Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Macromolecule ADN ARN Proteine 2015 PDF
Macromolecule ADN ARN Proteine 2015 PDF
Chesov
MACROMOLECULE
ADN, ARN, Proteine
1
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
1. ACIZII NUCLEICI
2
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
vs
3
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
4
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
(C) Structura secundară a ADN – dublu helix format din două catene
polinucleotidice:
o catenele sunt complementare, fiecare bază azotată Pu dintr-o catenă se unește specific cu o baza
Py din cealaltă catena, A cu T și G cu C;
o catenele sunt unite prin punți de H, AT și G C;
o catenele sunt antiparalele, una din catene este orientată opus vs cealaltă (fig.2.3)
o catenele sunt dublu spiralate deoarece fiecare nucleotid este aranjat față de precedentul nucleotid
din catenă sub un unghi de ± 36°; În felul acesta catenele se rulează spre dreapta , formând
o dublă spirală helicoidală cu 10 nucleotide pe o spiră;
5
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
A B Z
6
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
7
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
8
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
9
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
1 kb = 1000 bp
10
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Informația genetică în ADN este înscrisă sub forma unei secvențe prin succesiunea a
patru tipuri de baze azotate:
A, G, C, T
Bazele azotate se combină câte trei, formând codoni - "cuvintele" codului genetic,
fiecare triplet codifică un anumit aminoacid, de exemplu:
AAA → Lys
CAG → Gln
TGC → Cys
GGA → Gly
etc.
ADN transcript
ie
ARNm translatie
polipeptid → proteină funcțională
ARNt
ARNr
microARN
ADN-ul transmite informația genetică din generație în generație (de la celulă la alte
celule sau de la o generație de organisme la alte generații de la părinți la copii).
La baza moștenirii și transmiterei I.G. stă proprietatea unică a moleculei de ADN de
replicare:
1 moleculă de ADN replicare
2 molecule de ADN
11
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
12
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
13
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
14
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Figura 2.12 Schema ponderii diferitor tipuri de secvențe nucleotidice din Genomul Uman (caracteristica lor o veți
găsi în tema "Gene'' ). Secvențe codante de proteine (exoni) sunt doar 40 Mb, ce constituie 1,5% din tot ADNul.
15
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
16
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
17
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
tip de aminoacid. Structura secundară a ARNt are o configurație specifică, numită “frunză de
trifoi”, formată din trei bucle funcționale.
microARN este reprezentat de secvențe de câteva zeci de nucleotide și intră în
componența enzimelor ce catalizează metabolismul acizilor nucleici.
ARN heterogen nuclear este întâlnit doar la eucariote și reprezintă transcripții primari
sau produșii intermediari ai processing-ului.
Majoritatea tipurilor de ARN sunt produșii transcripției anumitor segmente de ADN – gene, iar
produșii transcripției sunt supuși processing-ului (maturizare). În timpul processing-uluiARNul
capătă structura și forma funcționala.
- tipul de celulă;
- perioada ciclului celular;
- perioada ontogenetică a organismului;
- sexul organismului;
- factorii de mediu.
19
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
În figura 3.7 sunt prezentate etapele generale ale expresiei unei gene nucleare codificatoare de proteină. (1) Gena
este transcrisă într-un ARN precursor - preARNm, ce reprezintă copia complementară a unei catene de ADN și,
astfel copia identică a celeilalte catene, numită catenă codogenă. Deoarece genele structurale nucleare conțin
secvențe codificatoare – exoni, și necodificatoare –introni, preARNm are aceiași structură – alternarea exonilor (e)
și intronilor (i). Numărul, structura și mărimea exonilor diferă de la genă la genă, depinde de proteina programată.
(2) preARNm este supus processing-ului, care asigură stabilizarea capetelor ARNului și înlăturarea specifică a
intronilor – splicing-ul. La capărul 5' al ARN este adăugat CAPul (un GTP 7Me, printr-o legatură nespecifică
5'ppp5'. La capătul 3' al ARN este adăugată o secvență de circa 200 de nucleotide cu Adenină, numită ”coadă”
PolyA. (3) ARNm este transferat din nucleu în citoplasmă pe ribosomi, unde cu ajutorul moleculelor de ARNt (4)
este translat într-o secvență polipeptidică de aminoacizi. (5) Polipeptidul sintetizat este preluat de chaperone,
maturizat și transferat la locul de destinație.
