Biochimie - Curs 1 - 2022

Introducere
Biochimia este literalmente o disciplină care studiază chimia vieții. Cu toate
că se suprapune cu alte discipline (Biologia celulară, Genetica, Imunologia,
Microbiologia, Farmacologia și Fiziologie), Biochimia are în prin plan să răspundă
la o serie de întrebări:
o Care sunt structurile chimice și tridimensionale ale moleculelor biologice?
o Cum interacționează moleculele biologice?
o Cum sunt sintetizate și degradate moleculele în organismele vii?
o Cum este conservată energia și utilizată de celulă?
o Care sunt mecanismele de organizare a moleculelor biologice și de
coordonare a activității lor?
o Cum este stocată, transmisă și folosită informația genetică în scopul
biosintezei unui produs funcţional (proteină sau ARN)?
Biochimia este importantă și în alte domenii științifice. Astfel, se poate
studia un aliment din punct de vedere al conținutului compușilor biochimici
(vitamine, aminoacizi, acizi grași) sau diverselor minerale, fiecare dintre aceștia
având un rol esențial pentru o nutriție adecvată. Biochimia explică cum sunt
absorbiți acești nutrienți de către organism și care este rolul acestora în celulă. De
exemplu, la întrebarea: cum preia organismul energia din grăsimile sau uleiurile
(din dietă)? procesul poate fi explicat printr-o serie de reacții biochimice care
intervin în căile metabolice (calea metabolică - succesiune de reacții biochimice).
În citozol (faza apoasă a celulei) există o colecție de 100-200 molecule
organice (cu mase moleculare de 100-500 de unități atomice de masă) numiți
metaboliți centrali, compuși care se regăsesc în căile metabolice primare. Această
colecție de molecule include aminoacizii comuni, nucleotidele, zaharurile și
derivații fosforilați ai acestora și un număr de acizi mono-, di- sau tricarboxilici.
Aceste molecule sunt polare sau încărcate, solubile în apă și prezente în
concentrații de ordinul µM sau mM. Acești compuși sunt “prizonieri” celulari
deoarece membrana plasmatică este semipermeabilă. Există în schimb proteine
specializate ce pot transporta acești compuși în celulă sau înafara acesteia sau între
două compartimente celulare diferite. Mai mult, în interiorul celulei sunt prezente
și alte molecule mici, specifice pentru un anumit timp de celulă sau organism. De
exemplu, plantele vasculare conțin și metaboliți secundari, compuși care joacă un
1
 Biochimie - Curs 1 - 2022

rol important în dezvoltarea plantei. Acești compuși se disting prin aromele

caracteristice sau prin efectele fiziologice pe care le manifestă asupra organismului
uman (morfina, chinina, nicotina sau cafeina). Toată colecția de molecule mici
dintr-o celulă poartă numele de metabolom.
Energia
Producerea, stocarea şi utilizarea energiei sunt aspect importante în econo-
mia celulei. Aceste procese sunt guvernate de tăria legăturilor chimice şi determină
atât direcţia cât şi viteza reacţiei chimice respective. Celulele necesită energie
pentru o multitudine de procese, incluzând sinteza glucozei din CO 2 şi apă din
cadrul fotosintezei, contracţia musculară şi replicarea ADN-ului.
Energia de interes în studiul sistemelor biologice sau chimice este “energia
potenţială” sau energia stocată. Energia potenţială a atomilor sau moleculelor
conferă acestora abilitatea de a participa la reacţiile chimice în care se eliberează
energie. De exemplu, molecula de glucoză are o energie potenţială ridicată.
Energia necesară pentru desfăşurarea unor procese celulare provine în principal din
energia eliberată la ruperea unor legături chimice.
Toate formele de energie sunt interconvertibile în conformitate cu principiul
I al termodinamicii care menţionează faptul că energia nu este creată şi nici
distrusă. De exemplu, în procesul de fotosinteză, energia radiaţiei luminoase este
transformată în energie chimică potenţială, energie stocată sub formă de legături
chimice dintre atomii moleculei de glucoză. În muşchi şi nervi, energia chimică
potenţială este transformată în energie mecanică şi cinetică.
Deoarece toate formele de energie sunt interconvertibile, acestea pot fi
exprimate folosind aceleaşi unităţi de măsură - caloria sau Kilocaloria.
Legăturile chimice
Există două tipuri de legături chimice: puternice (covalente) sau slabe
(necovalente). Legăturile covalente sunt predominante în compuşii organici şi au
loc între atomii individuali dintr-o moleculă. Legăturile necovalente dictează
arhitectura tridimensională a moleculelor biologice mai mari sau a unor complecşi
prin cooperativitate (deşi niciuna dintre legături nu este puternică, efectul mai
multor legături necovalente simultane poate fi considerabil). De asemenea,

