Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
celule
per
44
N; 28
o
39
32
. Ratele de diluare corespunztoare pentru uniti erbivore, alge i de descompunere sunt 22.4
zile, 0.9 zile i 5.8 zile.
Fig.4.5. Microcosmosul: A=rezervorul autotrof; H= rezervorul erbivor; D= rezervorul de
descompunere; P= pomp;
43
Unitatea de alge (190 litri) este amestecat de o pomp centrifug ce recircul o parte din
fluxul de fund. Turbulena de suprafa este minim. Unitile erbivore i de descompunere baloane
de sticl de ap din polipropilen inversate. O plas nitex din rezervorul de erbivore (7.6 l) previne
ca zooplanctonul s intre n unitatea de descompunere. Rezervorul de descompunere (4.39 l) are un
strat de 18 cm de pietri nontoxic ce se comport ca un substrat bacterian 17
o
C sub o photocycle de
15:9 L:D. Dou lumini albe fluorescente ( de 15 i 20 watt), la o distan de 24 cm, ofer unitii de
alge o iluminaie de
de ctre
micro-autoradiografie, parial cu ajutorul tehnicilor epifluorescente, sau determinarea ratelor de
cretere i produciilor de biomas prin msurarea micro-coloniilor.
Vizualizarea microorganismelor n general necesit proceduri de colorare. Contrastul
celulelor bacteriene n condiii de iluminat normale este prea sczut pentru a le distinge de un fundal
luminat, procedeu i mai dificil n cazul apei. Exist o serie ntreag de colorani i modaliti de
colorare. Aceast afirmaie este adevrat n special n cazul coloranilor fluoresceni a cror
folosin a crescut enorm de la introducerea sondelor moleculare n ecologia microbian. Tehnicile
din ziua de azi prefer coloranii fluoresceni deoarece prezint o sensibilitate mai mare, spre
exemplu DAPI sau acridine orange (AO). Dei aceste tehnici sunt dedicate deteciei bacteriilor, au
existat mai multe ncercri de a se folosi i asupra fungilor sau drojdiilor.
4.2.1. Coloraia acridine orange (numr total)
Acridine Orange manifest o afinitate crescut pentru organite acide. Poate fi folosit n
colorarea eucariotelor i procariotelor deopotriv. AO nu numai c se intercaleaz ntre ADN i
ARN dar i se unete cu ali consitueni celulari, ca de exemplu detritus i argil. Colorantul ia
culoarea verde fluorescent atunci cnd e fixat n ADN. AO este un colorant cationic, ce se absoarbe
n mod normal la argil ncrcat negativ, compui din clei vegetal, polizaharide acide,
glicozaminoglicani (mucopolizaharide), lipozomi sau fosfolipide ncrcate negativ. Astfel, un factor
important pentru fluorescen pare a fi valoarea pH-ului. Acesta poate face diferena ntre celulele
vii i cele moarte. Aceast analogie a fost atribuit diferitelor culori fluorescente prezente (verde i
rou) n momentul n care se fixeaz n ADN i ARN. A fost demonstrat faptul c celulele n faz
latent prezint fluorescen verde, iar cele active prezint fluorescen roie. Mai mult, a fost
posibil distincia ntre sporii viabili i cei ce nu mai sunt viabili i s-a efectuat monitorizarea
activitilor fiziologice.
AO i DAPI sunt cei mai folosii colorani pentru calcularea numrului total de bacterii n
eantioane de sol sau ap. Numrarea microorganismelor este mai dificil n sol dect n ap din
cauza prezenei particulelor de sol i alt colorare puternic de fond nespecific. Folosind
microscopul confocal cu laser i analiza automat a imaginii, au fost comparate diferite metode. S-
au observat diferene majore n folosirea colorantului AO, FITC i DTAF. Au fost raportate colorri
47
de fond puternice cu AO a unui sol ce avea o concentraie mai mare de argil i lut dect nisip. De
asemenea, s-a constatat o colorare de fond puternic folosind i DAPI, iodura de propidiu, iodura de
etidiu, fapt ce se poate datora structurii lor cationice. Coloranii ationici FITC i DTAF au afiat o
colorare de fond mult mai puin perceptibil i imagini cu un contrast bun. DTAF are o puritate mai
ridicat fa de FITC.
