Biochimie - Curs 1 - 2024

Introducere
Biochimia este literalmente o disciplină care acoperă aspecte ce privesc
chimia vieții. Această disciplină își propune studierea substanțelor chimice și
procesele în care sunt implicate acestea în organismele vii, axându-se cu precădere
pe biomolecule precum proteinele (incluzînd enzimele, receptorii etc), acizii
nucleici, carbohidrații și lipidele. Trebuie subliniat faptul că structura
tridimensională a biomoleculelor imprimă anumite funcții biologice. Cu toate că se
suprapune cu alte discipline (Biologia celulară, Genetica, Imunologia,
Microbiologia, Farmacologia și Fiziologie), această disciplină dezvăluie
mecanismele moleculare care guvernează procesele biologice.
Biochimia cuprinde și alte subdiscipline precum Biochimia structurală,
Biochimia metabolismului, Genetica moleculară, Enzimologia sau Biochimia
clinică, fiecare dintre acestea vizând anumite aspecte despre biomolecule și să
explice procesele guvernate de acestea.
Biochimia are în prin plan să răspundă la o serie de întrebări:
o Care sunt structurile chimice și tridimensionale ale moleculelor biologice?
o Cum interacționează moleculele biologice?
o Care sunt transformările chimice (procesele de sintetiză și degradare a
moleculelor) respectiv fizice care permit susținerea proceselor vitale?
o Cum este conservată energia și utilizată de celulă?
o Care sunt mecanismele de organizare a moleculelor biologice și de
coordonare a activității lor?
o Cum este stocată, transmisă și folosită informația genetică în scopul
biosintezei unui produs funcţional (proteină sau ARN)?
Prin dezvăluirea complexității proceselor celulare Biochimia îți propune să
descopere modalități noi de tratare și diagnosticare a unor boli. Scopul Biochimiei
acoperă mai multe aspecte precum cinetica enzimatică, metabolismul, expresia
genică, genetica moleculară sau semnalizarea celulară.
Biochimia este importantă și în alte domenii științifice. Astfel, se poate
studia un aliment din punct de vedere al conținutului compușilor biochimici
(vitamine, aminoacizi, acizi grași) sau diverselor minerale, fiecare dintre aceștia
având un rol esențial pentru o nutriție adecvată. Biochimia explică cum sunt
absorbiți acești nutrienți de către organismul uman și care este rolul acestora în
1
 Biochimie - Curs 1 - 2024

celulă. De exemplu, la întrebarea: cum preia organismul energia din grăsimile sau
uleiurile (din dietă)? procesul poate fi explicat printr-o serie de reacții biochimice
care intervin în căile metabolice (calea metabolică - succesiune de reacții
biochimice). De asemenea, Biochimia studiază metabolismul (suma proceselor
biochimice din organismele vii care consumă/anabolism sau produc/catabolism) și
efectele unor toxine asupra organismului uman.
Biochimia are o multitudine de aplicații practice în Medicină, Farmacologie,
Biotehnologie (utilizarea de microorganisme modificate genetic), Științele
alimentare, Nutriție, Criminalistică și oferă unele soluții pentru remedierea
mediului.
În citozol (faza apoasă a celulei) există o colecție de 100-200 molecule
organice (cu mase moleculare cuprinse în intervalul 100-500 de unități atomice de
masă) numiți metaboliți centrali, compuși care se regăsesc în căile metabolice
primare. Această colecție de molecule include aminoacizii comuni, nucleotidele,
zaharurile și derivații fosforilați ai acestora și un număr de acizi mono-, di- sau
tricarboxilici. Aceste molecule sunt polare sau încărcate, solubile în apă și prezente
în concentrații de ordinul µM sau mM. Acești compuși sunt “prizonieri” celulari
deoarece membrana plasmatică este semipermeabilă. Există în schimb proteine
specializate ce pot transporta acești compuși în celulă sau înafara acesteia sau între
două compartimente celulare diferite. Mai mult, în interiorul celulei sunt prezente
și alte molecule mici, specifice pentru un anumit timp de celulă sau organism. De
exemplu, plantele vasculare conțin și metaboliți secundari, compuși care joacă un
rol important în dezvoltarea plantei. Acești compuși se disting prin aromele
caracteristice sau prin efectele fiziologice pe care le manifestă asupra organismului
uman (morfina, chinina, nicotina sau cafeina). Toată colecția de molecule mici
dintr-o celulă poartă numele de metabolom. Analiza metabolomului, colecției de
metaboliți, ne permite să descifrăm modificările metabolice dintr-un organism și să
identificăm biomarkerii care pot fi corelați cu starea fiziopatologică a
organismului. Biochimia clinică are în vedere diagnosticarea și monitorizarea unor
dereglări metabolice. Există situații în care organismul procesează diferit
nutrimentele, de exemplu în cazul persoanelor diabetice sau cu hipotiroidism.
Există o multitudine de teste biochimice care oferă posibilitatea determinării
nivelului de glucoză, electroliților, hormonilor în fluxul sanguin respectiv corelarea
2
 Biochimie - Curs 1 - 2024

