Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
BIOCHIMIe-2014-curs 2
BIOCHIMIe-2014-curs 2
Macromoleculele biologice sunt forme polimere formate prin unirea mai multor molecule organice mici
(monomeri) prin condensare cu eliminare de apa.
In unele cazuri (de ex. carbohidratii) un singur rest este repetat de mai multe ori, in alte cazuri (proteine sau acizi
nucleici) o varietate de resturi este legata intr-o anumita ordine. Fiecare rest dintr-un polimer este adaugat prin
aceasi reactie catalizata de o enzima.
Toate resturile dintr-o macromolecula sunt aliniate in aceasi directie iar capetele macromoleculei sunt
chimic distincte.
Polipeptidele se formeaza prin legarea
gruparii COO- din pozitia α a unui
aminoacid de gruparea aminica din pozitia
α a altui aminoacid.
Un fragment de ADN
Un segment de polipeptida
Tipuri de macromolecule
A. Proteine
Aminoacid Dipeptida
Proteina
-functioneaza ca enzime sau ca elemente structurale ale celulelor si organismelor
B. Polizaharide
–rol de stocare a energiei sau elemente structurale;
timina
Adenozintrifosfat (ATP)-
adenina +riboza +fosfat
Fragment de ADN
Dinucleotida
Lipide si membrane
-lipidele sunt molecule bogate in carbon si hidrogen, dar cu un continut mic de oxigen;
-multe lipide nu sunt solubile in apa, dar solubile in solventi organici.
-cele mai simple lipide sunt acizii grasi, ce intra in componenta glicerofosfolipidelor,
care se gasesc in membranele biologice.
-tot lipide sunt si steroizii (colesterolul , de ex.) si cerurile.
-lipidele au un cap polar , hidrofil si o coada nepolara, hidrofoba. In mediu apos
moleculele lipidice se asociaza formand un strat bilipidic, componentul de baza al
tuturor membranelor biologice.
Cap polar
(hidrofil) Strat
bilipidic
Proteine
Coada
nepolara
(hidrofoba)
Macromoleculele au proprietati care sunt foarte diferite de monomerii constituenti.
De exemplu, amidonul nu este solubil in apa si nu are gust dulce, desi este un polimer al glucozei.
Aceste observatii conduc la principiul general al organizarii ierarhice a vietii. Fiecare nou nivel
de organizare are ca rezultat proprietati care nu pot fi prezise numai de cele de la nivelul anterior.
Nivelele de complexitate sunt in ordine crescatoare atomii, moleculele, macromoleculele,
organitele, celulele, tesuturile, organele si apoi organismul.
Ex. Masa moleculara relativa a unei proteine tipice este 38000. Masa moleculara absoluta
are aceiasi valoare ca si masa moleculara relativa cu exceptia faptului ca este exprimata in
unitati numite daltoni (unitati de masa u - 1 dalton (Da)).
1Da=1,660538921(73)×10−27 kg
Tot masa moleculara este numita foarte des si masa molara care reprezinta masa (masurata
in grame) a unui mol (Molul este cantitatea de substanta din sistem ce contine atâtea entitati
elementare cati atomi sunt in 0.012kg de 12C respectiv 6.02214179(30)×1023 ).
De ex. Masa moleculara a unei proteine tipice este de 38000 daltoni ceea ce inseamna ca 1
mol de proteina cantareste 38kg.
Comparatia biomoleculelor din punct de vedere al lungimii
In prima etapa precursorii sunt convertiti in metaboliti, compusi organici simpli cu rol de intermediari in
transformarea energiei celulare si in biosinteza unui set variat de unitati constituente: amino acizi, zaharuri,
nucleotide, acizi grasi si glicerina.
Prin legarea covalenta a acestor unitati se construiesc macromoleculele: proteine, polizaharide, polinucleotide
(ADN si ARN), lipide. Lipidele contin relativ putine unitati constituente si nu au un caracter polimer ca alte
macromolecule, dar participa cu un rol important la nivelul urmator de complexitate structurala.
Urmatorul nivel il reprezinta organitele, entitati de dimensiuni considerabile comparabile cu celula insasi.
Organitele se gasesc numai in celulele eucariote, specifice organismelor evoluate. Organitele includ nucleul,
mitocondriile, cloroplastele, reticulul endoplasmatic, aparatul Golgi şi vacuole precum şi alte relativ mici
incluziuni celulare, cum ar fi peroxizomi, lizozomi, şi cromoplaste.