Numrul total de bacterii din eantioanele naturale au fost determinate folosind acridine
orange orange (Luna et al., 2002; Lunau et al., 2005; Manini & Danovaro, 2006). Pentru fiecare
eantion procesat am standardizat cu concentraie de fluorocrom (de exemplu, pentru vopseaua AO
a fost folosit ntre 20 i 40 l) dependent de eantionul filtrat.
Pentru AO (concentraiile finale de vopsea fiind de 5 g/ml) au fost colorate subeantioane
(reprezentnd cele patru recoltri) tip de 5 minute i apoi au fost diltrate pe Milipore negru cu
mrimea porilor de 0.22m. Filtrele au fost apoi curate cu 10 ml de ap distilat.
Este necesar diferenierea celulelor din punct de vedere al morfologiei pentru c niciun
fluorocrom nu este cu adevrat specific bacteriilor.
Colorantul AO nu numai c se mbin cu AND-ul i ARN-ul, ci i cu celelalte componente
celulare. Atunci cnd AO se unete cu AND-ul, este foarte similar fluoresceinei, cu o excitaie
maxim la 502 nm i o emisie maxim la 525 nm (verde). Atunci cnd se asociaz cu ARN-ul,
excitaia maxim se schimb la 460 nm (albastru) iar emisia maxim la 650 nm (rou).
Probe M1 (densitatea celulelor /mL) M2
1 zi 5,65 x 10
3
4,98 x 10
3
7 zile 7,1 x 10
3
5,42 x 10
3
14 zile 7,56 x 10
3
6,32 x 10
3
20 zile 9,98 x 10
3
6,15 x 10
3
Tabel 4.1 Numrul total de celule
Fig 4.7 Evoluia n timp a microbiotei la nivelul sedimentelor ntre martor i proba poluat
Msurtorile s-au efectuat utiliznd o gril ocular calibrat anterior tipului de microscop
(suprafaa 0,01mm
2
), iar imaginile digitate au fost supuse analizei automate pentru numrarea
bacteriilor (cu programul CellC).
0
2
4
6
8
10
12
1 zi 7 zile 14 zile 20 zile
M1
M2
48
Fig.4.8:
Fig. 4.9. Calibrarea grilei ocularului: latura ptratului mic este de 10 m
T=
unde:
- T- numr bacterii per unitate de volum;
- N- numr bacterii per aria graticulei;
- A
f
- aria de filtrare;
- V-volumul probei filtrate;
- aria graticulei;
Etalonarea ptratului grilei de msurare s-a fcut astfel:
10 x10 : 1000m x1000m / 10 x 20: 480 m x480m
10 x 40: 260 m x 260 m
9 x 100: 100m x 100m- adic 10.000 m
2
10 x 100: 100m x 100m- adic 10.000 m
2
A B
Fig.4.10. Imagine din camp microscopic A-martor; B- proba poluat (coloraie AO)
49
Se observ un numr mai mare de celule n martor comparativ cu proba poluat deoarece
impactul poluantului la nivel de sediment este mult mai mare afectnd microbiota prin reducerea
densitii celulare. Acest aspect reiese i din calculul creterii procentuale descris la subpunctul 4.5.
4.2.2. Coloraia aniline blue (celule cu capsul)
Bacterioplanctonul este principalul mediator n transformarea carbonului organic n biomas
i dioxid de carbon(Azam & Cho 1987) . Astfel, bacterioplanctonul joac un rol principal n lanul
trofic din ocean, direcionnd o parte considerabil a produciei de fitoplancton (planctonul vegetal)
n veriga trofic microbian. Abundena si productivitatea bacterioplanctonului rmn relativ
constante pentru o raz ntins a sistemelor acvatice s (Cole et al. 1988, Ducklow & Carlson 1992).
Aparent, respiraia bacterian este i mai constant fa de producie sau abunden, ducnd la o
eficien n creterea numrului de bacterii de la sisteme oligotrofice la eutrofices (Del Giorgio &
Cole 1998).
Bacteriile cu o structur intracelular intact, considerate aadar bacterii potenial active,
sunt nvelite ntr-un un strat capsulat, n vreme ce marea majoritate a celulelor cu o structur
intracelular deteriorat nu prezint o astfel de capsul e (Heissenberger et al. 1996). Astfel, se
presupune imediat c bacteriile cu metabolism activ prezint un strat de ncapsulare, n vreme ce
bacteriile inactive se elibereaz rapid de capsul. Bacteriile active i rennoiesc n permanen
nveliul capsular i elibereaz o fraciune destul de mare din stratuul polizaharidic n apa ce
constituie mediul nconjurtor. Aceste polizaharide derivate din capsul ce sunt eliberate n ap s-au
dovedit a fi foarte rezistente la utilizarea ulterioar de ctre bacterii (Stoderegger & Herndl 1998).
