Exemple de subiecte prezentate la cursul de vineri

1. Beneficiile testarii moleculare in Hemato-oncologie

-Stabilirea sau confirmarea diagnosticului
- Evaluarea prognosticului și stratificarea pacienților în funcție de risc
- Monitorizarea eficacității terapiei
- Monitorizarea bolii minime reziduale
- Administrarea unei terapii țintite în funcție de anomaliile moleculare detectate
2. Beneficiile testarii moleculare in boliile hematologice congenitale- dati un exemplu
3. Ce reprezinta RT- PCR? Numiti un exemplu de aplicatie
Variantă PCR care porneşte de la ARN. Utilizează la început o revers transcriptază care
copiază ARN într-un ADN complementar (ADNc). Urmează o reacţie PCR clasică folosind
drept matriţă ADNc.
Rezultă în urma rearanjărilor cromozomiale (translocații)
-Anomalii recurente, mutual exclusive în majoritatea cazurilor
-Generează oncoproteine responsabile de transformarea celulară
- Markeri moleculari pentru diagnostic, clasificare, evaluarea riscului, terapia țintită și
monitorizarea bolii minime reziduale (MRD) în leucemiile acute
- Prin RT-PCR sunt detectați transcripții de fuziune
4. Principalele diferente secventierea clasica Sanger si cea de noua generatie (NGS )
Comparativ cu secvențierea Sanger, NGS: este posibilă multiplexarea – sunt secvențiate
simultan mai multe gene (NGS țintită), întregul exom (WES) sau întregul genom (WGS); pot
fi detectate mutații somatice cu frecvență alelică redusă (1-5%)
Dezavantaj: sunt generate milioane de secvențe ADN (citiri, reads) scurte (45-150 pb)
comparativ cu secvențierea Sanger (400- 1000 pb) ce vor trebui asamblate
5. Ce este reactia MLPA? Dati un exemplu de aplicatie

MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)

- variație a reacției PCR în care pot fi amplificate mai multe ținte cu o singură pereche de
primeri
- utilizată pentru detecția delețiilor/duplicațiilor mari
- nu sunt amplificate secvenţe ţintă ale probei analizate ci sondele oligonucleotidice care
hibridizează specific la acestea
- fiecare sondă conține 2 oligonucleotide care hibridizează la situsuri adiacente ale
secvenţei ţintă și vor fi recunoscute de primerii sens și antisens
- în etapa de ligare cele 2 oligonucleotide vor fi unite într-o sondă completă permiţând
amplificarea ulterioară
- toate sondele ligate prezintă secvenţe terminale identice astfel încât pot fi amplificate
simultan cu o singură pereche de primeri
- ampliconii rezultați vor fi separați prin electroforeză capilară, primerul sens fiind
marcat cu un fluorocrom
- fiecare amplicon va genera un «peak» de fluorescenţă; compararea cu pattern-ul de
fluorescență al secvențelor de referință va permite determinarea cantității relative a
fiecărui amplicon care se corelează cu procentul în care se găseşte secvenţa ţintă în
proba de AND

Exemplu: Detectarea unei deleții mari în gena F8 prin MLPA Pacient: dispariția peak-
urilor corespunzătoare exonilor 1-22 (deleție), se mențin doar peak-urile pentru exonii
Exemple de subiecte prezentate la cursul de vineri

23-26 Mama pacientului: reține peak-urile corespunzătoare exonilor 1-22 dar sunt
reduse la ½ (carrier pentru deleția exonilor 1-22)
Alt exemplu: LEUCEMIA ACUTĂ LIMFOBLASTICĂ

6. Care este diferenta dintre citogenetica si genetica moleculara?

7. Modelul genetic al carcinogenezei
8. Avantajele testarii Fisch fata de citogenetica clasica
- Identificarea anomaliilor citogenetice criptice: microdeleţii, translocaţii, inversii, inserţii
etc.
- Caracterizarea anomaliilor cromozomiale structurale complexe.
- Caracterizarea punctelor de rupere.
- Detecţia aneuploidiilor.
- Elucidarea originii cromozomilor markeri.
- Detecţia de anomalii cromozomiale în celule în interfază (FISH interfazic).
- Detecţia amplificărilor genice (oncologie).
- Neoplasme hematologice / tumori solide.
- Elucidarea regiunilor genomice participante în aceste rearanjări este importantă din
perspectiva diagnosticului şi a terapiei.
- Anomalii complexe, heterogene - necesită FISH si/sau alte tehnici moleculare.

AVANTAJE - rezolutie pana la 100-200 kb;

- posibilitatea de investigare a celulelor ce nu se afla in diviziune (FISH interfazic).
LIMITARI – investigarea unor regiuni tintite nu a intregului genom pentru sondele specifice
de locus, uzual folosite in laboratorul clinic.
-Tehnologiile FISH sunt instrumente versatile, indispensabile pentru elucidarea anomaliilor
cromozomiale complexe şi/sau submicroscopice si pentru validarea/completarea
rezultatelor array-CGH.
-Studiile FISH permit un diagnostic mai rapid si de mai mare acurateţe.
9.Precizati tipul de anomalie cromozomiala- poze cu exemple cu translocatii

Alte subiecte posibile:

1.Exemplificati cateva defecte genetice ce constituie tinte moleculare pentru terapii
specifice si descrieti pe scurt metodele utilizate pentru detectia la diagnostic si
monitorizare moleculara
2.Definiti translocatiile reciproce si enumerate cateva dintre translocatiile reciproce
recurente in Leucemii acute.
3. Descrieti pe scurt principiul reactiei PCR si principalele tipuri de reactii PCR.