2
 Biochimie - Curs 1 - 2022

legăturile necovalente pot fi desfăcute mult mai uşor fapt care le permite să stea la
baza unor procese dinamice guvernate de reacţii la echilibru.
Legăturile covalente sunt foarte stabile; energia necesară ruperii unei
legături covalente este mai mare decât energia termică disponibilă la temperatura
corpului (25/37 °C).
Modificările chimice au loc datorită faptului că energia necesară ruperii
legăturilor este furnizată prin formarea unor legături noi. De regulă, diferenţele de
energie dintre reactanţii şi produşii unei reacții variază între 1 şi 20 Kcal/mol.
În decursul unei reacţii moleculele adoptă stări energetice temporare (care
posedă energie mult mai mare) iar energia necesară pentru a obţine aceste stări,
care poate atinge chiar şi valori de 100 Kcal/Mol, constituie un parametru al
stabilităţii chimice. Acest “imbold” energetic poartă numele de energie de
activare. Sistemele biochimice acţionează specific pentru a micșora energiile de
activare, direcţionând preferenţial reacţiile chimice.
În situaţia în care doi sau mai mulţi atomi formează legături covalente cu un
atom central, aceste legături formează unghiuri (dintre două legături) a căror
orientare (valoare) este bine definită. Mai mult, atomii implicaţi în formarea unei
legături duble nu se pot roti liber în jurul axei legăturii. Rigiditatea planarităţii
impusă de legăturile duble este un parametru esenţial care joacă un rol definitoriu
în stabilirea conformaţiei moleculelor biologice cu mase moleculare mari (proteine
şi acizi nucleici). În plus, energia the formare a legăturilor duble sau triple din
diverse molecule este mai ridicată comparativ cu energia de formare a unei legaturi
simple (Tabelul 1).
Tabel 1. Valorile energiilor de formare a legăturilor
frecvent întâlnite în compușii biochimici
Legătura Energia Legătura Energia
covalentă (Kcal/Mol) covalentă (Kcal/Mol)
C≡C 213 C−O 86
C=O 174 C−C 83
C=C 146 C−Cl 81
C−F 103 S−H 81
O−H 111 C−N 73
C−H 99 C−S 62
N−H 93 O−O 35

3
 Biochimie - Curs 1 - 2022

Cele mai frecvent întâlnite tipuri de legături duble care se regăsesc în

moleculele biologice sunt: C=C, C=N, C=O şi P=O.
O serie de grupări funcţionale sau conexiuni intramoleculare întâlnite în
biomoleculele cu mase moleculare mici, medii sau mari sunt exemplificate în
Figura 1.

Figura 1. Grupările care se pot întâlni frecvent în biomolecule

În celulă se disting patru clase principale de biomolecule mici: aminoacizii,

carbohidraţii, nucleotidele şi lipidele. Aceste biomolecule pot forma lanţuri
macromoleculare mai mari (polimeri) sau pot interacţiona prin intermediul unor
forţe slabe, situaţie în care pot rezulta suprastructuri moleculare cu importanţă
fiziologică (lipidele în membranele biologice).

