3. ARN Prin ARN este denumit generic un grup de acizi nucleici care impreuna participa la sinteza de proteine.

Ei au rol in copierea si traducerea informatiei genetice care se concretizeaza in sinteza unei molecule functionale care poate fi o proteina sau o molecula de ARN. Spre deosebire de ADN, ARN este prezent in mai multe forme (ARN m, ARN t, ARN r) cu structuri si functii diferite, participand la procesele de transcriptie si translatie. 3.1 Structura ARN ARN-ii sunt (asemanator) ADN-ului lanturi polinucleotidice formate din ribonucleotide legate intre ele prin legaturi fosfodiesterice. Spre deosebire de ADN, ARN este alcatuit astfel contine ca baze azotate A, !, ", #, si o serie de baze azotate neuzuale (pseudouracil, N$,N$ dimetiladenina, %- metil guanina) contin riboza in loc de deo&iriboza. Riboza prezinta in pozitia '( o grupare )*. "are imprima functie catalitica ARN, gruparea '()* poate ataca nucleofil si deci scinda legatura fosfodiesterica. Aceasta actiune este intilnita in procesul de splicing ce are loc la maturarea ARN mesager.

gruparea fostaf

+oleculele de ARN sunt de regula monocatenare. Pe anumite portiuni insa, acolo unde complementaritatea bazelor o permite, ARN-ul poate a,ea structuri dublu catenare. Portiunile monocatenare sunt e&pulzate in afara zonelor bicatenare sub forma unor bucle, imprimand moleculei o structura de ac de par.

E&ista mai multe tipuri de ARN care functie de localizare se clasifica in ARN nuclear -nRNA -eterogenous nuclear ARN ARN nucleolar snARN sau snurps sau small nuclear ribonucleoproteins (#.-#$) ARN citoplasmatic ARNm mesager care pro,ine din -nARN ARNr ribosomal care pro,ine din ARN nucleolar ARNt de transfer "ele trei tipuri ma/ore de ARN sunt ARNm, ARNt, ARNr

ARN m ARNm mesager este cel care contine informatia copiata din ADN, o transporta in citozol unde ,a ser,i drept 0program1 pentru sinteza de proteine. 0Programul1 pentru sinteza proteinelor este dat de asa-numitii codoni care alcatuiesc ARNm. #n codon este un grup de trei nucleotide care semnifica un singur aminoacid, prin urmare succesiunea de codoni din ARN ,a indica succesiunea de aminoacizi din proteina ce urmeaza a fi sintetizata. ARNm este monocatenar2 la capatul 3(-fosfat prezinta o capsula formata din %-metil guanozina legata prin legatura 3(-3( trifosfat de capatul 3( al lantului polinucleotidic, iar la capatul 4(-)* o coada formata din mai multe nucleotide adenilice numita coada poli-adenilata.

ARNt ARNt de transfer este o molecula translator care indeplineste doua functii citeste mesa/ul genetic si transporta aminoacizii necesari sintezei proteice. Este cel mai mic ARN (dpd, al numarului de nucleotide) si e&ista in mai multe forme, cel putin cate una pentru fiecare aminoacid. 5n mod firesc ar trebui sa e&iste '6 ARNt, in realitate insa e&ista mai multi ARNt care sa transporte acelasi aminoacid si care sunt numiti ARNt izoacceptori. Aminoacizii sunt atasati la o tripleta ""A prezenta la capatul 4(-)* al ARNt. ARNt are o forma de cruce, pe unul din brate este prezenta o sec,enta de 4 nucleotide numita anticodon. "u a/utorul anticodonului ARNt recunoaste codonul cu structura complementara prezent pe ARNm. ARNt contine o serie de baze azotate neuzuale (pseudouracil, dimetil adenina).

ARN r ARNr este reprezentat de mai multe fragmente scurte de ARN care se gasesc in ribozomi asociate cu proteine. ARNr are o structura monocatenara dar prezinta si portiuni bicatenare asemanatoare intr-o anumita masura cu ARNt. El are rol structural, catalitic si de 0fi&are7pozitionare1 a ARNm pentru ca acesta sa poata fi citit de catre ARNt.