Metoda de colorare ce este folosit n cazul celulelor cu capsul este de regul o metod de
combinare a dou tehnici de colorare, unde celula bacterian este colorat cu un colorant bazic i
fondul cu un colorant acid, lsnd capsula necolorat. Aceast metod de colorare negativ a
permis distingerea ntre bacteriile cu capsul i cele fr capsul n cazul n care dimensiunile
capsulei depesc 150nm n diametru. Capsulele sunt clar vizibile ca o aur alb (necolorat,
transparent), n jurul celulei bacteriene.
Nu a fost gsit nicio legtur ntre dimensiunea bacteriilor i prezena capsulei n cazul
bacterioplanctonului natural. Chiar i cele mai mici bacterii sunt capabile s dezvolte o capsul
suficient de mare nct s poat fi vzut folosind microscopie optic.
n continuare vom trece datele obinute de noi n probele recoltate pe colorantul AB. Apoi
interpretarea datelor.
4.2.3. Coloraia cu iodur de propidiu (celule permeabilizate)
Iodura de propidiu este un colorant rou fluorescent ce coloreaz ADN-ul att la celule
procariote ct i la eucariote. Are o eficien crescut i este cunoscut drept un indicator al celulelor
moarte. Datorit puterii sale de a se fixa de ADN, este folosit de asemenea pentru determinarea
concentraiilor de ADN din sol. Acestea nu se fixeaz de pereii celulelor sau de materiale inerte,
astfel putnd fi folosit la colorarea n materiale complexe cum ar fi solurile cu o concentraie
ridicat de argil sau nmol. Membranele au permeabilitate sczut la iodura de propidiu.
Detecia celulelor i obinerea informaiei cu privire la activitatea acestora sau la
proprietile fiziologice sau taxonomice au atins o importan destul de major n ecologia
microbian. Dezvoltarea echipamentelor cu ajutorul crora a devenit posibil diferenierea celulelor
vii de cele moarte, obinerea caracteristicilor structurii peretelui sau alte proprieti, a permis
mbuntirea numrului de instrumente capabile n ecologia microbian. Detecia simultan a
celulelor moarte i vii a devenit posibil prin folosirea coloranilor ce se bazeaz pe diferenele ntre
permeabilitatea pereilor celulelor a substanelor organice. Colorantul nucleic verde SYTOX trece
de pereii celulari ai celulelor Gram-pozitive i Gram-negative, dar nu poate penetra pereii
celulelor vii. Excitaia poate fi efectuat de lumin la 470-490 nm; bacteriile moarte capt o
culoare verde aprins. Coloranii SYTOX oranj i SYTOX albastru pot genera alte culori.
50
Celulele vii sunt de asemenea impermeabile la colorani pe baz de cianuri dimer sau
monomer. Acei colorani au aplicaii pentru cianobacterii, bacterii i chiar virusuri. Sunt folosii de
exemplu pentru colorarea Gram a bacteriilor, datorit penetrrii uoare n majoritatea celulelor, dar
concentraia final din interiorul celulei depinde de capacitatea lor de asimilare. Acestea se fixeaz
de asemenea i de acizii nucleici.
Am folosit iodura de propidiu ( eantioane de 3,3 i respectiv 5 l/ml) pentru coloranmrea de
celule moarte din microcosmosul nostru. Iodura de propidiu este nu poate ptrunde de membran i
va fi n general exclus din celulele vii. Cnd este excitat de o lumin de lungime de und de 488
nm, devine fluorescent de culoare roie i poate fi detectat cu un filtru trece-band de 562-588
nm. Eantioanele au fost filtrate de un filtru Milipore cu pori de mrime 0,22m i vizualizate la un
microscop epifluorescent (N-400FL, lamp Hg 100 W, tip de filtru albastru, 450-480 nm).
Cu privire la numrul de celule moarte obinute dup colorarea cu iodur de propidiu (figura 4.6) , a
fost obinut un numr relativ sczut de celule moarte raportate la numrul total.
Celulele colorate cu iodura de propidiu s-au distins de celelalte categorii celulare prin
fluorescena roie, care ptrunde doar n celulele a cror membran plasmatic i-a pierdut,
permeabilitatea selectiv (Manini i Danovaro, 2006; Falcioni i colab., 2008).
