Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
1 Irving Langmuir, chimist i fizician (1881 – 1957), a primit în 1932 Premiul Nobel în chimie pentru lucrrile sale
în chimia suprafeelor, aa cum a motivat juriul ("for his discoveries and investigations in surface chemistry").
14
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.2. Imagine de microscopie electronic de transmisie pentru un preparat obinut prin
tehnica de îngheare-fracturare. În jumtatea dreapt a imaginii, unde fractura a trecut printre foiele
bistratului lipidic al unei membrane celulare, se observ abundena de particule proteice care
reprezint proteine ce strbat complet structura lipidic de baz. (Imagine pus cu amabilitate la
dispoziie de Dr. Florea Lupu, University of Oklahoma Health Sciences Center.) © Florea Lupu, 2014.
15
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.3. O reprezentare la nivel molecular a organizrii biomembranelor sub forma mozaicului
fluid. Desenul sugereaz diversitatea de componente (diferite lipide, variate proteine – în verde,
multiple structuri glucidice – hexagoane albastre) care argumenteaz eterogenitatea organizrii, ca i
distribuia asimetric a biomoleculelor la nivelul ultrastructurii. © Mircea Leabu, 2014.
16
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
2 Repartizarea procentelor între substanele organice se raporteaz la totalul acestora; adic totalul lipide +
proteine + glucide = 100%. Atragem atenia cititorilor c în toate situaiile în care se opereaz cu procente,
acestea trebuie corect raportate la baza de referin.
17
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
5. Singer SJ, Nicolson GL. (1971) The structure and chemistry of mammalian cell membranes. Am J
Pathol. 65: 427-37.
6. Steck TL, Weinstein RS, Straus JH, Wallach DF. (1970) Inside-out red cell membrane vesicles:
preparation and purification. Science. 168: 255-7.
7. Steck TL. (1972) Selective solubilization of red blood cell membrane proteins with guanidine
hydrochloride. Biochim Biophys Acta. 255: 553-6.
8. Steck TL. (1974) The organization of proteins in the human red blood cell membrane. A review. J Cell
Biol. 62: 1-19.
9. Marchesi SL, Steers E, Marchesi VT, Tillack TW. (1970) Physical and chemical properties of a
protein isolated from red cell membranes. Biochemistry. 9: 50-7.
10. Tillack TW, Marchesi SL, Marchesi VT, Steers E Jr. (1970) A comparative study of spectrin: a
protein isolated from red blood cell membranes. Biochim Biophys Acta. 200: 125-31.
11. Tillack TW, Marchesi VT. (1970) Demonstration of the outer surface of freeze-etched red blood cell
membranes. J Cell Biol. 45: 649-53.
12. Segrest JP, Jackson RL, Andrews EP, Marchesi VT. (1971) Human erythrocyte membrane
glycoprotein: a re-evaluation of the molecular weight as determined by SDS polyacrylamide gel
electrophoresis. Biochem Biophys Res Commun. 44: 390-5.
13. Nicolson GL, Marchesi VT, Singer SJ. (1971) The localization of spectrin on the inner surface of
human red blood cell membranes by ferritin-conjugated antibodies. J Cell Biol. 51: 265-72.
14. Marchesi VT, Tillack TW, Jackson RL, Segrest JP, Scott RE. (1972) Chemical characterization
and surface orientation of the major glycoprotein of the human erythrocyte membrane. Proc Natl Acad
Sci U S A. 69: 1445-9.
15. Tillack TW, Scott RE, Marchesi VT. (1972) The structure of erythrocyte membranes studied by
freeze-etching. II. Localization of receptors for phytohemagglutinin and influenza virus to the
intramembranous particles. J Exp Med. 135: 1209-27.
16. Segrest JP, Kahane I, Jackson RL, Marchesi VT. (1973) Major glycoprotein of the human
erythrocyte membrane: evidence for an amphipathic molecular structure. Arch Biochem Biophys. 155:
167-83.
18
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
3 Logica, tiina care ne înva cum s gândim corect pe baza unor structurri raionale ale cunotinelor,
stabilete patru modaliti de construcie a definiiilor pentru noiuni (fiine, obiecte, fenomene). Aceste patru
modaliti conduc la patru tipuri de definiii care sunt: (i) definiiile genetice (constructive) prin care se
indic modul în care a luat fiin noiunea; (ii) definiiile ostensive (demonstrative sau prin indicare) prin
care se enumer câiva dintre membrii (preferabil reprezentativi) clasei din care face parte noiunea de definit;
(iii) definiiile enumerative prin care se enumer toi membrii clasei; (iv) definiiile prin gen proxim i
diferen(e) specific(e) prin care, mai întâi se stabilete o categorie mai larg de noiuni creia îi aparine i
cea pe care dorim s o definim (genul proxim), dup care se identific i se enumer atâtea caracteristici, specifice
noiunii pe care urmrim s o definim, câte sunt necesare pentru o extragere fr ambiguiti din genul proxim i
pentru definirea clar.
Pentru extinderea demersului intelectual al acestei note de subsol, s exemplificm cu definiii pentru fiecare tip
din cele patru.
În privina definiiilor genetice am putea propune una pentru ce este România i vom spune: România este o ar
european format printr-un proces îndelungat de unire a unor ri medievale mici, mai întâi a Moldovei cu ara
Româneasc, în a doua jumtate a secolului al XIX-lea, proces finalizat prin adugarea Ardealului i Basarabiei la
sfâritul primului rzboi mondial.
Ca exemplu de definiie ostensiv s încercm aplicarea la Oceania, spunând: Oceania este o regiune de insule din
Oceanul Pacific între care se afl Papua Noua Guinee, Insulele Marshall, Samoa, Noua Zeeland.
Definiia enumerativ o putem exemplifica pentru rile scandinave i vom putea spune: rile scandinave sunt
Norvegia, Suedia, Finlanda i Danemarca.
Nu vom da exemplu de definiie prin gen proxim i diferen(e) specific(e), deoarece folosim metoda în text la
definirea lipidelor membranare, dar vom remarca faptul c toate celelalte tipuri de definiii se adreseaz, de
regul, unor iniiai (în istorie sau geografie pentru exemplele folosite), pe când tipul de definiie ce face subiectul
acestei fraze este unul instructiv, care poate ajuta înelegerea i unora mai puin sau deloc iniiai. Definiia cu gen
proxim i diferene specifice este cel mai des utilizat în tiine, dac nu în exclusivitate. Prin acest tip de definiie
se pot defini chiar i obinuinele, despre care tot tiina logicii ne spune c sunt greu de definit. Condiia este ca
cel care definete s cunoasc foarte bine ceea ce trebuie s defineasc. Pentru cei care sunt instruii, acest tip de
19
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
definiie este elocvent din punct de vedere formator, deoarece creeaz o imagine sugestiv pentru obiectul,
noiunea sau fenomenul care se definete.
20
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
21
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
22
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.6. Lipidele membranare în foiele bistratului. Este evideniat diversitatea i distribuia
difereniat între cele dou foie ale bistratului, inducând membranelor caracterul eterogen i
asimetric.4 Aceast reprezentare simbolic a bistratului lipidic i tipurilor de lipide membranare va fi
utilizat în figurile din carte ori de câte ori este nevoie. © Mircea Leabu, 2014.
4 Exist între profesionitii domeniului o convenie ca atunci când în desene, scheme sau imagini de microscopie
electronic se prezint poriuni din membranele celulare spaiul extracelular s se aeze sus (ctre nord), iar
citosolul jos (ctre sud). Vom respecta în carte aceast convenie.
23
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
5 În simbolistica notrilor abreviate ale acizilor grai, prima cifr din indicele inferior reprezint numrul de
atomi de carbon din molecul, „:” reprezint simbolul pentru prezena dublelor legturi, iar cifra a doua
reprezint numrul de duble legturi din molecul. În biochimie notaiile pot fi mult mai detaliate pentru
indicarea suplimentar a poziiei dublelor legturi în lanul alifatic, îns, în economia discuiei noastre i în
înelegerea implicaiilor biologice, aceste detalii nu sunt semnificative. Totui, variabilitatea poziionrii dublelor
legturi în acizii grai nesaturai reprezint un argument suplimentar al eterogenitii lipidelor membranare (în
special pentru fosfolipide).
24
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
membranelor. Bistratul lipidic este fluid, adic într-o continu dinamic, aceasta
având efect asupra interrelaiilor dintre moleculele care îl compun, interrelaii care
sunt într-o permanent modificare. Fluiditatea bistratului lipidic este o rezultant a
diverselor posibiliti de micare a lipidelor ce îl alctuiesc. În ce const aceast
diversitate? Lipidele membranare pot executa urmtoarele tipuri de micri:
1. Micri intramoleculare, pe care lipidele le realizeaz în raport cu propria
lor structur (în raport cu propria lor ax, în raport cu propria lor geometrie), spaiul
ocupat de ele putând fi aproximat cu un cilindru având o baz cu suprafaa de ~60 Å2
(raz de ~4.4 Å) i o înlime de ~30 Å. Aceste micri intramoleculare pot fi:
x De rotaie, cu o frecven de 109 rotaii/s; aceste micri izvorsc din
capacitatea lanurilor acizilor grai de a se roti în jurul legturilor C-C, însoit
de vibraia atomilor de carbon angajai în legtur, iar aceste micri se
rsfrâng asupra comportamentului întregii molecule, prin cuplurile de fore pe
care le induc; rezultanta acestui „zbucium” intern molecular este micarea de
rotaie a moleculei lipidice în ansamblu.
x De flexie a cozilor hidrofobe, cu o frecven de 108 flexii/s; aceste micri
trebuie înelese tot ca rezultat al micrilor din interiorul moleculelor de lipid,
la nivelul cozilor hidrofobe ale acizilor grai nesaturai, care, din cauza
împiedicrilor datorate prezenei celuilalt acid gras din structur, nu pot
executa, de regul, decât micri asemntoare tergtorului de parbriz, dei
mobilitatea celuilalt lan, saturat, poate permite chiar rotaii complete; efectul
la nivelul întregii molecule este acela al micrii de flexie a cozii.
2. Micri intermoleculare, care implic schimbarea poziiei moleculelor de
lipid unele în raport cu altele. Acestea pot fi:
x Micri de translaie (difuzie lateral), micri ale lipidelor în planul
membranei, în aceeai foi a bistratului, unele printre altele; dinamicitatea
acestei micri este sugerat de frecvena schimbrilor de direcie, care este de
107/s, distana parcurs de un lipid în unitatea de timp neavând o semnificaie
biologic major. Trebuie menionat faptul c prezena colesterolului în
bistrat determin o diminuare a mobilitii laterale.
x Micri “flip-flop”, denumite astfel prin termenul importat din limba
englez, adic micri de trecere a lipidelor dintr-o foi a bistratului în
cealalt; aceste micri presupun o rsturnare a moleculei în planul
membranei, pentru a-i pstra capul hidrofil la exteriorul structurii, adic
trecerea capului hidrofil prin poriunea hidrofob a membranei; frecvena
acestor micri este foarte mic, practic nul (dac ar fi s riscm o cifr, am
putea spune c aceast micare ar putea avea loc o dat pe lun pentru fiecare
molecul individual), ceea ce pare logic; exist totui o endomembran la
nivelul creia micarea de “flip-flop” are loc frecvent i anume membrana
reticulului endoplasmic (aspecte ce vor fi detaliate în capitolul “Biogeneza i
traficul intracelular al membranelor” din volumul al II-lea al crii).
Valorile pentru frecvene, mai sus menionate, sunt rezultatul unor msurtori
fizice pe bistraturi artificiale. În membranele celulare i în biomembrane, în general,
micrile lipidelor nu se supun legilor micrii browniene, ci sunt mai reduse, fiind
limitate de organizarea molecular complex i de ultrastructurile proteice corticale,
aflate în spaiul citosolic de sub membrane [9].
Revenind la tema acestei seciuni, s punctm c absena practic a micrilor
“flip-flop” explic bidimensionalitatea strii fluide a bistratului lipidic, elementul de
baz din organizarea membranelor celulare. Micrile lipidelor se manifest practic
numai în cadrul aceluiai strat al bistratului. De asemenea, frecvena extrem de
redus a micrilor “flip-flop” are ca efect meninerea distribuiei asimetrice a
25
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
moleculelor de lipide între cele dou straturi, distribuie construit de celul cu mare
consum energetic odat cu biogeneza de novo a membranelor (vezi la “Biogeneza
membranelor” în volumul al II-lea). Manifestarea bidimensional a fluiditii
bistratului lipidic d membranei celulare caracterul de structur cu proprieti
mezomorfe, proprieti specifice cristalelor lichide. Acest comportament mezomorf
este accentuat de capacitatea lipidelor de a organiza microdomenii bogate în
sfingolipide (parte dintre ele glicolipide), colesterol i anumite proteine membranare.
Aceste microdomenii sunt denumite “plute lipidice” (în englezete ”lipid rafts”)
i au deosebit importan atât structural (organizeaz ultrastructuri specializate
ale membranei, cum ar fi caveolele), cât i metabolic inând laolalt molecule i
macromolecule destinate a funciona împreun în complexe supramoleculare [10].
Pentru a înelege mai bine organizarea microdomeniilor de membran, s
menionm c lipidele, aa cum nu sunt echilibrat repartizate între cele dou foie ale
bistratului, nu sunt omogen amestecate nici în cadrul fiecrei foie a bistratului, ci se
asociaz într-un mod neomogen pe baza unor considerente fizico-chimice. Plutele
lipidice fie planare, fie invaginate sub forma caveolelor (numite vezicule
plasmalemale în celula endotelial) se caracterizeaz printr-o fluiditate mai mic în
comparaie cu restul bistratului. Prezena plutelor lipidice i eterogenitatea lor susin
i nuaneaz ideea de organizare a membranelor ca un mozaic fluid. Plutele lipidice
pot fi asemuite unor sloiuri de forme, dimensiuni i compoziie biochimic variate, ce
plutesc în oceanul lipidic mai puin specific organizat. Caveolele reprezint o form
de plute lipidice, ce se dispun individual sau în ciorchini la nivelul membranei.
Eterogenitatea plutelor lipidice a fost evideniat prin interpretarea
rezultatelor diferitelor metode de obinere sau de studiu:
- diveri detergeni neionici utilizai (duc la fraciuni cu compoziie diferit);
- sonicarea preparatelor de membrane i analizarea fraciunii uoare (alte
rezultate);
- analize imunocitochimice (diferite încrcturi proteice la nivelul diverselor
microdomenii reprezentate de plutele lipidice).
Dei rezultatele experimentale sunt, în anumite limite, variate, sugerând
diversitatea compoziional a plutelor lipidice, se pot extrage, totui, câteva
caracteristici generale [10]:
- colesterolul este de 3-5 ori mai abundent decât în restul membranei i reprezint
33-50% din totalul lipidelor la acest nivel;
- sfingolipidele (SM i glicolipidele) sunt îmbogite i reprezint 30-35% dintre
lipidele din plute;
- glicerofosfolipidele sunt srac reprezentate (în comparaie cu restul membranei);
d30% pentru PC + PE, fa de ~50% în restul membranei;
- lipidele specifice foiei interne a bistratului (PS, PI) sunt slab reprezentate la
nivelul plutelor lipidice;
- în foia intern de la nivelul plutelor, lipidele conin preferenial acizi grai
saturai (prin aceasta, s-ar putea realiza necesarul de rigiditate corespunztor
celui al foiei externe, unde sfingolipidele, coninând acizi grai saturai, sunt
bogat reprezentate).
Anticipând, vom meniona aici c plutele lipidice se caracterizeaz i prin
capacitatea de a aglomera anumite tipuri de proteine membranare. Aadar, repetm
pentru reinerea mai atent, organizarea lipidelor membranare în microdomenii
accentueaz aspectul de mozaic fluid al membranelor (ca nite sloiuri plutind în
bistrat). Conceptul de plut lipidic este într-o continu dezvoltare [11].
În ciuda acestor organizri eterogene, capacitatea lipidelor de a se mica în
cadrul bistratului este doar nuanat pe întinsul suprafeei membranei i nu anulat.
26
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.7. Efectul rigidizant al colesterolului la nivelul bistratului. Datorit geometriei moleculare,
colesterolul are abilitatea de a se insera în spaiile dintre fosfolipide sporind interaciunile moleculare
atât la nivelul capetelor hidrofile, cât i la nivelul cozilor hidrofobe. © Mircea Leabu, 2014.
27
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
6
Recomandm o modalitate mnemotehnic de a reine legtura dintre tipurile de fosfolipaze i rolul lor. Este
uor de remarcat c, plecând de la acizii grai legai la hidroxilii din poziiile 1 i 2 ale glicerinei i mergând ctre
compusul variabil din capul hidrofil al fosfolipidelor, fosfolipazele se denumesc succesiv de la A la D în funcie de
partea din molecul pe care o taie: A1 pentru cele care scot acizii grai din poziia 1 (A de la acid i 1 poziia), A2
elibereaz acidul gras din poziia 2, apoi B contribuie la eliminarea ambilor acizi grai, C taie legtura esteric
dintre glicerin i fosfat, iar D desface numai partea variabil din capul hidrofil.
28
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
7 Prin kinaze desemnm acele enzime a cror activitate se soldeaz cu grefarea de fosfat pe diferite substrate.
8 Atenie! În denumirea acestor metabolii se folosesc particulele „bis”, respectiv „tris” i nu di sau tri, deoarece
fiecare reziduu fosfat este inserat pe un alt hidroxil al inozitolului. Formele bi/di, respectiv tri se folosesc în
denumirea compuilor în care fosfatul se leag unul de altul (exemple: adenozin-difosfat, adenozin-trifosfat).
9 Vezi nota de subsol numrul 7.
29
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Bibliografie selectiv
1. Frega NG, Pacetti D, Boselli E. (2012). Characterization of Phospholipid Molecular Species by
Means of HPLC-Tandem Mass Spectrometry. In: „Tandem Mass Spectrometry – Applications and
Principles”, editor Jeevan Prasain (ISBN: 978-953-51-0141-3). Rijeka: InTech Europe; 2012. pp. 637-
672.
2. Luckey M. Membrane structural biology with biochemical and biophysical foundations. New York:
Cambridge University Press, 2008. (Fig. 2.14, p.27).
3. Han CZ, Ravichandran KS. (2011) Metabolic connections during apoptotic cell engulfment. Cell.
147(7): 1442-1445. doi: 10.1016/j.cell.2011.12.006.
4. Armstrong A, Ravichandran KS. (2011) Phosphatidylserine receptors: what is the new RAGE?
EMBO Rep. 12(4): 287-288. doi: 10.1038/embor.2011.41.
5. Tung TT, Nagaosa K, Fujita Y, Kita A, Mori H, Okada R, Nonaka S, Nakanishi Y. (2013)
Phosphatidylserine recognition and induction of apoptotic cell clearance by Drosophila engulfment
receptor Draper. J Biochem. 153(5): 483-491. doi: 10.1093/jb/mvt014.
6. Fox JE. (1996) Platelet activation: new aspects. Haemostasis. 26: 102–131.
30
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
7. Zwaal RFA, Schroit AJ. (1997) Pathophysiologic implications of membrane phospholipid asymmetry
in blood cells. Blood. 89: 1121–1132.
8. Kuypers FA. (1998) Phospholipid asymmetry in health and disease. Curr Opin Hematol. 5: 122–131.
9. Kusumi A, Fujiwara TK, Chadda R, Xie M, Tsunoyama TA, Kalay Z, Kasai RS, Suzuki KG.
(2012) Dynamic organizing principles of the plasma membrane that regulate signal transduction:
commemorating the fortieth anniversary of Singer and Nicolson's fluid-mosaic model. Annu Rev Cell
Dev Biol. 28: 215-250. doi: 10.1146/annurev-cellbio-100809-151736.
10. Pike LJ. (2004) Lipid Rafts: Heterogeneity on the high seas. Biochem. J. 378, 281-292.
11. Sonnino S, Prinetti A. (2013) Membrane domains and the "lipid raft" concept. Curr Med Chem.
20(1): 4-21.
12. Escriba PV. (2006) Membrane-lipid therapy: a new approach in molecular medicine. Trends Mol Med.
12, 34-43.
13. Sheng R, Chen Y, Yung Gee H, Stec E, Melowic HR, Blatner NR, Tun MP, Kim Y, Källberg
M, Fujiwara TK, Hye Hong J, Pyo Kim K, Lu H, Kusumi A, Goo Lee M, Cho W. (2012)
Cholesterol modulates cell signaling and protein networking by specifically interacting with PDZ
domain-containing scaffold proteins. Nat Commun. 3: 1249. doi: 10.1038/ncomms2221.
31
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
32
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
33
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
34
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
35
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
36
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
etc.), nuanându-se cu, spre exemplu, banda 4.1, banda 4.2, acolo unde benzile
apreau ca dublete. Ulterior, unele dintre proteine au primit denumiri specifice. În
momentul de fa organizarea i funcionarea membranei eritrocitare poate fi
discutat pe baza informaiilor disponibile referitoare la proteinele ei. Comentariile
asupra proteinelor membranei eritrocitare ne vor ajuta s înelegem mai aprofundat
organizarea acestor macromolecule în arhitectura biomembranelor, care este în
strâns legtur cu funcionalitatea lor.
Vom începe cu o protein, de fapt o glicoprotein (60% din masa molecular a
glicoconjugatului este reprezentat de încrctura glucidic), numit glicoforin
(etimologic însemnând purttoare de glucide), prezent din abunden în membrana
eritrocitului, care migreaz atipic (se dispune electroforetic undeva pe la 90kDa, dei
masa ei molecular este de numai ~30kDa). Exist mai multe izoforme de glicoforin
[7] identificate pân în prezent: A, B, C, D i E. Izoforma glicoforin A a fost prima
protein a membranei eritrocitare cunoscut detaliat [8], sub aspectul structurii
biochimice. Are 131 aminoacizi, cunoscându-i-se integral secvena; este protein
transmembranar unipas, tip I (captul amino în ectodomeniu); domeniul expus la
suprafaa membranei este mare (70 de aminoacizi) i poart 16 lanuri glucidice (15
O-glicozidice i unul N-glicozidic), acestea dublând practic gabaritul acestei molecule
(aceast organizare biochimic a glicoproteinei reprezint o explicaie pentru
migrarea electroforetic atipic; practic densitatea de sarcin negativ pe unitatea de
mas este mai mic decât în mod normal, detergentul SDS adsorbindu-se unitar
numai pe lanul polipeptidic, nu i pe structurile glucidice); endodomeniul este mic
(39 de aminoacizi), purtând captul carboxil al lanului polipeptidic; domeniul
transmembranar este structurat în -helix i conine 22 de aminoacizi, care sunt
identificai.
Paradoxul este c, dei structural glicoforina i-a dezvluit repede secretele,
funcia nu i se cunoate înc exact. Totui, pentru izoforma glicoforin C a fost
dovedit o funcie structural [9] (vezi mai jos la citoscheletul asociat membranei),
iar pentru izoforma glicoforin A un rol de restabilire a funciei unei forme mutante a
proteinei banda 3, prin interaciunea dintre cele dou [10]. Ciudenia este cu atât
mai mare cu cât exist eritrocite (Ena-) din a cror membran glicoforina lipsete,
fr ca funcionalitatea s le fie afectat. Populaiile cu asemenea defecte de
exprimare a glicoforinei sunt în zonele cu malarie endemic, iar exprimarea
deficitar în glicoforin A reprezint un mecanism de adaptare, parazitul
Plasmodium falciparum invadând eritrocitele gazd prin legarea la o structur
glucidic purtat de aceast protein transmembranar [11].
