Flora Deltei este reprezentată în mare parte de o vegetație specifică
zonelor umede (stuful, papura, rogozul, în amestec cu salcia pitică) și ocupă 78% din totalul suprafeței. Zăvoaiele ocupă 6% din suprafața deltei, fiind păduri de salcie, frasin, arin, plop, care cresc pe grindurile fluviatile, fiind periodic inundate, iar ochiurile de apă sunt acoperite de o vegetație acvatică și plutitoare, ocupând 2% din suprafața deltei. De asemenea, există păduri (Pădurea Letea și Pădurea Caraorman) alcătuite din arbori (stejar brumăriu, stejar pedunculat, frasin, plop tremurător, ulm), arbusti (zălog, cătină roșie) și plante agățătoare (hamei, curpen, viță sălbatică).
Nufăr alb (Nymphaea alba) în arealul Deltei
La nivelul ierburilor sunt întâlnite elemente floristice (meridional- continentale și xero-mezofile) din specii rare[14] printre care unele protejate la nivel european prin Directiva 92/43/CE (anexa I-a) din 21 mai 1992 (privind conservarea habitatelor naturale și a speciilor de faună și floră sălbatică)[15]; astfel: centaurea (Centaurea jankae aflată pe lista roșie a IUCN[16], Centaurea pontica și Centaurea tenuiflora), capul-șarpelui (Echium russicum), otrățelul bălților (Aldrovanda vesiculosa), trifoiașul-de-baltă(Marsilea quadrifolia), ciucușoară de nisip(Alyssum borzaeanum)[17], orhideea piramidă (Anacamptis pyramidalis), volbură de nisip (Convolvulus persicus), sânziană (Galium humifusum), garofiță (Dianthus pseudarmeria), coșaci (Astragalus vesicarius), valentiță (Tanacetum millefolium), nebunariță (Hyoscyamus niger), nufăr galben (Nuphar lutea), nufăr alb (Nymphaea alba), obligeană (Acorus calamus), ferigă de baltă (Thelypteris palustris), piciorul cocoșului (Ranunculus repens), vitrigon (Eryngium maritimum), alior (Euphorbia peplis), alior de baltă (Euphorbia palustris[18], Euphorbia seguieriana), cârcel (Ephedra distachia), pelin (Artemisia tschernieviana), bărbișoară (Allysum hirsutum), volbură (Convolvulus lineatus), varză de mare (Crambe maritima), pătlagină (Plantago cornuti), ață de mare (Ruppia maritima), brândușă de nisip (Merendera sobolifera)[19], garofiță (Dianthus pseudarmeria și Dianthus bessarabicus), siminoc (din specia Helichrysum arenarium), grășătoare (Sagina maritima), chimionul porcului (Peucedanum arenarium), valentiță (Tanacetum milefolium), vanilie sălbatică (Heliotropium curassavicum), vioreaua de baltă (Hottonia palustris), otrățel (Onosma arenaria), ploșnițoasă (Orchis coriophora ssp. fragrans), bujori (Orchis laxiflora ssp. elegans), untul-vacii (Orchis morio), petunie (Petunia parviflora), ferigă plutitoare (Salvinia natans), otrățel de baltă (Utricularia vulgaris), plutică (Nymphoides peltata), troscot de apă (Polygonum amphibium), săgeata apei (Sagitaria sagitifolia), pipirig (Juncus gerardii), rogoz (Carex ligerica) sau pir de mare (Elymus sabulosus).