Biochimie - Curs 2 - 2024

Constantele de disociere. Afinitatea moleculelor partenere

Conceptul de echilibru chimic se aplică şi în cazul legării unei biomolecule la o altă
moleculă parteneră. De exemplu, la legarea unui ligand (hormonul insulină sau adrenalină) la
receptorul acestuia situat pe suprafaţa unei celule se pot activa în special două căi metabolice
(una dintre căi controlează transportul glucozei și sinteza lipidelor, proteinelor respectiv a
glicogenului, iar cealaltă este importantă în dezvoltarea și proliferarea celulară). Receptorii de
gust (amar, dulce sau umami) interacționează cu substanțele respective și activează căi
metabolice care permit permițând eliberarea ATP-ului la nivelul sinapselor în care sunt implicați
axonii de gust. O altă situație este legarea specifică a unei proteine la o secvenţă de nucleotide
(perechi de baze) dintr-o moleculă de ADN care poate determina o intensificare sau reducere a
copierii informaţiei genetice din vecinătatea acelei secvenţe. Cel mai frecvent intensitatea legării
poate fi descrisă prin intermediul constantelor de disociere (Kd) caracteristice complecşilor
rezultaţi. Pentru perechile proteină-proteină sau proteină-ADN constantele de disociere de sub
10-9 M reflectă o interacţiune puternică, în timp ce valori mai mari de 10-6 M respectiv 10-3 M
indică interacţiuni medii respectiv modeste. Constantele de disociere 10-4-10-6 M au fost
determinate în cazul unor receptori (glicoproteina CD2 situată pe suprafața limfocitelor T care
interacționează cu proteina LFA3 ce constituie un ligand situat pe suprafața macrofagelor sau
legarea îndulcitorilor la receptorii de gust T1R sau T2R, Eng: TR-taste receptor) și sunt
caracteristice unor parteneri care sunt implicați în interacțiuni tranzitorii. Constanta de disociere
a lizozimei de un anticorp (altă proteină) este de 2,2 x 10-8 M (22 nM). La o analiză mai detaliată
s-a constatat faptul că 16 aminoacizi ai lizozimei interacționează cu 17 resturi ale anticorpului
(au fost identificate 12 legături de hidrogen între acești parteneri). În schimb, sistemul cu
afinitatea cea mai mare (constanta de disociere cea mai mică) este reprezentat de interacțiunea
dintre avidină sau streptavidină (proteine cu mase moleculare de peste 60.000) și o moleculă mai
mică numită biotină (vitamina B7). Constanta de disociere a acestui sistem este situată în
intervalul 10-14-10-15 M, fapt care indică o interacțiune extrem de puternică.
pH-ul sistemelor biochimice
Unul din parametrii importanți ai fluidelor biologice îl constituie valoarea pH-ului.
Sângele uman are un pH situat într-un domeniu îngust 7,35-7,45. pH-ul lichidului
amniotic este de aproximativ 7,00-7,50, iar a lichidul cefalorahidian în jur de 7,28-7,32.
Abaterile de la valoarea normală a pH-ului pot constitui un indiciu asupra unor simptome sau
boli. Dezechilibrele pH-ului pot indica: dereglări hormonale, probleme cardiovasculare,
modificări ale greutății corporale, funcționarea inadecvată a bilei sau rinichiului, deficiențe ale
sistemului imunitar, accelerarea distrugerii radicalilor liberi, probleme structurale sistemice (oase
fragile, fracturi de șold, disconfort osos), probleme digestive, supraproducție de microorganisme
(drojdii, fungi etc) sau chiar apariția tumorilor.
Valoarea pH-ului citoplasmei celulei este de circa 7,2 în timp ce al mitocondriei se
încadrează în intervalul 7,8-8,2. Unele organite celulare au valori mai scăzute ale pH-ului. De
1
 Biochimie - Curs 2 - 2024