Fig.4.11. Numrul total de celule moarte pentru ambele eantioane
probe M1 (densitatea celulelor /mL) M2
1 zi 0,54 x 10
2
0,59 x 10
2
7 zile 0,50 x 10
2
0,47 x 10
2
14 0,52 x 10
2
0,68 x 10
2
20 0,61 x 10
2
0,76 x 10
2
Tabel 4.2. Numrul de celule permeabilizate
Numrul total de celule moarte sunt 0.0061 % pentru M1 i respectiv 0.012 % pentru M2
din numrul total de celule.
A B
Fig. 4.12. Aspecte microscopice A- martor, B- proba poluat (coloraie ioduca de propidiu)
0
0.2
0.4
0.6
0.8
M1 M2
n
r
.
c
e
l
l
/
m
l
51
4.3. Determinarea numrului de microorganisme folosind softul CellC
Analiza automat a imaginii pentru epifluorescen
Calculul numrului de celule a fost realizat folosind dou softuri de imagine digital pentru
masurarea dimensiunilor unei celule ( CellC i Image J soft). n literatur se menioneaz c este
necesar cuantificarea a cel puin 400-600 de celule pentru fiecare filtru; acest numr de celule a
fost transformat n celule/mL folosind ecuaia clasic. (Fry, 1990; Sherr et al., 2001), folosind un
dispozitiv dreptunghiular calibrat (calibrated square eye piece), (suprafa 0.01mm
2
). Calibrarea la
scara fost realizat inndu-se cont de dimensiunile dispozitivului/obiectivului i de cantitatea de
ap filtrat, necesar pentru identificarea zonelor cheie luate n considerare fa de aria total a
filtrului (Millipore, filtru de 0.22m ). n final se va face corecia pentru fiecare diluare a
eantionului.
Abordarea automat nu numai c va elimina necesitatea unei analize foarte lungi i
obositoare ci i va permite biologitilor s msoare caracteristicile celulare ce nu reueau cu
tehnicile standard (Sellinummi, 2008).
Microfotografiile realizate cu ajutorul camerei digitale Sony DSC-P200 (Cyber-shot, 7,2
megapixeli) au fost folosite pentru analiza automat a imaginilor i pentru calculul numrului de
celule heterotrofice (Selinummi et al., 2005), CellC fiind un software de analiz a imaginilor uor
de utilizat ce permite analiza multiplelor imagini digitale microscopice.
(http://www.cs.tut.fi/sgn/csb/cellc/).
Figura 4.8 dezvluie modalitatea de calcul automat al numrului de celule cu ajutoarul
software-ului CellC folosind imaginile digitale microscopice obinute expreimental n studiul
microcosmosurilor.
Programul CellC poate realiza totodat i segmentarea i analiza imaginii de calcul al
numrului total, i apoi segmentarea celulelor din fundal i extragerea grupurilor de celule
individuale (Selinummi et al., 2005).
A. B.
Fig. 4.13. Un exemplu de imafini sin programul CellC, cu bacterii din microcosm2 unde s-a adugat
colorantul AO (A); Analiza numrului total de celule din panoul A folosind software-ul CellC (B)
Programul Image J este al doilea software folosit n msurarea automat a proprietilor
celulelor (mrime, form, analiza imaginilor microscopice pentru determinarea numrului de
celule).
Programul Image J prezint abilitatea de a susine funcii standard de procesare a imaginilor
digitale i de asemenea poate face modificri precum scalarea geometric, rotaie, etc. Imaginea
poate fi astfel mrit pn la o scar de 32:1 sau micorat pn la 1:32. Programul suport un
numr limitat de imagini, proporional cu memoria disponibil. Calibrarea dimensional a spaiului
poate oferi msuratorile n diferite uniti de msur: pixeli, milimetri, micrometri, (figura 4.9).
Pentru studiul bacteriilor heterotrofice din imagini, a fost folosit programul ImageJ pentru
msurarea celulelor i a statisticilor bazate pe pixeli definite cu ajutorul selectiilor fcute de
52
utilizator, realiznd histograme de densitate i grafice liniare, suport funcii de procesare a
imaginilor cum ar fi modificarea constrastului, detecia de margini, filtrare, etc.