O situaie diametral opus o reprezint proteina banda 3, cunoscut i ca
AE1 (de la numele în englez, „Anion Exchanger 1”) [10], despre care informaia
asupra detaliilor structurale a evoluat mai anevoios, dar a crei funcie a fost repede
i clar stabilit: este proteina care structureaz canalul anionic de schimb între
bicarbonat (HCO3-) i clorur (Cl-). Banda 3 este protein transmembranar, are 911
aminoacizi în lanul polipeptidic i o mas molecular de ~100kDa. Partea N-
terminal a proteinei (aminoacizii 1-359) intr în structurarea endodomeniului,
asigurând interaciuni cu alte proteine membranare. Domeniul transmembranar, la
nivelul cruia se formeaz canalul de schimb anionic, are 12-14 treceri în -helix prin
bistratul lipidic (~50kDa din masa molecular). La endodomeniul mare format în
principal din captul N-terminal se adaug captul C-terminal scurt (format din 33
aminoacizi) aflat tot spre citosol. Aadar, endodomeniul conine ~400 din
aminoacizii care formeaz proteina, adic ~40kDa i poart atât captul N-terminal
(protein transmembranar de tip II), cât i captul C-terminal. Ectodomeniul este
mic, încrctura glucidic este redus (se pare c doar un lan, cu o structur extrem
de eterogen [12]) i este reprezentat de bucle dintre poriunile transmembranare. În
poriunea C-terminal banda 3 leag anhidraza carbonic II, important pentru
37
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
38
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
faa citosolic a membranei [10]. Rezult de aici un rol structural pentru o izoform a
paradoxalei glicoforine.
Ataarea citoscheletului asociat la membran este îns datorat în principal
unei alte proteine globulare, ankirina (masa molecular ~210kDa, diametrul
~9nm). Ankirina se leag atât la subunitatea a spectrinei, la cea de-a 15-a unitate
repetitiv [13] (în treimea dinspre cap a heterodimerului), cât i la endodomeniul
benzii 3, asigurând ancorarea reelei citoscheletului membranar, prin intermediul
laturilor ochiurilor acestuia.
Pe scurt, citoscheletul membranei (Fig. 2.12) este format din tetrameri de
spectrin ce organizeaz laturile ochiurilor reelei, unde prin intermediul ankirinei se
leag de banda 3 (protein transmembranar) i din mici filamente de actin care
leag cozile tetramerilor de spectrin la nivelul nodurilor reelei, unde, prin
intermedierea benzii 4.1, reeaua se ataeaz suplimentar la endodomeniul benzii 3,
sau al glicoforinei. Interaciunile de afinitate dintre elementele citoscheletului asociat
membranei sunt într-o dinamic permanent, astfel încât aceast ultrastructur nu
este rigid, ci într-o continu modelare care s satisfac nevoile celulei. În acest fel
eritrocitul îi modeleaz forma pentru a putea s treac prin cele mai subiri capilare
(diametrul acestor capilare este de 5Pm, în timp ce diametrul unui eritrocit este de 7-
8Pm). În timpul strbaterii acestor capilare eritrocitul capt o form concav-
convex (ca o meduz) i astfel se strecoar, cu membrana foarte aproape de cea a
celulei endoteliale din peretele vasului de sânge, favorizându-se schimbul de gaze.
Citoscheletul asociat membranei nu este doar o caracteristic a membranei
eritrocitare. El se gsete în toate celulele i este structurat asemntor, chiar dac
unele dintre componente au fost denumite diferit (spre exemplu echivalenta
spectrinei în celulele nervoase este numit fodrin). Repetm, dac la eritrocit
aceast ultrastructur este singura responsabil de forma celulei, ca i de
maleabilitatea acesteia, deoarece este un element dinamic în permanent
reconstrucie, la celelalte celule pentru asigurarea formei, citoscheletul asociat
membranei este în interrelaie cu organitul denumit citoschelet.
Fig. 2.11. Structurarea i organizarea spectrinei. (A) Ambele subuniti D i E sunt formate din
domenii repetitive de câte 106 aminoacizi i se rsucesc, antiparalel una în jurul alteia, formând un
bastona de 100nm. (B) Heterodimerii DE se leag cap-cap formând tetrameri lungi de 200nm. ©
Mircea Leabu, 2014.
39
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
40
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
41
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
42
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
43
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
44
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
În general, atât pentru caderine, cât i pentru integrine se poate afirma c ele
determin celula s se comporte difereniat în funcie de statusul lor: un anumit
comportament, atunci când sunt angrenate în interaciuni cu alte celule, respectiv
componente ale matricei celulare i un alt fel de comportament, atunci când sunt
detaate din astfel de interaciuni, iar gradele lor de libertate sporesc.
Detalii asupra rolurilor metabolice ale proteinelor membranare sunt
prezentate în subcapitolele privind transportul membranar i semnalizarea celular.
Aici vom aminti, doar în linii generale, c rolurile metabolice ale proteinelor
membranare se manifest în ceea ce privete schimburile de substan i informaii
dintre celule sau dintre acestea i mediu. Astfel, proteinele membranare pot fi
receptori (pentru hormoni, factori de cretere, citokine, chemokine),
transportori prin membran (canale ionice, pompe ionice, conexoni, porine)
sau transportori cu membran (clatrin, caveolin: proteine ce structureaz
înveliuri ale unor microdomenii din membran pentru a permite invaginarea
acestora i detaarea sub form de vezicule, realizând procese denumite generic
endocitoz; alte proteine asigur fuzionarea unor vezicule cu membrana celular,
facilitând fenomenul de secreie prin exocitoz; vezi amnunte la transportul
membranar).
Proteinele membranare mai pot funciona ca enzime (metaloproteinaze
pentru componente de matrice extracelular, fosfolipaze – vezi diversitatea acestora,
mai sus, la seciunea despre rolul lipidelor membranare, kinaze, fosfataze) sau ca
proteine implicate în semnalizare (de exemplu, proteine platform/schel, numite
i proteine adaptoare sau proteine G). Detalii asupra mecanismelor prin care aceste
proteine membranare îi realizeaz funciile vei gsi (i trebuie folosite într-o
discuie profesionist despre aceast component molecular a membranei) pe
parcursul însuirii tuturor celorlalte informaii despre celul.
În toate aceste funcii asimetria structurrii membranei este deosebit de
important. Astfel, receptorii, dar i proteinele de adeziune (caderinele i integrinele)
prin asimetria lor structural permit prin ectodomenii interaciunea cu liganzii
specifici, iar prin endodomenii asigur transmiterea informaiei ctre interiorul
celulei i declanarea unor procese celulare care se constituie în rspuns celular la
semnalele receptate. De remarcat c în transmiterea semnalelor prin receptori sau
integrine un rol important revine domeniului transmembranar al acestor proteine
45
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Bibliografie selectiv
1. Steck TL. (1974) The organization of proteins in the human red blood cell membrane. A review. J Cell
Biol. 62: 1-19.
2. Schultz AM, Henderson LE, Oroszlan S. (1988) Fatty acylation of proteins. Annu Rev Cell Biol. 4:
611-647.
3. Rodriguez-Boulan E, Powell SK. (1992) Polarity of epithelial and neuronal cells. Annu Rev Cell Biol.
8: 395-427.
4. Spiro RG. (2002) Protein glycosylation: nature, distribution, enzymatic formation, and disease
implications of glycopeptide bonds. Glycobiology. 12: 43R-56R.
5. Marchesi VT, Furthmayr H, Tomita M. (1976) The red cell membrane. Annu Rev Biochem. 45:
667-98.
6. Helenius A, Simons K. (1975) Solubilization of membranes by detergents. Biochim Biophys Acta.
415: 29-79.
7. Chasis JA, Mohandas N. (1992) Red blood cell glycophorins. Blood. 80: 1869-1879.
8. Tayyab S, Qasim MA. (1988) Biochemistry and roles of glycophorin A. Biochem Educ. 16: 63-66.
9. Takakuwa Y. (2001) Regulation of red cell membrane protein interactions: implications for red cell
function. Curr Opin Hematol. 8: 80-84.
10. Williamson RC, Toye AM. (2008) Glycophorin A: band 3 aid. Blood Cells Mol Dis. 41: 35-43.
11. Orlandi PA, Klotz FW, Haynes JD. (1992) A malaria invasion receptor, the 175-kilodalton
erythrocyte binding antigen of Plasmodium falciparum recognizes the terminal Neu5Ac(alpha2-3)Gal-
sequences of glycophorin A. J Cell Biol. 116: 901-909.
12. Drickamer LK. (1978) Orientation of the band 3 polypeptide from human erythrocyte membranes.
Identification of NH2-terminal sequence and site of carbohydrate attachment. J Biol Chem. 253: 7242-
7248.
13. Vince JW, Reithmeier RA. (1998) Carbonic anhydrase II binds to the carboxyl terminus of human
band 3, the erythrocyte C1-/HCO3- exchanger. J Biol Chem. 273: 28430-28437.
14. Kennedy SP, Warren SL, Forget BG, Morrow JS. (1991) Ankyrin binds to the 15th repetitive unit
of erythroid and nonerythroid beta-spectrin. J Cell Biol. 115: 267-277.
15. Kusumi A, Fujiwara TK, Chadda R, Xie M, Tsunoyama TA, Kalay Z, Kasai RS, Suzuki KG.
(2012) Dynamic organizing principles of the plasma membrane that regulate signal transduction:
commemorating the fortieth anniversary of Singer and Nicolson's fluid-mosaic model. Annu Rev Cell
Dev Biol. 28: 215-250. doi: 10.1146/annurev-cellbio-100809-151736.
46
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
16. Frye LD, Edidin M. (1970) The rapid intermixing of cell surface antigens after formation of mouse-
human heterokaryons. J Cell Sci. 7: 319-335.
17. de Petris S, Raff MC. (1973) Normal distribution, patching and capping of lymphocyte surface
immunoglobulin studied by electron microscopy. Nat New Biol. 241(113): 257-259.
18. Schreiner GF, Unanue ER. (1975) The modulation of spontaneous and anti-Ig-stimulated motility of
lymphocytes by cyclic nucleotides and adrenergic and cholinergic agents. J Immunol. 114(2 pt 2): 802-
808.
19. Wey CL, Cone RA, Edidin MA. (1981) Lateral diffusion of rhodopsin in photoreceptor cells measured
by fluorescence photobleaching and recovery. Biophys J. 33(2): 225-232.
20. Leabu M, Uniyal S, Xie J, Xu YQ, Vladau C, Morris VL, Chan BM. (2005) Integrin D2E1
modulates EGF stimulation of Rho GTPase-dependent morphological changes in adherent human
rhabdomyosarcoma RD cells. J Cell Physiol. 202, 754-766.
47
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
11
Atragem atenia a nu se face confuzie între noiunea de domeniu membranar i cea de microdomeniu de
membran.
48
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.16. Structurile de baz ale seriilor de acizi sialici. Acidul neuraminic nu a fost identificat ca
atare în componenta glucidic a biomembranelor, ci doar derivaii N-acetil- i N-glicolil- ai si.
49
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
51
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
12 Atragem atenia a nu se confunda termenul lectin cu cel de lecitin (nume generic pentru fosfatidilcoline).
52
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
13În toate abreviaiile care urmeaz pentru lectine, ”A” vine de la termenul aglutinin. Toate abreviaiile sunt cele
folosite internaional.
53
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
54
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
55
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
sau de lung durat al existenei lor trebuie îneles în sensul c întotdeauna celulele
prezint asemenea ultrastructuri necesare organizrii esuturilor.
Aspectele menionate mai sus ne pot da o semnificaie biologic a faptului c
toate celulele din organism poart la suprafa o sarcin negativ net. Aceast
realitate face imposibil interaciunea i agregarea nespecific (doar pe baza unor
posibile interaciuni electrostatice) a celulelor. Ca s înelegem i mai pregnant
importana acestei încrcturi electrice a suprafeei celulelor, s ne gândim ce s-ar
întâmpla dac în sânge unele celule ar purta sarcin electric de suprafa pozitiv,
iar altele negativ. Celulele ar agrega nespecific, iar circulaia sanguin ar fi blocat,
aprând fenomene de embolie; organismul nu ar putea supravieui.
Exist fenomene fiziologice care se desfoar pe baza unor modificri ale
structurilor glucidice ale suprafeei celulare. De exemplu, eritrocitele de mamifer
dup desialilarea structurilor din glicocalix sunt eliminate din circulaie la nivelul
ficatului i splinei [4]. Pierderea de acid sialic din poziia terminal a structurilor
glucidice din glicocalix reprezint semnal de îmbtrânire a acestor celule. De
asemenea, plachetele sanguine desialilate îi micoreaz timpul de via în circulaie
i determin sporirea trombocitopoiezei [5]. Eliminarea din circulaie a celulelor cu
structurile glucidice desialilate implic receptori cu activitate lectinic îndreptat
împotriva galactozei ajuns în poziie terminal, receptori aflai în membrana i
expui la suprafaa celulelor cu rol de macrofage din organele curitoare.
Fenomenele de recunoatere celular sunt implicate i în procese biologice în care
interaciunile dintre celulele participante sunt temporare i tranzitorii. Exemplificm
prin (i) ceea ce se întâmpl la extravazarea leucocitelor în zonele de inflamare
tisular i (ii) prin implicarea structurilor glucidice în procesul de fertilizare.
(i) Extravazarea celulelor sanguine (leucocitelor) are loc printr-un
proces al crui efect este trecerea lor printre celulele endoteliale, din fluxul sanguin
în esuturi, fenomen denumit diapedez. Diapedeza se produce sub aciunea unei
varieti de stimuli, care depind de i difereniaz procesele biologice ce duc la
extravazarea diferitelor tipuri de celule sanguine [6-8]. Recrutarea leucocitelor aflate
marginal în fluxul sanguin din vasele de sânge aflate la nivelul zonelor inflamatorii,
implic structurile glucidice ale glicocalixului acestora (Fig. 2.19, A). Este vorba de
interaciunea dintre o protein membranar cu activitatea de tip lectin (protein
care apare tranzitoriu la suprafaa celulei endoteliale) i o structur glucidic din
glicocalixul leucocitelor antrenate de fluxul sanguin în capilarele din zonele
inflamatorii. Cum se petrec, în linii mari, fenomenele (Fig. 2.19) descriem în cele ce
urmeaz, încercând s punctm elementele eseniale ale fenomenelor.
____________________________________________________________________________________________________________________________
Fig. 2. 19. Fenomenele celulare i moleculare care se petrec în cursul extravazrii limfocitelor
în zonele inflamatorii. Procesul este iniiat de interaciuni care implic glicocalixul limfocitului i
anume a unor structuri oligozaharidice numite antigene Lewis X (A), care sunt purtate atât de proteine
(glicoproteine), cât i de lipide (glicolipide). Aceste oligozaharide sunt legate de selectine expuse la
suprafaa celulelor endoteliale activate din zonele inflamatorii (A i B-1). Aceste interaciuni, de joas
afinitate, încetinesc limfocitele marginale i le determin o rostogolire la suprafaa luminal a
endoteliului. Evenimentul faciliteaz interaciunea unui receptor specific cu factorul de activare
plachetar (PAF), care este produs de celulele endoteliale sub aciunea stimulilor eliberai de procesul
inflamator (B-2). Interaciunea receptorului cu PAF stimuleaz limfocitul, prin aceasta rezultând ac-
tivarea integrinei DLE2, care se leag de partenerul expus constitutiv la suprafaa celulelor endo-
teliale i anume cu molecule de adeziune celular din familia imunoglobulinelor (ICAM), determinând
o ataare mai ferm a limfocitului la endoteliu (B-2). Interaciunile integrin-ICAM, de înalt afinitate,
induc etalarea limfocitului la suprafaa endoteliului i migrarea activ (sub control celular), ctre zone
joncionale dintre dou celule endoteliale (B-3), pe unde declaneaz procesul de diapedez (B-4).
Dup extravazare, limfocitul îi continu migrarea ctre locul inflamaiei pentru a-i îndeplini rolul (B-
5). © Mircea Leabu, 2014.
____________________________________________________________________________________________________________________________
56
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
57
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
14PAF rezult din derivai alchilai ai fosfatidilcolinei (alcool gras în loc de acid gras la hidroxilul 1 al glicerinei),
dup aciunea fosfolipazei A2 i acetilarea hidroxilului 2 astfel eliberat din legtura esteric iniial. Altfel spus,
PAF este 1-alchil-2-acetil-3-fosfocolino-glicerol.
58
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 2.20. Monocit circulant surprins la nivelul unei zone joncionale dintre dou celule
endoteliale, pregtit s iniieze un proces de diapedez. Suprafaa ambelor tipuri celulare este
marcat pentru evidenierea structurilor glucidice N-glicozidice (manozele au legat ConA, care ulterior
a fost marcat cu o glicoprotein adecvat, adsorbit pe aur coloidal de 5nm). © Mircea Leabu, 2014.
59
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
60
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Bibliografie selectiv
1. Becker BF, Chappell D, Bruegger D, Annecke T, Jacob M. (2010) Therapeutic strategies
targeting the endothelial glycocalyx: acute deficits, but great potential. Cardiovasc Res. 87: 300-310.
2. Leabu M, Ghinea N, Muresan V, Colceag J, Hasu M, Simionescu N. (1987) Cell surface
chemistry of arterial endothelium and blood monocytes in the normolipidemic rabbit. J Submicrosc
Cytol. 19: 193-208.
3. Ghinea N, Leabu M, Hasu M, Muresan V, Colceag J, Simionescu N. (1987) Prelesional events
in atherogenesis. Changes induced by hypercholesterolemia in the cell surface chemistry of arterial
endothelium and blood monocytes, in rabbit. J Submicrosc Cytol. 19: 209-227.
4. Aminoff D, Bell WC, VorderBruegge WG. (1978) Cell surface carbohydrate recognition and the
viability of erythrocytes in circulation. Prog Clin Biol Res. 23: 569-581.
5. Karpatkin S, Shulman S. (1980) Asialo platelets enhance thrombopoiesis. Trans Assoc Am
Physicians. 93: 244-250.
6. Hynes RO, Lander AD. (1992) Contact and adhesive specificities in the associations, migrations, and
targeting of cells and axons. Cell. 68: 303-322.
7. Ebnet K, Vestweber D. (1999) Molecular mechanisms that control leukocyte extravasation: the
selectins and the chemokines. Histochem Cell Biol. 112: 1-23.
8. van Buul JD, Hordijk PL. (2004) Signaling in leukocyte transendothelial migration. Arterioscler
Thromb Vasc Biol. 24: 824-833.
9. Wassarman PM, Jovine L, Litscher ES. (2001) A profile of fertilization in mammals. Nat Cell Biol.
3: E59-E64.
10. Wassarman PM, Jovine L, Qi H, Williams Z, Darie C, Litscher ES. (2005) Recent aspects of
mammalian fertilization research. Mol Cell Endocrinol. 234: 95-103.
11. Wassarman PM, Litscher ES. (2008) Mammalian fertilization: the egg's multifunctional zona
pellucida. Int J Dev Biol. 52: 665-676.
61
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
12. Bi S, Baum LG. (2009) Sialic acids in T cell development and function. Biochim Biophys Acta. 1790:
1599-1610.
13. Dafik L, d'Alarcao M, Kumar K. (2010) Modulation of cellular adhesion by glycoengineering. J Med
Chem. 53: 4277-4284.
14. Drake-Holland AJ, Noble MI. (2009) The important new drug target in cardiovascular medicine –
the vascular glycocalyx. Cardiovasc Hematol Disord Drug Targets. 9: 118-123.
15. Du J, Yarema KJ. (2010) Carbohydrate engineered cells for regenerative medicine. Adv Drug Deliv
Rev. 62: 671–682.
16. Schwardt O, Kelm S, Ernst B. (2013) SIGLEC-4 (MAG) Antagonists: From the Natural
Carbohydrate Epitope to Glycomimetics. Top Curr Chem. Nov 26. [Epub ahead of print] DOI:
10.1007/128_2013_498
17. Suzuki O, Abe M. (2013) Recent progress and new perspectives in lymphoma glycobiology.
Fukushima J Med Sci. 59(1): 1-14.
18. Ryan JM, Rice GE, Mitchell MD. (2013) The role of gangliosides in brain development and the
potential benefits of perinatal supplementation. Nutr Res. 33(11): 877-887. DOI:
10.1016/j.nutres.2013.07.021.
19. Pshezhetsky AV, Ashmarina LI. (2013) Desialylation of surface receptors as a new dimension in cell
signaling. Biochemistry (Mosc). 78(7): 736-745. DOI: 10.1134/S0006297913070067.
62
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
64
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
membrane), iar structurile glucidice difer cel puin în anumite limite care fac
membranele s difere sub aspectul biocomponentelor.
Cum se rsfrânge aranjarea asimetric a biocomponentelor membranei asupra
intereselor celulei? Adic, ce putem spune despre semnificaia biologic a asimetriei
membranelor? Faptul c cele dou fee ale membranelor expun elemente biochimice
diferite, adic asigur proprieti fizico-chimice diferite celor dou suprafee (cea
expus la exterior, respectiv cea expus ctre interiorul celulei) permite desfurarea
de fenomene diferite de o parte sau de cealalt a acestei ultrastructuri. Mai mult,
celula are mecanisme prin care poate permite acestor fenomene diferite s se
desfoare independent sau s se coreleze, în funcie de nevoile ei de supravieuire i
funcionare „ireproabil”. Altfel spus, celula poate rmâne mai mult sau mai puin
indiferent la ce se petrece în exteriorul ei, dar poate s i fie deosebit de sensibil la
ce se afl sau se petrece în afara ei pe baza informaiilor pe care le primete, le
analizeaz i le ia în consideraie.
Pentru înelegerea semnificaiei biologice a fluiditii bidimensionale a
membranei revin la exemplul utilizat la începutul acestei seciuni (cel legat de
abilitatea unui grup de oameni de a rezolva probleme complexe), dar vom extinde
exemplul la ce se întâmpl într-o instituie. De fapt încercm aici s rspundem la
întrebarea: de ce este important c în membran biocomponentele sunt într-o
permanent micare? S nu uitm c aceast micare permanent a componentelor
individuale prezint grade de libertate mai mari sau mai mici, în funcie de condiiile
concrete în care celula se poate afla. Mai întâi s punctm de ce este important c
micrile au loc în doar dou dimensiuni, adic în numai dou direcii,
corespunztoare micrii planare (adic bidimensionale). Aceast micare
bidimensional asigur meninerea asimetriei din organizarea membranei, iar
semnificaia biologic a acestui aranjament asimetric am punctat-o deja în paragraful
precedent. Dincolo de faptul c aceast micare este bidimensional, ea este
important pentru celul chiar prin faptul c exist. Ne întoarcem la exemplul
invocat, chiar dac poate prea banal; îl considerm sugestiv. Pentru ca oamenii unui
grup s realizeze activiti practice ei trebuie s fie adui în acelai loc. Pentru asta
trebuie s se deplaseze de acas la instituia unde lucreaz i s îi fac treaba cât
dureaz programul de lucru. Asta trebuie s se întâmple i cu biocomponentele
(molecule, macromolecule) dintr-o membran. Ele trebuie s se poat mica pentru a
se întâlni ca s îi fac, împreun, treaba. Spunem c ele organizeaz microdomenii
(echivalentul unor secii sau departamente într-o instituie). Numai c pentru buna
funcionare a instituiei seciile sau departamentele nu sunt total independente, ele
trebuie s interacioneze, deci trebuie s existe persoane care s se mite dintr-un loc
în altul, iar uneori este nevoie s se creeze grupuri interdepartamentale pentru
rezolvarea unor probleme. Asta se întâmpl i în membran: microdomeniile sunt
dinamice; elementele din unele se pot mica i intra în componena altor
microdomenii pentru a se implica în altceva în interesul bunei funcionri a
întregului (membrana, respectiv, mai departe, celula). Aadar, semnificaia biologic
a faptului c, în membran, componentele biochimice sunt într-o permanent
micare este aceea c pemite acestora s se asocieze într-o diversitate de modaliti,
pentru a îndeplini o multitudine de activiti. Mai mult, în membrane aceeai
component poate induce efecte multiple prin rolul su care se poate manifesta
difereniat, în funcie de partenerii de interaciune cu care se întâlnete temporar, pe
perioade mai lungi sau mai scurte de timp.