exemplu, în aparatul Golgi pH-ul este ușor acid și variază de la 6,0 la 6,7, iar lizozomii au un pH
mai acid de circa 5. Astfel, valoarea concentrației protonilor din lizozomi este de circa 100 de ori
mai ridicată decât cea din citoplasmă. O valoare optimă a pH-ului este esenţială pentru
menţinerea structurii unor molecule şi determină funcţionarea optimă a acestora. Pe de altă parte,
schimbarea dramatică a pH-ului celular poate juca un rol important în controlarea activităţii
celulare. De exemplu, pH-ul citoplasmei unui ou nefertilizat de arici de mare este de 6,6. La un
minut după fertilizare s-a constatat o creștere a valorii pH-ului la valoarea 7,2. Astfel schimbările
de pH par să declanşeze atât creşterea cât şi diviziunea celulară.
Valoarea pH-ului unui sistem biochimic este menținută cu ajutorul sistemelor tampon.
Principalul sistem tampon la nivel extracelular este sistemul bicarbonat-acid carbonic (HCO3-
/H2CO3). Există și alte sisteme tampon care intervin pentru menținerea pH-ului: proteinele
celulare (proteină acidă/proteinat), albuminele, globulinele plasmatice (hemoglobina /
hemoglobinat și oxihemoglobina / oxihemoglobinat) și pompele protonice (proteine membranare
care favorizează traficul în “contracurent” a ionilor de H+ și K+ prin membrana celulară). De
asemenea din procesele metabolice rezultă acizi organici (lactic, piruvic sau alți cetoacizi) sau
anorganici respectiv bazele conjugate ale acestora sau anionii organici (citrat, lactat sau acetat).
Concentrația ionilor de H+ din plasmă este 35-45 mmol/L (pH= 7,35-7,45). Menținerea pH-ului
plasmei se realizează prin 3 mecanisme: de tamponare, de compensare (respiratorie sau renală)
sau de corectare.
Mulţi compuşi localizați la nivelul celulei conţin
numeroase grupări care pot fi disociate. Valoarea pKa-
ului unei grupări (acide) este egală cu pH-ul la care
jumătate dintre moleculele care posedă această grupare
sunt ionizate, iar cealaltă jumătate sunt intacte (nu
suferă procesul de deprotonare).
Ionii fosfat sunt prezenţi în cantităţi considerabile
în celulă şi sunt factori importanţi în menţinerea
(tamponarea) pH-ului citoplasmei. În acizii nucleici
grupările fosfat se regăsesc sub forma unui diester.
Valoarea pKa-ului corespunzător disocierii protonului
grupării fosfat este de aproximativ 3 (Figura 1). Astfel,
Figura 1. Ionizarea grupării fosfat din
la pH neutru (pH 7) fiecare grupare fosfat din acizii
acizii nucleici la pH 7
deoxiribonucleic (ADN) sau ribonucleic (ARN) este
încărcată negativ. Acest fapt permite interacțiunea
acestor molecule cu grupări încărcate pozitiv (grupări amoniu, resturi de lizină) din proteine sau
separarea acestor acizi nucleici în câmp electric (prin electroforeză). ATP-ul are de asemenea
grupări fosfat care sunt încărcate negativ în majoritatea condițiilor fiziologice și din acest motiv
poate fi stabilizat prin intermediul unor interacțiuni ionice cu ionii de magneziu.