parametrilor obținuți și identificarea unor dereglări asemenea dereglări metabolice.

Biochimia clinică permite și identificarea unor probleme de sănătate specifice unor
organe (ficat, rinichi etc) respectiv detecția și monitorizarea unor infecții sau a
cancerului.
Energia
Producerea, stocarea şi utilizarea energiei sunt aspect importante în econo-
mia celulei. Aceste procese sunt guvernate de tăria legăturilor chimice şi determină
atât direcţia cât şi viteza reacţiei chimice respective. Celulele necesită energie
pentru o multitudine de procese, incluzând sinteza glucozei din CO 2 şi apă din
cadrul fotosintezei, contracţia musculară şi replicarea ADN-ului.
Energia de interes în studiul sistemelor biologice sau chimice este “energia
potenţială” sau energia stocată. Energia potenţială a atomilor sau moleculelor
conferă acestora abilitatea de a participa la reacţiile chimice în care se eliberează
energie. De exemplu, molecula de glucoză se distinge printr-o energie potenţială
ridicată. Energia necesară pentru desfăşurarea unor procese celulare provine în
principal din energia eliberată la ruperea unor legături chimice.
Toate formele de energie sunt interconvertibile în conformitate cu principiul
I al termodinamicii care menţionează faptul că energia nu este creată şi nici
distrusă. De exemplu, în procesul de fotosinteză, energia radiaţiei luminoase este
transformată în energie chimică potenţială, energie stocată sub formă de legături
chimice dintre atomii moleculei de glucoză. În muşchi şi terminațiile nervoase,
energia chimică potenţială este transformată în energie mecanică şi cinetică.
Deoarece toate formele de energie sunt interconvertibile, acestea pot fi
exprimate folosind aceleaşi unităţi de măsură - caloria sau Kilocaloria.
Legăturile chimice
Există două tipuri de legături chimice: puternice (covalente) sau slabe
(necovalente). Legăturile covalente sunt predominante în compuşii organici şi au
loc între atomii individuali dintr-o moleculă. Legăturile necovalente dictează
arhitectura tridimensională a moleculelor biologice mai mari sau a unor complecşi
prin cooperativitate (deşi niciuna dintre legături nu este puternică, efectul mai
multor legături necovalente simultane poate fi considerabil). De asemenea,
legăturile necovalente pot fi desfăcute mult mai uşor fapt care le permite să stea la

3
 Biochimie - Curs 1 - 2024

baza unor procese dinamice guvernate de reacţii la echilibru. În schimb, legăturile

covalente sunt foarte stabile; energia necesară ruperii unei legături covalente este
mai mare decât energia termică disponibilă la temperatura corpului (37 °C).
Modificările chimice au loc datorită faptului că energia necesară ruperii legăturilor
este furnizată prin formarea unor legături noi. De regulă, diferenţele de energie
dintre reactanţii şi produşii unei reacții variază între 1 şi 20 Kcal/mol.
În decursul unei reacţii moleculele adoptă stări energetice temporare (care
posedă energie mult mai mare) iar energia necesară pentru a obţine aceste stări,
care poate atinge chiar şi valori de 100 Kcal/Mol, constituie un parametru al
stabilităţii chimice. Acest “imbold” energetic poartă numele de energie de
activare. Sistemele biochimice acţionează specific pentru a micșora energiile de
activare, direcţionând preferenţial reacţiile chimice.
În situaţia în care doi sau mai mulţi atomi formează legături covalente cu un
atom central, aceste legături formează unghiuri (dintre două legături) a căror
orientare (valoare) este bine definită. Mai mult, atomii implicaţi în formarea unei
legături duble nu se pot roti liber în jurul axei legăturii. Rigiditatea planarităţii
impusă de legăturile duble este un parametru esenţial care joacă un rol definitoriu
în stabilirea conformaţiei moleculelor biologice cu mase moleculare mici (lipidele)
sau mari (proteine şi acizi nucleici).
Tabel 1. Valorile energiilor de formare a legăturilor
frecvent întâlnite în compușii biochimici
Legătura Energia Legătura Energia
covalentă (Kcal/Mol) covalentă (Kcal/Mol)
C≡C 213 C−O 86
C=O 174 C−C 83
C=C 146 C−Cl 81
C−F 103 S−H 81
O−H 111 C−N 73
C−H 99 C−S 62
N−H 93 O−O 35

