Titlul ,,Împăratul muștelor” se referă la capul de porc tăiat și înfipt de Jack,
reprezentând simbolic prezența răului pe insulă. Capul este putrezit în curând și acoperit cu muște. Titlul face aluzie și la demonul mitologic Beelzebub, al cărui nume este tradus literal ca „Împăratul muștelor”. Capul „Împăratul muștelor” reprezintă un simbol al răului și al sălbăticiei tribului de vânători al lui Jack. Conotația malefică a titlului și asocierea acestuia cu capul de porc tăiat corespunde temei primare a lui Golding cu privire la natura rea a omenirii, care este confirmată în timpul experienței lui Simon în pădure. La sfârșitul romanului, Ralph distruge craniul porcului și ia bățul pentru a-l folosi ca suliță. El înțelege răul care îl înconjoară în persoana lui Jack și caută să-l distrugă.