3.2. Transcriptia 8ranscriptia reprezinta copierea unei fragment din informatia genetica (nu a intregii informatii) a ADNului. 8ranscriptia se realizeaza prin copierea doar a unei portiuni (nu intotdeauna aceeasi) de pe o singura catena a ADN. Rezultatul transcriptiei este sinteza unei molecule de ARN. ADN contine informatia genetica sub forma de gene. !enele sunt portiuni de ADN care contin toata informatia necesara sintezei unei molecule functionale. Daca gena codifica o proteina atunci rezultatul transcriptiei este ARNm, altfel in urma transcriptiei se sintetizeaza ARNt sau ARNr. 8ranscriptia este un proces ce are loc in afara replicarii (di,iziunii celulare), ori de cate ori celula are ne,oie de anumite componente. Aceasta sinteza selecti,a, anga/eaza 9Aurora Popescu: doar anumite portiuni ale ADN acelea care codifica proteinele de care celula are ne,oie la un moment dat. "atena ce contine portiunea ce urmeaza a fi copiata se numeste matrita (anti sens), catena complementara care nu este copiata poarta numele de catena codificatoare (sens). ) catena matrita pentru o anumita gena poate de,eni catena codificatoare pentru alta gena2 obligatorie ramane doar respectarea directiei de sinteza si anume 3(-;4(. 5n urma transcriptiei ARN transcript primar ,a a,ea aceeasi sec,enta cu cea din catena codificatoare, doar ca acolo unde pe catena codificatoare este 8 pe transcript ,a corespunde #.

Pentru sinteza ARN transcript primar este ne,oie de un model reprezentat de o portiune de pe o catena de ADN pe care se ,a realiza 0copia dupa original12 aceasta portiune este numita matrita sau portiune antisens ribonucleotide trifosfat (A, !, ", #) ARN polimeraze <ADN dependente in care catena matrita de,ine cofactor al enzimei Spre deosebire de procariote la care o singura ARN polimeraza este responsabila de sinteza tuturor tipurilor de ARN, la eucariote e&ista ARN polimeraze diferite pentru diferitele tipuri de ARN ARN P 5 < sintetizeaza precursorii ARN-urilor ribozomale ('=S, .=S, 3,=S) ARN P 55 < sintetizeaza precursorul ARNm si snurps (#.-#$) ARN P 555 < sintetizeaza precursorul ARNt si ARNr (3S) Spre deosebire de ADN polimerazele ARN polimerazelor prezinta o serie de trasaturi particulare nu necesita primer nu au functie de corectare nu au functie ligazica (nu e&ista ARN ligaze)

Reactia generala catalizata de ARN polimeraze este (asemanatoare celei catalizata de ADN polimeraza). Reactia de formare a legaturii fosfodiesterice 9Aurora: consta in atacul nucleofil al gruparii 4()* libere din nucleotidul in crestere asupra gruparii fosfat a nucleotidului trifosfat adus la locul sintezei conform matritei. Reactia de,ine termodinamic fa,orabila prin actiunea pirofosfatazei (PPa-; ' Pa). Ecuatia procesului

Etapele sintezei ARN (etapele transcriptiei) Sinteza ARN este un proces comple& in care pot fi e,identiate mai multe etape A. initierea transcriptiei >. elongarea lantului poli-ribonucleotidic ". inc-eierea A. Initierea transcriptiei 8ranscriptia presupune copierea unei anumite portiuni din ADN numita gena, care trebuie identificata in molecula de ADN. !ena nu este recunoscuta in mod direct ci mai intai este recunoscuta o sec,enta situata in imediata ,ecinatate a genei numita promotor. Asadar initierea transcriptiei incepe prin recunosterea promotorului unei gene. Rolul promotorului este acela de a indica cu precizie locul de incepere a transcriptie.

