Rezolvari teme curs 4-12

Tema pentru acasa:

-Stabiliti configuratiile R-S pentru urmatoarele structuri;
 1 1 O 2 OH
HS SH C
3 4 3 2 O 3 1
O CH C CH3 O CH C C O CH C SH
OH S
C CH3 CH3
HO 2 O 4 4

in v e r s a r e c o n fig u r a tie

N O NH2
O 1C
2 C
O 3
3 1 2 CH C CH3
H3C C C
S 4 4 S
OH
H H

S 1
S 1 R O 2
CH CH CH
4 3 2 3
1 3
H C C N O CH C C N
S CH C C N
HC H4 H4
2 O
in v e r s a r e c o n fig u r a tie
 HS 2 O
O 3 O 3
CH CH C
OH OH O 3 1 OH
4 1 HS 2 1 CH C C
H3C C C C
S S
2 O 4
CH3
S CH3 S
HS O 4

in v e r s a r e c o n fig u r a tie

H3C 1 H3C 1 H3 C
S SH
S 1 3 OH
OH OH
4 3 2 S C C
3
H C C HS C
2 H O
HS O O 4
H
4

in v e r s a r e c o n fig u r a tie
Tema de casa
1. Desenati formulele Haworth pentru urmatoarele substante:
a) α-D-glucofuranoza
b) β-D-fructopiranoza
c) α-D-manopiranoza
d) α-D-alofuranoza

2. O solutie proaspat preparata de α - D-galactoza (1g/ml) are o rotatie optica de +150.7°.

Daca solutia este masurata dupa 10 zile, ea prezinta o rotatie optica de + 80.2°.
O solutie proaspat preparata de β - D-galactoza (1g/ml) prezinta o rotatie optica de + 52.8° care
la fel, dupa 10 zile, prezinta o rotatie optica de + 80.2°.
Calculati compozitia procentuala a celor doua forme ale galactozei la echilibru (se neglijeaza
prezenta formei aciclice).

3. Folosind conventia CIP stabiliti configuratiile R-S pentru fiecare atom de carbon chiral din
D-glucoza, D-fructoza, α-D-glucopiranoza.

4. Explicati de ce D-galactoza roteste planul luminii polarizate in timp ce D-galactolul (obtinut

prin hidrogenarea D-galactozei) nu roteste planul luminii polarizate.
 O
HC OH
OH
H C OH O H
HO C H OH H
H OH
H C OH H OH
H C OH
CH2OH

α-D-glucofuranoza

CH2OH
H
C O H O OH
H H OH
HO C H
HO
H C OH OH
OH H

H C OH
CH2OH

β-D-fructopiranoza
 O
HC
OH
HO C H
H OH
HO C H H
OH OH
H C OH HO OH
H H
H C OH
CH2OH

α-D-manopiranoza
O
HC
H C OH OH
OH H
O
H C OH H H
H C OH H OH
H C OH OH OH

CH2OH

α-D-alofuranoza
2.
X=% α - D-galactoza
Y=% β - D-galactoza x + y =100
x y
150.7   52.8  80.2
100 100
150.7  x  100  x   52.8  80.2 100
97.9  x  8020  5280  2740
2740
x  27.98%
97.9
y  72.02%
3. O
HC
H C
R
OH D-glucoza,
S
HO C H
R
H C OH
R
H C OH

CH2OH

O
HC
H C OH

HO C H R 2 3
1 O 2 O
HC HC R1
H C OH 4
O R
3
H C OH R1 C OH CH C OH
H C OH 1 1 2 1
3R 4 H 4 H
CH2OH 1
 CH2OH

C O OH
S
HO C H R
H O H
R R
H
H C OH OH H S
R HO S
R OH
H C OH H OH
CH2OH

D-fructoza, α-D-glucopiranoza

4. D-galactolul are un plan de simetrie!

O CH2OH
HC
H C OH
H C OH
HO C H
HO C H
HO C H
HO C H
H C OH
H C OH
CH2OH
CH2OH

D-galactoza D-galactolul
Tema de casa:
1. Sa se reprezinte cu formule de proiecţie Haworth structura urmatoarelor
oligoglucide:
a) α - D –galactopiranozil 1-4 - α –D-fructopiranoza
b) α - D –galactopiranozil 1-4 - α –D-manopiranoza;
c) β - D –galactopiranozil 1-6 – α-glucopiranoza;
d) α - D –galactopiranozil 1-1 - α –D-manopiranoza
e) β - D –glucopiranozil 1-1 - β –D-manopiranoza