Ultimul nivel de organizare, celula este caracterizata ca fiind unitatea esentiala a vietii, cea mai mica entitate
capabila sa prezinte toate atributele unic asociate starii vii: dezvoltare, metabolism, raspuns la stimuli, si
multiplicare.
Ansamblurile supramoleculare
-sunt contrastante fata de componentele lor prin faptul ca integritatea lor structurala este
mentinuta prin legaturi necovalente de tipul legaturilor de hidrogen, atractii ionice, forte
van der Waals sau interactii hidrofobe intre molecule. Aceste forte mentin ansamblurile
supramoleculare intr-o stare functionala inalt organizata.
Deşi forţele necovalente sunt slabe (mai puţin de 40 kJ / mol), acestea sunt numeroase în
aceste ansambluri şi, astfel, pot menţine arhitectura esenţială a complexului supramolecular în
condiţii de temperatură, pH, si tarie ionică care sunt vitale pentru viaţa celulelor.
Jun Zhang, Pengcheng Chen, Bingkai Yuan, Wei Ji, Zhihai Cheng, Xiaohui Qiu ”Real-
Space Identification of Intermolecular Bonding with Atomic Force Microscopy “,
Science Express, September 26, 2013
Sunt rezultatul interactiei intre functiuni cu incarcare electrica
diferita. Interactiile pot avea loc intre ioni sau dipoli. Taria
depinde de polaritatea speciilor care interactioneaza. Unele
Interactii ionice 20 0.25 interactiuni ionice sunt si legaturi de hidrogen. -NH3- ... –OOC-.
Desi nu au directionalitatea legaturilor de hidrogen si precizia
fortelor van der Waals, datorita rigiditatii sterice a gruparilor
implicate pot avea un grad inalt de specificitate structurala.
Interactii hidrofobe
Complementaritatea structurala determina interactiunile biomoleculare. Interactiunea unei molecule cu alta va fi mult mai
precisa dacă cele două au structuri complementare, precum piesele unui puzzle sau cheia cu lacatul.
Toate sistemele biologice de la nivel macromolecular la nivel celular opereaza printr-un mecanism specific de recunoastere
bazat pe complementaritate: proteinele recunosc metabolitul specific, elicea ADN recunoaste elicea complementara, etc.
Macromoleculele biologice sunt funcţional active doar într-un interval îngust de condiţii de mediu, cum ar fi temperatura,
taria ionica şi aciditatea relativă. Extremele acestor condiţii perturba forţele slabe esenţiale pentru menţinerea structurii
complexe de macromolecule.
Pierderea de ordine structurală în aceste macromolecule complexe, aşa-numita denaturare, este însoţită de pierderea
funcţiei.
Ca urmare, celulele nu pot tolera reacţiile în care cantităţi mari de energie sunt eliberate. Nici nu pot genera o explozie de
energie pentru a conduce procese care necesită multa energie.
În schimb, astfel de transformari au loc prin intermediul unei serii secventiale de reacţii chimice a căror efect global atinge
schimbari dramatice de energie, chiar dacă orice reacţie dintr-o serie implica cantitati de energie modeste consumate sau
eliberate. Aceste secvenţe de reacţii sunt organizate pentru a asigura eliberarea de energie utilă in celula din metabolizarea
alimentelor sau de a lua astfel de energie şi a o utiliza pentru sinteza de biomolecule esenţiale. Împreună, aceste secvenţe de
reacţie constituie metabolismul celular-căi de reacţie ordonate prin care procesele chimice celulare şi transformările
biologice de energie sunt realizate.
Denaturarea proteinelor
Schimburile de materie şi de energie dintre organism şi mediu, care definesc însăşi
viaţa, implică desfăşurarea unui număr mare de reacţii chimice, care alcătuiesc
metabolismul, cu două laturi principale:
Organismele vii sunt deci sisteme deschise, aflate într-un permanent schimb de
energie şi materie cu mediul înconjurător, constituind sediul unui triplu flux, de
materie, de energie şi de informaţie.
Apa
-unul din factorii importanti in existenta vietii pe Terra;
-reprezinta intre 70 si 90% din compozitia organismelor vii;
-procesele metabolice pot avea loc numai cand in celule exista cel putin 65% apa.
-apa si produsele sale de ionizare reprezinta factori determinanti pentru structura
proteinelor, acizilor nucleici si membranelor.
