Biologie Computationala

Tauluca Madalina Cls. a XII-a D Prof. Nicolae Stefan

Despre
Informaia genetic:
Definiie Forme de prezentare

Genomul Codul genetic

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Informaia genetic: definiie

= informaia codificat n materialul genetic cu care este nzestrat orice organism viu (unicelular sau pluricelular)

genotipul = totalitatea informaiei genetice dintr-un organism

genomul = ntreaga material genetic dintr-un organism

Nuclear Celular

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Structura genetic

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Genomul: forme de prezentare

Eucariote

Nuclear (prezent n nucleu) Extranuclear:

Mitocondrial animale Cloroplastic plante

Procariote:

Cromozomal (prezent n cromozomul circular) Plasmidic (prezent n plasmid)

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Genomul: forme de prezentare

Virusuri

ADN (dezoxiribovirusuri):

Herpes Varicel Gripal Mozaicului tutunului HIV

ARN (ribovirusuri):

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Codul genetic
Set de reguli prin care informaia din nmaterialul genetic (ADN, ARNm) este transformat n proteine (secvene de aminoacizi) n celulele vii. Codonul = secvena de trei nucleotide ale macromoleculei de acid dezoxiribonucleic care codific un aminoacid specific Baze purinice:

A = adenina & G = guanina

C = citozina & T = timina (U = uracil n ARN)
BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Baze pirimidinice:

Nucleotide
adenina guanina

citozina

timina

uracil

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

AND (1 milion de nucleotide)

"reeta" necesar sintezei de proteine ADN

zone numite gene - zone fr funcie zone cu funcie necunoscut Structur de dublu helix Baze azotate care se combin ntr-un mod bine stabilit:

Adenina doar cu timina (A + T sau T + A) Citozina doar cu guanina (G + C sau C + G) Ordinea conteaz: A + T nu e identic cu T +A

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

ADN
Organizat n structuri lungi numite cromozomi Replicarea ADN-ului duplicarea cromozomilor nainte de divizare

10

Nucleul celular ( mitocondrii / cloroplast): eucariote (animale, plante, fungi) Citoplasmatic: procariote (bacterii)

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

ARN (200 4000 nucleotide)

Lan polipeptidic unicatenar

11

baz azotat (A,U,G,U,C), riboz, i un fosfat

Sintetizat prin proces de transcripie Clasificare:

ARN genetic controleaz ereditatea la unii virui ARN non-genetic implicat n sinteza substanelor proteice (ARN celular)

ARNm mesager ARNt de transfer (sau solubil) ARNr - ribozomal

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Universalitatea codului genetic

3 baze azotate (codon) codific un aminoacid Citirea se face de la 5' la 3' (prima baz este cea de la 5'): 5' -AUG- 3' codific metionina 5' -UCU- 3' codific serina 5' -CCA- 3' codific prolina Codonul ternimal (nu codific aminoacizi): UAA UAG UGA: codonul de stop sinteza de protein se ncheie AUG - codon de start +/- GUC UUG Cea mai frecvent excepie: UGA codific triptofanul mitocondrial
BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

12

Universalitatea codului genetic

Variaii ale codului genetic nuclear

13

Sursa: http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/Lectures/Topics/Genetic_code.html [26 Octombrie 2010]

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Universalitatea codului genetic

Variaii ale codului genetic mitocondrial

14

Sursa: http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/Lectures/Topics/Genetic_code.html [26 Octombrie 2010]

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Caracterele codului genetic

Specificitate:

15

un codon specific ntotdeauna va deterina sinteza aceluiai aminoacid

Universabilitate:

Acelai codon este utilizat la toate organismele vii, procarote i eucariote Fiecare codon codific un singur aminoacid dar un aminoacid poate fi codificat de mai muli codoni (ex. arginina are 6 codoni diferii)
BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Degenerarea:

Caracterele codului genetic

16

Sursa: http://faculty.ksu.edu.sa/73922/Nucleotides%20and%20nucleic%20acids/genetic%20code%20and%20translation.ppt#329,3, Slide 3 [accesat 26 Ocrombrie 2010]

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Caracterele codului genetic

17

Sursa: http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code [26 Octombrie 2010]

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Organizarea genomului
Genomul la eucariote este complex

18

Cantitatea i organizarea ADN-ului variaz semnificativ ntre specii Cantitatea de ADN n celulele haploide ale unui organism nu este n legtur complexitatea evoluionar sau numrul de gene

Paradoxul valorii C:

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Organizarea genomului
Specii Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Drosophila melanogaster Homo sapiens Muntiacus muntjak vaginalis Lcusta ADN (bp) Gene 4.639.221 4289 14.213.386 6241 180.000.000 18000 3.000.000.000 35000 2.521.500.000 10.000.000.000

19

Salamandra Lungfish
Amoeba dubia
Genom de 20x mai mic dect omul i de 2x mai puine gene Genom de 50x mai mare dect omul

19.000.000.000 140.000.000.000
670.000.000.000

Genom de 5x mai mare dect omul

Sursa: http://en.wikipedia.org [26 Octombrie 2010] BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3

Organizarea genomului: cromozomul

Heterocromatina: ADN non-genetic -Centromerul -Telomerele
Braul scurt (p) Centromerul Braul lung (q)

- Cea mai mare parte a cromozomului - Conine majoritatea genelor

Cromatida

BIOLOGIE COMPUTAIONAL BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE CURS 3