Sa se precizeze care dintre oligoglucide nu este reducatoare.

2. O trizaharida cu structura necunoscuta este tratata cu metanol in prezenta de HCl (pentru

metilarea grupelor hidroxil libere) iar apoi este supusa hidrolizei acide (pentru ruperea legaturilor
glicozidice). Produsele rezultate sunt: 2,3,4,6-tetra-O-metil glalactoza, 2,3,4-tri-O-metil glucoza
si 2,3,6-tri-O-metil glucoza. Tratarea trizaharidei cu enzima β(1→6)-galactozidaza conduce la
obtinerea D-galactozei si a unei dizaharide. Tratarea diizaharidei obtinute anterior cu enzima
α(1→4)-glucozidaza conduce la obtinerea D-glucozei. Desenati structura trizaharidei, denumiti-o
si precizati daca are caracter reducator sau nu.
 OH H OH OH
OH
HO OH H O HO OH H OH
H H H OH H H
OH H OH H OH OH
H O OH H O OH
H OH OH H H OH H H

a) α - D –galactopiranozil 1-4 - α –D- b) α - D –galactopiranozil 1-4 - α –D-

fructopiranoza manopiranoza;
OH
OH
H OH
OH HO OH H
O H OH OH
OH H HO
HO O OH
H H H H H
OH H H H OH
OH H
H H HO OH
H OH H OH O

c) β - D –galactopiranozil 1-6 – α- d) α - D –galactopiranozil 1-1 - α –D-

glucopiranoza; manopiranoza
 OH
H OH
H
OH H
HO
H OH
O
OH

H O
H OH
OH
HO H
H H

e) β - D –glucopiranozil 1-1 - β –D-manopiranoza

2. OH
HO OH
H
OH H
H
H OH
O OH
H O H H OH
H H
OH H OH H
HO OH
H OH O
H OH
Tema de casa
1. O poliglucida cu structura necunoscuta a fost izolata si supusa metilarii cu metanol in acid
clorhidric si apoi hidrolizei. In urma tratamentului se obtin trei monoglucide metilate: 2,3,4-tri-
O-meti-lD-glucoza, 2,4-di-O-metil-D-glucoza si 2,3,4,6-tetra-O-metil-D-glucoza in raport molar
de 20:1:1.Care este structura poligucidei (desen cu formula Haworth)?

2. Care este formula moleculara (CxHyOz) aunei poliglucide liniare formata din 20 de unitati de
glucoza?

3. Din cele mai vechi timpuri s-a a observat că anumite păsări, cum ar fi cocoșul de munte,
prepelițele, fazanii, obosesc foarte usor. Istoricul grec istoric Xenophon scria printre altele:
“Dropiile. . . pot fi prinse dacă unul din vanatori este rapid si le alearga, pentru ca
ele vor zbura numai o distanță scurtă, ca potârnichile, și, în curând vor obosi, iar carnea lor este
delicioasa". Mușchii de zbor ai păsărilor se bazează aproape exclusiv pe utilizarea glucozo 1-
fosfatului pentru producerea de energie, sub forma de ATP. Glucozo 1-fosfat este format prin
descompunerea glicogenului muscular stocat, catalizată de enzima glicogen- fosforilaza. Viteza
de producere a ATP este limitată de rata de descompunere a glicogenului. În timpul unui "zbor de
panică," rata de descompunere a glicogenului este destul de mare, aproximativ 120 mol /min de
glucozo 1-fosfat produs per gram de țesut viu. Având în vedere că mușchii de zbor conțin, de
obicei, aproximativ 0,35% glicogen din greutate, se calculează cât de mult poate zbura o pasare.
(Presupunem ca greutatea moleculară medie a unui reziduu de glucoză în glicogen este de 162 g /
mol.)
 H2C OH
H O H
H
OH H
HO
O
H OH
CH2
HO
H O H
H H
HO
OH O
H H2C
H O H
H
OH H
HO
O H OH O
H OH H2C
H
OH H
HO H OH
H
H OH O OH H
HO
O
H OH 18
H OH H2C
H
OH H H O H
HO O H
H
H OH HO O
H OH
2. Care este formula moleculara (CxHyOz) aunei poliglucide liniare formata din 20 de unitati de
glucoza?