Splicing-ul reprezintă o etapă importantă a processing-ului ARNm și a expresiei diferențiate a unei gene cu
specificitate de țesut, perioadă ontogenetică. Înlăturarea intronilor și unirea exonilor este realizată de ribozime (U1-
U6) și reglată de factori proteici specifici celulei în care se expresează gena. Splicingul alternativ asigură
combinarea specifică a exonilor pentru obținerea diferitor variante de ARNm și izoforme de proteine (familii de
proteine cu structură si funcție specifică celulei). Astfel 1 genă ⇒mai multe variante ARNm ⇒ mai multe variante
de proteine (fig.3.8).
20
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
21
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
În celulă se pot întâlni cel puțin 20 de tipuri de ARNt pentru fiecare aminoacid, și cel mult 61 de tipuri
pentru fiecare codon din ARNm.
Fig.3.10 Moleculele de ARNt transportă câte un aminoacid specific spre ribozomi. Totodată ARNt cu ajutorul
tripletului – anticodon descifrează complementar codonii din ARNm. Deoarece codul genetic este degenerat (pentru
cei 20 de aminoacizi sunt 61 de codoni) unii aminoacizi sunt codificați de doi, trei, patru, șase codoni. Astfel în celulă
ar trebui să existe mai mulți ARNt pentru același aminoacid. Spre exemplu pentru Leu (leucină) sunt 6 codoni și 6
ARNt; pentru Gly (glicină) sunt 4 codoni și 4 ARNt.
Tabel 3.2 Corelația dintre codoni și anticodoni, dintre numărul de aminoacizi și numărul moleculelor de
ARNt (a) transportatoare de aminoacizi și (b) translatoare a codonilor din ARNm.
Aminoacizi Codoni ARNm Anticodoni ARNt Aminoacizi Codoni ARNm Anticodoni ARNt
Met AUG UAC Trp UGG ACC
Phe UUU AAG Asp GAU CUA
UUC AAA GAC CUG
Glu GAA CUU Gln CAA GUU
GAG CUC CAG GUC
His CAU GUA Tyr UAU AUA
CAC GUG UAC AUG
Cys UGU ACA Asn AAU UUA
UGC ACG AAC UUG
Lys AAA UUU Ile AUU UAA
AAG UUC AUC UAG
AUA UAU
Val GUU CAA Ala GCU CGA
GUC CAG GCC CGG
GUA CAU GCA CGU
GUG CAC GCG CGC
Gly GGU CCA Pro CCU GGA
GGC CCG CCC GGG
GGA CCU CCA GGU
GGG CCC CCG GGC
Thr ACU UGA Leu UUA AAU
ACC UGG UUG AAC
ACA UGU CUU GAA
ACG UGC CUC GAG
CUA GAU
CUG GAC
Ser UCU AGA Arg GCU CGA
UCC AGG CGC GCG
UCA AGU CGA GCU
UCG AGC CGG GCC
AGU UCA AGA UCU
AGC UCG AGG UCC
22
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Figura 3.12 Organizarea moleculară a ribozomilor procariotici și eucariotici, inclusiv și cel mitocondrian.
23
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
24
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
4. PROTEINELE
Proteinele sunt substanțe organice macromoleculare formate din lanțuri de aminoacizi
care prezintă diferite aranjamente spațiale mai simple sau mai complexe. Fiecare proteină are
secvența ei unică de aminoacizi, determinată de secvența nucleotidică a genei.
R CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legată de Carbonulalfa este denumită -carboxil, similar gruparea NH2;
legată la Calfa poartă denumirea de grupare -amino. Aminoacizii sunt uniți între ei prin legături
peptidice (CO – NH).
Structura tridimensionala pe care o proteină o adopta, servește, de regulă, scopului
destinat proteinei respective. Dacă structura unei proteine este complexă atunci și funcția
acesteia este complexă.