Cred c acum putem spune, în sfârit, c avem suficiente informaii care s ne
permit s credem c am îneles principial membrana celular (cum este organizat
i de ce este astfel organizat) i ne putem detaa ca s o privim cu înelepciune i s
putem aplica aceast înelegere de principiu la orice situaie particular am întâlni.
Aceast poziie va fi util în abordarea aspectelor care urmeaz, legate de
65
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Bibliografie selectiv
1. Morange M. (2013) What history tells us XXX. The emergence of the fluid mosaic model of
membranes. J Biosci. 38(1): 3-7.
2. Nicolson GL. (2013) The Fluid-Mosaic Model of Membrane Structure: Still relevant to understanding
the structure, function and dynamics of biological membranes after more than 40 years. Biochim
Biophys Acta. Nov 1. pii: S0005-2736(13)00393-3. DOI: 10.1016/j.bbamem.2013.10.019. [Epub ahead
of print]
3. Bagatolli LA, Mouritsen OG. (2013) Is the fluid mosaic (and the accompanying raft hypothesis) a
suitable model to describe fundamental features of biological membranes? What may be missing? Front
Plant Sci. Nov 13; 4: 457.
4. Nicolson GL. (2013) Update of the 1972 Singer-Nicolson Fluid-Mosaic Model of Membrane Structure.
Discoveries. 1(1): e3. DOI: 10.15190/d.2013.3
5. Leabu M. (2013) The still valid fluid mosaic model for molecular organization of biomembranes.
Accumulating data confirm it. Discoveries. 1(1): e7. DOI: 10.15190/d.2013.7
66
Nucleul – partea 1
Cursul prezintă informațiile din capitolele 5 și 7 ale Essential Cell Biology, Alberts et al., 5th Ed.
Imaginile sunt create cu BioRender sau au sursa indicată.
Biochimia ADN-ului
Toate celulele unui organism uman conțin aceeași informație genetică, codificată în genele lor,
prin succesiunea ordonată a celor patru nucleotide – A – adenozină, T – timidină, C – citidină, G
– guanozină în acidul dezoxiribonucleic (ADN).
Totalitatea genelor unui organism alcătuiesc genomul acelui organism. Genomul uman a fost
secvențiat, descifrat, acum mai bine de 10 ani, deci acum cunoaștem ordinea nucleotidelor din
ADN-ul fiecărei celule umane.
O moleculă de ADN constă din două lanțuri lungi de nucleotide, unite într-un dublu helix prin
legături de hidrogen. Fiecare lanț, sau catenă, este compus din patru tipuri de nucleotide.
Nucleotidele sunt compuse dintr-o bază azotată – adenină (A), citozină (C), guanină (G), sau
timină (T), un zahar cu cinci atomi de carbon (deoxiriboză), la care se atașează o grupare fosfat.
Nucleotidele dintr-o catenă sunt legate covalent printr-o legătură fosfodiesterică (între gruparea
OH 3’ a unui zahar cu fosfatul atașat grupării 5’ a deoxiribozei învecinate. (Figura 1). Această
modalitate de legare creează o polaritate catenei de ADN, care va avea un capăt 3’, cu o grupare
OH liberă și unul 5’, cu o grupare OH fosforilată (vezi figura de mai jos).
Cele două catene dintr-o moleculă de AND sunt unite prin legături de hidrogen între bazele
azotate (Figura 2).
Ca urmare a acestor legături între componentele nucleotidelor, toate baze azotate sunt la
interiorul dublului helix, iar lanțul de deoxiriboze cuplate prin fosfat, încărcat negativ, la exterior.
Bazele nu se împerechează la întâmplare, A întotdeauna va face pereche cu T, iar G întotdeauna
cu C. Cele două catene ale helixului sunt antiparalele una față de cealaltă – adică orientate cu
polarități 3’ – 5’opuse și fiecare catenă conține o secvență de nucleotide care este exact
complementară secvenței de nucleotide a lanțului partener. Această complementaritate este de
o importanță crucială atunci când este vorba atât de copierea, cât și de menținerea structurii
ADN.
Funcția cromozomilor este de a purta gene – unități funcționale ale eredității. O genă este
definită ca un segment al ADN-ului care conține instrucțiunile pentru a sintetiza o anumită
proteină sau o anumită moleculă de ARN.
Majoritatea moleculelor de ARN codificate de gene sunt utilizate pentru a produce o proteină.
Cu toate acestea, în unele cazuri, produsul final este molecula de ARN. Ca și proteinele, asemenea
molecule de ARN au funcții diverse în celulă, inclusiv structurale, catalitice și de reglementare a
expresiei genelor.
Cromozomii conțin, pe lângă gene și secvențe de nucleotide necesare pentru expresia normală a
genelor, un exces mare de ADN. Acest ADN suplimentar este uneori eronat numit de prisos, sau
"JUNK ADN," pentru că utilitatea sa pentru celulă nu a fost încă în totalitate demonstrată. Deși
acest ADN de rezervă nu codifică pentru proteine, o mare parte poate servi unor alte funcții
biologice.
3
Cromozomii în interfază sunt mult mai lungi și mai fini decât cromozomii mitotici. Fiecare tinde
să ocupe o anumită regiune, sau un teritoriu din nucleu, numit teritoriu cromozomial. În plus,
unele regiuni cromozomiale sunt atașate fizic la anumite situri din anvelopa nucleară – perechea
de membrane cu spațiul dintre ele care înconjoară nucleul – sau la lamina nucleară subiacentă,
o rețea de proteine care susține și asigură forma anvelopei nucleare.
Fig. 3. Prezentarea Figurii 5-14, din capitolul 5, ADN și Cromozomi al Essential Cell Biology, 5th Ed.
Un cromozom conține un centromer (roșu) care delimitează cele două brațe. Brațele conțin
origini de replicare (portocaliu) și se termină cu telomere (bleu). Pentru pregătirea diviziunii
celulare, în interfază, cromozomul este duplicat plecând de la originile de replicare, apoi în
diviziune este condensat, formând un cromozom mitotic, iar cromatidele surori, unite la nivelul
centromerului, sunt desfăcute și distribuite celulelor fiice.
Fig. 4. Reproducerea Figurii 5-19 din capitolul 5 ADN și Cromozomi, din Essential Cell Biology, 5th
Ed. Sus: o fibră de cromatină, jos aspectul de “mărgele pe ață”.
5
Fig. 5. Organizarea nucleozomului așa cum se prezintă în
Fig. 5.20 din Capitolul 5, ADN și Cromozomi, din Essential
Cell Biology, 5th Ed. ilustrând organizarea nucleozomului
– unitatea structurală și funcțională a cromatinei.
Nucleozomii sunt complexe proteice pe care se
înfășoară ADN-ului, uniți printr-o secvență de ADN (ADN
linker). Miezul proteic este format din dimeri de
proteine numite histone H2A, H2B, H3 și H4. Fiecare
proteină est ilustrată cu o culoare diferită în dimerii respectivi.
Toate cele patru histone care alcătuiesc octamerul sunt proteine relativ mici cu un procent ridicat
de aminoacizi încărcați pozitiv (lizină și arginină). Sarcinile pozitive ajută histonele să se lege
strâns de coloana vertebrală de zahar-fosfat, încărcată negativ, a ADN-ului. Fiecare dintre
histonele din octamer are, de asemenea, o coadă lungă, nestructurată, la capătul N-terminal,
care
se extinde din nucleozom. Aceste cozi de histone sunt supuse la mai multe tipuri de modificări
chimice covalente, reversibile, care controlează multe aspecte ale structurării cromatinei.
6
Fig. 6. Tipuri de histone și asamblarea lor în nucleozom, împreună cu ADN-ul linker
Cea mai condensată formă de cromatină în interfază se numește heterocromatină (din limba
greacă, heteros –"diferite"). Restul cromatinei se numește eucromatină (din greacă eu,
"adevărat" sau "normal"). Fiecare tip de cromatină este stabilit și întreținut de diferite seturi de
modificări ale cozilor histonelor, care atrag seturi distincte de proteine cromozomiale non-
histonice. Odată ce heterocromatina a fost stabilită, aceasta se poate răspândi la regiunile vecine
ale ADN-ului, deoarece prin modificările sale, coada histonei metilate va atrage un set de proteine
specifice heterocromatinei, care apoi va adăuga aceleași modificări la coada histonelor din
nucleozomi adiacenți. Aceste modificări, la rândul lor, recrutează mai multe proteine specifice,
cauzând un val de cromatină condensată, care se propagă de-a lungul cromozomului. Această
regiune extinsă de heterocromatină va continua să se răspândească până când se confruntă cu o
secvență de ADN- barieră, care oprește propagarea. De exemplu, unele secvențe bariere conțin
situri de legare pentru acetiltransferaze care competiționează pentru aceeași lizină cu
metiltransferaze; acetilarea blochează metilarea lizinei respective, prevenind orice răspândire
ulterioară a heterocromatinei.
O mare parte din ADN-ul care este împachetat în heterocromatină nu conține gene. Deoarece
heterocromatina este atât de compactă, gene care accidental sunt ambalate în heterocromatină
nu reușesc să fie exprimate. Astfel ambalarea necorespunzătoare a genelor în heterocromatină
poate provoca boli: la om, gena care codifică β-globină – o proteină care face parte din molecula
de hemoglobină purtătoare de oxigen – este situată în apropierea unei regiuni heterocromatină.
Într-o persoană cu o deleție moștenită a secvenței-barieră, heterocromatina se răspândește și
dezactivează gena β-globinei, care cauzează anemie severă.
Poate cel mai frapant exemplu de utilizare a heterocromatinei pentru a inactiva genele este
inactivarea unui cromozom X la sexul feminin. La întâmplare, unul sau altul dintre cei doi
cromozomi X din fiecare nucleu devine foarte condensat în heterocromatină la începutul
dezvoltării embrionare și această modificare este transmisă mai departe descendenților.
Când o celulă se divide, transmite celulelor fiice modificările sale histonice, structura cromatinei,
și modele de expresie a genelor. O astfel de "memorie celulară" transmite informații despre care
gene sunt active și care nu sunt – un proces esențial pentru stabilirea și menținerea diferitelor
tipuri de celule în timpul dezvoltării unui organism multicelular complex.
8
Când celula are nevoie de o anumită proteină, secvența de nucleotide a părții corespunzătoare a
ADN-ului, extrem de lung, dintr-un cromozom este copiată mai întâi la ARN (un proces numit
transcriere).
Aceste copii ARN ale segmentelor ADN sunt utilizate direct pentru a direcționa sinteza proteinei
(un proces numit traducere). Fluxul de informații genetice în celule este, prin urmare, de la ADN,
la ARN și, mai departe, la proteine (Fig. 7). Toate celulele, de la bacterii la oameni, își exprimă
informațiile genetice în acest fel – un principiu fundamental al biologiei, numit dogma centrală a
biologiei moleculare.
Fig. 7. Dogma centrală a biologiei moleculare arată fluxul informației în toate celulele.
Fig. 9. Inițierea transcrierii genice. Inițierea transcrierii are loc la promotor, o secvență de
nucleotide care poate lega ARN polimeraza. Aceasta e recrutată de factorii de transcriere, care
se leagă de secvențe cis reglatorii. În imagine sunt ilustrați factorii generali ai transcrierii, care se
leagă de secvența TATA sau TATA-like. Recunoaștere și mulțumire: imagine Shadma Nafis,
BioRender.
11
În primul rând, proteinele de reglare a expresiei genelor, cunoscute sub numele de activatori
transcripţionali trebuie să se lege de secvențe specifice de ADN și ajută la atragerea ARN
polimerazei II, la începutul secvenței de transcriere. În al doilea rând, inițierea transcrierii
eucariote in vivo necesită prezența unui complex proteic cunoscut sub numele de Mediator, care
permite proteinelor activatoare să comunice în mod corespunzător cu polimeraza II și cu factorii
generali de transcriere. În cele din urmă, inițierea transcrierii într-o celulă eucariotă necesită de
obicei recrutarea locală de enzime care modifică cromatina, inclusiv complexe de remodelare a
cromatinei.
Transcrierea este doar prima din mai multe etape necesare pentru a produce un ARNm. Alte
etape critice sunt modificarea covalentă a capetelor ARN-ului și îndepărtarea secvențelor
intronice care sunt eliminate pe parcursul transcrierii ARN prin procesul de ARN splicing.
Ambele capete ale ARN-urilor eucariote sunt modificate: prin modificarea (numită capping) a
capătului 5’ și prin poli-adenilare a capătului 3’. Aceste modificări speciale permit celulei să
evalueze dacă ambele capete ale unei molecule de ARNm sunt prezente (iar mesajul este, prin
urmare, intact) înainte de a exporta secvența ARN din nucleu și o traduce la proteine, în citosol.
De îndată ce ARN polimeraza II a produs aproximativ 25 de nucleotide de ARN, capătul 5’ al
moleculei de ARNm nou sintetizate este modificat prin adăugarea unui capac de 7-metil
guanozină (5’-7mG). Capătul 5’-7mG semnifică sfârșitul 5' al ARNm la eucariote și acest punct de
reper ajută celulele să distingă ARNm-urile de celelalte tipuri de molecule de ARN prezente în
celulă. În nucleu, capul 5’-metil-guanozinic se leagă de un complex proteic care ajută ARN-ul să
fie corect prelucrat şi exportat din nucleu prin porul nuclear – o deschidere în învelișul nuclear.
Capul 5’-metil-guanozină are, de asemenea, un rol important în traducerea ARNm la proteine, în
citosol, fiind recunoscut de factorii de inițiere la eucariote (eIF), care pornesc traducerea și
formarea proteinelor la nivelul ribozomului.
Poziția capătului 3' al fiecărei molecule ARNm este specificată printr-un semnal codificat în
genom (poli-A în Fig. 8). Capătul 3’ este modificat prin adăugarea, la un moment dat, a
aproximativ 200 de nucleotide A, de către o enzimă numită poli-A polimeraza. Precursorul
nucleotidelor pentru aceste adăugiri este ATP, iar același tip de legături 5‘ – la – 3‘ sunt formate,
ca în cazul celor convenționale din sinteza ARN-ului. Spre deosebire de ARN polimerazele uzuale,
poli-A polimeraza nu necesită un șablon; Prin urmare, coada poli-A a ARNm-urilor eucariote nu
este direct codificată în genom. Pe măsură ce coada poli-A este sintetizată, proteinele care leagă
poli-A se asamblează pe ea, participând la determinarea lungimii finale a cozii, la transportul
ARNm din nucleu, în citosol şi direcționarea sintezei de proteine în ribozom.
Splicingul. Atât secvențele intronice, cât și cele exonice sunt transcrise într-un transcript primar
de ARNm. Secvențele intronice sunt îndepărtate din ARNm nou sintetizat (numit ARNm precursor
sau pre-ARNm) prin procesul de splicing. ARNm matur este acel ARN obținut doar după
procesarea capetelor 5‘ și 3‘ și după realizarea splicing-ului. Spre deosebire de celelalte etape ale
producției ARNm, splicingul este efectuat de molecule de ARN non-codificante mici, (short
nuclear ARN – snRNA), complexate cu proteine.
Uneori, în procesul de splicing poate fi excizat unul sau mai mulți exoni, rezultând ARNm diferite,
care codifică pentru proteine ușor diferite, dar din aceeași clasă, care pot fi în continuare
12
funcționale. Acest proces este responsabil de varietatea de proteine din celulă și explică parțial
de ce proteomul celular (totalitatea tipurilor de proteine exprimate într-o celulă) este mult mai
variat ca genomul.
ARNm matur va fi transportat în citosol pentru traducere la proteine. Totuși, celula poate exercita
și la nivel citosolic un control al traducerii, numit reglare post-transcriere. Un mecanism folosit în
reglarea prost-transcriere este producerea unor specii de microARN-uri, care interacționează cu
secvențe din ARNm și fie blochează traducerea, fie induc degradarea acestuia.
Nucleolul este structura cea mai evidentă observată în nucleul unei celule eucariote
Nucleolul este o componentă a nucleului vizibilă la microscop. Este locul unde are loc biosinteza,
prelucrarea ARN-urilor ribozomale și asamblarea lor în subunități ribozomale. Nu are o
endomembrană proprie, ci este practic un mare agregat de macromolecule, incluzând genele
pentru ARNr, precursorii ARNr, ARNr matur, enzime de prelucrare a ARNr, alte specii non-
codante (small nucleolar RNAs – snoRNAs), proteine ribozomale.
Nucleolul este cel mai evident exemplu de organizare cromozomială în interfază. În timpul
interfazei, părțile diferiților cromozomi care poartă gene care codifică ARN-urile ribozomale se
asociază împreună pentru a forma nucleolul. În celulele umane, câteva sute de exemplare dintre
aceste gene sunt distribuite în 10 clustere, situate în apropierea vârfurilor a cinci perechi
cromozomiale diferite.
În plus față de rolul său important în biogeneza ribozomilor, nucleolul este, de asemenea, locul
unde sunt produse alte ARN-uri și sunt asamblate alte complexe ARN-proteine. De exemplu, o
specie de snRNP care intervine în splicingul pre-ARNm-ului, telomeraza și particula de
recunoaștere a semnalului (pe care o vom discuta la compartimentalizarea celulei și la reticulul
endoplasmatic), se crede, de asemenea, că sunt asamblate la nucleol, în baza unor dovezi
experimentale mai mult sau mai puțin directe. În cele din urmă, ARNt care transportă aminoacizii
pentru sinteza proteinelor sunt prelucrați acolo; ca și genele ARNr, cele de codificare a ARNt-
urilor sunt grupate în nucleol.
Toate celulele unui organism multicelular conțin același genom, dar sunt diferite din punct de
vedere fenotipic și funcțional. Diferențierea celulelor se realizează prin modificări în expresia
genelor.
Expresia genică este un proces complex prin care celulele sintetizează atât proteine, cât și ARN-
uri codificate în genomul lor. Deși fiecare tip de celulă dintr-un organism multicelular exprimă
preponderent un anume grup de gene, aceste gene nu sunt mereu aceleași, de-a lungul vieții
celulei. Grupul de genele care se exprimă într-o celulă diferențiată poate varia dinamic în timpul
vieții celulei, fără ca fenotipul să se schimbe. Celulele specializate sunt capabile să-și adapteze
modelele de expresie genică în urma unor semnale extracelulare, cum ar fi semnalele primite de
13
la hormoni. De exemplu, molecule care se acumulează în inflamație pot declanșa activarea unor
gene care codifică proteine implicate în răspunsul antiinflamator.
Expresia genică poate fi modificată și prin semnale provenite din interior, cum ar fi de exemplu,
semnale de stres venite de la reticulul endoplasmatic – organit delimitat de endomembrane
implicat în sinteza proteinelor.
Fiecare etapă din dogma centrală a biologiei celulare, calea care duce de la ADN, la proteine,
poate fi, în principiu, controlată. Astfel, o celulă poate controla proteinele pe care le conține prin:
(1) momentului transcrierii și cât de des are loc, (2) modul în care ARN-ul trancris este clivat sau
prelucrat, (3) selectarea ARN-urilor mesager care să fie exportate din nucleu, (4) reglarea vitezei
de degradare a unor anumite molecule de ARNm, (5) selectarea tipurilor de ARNm care sunt
traduse la proteine pe ribozomi, sau (6) reglarea modului în care proteinele specifice sunt
distruse rapid sau lent după ce au fost sintetizate. Totuși, principalul mecanism prin care celulele
controlează expresia genică este controlul trancrierii, pentru că formarea unor transcripte ARN
nefolositoare ar încărca nejustificat etapele următoare de reglare.
Vom discuta mai departe despre două mecanisme de control: reglarea transcrierii genice și
controlul post-transcriere
1. Reglarea transcrierii genice
Am discutat puțin mai sus de secvențele care se regăsesc în structura unei gene și cum ele intervin
în procesul de transcriere. Regiunea promotor a unei gene leagă ARN polimeraza. Promotorii
includ un situs de inițiere a transcrierii, unde începe sinteza ARN și secvențe care conțin situsuri
de recunoaștere pentru proteine care se asociază cu ARN polimeraza: factorii generali ai
transcrierii. În plus față de promotor, marea majoritate a genelor includ secvențe reglatoare de
ADN, care sunt utilizate pentru a activa sau inhiba expresia genei. Pentru a avea un efect, aceste
secvențe trebuie să fie recunoscute de proteine numite factori de reglare a transcrierii (speciali,
diferiți de cei generali care se leagă de promotor).
Proteinele care recunosc o anumită secvență de nucleotide fac acest lucru deoarece suprafața
lor prezintă o potrivire aproape perfectă cu caracteristicile de suprafață ale ADN-ului dublu
catenar din acea regiune. Deoarece aceste caracteristici de suprafață vor varia în funcție de
secvența nucleotidelor, este nevoie de proteine diferite care să lege ADN-ul, de unde și nevoia
de a avea mai mulți factori de transcriere. În cele mai multe cazuri, proteinele dimerizează și intră
în curbura majoră a ADN-ului dublu catenar, făcând o serie de contacte bazate pe interacțiuni
necovalente cu perechile de nucleotide din interiorul curburii. Deși fiecare contact individual este
slab, 10 până la 20 de contacte care se formează de obicei la interfața ADN-proteină se combină
pentru a se asigura că interacțiunea este atât foarte specifică, cât și și foarte puternică.
Factorii de reglare a transcrierii pot fie activa, fie reprima expresia unei gene. Drept urmare,
secvența de nucleotide de care ei se leagă poate fi o secvență activatoare sau inhibitoare. Aceste
secvențe de reglare pot fi localizate și la zeci, sute sau chiar mii de perechi de baze distanță de
promotor, dar din punct de vedere spațial ele vor fi aduse în imediata vecinătate prin organizarea
spațială a cromatinei. ADN-ul dintre secvența-enhancer și promotor formează o buclă, aducând
14
proteina activator în vecinătatea imediată a promotorului. Adesea, proteine suplimentare
servesc drept adaptoare pentru a închide bucla; cea mai importantă dintre acestea este cea
numită Mediator. Împreună, toate aceste proteine atrag factorii generali ai transcrierii și ARN-
polimeraza la promotor, formând un complex de inițiere a transcrierii. Proteinele eucariote
represoare fac opusul: ele scad transcrierea prin prevenirea asamblării acestui complex.
Proteinele activatoare și inhibitoare pot exploata mecanismele utilizate la împachetarea ADN-
ului pentru a ajuta la activarea și inactivarea genelor. Structura cromatinei poate fi modificată
prin complexe de remodelare (a cromatinei) și cu ajutorul enzimelor care induc modificări
covalente ale histonelor din miezul nucleozomilor. Multe proteine activatoare genice folosesc
aceste mecanisme de decondensare a cromatinei prin atragerea unor astfel de proteine, care
modfică cromatina în zona promotorilor. De exemplu, recrutarea de histon-acetiltransferaze
promovează atașarea grupărilor acetil la anumite lizine din cozile histonelor; aceste grupări acetil
atrag, ele însele, proteine care promovează transcrierea, inclusiv pe unii dintre factorii generali
ai transcrierii.
În mod similar, proteinele represoare ale genelor pot modifica cromatina reducând eficiența
inițierii transcrierii. De exemplu, multe proteine represoare atrag histon-deacetilazele – enzime
care îndepărtează grupări acetil de pe cozi de histone, inversând astfel efectele pe care acetilarea
le are asupra inițierii transcrierii. Deși unele proteine eucariote represoare acționează doar
asupra unei singure gene, altele pot orchestra formarea unor zone mari de cromatină inactivă
din punct de vedere al transcrierii. Un mecanism de inactivare dus la extrem este formarea
cromozomului X inactiv, din celulele mamiferelor femele.