Fig. 4.14. The Image J spaiul de calibrare dimensional
Combinarea celor dou programe ne ajut s stabilim numrul corect de celule din
eantioanele naturale, prin separarea cu succes a celulelor cu ajutorul programului ImageJ i apoi
efectuarea calculelor automate cu programul CellC, obinnd astfel numrul de celule.
4.4. Msurarea cantitii de azot i fosfor din microcosmosuri
Msurarea nitrogenului i fosfatului din trei microcosmosuri. A fost folosit metoda himic
Hach Lange pentru determinarea totalului de nitrogen i fosfatului. Eantioanele examinate (ap de
mare) i reageni vor trebui adui la temperatura camerei (15-25
o
C) pentru a obine valorile
corecte. Rezultatele pentru nitrogeni au fost citite de Spectophotometric DR 2800, o lungime de
und de 345 nm iar pentru fosfat au fost citite 890 nm.
Testele biochemicale au fost efectuate pentru a observa cantitile de nitrogen i fosfat
parial consumate de fiecare microcosmos.
Principiul metodei biochimice pentru determinarea fosfatului const n urmtorul proces:
ionii reacioneaz cu fosfatul i ioni molybdate intr-o soluie acid antimonil formnd un complex
antimonil fosfomolibdic ce va fi redus de acidul ascorbic n fosfomolibden albastru. De asemena,
principiul metodelor pentru determinarea totalului de nitrogen este: nitrogen anorganic i organic
este oxidat pn la nitrat prin digestia cu peroxodisulfat. Ionii de nitrat reacioneaz cu 2.6-
dimetilfenol n o soluie de acid sulfuric i acid fosforic pentru a forma nitrofenol.
4.4.1 Metoda de lucru Hach Lange pentru determinarea fosfatului
Ionii de fosfat reacioneaz cu ionii molibdat i antimonil ntr-o soluie acid formnd un
complex antimonil fosfomolibdat, care este redus cu acid ascorbic la albastru fosfomolibden.
Proba de analizat trebuie s fie la temperatura camerei.
Se ndeprteaz cu grij folia de pe capacul DosiCap Zip (cuveta este prevazut cu un cpcel
ce conine o substan ce va reaciona cu proba noastr de analizat).
Se desfileteaz capacul DosiCap Zip .
Adugm cu pipeta 0,4 ml prob.
nfiletm capacul DosiCap Zip la loc.
Agitm energic.
Se introduce la termostat HT 200 S , n programul standard HT timp de 15 min.
n cuveta racit , se adaug cu pipeta 0,5 ml reactiv B .
nfiletm un capac gri DosiCap C pe cuvet.
Agitm cuveta de cteva ori.
Dup 10 min. mai agitm de cteva ori , curm bine exteriorul cuvetei i msurm.
53
Fig. 4.15. Analiza n timp a consumului de fosfat din cele 2 microcosmosuri
4.4.2. Metoda de lucru Hach Lange pentru determinarea azotului total
Azotul legat anorganic i organic este oxidat la nitrat prin digestie cu peroxodisulfat. Ionii de
nitrat reacioneaz cu 2,6 dimetilfenol ntr-o soluie de acid sulfuric si fosforic pentru a forma un
nitrofenol.
Compozitia chimic privind reactivii. Coninutul cuvetei
Nr. CE Componente Greutate
231-639-5 Acid sulfuric 60%
231-633-2 Acid fosforic, acid ortofosforic 33%
231-791-2 Ap 7%
Tabel 4.3. LCK 338
Nr. CE Componente Greutate
231-791-2 Ap > 98%
215-185-5 Sod caustic, hidroxid de sodiu < 2%
Tabel 4.4. LCK 338 A
Nr. CE Componente Greutate
231-781-8 Peroxodisulfat dipotasiu, persulfat de
potasiu
65%
231-891-6 Metaborat de sodiu 20%
Tabel 4.5. LCK 338 B
Nr. CE Componente Greutate
231-821-4 Sulfit de sodium > 70%
247-852-1 Azida de sodiu < 0,7%
Tabel 4.6. MicroCap C
Nr. CE Componente Greutate
231-791-2 Ap > 75%
200-661-7 Propan-2-ol, izopropil alcool,izopropanol 20%
209-400-1 2,6 xylenol < 1%
204-662-3 Acetat de izopentyl < 1%
Tabel 4.7. LCK 338 D
1.1
1.15
1.2
1.25
1.3
1.35
7 zile 14 zile
m
g
/
L
fosfat total
M1
M2
54
- Proba de analizat (ap rezidual), precum i reactivii trebuiesc adui la temperatura camerei (15-
25 C) pentru obinerea unor valori corecte.
- ntr-o eprubet de reacie uscat adugm n succesiune rapid 0,2 ml prob, 2,3 ml soluie A
(LCK 338 A), 1 tablet B (LCK 138/238/338 B).