La unirea a 20 de resturi de glucoza se elimina 19 molecule de apa.

Deci (C6H12O6)20 - (H2O)19 rezulta: C120H202O101

3. Considerand masa molara medie a unui rest de glucoza de 162g/mol rezulta ca intr-un gram de
tesut muscular vom avea ca glucoza utila (sub forma de glicogen):
0.35
1g
100 3.5 10 3
  2.2 10 5 moli  22 moli
162 162

Rata de descompunere a glicogenului de aproximativ 120 mol /min

Deci timpul de zbor va fi:

22moli
 0.183 min  11s
120moli / min
Tema pentru acasa:
Desenati structurile formelor predominante ale:
(a) lisinei la pH= 11
(b) glicinei la pH =2
(c) acidului aspartic la pH= 7
(d) acidului aspartic la pH =3
e.) acidului glutamic la pH =4 (pKa αCOOH=2,19, pKa βCOOH=4,25 si pKaNH2=9,67).
a. Pentru lisina pKa αCOOH=2,18, pKa αNH2=8,95 si pKεNH2=10,83.

O + O H -, - H 2 O O O
+ + + O H -, - H 2 O
H3N H3 N - +
OH + O H3N -
+
+ H , -H 2O
+ + H +, -H 2O O
NH3 NH3 NH2
pK aC O O H pK aN H 2

+ O H -, - H 2 O O
H 2N -
+ H +, -H 2O O

pK
NH2
a N H 2

O
H2N -
La pH=11 structura majoritara este: O
NH2
 b. Pentru glicina pKaCOOH=2,37 si pKaNH2=9,6

O O O
+ O H -, - H 2 O + O H -, - H 2 O
+ +
H3N C H3N C - H2N C -
CH2
+
OH + H , - H 2 O CH2 O + CH2 O
+ H , -H 2O

pK aC O O H
pK aN H 2

O
La pH=11 structura majoritara este: +
H3N C
CH2 OH

c. Pentru acidul aspartic pKa αCOOH=2,09, pKa βCOOH=3,86 si pKaNH2=9,82.

O
O O
HO + O H -, - H 2 O + O H -, - H 2 O - + O H -, - H 2 O O
OH HO - O - -
+ O O O -
O NH3 + H +, -H 2O + + H +, -H 2O + + H +, -H 2O O
O NH3 O NH3
O NH2
pK aC O O H
pK aC O O H
pK aN H 2
La pH=7 structura majoritara este:
O
-
O -
O
+
O NH3

La pH=3 structura majoritara este: O

HO -
O
+
O NH3
e.) acidului glutamic la pH =4 (pKa αCOOH=2,19, pKa βCOOH=4,25 si pKaNH2=9,67).

OH O OH O
+ O H -, - H 2 O
CH2 CH2 C - + O H -, - H 2 O
C C C
OH + H +, -H 2O O CH2 CH O
O CH2 CH + H +, -H 2O
+ +
NH3 pK aC O O H
NH3
pK aC O O H

- -
O + O H -, - H 2 O O O
O
CH2 C C CH2 C -
C - + H +, -H 2O O
O CH2 CH O O CH2 CH
+ NH2
NH3 pK aN H 2

OH O
C CH2 C -
O
La pH=4 structura majoritara este: O CH2 CH
+
NH3
Tema de casa
1. Scrieti tripeptidele posibile ce se pot forma din glicina, cisteina si α-alanina, in care fiecare
aminoacid apare o singura data.