La eucariote, o genă este rareori controlată de un singur factor de transcriere. Transcrierea
pentru majoritatea genelor este reglată prin controlul combinat al acțiunii mai multor factori. O
genă tipică este controlată de zeci de factori de reglare a transcrierii, care se leagă de secvențe
reglatoare ce pot fi răspândite pe zeci de mii de perechi de nucleotide. Împreună, acești factori
de reglare a transcrierii direcționează asamblarea Mediatorului, a complexelor de remodelare a
cromatinei, a enzimelor care modifică histonele, a factorilor generali ai transcrierii și, în cele din
urmă, a ARN polimerazei.
In unele cazuri, un singur factor de reglare a transcrierii poate iniția formarea nu doar a unui tip
de celulă, ci a unui întreg organ, la organisme inferioare (cum ar fi, de exemplu, formarea ochiului
la musculița de oțet, la care o mutație a unei singure gene duce la formarea de insecte fără ochi).
Un astfel de factor de reglare se numește factor principal al reglării transcrierii și stă la vârful unei
rețele de reglare (Fig. 10). Acești factori principali sunt atât de puternici, încât pot schimba
fenotipul unei celule de la unul diferențiat la unul asemănător unei celulei stem nediferențiate.
Acest proces se numește reprogramare, sau dediferențiere și stă la baza formării celulelor stem
pluripotente induse (iPS), prin exprimarea artificială a doar trei factori de transcriere într-o celulă
specializată, cum ar fi un fibroblast sau leucocit.
15
Factor
principal al
transcrierii
Factor Factor
reglator 1 reglator 2
Fig. 10. Diferențierea unei celule poate fi indusă de un singur factor principal de reglare, care
poate declanșa, în cascadă, expresia genică a altor factori de transcriere. Adaptată după figura 8-
17, capitolul 8 din Essential Cell Biology, Alberts et al., Ed. 5.
2. Controlul post-transcriere
Durata de viață a ARNm este dictată de secvențe specifice de nucleotide din regiunile netraduse,
aflate atât în amonte, cât și în și în aval de secvența de codificare a proteinelor. Aceste secvențe
conțin adesea situsuri de legare pentru proteinele care sunt implicate în degradarea ARN. Dar ele
poartă, de asemenea, informații care specifică dacă și cât de des ARNm trebuie să fie tradus în
proteine.
Multe alte specii de ARN produse în urma transcrierii sunt ARN-uri necodificatoare, care au un
rol crucial în reglarea expresiei genice și, prin urmare, sunt denumite ARN-uri reglatoare. Aceste
ARN-uri reglatoare includ microARN-uri, ARN-uri mici de interferență și ARN-uri lungi
necodificatoare.
MicroARN-urile, sau miARN, sunt molecule mici de ARN (câteva zeci, maxim sute de nucleotide)
care controlează expresia genelor prin hibridizare cu ARNm specifice și reducerea atât a
stabilității acestora, cât și a traducerii lor în proteine. Ca și alte ARN-uri, miARN suferă modficări
pentru a produce molecula de miARN matură și funcțională. miARN-ul matur de aproximativ 22
nucleotide în lungime, este asociat cu proteine specializate pentru a forma un complex de
silențiere indus de ARN (RISC), care patrulează în citosol, în căutare de ARNm cu secvențe
complementare cu miARN-ul legat (a se vedea filmulețul de pe YouTube). Odată ce un ARNm
țintă se hibridizează cu un miARN, fie este distrus imediat (de o nuclează care face parte din RISC),
fie i se blochează traducerea.
16
Unele dintre aceleași componente care procesează și împachetează miARN-uri joacă și un alt rol
crucial în viața unei celule: ele servesc ca mecanism de apărare celulară. În acest caz, sistemul
este utilizat pentru a elimina molecule de ARN "străine" – în special molecule lungi, dublu
catenare de ARN. Astfel de ARN-uri sunt rareori produse de gene normale, dar adesea ele servesc
drept intermediari în ciclurile de viață ale virusurilor.
Un virus are abilitatea de a insera propriul material genetic în genomul celulei, de regulă acolo
unde găsește cromatina deschisă – fie o regiune care se transcrie consitutiv, fără a fi nevoie de
semnale din afara nucleului, fie o genă care tocmai a fost despachetată pentru transcriere de
către factori reglatori ai transcrierii. Dacă virusul este de tip ARN, adică materialul lui genetic e
format din ARN și nu ADN, prima dată el va suferi o revers-transcriere a ARNului la ADNul
complementar, care va fi inserat în genom. Atunci când regiunea din genom va fi din nou
transcrisă de ARN polimerază, odată cu secvența proprie va fi inclusă în transcriere și secvența
virală, care se va regăsi în ARNm produs (Fig. 11). Această formă de detectare a acestor ARN-uri,
numită interferență ARN (iARN), păstrează aceste elemente potențial distructive sub control. În
prima etapă a iARN, ARN-urile străine dublu catenare (aproximativ 22 de perechi de nucleotide
în lungime) sunt tăiate în citosol în fragmente mai mici, de o proteină numită Dicer – aceeași
proteină folosită pentru a genera ARN intermediar în cadrul sintezei de miARN. Fragmentele de
ARN dublu-catenar rezultate, numite ARN-uri mici de interferență (ARNsi), sunt apoi preluate de
aceleași proteine RISC care transportă miARN. RISC elimină una din catenele ARNsi și utilizează
ARN-ul monocatenar pentru a căuta și distruge molecule de ARN complementar. În acest fel,
celula infectată folosește în mod eficient ARN-ul străin împotriva lui însuși.
17
Fig. 11. Procesul de interferență ARN se bazează pe recunoașterea unui ARN străin și
împiedicarea traducerii lui în proteine virale, care ar putea fi folosite la reasamblarea virusului.
Imagine creată cu BioRender.
ARN-urile lungi necodificatoare formează o clasă de molecule de ARN care sunt definite ca având
mai mult de 200 de nucleotide în lungime. Unele ARN-uri lungi necodificatoare se pliază în
structuri tridimensionale specifice, prin asocierea de baze complementare (a se vedea și
filmulețul YT) pentru a aduce împreună proteine care intervin în același proces (transcriere,
împachetarea cromatinei).
Termeni cheie
Genom
Cromozom interfazic/monocromatidian
Cromozom mitotic
Cromatină
Nucleozom
Genă
Promotor
Intron
Exon
Transcriere
Traducere
ARN codant/non-codant
Nucleol
expresie genică
factor de reglare a transcrierii
celule stem pluripotente induse (iPS)
interferență ARN (iARN)
ARN lung necodificator
microARN (miARN)
18
Biologie Celulară și Moleculară 2020
SINTEZA PROTEINELOR
Proteinele sunt molecule complexe care îndeplinesc o varietate de funcții în interiorul celulelor: unele au rol
structural, altele sunt implicate în mișcare, altele în activitatea enzimatică, iar altele în interacțiunea cu
exteriorul celulei. Fiecare celulă este compusă din mii de proteine, fiecare dintre ele având o structură și o
funcție diferite. Funcțiile proteinelor sunt foarte variate și sunt dependente de secvențele unice de aminoacizi
care le compun și de structurile tridimensionale extrem de complexe pe care le adoptă.
Proteinele sunt polimeri de aminoacizi aranjați într-o secvență liniară. Ribozomii sunt organitele responsabile
de sinteza lanțurilor de aminoacizi care formează proteinele.
RIBOZOMII
Ribozomii sunt organite nedelimitate de endomembrane (complexe ribonucleoproteice) care realizează sinteza
proteinelor prin formarea legăturilor peptidice între aminoacizii transportați de ARNt într-o secvența specifică
fiecărei proteine, secvență impusă de o moleculă de ARNm. Procesul de sinteză a proteinelor se numește
traducere.
În toate organismele, informația genetică este codificată de ADN. ADN codifică informația pentru proteine și
numeroase tipuri de ARN.
Pentru a fi folosită în sinteza proteinelor, informația ADN trebuie copiată sau transcrisă într-un polimer de
legătură - ARN. Transcrierea este urmată de traducere, proces prin care mesajul codat conținut în ARN
mesager (ARNm) este citit în ribozomi cu ajutorul ARN de transfer (ARNt) pentru a forma un polipeptid. Sinteza
tuturor proteinelor (traducerea) este realizată de ribozomi în citosol. Pentru proteinele destinate secreției
celulare procesul de sinteză este finalizat în lumenul reticulului endoplasmatic.
Celulele eucariote sintetizează foarte multe tipuri de ARN 1, unele conțin informația necesară sintezei
proteinelor (ARN codant - ARNm), altele sunt implicate atât în procesul de transcriere cât și în procesul de
traducere fiind efectori (ARNr, ARNt) sau reglatori ai proceselor menționate (microARN, ARNsi, ARNsn, etc).
1ARN‐urile nu sunt transcrise pur și simplu ca produse finite. Formele mature, funcționale ale tuturor speciilor de ARN sunt generate
prin prelucrare post‐transcriere. Exemple de tipuri de ARN:
1
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Ribozomii sunt complexe macromoleculare compuse din ARN ribozomal (ARNr) și proteine ribozomale.
Ribozomii sunt particule electronodense ce măsoară 15 – 20 nm în diametru și sunt formați dintr-o subunitate
mică și o subunitate mare care interacționează în procesul de traducere. Ribozomii eucariotelor și procariotelor
sunt similari ca structură și funcție. Ambele tipuri sunt compuse dintr-o subunitate mare și o subunitate mică
care se potrivesc pentru a forma un ribozom complet.
Diferite tipuri de ribozomii sunt prezente în citosolul celulelor eucariote, în mitocondrii și în celulele procariote.
Cele trei tipuri de ribozomi conțin molecule de ARNr și proteine diferite, au compoziție moleculară diferită și
dimensiuni diferite.2
Tipuri de ribozomi:
- 70 S3– în celulele procariote (2,7 MDa) cu subunități 50S și 30S.
- 80 S – în citosolul celulelor eucariote (4,3 MDa) cu subunități 60S și 40S
- 55 S – în mitocondrii (~3 MDa) cu subunități 39S și 28S
Fiecare subunitate a unui ribozom conține molecule ARNr de lungimi diferite, precum și numeroase tipuri de
proteine. Diferitele tipuri de ribozomii conțin un număr diferit de molecule de ARNr:
3 molecule ARNr – procariote (23S, 5S în subunitatea mare și 16S în subunitatea mică)
3 molecule ARNr – mitocondrii (16S, CPtRNA în subunitatea mare și 12S în subunitatea mică)
4 molecule ARNr – eucariote (28S, 5.8S, 5S în subunitatea mare și 18S în subunitatea mică)
Proteinele ribozomale sunt de obicei bazice, mici (10-30 kDa) și majoritatea sunt legate de suprafața
ribozomilor. Sunt cunoscute aproximativ:
54 proteine în ribozomii procariotelor
80 proteine în ribozomii eucariotelor (citosol)
82 proteine în ribozomii mitocondriilor.
2 Diferențele dintre structura ribozomilor procariotelor (bacterii) și cei ai eucariotelor au fost exploatate de cercetători care au
descoperit compuși chimici (antibiotice) care se leagă la ribozomii bacterieni, stopând astfel o infecție bacteriană fără a afecta celulele
eucariote ale individului infectat. Capacitatea de a traduce cu acuratețe ARNm în proteine este o caracteristică fundamentală a întregii
vieți de pe Pământ. Deși ribozomul și alte molecule care îndeplinesc această sarcină complexă sunt foarte similare între organisme,
există unele diferențe subtile în modul în care bacteriile și eucariotele sintetizează ARN și proteinele.
Multe dintre cele mai eficiente antibiotice sunt compuși care acționează prin inhibarea expresiei genice bacteriene, dar nu și a celei
eucariote. Unele dintre aceste medicamente exploatează micile diferențe structurale și funcționale între ribozomii bacterieni și
ribozomii eucariotelor, astfel încât să interfereze preferențial cu sinteza proteinelor doar în bacterii. Acești compuși pot fi astfel luați
în doze mari, suficiente pentru a ucide bacteriile fără a fi toxice pentru oameni. Pentru că diferitele antibiotice se leagă de diferite
regiuni ale ribozomului bacterian, aceste medicamente inhibă adesea diferite etape în sinteza proteinelor. Mai multe tipuri de
antibiotice, cum ar fi aminoglicozidele (streptomicina), macrolidele (eritromicină), lincosamidele (clindamicină), tetraciclinele și
cloramfenicolul inhibă sinteza proteinelor prin legarea în segmente diferite ale ribozomilor bacterieni.
Multe antibiotice comune au fost izolate pentru prima dată din fungi. Fungii și bacteriile ocupă deseori aceleași nișe ecologice și, pentru
a câștiga un avantaj competitiv, ciupercile au creat, în timp, toxine puternice care ucid bacteriile dar sunt inofensive pentru ele însele.
Deoarece fungii și oamenii sunt eucariote și sunt astfel mult mai strâns înrudite între ele decât cu bacteriile, am reușit să împrumutăm
aceste arme pentru a combate infecțiile bacteriene. În același timp, din păcate, bacteriile au dezvoltat rezistență la multe dintre aceste
medicamente. Astfel, este o provocare continuă pentru noi să rămânem cu un pas înaintea inamicilor noștri microbieni.
O modalitate de a genera noi terapii este aceea de a genera molecula ARN care să acționeze specific asupra agenților infecțioși
(https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.11.013). Puteți încerca și voi https://eternagame.org/ .
3Dimensiunile ribozomilor, subunităților ribozomale și ARN‐urilor sunt date în mod tradițional în unități S (Svedberg), coeficientul de
sedimentare măsurat într‐o ultracentrifugă. Moleculele sedimentează funcție de masa, densitatea și forma particulei prin
ultracentrifugare în gradient de sucroză. Astfel dimensiunea S a unui complex macromolecular nu reprezintă suma subunităților
componente.
2
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Subunitățile ribozomale libere în citosol interacționează pentru a forma o unitate funcțională atunci când traduc
o moleculă de ARNm. Decodarea ARNm și sinteza polipeptidului are loc într-o cavitate formată între cele 2
subunități ribozomale. Suprafața acestei cavități nu conține proteine, aici interacționează ARNr cu ARNm și
ARNt.
Cavitatea formată între cele două subunități ribozomale prezintă mai multe spații specifice:
- A – situs acceptor al RNAt-aminoacilat (situs de decodare, asigură interacțiunea codon-anticodon
între ARNm-ARNt).
- P – situs peptidil, locul în care este poziționat ARNt purtător al lanțului polipeptidic.
- E – situs de ieșire al RNAt deacilat (fără aminoacid).
- În subunitatea mare există un tunel de ieșire a lanțului polipeptidic sintetizat prin adăugarea succesivă
a câte unui aminoacid.
Ribozomii din citosolul celulelor eucariote sunt 80S (cu subunitate mare 60S și subunitate mică 40S ) și pot
fi liberi în citosol sau atașați membranelor reticulului endoplasmatic (care, din acest motiv, este numit rugos -
RER) sau atașați anvelopei nucleare. Ribozomii liberi nu sunt asociați niciunei endomembrane și sunt structural
și funcțional identici cu cei asociați RE. Numărul ribozomilor (câteva milioane pentru o celulă eucariotă tipică)
variază în diferite tipuri de celule și sunt cu atât mai numeroși cu cât celula are o sinteză proteică mai intensă 4.
Poliribozomii sau polizomii sunt grupurile de ribozomi care formează structuri spiralate în care mai mulți
ribozomi sunt atașați de o moleculă de ARNm citoplasmatic (distanțați la 80 de nucleotide). Un polizom traduce
o singură moleculă ARNm și produce simultan mai multe copii ale unei proteine.
4
Bazofilia citoplasmatică este caracteristică celulelor care produc mari cantități de proteine care vor rămâne în celulă (număr crescut
de ribozomi, implicit de ARN). Astfel de celule și produșii lor includ eritrocite în formare (hemoglobină), celule musculare în formare
(proteine contractile actină și miozină), celule nervoase (neurofilamente) și keratinocitele pielii (keratina). În plus, majoritatea
enzimelor din mitocondrie sunt sintetizate de polizomi liberi și transferate în organit. Bazofilia în aceste celule a fost denumită anterior
ergastoplasmă și este determinată de prezența unor cantități mari de ARN. În acest caz, ribozomii și polizomii sunt liberi în citoplasmă
(nu sunt atașați de endomembranele reticulului endoplasmatic). Corpii bazofili mari ai celulelor nervoase, care sunt numiți corpi Nissl,
constau în RER și numeroși ribozomi liberi. Toți ribozomii conțin ARN; bazofilia citoplasmei este determinată de grupările fosfat ale
ARN ribozomal și nu de componenta membranară a reticulului endoplasmatic.
3
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Biogeneza ribozomilor.
Subunitățile ribozomale sunt sintetizate în nucleol și sunt transferate separat în citosol. În celulele eucariote
clusterele de gene (300 – 400 de copii ale genelor pentru ARNr) ce codifică informația pentru ARNr sunt situate
pe cromozomii 13, 14, 15, 21, 22. Segmentele de ADN care sunt transcrise în ARNr sunt în majoritate situate
în regiuni specializate ale nucleului – nucleolii.
Nucleolul este un subdomeniu al nucleului specializat în biogeneza ribozomilor și prezintă următoarele zone:
- zona fibrilară - centrul de organizare nucleolară (NOR- nucleolar organisation region) – conține ADN -
genele pentru ARNr,
- zona densă fibrilară (ZDF) – zona de transcriere activă a ADN în ARNr,
- zona granulară (ZG) – conține ARNr precursor complexat cu proteine (subunități în formare).
Transcrierea ADN ce codifică ARNr are loc sub acțiunea ARN polimerazelor:
- ARN-polimeraza I acționează în nucleol (la nivelul zonei dens fibrilare) pentru transcrierea unui pre-
ARNr 45S (precursor din care vor rezulta ARNr 28S, 5.8S și 18S),
- ARN-polimeraza III în nucleu, în afara nucleolului, pentru transcriere ARNr 5S care va fi translocat în
nucleol ulterior.
La nivelul nucleolului are loc procesarea unui precursor pre-ARNr (45S) și complexarea moleculelor rezultate
cu aproximativ 80 de proteine ribozomale importate din citosol în nucleu. Formarea subunităților ribozomale în
nucleol implică interacțiunea a aproximativ 200 de proteine și a peste 100 de ARNsno (ARN mici nucleolare /
small nucleolar RNA). Proteinele ribozomale acționează ca șaperone în procesul de asamblare a subunităților
și sunt co-factori în procesul de traducere.
Subunitățile ribozomale (60S și 40S) sunt transferate separat în citosol prin porii nucleari unde are loc procesul
de maturare finală. Subunitățile ribozomale se asamblează în citosol formând ribozomii în timpul procesului de
traducere prin legarea unei molecule de ARNm.
Moleculele de ARNr sunt mari (dimensiuni variabile, 121 -5000 nucleotide) și se pliază formând anse și
segmente dublu catenare generate atât de interacțiuni convenționale (complementaritatea bazelor) cât și de
interacțiuni neconvenționale între nucleotidele componente. Împachetarea moleculelor de ARNr determină
formarea unor structuri tridimensionale compacte iar proteinele ribozomale asigură stabilitatea acestora.
Sinteza proteinelor se realizează la nivelul ribozomilor pe baza informației din ARNm cu ajutorul ARNt.
ARN mesager - ARNm. ARNm este format în nucleu prin transcriere, proces prin care codul genetic pentru o
proteină este transcris din ADN înntr-o moleculă precursor de ARNm (pre-ARNm) sub acțiunea ARN-
polimerazei II. După modificările post-transcriere ale moleculei de pre-RNAm (care includ splicingul ARN,
excizia intronilor, reunirea exonilor și adăugarea cozii poli(A) la capătul 3’ și a unui capișon de metilguanozină
la capătul 5’) molecula de ARNm rezultată părăsește nucleul și migrează în citoplasmă.
ARNm matur este o moleculă monocatenară cu lungime variabilă și conține codul necesar sintezei unei singure
proteine în celulele eucariote (ARNm monocistronic). O moleculă de ARNm în celulele procariote codifică de
obicei mai multe proteine (ARNm policistronic).
ARNm mature ale eucariotelor sunt exportate din nucleu. Dintre toate pre-ARNm sintetizate într-o celulă,
doar o mică parte – secvențele conținute în ARNm mature – va fi folosită. Fragmentele de ARN care au rămas
în urma procesării pre-ARNm – introni excizați, ARN-uri defecte sau transcriptele rezultate din splicingul aberant
– sunt degradate în nucleu iar nucleotidele rezultate sunt refolosite pentru transcriere.
Transportul ARNm din nucleu în citosol are selectivitate înaltă: doar ARNm procesat corect este exportat și
disponibil pentru traducere. Acest transport selectiv este mediat de complexele porilor nucleari care conectează
nucleoplasma cu citosolul și acționează ca niște porți care controlează macromoleculele ce pot intra sau ieși
din nucleu. Eticheta „bun de export” pe o moleculă de ARNm este pusă de un set special de proteine care
recunosc, fiecare în parte, segmente diferite din molecula de ARNm matur. Aceste set include proteine care
leagă coada 3’ poli-A și proteine care leagă capacul 5’ ARN.
4
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Moleculele ARNm mature sunt traduse și degradate în citosol. Transcrierea este urmată de traducere -
proces prin care mesajul codat conținut în ARNm este citit de ribozomi pentru a forma un polipeptid. ARNm
este codant, informația conținută este codată în secvențe de 3 nucleotide numite codoni. Există 64 de codoni
din care 61 codifică aminoacizi iar 3 codoni semnalizează încheierea sintezei proteice (codoni STOP: UAA,
UGA, UAG). Codonul ce codifică metionina (AUG) este situat întotdeauna în prima poziție a secvenței codante.
Chiar dacă metionina este întotdeauna primul aminoacid din lanțul polipeptidic nou sintetizat, metionina poate
să nu fie prezentă în structura unei proteine mature (poate fi îndepărtat în procesul de maturare al proteinei).
Fiecărui codon din molecula de ARNm îi corespunde un aminoacid iar secvența codonilor determină secvența
aminoacizilor în lanțul polipeptidic sintetizat de ribozomi.
Deoarece o singură molecula ARNm poate fi tradusă de mai multe ori în proteină, durata de viață a unei
molecule de ARNm în celulă influențează semnificativ cantitatea de proteină produsă.
Fiecare moleculă de ARNm este în cele din urmă degradată în nucleotide de către ribonucleazele (ARN-aze)
prezente în citosol, dar durata de viață a moleculelor de ARNm diferă considerabil – în funcție de secvența de
nucleotide din ARNm și tipul celulelor. În bacterii (procariote), majoritatea moleculelor de ARNm sunt degradate
rapid, având o durată de viață tipică de aproximativ 3 minute. Moleculele de ARNm din celulele eucariote
persistă de obicei mai mult: unele, cum ar fi cele care codifică β-globină, au durată de viață mai mare de 10 ore,
în timp ce altele rezistă mai puțin de 30 de minute. Aceste diferențe în durata de viață a moleculelor de ARNm
sunt parțial determinate de secvențe de nucleotide situate cel mai adesea în regiunea 3ʹ netradusă, care se află
între capătul 3ʹ al secvenței de codare și coada poli-A. Durata de viață diferită a diferitelor ARNm ajută celula
să controleze cantitatea de proteine ce va fi produsă. În general, proteinele realizate în cantități mari, cum ar fi
5
Biologie Celulară și Moleculară 2020
β-globina, sunt traduse din ARNm care au durată de viață îndelungată, în timp ce proteinele produse în cantități
mai mici sau cele ale căror niveluri variază rapid ca răspuns la diferite semnale sunt sintetizate de obicei din
ARNm cu durată de viață scurtă.
ARN-urile de transfer (ARNt) sunt molecule adaptor care preiau aminoacizii din citosol și îi poziționează în
ribozomi conform secvenței impuse de ARNm prin legare de codonii acestuia.
