Prelevarea trebuie facuta cat mai aproape de debutul bolii si inaintea instituirii oricarui tratament antimicrobian. Prelevarea din scaun emis spontan este de preferat si se indica in toate formele de diaree acuta cand emisia de materii fecale este frecventa. Pentru examinari bacteriene si parazitare, prelevarea se face cu lingurita coprorecoltorului, vizand portiunile lichide si, mai ales, cele mucoase si/sau sangvinolente, daca exista. Volumul recoltei trebuie sa fie de minim 5 ml sau 3-5 cm3 daca scaunul este format3 . Pentru izolari sau examene virusologice se preleva 5-10 cm3 materii fecale sau minim 5 ml daca scaunul nu este format3 . Prelevarea rectala este recomandata in: shigelozele cronice, unde raclarea mucoasei rectale cu sonda ori tamponul ofera sanse mai mari izolarii; investigarea purtatorilor de Shigella si Salmonella, cu exceptia celor de S. Typhi. Pentru acest tip de prelevare se folosesc sonde Nelaton (nr.14-16) ori tampoane adecvate, astfel: cu tamponul, umectat in solutie salina izotona (a nu se folosi geluri lubrefiante), se penetreaza sfincterul anal prin rotire lenta, introducandu-se intrarectal aproximativ 15 cm. Se va proceda identic si cu sonda Nelaton, la care se adapteaza o seringa (10 ml) cu care se fac 1-2 aspiratii. Dupa prelevare, sondele si tampoanele se introduc in recipiente sterile ce contin mediu de conservare, se eticheteaza corespunzator si se trimit la laborator 3 . Transportul probelor si prelucrarea lor se face in max. 2 h daca au fost recoltate in recipiente fara mediu de transport, sau pot fi pastrate pana la 24 h la temperatura camerei, daca s-au recoltat in recipiente ce contin mediu de transport Cary-Blair, ce asigura o buna viabilitate a patogenilor intestinali bacterieni. Exceptie de la aceste reguli fac probele recoltate in suspiciunea de infectie cu Shigella spp, bacterie foarte sensibila, ce necesita insamantare pe mediile de cultura imediat dupa prelevare3;4 . Pentru etiologia virala, probele care nu se prelucreaza imediat trebuie pastrate la 70C 3 .