Alanina
(Ala / A) Valina
(Val / V) Leucina Izoleucina
(Leu / L) (Ile / I)
Prolina
(Pro / P)
Metionina
(Met / M) Fenilalanina
Triptofan
(Trp / W) (Phe / F)
25
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Aminoacizi hidrofili
Aminoacizi polari fără sarcină
Glicina
Serina Cisteina
(Gly / G)
(Ser / S) (Cis / C) Asparagina
(Asn / N)
Treonina
(Thr / T)
Glutamina
(Gln / Q)
Tirozina
(Tyr / Y)
Aminoacizi acizi
Aspartat
(Asp / D) Glutamat
(Glu / E)
Aminoacizi bazici
Histidina
(His / H)
Lizina
(Lyz / K) Arginina
(Arg / R)
26
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Structura primară
Structura primară reprezintă secvența de aminoacizi din lanțul polipeptidic și este
realizată de legătura peptidică ce se formează între gruparea -COOH a unui aminoacid și
gruparea -NH2 a următorului aminoacid (fig.4.2). Direcția corectă de citire a unui lanț
polipeptidic este de la gruparea NH2 către gruparea COOH.
În cazul proteinelor globulare care prezintă predominant structuri α-spirale, aceste elice
devin încolăcite în structuri supramoleculare (superelice) care sunt definite ca structuri terțiare
ale proteinelor globulare.
Cele mai multe proteine prezintă o organizare structurală parțial helicoidală, regiuni cu
structura de α-helix pot alterna cu regiuni ce prezintă alt tip de structură secundară. Procentul de
α-helix în structura proteinelor oscilează între 0 - 10% în actina și α-globulină, între 10 - 20% în
ribonuclează, între 20 - 30% la pepsină și histone, între 30 - 45% la ovalbumină și fibrinogen,
între 60 - 80% la mioglobină și hemoglobină și respectiv între 80 - 100% în tropomiozină.
A. -spirală B. -pliată
Figura 4.3 Structura secundară a proteinelor
28
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Structura terțiară
Structura terțiară reprezintă forma tridimensională, un stadiu avansat de organizare
spațială a proteinelor și rezultă prin superspiralizarea a două sau mai multe catene polipeptidice
ce conțin fragmente α-helicoidale și β-pliate într-o arhitectura spațială complexă sub formă de
ghem. Structura terțiară înglobează structurile primară și secundară.
Structura terțiară este generată de legături slabe (de hidrogen, ionice, Van derWaals)
și/sau legături puternice (legături disulfidice) ce se stabilesc între radicalii aceluiași lanț
polipeptidic. Acest nivel de organizare determină formarea unor structuri compacte.
Unitatea fundamentală a structurii terțiare este domeniul. Domeniul proteic reprezintă
un fragment din lanțul polipeptidic împachetat într-o entitate funcțională cu organizare secundară
și terțiară proprie. Proteinele mari au mai multe domenii (fiecare având o anumită funcție) legate
prin regiuni cu structură neordonată. Sunt proteine formate dintr-un singur domeniu sau din
cîteva zeci. Diferite domenii ale unei proteine sunt asociate cu diferite funcții.
Domeniile sunt unități independente din punct de vedere structural și au caracteristicile
unei proteine globulare mici. Proteinele de mici dimensiuni pot avea unul, două sau trei domenii.
În schimb, titina, care este o proteină enormă din mușchi, de 3000 kilodaltoni, prezintă 260 de
domenii.
Dependent de secvența de aminoacizi din structura primară un lanț polipeptidic poate
adopta pe anumite porțiuni structura -helix, pe alte porțiuni -pliată sau zone cu arhitectură
neregulata față de cele anterioare. Aceasta face ca porțiuni situate la distanță într-un lanț
polipeptidic să ajungă în imediata vecinătate. In consecință diferiți radicalii pot stabili legături
între ei, în funcție de structura lor. Structura terțiară prezintă un grad mare de labilitate în raport
cu diferiți factori fizici, chimici, desfacerea legăturilor implicate în organizarea structurii terțiare
determină denaturarea proteinelor, proces însoțit de regulă de pierderea proprietăților biologice.
