Sonda ADN este o secventa de ADN marcata fluorescent
sau radioactiv ce este folosita pentru identificarea unei gene.
Poate fi vizualizata cu ajutorul microscopului cu
florescenta , ce absoarbe lumina cu o anumita lungime de unda si emite lumina cu o lungime de unda mai mare decat cea absorbita.Daca un astfel de component este iluminat cu o lumina pe care o absoarbe , apoi vizualizat utilizand un filtru ce permite doar trecerea luminii emise, acesta lumina va starlucii pe un camp intunecat , astfel ca si o cantitate infima este detectata.
Tehnica PCR
Astfel PCR cantitativ utilizeaz ageni chimici fluorescenti ce pot fi
mpriti n dou tipuri: sonde fluorescente i colorani fluorescenti. Reactia PCR se desfasoara in 3 etape: 1. Denaturarea: in urma incalzirii amestecului de reactie la 94C, ADN-ul tinta este separat (denaturat) in 2 catene; 2. Hibridizarea primerilor: ca urmare a scaderii temperaturii la 55-70C, primerii se vor atasa complementar la capetele 3 ale celor 2 catene; 3. Elongatia: la temperatura de 72C, ADN polimeraza termostabila in prezenta Mn2+ si a excesului de deoxinucleotid-trifosfati (deoxiadenozina, deoxiguanozina, deoxicitidina si deoxiuridina) va extinde primerii atasati in lungul matritei tinta si va produce un amplicon ADN. Analizorul va repeta automat acest proces pentru un numar stabilit de cicluri (de obicei 30-35), la fiecare ciclu dublandu-se cantitatea de amplicon ADN.
Metodele PCR traditionale (conventionale) au la baza o detectie a
produsilor PCR in faza de platou a procesului (detectie end-point). In ultimii ani, tehnologia PCR a fost revolutionata prin dezvoltarea metodelor de detectie in faza exponentiala (detectie in timp real: real-time PCR). Tehnologia real-time PCR prezinta numeroase avantaje fata de cea conventionala: - acuratete mai mare a rezultatelor obtinute (efectuarea detectiei se realizeaza in faza de crestere exponentiala a amplificarii, comparativ cu tehnica PCR conventional, unde detectia are loc in faza de platou, dupa ce reactia a fost stopata iar produsii au inceput sa se degradeze) - domeniu de linearitate mult extins (sunt necesare mai putine dilutii ale probelor); - limita inferioara de detectie mult imbunatatita (se pot detecta cantitati mai mici ale ADN-ului tinta, avantaj esential, spre exemplu, in evaluarea raspunsului virusologic sustinut la pacientii cu hepatita cronica cu virus C.
Cele 2 metode PCR se aplica la efectuarea urmatoarelor teste:
- Real-time PCR: determinarea cantitativa a viremiei la pacientii infectati cu virusurile hepatice B sau C; analiza mutatiei factorului V Leiden si a mutatei protrombinei; - PCR conventional: detectia calitativa a tipurilor oncogene ale virusului papilomatozei umane (HPV).
Determinarea cantitativa a viremiei are la baza 2 procese majore:
- pregatirea probei pentru a izola ADN-VHB; - amplificarea PCR a ADN-ului tinta cu detectia simultana a sondei oligonucleotidice dublu marcate clivate specifice tintei.
Hibrizitatea fluorescenta
Hibridizarea fluorescenta in situ (FISH) este o tehnic de
citogenetic molecular utilizat n scopul identificrii anomaliilor cromozomiale, numerice i structurale. Principiul acestei metode const n ataarea la secvena-int a unei sonde de ADN monocatenar marcat fluorescent, pe baza complementaritii, de o secven-int a unui cromozom. Hibridizarea sondei cu ADN-ul celular este vizualizat la microscopul cu fluorescen echipat cu filtre de excitaie i emisie, ceea ce permite citirea semnalelor specifice zonei-int. Se numr i se analizeaz semnalele prezente n o sut de celule (de ex., trei semnale fluorescente specifice pentru cromozomul 21 indic sindromul Down).
Mai multe sindroame dismorfice (sindromul Williams, Prader
Willi, Angelman, Di George) produse de microdeleii sau microduplicaii, suspectate clinic, imposibil de observat prin tehnicile citogenetice convenionale, pot fi evideniate prin FISH metafazic. ntruct aceast metod presupune ca prim etap de lucru obinerea unor culturi celulare (limfocite din snge periferic sau amniocite recoltate prin amniocentez n sptmnile 15-17 de sarcin), rezultatul investigaiei este obinut n dou sptmni.