5nitierea transcriptiei este un proces foarte comple& care presupune un numar mare de e,enimentecare pot fi grupate in doua etape .. recunoasterea promotorului '. formarea comple&ului de transcriptie 1. Recunoasterea promotorului-structura promotorului Data fiind di,ersitatea genelor ce codifica toate proteinele organismului, rezulta in mod e,ident ca si promotorii acestora ,or fi de o mare ,arietate fiind alcatuiti din e&trem de diferite. "u toate acestea promotorii prezinta o serie de sec,ente comune numite casete care au roluri bine definite. Aceste sec,ente conser,ate (care difera foarte putin de la gena la gena) numite sec,ente consens sunt alcatuite din apro&. .6 perec-i de baze, au roluri diferite si se numesc dupa continutul lor caseta 8A8A situata in /urul pozitiei -46 in amonte de locul transcrierii. ?a aceasta caseta se ataseaza factorii de transcriptie ce au rol, in principal, in asamblarea ec-ipamentului de transcriptie numit comple& bazal de transcriptie caseta !AA87!" situata in /urul pozitiei -%6 in amonte de punctul de start al transcriptiei, la care se leaga o parte din factorii ce au rol in reglarea procesului de transcriptie

A fost stabilita con,entional o nomenclatura si o numerotare care sa e,ite confuziile pri,ind promotorii si locatia genelor - termenul 0amonte1 se refera la regiuni ale ADN situate in stanga locului de incepere a transcriptiei adica spre capatul 3( in timp ce termenul 0a,al1 se refera la regiunea situata in dreapta genei adica spre capatul 4( - punctul de start al transcriptiei reprezinta prima baza copiata, este considerat pozitia . a genei si este notat cu @. (pozitia 6 nu e&ista). Pozitia @. a genei corespunde pozitiei primei baze de la capatul 3( al ARN-ului transcript - sec,entele ce preced prima baza copiata sunt numerotate cu semnul 0<0 si se spune ca sunt situate in 0amonte1 (upstream) p si sunt pozitionate inspre capatul 3( - sec,entele ce urmeaza primei baze copiate sunt notate cu semnul 0@1, se spune ca sunt situate in 0a,al1(doAnstream) si sunt pozitionate inspre capatul 4( 2. Formarea complexului de transcriptie "omple&ul de transcriptie este format din a. ARN polimeraza care nu recunoaste singura promotorul deci nu stie unde sa se fi&eze (0enzima oarba1) b. Bactori de transcriptie care sunt un grup de proteine (apro&imati, 43 proteine) al caror rol este acela de a diri/a si pozitiona ARN polimeraza la gena si de a recruta si asambla toate proteinele necesare copierii c. Bactorii de reglare care sunt proteine cu rolul de a promo,a7in-iba transcriptia si care pot opera singuri sau impreuna cu alte proteine co-reglatoare. Ei au rolul de a imprima un anumit ritm transcriptiei.

a. ?a eucariote e&ista trei tipuri diferite de ARN polimeraze(ARN P) responsabile de sinteza ARNm, ARNt respecti, ARNr. ARN polimeraza 55 este responsabila de sinteza -nARN, precursorul ARNmesager matur (,ezi transcriptia).