În plus, energia the formare a legăturilor duble sau triple din diverse
molecule este mai ridicată comparativ cu energia de formare a unei legături simple
(Tabelul 1).

4
 Biochimie - Curs 1 - 2024

Cele mai frecvent întâlnite tipuri de legături duble care se regăsesc în

moleculele biologice sunt următoarele: C=C, C=N, C=O şi P=O.
Dacă scheletul moleculelor biologice conține un procent mare de atomi de
carbon, azot și oxigen legați covalent în vederea obținerii unor structuri stabile (o
formă 3D corespunzătoare), grupările funcționale, specii chimice (grupuri de
atomi) de dimensiuni mai mici, grefate pe scheletul principal asemeni unor
“steaguri”, sunt responsabile pentru interacțiunile fizice/chimice cu alte
biomolecule. Cu această ocazie observăm un alt nivel de complexitate în momentul
în care considerăm aceste interacțiuni dintre moleculele din celulele vii.
O serie de grupări funcţionale sau conexiuni intramoleculare întâlnite în
biomoleculele cu mase moleculare mici, medii sau mari sunt exemplificate în
Figura 1.

Figura 1. Grupările funcționale care se pot întâlni frecvent în biomolecule

În celulă se disting patru clase principale de biomolecule mici: aminoacizii,

carbohidraţii, nucleotidele şi lipidele. Aceste biomolecule pot forma lanţuri
5
 Biochimie - Curs 1 - 2024

macromoleculare mai mari (polimeri) sau pot interacţiona prin intermediul unor
forţe slabe, situaţie în care pot rezulta suprastructuri moleculare cu importanţă
fiziologică (lipidele din componența stratului bilipidic al membranei celulare).
Dipolii
În legăturile covalente una sau mai multe perechi de electroni pot fi
distribuite între doi atomi. În anumite situaţii, atomii parteneri exercită atracţii
diferite pentru electronii de legătură, rezultând astfel o distribuţie inegală a
densității de sarcină. Capacitatea de atracţie a atomului pentru electroni poartă
numele de electronegativitate. Într-o legătură covalentă în care atomii sunt identici
sau diferiţi dar posedă aceeaşi electronegativitate; electronii de legătură sunt
distribuiţi în mod egal. O asemenea legătură se numeşte nepolară. În situaţia în
care electronegativitatea atomilor implicaţi este diferită, unul dintre aceştia va
exercita o forţă de atracţie mai mare asupra electronilor de legătură. O legătură de
acest tip se numeşte dipolară; un capăt este parţial încărcat negativ (δ-) iar celălalt
capăt este parţial încărcat pozitiv (δ+). De exemplu, în molecula de apă atomul de
oxigen, cu electronegativitatea 3,5, atrage electronii de legătură mai mult decât
atomii de hidrogen (cu electronegativitatea 2,1); cu alte cuvinte, electronii de
legătură petrec mai mult timp pe orbita atomului de oxigen decât pe orbita atomilor
de hidrogen. Dat fiind faptul că ambii atomi de hidrogen sunt de aceeaşi parte a
atomului de oxigen, această parte a moleculei are un caracter parţial pozitiv, pe
când cealaltă zonă are o sarcină parţial negativă. O moleculă care încorporează
sarcini pozitive şi negative separate se numeşte dipolară.
Legăturile necovalente stabilizează structurile macromoleculelor
Multe legături care menţin structurile moleculelor mari, cum ar fi proteinele
şi acizii nucleici, nu sunt covalente. Forţele care stabilizează structura tridimen-
sională a moleculelor mari individuale şi care stau la baza interacţiunilor dintre
molecule sunt adesea mai slabe. Energia eliberată la formarea acestor legături
necovalente poate atinge o valoarea de 60 Kcal/Mol. Deoarece energia cinetică
medie a moleculelor la temperatura camerei este de circa 0,6 Kcal/Mol, este nevoie
de un ansamblu de molecule pentru a furniza suficientă energie în vederea
desfacerii aceste legături necovalente la temperaturi fiziologice (25-37 °C).