Printre proteinele cu structură terțiară se numără mioglobina și un grup de receptori
transmembranari care au rolul de a intermedia transmiterea unui semnal provenit de la o
moleculă de semnalizare cum este de exemplu un hormon.
Structura cuaternară
Structura cuaternară indică modalitatea de asamblare a lanțurilor polipetidice pentru a
forma structura funcțională a proteinei date. Acest tip de structură nu se întâlnește la toate
proteinele. Este caracteristic, în principal, proteinelor globulare a căror masă moleculară este mai
mare de 50.000 Da. Structura cuaternară integrează structurile primară, secundară și terțiară și
caracterizează mai ales proteinele complexe formate din mai multe lanțuri polipeptidice și grupe
prostetice (de origine neproteică). Majoritatea proteinelor sunt alcătuite din mai multe lanțuri
polipeptidice identice sau diferite, asociate într-o moleculă multimerică. Lanțurile individuale se
numesc protomeri sau subunități. Asocierea este dictată de predominanța aminoacizilor
hidrofobi, care vor forma suprafețe de contact dintre subunități. De obicei se asociază un număr
par de subunități, identice sau diferite, astfel încât structura finală să posede cel puțin un centru
de simetrie (fig.4.6).
29
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Un exemplu tipic pentru organizarea structurii cuaternare este globina din Hemoglobină
(Hb) care are o moleculă tetrameră formată din patru lanțuri polipeptidice, fiecare cu structura sa
primară, secundară și terțiară bine definită. Alte proteine cu structura cuaternară sunt: ADN-
polimeraza, canalele ionice, nucleozomi și nanotubuli, care sunt complexe multiproteice.
Structura cuaternară este generată de legături de hidrogen, ionice, Van der Waals și
uneori de legături disulfidice ce se stabilesc între radicalii diferitor lanțuri polipeptidice (fig.4.7).
a - legătura peptidică;
b - legătura ionica;
c - punți de hidrogen;
d - interacțiuni hidrofobe;
e - punți disulfidice
30
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
31
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
32
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Degradarea proteinelor
Proteinele din mediul intracelular pot fi direcționate spre degradare prin calea ubiquitin-
proteasom (fig.4.10).
a. Ubiquitina, o proteină globulară de
dimensiuni mici, se leagă covalent de proteina
care urmează a fi degradată (proteina țintă).
b. Ubiquitinarea ulterioară a proteinei țintă
duce la poliubuquitinare.
c. Proteinele țintă poliubiquitinate sunt
ulterior recunoscute de un complex proteolitic
multiproteic, de dimensiuni mari, cunoscut ca și
proteasom.
d. Proteasomul degradează proteinele în
peptide mici, care ulterior sunt degradate în
precursori de aminoacizi sau prezentați pe
suprafața celulară în calitate de peptide mici
pentru recunoașterea imună.
Alternativ unele proteine sunt degradate într-o manieră dependentă de secvențele PEST. Proteinele care au secvențe
PEST la capătul N (P – prolină, E-glutamt, S-serină, T treonină) sunt direcționate spre degradare rapidă de către
proteaze nespecifice imediat după sinteză.
33
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Proteinele conjugate conțin pe lângă proteinele simple și alte molecule denumite grupe
prostetice. În funcție de natura grupării prostetice se cunosc următoarele tipuri de proteine
conjugate:
- Nucleoproteide formate din proteine legate de acizi nucleici ADN, ARN (exemplu
cromatina este un DNP - dezoxiribonucleoproteid, ribozomii sunt RNP -
ribonucleoproteide).
- Glicoproteide – proteine legate de monozaharide sau oligozaharide (proteine
membranare, colagen, γ- globuline).
- Fosfoproteide în care grupa prostetică este acidul fosforic (exemplu: enzime alosterice
reglate prin fosforilare, cazeina din lapte)
- Lipoproteide - formate din lipide neutre, fosfolipide sau colesterol (se găsesc în plasma
sangvină și au rol de transport al lipidelor în organism: VLDL, HDL, LDL, etc)
- Hemoproteide în care grupa prostetică este un complex al fierului bivalent cu un colorant
porfirinic (hemul); se găsește în hemoglobină și citocromi și are rolul de a transporta
oxigenul de la plămâni la țesuturi.