4
 Biochimie - Curs 1 - 2022

Dipolii
În legăturile covalente una sau mai multe perechi de electroni sunt împărţite
de către doi atomi. În anumite situaţii, atomii parteneri exercită atracţii diferite
pentru electronii de legătură, rezultând astfel o distribuţie inegală a electronilor.
Capacitatea de atracţie a atomului pentru electroni poartă numele de
electronegativitate. Într-o legătură covalentă în care atomii sunt identici sau diferiţi
dar posedă aceeaşi electronegativitate; electronii de legătură sunt distribuiţi în mod
egal. O asemenea legătură se numeşte nepolară. În situaţia în care electronegativi-
tatea atomilor implicaţi este diferită, unul dintre aceştia va exercita o forţă de
atracţie mai mare asupra electronilor de legătură. O legătură de acest tip se
numeşte dipolară; un capăt este parţial încărcat negativ (δ-) iar celălalt capăt este
parţial încărcat pozitiv (δ+). De exemplu, în molecula de apă atomul de oxigen, cu
electronegativitatea 3,5, atrage electronii de legătură mai mult decât atomii de
hidrogen (cu electronegativitatea 2,1); cu alte cuvinte, electronii de legătură petrec
mai mult timp pe orbita atomului de oxigen decât pe orbita atomilor de hidrogen.
Dat fiind faptul că ambii atomi de hidrogen sunt de aceeaşi parte a atomului de
oxigen, această parte a molecule are un caracter parţial pozitiv, pe când cealaltă
parte are o sarcină parţial negativă. O moleculă care încorporează sarcini pozitive
şi negative separate se numeşte dipolară.
Legăturile necovalente stabilizează structurile macromoleculelor
Multe legături care menţin structurile moleculelor mari, cum ar fi proteinele
şi acizii nucleici, nu sunt covalente. Forţele care stabilizează structura tridimen-
sională a moleculelor mari individuale şi care stau la baza interacţiunilor dintre
molecule sunt adesea mai slabe. Energia eliberată la formarea acestor legături
necovalente este de aproximativ 1-5 Kcal/Mol. Deoarece energia cinetică medie a
moleculelor la temperatura camerei este de circa 0,6 Kcal/Mol, multe molecule
posedă suficientă energie pentru a desface aceste legături slabe la temperaturi
fiziologice (25-37 °C). Legăturile slabe au o existenţă tranzitorie, dar multe acţio-
nează simultan cu scopul de a da naştere la structuri stabile.
Principalele tipuri de legături necovalente sunt: legăturile de hidrogen,
legăturile ionice, interacţiunile de tip van der Waals şi interacţiunile hidrofobe.

5
 Biochimie - Curs 1 - 2022

Legătura de hidrogen
În mod normal, un atom de hidrogen formează o legătură covalentă cu un alt
atom. Mai mult, un atom de hidrogen legat covalent poate forma o legătură
suplimentară, o legătură de hidrogen, care este o asociaţie slabă dintre un atom
electronegativ (acceptor) şi un atom de hidrogen legat covalent de un alt atom
(donor, Figura 2). Atomul de hidrogen este mai aproape de donor comparativ cu
acceptorul.

Figura 2. Reprezentarea schematică a modului în care se formează

o legătură de hidrogen

Legătura covalentă dintre donor şi atomul de hidrogen trebuie să fie

dipolară, iar învelişul electronic al atomului acceptor trebuie să posede electroni de
nelegătură care atrag sarcina δ+ de pe atomul de hidrogen. Legăturile de hidrogen
din apă sunt un exemplu clasic: un atom de hidrogen dintr-o moleculă este atras de
o pereche de electroni din învelişul electronic extern al atomului de oxigen dintr-o
moleculă învecinată. Tăria legăturii de hidrogen din apă este de aproximativ
5 Kcal/Mol, fiind mult mai slabă decât a legăturii covalente H-O (111 Kcal/Mol,
Tabelul 1).
O caracteristică importantă a legăturii de hidrogen este orientarea spaţială. În
legăturile de hidrogen puternice atât donorul cât și atomul de hidrogen respectiv
acceptorul sunt situaţi pe aceeaşi linie.

Figura 3. Exemple de posibile legături de hidrogen din sistemele biologice

6
 Biochimie - Curs 1 - 2022

Deoarece legăturile N-H sunt dipolare, atomii de azot pot fi donori într-o
legătură de hidrogen, la fel ca atomul de oxigen din legăturile O-H ale altor
molecule (incluzând molecula de apă, Figura 3). Azotul şi oxigenul pot fi acceptori
în formarea legăturilor de hidrogen din sistemele biochimice. De exemplu,
legăturile de hidrogen sunt importante în procesul de cataliză enzimatică, proces în
care enzimele (macromolecule special care joacă rol de catalizatori)
interacţionează cu substratul (un compus cu masă moleculară redusă comparativ cu
enzima). Prezenţa diverselor grupări (hidroxil –OH, carbonil C=O, carboxilat -
COO- sau amoniu -NH3+, grupărilor peptidică şi esterică) conferă moleculelor
proprietatea de a fi solubile în apă (hidrofile). Aceste grupări sunt expuse în special
la suprafața macromoleculelor fapt ce permite solubilizarea unor proteine, a
acizilor nucleici sau carbohidraţilor. În contrast, substanţele nepolare, nu posedă
grupări donoare sau acceptoare de hidrogen.
Legăturile ionice
În soluţii apoase, ionii simpli importanţi din punct de vedere biochimic (Na +,
K+, Ca2+, Mg2+ şi Cl-) nu sunt entităţi izolate. Fiecare dintre aceşti ioni este
înconjurat de un strat de molecule de apă, care alcătuiesc un înveliş pentru aceste
entităţi încărcate. Interacţiunile au loc preponderent între ioni şi partea dipolui apei
care este încărcată diferit.
O estimare a dimensiunii acestor ioni trebuie să includă şi moleculele de apă
care-i înconjoară. Ionii joacă un rol important atunci când sunt transportaţi prin
pori înguşti sau canalele din membranele celulare. Trecerea ionilor prin membrane
este esenţială atât pentru transmiterea impulsurilor nervoase cât şi pentru
stimularea contracţiei musculare.
Majoritatea compuşilor ionici sunt destul de solubili în apă deoarece o
cantitate apreciabilă de energie este eliberată prin legarea acestor ioni de
moleculele de apă. Ionii opuşi hidrataţi au o tendinţă redusă de recombinare.
Interacţiunile de tip van der Waals
Fluctuaţiile aleatorii din distribuţia electronilor unui atom pot conduce la
apariţia unor dipoli de tranziţie. Dacă doi atomi legaţi necovalent sunt unul în
proximitatea celuilalt, dipolul de tranziţie al unuia va perturba norul electronic al
celuilalt. Această fluctuaţie de sarcină generează un dipol de tranziţie şi în cel de-al