6
 Biochimie - Curs 1 - 2024

Legăturile slabe au o existenţă tranzitorie, dar multe dintre acestea acţionează

simultan cu scopul de a genera structuri stabile.
Principalele tipuri de legături necovalente sunt: legăturile de hidrogen,
legăturile ionice, interacţiunile de tip van der Waals şi interacţiunile hidrofobe.
Legătura de hidrogen
În mod uzual, un atom de hidrogen formează o legătură covalentă cu un alt
atom. Mai mult, un atom de hidrogen legat covalent poate forma o legătură
suplimentară, o legătură de hidrogen, care este o asociaţie slabă dintre un atom
electronegativ (acceptor) şi un atom de hidrogen legat covalent de un alt atom
(donor, Figura 2). Atomul de hidrogen este mai aproape de donor comparativ cu
acceptorul.

Figura 2. Reprezentarea schematică a modului în care se formează

o legătură de hidrogen

Legătura covalentă dintre donor şi atomul de hidrogen trebuie să fie

dipolară, iar învelişul electronic al atomului acceptor trebuie să posede electroni de
nelegătură care atrag sarcina δ+ de pe atomul de hidrogen. Legăturile de hidrogen
din apă sunt un exemplu clasic: un atom de hidrogen dintr-o moleculă este atras de
o pereche de electroni din învelişul electronic extern al atomului de oxigen dintr-o
moleculă învecinată. Tăria legăturii de hidrogen din apă este de aprox. 5 Kcal/Mol,
fiind mult mai slabă decât a legăturii covalente H-O (111 Kcal/Mol, Tabelul 1).

Figura 3. Exemple de posibile legături de hidrogen care facilitează interacțiunile intermoleculare atât în
cazul moleculelor simple cât și a grupărilor amidică respectiv esterică prezente în proteine sau lipide
7
 Biochimie - Curs 1 - 2024

O caracteristică importantă a legăturii de hidrogen este orientarea spaţială. În

legăturile de hidrogen puternice atât donorul cât și atomul de hidrogen respectiv
acceptorul sunt situaţi pe aceeaşi linie.
Deoarece legăturile N-H sunt dipolare, atomii de azot pot fi donori într-o
legătură de hidrogen, la fel ca atomul de oxigen din legăturile O-H ale altor
molecule (incluzând molecula de apă, Figura 3). Azotul, oxigenul sau chiar atomul
de sulf pot fi acceptori în formarea legăturilor de hidrogen din sistemele
biochimice. De exemplu, legăturile de hidrogen sunt importante în procesul de
cataliză enzimatică, proces în care enzimele (macromolecule special care joacă rol
de catalizatori) interacţionează cu substratul (un compus cu masă moleculară
redusă comparativ cu enzima). Prezenţa diverselor grupări (hidroxil –OH, carbonil
C=O, carboxilat -COO- sau amoniu -NH3+, grupărilor peptidică şi esterică) conferă
moleculelor proprietatea de a fi solubile în apă (hidrofile). Aceste grupări sunt
expuse în special la suprafața macromoleculelor fapt ce permite solubilizarea unor
proteine, a acizilor nucleici sau carbohidraţilor. În contrast, substanţele nepolare,
nu posedă grupări donoare sau acceptoare de hidrogen.
Legăturile ionice
În soluţii apoase, ionii simpli importanţi din punct de vedere biochimic (Na+,
K+, Ca2+, Mg2+ şi Cl-) nu sunt entităţi izolate. Fiecare dintre aceşti ioni este
înconjurat de un strat de molecule de apă, care alcătuiesc un înveliş pentru aceste
entităţi încărcate. Interacţiunile au loc preponderent între ioni şi partea dipolui apei
a cărei încărcare este diferită.
O estimare a dimensiunii acestor ioni trebuie să includă şi moleculele de apă
care-i înconjoară. Ionii joacă un rol important atunci când sunt transportaţi prin
pori înguşti sau canalele din membranele celulare. Trecerea ionilor prin membrane
este esenţială atât pentru transmiterea impulsurilor nervoase cât şi pentru
stimularea contracţiei musculare.
Majoritatea compuşilor ionici sunt destul de solubili în apă deoarece o
cantitate apreciabilă de energie este eliberată prin legarea acestor ioni de
moleculele de apă. Ionii opuşi hidrataţi au o tendinţă redusă de recombinare.