b. Bactorii bazali ai transcriptiei, notati 8B 55 (transcrition factors, notatia 0551 pro,ine de la ARN P 55) A, >, ", D, E....*, fiecare cu o anumita functie, ,in in contact mai intai cu ADN, apoi ,in in contact unii cu altii si cu ARN P 55, pe care o fi&eaza la promotor. "omple&ul format din factorii de transcriptie impreuna cu ARN P 55 formeaza comple&ul bazal de transcriptie, deoarece acesta poate initia dar cu o ,iteza mica (bazala). Atasarea factorilor de reglare permite desfasurarea transcriptiei in ritmul si la ,iteza ceruta de ne,oile celulare. Bactorii de transcriptie actioneaza in linii mari astfel Primul factor bazal al transcriptiei 8>P (8A8A binding protein) se leaga direct de caseta 8A8A, apoi prin intermediul 8B55> (o A8P-aza) leaga ARN P55 diri/and-o spre locul sintezei. Bactori suplimentari ataseaza 8B55* (o -elicaza) care sa separe dublul -eli& in fata ARNP55, alti factori asambleaza si stabilizeaza acest comple& (fig. A). c. Bactorii reglatori sunt proteine care acti,eaza7bloc-eaza transcriptia se mai numesc inductori respecti, represori. Ei actioneaza direct cu comple&ul de transcriptie sau prin intermediul altor factori numiti mediatori sau co-reglatori Sec,entele de ADN la care se leaga factorii reglatori se numesc en-anceri, daca factorii care se leaga la sec,enta determina acti,area transcriptiei silancer, daca factorii care se leaga la sec,enta i determina in-ibarea transcriptiei elemente de raspuns notate RE (response element), daca factorii care se leaga la sec,enta sunt o serie de 0intermediari1 ai unor molecule semnal (mesageri secunzi receptori -ormonali) En-ancer7silancer sunt sec,ente scurte formate din .6-'6 perec-i de baze, situate la distanta mare inainte sau dupa promotor. "uplarea lor cu acti,atori7represori, cresc7scad ,iteza de initiere a transcriptiei (ritmul transcriptiei). 5mplicarea lor reprezinta etapa limitanta de ,iteza a procesului. Bunctia lor se realizeaza ca urmare a interactiunii cu factorii de transcriptiei legati de promotor direct sau prin intermediul mediatorilor si are ca efect inducerea unor modificari conformationale ale moleculei de ADN (indoirea lantului ADN) care poate fi fa,orabila sau defa,orabila transcrierii. De regula en-ancerii sunt localizati pe aceeasi molecula a ADN cu gena acti,ata. Elementele de raspuns sunt sec,ente de nucleotide situate la distanta fata de punctul de start sau de promtor pe care se fi&eaza o serie de 0intermediari1 ai unor semnale celulare, ca de e&emplu -ormonii, proteinele de stres C -eat-sc-oD proteins. E&p pe RE se fi&eaza de regula receptorii pentru -ormonii steroizi.

Dupa realizarea tuturor etapelor de recunoastere, recrutare si asamblare a comple&ului de transcriptie semnalul final pentru inceperea transcriptiei este dat de multiplele fosforilari a domeniului "-terminal a ARN polimerazei. 5n forma fosforilata ARN polimeraza se autoelibereaza impreuna cu unele proteine din comple&ul bazal si incepe sinteza ARN-ului transcript primar (fig.>).

!. "longarea
ARN polimeraza realizeaza sinteza in directia 3(-;4( rezultand transcriptul primar care ,a contine A, # ! " (fig. >). 5n cazul ARN P 55 transcriptul primar este -nARN precursorul ARN m. #. Terminarea transcriptiei 8erminarea transcriptiei presupune doua e,enimente .. Pentru ca ARN transcript primar sa poate disocia de pe matrita este necesar ca acesta sa fie capabil sa formeze un ac de par, care ,a incetini inaintarea ARN si in final o ,a opri. Aparitia acestei structuri este dictata de o sec,enta specifica numita sec,enta palindrom care este bogata in baze !" si caracterizata de o simetrie dubla. Dubla simetrie consta in faptul ca sec,enta de pe o catena citita in directia 3(-;4( este aceeasi cu o sec,enta situata pe catena complementara citita in aceeasi directie. Prezenta bazelor ! si ", intre care se formeaza 4 legaturi de -idrogen, ,a stabiliza structura de ac de par a transcriptului primar. '. Dupa formarea acului de par, ARN polimeraza intilneste pe matrita o regiune bogata in A. Aceasta determina in ARN transcript aparitia unei sec,ente complementare bogata in #. ?egatura formata intre A apartinand matritei si # apartinand transcriptului este slaba si fa,orizeaza desprinderea transcriptului.