- nchidem imediat eprubeta de reacie i nu amestecm.
- l nclzim imediat n termostatul HT 200 n programul standard 15 minute.
- Lsm s se rceasc pn la temperatura camerei i adugm un MicroCap C (LCK
138/238/338 C).
- nchidem eprubeta de reacie i o agitm de cteva ori pn cnd coninutul este dizolvat
complet din MicroCap C i proba nu prezint precipitat.
- Picuram 0,5 ml din eprubeta de reacie cu eantionul preparat n recipientul de testare.
- Picurm apoi cu atenie 0,2 ml de soluie D (LCK 138/238/338 D).
- nchidem imediat recipientul i rsturnm de cteva ori pn se uniformizeaz.
- Lsm 15 minute s reacioneze , curm exteriorul cuvetei i msurm cu ajutorul
spectofotometrului DR 2800.
Not special
- Dup adugarea reactivilor soluia de hidroxid de sodiu A, tableta B, MicroCap C eprubetele
de reactivi trebuiesc nchise imediat.
- Eprubetele de reacie nu trebuie utilizate mai mult de 13 ori. Dup utilizare se cur bine cu o
perie i apa de la robinet, apoi se cltete cu ap distilat fr azot.
Fig. 4.16.Analiza n timp a consumului de azot din cele 2 microcosmosuri
4.5. Calculul densitii celulelor i creterea procentual
Pentru a calcula aceti parametri am folosit programul Image J pe un eantion de 200 de
celule; dimensiunile celulelor au fost convertite ulterior la biovolum (utiliznd formulele de mai jos
i raportnd n cele din urm media pentru cele trei microcosmosuri), astfel n final putnd s
calculm biomasa corespunztoare (Blter i colab., 1993; Paul i colab., 1999). Pentru a calcula
biomasa bacterian, pentru fiecare bacterie numrat, a fost evaluat /clasificat tipul morfologic al
acesteia (coci i respectiv bacili). Pentru fiecare celul s-a msurat diametrul i lungimea prin
raportare la grila micrometrului, utiliznd analiza de imagine digital. Volumul bacililor s-a calculat
prin aplicarea formulei pentru un cilindru cu capete emisferice (Fry, 1990; Sherr i colab., 2001;
Popovici i Ardelean, 2010):
|
.
|
\
|
=
3 4
2
d
l x d V
t
unde: - l= lungimea celulei;
- d=diametrul celulei;
0
1
2
3
4
7 zile 14 zile
m
g
/
L
azot total
M1
M2
55
Volumul cocilor s-a calculat aplicnd urmtoarea formul:
6
3
d
V
t
=
Ulterior volumul celular a fost convertit n biomas celular uscat utiliznd formula propus
de Loferer-Krssbacher i colab., (1998):
86 , 0
435 xV m
u
= unde:
- m
u
=masa uscat (exprimat n femtograme);
- V=volumul celulei (exprimat n micrometri cubi);
Biomasa uscat a fost calculat pentru fiecare celul, dup care am fcut media pentru fiecare
clas de mrimi n parte, pentru ca n final s aflm media pentru fiecare microcosmos.
Am analizat n termeni de rat de cretere, numrul total de celule din microcosmosurile
poluate cu hidrocarburi. Am ales s calculm creterea procentual de la o recoltare la alta folosind
media geometric a creterii procentuale, datorit faptului c nu este clar dac toate celulele
prezente n fiecare microcosmos sunt capabile de cretere celular i diviziune (Polyanskaya i
colab., 2008).
n tabelul 4.8. este reprezentat rata de cretere procentual zilnic calculat n cele dou
microcosmosuri utiliznd datele obinute prin coloraia cu acridin orange.
Rata de cretere procentual / zi
M1 M2
7 zile 4,28 1,47
14 zile 0,93 2,37
20 zile 5,33 -0,44
Tabelul 4.8. Rata de cretere procentual zilnic calculat n cele dou microcosmosuri
Rata de cretere procentual zilnic, a fost utilizat pentru a calcula media geometric pentru
primele 50 zile, rezultatele obinute fiind urmtoarele: M1 (2,192); M2 (1,503).
n tabelul 4.9 este prezentat rata de cretere realizat dup fiecare recoltare a probelor din
cele dou microcosmosuri cu ap de mare filtrat.