Codonii dintr-o moleculă de ARNm nu recunosc direct aminoacizii pe care îi specifică: codonii (seturile de trei
nucleotide) nu se leagă direct de aminoacizi. Traducerea ARNm în proteină depinde de moleculele adaptor care
se leagă cu un segment de un codon și cu alt segment se leagă de un aminoacid. Acești adaptori constau din
un set de molecule ARN mici cunoscute sub denumirea de ARN-uri de transfer (ARNt), fiecare cu o lungime de
aproximativ 80 de nucleotide.
ARNt sunt transcrise inițial sub forma unor precursori pre-ARNt în nucleu (aproximativ 500 de gene) sub
acțiunea ARN-polimerazei III. ARNt conține pe lângă nucleotidele obișnuite (A, C, G, U) și nucleotide atipice (Ψ
–pseudouridină, D - dihidrouridină , I – inozină, etc). Aceste nucleotide modificate post-transcriere (epigenetic)
sunt necesare realizării structurii tridimensionale specifice ARNt și modificărilor conformaționale în timpul
procesului de traducere din ribozom.
Moleculă de ARNt se pliază într-o structură tridimensională prin formarea unor legături între baze
complementare situate în regiuni diferite ale moleculei. Dacă regiunile de complementaritate sunt suficient de
mari se vor plia în jurul propriei axe astfel că, vor forma structuri dublu-helix asemănătoare celor formate de
ADN-ul dublu catenar.
Patru segmente scurte din ARNt pliat sunt dublu spiralate și generează o structură care seamănă cu o frunză
de trifoi dacă este reprezentată schematic (structura secundară). Frunza de trifoi se poate plia și mai mult,
pentru a forma o structură tridimensională compactă (asemănătoare literei L; structură terțiară) care este
menținută prin legături de hidrogen între regiuni diferite ale moleculei.
Două regiuni cu nucleotide nepereche situate la fiecare capăt al moleculei de ARNt în formă de L sunt esențiale
pentru funcția ARNt în sinteza proteinelor. Una dintre aceste regiuni formează anticodonul, un set de trei
nucleotide consecutive care se leagă, prin asocierea bazelor, de codonul complementar dintr-o moleculă de
ARNm. Cealaltă regiune monocatenară este scurtă, situată la capătul 3ʹ al moleculei de ARNt; acesta este locul
unde aminoacidul care se potrivește codonului este atașat covalent la ARNt 5.
5Codul genetic este „degenerat” deoarece numeroși aminoacizi sunt codificați de mai mulți codoni (codoni sinonimi). In celulele
eucariote exista 48 de molecule distincte de ARNt care recunosc specific 20 de aminoacizi și 61 de codoni. Un ARNt poate lega
6
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Pentru a preveni acest lucru, aminoacil-ARNt sintetazele sunt enzimele foarte precise (erorile sunt sub 1 la
100.000 de evenimente). Regiunea anticodon a ARNt, secvențe nucleotidice ale brațului D și secvențe al
brațului acceptor sunt recunoscute specific de aminoacil-ARNt-sintetaza corectă.
Reacția de atașare a aminoacidului la capătul 3’ al ARNt catalizată de sintetază este una dintre reacțiile care
necesită energie eliberată de hidroliza ATP. Reacția produce o legătură de înaltă energie între ARNt și
aminoacid. Energia acestei legături este mai târziu folosită pentru legarea covalentă a aminoacidul în lanțul
polipeptidic în formare.
aminoacizi diferiți . Un aminoacid poate fi purtat de ARNt diferite (ilustrând abundența acestuia în proteine). Un ARNt poate recunoaște
codoni diferiți datorită modului atipic de interacțiune (wobble base pairing) dintre nucleotidele anticodonului cu nucleotidele
codonului.
Mai mulți codoni diferiți pot specifica un singur aminoacid (codul genetic este redundant). Unii aminoacizii au mai mult de un ARNt,
iar unele molecule de ARNt necesită o corelare exactă a bazelor numai la primele două poziții ale codonului și pot tolera o nepotrivire
(sau wobble) la a treia poziție. Această împerechere imprecisă explică de ce atât de mulți codoni alternativi pentru un aminoacid diferă
doar la cel de‐al treilea nucleotid. Împerecherile de baze de tip „wobble” fac posibilă potrivirea celor 20 de aminoacizi cu cei 61 de
codoni folosind mai puțin de 31 de molecule ARNt diferite. Numărul exact de tipuri diferite de ARNt diferă de la o specie la alta. De
exemplu, oamenii au aproximativ 48 de molecule diferite de ARNt (cu 48 de anticodoni diferiți).
7
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Factorii de inițiere, de elongare și de terminare sunt proteine g mici din superfamilia Ras GTP-azelor care
asigură specificitatea interacțiunilor moleculare și energia necesară etapelor de sinteza a proteinelor.
Cele două subunități ribozomale se reunesc pe o moleculă de ARNm, aproape de capătul său 5ʹ, pentru a
începe sinteza unei proteine. ARNm este apoi tras prin ribozom ca o bucată lungă de bandă. Pe măsură ce
ARNm este deplasat în direcția 5ʹ–3ʹ, ribozomul traduce secvența de nucleotide într-o secvență de aminoacizi,
câte un codon pe rând, folosind ARNt ca adaptor. Prin urmare, fiecare aminoacid este adăugat în secvența
corectă la sfârșitul lanțului polipeptidic în creștere. Când se termină sinteza proteinei, cele două subunități ale
ribozomului se separă.
Pe lângă un loc de legare pentru molecula de ARNm, fiecare ribozom conține trei situsuri de legare pentru
molecule de ARNt (situs A, situs P și situs E).
Traducerea unui ARNm începe cu codonul start AUG, pentru care este necesar un ARNt încărcat special. Acest
ARNt inițiator poartă întotdeauna aminoacidul metionină (sau o formă modificată de metionină, formilmetionină
în bacterii). Astfel, toate proteinele recent sintetizate au metionină ca prim aminoacid la capătul lor N-terminal,
capătul care se sintetizează primul. Această metionină este de obicei îndepărtată ulterior de către o protează
specifică.
În eucariote, ARNt inițiator, încărcat cu metionină, este legat inițial în situsul P al subunității mici ribozomale,
împreună cu proteine adiționale numite factori de inițiere a traducerii (proteine g mici) și formează complexul
de inițiere. Molecula de ARNt inițiator este diferită de ARNt care transportă în mod normal metionină. Dintre
toate moleculele de ARNt, doar molecula de ARNt inițiator este capabilă să se lege ferm în situsul P în absența
subunității mari ribozomale.
În continuare, subunitatea ribozomală mică încărcată cu ARNt inițiator se leagă la capătul 5ʹ al unei molecule
de ARNm, care este marcată de capacul 5ʹ prezent la toate moleculele ARNm eucariote. Subunitatea
ribozomală mică scanează apoi ARNm, în direcția 5ʹ3ʹ, până când întâlnește primul AUG. Când acest AUG
este recunoscut de ARNt inițiator, mai mulți dintre factorii de inițiere se disociază de subunitatea ribozomală
mică pentru a face loc subunității ribozomale mari să se lege și să completeze ansamblul ribozomal. Deoarece
ARNt inițiator este legat de situsul P, sinteza proteinelor este gata să înceapă cu adăugarea următorului ARNt
încărcat în situsul A.
Pentru a adăuga un aminoacid lanțului peptidic în creștere (elongare), un nou ARNt încărcat intră în situsul A și
se leagă de codonul complementar de pe molecula ARNm. Aminoacidul său este apoi adăugat în lanțul peptidic
în creștere care este ținut pe loc de către ARNt din situsul P vecin. În continuare, subunitate ribozomală mare
înaintează, mutând ARNt descărcat în situsul E înainte de a-l expulza.
Acest ciclu de reacții se repetă de fiecare dată când este adăugat un nou aminoacid la lanțul polipeptidic, care
crește de la capătul amino la capătul carboxil, până când apare un codon stop în ARNm iar capătul carboxil
este hidroxilat și lanțul polipeptidic este eliberat.
Sfârșitul traducerii este marcat de prezența unui codon din ARNm numit codon stop – UAA, UAG sau UGA –
care nu este recunoscut de ARNt și nu specifică nici un aminoacid dar semnalizează ribozomului să oprească
traducerea. Proteinele cunoscute ca factori de eliberare (au o structură tridimensională asemănătoare cu ARNt)
leagă orice codon stop ajunge în situsul A al ribozomului.
Legarea factorului de eliberare alterează activitatea peptidil transferazei din ribozom determinând-o să
catalizeze adiția unei molecule de apă în locul unui aminoacid la ARNt-peptidil (din situsul P). Această reacție
eliberează capătul carboxil al lanțului polipeptidic legat de molecula de ARNt; deoarece această este singura
legătură care ține lanțul polipeptidic în formare de ribozom.
Odată finalizat, lanțul polipeptidic este imediat eliberat. În acest moment, ribozomul eliberează și ARNm iar cele
două subunități disociază putându-se asambla pe o altă moleculă de ARNm și poate începe o nouă rundă de
sinteză a unei proteine.
8
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Controlul interacțiunii corecte dintre ARNr, ARNm și ARNt se realizează prin mecanisme multiple:
- complementaritatea interacțiunii bazelor: codon – anticodon;
- plierea ribozomului (schimbarea conformației) pe bazele cu complementaritate corectă permite
continuarea procesului;
- hidroliza GTP din factorii de inițiere/elongare/terminare și disocierea acestora (control cinetic – dacă
reacția codon– anticodon este specifică, legătura este stabilă iar hidroliza GTP are loc datorită
schimbărilor conformaționale implicate de legarea specifică).
Proteinele sunt produse cu eficiență crescută de poliribozomi. Sinteza majorității proteinelor are loc între
20 de secunde și câteva minute. De obicei, chiar și în această perioadă scurtă, mai muți ribozomi se leagă de
fiecare moleculă de ARNm care este tradusă. Dacă un ARNm începe să fie tradus eficient, un nou ribozom se
va atașa în capătul 5ʹ al acestuia aproape imediat ce ribozomul precedent a tradus suficient din secvența de
nucleotide pentru a-i face loc unui nou ribozom. Moleculele de ARNm care sunt traduse se găsesc, de regulă,
sub formă de poliribozomi, cunoscuți și sub denumirea de polizomi. Aceste mari ansambluri citosolice sunt
alcătuite din mai mulți ribozomi distanțați la aproximativ 80 de nucleotide de-a lungul unei singure molecule de
ARNm. Cu mai mulți ribozomi care lucrează simultan pe un singur ARNm, pot fi făcute multe mai multe molecule
din aceeași proteină într-un timp mai scurt decât ar fi posibil dacă fiecare moleculă ar fi trebuit finalizată înainte
de începerea sintezei următoarei molecule.
Ribozomii liberi (neatașați de membranele RER) sintetizează proteine care vor rămâne în celulă ca elemente
structurale sau funcționale citoplasmatice. Proteine destinate nucleului, mitocondriilor sau peroxizomilor sunt
sintetizate tot de către ribozomii liberi și apoi eliberate în citosol de unde vor fi direcționate către compartimentul
țintă. Ribozomii atașați RER sintetizează câteva proteine care rămân permanent în membranele sau lumenul
RER și foarte multe proteine care sunt livrate aparatului Golgi pentru procesare și secreție ulterioară sau pentru
compartimentul endolizozomal.
Secvențe specifice de aminoacizi din proteinele nou sintetizate - secvență semnal - direcționează
transportul co-traducere sau post-traducere al polipeptidelor/proteinelor către destinația structurală și
funcțională.
În absența unei secvențe semnal, proteinele care sunt sintetizate de ribozomii liberi rămân în citosol.
În afară de situația specifică a preluării de proteine de către RER și care reprezintă un proces co-traducere (în
timpul procesului de sinteză), pentru toate celelalte organite proteinele sunt importate din citosol, după ce au
fost sintetizate integral, prin procese post-traducere specifice.
Cele mai multe proteine care sunt sintetizate pentru export sau pentru a deveni o parte din organite specifice
(cum ar fi membrana plasmatică, matricea mitocondrială, reticulul endoplasmatic sau nucleul) au nevoie de
semnale de sortare care direcționează proteinele către destinația corectă. Peptide semnal sunt cel mai adesea
9
Biologie Celulară și Moleculară 2020
regăsite în secvența primei grupe de 15-60 de aminoacizi de la capătul amino-terminal al unei proteine nou
sintetizate.
De exemplu, aproape toate proteinele care sunt transportate în RER au o secvență semnal constând din 5-10
aminoacizi hidrofobi la capătul amino-terminal. Secvența semnal a peptidei în formare interacționează cu
particula de recunoaștere a semnalului (SRP, o ribonucleoproteină) care se leagă de ribozom și de secvența
semnal a polipeptidului în formare și oprește alungirea lanțului polipeptidic (blochează temporar ribozomul și
procesul de traducere). Complexul care conține SRP–ribozom împreună cu polipeptidul în formare, a cărui
alungire a fost oprită, este relocat către membrana RER. Legarea SRP la o proteină de acostare pe suprafața
citoplasmatică a RER aliniază ribozomul cu un complex proteic transmembranar al RER numit translocon.
Șaperonele sunt localizate în toate compartimentele celulare (acolo unde sunt proteine!): în citosol,
reticul endoplasmic, aparat Golgi, mitocondrii sau nucleu. 6
6 Ambre J. Sala et al. Shaping proteostasis at the cellular, tissue, and organismal level. J Cell Biol 2017;216:1231‐1241
10
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Șaperonele sunt specifice pentru diferitele compartimente celulare și sunt specifice pentru fiecare țesut. Din
cele peste 20.000 de gene care codifică proteine peste 300 de gene codifică șaperone. Defecte în structura și
funcția șaperonelor sunt descrise în diferite patologii.
11
Biologie Celulară și Moleculară 2020
proteazomului. Poziționarea proteazelor în interiorul camerei de degradare moleculară are sens, deoarece
împiedică enzimele să funcționeze agresiv asupra proteinelor din celulă.
Proteazomii acționează în primul rând asupra proteinelor care au fost marcate pentru distrugere prin atașarea
covalentă a unei proteine mici numită ubiquitină.
UBICUITINĂ este o proteină globulară mică (8,5 kDa; 76 aminoacizi) care are la capătul N terminal metionină,
la capătul C terminal glicina (poziția 76; leagă lizina) și are 7 reziduuri de lizină (în pozițiile Lys6-, Lys11-, Lys27-
, Lys29-, Lys33-, Lys48-, Lys63-). Ubiquitina (Ub), o proteină de semnalizare, formează lanțuri ca rezultat al
legăturii covalente între oricare dintre cele șapte lizine sau metionina N-terminală a unei subunități și capătul C-
terminal al altei molecule de ubiquitină. Funcție de modul de structurare al lanțurilor de Ub intervine în multe
procese celulare, de la degradare proteazomală, la semnalizare sau reglare a altor proteine. 8
Enzime specializate marchează acele proteine care sunt destinate degradării rapide cu un lanț scurt de
molecule de ubiquitină. Proteinele destinate degradării sunt „marcate” prin legare covalentă cu minimum 4
molecule de ubiquitină prin intervenția în cascadă a 3 enzime (ATP-aze): E1 enzimă de activare, E2 enzimă de
conjugare, E3 ligază. Aceste proteine ubiquitinilate sunt apoi recunoscute, depliate și introduse în proteazomi
de către proteinele din capac. Aici sunt proteinele hidrolizate iar aminoacizii rezultați sunt eliberați în citosol
pentru a fi refolosiți în sinteza altor proteine.
La nivelul proteazomilor citosolici sunt degradate proteine citosolice și proteine retro-translocate din lumenul
RER poliubiquitinate.
Proteinele care trebuie să fie active pe o durată scurtă de timp conțin adesea o secvență scurtă de aminoacizi
care marchează proteina ca fiind una ce trebuie ubiquitinilată și degradată în proteazomi. Proteinele deteriorate
sau greșit pliate, precum și proteinele care conțin aminoacizi oxidați sau anormali sunt, de asemenea,
recunoscute și degradate de acest sistem proteolitic dependent de ubiquitină. Enzimele care adaugă un lanț de
poliubiquitină la astfel de proteine recunosc semnalele care sunt expuse ca urmare a plierii sau deteriorări
chimice – de exemplu, secvențe de aminoacizi sau motive conformaționale care sunt în mod tipic ascunse și
inaccesibile într-o proteină „sănătoasă”.
PROTEOMUL este totalitatea proteinelor exprimate într-o celulă, țesut sau organism la un anumit moment.
Menținerea unui echilibru constant între sinteza și degradarea proteinelor celulare asigură buna funcționare a
celulei respective, a țesutului și a organismului.
8 Alfano C, Faggiano S, Pastore A. The Ball and Chain of Polyubiquitin Structures. Trends Biochem Sci. 2016;41(4):371‐85].
12
Biologie Celulară și Moleculară 2020
CONCEPTE ESENȚIALE
Fluxul informației genetice în toate celulele vii este ADN → ARN → proteină (dogma centrală a biologiei celulare).
Conversia instrucțiunilor genetice din ADN în ARN și proteine este denumită expresie genică.
Pentru a exprima informația genetică conținută în ADN, secvența de nucleotide a unei gene este transcrisă mai întâi în
ARN. Transcrierea este catalizată de o enzimă - ARN polimerază, care folosește secvențe de nucleotide din molecula
de ADN pentru a determina ce catenă să folosească ca șablon și unde să înceapă și să înceteze transcrierea.
ARN diferă de ADN: conține riboză în loc de dezoxiriboză și baza azotată uracil (U) în loc de timină (T). ARN-urile din
celule sunt sintetizate sub formă de molecule monocatenare, care se pliază adesea în forme tridimensionale complexe
(structura tridimensională asigură funcția specifică).
Celulele realizează mai multe tipuri de ARN-uri: ARN-urile mesagere (ARNm), care poartă instrucțiunile pentru sinteza
proteinelor; ARN-urile ribozomale (ARNr) care sunt componentele cruciale ale ribozomilor; și ARN-uri de transfer (ARNt)
care acționează ca molecule adaptoare/traducători în sinteza proteinelor.
Majoritatea genelor care codifică proteine în celulele eucariote sunt compuse dintr-un număr de regiuni codificatoare,
numite exoni, interpuse între regiuni mai mari, care nu codifică, numite introni. Când o genă eucariotă este transcrisă din
ADN în ARN, atât exonii cât și intronii sunt copiați.
Intronii sunt îndepărtați din transcriptele ARN în nucleu prin splicing ARN, o reacție catalizată de complexe formate de
mici ribonucleoproteine cunoscute sub numele de snRNP. Splicingul elimină intronii din ARN și unește exonii – adesea
într-o varietate de combinații, permițând producerea mai multor proteine din aceeași genă.
Pre-ARNm la eucariote trec prin mai multe etape suplimentare de procesare a ARN-ului înainte de a părăsi nucleul sub
formă de ARNm, incluzând căpăcirea capătului 5ʹ ARN și poliadenilare 3ʹ. Aceste reacții, împreună cu splicingul, au loc
pe măsură ce pre-ARNm este transcris.
Traducerea secvenței de nucleotide a unui ARNm într-o proteină are loc în citoplasmă, în complexe ribonucleoproteice
mari numite ribozomi. Pe măsură ce ARNm se deplasează prin ribozom, mesajul său este tradus în proteină.
Secvența de nucleotide din ARNm este citită în seturi de trei nucleotide consecutive numite codoni; fiecare codon
corespunde unui aminoacid.
Corespondența dintre aminoacizi și codoni este specificată de codul genetic. Combinațiile posibile ale celor 4 nucleotide
diferite din ARN dau 64 de codoni diferiți în codul genetic. Majoritatea aminoacizilor sunt specificați de mai mult de un
codon (cod genetic redundant).
ARNt acționează ca molecule adaptoare în sinteza proteinelor (48 molecule de ARNt în citosolul celulelor eucariote).
Enzimele numite aminoacil-ARNt-sintetaze (20 de sintetaze diferite) leagă covalent aminoacizii la moleculele de ARNt
adecvate. Fiecare ARNt conține o secvență de trei nucleotide, anticodon, care recunoaște un codon din ARNm prin
împerecherea bazelor complementare.
Sinteza proteinei începe atunci când un ribozom se asamblează pe codonul de inițiere (AUG) dintr-o moleculă de ARNm,
un proces care depinde de proteine numite factori de inițiere a traducerii. Lanțul proteic complet este eliberat din ribozom
atunci când se ajunge la un codon stop (UAA, UAG sau UGA) din ARNm.
Legarea treptată a aminoacizilor într-un lanț polipeptidic este catalizată de o moleculă de ARNr din subunitatea mare
ribozomală, care acționează astfel ca o enzimă ARN (ribozimă).
Concentrația unei proteine într-o celulă depinde de rata de sinteză și de degradare a ARNm și a proteinei. Degradarea
proteinelor poliubiquitinilate are loc în citosol, în complexe proteice mari numite proteazomi.
Biosinteza tuturor proteinelor este inițiată în citosol și este realizată de ribozomi (continuată în RER pentru proteine
specifice).
Biosinteza proteinelor necesită cooperarea ARNr, ARNm, ARNt, (IF, EF, RF)
Proteinele nou sintetizate necesită maturare – pliere corectă, procesare co-/post-traducere, spontană sau asistată de
șaperone.
Proteinele incorect pliate, nefuncționale sau în exces sunt degradate de proteazomi după poliubicuitinare (minim 4
molecule de ubiquitină).
Proteinele corect pliate sunt direcționate către compartimentele celulare specifice conform unor „secvențe semnal” (care
pot fi liniare sau conformaționale).
13
Biologie Celulară și Moleculară 2020
Bibliografie
1. Essential Cell Biology. Bruce Alberts, Karen Hopkin, Alexander D Johnson, David Morgan,
Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. 5th edition. WW Norton, 2019. ISBN13: 9780393680362
2. Ross Histologie: tratat si atlas. Corelații din biologia moleculară și celulară. Wojciech Pawlina.
Ediția în limba română coordonată de Mihail Hinescu, Angela Borda, Irina-Draga Căruntu,
Laurențiu Mogoanță, Marius Raica. Editura: Ediția a șaptea. Hipocrate 2020. ISBN:
9786069457580 (capitolele 1-3)
3. Biomembranele - Unitate în diversitate. Mircea Leabu, Marina Nechifor. Editura medicală
Amaltea, Bucuresti, 2014.
14
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
69
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
contextul dat. Un exemplu de diafonie este cel ce determin motilitatea celular, care
se desfoar sub aciunea semnalelor primite prin factori de cretere, citokine sau
chemokine, semnale care influeneaz activitatea integrinelor [1-5]. Astfel, pentru a
decide s migreze dintr-un loc în altul în esuturi, celulele utilizeaz informaiile
primite prin receptori pentru diveri factori chemo-/cito-tactici, ca i prin integrine a
cror interaciune cu substratul (biocomponente din matricea extracelular) i
distribuie membranar sunt modulate i adaptate, pentru a favoriza complexele
procese ce însoesc micarea celulei. Analiza semnalelor ce vin de la receptori i
integrine conduce la declanarea unor reorganizri ale citoscheletului, cu efecte
asupra morfologiei celulare i forelor necesare deplasrii. Mai mult, dincolo de
semnificaia fiziologic a ceea ce se întâmpl la nivelul membranei, procese
patologice dintre cele mai diverse sunt însoite de alterri ale acestor colaborri [5-7].
În cele ce urmeaz vom detalia mai întâi aspecte legate de transportul
membranar, dup care ne vom direciona atenia asupra complexitii proceselor de
semnalizare celular.
Bibliografie selectiv
1. Ciobanasu C, Faivre B, Le Clainche C. (2013) Integrating actin dynamics, mechanotransduction
and integrin activation: The multiple functions of actin binding proteins in focal adhesions. Eur J Cell
Biol. 92(10-11): 339-348. DOI: 10.1016/j.ejcb.2013.10.009.
2. Sasaki AT, Firtel RA. (2006) Regulation of chemotaxis by the orchestrated activation of Ras, PI3K,
and TOR. Eur J Cell Biol. 85(9-10): 873-895.
