Semestrul II, 2011-2012

Enzime si bocataliza enzimatica

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Nomenclatura enzimelor Cofactori (coenzime, grupari prostetice).

Enzime-definitie

Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti) Enzimele sunt in general proteine cu rol biocatalitic >100 aminoacizi, >10kDa Au structura primara, secundara, tertiara, cuaternara
Tehnici: cercetare cristalografica cu raze X, spectrometrie de masa, fluorescenta, imunotehnici, etc

ARN nuclear cu masa moleculara mica (ARNsn) =rol catalitic

La eucariote, in urma procesului de transcriere, rezulta un ARNm primar care contine exoni (secvente informationale ce se vor exprima in proteine) si introni (nu vor fi tradusi in proteine). Acest ARNm primar sufera un proces de excizare a intronilor si legare a exonilor numit splicing. Acest proces este catalizat de catre complexe formate din proteine si molecule mici de ARN nuclear (ARNsn) (din engl.small nuclear RNAs (snRNAs)) numite spliceosomes sau structuri ribonucleoproteice cu masa moleculara mica, snSNP (din engl. small nuclear ribonucleoprotein particles). Fiecare complex contine ARN nuclear cu masa mica (ARNsn) format din 100 to 200 nucleotide. In nucleii eucarioti exista 5 tipuri de ARNsn notate cu U1, U2, U4, U5, si U6 implicate in reactiile de excizie a intronilor si legare a exonilor. ARNsn si proteinele din snSNP sunt inalt conservate la eucariote, de la drojdii la oameni.

Excizarea intronilor si legarea exonilor in ARNm la eucariote

Aceasta masinarie enzimatica recunoaste situsurile de excizie a intronilor. Intronii in general incep cu GU si se termina cu AG. Aceste secvente sunt semnale pentru procesul de splicing.

ARNm primar

Gruparea 3OH a guanozinei actioneaza ca o molecula nucleofila atacand fosfatul 5 la nivelul situsului de excizare

ARNm intermediar

Gruparea 3OH a exonului dinspre extremitatea 5 actioneaza ca o molecula nucleofila finalizand excizia intronului

ARNm fara introni

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Nomenclatura enzimelor Cofactori (coenzime, grupari prostetice).

Caracteristici generale ale enzimelor

Diferente dintre enzime si catalizatori chimici:
Enzimele sunt in general proteine Enzimele au specificitate pentru un substrat Specificitatea poate fi ingusta pentru un singur fel

de substrat (ex. D-Glucoza) sau poate fi larga pentru o multitudine de substrate (ex. Hexoze)

Diferente dintre enzime si catalizatori chimici:

Au o ToC si pH optim de functionare Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii

chimice Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza reactiei chimice Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta de echilibru a reactiei catalizate.

Cat timp decurge o reactie catalizata enzimatic?

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Nomenclatura enzimelor Cofactori (coenzime, grupari prostetice).

Clasificarea enzimelor
2 criterii majore:

Solubilitate Structura

Dupa solubilitatea (localizarea) enzimelor

Enzime hidrosolubile (ex. Enzimele cu localizare citosolica, lumenala sau matriceala) Enzime partial hidrosolubile sau insolubile in apa (ex. cu localizare membranara, periferica sau transmembranara)

Ca 2+ ATP-aza

Dupa criteriul structural

2 categorii de enzime:

Enzime numai de natura proteica: Ex: ribonucleaze, hidrolaze Enzime alcatuite dintr-o parte proteica si una neproteica

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Nomenclatura enzimelor Cofactori (coenzime, grupari prostetice).

Structura unei enzime

Parte neproteicaParte proteic

(apoenzim, apoferment sau feron) Cofactor (coenzim, coferment, sau agon)

(Holo)enzima (holoferment sau simplex).

Structura unei enzime

Componenta proteic a enzimei
- determin caracterul de izoenzim, - determin specificitatea de substrat - dirijeaz specificitatea de aciune.

Componenta neproteic
- micromolecular i termostabil - joac rolul de coenzim sau grupare prostetica i este implicat n mecanismul catalitic.