8
 Biochimie - Curs 1 - 2024

Interacţiunile de tip van der Waals

Fluctuaţiile aleatorii din distribuţia electronilor unui atom pot conduce la
apariţia unor dipoli de tranziţie. Dacă doi atomi legaţi necovalent sunt unul în
proximitatea celuilalt, dipolul de tranziţie al unuia va perturba norul electronic al
celuilalt. Această fluctuaţie de sarcină generează un dipol de tranziţie şi în cel de-al
doilea atom, după care aceşti doi dipoli sunt uşor atraşi unul de celălalt. Toate
tipurile de molecule, atât polare cât şi nepolare, pot fi implicate în interacţii de tip
van der Waals. În particular, acest tip de legături este responsabil pentru coeziunea
dintre moleculele (lichide sau solide) nepolare care nu pot forma legături ionice
sau de hidrogen cu alte molecule.
În situația în care atracţia de tip van der Waals dintre doi atomi este
contracarată de repulsia dintre norii electronici ai celor doi atomi se poate spune
faptul că cei doi atomi sunt în contact van der Waals. Fiecare tip de atom are o rază
de contact cu alţi atomi numită rază van der Waals. Energia unei interacţiuni de tip
van der Waals este de aproximativ 1 Kcal/Mol, cu foarte puţin peste energia
termică a moleculelor la temperatura de 25 °C. Astfel, interacţiunile de tip van der
Waals sunt chiar mai slabe decât legăturile de hidrogen care în mod normal posedă
o energie mai ridicată în soluţii apoase (de circa 1-3 Kcal/Mol). Atracţia dintre
două biomolecule mari poate fi apreciabilă în situaţia în care aceste molecule au
forme complementare, astfel încât pot fi implicate în mai multe contacte de tip van
der Waals atunci când sunt în proximitate. Contactele de tip van der Waals sunt
interacţiuni des întâlnite în biochimie: interacţiunea anticorp-antigen sau legarea
substratului la nivelul situsului catalitic al (cavității) unei enzime presupune pe
lângă legături de hidrogen respectiv interacțiuni ionice și interacțiuni de tip van der
Waals.
Interacţiunile hidrofobe
Moleculele nepolare nu conţin ioni sau legături dipolare şi din acest motiv
nu pot fi hidratate. Deoarece aceste molecule sunt insolubile sau foarte puţin
solubile în apă poartă numele de substanţe hidrofobe. Miezul sau partea centrală a
majorităţii membranelor biologice, incluzând suprafaţa membranei celulare, este
compus aproape exclusiv din porțiuni hidrocarbonate ale unor molecule (lipide).
Suprafețele polare ale acestor lipide sunt orientate spre exteriorul membranei
(stratului bilipidic) favorizând intercațiunile cu mediile apoase (citozol etc).
9
 Biochimie - Curs 1 - 2024

O moleculă nepolară nu poate forma legături de hidrogen cu moleculele de

apă, distorsionând aceste molecule şi forţându-le să creeze o cuşcă de legături de
hidrogen în jurul acesteia, dar nu cu aceasta. În schimb, moleculele nepolare pot fi
implicate în interacţiuni de tip van der Waals. Acest fapt conferă o tendinţă de
asociere a moleculelor hidrofobe şi implicit de a nu se dizolva în apă.

Specificitatea de legare. Rolul interacţiunilor slabe

Este cunoscut faptul că existenţa mai multor legături necovalente permit
stabilizarea structurii tridimensionale a moleculelor biologice mari. Aceste
interacţiuni conferă specificitate prin faptul că dictează împachetarea moleculelor
mari sau modul de interacţiune dintre molecule diferite. Toate legăturile slabe sunt
efective numai pe distanţe scurte, necesitând contactul eficient dintre grupările
reactante. În cazul legăturilor necovalente se impune existenţa unei complementa-
rităţi între suprafeţele la care sunt grefate grupările respective. Figura 4
exemplifică o serie de legături slabe care guvernează interacţiunea dintre două
proteine (sau segmente din aceeaşi proteină). Interacțiuni similare se pot manifesta
și între acizii nucleici și proteine fiind fundamentale în reglarea unor procese
celulare (replicare, transcripție, recombinare sau împachetarea ADN-ului
cromozomial).

Figura 4. Tipuri de interacțiuni slabe care apar la contactul dintre

două părţi distincte ale unei proteine sau în cazul
interacțiunilor bimoleculare (de tip proteină-proteină)

10