3. Ayuso-Sacido A, Graham C, Greenfield JP, Boockvar JA. (2006) The duality of epidermal
growth factor receptor (EGFR) signaling and neural stem cell phenotype: cell enhancer or cell
transformer? Curr Stem Cell Res Ther. 1(3): 387-394.
4. Leabu M, Uniyal S, Xie J, Xu YQ, Vladau C, Morris VL, Chan BM. (2005) Integrin D2E1
modulates EGF stimulation of Rho GTPase-dependent morphological changes in adherent human
rhabdomyosarcoma RD cells. J Cell Physiol. 202, 754-766.
5. Bershadsky A, Chausovsky A, Becker E, Lyubimova A, Geiger B. (1996) Involvement of
microtubules in the control of adhesion-dependent signal transduction. Curr Biol. 6(10): 1279-1289.
6. Miyazono K. (2009) Transforming growth factor-beta signaling in epithelial-mesenchymal transition
and progression of cancer. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 85(8): 314-323.
7. Bierie B, Moses HL. (2010) Transforming growth factor beta (TGF-beta) and inflammation in cancer.
Cytokine Growth Factor Rev. 21(1): 49-59. DOI: 10.1016/j.cytogfr.2009.11.008.
70
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
1 Suntem nevoii s facem specificaia nuanrii în limba român a denumirilor: fenomenele de transport ce se
petrec la nivelul membranelor le denumim global prin sintagma ”transport membranar”. Aceasta deoarece prima
clasificare, legat de criteriul cii urmate de substanele transportate i mecanismele implicate, aduce expresia
”transport prin membran”, care ar putea fi confundat cu termenul general (într-un limbaj simplist), dar care
are o definire concret ce respect complexitatea de fenomente de transport de la nivelul membranelor.
71
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 3.1. Clasificri ale transportului prin membran în termeni vizuali. Poziiile 1 i 2 reprezint
situaii de transport pasiv, adic difuziune simpl (1) care se desfoar direct printre lipidele
bistratului, respectiv difuziune facilitat (2) care se desfoar prin structuri transmembranare
organizate de proteine (transportori sau canale). Poziia 3 reprezint transport activ, facilitat de
asemenea de structuri transmembranare organizate de proteine specializate în a folosi energie pentru
trecerea de substane dintr-o parte în alta a membranei, împotriva gradientelor de concentraie.
Sgeile indic sensuri dependente de condiiile concrete în care fenomenele de transport se petrec.
© Mircea Leabu, 2014.
72
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
73
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
74
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
76
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 3.4. Tipuri de canale ionice i strile lor. 1 – canal controlat electric: închis (a), în condiii de
repaus (potenialul membranei normal); deschis (b), când potenialul membranei este modificat;
inactiv (c), devenit refractar la persistena modificrii potenialului membranei. 2 – canale controlate
chimic (prin ligand): închis (a), în absena ligandului legat de complexul proteic transmembranar;
deschis (b), ca urmare a legrii ligandului; inactiv (c), în conformaie închis, dei ligandul este legat.
Este evideniat faptul c, pentru canalele comandate chimic, ligandul poate fi extracelular sau
citosolic. 3 – canale controlate mecanic: închis (a), în absena tensiunii/stresului mecanic; deschis (b),
atunci când se exercit o tensiune mecanic asupra membranei; inactiv (c), când dei stresul
mecanic persist, canalul adopt conformaie închis, devenind refractar la stimul. Este reprezentat
faptul c, la inactivare, închiderea se realizeaz (de regul) în zona endodomeniului, ca urmare a
schimbrilor citosolice locale în homeostazia ionilor transportai. © Mircea Leabu, 2014.
77
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
78
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
79
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
2 Proteinele care structureaz aquaporine au fost pentru prima dat identificate în membrana eritrocitar, iar
rolul lor a fost intuit de românul Gheorghe Benga. Studii consecvente referitoare la aceti transportori ai apei prin
membrane au fost efectuate ulterior de grupul lui Peter Agree, acesta primind, în 2003, Premiul Nobel pentru
chimie cu urmtoarea motivaie a juriului: "for the discovery of water channels".
80
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
81
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
3 Pompa de sodiu a fost descoperit în 1950 de chimistul danez Jens Christian Skou, care 47 de ani mai târziu, în
1997, a fost distins cu Premiul Nobel în chimie cu urmtoarea motivaie a juriului: "for the first discovery of an
ion-transporting enzyme, Na+,K+-ATPase". Denumirea de Na+/K+-ATPaz se datoreaz faptului c scindeaz
enzimatic ATP pentru energia necesar transportului antientropic.
82
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
83
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
84
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fig. 3.8. Etapele unui ciclu funcional pentru subunitatea a pompei de sodiu si potasiu. În
fazele 1, 2, 6 i 7 subunitatea D are conformaii corespunztoare formei E1, în timp ce în fazele 3, 4 i
5 conformaiile sunt pentru forma E2. Ciclul începe cu legarea celor trei ioni de sodiu pe siturile de
mare afinitate din endodomeniu (1), ceea ce atrage lizarea ATP cu fosforilarea restului aspartat i
eliberarea ADP (2); fosforilarea (P) acidului aspartic duce la modificri conformaionale ale subunitii
D, cu transferarea celor trei ioni de sodiu în ectodomeniul proteinei transmembranare, pe situri de
joas afinitate (3), de unde sunt expulzai cu expunerea siturilor de mare afinitate pentru ionii de
potasiu (4); ectodomeniul leag cei doi ioni de potasiu (5) ceea ce conduce la hidroliza aspartil-
fosfatului, cu eliberarea de acid fosforic i schimbarea conformaiei, care favorizeaz transferul ionilor
de potasiu pe situri de joas afinitate din endodomeniu (6); eliberarea ionilor de potasiu în citosol
duce la refacerea sitului de legare a ATP (7), iar legarea compusului macroergic pe endodomeniu
reface siturile de mare afinitate pentru sodiu, ciclul putând reîncepe. © Mircea Leabu, 2014.
Pompa discutat mai sus face parte din tipul P de ATPaze (ATPaze de tip
plasmalemal), alturi de pompa protonic (H+-ATPaz), pompa H+/K+ (H+,K+-
ATPaz) i de pompa de calciu (Ca2+-ATPaz). P-ATPazele au aceeai structur
catalitic i mecanisme asemntoare celui descris pentru pompa de Na+/K+.
La nivelul endomembranelor a fost evideniat i tipul V de ATPaze (ATPaze
de tip vacuolar), care pompeaz protoni în endozomi sau lizozomi. Organizarea
acestora este mult mai elaborat, având nevoie de cel puin 11 subuniti ca s îi
îndeplineasc funcia, ceea ce duce la formarea unor complexe proteice de ~1000kDa
[38].
În sfârit, menionm c la nivelul celulelor eucariote mai exist tipul F de
ATPaze (cu F de la „phosphorilation Factor”), care sintetizeaz ATP folosind
energia rezultat din disiparea unui gradient protonic existent la nivelul membranei
85
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
86
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Aadar, membrana apical conine, cel puin în parte, o serie de proteine care
nu sunt localizate în membranele lateral, respectiv bazal, ca de altfel i reciproc
(anumite proteine nu se gsesc decât în membranele latero-bazale). De menionat c
celula controleaz eficient aceast polarizare, chiar din momentul biogenezei acestor
domenii de membran (apical, respectiv latero-bazal) i este ajutat în meninerea
acestui caracter polarizat prin jonciunile ocludente pe care le organizeaz.
Care sunt procesele care coopereaz în asigurarea funciei enterocitului în
contextul exemplului nostru? La nivelul membranei apicale se afl transportorul
simport SGLT1, care introduce glucoza în citosolul enterocitului, alturi de 2 ioni Na+
prin mecanismul de transport activ secundar, prezentat anterior la seciunea 3.2.1.1.
Transportul pasiv. Acest proces de transport are o parte bun (preluarea glucozei
i sodiului din alimente), dar i una periculoas (introducerea de Na+ în exces în
citosolul enterocitelor, ceea ce ar afecta potenialul membranar). Glucoza, preluat
prin activitatea SGLT1, este mai departe expulzat în spaiul subepitelial de
transportorul uniport GLUT2 aflat în membrana latero-bazal, pentru a fi predat
circulaiei sanguine i transportat acolo unde organismul are nevoie de ea. De
excesul de Na+ se ocup pompa de Na+/K+ aflat tot în membrana latero-bazal a
enterocitului, care eliminând 3 ioni de Na+ din enterocit i introducând 2 ioni K+ în
celul asigur meninerea homeostaziei ionice intracelulare, ca i potenialul
membranar în limite normale. Prin aceste cooperri ale transportorilor din
membranele apical, respectiv latero-bazal ale enterocitului se asigur preluarea
glucozei din intestin chiar împotriva gradientului de concentraie, ceea ce conduce la
creterea concentraiei de glucoz în citosolul enterocitului, cretere care asigur
funcionarea transportorului pasiv GLUT2, deoarece concentraia glucozei în
interstiiul peretelui intestinal este mai mic decât în enterocit, dar se asigur i
meninerea homeostaziei Na+ în enterocit, deoarece ceea ce introduce simportul
SGLT1 este compensat de expulzarea efectuat de pompa Na+/K+.
Încheiem discuiile referitoare la transportul activ prin membran, amintind
de o clas de transportori cu deosebit semnificaie fiziologic i, mai larg, medical,
cunoscui sub denumirea de transportori ABC (cu ABC de la ATP-Binding
Casette). Semnificaia fiziologic i medical a acestor transportori activi rezid în
faptul c induc rezisten multipl la medicamente („multidrug-resistance”), fiind
capabili s elimine din celule o multitudine de compui cu utilitate terapeutic,
indiferent de modul prin care acetia pot ptrunde în celula int. Se gsesc atât la
procariote, cât i la eucariote. La procariote, transportorii ABC permit adaptare i
rezisten la antibiotice. La eucariote, menirea lor principal este aceea de a elimina
substane inutile, toxice. De menionat c transportorii ABC sunt principalii
responsabili de inducerea rezistenei celulelor canceroase la chimioterapie [40, 31].
Transportorii ABC sunt de o mare diversitate i au capacitatea de a transporta
o mare varietate de substane plecând de la ioni, glucide, aminoacizi, vitamine,
lipide, antibiotice i medicamente (inclusiv xenobiotice) i ajungând pân la
oligozaharide, oligopeptide sau chiar proteine cu mas molecular mare [40-44]. În
ciuda acestei mari diversiti de tipuri, se pstreaz câteva reguli în organizarea
structurilor proteice transmembranare care reprezint transportorii ABC. În funcie
de modul în care sunt respectate aceste reguli, transportorii ABC se pot împri în: (i)
sisteme importatoare mici, la care fiecare element de organizare structural este
asigurat de un alt polipeptid; (ii) sisteme importatoare mari, la care organizarea
implic dou subuniti proteice identice (homodimeri) sau diferite (heterodimeri);
(iii) sisteme exportatoare organizate ca dimeri (numite i hemi-transportori, half-
transporter în englez) sau ca monomeri (numite i transportori întregi, full-length
transporter) [38, 41]. La om sunt identificate aproape 50 de tipuri de transportori
ABC [44].
87
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
88
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
poziiei relative a celor dou TMD datorate hidrolizei ATP legat la nivelul NBD [38,
41]. Etapele ciclului de transport pentru sistemele importatoare sunt:
1. Legarea i acostarea la nivelul complexului transportor a solutului, prin SBD;
2. Legarea ATP la NBD i adoptarea conformaiei acestor domenii care s plaseze
în poziie antiparalel cele dou molecule de nucleotid;
3. Modificarea poziiei TMD i inversarea deschiderii V ctre suprafaa
membranei, datorit interaciunilor de la nivelul NBD ocupate de ATP;
4. Avansarea solutului în profunzimea deschiderii V a celor dou TMD;
5. Hidrolizarea ATP cu eliberarea de pe NBD a ADP rezultat i inversarea
deschiderii V a TMD cu eliberarea solutului în citosol, ceea ce readuce
conformaia complexului la cea iniial, capabil s intre într-un ciclu nou.
Ciclul de aciune pentru sistemele exportatoare are un numr mai mic de etape:
1. Intrarea solutului în adâncitura V a TMD;
2. Legarea ATP pe endodomenii i interaciunea dintre cele dou NBD pentru
aezarea antiparalel a moleculelor de nucleotid;
3. Modificarea poziiei TMD cu inversarea deschiderii V i eliberarea solutului în
spaiul extracelular;
4. Hidrolizarea ATP i inversarea deschiderii V, cu formarea conformaiei iniiale
a complexului transportor.
În cele mai bine de trei decenii de când au fost identificai, transportorii ABC au
reprezentat biostructuri membranare pentru care interesul tiinific a fost în
permanent cretere. Suntem departe de a cunoate suficiente detalii legate de
funcionarea acestora, care s ne permit s îi exploatm eficient în medicin.
Transportorii ABC rmân mai departe structuri ale membranei celulare de mare i
acut interes pentru ceea ce numim medicin translaional, adic acele cercetri din
bio-medicin care s duc la o cât mai eficient aplicare a rezultatelor în clinic.
89
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
4Ilia Iliici Mecinikov este laureat al Premiului Nobel în fiziologie sau medicin în 1908, premiul fiind împrit cu
Paul Ehrlich. Motivaia juriului a fost: „in recognition of their work on immunity”.
90
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fenomenele prezentate mai sus succint, principial sunt în realitate mult mai
complexe. Ele implic pe de o parte fluidizarea membranelor pentru facilitarea
relocaiei receptorilor la opsonine (adic la imunoglobuline, prin legarea la domeniile
Fc ale acestora), ca i depolarizri ale membranelor prin activarea unor canale de
calciu care modific tranzitoriu potenialul de membran pentru receptori (canale
sensibile la o multitudine de stimuli [46]), alturi de activri de kinaze pentru
fosfoinozitide [47, 48]. Toate aceste componente se implic în facilitarea formrii
cupei de fagocitoz i realizarea procesului de endocitare a bacteriilor. Fagocitoza
este un fenomen specific proceselor vitale de aprare/curare a esuturilor de
materiale insolubile periculoase (de exemplu în procese imune anti-bacteriene) sau
de prisos (în cazul currii corpilor apoptotici). Cum ceea ce este fagocitat ajunge s
91
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
termenul din limba englez ”flip-flop” fr ezitare, aici, numim ”flopare” trecerea fosfatidil-serinelor din foia
intern (unde este localizat în condiii normale) în cea extern a bistratului. Nu exist nici o temere de confuzie,
deoarece aceste cuvinte nu exist în limba român, dar nici alte cuvinte care s defineasc succint i sugestiv
procesele nu avem în lexic. Aadar, considerm justificate aceste preluri de termeni.
6 Joseph L. Goldstein i Michael S. Brown sunt laureai ai Premiului Nobel pentru fiziologie sau medicin în 1985,
iar motivaia juriului a fost: „for their discoveries concerning the regulation of cholesterol metabolism”.
92
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
preluarea LDL prin endocitoz mediat de receptori de ctre fibroblaste [53, 54].
Prin acest proces sunt internalizate de ctre celul proteine (liganzi) care mai întâi
sunt recunoscute i legate de receptori specifici expui la suprafaa membranei (Fig.
3. 12).
93
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
95
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
96
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
regul, componente noi pentru membrana celular, astfel încât acestea migreaz în
planul membranei int [71]. La exocitoza semnalizat (mai în detaliu investigat),
veziculele reintr în citosol fiind reciclate.
Fig. 3.14. Desfurarea procesului de exocitoz. A. În prima faz, dup ce vezicula de secreie a
fost direcionat ctre membrana pe unde se face exocitoza, are loc ancorarea la microdomeniul
specific. Acest fenomen este facilitat de nite proteine numite factori de ancorare, care sunt controlate
de proteine G mici (sunt definite la seciunea despre semnalizarea celular). B. Etapa urmtoare
implic interaciunile dintre partenerii veziculari i cei ai membranei int (v-SNARE i t-SNARE),
realizându-se acostarea. C. Interaciunile dintre v-SNARE i t-SNARE induc capacitarea membranei
veziculare în vederea deschiderii la nivelul porozomului, proces complex ce implic ioni de calciu
dehidratai. D. Deschiderea veziculei este însoit de expulzarea parial a materialului de exocitat,
dup care vezicula se reînchide revenind în citosol, proces care nu este prezentat în imagine.
Structurile albastre din interiorul veziculei de secreie reprezint componenta care contribuie la o bun
compactare a materialului de secreie. În anumite celule, aceast funcie de compactare revine unor
proteoglicani intraveziculari. Sgeile roii indic avansarea procesului. © Mircea Leabu, 2014.
97
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
98
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
99
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
100
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
3.2.3.3. Transcitoza
Dei privit simplist ar prea o însumare a endocitozei i exocitozei, lucrurile
nu sunt aa. Transcitoza este un proces al crui mecanism, chiar dac neelucidat în
momentul de fa, este departe de a însemna o endocitoz urmat de o exocitoz.
Termenul a fost introdus de Nicolae Simionescu în 1979 [78] privitor la trecerea prin
celulele endoteliale de macromolecule dinspre plasm ctre esut i invers, prin
structuri delimitate de membrane, numite la început, pentru celulele endoteliale
vezicule plasmalemale, ulterior fiind numite caveole în cazul tuturor tipurilor
celulare.
___________________________________________________________________________________________________________________________________________
101
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Fiecare dintre aceste dou mari tipuri de fenomene de transport membranar include,
la rândul su, multiple variante în funcie de caracteristicile fizico-chimice ale
substanelor transportate.
Între substanele care pot realiza transport prin membran, unele difuzeaz
relativ nestingherite prin bistrat (substanele liposolubile, dar i substane polare cu
mase moleculare sub 100Da), difuzând dinspre spaiul cu concentraie mare (fie el
citosol, fie exteriorul celular) ctre spaiul cu concentraie mic, ceea ce se numete
transport prin difuziune simpl.
Ionii i moleculele polare mai mari (pân în 800Da) au nevoie la trecerea prin
planul membranei de proteine ce organizeaz ci transmembranare de strbatere, iar
aceste elemente de transport sunt numite canale pentru ioni i transportori pentru
celelelate tipuri de molecule polare mici (adic glucide, aminoacizi, nucleotide etc).
Ca i la difuziunea simpl, i în acest caz, motorul transportului îl reprezint
diferenele de concentraie în care aceti compui se afl de o parte, respectiv de
cealalt a membranei. Deoarece transportul necesit proteine organizate
transmembranar, aceste modaliti de transport prin membran poart denumirea
de difuziune facilitat. Termenul difuziune, ca i în fizic, are semnificaia de micare
de la concentraie mare la concentraie mic, iar asta se face fr consum de energie.
În aceste situaii vorbim de transport pasiv, form de transport corespunztoare unei
clasificri fcute în funcie de energetica procesului. Când fenomenul de transport
necesit consum de energie, avem de-a face cu ceea ce numim transport activ. Nevoia
de consum de energie apare atunci când prin membran trebuie s fie transportate
componente împotriva gradientului de concentraie. Dac energia necesar trecerii
substanei prin membran se consum concomitent cu realizarea transportului,
atunci acesta este denumit transport activ primar, iar dac energia a fost consumat
anterior transportrii compusului de interes pentru celul, vorbim de transport activ
secundar.
Fenomenele de transport prin membran se pot clasifica i în funcie de
numrul de tipuri de substane transportate într-un ciclu al fenomenului. Dac se
transport un singur compus odat, atunci transportul este singular sau uniport.
Dac simultan sunt transportate cel puin dou tipuri de substane atunci vorbim de
transport cuplat sau co-transport. În sfârit, fenomenele de co-transport se clasific
la rândul lor în funcie de sensul în care se mic substanele ce trec simultan prin
membran, prin aceeai formaiune proteic transmembranar. Dac toate
substanele transportate în cadrul unui ciclu de activitate trec prin membran în
acelai sens, transportul este simport. Dac cel puin un compus transportat se mic
în sens opus celuilalt/celorlali, atunci vorbim de transport antiport.
Toate fenomenele de transport prin membran, identificate pân în prezent,
se pot asocia diferitelor categorii definite prin diversele tipuri de clasificri, menite s
uureze cunoaterea i înelegerea.
Prin diversitatea de tipuri de transport cu membran, celulele, pe de o parte,
îi completeaz nevoile de substane i/sau cur organismul i îl apr de ”intrui”
(cum se întâmpl prin procesele imune) sau de materiale rezultate din procese
fiziologice (apoptoz) sau patologice (resturi de celule necrozate), dar contribuie, pe
de alt parte i la buna organizare i/sau funcionare ale esuturilor, respectiv
organismului în ansamblul su. Pentru aceste scopuri, celulele i-au dezvoltat o
multitudine de tipuri de fenomene endocitotice prin care îi asigur capacitatea de a
prelua diverse componente macromoleculare (pinocitoza, potocitoz, endocitoz
mediat de receptori) sau materiale insolubile, cum ar fi bacterii, debriuri celulare
(fagocitoz). Mai mult, dincolo de grija pentru sine i responsabilitatea pentru
meninerea curat a organismului, implicarea unora dintre celule (cele care
organizeaz epitelii monostratificate ce cptuesc organe cavitare) în meninerea
bunei funcionri a esuturilor i a organismului în ansamblul su a necesitat
103
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
Bibliografie selectiv
1. Montel-Hagen A, Sitbon M, Taylor N. (2009) Erythroid glucose transporters. Curr Opin Hematol.
16: 165-172.
2. Uldry M, Thorens B. (2004) The SLC2 family of facilitated hexose and polyol transporters. Pflugers
Arch. 447: 480-489.
3. Hou JC, Pessin JE. (2007) Ins (endocytosis) and outs (exocytosis) of GLUT4 trafficking. Curr Opin
Cell Biol. 19: 466-473.
4. Cheeseman C. (2008) GLUT7: a new intestinal facilitated hexose transporter. Am J Physiol
Endocrinol Metab. 295: E238-E241.
5. Mavros Y, Simar D, Singh MA. (2009) Glucose Transporter-4 expression in monocytes: a systematic
review. Diabetes Res Clin Pract. 84: 123-131.
6. Wright EM, Turk E. (2004) The sodium/glucose cotransport family SLC5. Pflugers Arch. 447: 510-
518.
7. Wright EM, Hirayama BA, Loo DF. (2007) Active sugar transport in health and disease. J Intern
Med. 261: 32-43.
8. Williamson RC, Toye AM. (2008) Glycophorin A: Band 3 aid. Blood Cells Mol Dis. 41: 35-43.
9. Satchwell TJ, Shoemark DK, Sessions RB, Toye AM. (2009) Protein 4.2: a complex linker. Blood
Cells Mol Dis. 42: 201-210.
10. Alper SL. (1991) The band 3-related anion exchanger (AE) gene family. Annu Rev Physiol. 53: 549-
564.
11. Jay DG. (1996) Role of band 3 in homeostasis and cell shape. Cell. 86: 853-854.
12. Barzilai A, Rahamimoff H. (1987) Stoichiometry of the sodium-calcium exchanger in nerve
terminals. Biochemistry. 26: 6113-6118.
13. DiPolo R, Beaugé L. (2006) Sodium/calcium exchanger: influence of metabolic regulation on ion
carrier interactions. Physiol Rev. 86: 155-203.
14. Yang YC, Fann MJ, Chang WH, Tai LH, Jiang JH, Kao LS. (2010) Regulation of sodium-calcium
exchanger activity by creatine kinase under energy-compromised conditions. J Biol Chem. 285(36):
28275-28285. doi: 10.1074/jbc.M110.141424.
15. Ren X, Nicoll DA, Philipson KD. (2006) Helix packing of the cardiac Na+-Ca2+ exchanger:
proximity of transmembrane segments 1, 2, and 6. J Biol Chem. 281: 22808-22814.
