Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Caiet Probleme - Biochimie Analitica
Caiet Probleme - Biochimie Analitica
Gel-filtrarea : prin trecerea unui amestec proteic pe coloană, componentele probei vor
interacționa cu suportul astfel : proteinele cu V mic vor pătrunde mai adânc în porii
suportului, proteinele cu V mai mare vor interacționa mai puțin cu suportul, iar proteinele
foarte mari nu vor interacționa deloc. Determinarea masei moleculare a unei proteine
necunoscute se face extrapolând V eluție al proteinei pe graficul log M=f(Ve), realizat cu
ajutorul unor proteine cu masă moleculară cunoscută.
b. C%=
C% initial =
Gelul realizat se poate utiliza ca gel de separare deoarece are un T% suficient de mare pentru
ca procesul de cernere moleculară să se desfășoare. Gelul nu poate fi utilizat ca gel de
concentrare, deoarece acestea trebuie să aibă un T% mai mic : 4-5%.
8. Precizați o serie de metode de denaturare utilizate în analiza electroforetică a unei
proteine.
- denaturare cu detergenți (SDS, LDS, CTAB)
- denaturare folosind uree (6-8M)
- denaturare cu clorură de guanidină (6-8 M)
- denaturare folosind agenți reducători ai punților disulfurice : β-mercaptoetanol,
ditiotreitol, ditioeritritol.
- denaturare prin incubare la fierbere
9. Determinati masele moleculare (lgMM) ale
celor doua proteine separate prin PAGE (linia 3)
MM lg MM
200000 5,30103
116000 5,064458
97000 4,986772
66000 4,819544
45000 4,653213
31000 4,491362
21500 4,332438
14400 4,158362
10. Se amestecă 28,5 g acrilamidă cu 0,5 g bisacrilamidă și se aduce la 100 ml cu apă
distilată
a. Calculați T% si C%
b. Se realizează un amestec de polimerizare compus din
Gel 1
Acrilamidă/bisacrilamidă 2,69 ml
Tris HCl, 1,5M, pH 8,9 2,5 ml
Apă distilată 4,75 ml
SDS 100µl
TEMED 20µl
Gel 2
Acrilamidă/bisacrilamidă 0,85 ml
Tris HCl, 1,5M, pH 8,9 ; 1,3 ml
Apă distilată 2,8 ml
SDS 50µl
TEMED 5µl
a. T%=28,5+0,5=29%
C%=
Gel 1 :
100 ml…29 g acrilamidă+bisacrilamidă
2,69 ml…x ; x= g
V gel 1 = 2,69+2,5+4,75+0,1+0,02=10,06 ml
0,78 g….10,06 ml
T%..........100 ml
T%=7,75%
Gel 2 :
100 ml…29 g acrilamidă+bisacrilamidă
0,85 ml…x ; x= 0,2465g
V gel 2 = 0,85+1,3+2,8+0,05+0,005=5,005 ml
0,2465 g….5,005 ml
T%..........100 ml
T%=4,92%
C%=1,72%
11. Definiți Ka si Kav (asemănari/deosebiri)
12. Avantajele eluției în trepte
În cadrul eluției în trepte, coloana este eluată cu soluții cu putere de eluție crescătoare.
Avantajele acestei metode sunt timpul scurt de realizare și obținerea componentelor
probei într-o formă mai concentrată...............
13. În cazul cromatografiei în strat subțire în sistem cloroform-butanol 7:3, o proba A se
rezolvă în 2 spoturi intim legate. Expuneți căile/metodele de crestere a rezolutiei.
14. Fenomene de adsorbție nespecifică – enumerați cauze
15. Completați locurile libere
D (cm) V*h*103
0,15 2,5
0,25 5
0,4 7,5
0,56 15
0,77 20
1 25
1,2 30
D (cm) 35
30
25
20
15
10
0
0 0,2 0,4 0,6 0,8 1 1,2 1,4
V*h*103
Blue dextran 2000 se utilizează pentru determinarea timpului mort (tM) și a volumului
spațiului gol (void volume) în gel-filtrare. Blue dextran 2000 este un conjugat al
dextranului (polizaharid cu masa moleculară foarte mare ) cu un colorant și datorită
mărimii foarte mari trece prin coloană fără a interacționa cu aceasta. Timpul de eluție al
blue dextran 2000 pe coloană va reprezenta tM, iar volumul de eluție va fi void volume.
