Termeni intâlniți Genă = segment al macromoleculei de ADN format dintr-o anumită secvență de nucleotide, care acționează ca o unitate funcțională și conține informația genetică. Genom = totalitatea genelor prezente în cromozomii unui organism sau în setul haploid de cromozomi, care conține informația genetică necesară formării unui organism Hibridizare = incrucișarea genetică între organisme parentale care diferă prin una sau mai multe perechi de caractere ereditare fenotipice Deleții = tip de mutaţie genetică implicând pierderea de ADN cromozomial Duplicații =prezența în dublu exemplar a unui segment cromozomial Cuprins: Introducere Istorie Metodă de bază Aplicații Limitări Ce este CGH? este o analiză citogenetică moleculară care permite identificarea precisă și rapidă a unor anomalii cromozomiale neechilibrate asociate cu modificări ale numărului de copii ADN (microdeleţii şi microduplicaţii), care nu pot fi detectate prin analiza cromozomială clasică. examinează întregul genom la o rezoluție superioară și poate explica un fenotip de 5-10 ori mai frecvent decât cariotipul clasic, având avantajul aplicabilității în situații în care cultura celulară nu este posibilă. Istoric Motivația care stă la baza dezvoltării CGH a provenit din faptul că formele disponibile de analiză citogenetică la momentul respectiv ( bandajul Giemsa și hibridizarea fluorescentă in situ-FISH) erau limitate de către microscoapele necesare interpretării rezultatelor furnizate. Primul raport al analizei CGH a fost realizat de Kallioniemi și colegii săi în 1992 la Universitatea din California, San Francisco, care a utilizat CGH în analiza tumorilor solide pe care le-a comparat cu țesuturi normale. Metode de bază Laboratorul Synevo România utilizează platforma de microarray Agilent, care permite investigarea întregului genom la o rezoluție medie de detecție de 60Kb. Tehnica arrayCGH se bazează pe hibridizarea genomică comparativă (CGH) a două tipuri de ADN genomic, proba de ADN a pacientului și proba de ADN de control, folosind lame array ce conţin zeci de mii de sonde care ţintesc multiple gene şi regiuni cromozomiale. Aplicații În cercetare în domeniul cancerului Aberațiile cromozomiale (Cri du Chat (CdC) este un sindrom cauzat de o deleție parțială a brațului scurt al cromozomului 5) Array CGH * Aberații submicroscopice Diagnostic genetic prenatal (Deși nu este încă o tehnică pe scară largă, utilizarea CGH-ului ca instrument de screening genetic preimplantare devine un concept din ce în ce mai popular. Are potențialul de a detecta SNC și aneuploidia în ouă, spermatozoizi sau embrioni, care pot contribui la eșecul embrionului de a se implanta cu succes, la avort spontan sau malformații cum ar fi sindromul Down (trisomia 21). În diagnosticul postnatal, cariotipul molecular arrayCGH este test de primă intenție pentru:
Pacienți cu malformații congenitale multiple / trăsături
dismorfice neîncadrabile într-un sindrom genetic cunoscut Nou-născuți cu malformații congenitale multiple la care nu poate fi obținut cariotipul Copii cu întârziere în dezvoltarea psihomotorie Pacienți cu dizabilitate intelectuală Pacienți cu tulburări din spectru autist Care sunt avantajele metodei arrayCGH? Utilitate clinică crescută. Rata detecției de CNV(variația numarului de copiere) patogenice la copiii cu retard de dezvoltare, dizabilitate intelectuală și anomalii congenitale multiple este de 18-20%, față de 3% prin cariotipul clasic. Ulterior, testarea altor membri ai familiei probanzilor afectați permite identificarea stării de purtător și caracterul moștenit sau de novo al anomaliei. Rezoluție medie de detecție de aproximativ 60kb. Oferă o perspectivă asupra întregului genom la o rezoluție înaltă, de 10 ori mai mare decât cea a cariotipului clasic. Un singur test arrayCGH este echivalentul simultan a mii de experimente FISH (hibridizare în fluorescență multiplă) / MLPA (amplificarea sondei dependente de ligatura multiplă). Detectează duplicații și deleții submicroscopice, rearanjamente cromozomiale neechilibrate, diferite grade de mozaicism. Nu necesită cultură celulară, precum cariotipul clasic. Care sunt limitele metodei arrayCGH? Nu identifică modificări cromozomiale echilibrate (translocații, inversii, inserții), mutații punctiforme, mozaicismul de nivel scăzut. Nu furnizează informații despre natura structurală a anomaliilor identificate. Bibliografie https://www.synevo.ro/cariotip-molecular-hibridizarea- genomica-comparativa/ http://www.rarechromo.org/translations/Romana/Hibridiza rea%20genomica%20comparativa%20Array%20CGH%2 0Romanian%20QFN.pdf http://www.gyne.ro/mod/page/view.php?id=2 https://en.wikipedia.org/wiki/Comparative_genomic_hybr idization https://www.nature.com/scitable/content/comparative- genome-hybridization-37797