Rata de cretere ntre recoltri
M1 M2
7 zile 125,7 108,84
14 zile 106,5 116,61
20 zile 132,0 97,31
Tabelul 4.9. Rata de cretere procentual realizat ntre recoltri n cele dou microcosmosuri
Rata de cretere ntre recoltri Rata de cretere (%) / 24h
M1 M2 M1 M2
7 zile 125,7 108,84 4,28 1,47
14 zile 106,5 116,61 0,93 2,37
20 zile 132,0 97,31 5,33 -0,44
Tabel 4.10 Rata de cretere ntre recoltri i rata de cretere n 24 de ore pentru eantioanele M1 i
rspectiv M2
56
57
CAPITOL V. Utilizarea nanocristalelor semiconductoare pentru
vizualizarea microbiotei (490, 520 nm i 600 nm)
5.1. Proprietile nanocristalelor semiconductoare
Nanocristalele semiconductoare aparin unei clase intermediare, ce face trecerea ntre
sistemele microscopice (atomi, nuclee, electroni) i cele macroscopice (materiale masive), denumit
mezoscopic pentru prima dat n 1981 de von Kampen. De aceea nu trebuie s mire faptul c
ntlnim proprieti comune cu cele 2 mari categorii amintite mai sus. Astfel, nanocristalele
pstreaz structura cristalin a materialului din care provin, dar n acelai timp o dat cu micorarea
dimensiunilor i confinarea cuantic a purttorilor de sarcin, proprietile optice i electrice se
modific n sensul asemnrii cu atomii i moleculele.
Putem observa o deplasare a spectrului spre albastru (Blue Shift), o dat cu o mrire a
dimensiunii benzii interzise i apariia nivelelor energetice discrete. n ceea ce privete proprietile
electrice, adugarea sau ndeprtarea unui singur electron (prin tunelare) din componena quantum
dot-ului, ncepe s aib efecte notabile, n plus intervenind i o cuantizare a sarcinii (ca i n cazul
lumii n care se putea accepta sau ceda energie sub form de cuante (fotoni) i n acest caz unitatea
de referin devine sarcina unui electron ).
Nu se poate face o tratare individual a fiecrei proprieti fr a face referire la alta,
existnd o interdependen ntre acestea. De exemplu dimensiunea nanostructurii e direct legat de
lrgimea benzii interzise; aceasta la rndul ei definete absorbia i emisia. i astfel un fenomen se
va explica cu ajutorul altuia, n final rezultnd o imagine de ansamblu asupra caracteristicilor
quantum dot-urilor. Proprietile principale ale nanocristalelor constau n:
Dimensiunea QD. Raportul Suprafa/Volum mare
Dac dorim dimensiunea n sens strict vom considera doar miezul (core) i stratul protector
(shell). Acetia au diametre e aproximativ 3-10 nm (minim emisie albastr, maxim - rou). ntr-o
abordare mai puin strict se consider i cei 1-2 nm ai stratului organic (coat).
Mai exist i o ultim dimensiune, cea hidrodinamic, care consider i solventul aderat n
timpul sintezei, ajungndu-se la dimensiuni comparabile cu cele ale unei proteine.
n figura de mai jos (fig.5.1) se compar dimensiunile nanocristalelor cu agenii de etichetare
(markere) folosii n mod obinuit i alte structuri biologice ca bacterii sau celula animal.
Fig. 5.1.Dimensiunea nanocristalelor
58
Lund n calcul al treilea criteriu, nanocristalele au dimensiuni de la cele mai mici (albastru),
la cele mai mari (rou), ntre 10-20 nm. Ca referin sunt prezentate 2 proteine: proteina cu
fluorescen verde (GFP - Fig. 5.1) i ficoeritrina (pigment rou) cu dimensiune mai mare.
n ceea ce privete raportul suprafa/volum n nanocristalele cu dimensiuni mici ( ),
mai mult de jumtate din atomii constitueni pot fi coninui de parte exterioar a structurii. De aici
importana mrit a suprafeei de contact i a proprietilor acesteia, n direct legtur cu
producerea trapelor energetice i fenomenelor e fotoluminescen.