2
 Biochimie - Curs 2 - 2024

Direcţia reacţiilor biochimice

Dat fiind faptul că moleculele biochimice sunt menţinute la temperatură şi presiune
constantă, direcţia unei reacţii chimice poate fi intuită pe baza energiei potenţiale sau energiei
libere. Modificările energiei libere caracteristice unei reacţii sunt influenţate de temperatură,
presiune, concentraţia iniţială a reactanţilor şi produşilor sau pH. De asemenea, valoarea energiei
libere standard indică sensul (deplasarea echilibrului) unei reacţii biochimice.
Compuși care posedă energie ridicată importanți pentru reacțiile metabolice
Energia provenită din metabolismul monozaharidelor sau aminoacizilor, reacțiile de β-
oxidare ale acizilor grași poate fi stocată sub forma unor compuși care conțin grupări fosfat sau
grupări tioesterice.
ATP-ul este o sursă de energie pentru procesele celulare. Energia eliberată în reacția de
hidroliză a ATP-ului (adenozin trifosfatului) la ADP (adenozin difosfat) este folosită (prin
intermediul unor sisteme enzimatice) în diverse procese: sinteza proteinelor sau oligozaharidelor,
deplasarea celulelor, contracţia musculară, transportul moleculelor prin membranele celulare.
Alături de nucleotide (ATP, GTP, UTP, UDP-glucoză) există și alte molecule cu grupări
fosfat (creatin fosfatul, arginin fosfatul, 1,3-difosfo gliceratul, fosfoenol-piruvatul și carbamoil
fosfatul) care sunt “bogate” în energie.
Fosfoenol piruvatul, unul dintre intermediarii metabolici cu o energie potențială ridicată,
poate fi convertit (prin reacția cu ionul bicarbonat) în celulele plantelor mezofile la oxaloacetat.
Tioesterii coenzimei A (CoA) sunt compușii cu energie ridicată. Din această categorie fac
parte următorii compuși: acetil-CoA, succinil-CoA, stearoil-CoA sau 3-hidroxi-3-metil-glutaril-
coenzima A (HMG-CoA).
Reacţiile redox din procesele biochimice
Într-o reacţie redox modificările potenţialului electric sunt datorate schimbărilor cumulate
ale potenţialelor de reducere din etapele de oxidare sau reducere. Deoarece toate formele de
energie sunt interconvertibile schimbările energiei libere pot fi corelate cu cele ale potenţialului
electric (E):
G (Kcal/Mol) = - n F E (V)
În tabelul 1 sunt redate valorile potențialului pentru o serie de cupluri redox importante
din punct de vedere biochimic.
De exemplu, nicotin adenin dinucleotidul poate exista sub două forme: forma oxidată,
NAD , respectiv forma redusă, NADH. NAD+ și NADH împreună sunt considerați un cuplu
+

redox. Fiecare cuplu redox are un potențial redox ce poate fi corelat cu afinitatea acestora pentru
electroni. Astfel, un cuplu redox ce are un potențial redox ridicat are afinitate mare pentru
electroni și poate accepta electronii de la un alt cuplu redox care are un potențial redox mai
modest (implicit afinitate mai mică pentru electroni). NADH donează mai ușor electronii unui
substrat, reducând acel substrat și este reoxidat la NAD+. Astfel, electronii sunt transferați de la
3
 Biochimie - Curs 2 - 2024

un sistem cu potențialul redox mai mic (negativ sau cu valori mici pozitive) la unul cu potențialul
redox mai mare (mai pozitiv).
Tabelul 1. Potențialul de reducere pentru o serie de cupluri redox

Reacția redox E0’(V) G0’ (KJ/Mol)*

O2 + 4 H+ + 4e- → 2H2O +0,82 0
Fe3+ + e- → Fe2+ +0,77 -9
Citocrom a (Fe ) + e → Citocrom a (Fe )
3+ - 2+
+0,29 -102
Citocrom c (Fe3+) + e- → Citocrom c (Fe2+) +0,25 -110
Citocrom b (Fe ) + e → Citocrom b (Fe )
3+ - 2+
+0,08 -141
Ubichinonă + 2 H+ + 2e- → Ubichinol +0,04 -150
Fumarat + 2 H + 2e → Succinat
+ -
+0,031 -153
Oxaloacetat + 2 H+ + 2e- → Maleat -0,17 -191
Piruvat + 2 H + 2e → Lactat
+ -
-0,19 -195
FAD + 2H+ + 2e- → FADH2 -0,22 -198
NAD + H + 2e → NADH
+ + -
-0,32 -220
Ferodoxină (Fe3+) + e- → Ferodoxină (Fe2+) -0,41 -238
2 H + 2e → H2
+ -
-0,41 -238