3.3 $odi%icari postranscriptionale 8ranscriptul primar reprezinta o copie liniara a genei. Acesta sufera o serie de modificari posttranscriptionale pentru a putea de,eni functional. Aceste modificari au loc in timpul procesului de transport din nucleu unde a a,ut loc transcriptia in citoplasma unde ,a a,ea loc translatia. $odi%icari ale ARN r +olecule de ARNr pro,in dintr-un precursor comun. Acesta este scindat in fragmente de ARN de diferite dimensiuni '=S, 3,=S, .=S sub actiunea unei endonucleaze. Proteinele destinate a intra in alcatuirea ribozomilor se asociaza cu aceste fragmente inainte, in timpul sau dupa prelucrarea lor postranscriptionala. $odi%icari ale ARNt Precursorii ARNt sufera urmatoarele modificari pentru a de,eni functionali anumite sec,ente sunt e&cizate din precursori la capatul 4( se aditioneaza o sec,enta ""A de catre o nucleotidil transferaza unele baze, situate in anumite pozitii, sunt modificate rezultand baze azotate necon,entionale care permit asocieri neuzuale intre bazele complementare. $odi%icari ale ARNm 8ranscriptul primar al ARNP 55 este -nARN (-eterogenous nuclear ARN). Acesta sufera trei modificari posttranscriptionale la capatul 3(, la capatul 4( si in interiorul catenei, de,enind ARNm matur functional.

.. +odificarile capatului 3( constrau in adaugarea unui capsule 0cap1 care contine %-metil guanozina legata prin legatura 3(-3( trifosfat la capatul 3( al ARN. !ruparea metil din pozitia % a guaninei pro,ine de la SA+ (sulf adenozil metionina) si este realizata de S adenozil metionin transferaza. +etilarea se pare ca are drept scop stabilizarea ARNm si facilitarea translatiei in sensul ca %-metil guanozina de,ine semnalul de recunostere al sensului de citire a ARNm. '. +odificarile capatului 4( constau in atasare la aceasta pozitie a unei cozi de pana la '66 polinucleotide de tip adenilic, asa-numita coada poli-A. Aceasta sec,enta nu este transcrisa din ADN ci adaugata dupa transcriptie de o enzima numita poliA-polimeraza. Rolul acestei cozi este de a facilita iesirea ARN din nucleu si de a-l prote/a fata de actiunea e&onucleazelor. 4. +odificarile efectuate in interiorul transcriptului primar se refera la e&cizia intronilor. "xci&ia intronilor -nARN precursorul ARNm este alcatuit din doua tipuri de sec,ente si anume sec,ente care codifica lanturi polipeptidice (proteine) numite e&oni (e&pressed regions) sec,ente care nu codifica lanturi polipeptidice (proteine) numite introni (inter,ening regions 5n procesul de maturare al transcriptului primar al ARN-ului mesager eucariotic sunt indepartati intronii. Sec,entele codificatoare ramase adica e&oni sunt 0inadite1 (splicing) spre a forma ARN matur. 5n operatia de indepartare a intronilor inter,in doua elemente importante gruparea -idro&il de la pozitia '((si care la ADN nu e&ista) care are functie catalitica intrinseca. Aceasta grupare poate -idroliza legatura fosfodiesterica dintre doua nucleotide. spliceozomul care este un comple& format dintr-o serie de proteine numite snurps (small nuclear proteins) notate #.-#$. Acesta recunoaste limitele dintre e&oni si introni la ni,elul anumitor sec,ente continute in -nARN ( intronii prezinta la capatul 3( bazele !# si la capatul 4(bazele A!)

Splicingul alternati' Procesul de splicing apare doar la eucariote. Este un proces normal care fa,orizeaza aparitia marii di,ersitati a proteinelor. Prin acest proces acelasi ARN transcript primar poate fi prelucrat diferit, in celule diferite si la stimuli diferiti. 5au nastere astfel proteine cu sec,ente diferite numite proteine izoforme. Desi in genere acest proces este fa,orabil uneori poate conduce la afectiuni cum sunt cancerele.