2. Care este inaltimea unui segment proteinic cu cu structura de elice α ce contine 300 de
aminoacizi?

3. Studiind enzimele ce se gasesc in celulele unei plante reusiti sa separati un extract care contine
enzimele A, B si C. Enzimele A si B au masa moleculara de 60.000 Da iar enzima C de 100.000
Da. Enzima A are punctul izoelectric la 6.5 in timp ce enzimele B si C au punctul izolelectric la
7.5. Propuneti o schema de separare utilizand doua tehnici din cele prezentate pentru a separa cei
3 compusi.
1. Gly-Cys-Ala, Gly-Ala-Cys, Cys-Gly-Ala, Cys-Ala-Gly, Ala-Gly-Cys, Ala-Cys-
Gly,

2. 300 x1.5Å = 450Å

3. Filtrare pe gel permeabil –se separa proteina C.

Pentru separarea proteinelor A si B exista mai multe variante:
a. Aducerea solutiei la pH=7.5 cand precipita proteina B si se separa prin filtrare.
b. Solutia celor doua proteine se aduce la pH=7 cand A este incarcata negativ si B
pozitiv, apoi se separa prin cromatografie de schimb ionic (fie cu incarcare
pozitiva fie negativa).
Tema de casa
1. Un grup de peptide care influenteaza transmisiile nervoase in unele parti ale creierului a fost
izolat din tesutul cerebral. Aceste peptide sunt cunoscute ca opioide pentru ca se leaga de
receptorii specifici care leaga de asemenea si droguri opioide precum morfina si naloxona.
Folosin informatiile de mai jos determinati structura primara a neurotransmitatorului leucin-
encefalina.

(a) Hidroliza completa cu HCl 6M la 1100C urmata de analiza aminoacizilor rezultati indica
prezenta Gly, Leu, Phe si Tyr, in raport molar 2:1:1:1.
(b) Tratarea cu 2,4-dinitrofluorbenzen urmata de hidroliza completa si cromatografie indica
prezenta derivatului 2-4-dinitrofenil al tirozinei. Analiza cromaotografica indica absenta tirozinei
libere in amestecul de aminoacizi.
(c) Tratarea peptidei cu pepsina urmata de cromatografie indica prezenta unei dipeptide ce
contine Phe si Leu si a unei tripeptide ce contine Tyr si Gly in raport molar 1:2.
3. Solutia unei proteine se imparte in doua parti. Prima parte se trateaza cu pepsina cand rezulta
in urma analizei urmatoarele fragmente:

Asn─Thr ─ Trp ─ Met ─ Ile ─ Lys

Gly ─ Tyr ─ Met ─ Gln ─ Phe
Val ─ Leu ─ Gly ─ Met ─ Ser ─ Arg

Cea de a doua parte se trateaza cu BrCN cand rezulta urmatoarele fragmente:

Gln ─ Phe
Val ─ Leu ─ Gly ─ Met
Ile ─ Lys ─ Gly ─ Tyr ─ Met
Ser ─ Arg ─ Asn ─ Thr ─ Trp ─ Met

Pe baza acestor teste determinati structura primara finala a proteinei analizate.

1. (a) Hidroliza completa cu HCl 6M la 1100C urmata de analiza aminoacizilor rezultati indica
prezenta Gly, Leu, Phe si Tyr, in raport molar 2:1:1:1.

Vom avea o pentapeptida ce contine 2 unitati de Gly, si cate o unitate de Leu, Phe si Tyr.

(b) Tratarea cu 2,4-dinitrofluorbenzen urmata de hidroliza completa si cromatografie indica

prezenta derivatului 2-4-dinitrofenil al tirozinei. Analiza cromatografica indica absenta tirozinei
libere in amestecul de aminoacizi.