Dacă o proteină migrează o dată cu blue dextran 2000 se poate spune că aceasta nu
interacționează cu faza staționară, din cauza mărimii foarte mari care nu permite
pătrunderea acesteia prin porii gelului. Pentru a crește tR pentru această proteină trebuie să
alegem un domeniu de selectivitate în care să se regăsească proteina de interes. În funcție
de mărimea proteinei alegem mărimi diferite ale particulelor gelului.
19. Un compus A nu poate fi extras din linia de start în sistemul cloroform-metanol-apă
7:2:1. Încercați să explicați fenomenul si să gasiți soluția adecvată pentru a produce
migrarea acestuia pe support.
Compusul a rămas în linia de start deoarece alegerea fazei mobile nu a fost adecvată,
aceasta fiind prea puțin polară în raport cu compusul pentru a permite eluarea acestuia
pe suportul cromatografic. Pentru a produce migrarea compusul A pe suport putem să
mărim proporția metanolului în sistemul de solvenți ales sau putem să folosim un
solvent mai polar.
20. In cazul cromatografiei de schimb ionic se poate vorbi de void volume? Ce proprietăți
trebuie să aibă o substanță pentru măsurarea acestuia?
Void volume se poate determina și în cazul cromatografiei de schimb ionic. În acest caz,
se introduce pe coloană o proteină care posedă aceeași sarcină superficială ca și sarcina
schimbătorului de ioni. Această proteină nu va interacționa deloc cu schimbătorul de ioni,
astfel încât se poate determina volumul spațiului gol ca fiind volumul necesar eluției
proteinei pe coloană.
21. Explicați relația dintre timpul de retenție și volumul de eluție.
Timpul de retenție și volumul de eluție sunt termeni echivalenți și sunt caracteristice
pentru un compus dat. Timpul de retenție este definit ca timpul necesar unui compus să
treacă printr-o coloană cromatografică, în timp ce volumul de eluție reprezintă volumul de
fază mobilă necesar eluției acelui compus de pe coloană.
22. Gel filtrarea – principiu, aplicatii, avantaje, dezavantaje
23. Preparați 10 ml gel poliacrilamidă cu T=10% dintr-un amestec acrilamidă-
bisacrilamidă 29,2:0,8 g/100 ml. Calculați C%. Calculați volumul de apă știind că
amestecul de polimerizare conține 2.5 ml tampon Tris-HCl 1.5 M, pH 8.8, 0.1 ml APS
10% ; 0.05 ml TEMED și 0.1 ml SDS. Care este rolul : APS, TEMED și SDS? Ce fel
de gel s-a preparat? Care este rolul său în separarea electroforetică? Peste acest gel se
toarnă un nou gel cu T=4%, dar tamponul utilizat are pH 6,8. Care este rolul acestui
gel? Modificarea lui T% conduce la modificarea C%?
T% initial=30%
30 g 100 ml
1 g acrilamidă+bisacrilamidă y=3,33 ml soluție acrilamidă + bisacrilamidă
VH20=10-(3,33+2,5+0,1+0,05+0,1)=3,92 ml
Gelul preparat reprezintă un gel de poliacrilamidă cu SDS și are rolul de a separa proteinele în
funcție de masa lor moleculară, fiind gel de separare într-o electroforeză in sistem
discontinuu.
Gelul cu T=4% reprezintă gelul de concentrare și are rolul de a stivui componentele probei în
benzi subțiri, proteinele migrând sub această formă în gelul de separare, unde sunt rezolvate.
Modificarea T% nu duce la modificarea C%.
24. Metode de transfer pe membrane și de detectie după transfer.
25. Electroforeza în camp pulsatoriu – principiu, aparatură, utilizări.
26. Definiți următorii termeni : eluție, faza mobilă, faza staționară, constanta de
distribuție, timp de retenție, factor de selectivitate, înălțimea talerului teoretic,
rezoluția coloanei, eluent.