* pentru oxidarea de către O2, raportată la 2 electroni

Energia de activare şi viteza de reacţie

Energia de activare reprezintă energia necesară pentru iniţierea unei reacţii.
Numeroși factori influențează viteza unei reacţii chimice. Dintre aceștia concentraţia
reactanţilor, temperatura şi pH-ul soluţiei pot fi definitorii pentru accelerarea reacției.
Teoria stării de tranziţie este utilizată pentru stabilirea unor corelaţii între structură şi
reactivitate. În starea fundamentală sunt consideraţi entităţi fizice numai reactanţii pe când în
starea de tranziţie sunt considerate numai speciile instabile, caracterizate printr-o energia liberă
superioară. Astfel, starea de tranziţie este caracterizată printr-un maxim în diagrama de reacţie, în
care se urmăreşte dependenţa energiei speciilor în decursul reacţiei. Biocatalizatorii (enzimele)
acţionează în aşa manieră încât micşorează energia liberă a stării de tranziţie comparativ cu
reacţia necatalizată (reacțiile biochimice fiind reacții la echilibru micșorarea energiei libere
mărește viteza ambelor reacții – atât directă cât și inversă). Diferenţa dintre valorile G‡ pentru
reacţiile catalizate Ea şi necatalizate (Ea’) indică eficienţa catalizatorului.
Energia de activare poate fi calculată pe baza ecuației lui Arrhenius (din dependența
logaritmului constantei de viteză în funcție de 1/T; unde T reprezintă temperatura exprimată în
Kelvin).

4
 Biochimie - Curs 2 - 2024

Aminoacizii
Aminoacizii sunt compuși biochimici cu masă moleculară mică și importanţă deosebită
pentru organismul uman. Aceştia sunt elemente structurale de bază care intră în componenţa
proteinelor, compuşi cu proprietăți biologice remarcabile. Inițial, aminoacizii au fost obținuți din
proteine prin hidroliza în mediu acid (HCl 6M) a legăturilor peptidice din aceste macromolecule.
De asemenea, aminoacizii pot fi precursori ai hormonilor (tiroxina) sau moleculelor cu funcţii
specializate (dopamina-neurotransmiţător). Primul aminoacid descoperit a fost asparagina (în
rădăcina şi tulpina sparanghelului; 1806). Din cei 20 aminoacizi ce apar frecvent în proteine
(aminoacizi proteinogeni) aminoacidul treonina a fost caracterizat mai târziu în anul 1938. Până
în prezent se cunosc 22 de aminoacizi care constituie elementele structurale de bază ale
proteinelor, dintre care numai 20 sunt criptați de către codul genetic universal. Ceilalți doi,
selenocisteina (abreviată Sec sau U, descoperită în 1986, aminoacid aflat în peste 25 de proteine
umane) și pirolizina (abreviată Pyl sau O, descoperită în 2002, prezentă doar în componența
proteinelor din bacterii sau arhee) fuzionează cu ADN-ul de transfer care este capabil să formeze
perechi de baze cu codonii de stop ai ARN-ului mesager în timpul procesului de translație. Doar
în această situație acești doi aminoacizi pot fi încorporați în proteine. Inițial aminoacizii au fost
denumiţi în funcţie de sursa de provenienţă (asparagina din Asparagus, glutamatul din gluten şi
tirozina din brânza -“tyros”= brânză) sau după proprietăţile organoleptice (glicina-“Glykos”-
dulce).
Aminoacizii sunt prezenți în sânge sau alte fluide biologice atât în formă liberă cât şi
combinată. De asemenea, aminoacizii sunt precursori ai hormonilor, zaharurilor, purinelor,
pirimidinelor, porfirinelor, vitaminelor sau aminelor cu rol fiziologic.

Structura și configurația aminoacizilor

Structura chimică a aminoacizilor (ionizată) este ilustrată în figura 2. Proprietăţile
chimice și fizice ale aminoacizilor sunt dictate de prezența grupărilor grefate pe atomul de
carbon din poziţia α. Așadar pe acest atom de carbon se disting următoarele grupări:
a) gruparea amino primară protonată (-NH3+) sau gruparea amino secundară protonată (în
cazul prolinei (-NH2+-) ambele protonate în condiţii fiziologice (pH 7);
b) gruparea carboxilică - grupare deprotonată (-COO-) în majoritatea condiţiilor
fiziologice (pH slab acid sau neutru);
c) catena laterală - conferă proprietăţi specifice aminoacizilor, fiind responsabilă şi de
asimetria atomului de carbon din poziţia α.