Tyr este aminoacidul N-terminal.

(c) Tratarea peptidei cu pepsina urmata de cromatografie indica prezenta unei dipeptide ce
contine Phe si Leu si a unei tripeptide ce contine Tyr si Gly in raport molar 1:2.

Tyr este aminoacidul N-terminal deci singura posibilitate este Tyr-Gly-Gly. Pepsina hidrolizeaza
peptidele unde sunt Phe, Tyr sau Trp in partea aminica. Deci dipeptida este Phe-Leu.
Structura este Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Prima parte se trateaza cu pepsina tripsina cand rezulta in urma analizei urmatoarele
fragmente:

Asn─Thr ─ Trp ─ Met ─ Ile ─ Lys

Gly ─ Tyr ─ Met ─ Gln ─ Phe
Val ─ Leu ─ Gly ─ Met ─ Ser ─ Arg

Rezulta ca fragmentul Gly ─ Tyr ─ Met ─ Gln ─ Phe este C-terminal.

Cea de a doua parte se trateaza cu BrCN cand rezulta urmatoarele fragmente:

Gln ─ Phe
Val ─ Leu ─ Gly ─ Met
Ile ─ Lys ─ Gly ─ Tyr ─ Met
Ser ─ Arg ─ Asn ─ Thr ─ Trp ─ Met

Val ─ Leu ─ Gly ─ Met ─Ser ─ Arg ─ Asn ─ Thr ─ Trp ─ Met ─Ile ─ Lys ─ Gly ─ Tyr ─ Met ─Gln ─ Phe
Tema de casa
Un biochimist studiaza proprietatile unei enzime metabolice pe care el insusi a izolat-o. El obtine
date cinetice in prezenta si in absenta a doi inhibitori diferiti (A si B). Identitatea inhibitorilor
este necunoscuta dar se stie ca unul este analog substratului iar celalalt este un agent de alchilare.

[S] (mol/L) Fara inhibitor Cu inhibitor A Cu inhibitor B

[I] =0 [I] = 5 x 10-4 M [I] = 3,2 x 10-6 M
v (μmol/min) v (μmol/min) v (μmol/min)
5 x 10-4 1.25 0.82 0.48
2,5 x 10-4 0.87 0.49 0.33
1,7 x 10-4 0.67 0.36 0.25
1,2 x 10-4 0.54 0.26 0.20
1 x 10-4 0.45 0.23 0.17

Determinati:
a) KM si Vmax pentru enzima ;
b) Care inhibitor este analog substratului? Care este agentul de alchilare? (Sugestie: ce fel de
inhibare are loc?)
c) Valorile KMi si Vmaxi in cazul utilizarii inhibitorilor;

Obs. Utilizati un program de calcul , Excel spre exemplu!

 [S] (mol/L) Fara inhibitor Cu inhibitor A Cu inhibitor B
       
[I] =0 [I] = 5 x 10 M
-4
[I] = 3,2 x 10 M-6

       
v (μmol/min) v (μmol/min) v (μmol/min) 1/S 1/v0 1/va 1/vb
5.00E-04 1.25 0.82 0.48
2000 0.80 1.22 2.08
2.50E-04 0.87 0.49 0.33
4000 1.15 2.04 3.03
1.70E-04 0.67 0.36 0.25
5882 1.49 2.78 4.00
1.20E-04 0.54 0.26 0.2
8333 1.85 3.85 5.00
1.00E-04 0.45 0.23 0.17
10000 2.22 4.35 5.88

1 KM 1 1
  
v v max [ S ] v max 7.00
6.00
f(x) = 0 x + 1.16
5.00
  Vmax Km 4.00
fara
f(x) = 0 x + 0.45
fara 0.86 4.31E-04 Linear (fara)
3.00
A 2.24 8.97E-04 A
B 2.21 4.43E-04 2.00 Linear (A)
f(x) = 0 x + 0.45
B
1.00
Linear (B)
0.00