16. Bers DM. (2000) Calcium fluxes involved in control of cardiac myocyte contraction. Circ Res. 87: 275-
281.
17. Engbers JD, Anderson D, Zamponi GW, Turner RW. (2013) Signal processing by T-type calcium
channel interactions in the cerebellum. Front Cell Neurosci. 7: 230. DOI: 10.3389/fncel.2013.00230.
18. Van Petegem F, Lobo PA, Ahern CA. (2012) Seeing the forest through the trees: towards a unified
view on physiological calcium regulation of voltage-gated sodium channels. Biophys J. 103(11): 2243-
2251. DOI: 10.1016/j.bpj.2012.10.020.
19. Catterall WA. (2012) Voltage-gated sodium channels at 60: structure, function and pathophysiology. J
Physiol. 590(Pt 11): 2577-2589. DOI: 10.1113/jphysiol.2011.224204.
20. Li WG, Xu TL. (2012) Emerging approaches to probing ion channel structure and function. Neurosci
Bull. 28(4): 351-374. DOI: 10.1007/s12264-012-1248-0.
104
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
21. Findlay I. (2004) Physiological modulation of inactivation in L-type Ca2+ channels: one switch. J
Physiol. 554(Pt 2): 275-283.
22. Arnadóttir J, Chalfie M. (2010) Eukaryotic mechanosensitive channels. Annu Rev Biophys. 39: 111-
137.
23. Zeidel ML. (2012) Water homeostasis: evolutionary medicine. Trans Am Clin Climatol Assoc. 123: 93-
105.
24. Verkman AS. (2011) Aquaporins at a glance. J Cell Sci. 124: 2107-2112.
25. Preston GM, Carroll TP, Guggino WB, Agre P. (1992) Appearance of water channels in Xenopus
oocytes expressing red cell CHIP28 protein. Science. 256(5055): 385-387.
26. Verkman AS, Mitra AK. (2000) Structure and function of aquaporin water channels. Am J Physiol
Renal Physiol. 278(1): F13-28.
27. Perez Di Giorgio J, Soto G, Alleva K, Jozefkowicz C, Amodeo G, Muschietti JP, Ayub ND.
(2014) Prediction of Aquaporin Function by Integrating Evolutionary and Functional Analyses. J Membr
Biol. 247(2): 107-25. DOI: 10.1007/s00232-013-9618-8.
28. Day RE, Kitchen P, Owen DS, Bland C, Marshall L, Conner AC, Bill RM, Conner MT.
Human aquaporins: Regulators of transcellular water flow. Biochim Biophys Acta. 2013 Sep 30. pii:
S0304-4165(13)00435-2. doi: 10.1016/j.bbagen.2013.09.033. [Epub ahead of print] Accesibil la:
http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2013.09.033 (vizualizat în 21 decembrie 2013).
29. Blanco G, Mercer RW. (1998) Isozymes of the Na-K-ATPase: heterogeneity in structure, diversity in
function. Am J Physiol. 275(5 Pt 2): F633-F650.
30. Blanco G. (2005) Na,K-ATPase subunit heterogeneity as a mechanism for tissue-specific ion
regulation. Semin Nephrol. 25: 292-303.
31. Axelsen KB, Palmgren MG. (1998) Evolution of substrate specificities in the P-type ATPase
superfamily. J Mol Evol. 46: 84-101.
32. Beggah AT, Jaunin P, Geering K. (1997) Role of glycosylation and disulfide bond formation in the b
subunit in the folding and functional expression of Na,K-ATPase. J Biol Chem. 272: 10318–10326.
33. Geering K. (2008) Functional roles of Na,K-ATPase subunits. Curr Opin Nephrol Hypertens. 17: 526-
532.
34. Füzesi M, Gottschalk KE, Lindzen M, Shainskaya A, Küster B, Garty H, Karlish SJ. (2005)
Covalent cross-links between the gamma subunit (FXYD2) and alpha and beta subunits of Na,K-ATPase:
modeling the alpha-gamma interaction. J Biol Chem. 280: 18291-18301.
35. Lindzen M, Gottschalk KE, Füzesi M, Garty H, Karlish SJ. (2006) Structural interactions
between FXYD proteins and Na+,K+-ATPase: alpha/beta/FXYD subunit stoichiometry and cross-
linking. J Biol Chem. 281: 5947-5955.
36. Berl T. (2009) How do kidney cells adapt to survive in hypertonic inner medulla? Trans Am Clin
Climatol Assoc. 120: 389-401.
37. Faller LD. (2008) Mechanistic studies of sodium pump. Arch Biochem Biophys. 476: 12-21.
38. Nelson N, Perzov N, Cohen A, Hagai K, Padler V, Nelson H. (2000) The cellular biology of
proton-motive force generation by V-ATPases. J Exp Biol. 203(Pt 1): 89-95.
39. Nakanishi-Matsui M, Sekiya M, Nakamoto RK, Futai M. (2010) The mechanism of rotating
proton pumping ATPases. Biochim Biophys Acta. 1797: 1343-1352.
40. Biemans-Oldehinkel E, Doeven MK, Poolman B. (2006) ABC transporter architecture and
regulatory roles of accessory domains. FEBS Lett. 580: 1023-1035.
41. Oldham ML, Davidson AL, Chen J. (2008) Structural insights into ABC transporter mechanism.
Curr Opin Struct Biol. 18: 726-733.
42. Huang Y, Sadée W. (2006) Membrane transporters and channels in chemoresistance and -sensitivity
of tumor cells. Cancer Lett. 239: 168-182.
43. Oostendorp RL, Beijnen JH, Schellens JH. (2009) The biological and clinical role of drug
transporters at the intestinal barrier. Cancer Treat Rev. 35: 137-147.
44. Nagao K, Kimura Y, Mastuo M, Ueda K. (2010) Lipid outward translocation by ABC proteins.
FEBS Lett. 584: 2717-2723.
45. Tissières P, Pugin J. (2009) The role of MD-2 in the opsonophagocytosis of Gram-negative bacteria.
Curr Opin Infect Dis. 22: 286-291.
46. Yin J, Kuebler WM. (2010) Mechanotransduction by TRP channels: general concepts and specific
role in the vasculature. Cell Biochem Biophys. 56(1): 1-18. doi: 10.1007/s12013-009-9067-2.
47. Koyasu S. (2010) Vanilloid flavor for a good appetite? Nat Immunol. 11(3): 187-189. doi:
10.1038/ni0310-187.
48. Link TM, Park U, Vonakis BM, Raben DM, Soloski MJ, Caterina MJ. (2010) TRPV2 has a
pivotal role in macrophage particle binding and phagocytosis. Nat Immunol. 11(3): 232-239. doi:
10.1038/ni.1842.
105
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
49. de Almeida CJ, Linden R. (2005) Phagocytosis of apoptotic cells: a matter of balance. Cell Mol Life
Sci. 62: 1532-1546.
50. Elliott MR, Ravichandran KS. (2010) Clearance of apoptotic cells: implications in health and
disease. J Cell Biol. 189: 1059-1070.
51. Han CZ, Ravichandran KS. (2011) Metabolic connections during apoptotic cell engulfment. Cell.
147(7): 1442-1445. doi: 10.1016/j.cell.2011.12.006.
52. Goldstein JL, Basu SK, Brunschede GY, Brown MS. (1976) Release of low density lipoprotein
from its cell surface receptor by sulfated glycosaminoglycans. Cell. 7: 85-95.
53. Goldstein JL, Brown MS. (1976) The LDL pathway in human fibroblasts: a receptor-mediated
mechanism for the regulation of cholesterol metabolism. Curr Top Cell Regul. 11: 147-181.
54. Brown MS, Ho YK, Goldstein JL. (1976) The low-density lipoprotein pathway in human fibroblasts:
relation between cell surface receptor binding and endocytosis of low-density lipoprotein. Ann N Y Acad
Sci. 275: 244-257.
55. Pearse BM. (1976) Clathrin: a unique protein associated with intracellular transfer of membrane by
coated vesicles. Proc Natl Acad Sci U S A. 73: 1255-1259.
56. Ungewickell E. (1983) Biochemical and immunological studies on clathrin light chains and their
binding sites on clathrin triskelions. EMBO J. 2: 1401-1408.
57. Popova NV, Deyev IE, Petrenko AG. (2013) Clathrin-mediated endocytosis and adaptor proteins.
Acta Naturae. 5(3): 62-73.
58. Anderson RG, Kamen BA, Rothberg KG, Lacey SW. (1992) Potocytosis: sequestration and
transport of small molecules by caveolae. Science. 255: 410-411.
59. Matsue H, Rothberg KG, Takashima A, Kamen BA, Anderson RG, Lacey SW. (1992) Folate
receptor allows cells to grow in low concentrations of 5-methyltetrahydrofolate. Proc Natl Acad Sci U S
A. 89: 6006-6009.
60. Anderson RGW. (1998) The caveolae membrane system. Annu Rev Biochem. 67: 199-225.
61. Mineo C, Anderson RG. (2001) Potocytosis. Robert Feulgen Lecture. Histochem Cell Biol. 116: 109-
118.
62. Doherty GJ, McMahon HT. (2009) Mechanisms of endocytosis. Annu Rev Biochem. 78: 857-902.
63. Hansen CG, Nichols BJ. (2009) Molecular mechanisms of clathrin-independent endocytosis. J Cell
Sci. 122(Pt 11): 1713-1721.
64. Grant BD, Donaldson JG. (2009) Pathways and mechanisms of endocytic recycling. Nat Rev Mol
Cell Biol. 10: 597-608.
65. Masilamani M, Peruzzi G, Borrego F, Coligan JE. (2009) Endocytosis and intracellular
trafficking of human natural killer cell receptors. Traffic. 10: 1735-1744.
66. Murphy JE, Padilla BE, Hasdemir B, Cottrell GS, Bunnett NW. (2009) Endosomes: a
legitimate platform for the signaling train. Proc Natl Acad Sci U S A. 106: 17615-1722.
67. Barclay JW, Morgan A, Burgoyne RD. (2005) Calcium-dependent regulation of exocytosis. Cell
Calcium. 38: 343-353.
68. Mayer A. (2002) Membrane fusion in eukaryotic cells. Annu Rev Cell Dev Biol. 18: 289-314.
69. Verhage M, Sørensen JB. (2008) Vesicle docking in regulated exocytosis. Traffic. 9: 1414-1424.
70. Leabu M. (2006) Membrane fusion in cells: molecular machinery and mechanisms. J Cell Mol Med.
10; 423-427.
71. Morgan A. (1995) Exocytosis. Essays Biochem. 30: 77-95.
72. Jena BP. (2012) Porosome: the secretory portal. Exp Biol Med (Maywood). 237(7): 748-57. DOI:
10.1258/ebm.2012.012110.
73. Jena BP. (2009) Functional organization of the porosome complex and associated structures
facilitating cellular secretion. Physiology (Bethesda). 24: 367-376. doi: 10.1152/physiol.00021.2009.
74. Jena BP. (2008) Porosome: the universal molecular machinery for cell secretion. Mol Cells. 26: 517-
529.
75. Jena BP. (2004) Discovery of the Porosome: revealing the molecular mechanism of secretion and
membrane fusion in cells. J Cell Mol Med. 8: 1-21.
76. Jena BP. (2003) Fusion pore or porosome: structure and dynamics. J Endocrinol. 176(2):169-174.
77. Vardjan N, Jorgacevski J, Zorec R. (2013) Fusion pores, SNAREs, and exocytosis. Neuroscientist.
19(2): 160-174. DOI: 10.1177/1073858412461691.
78. Simionescu N. (1979) The microvascular endothelium. Segmental differentiation, transcytosis:
selective distribution of anionic sites. În „Advances in Inflammation Research”. Editat de Gerald
Weissmann, Bengt Samuelsson i Rodolfo Paoletti. Raven Press, New York, 1979, vol. I, pp. 61-70.
79. Predescu SA, Predescu DN, Malik AB. (2007) Molecular determinants of endothelial transcytosis
and their role in endothelial permeability. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. 293(4): L823-L842.
106
Mircea Leabu i Marina T. Nechifor – Biomembranele, unitate în diversitate
80. Predescu SA, Predescu DN, Palade GE. (1997) Plasmalemmal vesicles function as transcytotic
carriers for small proteins in the continuous endothelium. Am J Physiol. 272(2 Pt 2): H937-H949.
81. Predescu DN, Neamu R, Bardita C, Wang M, Predescu SA. (2012) Impaired caveolae function
and upregulation of alternative endocytic pathways induced by experimental modulation of intersectin-
1s expression in mouse lung endothelium. Biochem Res Int. 2012:672705. DOI: 10.1155/2012/672705.
82. Solari R, Schaerer E, Tallichet C, Braiterman LT, Hubbard AL, Kraehenbuhl JP. (1989)
Cellular location of the cleavage event of the polymeric immunoglobulin receptor and fate of its
anchoring domain in the rat hepatocyte. Biochem J. 257(3): 759-768.
83. Geuze HJ, Slot JW, Strous GJ, Peppard J, von Figura K, Hasilik A, Schwartz AL. (1984)
Intracellular receptor sorting during endocytosis: comparative immunoelectron microscopy of multiple
receptors in rat liver. Cell. 37: 195-204.
84. Richardson JM, Kaushic C, Wira CR. (1995) Polymeric immunoglobin (Ig) receptor production
and IgA transcytosis in polarized primary cultures of mature rat uterine epithelial cells. Biol Reprod. 53:
488-498.
85. Tuma PL, Hubbard AL. (2003) Transcytosis: crossing cellular barriers. Physiol Rev. 83: 871-932.
86. Treyer A, Müsch A. (2013) Hepatocyte polarity. Compr Physiol. 3(1): 243-287. DOI:
10.1002/cphy.c120009.
87. In J, Lukyanenko V, Foulke-Abel J, Hubbard AL, Delannoy M, Hansen AM, Kaper JB,
Boisen N, Nataro JP, Zhu C, Boedeker EC, Girón JA, Kovbasnjuk O. (2013) Serine protease
EspP from enterohemorrhagic Escherichia Coli is sufficient to induce shiga toxin macropinocytosis in
intestinal epithelium. PLoS One. 8(7): e69196. DOI: 10.1371/journal.pone.0069196.
107
Compartimentarea celulară și traficul vezicular
Notițele de curs prezintă informații din Chapter 15 – Intracellular Compartments and Protein Transport,
Essential Cell Biology Alberts et al, 5th ed. Am păstrat numerotarea figurilor și tabelelor din capitolul
respectiv, pentru a le putea identifica mai ușor dacă doriți detalii suplimentare.
Imaginile originale sunt obținute la Institutul Victor Babeș, în Laboratorul de patologie ultrastructurală,
condus de doamna conferențiar dr. Mihaela Gherghiceanu, iar diagramele proprii sunt create cu
BioRender.
Celulele eucariote sunt compartimentate de membrane aflate la interior, formând organite delimitate
de endomembrane, fiecare conținând un set diferit de molecule mici și mari și îndeplinind o funcție
specifică, după cum rezultă din tabelul de mai jos.
TABELUL 15–1 PRINCIPALELE FUNCȚII ALE ORGANITELOR DELIMITATE DE ENDOMEMBRANE ALE UNEI
CELULE EUCARIOTE (Alberts et al. Ed.5)
Fiecare organit conține una sau două endomembrane care delimitează un lumen (apare ca un spațiu
clar pe imaginile TEM) sau o matrice (o ultrastructură mai electronodensă).
Figura 1. Organite delimitate de endomembrane în microscopie electronică de transmisie, care au la interior un lumen sau o matrice.
Fiecare organit are o morfologie specifică, descrisă ca ”ultrastructură” și care va fi detaliată în cursurile
și lucrările practice respective (Fig. 2).
SORTAREA PROTEINELOR
Am aflat din cursurile de până acum că proteinele sunt componentele biochimice din celulă care îi
asigură diversitatea de funcții. De asemenea am aflat că proteinele sunt biosintetizate în celulă de
organitul denumit ribozom. Orice proteină care trebuie produsă într-o celulă începe să fie sintetizată
pe poliribozomi liberi aflați în citosol. Pentru unele biosinteza se și termină în citosol (cele care își
îndeplinesc funcțiile chiar în citosol, ca și multe dintre cele care trebuie să ajungă în nucleu, în
mitocondrii sau în peroxizomi. Pe de altă parte, proteinele destinate organizării și funcționării reticulului
endoplasmic, cele destinate eliminării din celulă (pentru a opera în spațiile dintre celule sau în
interacțiune cu alte celule), cele destinate aparatului Golgi, lizozomilor sunt preluate de reticulul
endoplasmatic înainte de a li se fi terminat biosinteza. Oricare ar fi situația, deci oricare ar fi tipul de
proteină care începe să fie produsă, se pune întrebarea cum știe celula să distingă între ele și să le
direcționeze către locul din celulă căruia îi sunt destinate.
Așadar, pentru mitocondrii și nucleu, proteinele sunt preluate direct din citosol. Pentru altele elemente
morfologice delimitate de endomembrane (aparatul Golgi, lizozomi, endozomi și membrana nucleară
internă) proteinele și lipidele sunt preluate indirect prin intermediul RE, un sediu important al sintezei
lipidelor și proteinelor. Proteinele ajung la RE direct din citosol, cu ajutorul unui complex
macromolecular de control și reglare, particula de recunoaștere a semnalului (un complex
ribonucleoproteic). Peroxizomii folosesc ambele căi, dar preponderent calea importului direct din
citosol. Deși peroxizomii primesc o parte din proteinele membranare din RE, cea mai mare parte a
enzimelor lor ajung direct din citosol.
Sinteza tuturor proteinelor din celulă începe la nivelul ribozomilor din citosol (cu excepția unor proteine
mitocondriale, codificate de ADN-ul mitocondrial și biosintetizate de ribozomii mitocondriali).
Destinația finală a proteinei este codificată în secvența sa de aminoacizi, print-un semnal de sortare.
Proteinele care nu au astfel de semnale rămân la nivelul citosolului; cele care posedă un semnal de
sortare se deplasează din citosol la organitul corespunzător.
Există trei mecanisme prin care proteinele sunt transportate către/în organite:
1. Cu ajutorul unor receptori - În nucleu proteinele intră prin porii nucleari, prin transport activ cu
macromolecule specifice ( proteine numite receptori care recunosc semnale specifice) și sunt de două
categorii: importine și exportine.
2. traversând membrana organitelor, prin transportatori de proteine localizați transmembranar.
Proteinele întră prin acest mecanism în RE, mitocondrii sau peroxizomi. Spre deosebire de transportul
prin porii nucleari, proteina transportată trebuie să se deplieze, pentru ca transportatorul să o ghideze
prin stratul hidrofob al membranei.
3. prin vezicule de transport, care se desprind dintr-un compartiment și fuzionează cu un altul.
Proteinele care părăsesc RE sunt transportate prin acest mecanism.
1. Transportul prin anvelopa nucleară
Nucleul este cel mai mare organit delimitat de endomembrane din celulă, vizibil atât în microscopie
optică (MO), cât și electronică. În MO apare ca o structură bazofilă, rotund-ovalară, alungită sau turtită,
sau polimorfă (forma de regulă depinde de forma celulei) localizată în centrul, la baza sau periferia
celulei, depinzând de tipul celular. Nucleii palid colorați sunt descriși ca eucromatici, cei intens colorați
ca heterocromatici. De regulă, o celulă prezintă un nucleu, dar există și excepții (de ex.: celule anucleate
– eritrocitele mature, keratinocitele din stratul superficial al pielii, polinucleate – osteoclastele).
Ultrastructural (în ME), nucleul are patru componente: înveliș nuclear (anvelopă nucleară), cromatină,
nucleol și matrice. Dintre acestea, nucleolul și cromatina (eucromatina, respectiv heterocromatina)
sunt vizibile și în MO.
Organizarea anvelopei nucleare
Anvelopa nucleară constă din două membrane care fuzionează din loc în loc, la nivelul porilor nucleari.
Pe fața internă, anvelopa nucleară prezintă lamina nucleară – o rețea de proteine denumite lamine,
care asigură sprijin structural pentru anvelopa însăși şi puncte de ancorarea pentru heterocromatină.
Cele două membrane sunt diferite atât sub aspectul compoziției biochimice, cât şi al funcției.
Membrana nucleară internă conține proteine specifice de ancorare a cromatinei și a laminei nucleare.
Membrana nucleară externă este continuă cu membrana RER. Ca și membrana RER, membrana
nucleară externă prezintă ribozomi atașați, implicați în sinteza proteinelor. Aceste proteine sunt ulterior
transportate în spațiul dintre cele două membrane, numit cisterna nucleară, continuă cu lumenul RER.
Structura porului nuclear (PN)
Proteinele porului nuclear se numesc nucleoporine, sunt prezente în mai multe copii pentru fiecare por
şi sunt aranjate într-o simetrie octogonală. Un por nuclear este format din 4 tipuri de subunități:
columnare, care formează cea mai mare parte a peretelui, în număr de 8, dispuse circumferențial;
anulare care sunt dispuse tot circumferențial, dar orizontal (ca un ecuator pe interiorul porului);
lumenale, proteine transmembranare, perpendiculare pe cele columnare, care se extind către interiorul
porului, ca o mare de alge; inelare, care formează unele inelul citoplasmatic şi altele pe cel nuclear.
În funcție de masa și caracteristicile biochimice ale moleculei transportate, transportul este activ sau
pasiv.
Transportul pasiv prin porul nuclear
Ca și prin alte porți hidrofile (cum ar fi conexonii – discutați în cursul de joncțiuni și lucrarea practică ce
prezintă membrana celulară) spațiul axial al fiecărui PN poate fi traversat de molecule mici (5000 daltoni
sau mai puțin), hidrosolubile, care difuzează pasiv. Pentru proteine cu greutate de până la 60.000 de
daltoni se poate observa o difuziune lentă prin por (viteza de trecere a acestor proteine prin por este
cu atât mai mare cu cât macromolecula are o masă moleculară mai mică). Difuzia pasivă este limitată
de structura intrinsecă a porului, care prezintă proteine ce formează in canalul porului o rețea cu ochiuri
mici, (sugestiv descrisă în Alberts ca „un pat de alge din ocean”) prevenind intrarea moleculelor mari.
Transportul activ prin porul nuclear
Ribozomii citoplasmatici maturi, de exemplu, sunt de aproximativ 30 nm diametru și astfel nu pot difuza
pasiv prin PN, limitând astfel sinteza proteinelor la nivelul citoplasmei. Subunitățile ribozomale sau
molecule mari cu localizare nucleară, cum ar fi ADN și ARN polimeraze, se leagă de receptori specifici şi
sunt transportate activ. Localizarea nucleară a unei proteine este semnalizată printr-o secvență
specifică, SLN – semnal de localizare nucleară. În multe proteine, semnalele constau dintr-una sau două
secvențe scurte ( de ex: 5 aminoacizi), care sunt bogate în aminoacizii încărcați pozitiv, lizină și arginină,
recunoscute de receptori specifici.
Multe proteine care funcționează în nucleu, inclusiv histone, ADN și ARN polimeraze, proteine reglatorii
sau factori de transcriere sunt importate selectiv în compartimentul nuclear, de la locul de sinteză
(citoplasmă). Pe de altă parte, ARNt și ARNm sunt sintetizați în nucleu și apoi exportați în citoplasmă.
Ca și importul, exportul este selectiv; ARNm, de exemplu, este exportat numai după ce a fost maturat.
În unele cazuri, procesul de transport este complex. Proteinele ribozomale, de exemplu, sunt sintetizate
în citoplasmă și importate în nucleu, unde se asociază ARN-urilor ribozomale nou sintetizate pentru a
forma subunități ribozomale. Subunitățile sunt apoi exportate în citoplasmă, unde se asamblează în
ribozomi. Fiecare dintre acești pași necesită transport selectiv prin anvelopa nucleară.