Eluție – trecrea compușilor pe coloană la adăugarea continuă de fază mobilă
Faza mobilă – solventul utillizat pentru eluția probelor
Faza staționară – mediul utilizat în cromatografie prin care componentele probei trec
și unde sunt separate în funcție de tăria interacției stabilite cu faza staționară
Constanta de distribuție – raportul dintre concentrația molară a solutului din faza
staționară și concentrația molară a solutului din faza mobilă
Timp de retenție – timpul necesar unui compus să treacă printr-o coloană
cromatografică
Factor de selectivitate – raportul dintre constanta de distribuție a speciei mai puternic
reținută de coloană și constanta de distribuție a speciei mai puțin reținută de coloană.
Înălțimea talerului teoretic – raportul dintre lungimea coloanei împachetate și numărul
talere teoretice; la nivelul fiecărui taler teoretic se stabilește un echilibru între faza
mobilă și faza staționară.
Rezoluția coloanei – măsură a capacității coloanei de separare a 2 analiți
Eluent – volumul de fază mobilă
27. Descrieți problema generală a eluției.
28. Cum poate fi manipulat factorul de retentie în cazul unui solut?
În cazul cromatografiei cu faza mobilă gazoasă, factorul de retenție poate fi crescut prin
creșterea temperaturii. În schimb, în cazul cromatografiei cu fază mobilă lichidă, creșterea
temperaturii are un efect neglijabil asupra factorului de retenție, în acest caz, factorul de
retenție putând fi modificat prin schimbarea compoziției solventului. Creșterea factorului
de retenție duce în general la creșterea rezoluției, îmbunătățind semnificativ separarea
compușilor.
29. Definiți procesul de alterare a fazei mobile și stationare. Exemple
30. Descrieți o metodă de determinare a numărului de talere teoretice dintr-o coloană.
31. Caracterizați timpul de retentie și volumul de eluție în cazul unui solut.
32. Descrieți tipul de cromatografie de partiție în functie de starea stationară și mobilă.
33. Două proteine A și B se determină prin focalizare izoelectrică având pIA=7,5 și
pIB=8,0. Cele doua proteine se separă prin cromatografie de schimb ionic. Stabiliți
tamponul de eluție și matricea cromatografică utilizată.
Matricea cromatografică : carboximetil Sephadex (CM-Sephadex)
Soluție tampon : tampon acetat pH 4,6
Eluție în gradient sau în trepte cu NaCl
34. Cromatograma de mai jos prezintă modul de separare a celor doua proteine. Calculați
rezoluția de separare a celor două proteine și factorul de asimetrie al acestora. Care
este factorul de trenare?
35. Descrieți succint o metodă cromatografică de determinare a masei moleculare a celor
două proteine.
36. Amestecul celor doua proteine se supune separării prin electroforeză nativă pe un gel
de poliacrilamidă preparat astfel :
Gel de concentrare (T=4,5%)
Acrilamidă (29,5 g) si bisacrilamidă (0,5 g)
aduse la 100 ml
Tampon Tris-HCl pH 6,8 1,3
Apă distilată
Persulfat de amoniu 20 µl
TEMED 5 µl
Volum total 5 ml
4,5 g acrilamidă+bisacrilamidă…100 ml
x……………………………........5 ml x=0,225 g
30 g……100 ml
0,225 g…..y y=0,75 ml acrilamidă+bisacrilamidă
100 ml......30 g
3,33 ml.....x
x=0,99 g
0,99 g...10 ml
T%...........100 ml
c. C% are aceeași valoare în ambele geluri și este egal cu C% din soluția inițială.
C%= x100=1,66%
37. Tamponul de migrare utilizat este Tris-glicina pH 8,3. Explicați succint rolul glicinei
în separarea electroforetică a celor doua proteine.
Ionul glicinat are rol de ion terminal pentru că este un ion lent și migrează ultimul.
Între ionul glicinat și ionul clorură (care este ionul frontal, deoarece migrează rapid în
câmpul electroforetic) se dispun componentele proteice ale probei, aceasta fiind
stivuite în gelul de concentrare și migrând în gelul de separare sub această formă.