Nivele discrete de energie. Densitatea de stri de energie
Nivele discrete de energie sunt o consecin direct a fenomenului de confinare cuantic a
electronilor. Este ntlnit i la gropile sau firele cuantice, dar aici cuantizarea are loc pe toate cele 3
direcii dup formula:
- pentru cub:
unde
masa efectiv;
constanta Planck redus;
- pentru sfer:
n care se nlocuiete
pentru care
, dac se consider
referin sau
. Suntem
deci ntr-o gam orientativ . ntre aceste limite trebuie s se situeze energia radiaiei
stimulatoare pentru a obine emisie. Conform figurii urmtoare ne situm n zona spectrului vizibil
i ultraviolet apropiat:
Fig.5.3 Spectru electromagnetic n funcie de energie
Spectrele de excitaie sunt generate scannd spectrul de absorbie n timp ce se
monitorizeaz emisia pentru un singur maxim (lungime de und). Se gsete astfel lungimea de
und optim pentru iluminare. Dac analizm spectrul de absorbie (Fig.5.3) se observ prezena
unui maxim n apropierea maximului de emisie i apoi spre ultraviolet o cretere aproape
exponenial. n mod uzual pentru aplicaiile comune se va folosi o surs cu radiaie ultraviolet,
dar nu foarte deprtat de spectrul vizibil pentru a nu suprasatura probele (electronii pot absorbi o
cantitate puin mai mare de energie dect cantitatea necesar tranziiei, surplusul transformndu-se
n energie termic sau vibraie (fonon) transmis reelei cristaline).
Principalul avantaj al quantum dot-urilor n faa de structurilor obinuite (e.g. pigmeni
organici) reprezint faptul c nanocristale cu dimensiuni diferite pot fi stimulate n acelai timp, cu
aceeai surs de excitaie ultraviolet. De aici deriv: costul minim pentru sursele de radiaie mult
simplificate, efectuarea msurtorilor simultane pe mai multe specii diferite (analize multiplex), n
60
biologie: posibilitatea utilizrii soluiilor compuse care conin mai multe tipuri de NC-le cu roluri i
afiniti pentru diverse esuturi i substane, observarea organelor fiind fcut n paralel, aceeai
soluie poate emite lumin din tot spectrul vizibil.
5.2.2. Absorbia
Legea general care descrie fenomenul de absorbie a fost gsit experimental i
fundamentat teoretic de ctre Bouguer (1729). Se gsea o legtur astfel ntre cantitatea de lumin
absorbit de proprietile materialului pe care-l strbtea.
Dac se ia o prob spre analiz, se va observa c fiecare molecul adugat contribuie la
mrirea cantitii de lumin absorbit; din acest motiv eantioanele concentrate sunt colorare mai
intens dect cele diluate. Pe de alt parte dac se pstreaz constant concentraia i se variaz doar
volumul, absorbia va crete cu acesta. Combinnd conceptele de absorbie cuantizat pentru
lungimi de und discrete (specifice qd-urilor) cu efectele legate de concentraie i volum se poate
scrie o relaie pentru anticiparea cantitii de lumin absorbit la o lungime de und dat:
O alt form poate mai uor de neles a legii Beer-Lambert este:
Unde:
- - absorban;
- - absorbtivitatea mediului sau coeficient de extincie. Este proporional cu numrul de
molecule absorbante din unitatea de volum i invers proporional cu lungimea de und a
radiaiei ce strbate substana. (notat deseori i cu ). Coeficientul de extincie este o msur
direct a capacitii unei molecule de a absorbi lumin.
- l - dimensiunea (lungimea, grosimea) stratului de soluie strbtut de lumin ;
- c - concentraia componentei care absoarbe radiaia (a soluiei) c;
-
.
Informaii ce se pot deduce cu ajutorul unui spectru de absorbie:
- msurnd deviaia spectrului de absorbie se poate calcula raza quantum dot-ului cu modelul
benzii hiperbolice i putem afla informaii despre confinarea cuantic.
- alungire considerabil a spectrului n partea inferioar (tail) ne d informaii asupra unei
inomogenitii pronunate a soluiei sau defecte la nivelul reelei cristaline ala
nanostructurilor, din cauze diverse ca dopare sau iradiere
Fig.5.5. Spectru de absorbie al unei soluii de nanocristale cu defecte
- existena unor maxime ascuite n spectrul de absorbie reprezint o absorbie excitonic ce
corespunde unei tranziii de tip
sau