-apa este un participant indirect –diferenta concentratiei de ioni de hidrogen de o parte si
de alta a membranei reprezinta conditia energetica esentiala in mecanismele biologice
de transformare si transmitere a energiei.
Structura moleculara
-este formata din 1 atom de O si 2 atomi de H legati covalent, intr-o structura de
tip tetraedric, avand doua perechi de electroni liberi.
Sunt neobisnuite!
Hidrogen:orbital s
Apa dizolva substante polare sau substante care pot ioniza (electroliti).
Acest lucru se datoreaza constantei dielectrice mari si tendintei de a forma legaturi de
hidrogen.
Substantele nepolare sunt insolubile in apa. Apa are tendinta de a forma structuri
organizate in jurul acestor centre hidrofobe pentru a le separa.
Ionul hidroniu format este capabil de a dona un proton altui ion. De aceea reactia
poate fi aproximata cu cea de mai jos, desi aici nu se pune in evidenta ca la
ionizarea apei participa 2 molecule:
H2O H+ + -OH
[ H ][ OH ]
KA KA = 1.8x10-16 mol/l
[ H 2O]
Concentratia molara [A] reprezinta numarul de moli ai speciei n, raportata la
V,volumul in care se afla.
n
M
V
Densitatea apei la 250C si presiune atmosferica este is 1 g/mL.
H2O H+ + -OH
pH apa log( 10 7 )
pH apa 7 Analog se poate defini si pOH
pOHapa = 7
Fluid pH
Lesie de uz casnic 13.6
Inalbitor 12.6
Solutie amoniacala 11.4
Solutie de hidroxid de magneziu 10.3
Soda de rufe 8.4
Apa marii 8.0
Fluid pancreatic 7.8–8.0
Sange 7.4
Fluide intracelulare in ficat 6.9
Fluide intracelulare in muschi 6.1
Saliva 6.6
Urina 5–8
Bere 4.5
Suc de portocale 4.3
Suc de grapefruit 3.2
Otet alimentar 2.9
Bauturi racoritoare 2.8
Suc de lamaie 2.3
Suc gastric 1.2–3.0
Solutia din acumulatori acizi 0.35
Constanta de aciditate se calculează ca şi constantă de disociere, considerând
concentraţia apei practic neschimbată:
HA H+ + A-
[ H ][ A ]
HA + H2O H3O+ + A- KA
[ HA]
Valorile constantelor de Acidul Baza conjugata pKa
Acizi foarte slabi, Ka < 10-7
aciditate sunt o măsură a
HCO3- CO32- 10,33
tăriei acidului şi se exprimă HIO IO- 11
de obicei ca pKa; C6H5OH C6H5O - 9,92
HbrO BrO- 8,70
H2PO4- HPO42- 7,21
pKa = - lg Ka Acizi slabi, Ka < 10 -2
HClO4 ClO4- -8
În cazul unui acid tare procesul de disociere are echilibrul puternic deplasat spre
dreapta, cu grade de disociere ale acidului apropiate de 1, ca urmare reacţia se poate
scrie:
HA H+ + A-
pH = - lg [H+] =-lg[HA]
Aplicatie: a. Calculati pH-ul unei solutii de acid clorhidric 0.1M si a unei solutii de acid
clorhidric 0.001M.
pH = - lg [H+] =-lg[HA] = -lg(0.1)=1;
pH=-log[HCl]=-(-1)=1
Tema de casa
2. Intr-un laborator de spital o proba de 10 ml suc gastric, obtinut la cateva ore dupa ce
pacientul a mancat, a fost titrata cu solutie 0.1M NaOH pentru neutralizare totala. Au fost
necesari 7.2 ml solutie NaOH. Care este pH-ul sucului gastric prelevat de la pacient?
3. Aspirina este un acid slab, avand pKa= 3.5. Ea se absoarbe in sange CH3
prin stomac si prin intestinul subtire. Absorbtia implica trecerea prin O
membrana celulara, care este determinata de polaritatea moleculei, COOH
respectiv cu cat molecula este mai polara si incarcata electric cu atat ea
trece mai greu in sange. pH-ul sucului gastric din stomac este
aproximativ 1.5 in timp ce in intestinul subtire este aproximativ 6. In ce
zona se absoarbe mai multa aspirina, in stomac sau in intestinul subtire?
Justificati raspunsul.