38. Amestecul celor două proteine se separă apoi prin electroforeză pe gel de
poliacrilamidă în prezență de SDS. Dupa colorare, proteina B conduce la două benzi.
a. Ce se poate spune despre cele doua proteine?
b. Care este rolul SDS?
c. Care este rolul β-mercaptoetanolului?
T% initial=29,5+0,5=30%
C% inițial=C% final=
56. Punctul isoelectric al 6 fosfogluconat dehidrogenazei este 6. Explicați de ce
tampoanele folosite în cromatografia pe DEAE-celuloză trebuie să aibă pH mai mare
de 6, dar mai mic de 9, pentru ca enzima să se lege la suport. Se va lega această
enzimă la CM-celuloză în același domeniu de pH folosit pentru DEAE-celuloză?
Explicați. În ce domeniu de pH vă așteptați să se lege această dehidrogenază la CM-
celuloză? Explicați.
DEAE celuloza este un schimbător de ioni încărcat pozitiv și leagă proteine cu sarcini
negative. La valori de pH mai mari de pH-ul izoelectric, proteinele au sarcină netă
negativă și enzima se poate lega la suport. Totuși, nu se poate lucra la orice valoare de
pH, deoarece enzima își poate pierde activitatea biologică, dacă se află la un pH în
afara domeniului său de stabilitate.
CM-celuloza este un schimbător de ioni încărcat negativ și va lega doar proteinele cu
sarcină netă pozitivă. Enzima nu se poate lega la CM-celuloză în domeniul de pH 6-9,
deoarece este încărcată negativ. Pentru ca 6-fosfogluconat dehidrogenaza să se lege la
suport ar trebui lucrat la o valoare de pH sub valoarea pI.
57. Ce metodă cromatografică este adecvată pentru separarea următoarelor perechi de
peptide : Ala-Ala-Lys și Ala-Phe-Lys?
Pentru separarea celor două peptide se poate utiliza cromatografia cu fază inversă pe
coloană, în care faza staționară este hidrofobă și faza mobilă este hidrofilă, iar
proteinele interacționează cu faza staționară prin intermediul aminoacizilor nepolari.
Această metodă este foarte specifică, permițând separarea peptidelor care diferă printr-
un singur aminoacid.
58. Cunoscând faptul că pI al următoarelor proteine sunt :
Mioglobină(cal) 7
Hemoglobină(om) 7,1
Ribonuclează A(bovina) 7,8
Citocrom c (cal) 10,6
indicați ce metode cromatografice ar fi adecvate pentru separarea perechilor de substanțe :
mioglobină-hemoglobină și ribonuclează A-citocrom c.
1. a, b
2. a
3. d
4. c
5. b
6. c
7. b
8. a
60. Descrieți succint principiul următoarelor tehnici de cromatografie : cromatografie pe
hidroxiapatită, cromatografia în fază inversă a proteinelor, cromatografia de interacție
hidrofobă, cromatografia de adsorbție tiofilă, cromatografia de schimb ionic.
În care din aceste tehnici se utilizează sulfatul de amoniu? Care este rolul lui? Dar
clorura de magneziu și clorura de sodiu?
61. Rolul glicinei în electroforeza multifazică pe gel de poliacrilamidă.
62. Descrieți 3 metode de determinare a masei moleculare în biochimia analitică.
63. Matrici (suporturi) utilizate în cromatografia de schimb ionic.
64. Rolul Blue dextran 2000 în calcularea caracteristicilor unei coloane cromatografice.
65. Descrieți parametrii T% și C%.
66. Rolul albastrului de brom fenol în determinarea masei moleculare a proteinelor prin
electroforeză.
67. Principiul electroforezei native în prezență de Coomasie Brillant Blue (BN-PAGE)
68. Geluri solubilizabile utilizate în electroforeză.
69. Definiți factorul de retenție și modalitatea sa de determinare.
70. Talerul teoretic. Definiție și rolul său în determinarea eficienței de separare a unor
compuși.
71. Definiți centrii C și P ai unui gel de hidroxiapatită.
72. Separarea populațiilor de celule prin electroforeză în flux continuu.
73. Agenți de reticulare ai acrilamidei utilizați în electroforeză.
74. Factorul de întârziere (Rf). Definiție și rolul său în determinarea eficienței de separare
a unor compuși prin electroforeză și cromatografie.