condensare suplimentar
Proteinele nehistonice din structura cromatinei au rol
n destinderea strii condensate a cromatinei, pentru a
permite replicarea i transcrierea, au rol n viabilitatea
celulei

 Nucleozom

Solenoid