Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Polimeri ai aminoacizilor
AMINOACIZI PROTEINOGENI
STRUCTURĂ, CLASIFICARE, PROPRIETĂȚI
-COOH
chiral
Aminoacizi proteinogeni uzuali
Tabel. Aminoacizi esențiali și neesențiali pentru specia umană
CHO COO
HO C H H3N C H
CH2OH CH3
L-gliceraldehidã L-alaninã
oglindã
oglindã
•Toți aminoacizii proteinogeni sunt optic activi, mai puțin unul. Care este acesta?
R S
S
Forma amfionică
Forma cationică Forma anionică
(zwitterion, ion bipolar)
- H+ -
COOH COO
+ H+
acid baza conjugatã
+ H+ +
NH2 NH3
- H+
bazã acidul conjugat
• Aminoacizii au rol de sistem tampon
HA →
← A- + H +
[A-] [H+]
Ka =
[HA]
Ka2
Ka1
[OH-] (echivalenți)
pH izoelectric
• pI = pHi = pH la care încărcarea electrică a
aminoacidului este zero;
sarcina (+) este egală cu sarcina (-)
la pI, aminoacizii nu migrează în câmp electric
R R R
pKR
pK1
[OH-] (echivalenți)
aa monoamino dicarboxilici
• acidul glutamic în funcţie de pH-ul soluţiei
- - -
COOH COO COO COO
+
- H+ + - H+ - H+
HC NH3 HC NH3 HC NH3 + HC NH2
CH2 CH2 CH2 CH2
CH2 CH2 CH2 CH2
- -
COOH COOH COO COO
pKR
[OH-] (echivalenți)
aa diaminomonocarboxilici
• Lizina
- - -
COOH COO COO COO
+ - H+ + - H+ - H+
HC NH3 HC NH3 HC NH2 HC NH2
(CH2 )3 (CH2 )3 (CH2 )3 (CH2 )3
+
H2 C NH3 + H2 C NH3 H2 C NH3 + H2 C NH2
• pI se calculează astfel:
pK 2 pK R 8,95 10,53
pI 9,74
2 2
Curba de titrare a histidinei (His, H)
[OH-] (echivalenți)
•Histidina prezintă caracter bazic determinat de nucleul
heterociclic al imidazolului:
+
N + H+ HN
- H+
N N
H H
•Bazicitatea acestei grupări este mai redusă (pK=6,00) şi pI este
situat la valori apropiate de pH-ul fiziologic.
δ-guanidino
+
NH NH2
+ H+
R NH C NH2 R NH C NH2
- H+
ion guanidinium
Ala
Lys Glu
La pH fiziologic
CH2
SH
8,33
OH
10,07
Cys, pI = 5,02
Tyr, pI = 5,65
Separarea prin electroforeză a aminoacizilor
Catod Anod
arginină aspartat
alanină
pI = 10,76
pH tampon de migrare = 5,2 pI = 6,02 pI = 2,98
Separare cromatografică
Cromatografie pe hârtie
Exercițiu
aa1 aa2
dipeptid
Structura primară:
-Numărul, felul și ordinea în care se succed aminoacizii
-Legătura care determină structura primară: legătura peptidică
-Structura primară a unei proteine este determinată genetic
În structura primară:
-Partea constantă (scheletul polipeptidic, negru)
-Partea variabilă (R aminoacid, verde)
STRUCTURA PROTEINELOR
https://swissmodel.expasy.org/course
STRUCTURA PRIMARĂ
Structura primară:
-Numărul, felul și ordinea în care se succed aminoacizii
-Legătura care determină structura primară: legătura peptidică
-Structura primară a unei proteine este determinată genetic
În structura primară:
-Partea constantă (scheletul polipeptidic, negru)
-Partea variabilă (R aminoacid, verde)
Oxigenul carbonilic este parțial încărcat negativ,
iar azotul amidic, parțial pozitiv. Aproape toate
legăturile peptidice au configurație transoidă.