Importul nuclear se realizează cu ajutorul unor receptori care recunosc specific subseturi de proteine
purtătoare ale semnalului de localizare nucleară (SLN). Acești receptori se leagă și de proteinele
filamentoase ale porului nuclear, mai precis de secvențele repetitive fenilalanină-glicină (FG) existente
în mod specific în structura acestor proteine. Complexele receptor-proteină nucleară se deplasează de-
a lungul căii de transport prin legarea repetată, disocierea și apoi re-legarea la secvențe FG adiacente.
În acest fel, complexele sar de la o proteină a PN, la alta pentru a traversa interiorul încâlcit al CPN-ului.
Odată ajuns în interiorul nucleului, importinele se disociază de încărcătura lor și se reîntorc în
citoplasmă.
Exportul nuclear funcționează similar importului, bazându-se pe receptori specifici care recunosc
semnale de export nuclear existente în secvența de aminoacizi a proteinelor de transportat. Similar
importinelor, exportinele se leagă de proteinele filamentoase ale CPN pentru a-și găsi drumul către
citosol.
Transportul prin porul nuclear este controlat de o proteină G mică, numită Ran, membru al superfamiliei
Ras, de proteine G monomerice.
Proteinele G monomerice (numite și proteine G mici) sunt implicate în numeroase procese celulare (de
ex.: transport prin porul nuclear, trafic vezicular, organizare/reorganizare a citoscheletului și
semnalizare celulară) și acționează ca niște comutatori moleculari care pot porni sau opri procesele
enumerate.
Mecanismul prin care acționează aceste proteine este acela de modificare a conformației partenerului
de interacțiune. Ele se leagă de anumite proteine cărora le schimbă conformația, activându-le sau
pregătindu-le mai departe să interacționeze, la rândul lor, cu alți parteneri. În cazul transportului
nuclear, ele schimbă conformația receptorului făcându-l apt (exportină) sau inapt (importină) să se lege
de proteina de transportat.
Pentru a putea acționa, proteinele G mici trebuie, ele însele, să fie activate. Calitatea de comutator
molecular a proteinelor G mici derivă din abilitatea lor de a oscila între o stare activă și una inactivă.
Activarea lor depinde de gradul de fosforilare al guanozinei legate, dacă este în formă di- (GDP) sau tri-
fosforilată (GTP). În stare activă, proteina G mică leagă GTP, dar această activare nu durează mult,
deoarece GTP-ul va fi hidrolizat la GDP chiar de proteina G, care astfel se va auto-inactiva. Deoarece
proteinele G mici au abilitatea de a hidroliza GTP-ul, ele se numesc GTP-aze. Ritmul de inactivare al
proteinelor G mici poate fi accelerat de o proteină accesorie – GAP (de la GTPase Activating Protein).
Reactivarea proteinei G mici se realizează prin schimbarea GDP-ului legat cu GTP-ul, schimb realizat prin
modificare conformațională, în urma căruia site-ul de legare a GDP-ului se modifică și nucleotida este
eliberată. Golul creat va fi ocupat de GTP, care este mult mai abundent în citosol decât GDP-ul. Această
activare prin schimbarea GDP cu GTP este mediată de o altă proteină accesorie – Guanosin Exchange
Factor (GEF) (Fig. 3).
Figura 3. Ciclul de activare-inactivare al proteinelor G mici.
Transportul prin porul nuclear este coordonat de o proteină G mică – Ran GTPaza.
Ran se găsește atât în citoplasmă, cât și în nucleu și este necesară atât pentru importul, cât și pentru
exportul nuclear. Deoarece Ran-GAP este situat în citoplasmă și Ran-GEF este situat în nucleu, Ran este
regăsit în formă inactivă în citoplasmă și activată în nucleu. Acest gradient al celor două forme
conformaționale ale lui Ran este responsabil de direcția transportului nuclear.
Receptorii de import cuplați cu proteina care trebuie dusă în nucleu întâlnesc în nucleu Ran-GTP, pentru
care au o afinitate foarte mare. Legarea Ran-GTP determină modificarea conformației receptorului și
eliberarea proteinei transportate. După ce a descărcat proteina în nucleu, importina cu Ran-GTP legată
este transportată înapoi prin complexul por în citoplasmă. Acolo, Ran-GAP activează Ran-GTPaza,
pentru a hidroliza GTP-ul legat, transformându-o astfel în Ran-GDP, care disociază de importină.
Receptorul de import este apoi gata pentru un alt ciclu. Deoarece Ran-GDP-ul din citoplasmă nu are
afinitate pentru receptor și nu poate interveni în legarea acestuia de proteina-țintă, eliberarea cargoului
are loc numai pe partea nucleară a CPN-ului, în prezența Ran-GTP.
Exportul nuclear se produce printr-un mecanism similar – Ran-GTP în nucleu promovează legarea
cargoului la receptorul de export și nu disocierea complexului, așa cum se întâmplă la import. Odată ce
exportina se deplasează prin pori la citoplasmă, Ran-GTP întâlnește Ran-GAP și hidrolizează GTP. Ca
rezultat, receptorul de export eliberează atât încărcătura, cât și Ran-GDP-ul în citoplasmă. Exportinele
libere sunt apoi readuse în nucleu pentru a finaliza ciclul.
2. Transportul proteinelor prin membranele organitelor se face în formă depliată, prin
transportatori.
Astfel de fenomene de transport se întâlnesc în cazul preluării de proteine de către RE, mitocondrii
și peroxizomi și vor fi discutate în cursurile respective.
3. Transportul vezicular
Transportul vezicular presupune încărcarea proteinelor de transportat în vezicule delimitate de
membrane. Conținutul acestor vezicule este, de regulă, specific (conțin doar o anumită proteină sau un
anumit set de proteine) și este selectat cu ajutorul unor receptori din membrana organitului care
formează vezicula.
Transportul vezicular este specific unui grup mare de proteine, numite proteine de ultrastructuri
implicate în ciclul secretor, deoarece urmează toate aceeași cale intracelulară (ER-Golgi-destinație
finală). Aceste proteine au în comun existența unei peptide semnal, despre care s-a amintit în cursul
despre homeostazia proteomului și vom discuta și la RE. Exemple de astfel de proteine sunt proteinele
membranare (din membrana celulară sau membranele anumitor organite, respectiv din lumenul
acestor organite) și proteinele secretate (de exemplu hormoni, proteine de matrice extracelulară).
Un alt exemplu de transport vezicular a fost deja discutat în cursul de Transport membranar –
transportul cu membrană. Conținutul veziculelor este variat, în funcție de tipul de transport, dar
mecanismele sunt asemănătoare cu cele prezentate în continuare.
Transportul vezicular trece prin mai multe etape:
Livrarea la destinație, în procesele de trafic vezicular între organite, implică două procese de
recunoaștere între proteine partenere, pereche. Vezicula va fi ancorată la membrana compartimentului
acceptor de către o proteină de ancorare, proprie acceptorului, care va recunoaște proteina G mică
asociată veziculei. Ancorarea aduce în imediata proximitate alte două proteine partenere, din familia
SNARE: v-SNARE (cu v de la vesicular – fiind proteină transmembranară a veziculei transportoare) și t-
SNARE (cu t de la target – fiind proteină transmembranară a membranei țină, a compartimentului
acceptor). Aceste două proteine se vor lega strâns una de cealaltă, ducând la fuziunea celor două
membrane. Procesul defuzionare a celor două membrane implică și derivați de fosfatidil-inozitoli și
creșterea locală a concentrației de Ca2+.
Ca și transportul proteinelor prin învelișul nuclear, traficul vezicular este bidirecțional: veziculele care
pleacă de la RE către celelalte elemente delimitate de membrane merg anterograd (transportul este
anterograd, iar cele care merg către RE execută transport retrograd.
Transportul retrograd are rolul de a returna compartimentului donor membrane și proteine proprii,
pentru a putea fi refolosite.
Termeni cheie
Compartimentare
Peptidă/secvență semnal
Înveliș nuclear
Por nuclear
Proteină G mică
Trafic vezicular
Proteină de înveliș (clatrină, COP)
Compartiment donor/acceptor
Proteine SNARE (v-SNARE, t-SNARE)
Transport anterograd/retrograd
Anticorpii – instrumente
folosite în investigarea
celulelor
În lucrarea practică de azi vom învăța
• Ce sunt anticorpii
• Cum sunt utilizați ca terapie biologică
• Ce înseamnă imunomarcare și care este rolul ei
• Care sunt tehnicile de cercetare și cele din
practica medicală care folosesc anticorpi
Anticorpi : Definiţie
• ANTICORP – O proteină în forma
literei Y, produsă de limfocitele B
ca răspuns la un stimul antigenic
(bacterian, viral sau orice altă
proteină străină), ce Situs de legare a
antigenului
neutralizează antigenul legându-
se specific de el; o
imunoglobulină.
1
1. Regiunea Fab
4 2. Regiunea Fc
3. Lanţ greu
4. Lanţ uşor
3
2
Anticorpii în cercetarea biomedicală
• Imunohistochimie
• Imunofluorescenţă
• Imunoelectronomicroscopie
Principiul metodei
ENZIMĂ SUBSTRAT
http://www.ihcworld.com/products/ihc-detection-system/Chromogen.htm
BCIP/NBT
DAB+ kit
Imunohistochimia în practica medicală
Utilitate:
- diagnostic (identificarea tipului de tumoră în
funcție de anumiți markeri/proteine)
- identificarea originii unei tumori în funcție de tipul
de proteină din filamente intermediare
- determinarea agresivității unei tumori, prin
detecția unor proteine implicate în diviziune
celulară
Comparație între o secțiune HE și o imunohistochimie
pentru Ki67 - marker de proliferare celulară
Energie (eV)
3,1 eV 1,77 eV
Spectrul electromagnetic
Microscop cu Microscop de
câmp larg Microscop confocal superrezoluție
triplicate
de probe
control
negativ
Blotarea (Western blot) - Principiu
• Metoda prin care se identifică o proteină de o
anumită masă moleculară, separată prin SDS
PAGE dintr-un amestec, folosind un anticorp
specific.
29
Western blot
semnal absent:
proteina nu se
sintetizează
sau este atât de puțină
încât e sub limita de
detecție
proteină
supraexprimată, care
se poate
semicuantifica prin
raportarea intensității Control pozitiv
semanlului la cel al
actinei corespondente
Determinarea grupelor
de sânge ABO
• Eritrocitele au pe suprafaţa lor antigene pentru
grupele de sânge (A, B, AB dacă ambele antigene
sunt prezente, 0 dacă niciun antigen nu este
prezent)
Grupa 0
Grupa A
Grupa B
www.safetransfusionmanual.org
Imunofenotiparea
Aplicaţie clinică:
evaluarea numerică și procentuală a principalelor
subseturi limfocitare - T, B şi NK.
Imunofenotiparea prin citometrie în flux
(CF)
• CF măsoară şi ulterior analizează anumite
proprietăţi fizice şi chimice ale unor celule pe
măsură ce acestea trec individual, în flux, prin
dreptul unui fascicul laser.
rază de
excitație
Dimensiunile sunt date cu titlu informativ, gama în care variază poate fi mai mare.
Eritrocitele (eliminate în mod uzual prin hemoliză) prezintă o distribuție mare
pe FSC datorită formei de lentile biconcave, care conduce la o diversitate mare
a secțiunilor de la nivelul punctului de interogare (intersecția cu raza laser).
Fenotiparea celulară folosind citometria în
flux
Dacă nu se poate
apela la marcarea
fluorescentă, simpla
trecere a celulelor
prin analizor poate
indica principalele
populații celulare
sangvine, pe baza
dimensiunilor și
granularității lor
Markeri de suprafață folosiți în
fenotiparea limfocitară
Laser
- +
- +
MO
0,2 μm
10 µm Microscopul optic
poate detecta o
lungime de unda de
200 nm.
2 µm Microscopul
electronic poate
ajunge la o
ME
rezolutie de 2pm
0,002 nm 10 nm
https://www.fei.com/image-gallery/80S-Ribosome/
MICROSCOPUL ELECTRONIC
Interacțiunea
electronilor cu
proba
influențează
comportamentul DIFRACȚIE ABSORBȚIE ÎMPRĂȘTIERE
electronilor
TIPURI DE MICROSCOAPE ELECTRONICE
FILAMENT –
LENTILĂ
fascicul de lumină
CONDENSOR
Pentru focalizarea electronilor într-un fascicul
Secțiuni prin celule
pe o grilă (ø 3mm) coerent se folosesc lentile electromagnetice
LENTILĂ amplasate într-o incintă vidată
OBIECTIV
LENTILĂ
PROIECTOR Puterea de mărire și rezoluția sunt dependente
de viteza de accelerare a electronilor în incinta
Ecran fosforescent vidată a ME.
/Detector electronic
MICROSCOPUL ELECTRONIC DE TRANSMISIE
Fasciculul de electroni, controlat de lentile
electromagnetice, trece printr-o felie foarte subţire
de ţesut
• electronii care trec („transmiși”) sunt proiectați
pe un ecran fluorescent (sau înregistrați de
camere digitale speciale), generând puncte
luminoase
• ultrastructurile celulare care au „respins”
electronii datorită nucleelor de metale grele
legați, vor crea umbre pe ecranul captator
ETAPELE OBŢINERII PREPARATULUI PENTRU
ME DE TRANSMISIE CLASICĂ
MO ME
Recoltare (biopsie, necropsie) Recoltare (doar biopsie)
Fixare (fizică, chimică) Fixare (fizică/chimică)
Includere (parafină) Includere (răşini epoxidice)
Secționare (microtom) Secționare (ultramicrotom)
Montare (lamă, lamelă) Montare (grilă de cupru)
Colorare (coloranți) Contrastare (săruri de metale grele)
RECOLTAREA
• Culturi celulare
FIXARE
Țesut
SECȚIONAREA
Piesa de țesut este inclusă în epon Secționarea se face la ultramicrotom Piesele se recoltează pe apa și apoi se montează pe o grilă
SECȚIONAREA - CONTRASTARE
grilă
CONTRASTAREA (ME)
Nucleu
Detaliu al imaginii
precedente
(vezi scara de
mărire).
Insertul roșu este
Cromatină condensată
mărit în imaginea
următoare
Detaliu al unei
zone de Centriol
citoplasmă din
imaginea
precedentă. În
centru se
observă un
centriol
PUTERE MARE DE MĂRIRE
ME – PUTERE MARE DE MĂRIRE
molecula de ADN
• Escherichia coli -
imagine MET obținută
prin contrastare
negativă
100 nm
100 nm
• Ce tehnică de microscopie
electronică a fost folosită pentru
a obține această imagine?
CRIO-ELECTRONO-MICROSCOPIE/TOMOGRAFIE
https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2017/press-release/
CRIO-ELECTRONO-MICROSCOPIE/TOMOGRAFIE
ER - galben
cis C - verde
cis V - verde deschis
medial C - magenta
medial V - roz
trans C - albastru
trans V - albastru deschis
TGN - violet
Alte membrane și ribozomi - gri
stereocili
Alberts B at al. Molecular biology of the cell.
6th ed. 2015
Cili și mivrovili
https://microscopy.stanford.edu/
http://www2.optics.rochester.edu/
MICROSCOPIA ELECTRONICĂ DE BALEIAJ
https://www.fei.com/image-gallery/
MICROSCOPIA ELECTRONICĂ DE BALEIAJ
organism microscopic din ape termale acarian colorat digital
https://www. fei.com
ÎNGHEŢARE - FRACTURARE
• Permite vizualizarea suprafețelor rezultate prin clivajul
anumitor structuri (ex: clivajul membranei celulare)
• Se îngheață celulele
• Se introduc într-o cameră vidată și se lovesc cu un cuțit
• Celulele se fracturează in zonele hidrofobe (unde gheața nu s-a
format)
• Se realizează un mulaj metalic (Au, C) al suprafeței expuse în
urma clivajului – se realizează o replică a suprafeței
• Se examinează această replică metalică la MET
ÎNGHEŢARE - FRACTURARE
TEHNICĂ REZULTAT
Startul extracelular
http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/proceuc/c8.7x4.freeze.fracture.jpg
PRINCIPII CONSTRUCTIVE
COLORARE VS. CONTRASTARE
Colorarea MO Contrastarea ME
• Cu substanţe chimice, de obicei acizi
• Componentele celulare care leagă
sau baze
săruri de metale grele vor bloca
- Coloranţii acizi se leagă de substrat trecerea electronilor, apărând
acidofil (sarcini +) întunecate pe imagini
- Ex. EOZINĂ – un colorant roz, deci
substratul bazic care îl leagă va • Restul componentelor vor fi mai
apărea colorat în roz mult sau mai puţin permeabile
- Coloranţii bazici se leagă de substrat pentru fluxul de electroni, care vor
bazofil (sarcini -) traversa preparatul şi vor ajunge la
- Ex. HEMALAUN – un colorant violet, ecranul de captură, producând un
deci substratul acid care îl leagă va fi zone mai luminoase
colorat violet
CARE SUNT NIVELURILE DE
DETALIERE ALE UNEI CELULE?
(MICRO ŞI NANO)
• MO oferă detalii despre forma generală a celulelor, nucleu şi câteva detalii
despre organite (folosind metode specifice).
• ME oferă detalii despre organite, membrana celulară sau moleculele
componente (până la nivel atomic)
• Putem “vedea” structura chimica a unei molecule?
- cristalografia cu raze X
- spectroscopia de rezonanță magnetică nucleară
- microscopul de forță atomică (MFA) - măsoară interacțiunea dintre un
senzor și atomii din preparat
Metode de vizualizare a (macro)moleculelor
Tehnică Rezultat Interpretare
Cristalografia cu raze X -model de difracție un model de structură terțiară/
cuaternară
(radiație
electromagnetică cu
lungime de undă 0,01-10
https://www.jic.ac.uk/staff
nm) /david-lawson/xtallog/ modelare bioinformatică
summary.htm
Spectroscopia de
rezonanță magnetică spectru de rezonanță
nucleară (radiație al atomilor de C, H sau al
electromagnetică în grupelor funcționale
domeniul undelor radio) https://www.exova.com/sectors/
pharmaceuticals/material-sciences-testing/
nmr-spectroscopy/
www.intechopen.com
MO ME
Ob. 20x 20.000x
http://www.drjastrow.de/EMAtlasE.html
REZUMAT
• Pregătirea preparatului pentru MO şi ME (de transmisie) trece prin
etape asemănătoare
• Cu ajutorul MO putem vizualiza structura componentelor din
preparat - organizarea ţesuturilor în fragmentul de organ,
componente tisulare (ce permit identificarea tipului de ţesut), tipuri
celulare
• Cu ajutorul ME putem vizualiza ultrastructura componentelor din
preparat - detalii la nivel celular: organite celulare, organizarea
membranelor
• Există metode care ne permit identificarea atomilor și aranjamentul
lor în structuri terțiare/complexe macromoleculare
Anexa 1 CARACTERISTICĂ MICROSCOPUL MICROSCOPUL ELECTRONIC
OPTIC
crio-fixare crio-fixare
Grosimea secțiunii ~ 5 µm ~ 50 nm
Replicarea ADN (de ex, în diviziune celulară) prin ADN polimerază, formează o catenă nouă pe baza
modelului oferit de catena matriță. Formarea noii catene prin hibridizare între nucleotide pereche are loc
în direcția 5’-3’, pornind de la capătul 3’ al matriței
în ARN se numește în
aminoacizi
biologie moleculară
”expresie genică”
11
PCR
https://www.youtube.com/watch?v=iQsu3Kz9NYo
• Sarcina electrică a acizilor nucleici este (-), iar separarea lor se face
în funcţie dimensiunea fragmentului analizat, dat practic de nr de
perechi de baze care îl formează (bp sau kilo bp – kbp)
Standard
de baze
Exemplu: diagnosticul unei mutații la
pacienţi cu policitemia vera
qPCR (quantitative PCR)
- Metodă de măsurare a expresiei genice, adică a unui
anumit ARNm dintr-o probă
- Ilustrează gradul de activare a genei pe baza căreia
se sintetizează ARNm
18
Proba al cărui semnal de fluorescenţa apare primul,
are cea mai mare cantitate de ARNm la iniţierea reacţiei
A 2a probă ca abundenţă
• ? ? ? ? ? ?
Nucleotide marcate fluorescent
Hibridizarea in situ
• Metodă prin care se detectează localizarea unei gene/secvenţe
ADN pe cromozomi
• Principiu:
• Se folosesc sonde (secvenţe scurte de ADN complementare
unei părţi din secvenţa ţintă) marcate fluorescent
Se folosește pentru diagnosticul unor modificări deja cunoscute
din literatură ca fiind asociate unor boli
FISH pe cromozomi in metafaza cu
sonde fluorescente specifice de locus
- Un marcaj fluorescent verde de
cromozom (în acest caz, cz 22)
- Un marcajroșu pentru secvenţa de
interes
Distribuţie normală presupune:
- Prezenţa a două marcaje de interes
(pentru fiecare alelă) asociate
sondei specifice cromozomului pe care
sunt localizate
Hibridizarea genomică comparativă (CGH)
Metodă prin care se pot detecta modificări la nivelul întregului
genom al unei probe ( de exemplu deleții, inserții de fragmente
cromozomiale) comparativ cu un control
https://learn.genetics.utah.edu/content/genetherapy/success/
Metode de biologie moleculară
Metode de studiu al proteinelor
În lucrarea practică de azi vom învăța
Loop
https://www.nature.com/scitable/content/common-dna-binding-motifs-109024850
Noțiuni de bază în biologia proteinelor
Buzunarul enzimatic (în centrul imaginii )are o zonă de acomodare a
substratului și o zonă catalitică, în imediata vecinătate
https://www.nature.com/scitable/content/common-dna-binding-motifs-109024850
Aplicații clinice
• Electroforeza
• Cromatografia
Aplicații:
• separarea unor compuși dintr-un amestec pe baza
diferitelor caracteristici fizico-chimice (greutate,
sarcină electrică, solubilitate în solvenți)
• purificare pentru identificare viitoare
Cromatografia este o metodă frecvent folosită de (bio)chimiști. Noi
vom discuta în continuare doar despre electroforeze
Metode de separare - Electroforezele
https://www.youtube.com/watch?v=eaETFKXtNRA
Vizualizarea rezultatului electroforezei SDS-PAGE
prin colorarea nespecifică a proteinelor
MW
standard
(kDa)
Fiecare linie albastră reprezintă
proteine oprite din migrare
acolo unde nu au mai putut
104 trece, datorită marimii lor, de
83
ochiurile gelului de
poliacrilamidă. Se poate estima
greutatea moleculară a
49 proteinei respective prin
raportare la un standard - un
amestec de proteine cu
37
greutate cunoscută (prima
29
banda din stânga)
20
Comparație electroforeză ADN/proteine
Principiu:
Metodă prin care modelul de împrăștiere a razelor X la
trecerea printr-o proteină cristalizată este folosit
pentru stabilirea aranjamentului tridimensional al
atomilor
Rezultatul primar este transformat cu ajutorul unor
softuri dedicate într-un model de structură terțiară
www.dynamicdevices.com
Crioelectronomicroscopia
Imagine a unor
complexe proteice
purificate, dintre care
unele sunt surprinse
frontal (imagini
circulare) iar altele
lateral (imagini
dreptunghiulare)
http://life.nthu.edu.tw/~labcjw/BioPhyChem/EM/bbsem.htm
Crioelectronomicroscopia
https://www.youtube.com/watch?time_continue=8
7&v=m8QNXbW1ySI
Metode de identificare
m/z
Biotehnologia:
• caracterizarea purității unui compus - spectrul ar
trebui să indice prezența unui singur vârf de detecție
• evaluarea stabilității în timp a unui produs - o proteină
recombinantă instabilă sau care suferă proteoliză va
genera în timp un spectru cu mai multe vârfuri de
masă mai mică
Metode de cuantificare (măsurare)
Principii:
- reacție de culoare, măsurată prin
spectrofotometrie și raportată la o curbă
standard
- măsurarea intensității fluorescenței, raportată la
un control
Metode de cuantificare