7
 Biochimie - Curs 1 - 2022

doilea atom, după care aceşti doi dipoli sunt uşor atraşi unul de celălalt. Toate
tipurile de molecule, atât polare cât şi nepolare, pot fi implicate în interacţii de tip
van der Waals. În particular, acest tip de legături este responsabil pentru coeziunea
dintre moleculele (lichide sau solide) nepolare care nu pot forma legături ionice
sau de hidrogen cu alte molecule.
În situația în care atracţia de tip van der Waals dintre doi atomi este
contracarată de repulsia dintre norii electronici ai celor doi atomi se poate spune
faptul că cei doi atomi sunt în contact van der Waals. Fiecare tip de atom are o rază
de contact cu alţi atomi numită rază van der Waals. Energia unei interacţiuni de tip
van der Waals este de aproximativ 1 Kcal/Mol, cu foarte puţin peste energia
termică a moleculelor la temperature de 25 °C. Astfel, interacţiunile de tip van der
Waals sunt chiar mai slabe decât legăturile de hidrogen care în mod normal posedă
o energie mai ridicată în soluţii apoase (de circa 1-3 Kcal/Mol). Atracţia dintre
două biomolecule mari poate fi apreciabilă în situaţia în care aceste molecule au
forme complementare, astfel încât pot fi implicate în mai multe contacte de tip van
der Waals atunci când sunt în proximitate. Contactele de tip van der Waals sunt
interacţiuni des întâlnite în biochimie: interacţiunea anticorp-antigen sau legarea
substratului la nivelul situsului catalitic al (cavității) unei enzime.
Interacţiunile hidrofobe
Moleculele nepolare nu conţin ioni sau legături dipolare şi din acest motiv
nu pot fi hidratate. Deoarece aceste molecule sunt insolubile sau foarte puţin
solubile în apă poartă numele de substanţe hidrofobe. Miezul sau partea centrală a
majorităţii membranelor biologice, incluzând suprafaţa membranei celulare, este
compus aproape exclusiv din părţile hidrocarbonate ale unor molecule (lipide) şi
conţine foarte rar părți polare.
O moleculă nepolară nu poate forma legături de hidrogen cu moleculele de
apă, distorsionând aceste molecule şi forţându-le să formeze o cuşcă de legături de
hidrogen în jurul acesteia, dar nu cu aceasta. În schimb, moleculele nepolare pot fi
implicate în interacţiuni de tip van der Waals. Acest fapt conferă o tendinţă de
asociere a moleculelor hidrofobe şi implicit de a nu se dizolva în apă.

8
 Biochimie - Curs 1 - 2022

Specificitatea de legare. Rolul interacţiunilor slabe

Este cunoscut faptul că existenţa mai multor legături necovalente conferă
stabilitatea moleculelor biologice mari. Aceste interacţiuni conferă specificitate
prin faptul că dictează împachetarea moleculelor mari sau modul de interacţiune
dintre molecule diferite. Toate legăturile slabe sunt efective numai pe distanţe
scurte, necesitând contactul eficient dintre grupările reactante. În cazul legăturilor
necovalente se impune existenţa unei complementarităţi între suprafeţele care
conţin grupările respective. Figura 4 exemplifică o serie de legături slabe care
guvernează interacţiunea dintre două proteine (sau segmente din aceeaşi proteină).

Figura 4. Tipuri de interacțiuni slabe care apar la contactul dintre

două părţi distincte dintr-o proteină sau în cazul interacțiunilor
bimoleculare (de tip proteină-proteină, proteină-ADN)