Capăt C terminal
(carboxi-terminus)
Capăt N terminal
(amino-terminus)
Catena A
Catena B Catena B
Insulina
Insulina (hormon)
(hormon)
conține
conține 22 lanțuri,
lanțuri,
AA (21
(21 aa)
aa) și
și B
B (30
(30 aa).
aa).
v
Metode de determinare a structurii primare
-Secvențiere chimică
-Spectrometrie de masă
-Metode bioinformatice
Reactiv Specificitate
Reactivi chimici
Reactiv Sanger înlătură aminoacidul N-terminal
Reactiv Edman înlătură aminoacidul N-terminal
CNBr (bromcian) Met-X
Hidroxilamină Asn-Gly
Acid slab Asp-Pro
Exopeptidaze*
Carboxipeptidaza A înlătură aminoacidul C-terminal (nu şi Arg sau Lys)
Carboxipeptidaza B înlătură aminoacidul C-terminal (doar Arg şi Lys)
Endopeptidaze
Tripsină* Arg-X, Lys-X
Chimotripsină* aminoacid hidrofob (Phe, Tyr, Trp)-X
Elastasă* Gly-X, Ala-X
Endopeptidază Lys-C Lys-X
Endopeptidază Arg-C Arg-X
Endopeptidază Asn-N X-Asn
Glu-X, mai ales când X este hidrofob
Peptida X Peptida Y
Peptida Z
Metil tiocianat
Peptida C-terminală
Capilar
Probă
proteică
Voltaj ridicat
Interfață
vidată
ESI-MS (electrospray ionization-mass spectrometry) în tandem
(determinarea structurii primare)
Spectrometru 1
Sursa de Celulă de Spectrometru 2
ionizare coliziune
electrospray
Celulă de
coliziune
Spectrometru 1 Spectrometru 2
Fragmentare
la nivelul
legăturii
peptidice
1 MSDLVNKKFP AGDYKFQYIA ISQSDADSES CKMPQTVEWS KLISENKKVI ITGAPAAFSP
Format FASTA
>seq_27248 176 aa
MSDLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCT
VSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSI
GFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL*
Comparând structura primară se poate determina gradul de
omologie a două sau mai multe proteine
Mioglobină
Hemoglobină lanț α
Hemoglobină lanț β
Hidrofob Diagrama de hidrofobicitate Kyte
& Doolittle pentru chimotripsină.
Hidrofil
Ordinea aa
STRUCTURA SECUNDARĂ
α-Helix
Reprezentare convențională
pentru α-helix
Reprezentare convențională
pentru structuro de tip β
Ala Gly
Antiparalel
Vedere de sus
Vedere laterală
Paralel
Vedere de sus
Vedere laterală
β-turn
Structură β
• Legături ionice
între R cu sarcină negativă (din Asp, Glu) și R cu sarcină pozitivă (din Lys şi
Arg):
NH NH
- +
CH CH2 COO H3N (CH2) 4 CH
CO CO
Aspartil Lizil
Punţi de hidrogen
• între R cu grupări:
- alcoolice (din Ser, Thr)
- fenolice (din Tyr)
- amidice (din Gln şi Asn):
NH H NH
CH CH2 OH O CH2 CH
CO CO
Seril Seril
Tipuri de legături necovalente dintre radicalii R ai aa
• Legături ionice
între R cu sarcină negativă (Asp, Glu) și R cu sarcină pozitivă (Lys şi Arg)
NH NH
- +
CH CH2 COO H3N (CH2) 4 CH
CO CO
Aspartil Lizil
Punţi de hidrogen
• între R cu grupări:
- alcoolice (din Ser, Thr)
- fenolice (din Tyr)
- amidice (din Gln şi Asn):
NH H NH
CH CH2 OH O CH2 CH
CO CO
Seril Seril
Etape în împãturirea proteinei
Localizarea radicalilor în structura tridimensională a
proteinelor în funcţie de polaritatea lor
+
Aminoacid
a).Structura
primarã
Legãturã
peptidicã
b).Structurã
secundarã
-foaie pliatã
-helix
Legãturi de hidrogen
c).Structura Lasou
tertiarã
d).Structura
cuaternarã
• Clasificarea proteinelor
Clasificare după compoziţia chimică
•Proteinele simple formate numai din aa (lizozimul,
ribonucleaza, tripsina).
• Proteine globulare
- uşor solubile în apă
- intracelulare: hemoglobina, mioglobina, imunoglobulinele
• Proteine fibrilare
- insolubile în apă
- extracelulare, cu roluri de susţinere: collagen, cheratină, miozină,
elastină.