Structura spaial a enzimelor

Structura spaial a enzimelor

Structura primar

Alpa helix

Foi beta pliate

Structura secundar

Structura tertiar

Structura cuaternar

Centrul activ al enzimelor

Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din molecula enzimei care recunosc, leaga specific si transforma molecula de substrat

Centrul activ al enzimelor

Cuprinde un numar mic de aminoacizi: catalitici sau de specificitate Confera specificitate enzimelor pentru substrat Are un caracter hidrofob

Interactiunea centru activ

2 modele:

substrat

Mecanismul cheie-broasca - Emil Fischer, 1890 Mecanismul potrivirii induse - Daniel E. Koshland,Jr., 1958

Interactiunea centru activ

Mecanismul cheie-broasca

substrat

Substrat

Situs activ

Complex enzima-substrat Enzima

Interactiunea centru activ

Mecanismul potrivirii induse

substrat

Substrat +

Complex enzima-substrat Enzima

Centrul reglator al enzimelor

Este diferit de centrul activ (catalitic) al enzimelor
Leaga moleculele de efectori (nu sunt substrate ale enzimelor) Efectorii legati de enzima modifica proprietatile catalitice ale acesteia

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Nomenclatura enzimelor Cofactori (coenzime, grupari prostetice).

Specificitatea enzimelor
Capacitatea enzimelor de a cataliza anumite reactii chimice, in care este implicat un anumit tip de compus, uneori numai un singur compus
Specificitatea enzimelor: - de actiune - de substrat - absoluta 1. Specificitate de actiune Este determinata de partea proteica a enzimei Ex: piridoxalfosfat- coenzima a transaminazelor, decarboxilazelor, liazelor, sintetazelor hemul- grupare prostetica a hemoglobinelor, a peroxidazelor, catalazelor, citocromilor si a oxigenazelor

Specificitatea enzimelor
2. Specificitate de substrat -specificitate de legatura: enzimele
recunosc un anumit tip de legatura chimica Ex: Esterazele recunosc legaturile de tip esteric -stereospecificitate Ex: L-aminoacid-oxidazele : catalizeaza numai dezaminarea oxidativa a L-aminoacizilor !!!

Subtilizina- proteaza nespecifica ADN polimeraza I

Specificitatea enzimelor
3. Specificitate absoluta: enzimele recunosc un anumit tip de legatura chimica si un anumit component chimic
Exemplu: Ureaza degradeaza numai ureea Exemplu: Hexokinaza - D-glucoza - 2-18F-dezoxi-D-glucoza utilizare in tehnici de imagistica

Tomografia prin emisie de positroni

engl Positron emission tomography (PET)

aplicatii in diagnosticarea si tratamentul cancerului si a bolilor inflamatorii

Aorta

Izoformele enzimelor
Izoenzime sau izozime
Sunt enzime localizate n aceeai celul sau n celule diferite, care ndeplinesc funcii catalitice identice, dar difer prin unele proprieti cum ar fi afinitate pentru substrat, termostabilitate, sarcin electric etc.

Izoformele LDH
LDH-1 (4H) - in inima LDH-2 (3H1M) - in sistemul reticuloendotelial LDH-3 (2H2M) - in plamani LDH-4 (1H3M) - in rinichi LDH-5 (4M) - in ficat si muschiul striat
)

Rol in diagnosticul medical indicand distrugeri celulare

Enzime cu dubla localizare

n aceeai celul, dar n compartimente diferite, pot exista enzime cu aceeai specificitate de substrat, dar cu proprieti fizice i chimice diferite

Enzime biloculare mitocondriale i citosolice:

-aspartat-aminotransferaza (GOT) -malat-dehidrogenaza, -izocitrat-dehidrogenaza, --glicerofosfat-dehidrogenaza.

Izoaloenzime
Izoaloenzime= enzime cu origine celulara unica, care catalizeaza aceeasi reactie cu substratul, in mod diferit
-aspartat-aminotransferaza (GOT) -glutamat-dehidrogenaza (NAD-dependenta, NADP-dependenta) -izocitrat-dehidrogenaze (NAD-dependenta, NADP-dependenta) --glicerofosfat-dehidrogenaza (NAD-dependenta, FAD-dependenta)

Complexe enzimatice

Enzimele pot fi organizate in complexe enzimatice atunci cand produsul unei reactii este rapid preluat si transformat de o alta enzima

Diferite grade de organizare: Exemple: acid-gras sintetaza cu localizare citosolic. Acest sistem enzimatic, descoperit de Lynen n drojdie, apare ca fiind format din 6 enzime diferite, grupate n jurul unei proteine centrale purttoare de radical acil. ntregul sistem enzimatic are masa molecular de 2300 kDa

Complexe multienzimatice: enzime asociate cu ribozomii, enzimele lantului respirator