- Metaloproteide în care grupa prostetică este un metal (Fe, Ca, Zn) care este cofactor
pentru multe enzime (alcool dehidrogenaza, citocrom oxidaza, etc.)
34
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Mioglobina este o heteroproteină monomerică (cu structură terțiară) alcătuita din hem si
un lanț polipeptidic numit globină. Ea este prezentă în mușchiul cardiac și scheletic și are rol în
stocarea și transportul oxigenului la acest nivel. Bolile asociate cu mioglobina includ anuria și
anumite tumori maligne.
Colagenul este component al țesuturilor conjunctive fiind prezent în oase, dinți, cartilaje,
tendoane, ligamente, tegument și vasele sangvine. În cantitate mică, se găsește practic în orice
țesut. Este format din 3 lanțuri care se împletesc pentru a forma un triplu helix. Colagenul
conține aproape 1000 de aminoacizi dintre care o treime sunt glicina. Secvența de aminoacizi
este regulată, aproape fiecare al treilea aminoacid este reprezentat de glicină.
La sinteza defectă a colagenului tip I, bolnavii suferă de Osteogeneza imperfectă, aceștia
au multiple probleme clinice: fragilitate osoasă (cu o predispoziție la fracturi multiple din
copilărie), pierdere de auz, și sclera distinctiv albastră.
Un alt grup de anomalii determinate de sinteza sau structura defectă a colagenului tip V
se întâlnesc în cazul sindromului Ehlers-Danlos. Unul dintre subtipurile acestuia, Ehlers-Danlos
tip VI, rezultă prin defectul enzimei lisil-hidroxilaza. În rezultat defectul sintezei de colagen se
manifestă prin piele hiperextensibilă, laxitate a articulațiilor, și defecte în vasele sangvine.
Cheratina este o proteină structurală a celulelor epiteliale din straturile exterioare ale
pielii, păr, unghii, este foarte stabilă, bogată în resturi de cisteină, care permit formarea
legăturilor disulfidice între lanțurile polipeptidice adiacente. Compoziția de aminoacizi din
cheratină diferă de cea a colagenului. Lanțurile peptidice ale cheratinei sunt aranjate în cantități
aproximativ egale de foi plisate antiparalele și paralele. Bolile asociate cu cheratina 14 tip I:
epidermoliza buloasă simplex și dermatopatia pigmentoasă reticulară. Epidemoliza buloasă se
manifestă prin apariția de vezicule la traumatisme fizice ca urmare a citolizei celulelor
epidermice bazale. Simptomele dermatopatiei pigmentoasă reticulară includ lipsa de glande
sudoripare, păr subțire, unghii casante, piele pestriță, și lipsa amprentelor digitale.
Insulina este un hormon polipeptidic care este produs de celulele ale pancreasului.
Forma matură are 51 de aminoacizi. Insulina reglează metabolismul glucozei prin controlul
concentrației de glucoză din sânge. Diabetul zaharat tip2 și hiperproinsulinemia sunt unele din
bolile asociate cu mutația în gena insulinei.
Fibrinogenul este o proteină din plasma sîngelui. Fibrinogenul este convertit în fibrină,
proteină insolubilă în timpul procesului de coagulare. Procesul de coagulare este inițiat de
enzima trombina, prin scindarea a câteva legături peptidice ale fibrinogenului; Coagularea are
loc numai în prezența ionilor de calciu. Din cauza fibrinogenului defect se pot asocia următoarele
boli: amiloidoza viscerală familială, disfibrinogenemia și afibrinogenemia.
35
BIOLOGIE MOLECULARĂ 2015-Macromolecule: ADN, ARN, Proteine - S. Capcelea, E. Chesov
Bibliografie
www.nobelprize.org/educational/medicine/dna/
https://www.dnalc.org
www.bioinformatics.org
www.science-explained.com
www.nature.com
https://www.genome.gov
www.ncbi.nlm.nih.gov
www.ghr.nlm.nih.gov
36