• Proteine transmembranare
Clasificarea proteinelor după rol
• Catalitic (enzime): -aze
• Transport:
Albumine
Globuline
PROTEINE GLOBULARE Histone
Protamine
PROTEINE
Lipoproteine
Glicoproteine
HETEROPROTEINE Fosfoproteine
(HOLOPROTEINE) Nucloproteine
Metaloproteine
Cromoproteine
PROTEINE GLOBULARE (SFEROPROTEINE)
D/d ˂ 3
Solubile în apă
Caracteristici:
-Masă moleculară (kD)
-pHi
Factori care influențează solubilitatea
proteinelor globulare
-pH
-Tărie ionică
-Temperatură
Influența pH asupra solubilității
pHi
Concentrație sare
Temperatură
Denaturarea proteinelor
(Distrugerea structurii 3D)
1.Reversibilă (pH)
2.Ireversibilă (temperatură)
Denaturarea reversibilă
Denaturare
Renaturare
Denaturarea proteinelor
PROTEINE FIBROASE/FIBRILARE
(SCLEROPROTEINE)
D/d ˃ 10
Insolubile în apă
Rol structural
PROTEINE FIBROASE
α-Keratine
-Păr
-Unghii
-Copite
-Coarne
-Lână
α-Keratine
α-Helix
C-terminus
α-Keratinele sunt proteine
cu un conținut mare de Cys
α-Keratinele sunt proteine
cu un conținut mare de Cys
-Fibroină
- Mătase naturală
- Pânza de păianjen
β-Keratine – structuri de tip β-foaie pliată
Fibroină secretată de păianjen (imagine electrono-microscopică)
Fibroină secretată de păianjen
Colagen
Colagenul.
• este cea mai abundentă proteină fibroasă la mamifere
(~25-30% din masa proteinelor organismului uman)
– glicina (33%)
– prolina (10%)
– hidroxiprolina şi hidroxilizina doi aminoacizi atipici
– colagenul matur nu conţine cisteină
N CH CO Prolil-hidroxilaza N CH CO
H 2C CH2 + cetoglutarat (Fe2+) H 2C CH2 + succinat
C C
H H Vitamina C H OH
rest de prolinã O2 CO2 rest de 4-hidroxiprolinã
NH CH CO Lizil-hidroxilaza NH CH CO
(CH 2 )2 + cetoglutarat (Fe2+) (CH 2 )2 + succinat
CH 2 Vitamina C HC OH
CH 2 O2 CO2 CH 2
NH 2 NH 2
rest de lizinã rest de 5-hidroxilizinã
Structura secundară a colagenului
Modificãri
post-translationale În RER si aparatul Golgi
din fibroblaste
Formare triplu-helix
(procolagen)
Asamblarea moleculelor de
tropocolagen în microfibrile
-cetoglutarat O2
Hidroxilarea prolinei si lizinei
succinat CO2
OH
RER
OH OH
Glicozilarea hidroxilizinei
OH
Intracelular
OH OH
OH Asocierea celor 3 lanturi pro-
S S
OH OH S
S
S
S S
S
OH OH
Glicozilare suplimentarã
OH
S S Complex
S OH OH S
S
Golgi
S S
S OH OH
OH
S S
S OH OH S
S
S S
S OH OH
Clivarea extensiilor peptidice
din capetele C- si N-terminale
cu formarea tropocolagenului
TTTropocolagen Extracelular
Asocierea moleculelor de tropocolagen
Fibrila de colagen
Cross-linkare intra-
si intermolecularã
Fibra de colagen
NH O2 NH3+H2O NH O=HC NH
Cu2+
HC (CH2) 3 CH2 NH2 HC (CH2)3 CH=O + CH2 (CH2) 2 CH
lizin-oxidaza
CO rest de lizinã CO rest de alizinã CO
rest de alizinã
condensare cu un rest de lizinã condensare crotonicã
-HOH -HOH
NH NH NH CH=O NH
HC (CH2) 3 CH N (CH2) 4 CH HC (CH2) 3 CH C (CH2) 2 CH
CO CO CO produs de condensare CO
bazã Schiff între douã resturi de
alizinã
NH NH
HC (CH2) 3 CH2 NH (CH2) 4 CH
CO lizinonorleucinã CO
(cross-linkare)
Proteine trans-membranare