Figura 2. Configurația L- și D- a aminoacizilor

5
 Biochimie - Curs 2 - 2024

Configuraţia celor 22 de aminoacizi existenţi în proteinele umane (excepție face aminoacidul

glicina) este L (Figura 2, structura generală ionizată a unui aminoacid la pH neutru).
Deși în procesul de translație (copierea informației de pe ARN-ul mesager sub formă de
secvență proteică – proces care se desfășoară la nivelul ribozomilor) se utilizează doar 21 de
aminoacizi se cunosc peste 140 de aminoacizi care apar în proteine. Este important de subliniat
faptul că numărul aminoacizilor care nu apar în proteine (neproteinogeni) este cu mult mai
ridicat. Unii dintre aceştia au fost identificați numai în plante sau în anumite microorganisme. În
natură aminoacizii există şi în configuraţia D. De exemplu, D-alanina, acizii D-glutamic şi D-
aspartic intră în componenţa segmentelor peptidice din peptidoglicanii ce intră în componența
peretelui bacterian (un strat peptidoglicanic la bacteriile gram negative și multistraturi
peptidoglicanice la bacteriile gram pozitive). Fluidul intracelular al unor viermi marini şi
nevertebrate conţine drept componente principale D-aminoacizii, iar în unele crustacee marine
cantitatea acestora poate depăşi 1%. De asemenea, acidul D-aspartic, D-asparagina, acidul D-
glutamic, D-glutamina, D-serina și D-alanina au fost detectați în majoritatea plantelor, în timp ce
D-prolina, D-valina, D-leucina and D-lizina doar în unele plante (angiosperme dicotiledonate).
Proteinele metabolice stabile din mamifere conţin cantităţi însemnate de acid D-aspartic rezultat
în urma procesului de racemizare: concentraţia acidului D-aspartic în materia albă creierului
atinge circa 3%, iar în proteina bazică din măduva spinării până la 10%.
Laptele, carnea şi diversele cereale nu conţin cantităţi substanţiale de D-aminoacizi. În
decursul procesării, aminocizii din aceste alimente suferă adesea fenomenul de racemizare. Mai
mult, concentrația D-aminoacizilor din probele de lapte (bio) creşte substanţial în decursul
stocării la 4 oC. Din acest considerent se recomandă determinarea conţinutului de D-alanină
pentru a monitoriza o eventuală contaminare a laptelui cu bacterii.
Clasificarea aminoacizilor
Aminoacizii pot fi clasificaţi după următoarele criterii:
- proprietăţile chimice;
- utilitatea acestora în biosinteza proteinelor;
- necesitatea biosintezei acestora pentru organism;
- implicarea acestora în calitate de substrat (compus metabolic de plecare) în procesul de
gluconeogeneză.
Catena laterală determină diferenţele dintre proprietăţile chimice ale aminoacizilor
În funcţie de natura catenei laterale se disting:
a) Aminoacizi care au catene laterale alifatice sau aromatice nepolare.
Aminoacizii alifatici (glicina, alanina, valina, leucina, izoleucina, metionina) au în
componență catene alifatice nepolare.
Glicina este aminoacidul cu structura cea mai simplă, având în catena laterală un atom de
hidrogen. Drept rezultat glicina este singurul aminoacid care nu este chiral (pe atomul de carbon
din poziția  sunt grefați doi atomi de hidrogen) și este întâlnit de obicei la suprafața proteinelor

6
 Biochimie - Curs 2 - 2024

datorită flexibilității pe care o conferă lanțului proteic. De asemenea, glicina este un aminoacid
abundent în proteinele fibrilare (component al colagenului și elastinei). Glicina are funcție de
neurotransmițător și este intermediar metabolic în cadrul biosintezei bazelor azotate (care sunt
componente esențiale ale acizilor nucleici), a hemului și clorofilei sau acizilor biliari conjugați
(acid glicocolic). De asemenea este un precursor al creatinei și glutationului.

Alanina, valina, leucina şi izoleucina posedă catene laterale hidrocarbonate (de la

gruparea metil din alanină la grupările butiril izomere din izoleucină şi leucină). Ultimii trei
aminoacizi constituie o sursă de energie în cazul suprasolicitării musculare. Acești aminoacizi
hidrofobi sunt localizați în special în interiorul structurii 3D a proteinelor solubile.
Alanina este unul dintre aminoacizii care se găsesc în proteine, frecvența de apariție în
aceste macromolecule fiind depășită doar de leucină. Alanina poate fi obținută din acidul piruvic
printr-o reacție de transaminare (la nivelul mușchilor) în perioadele de post sau stres.
Valina, leucina şi izoleucina sunt aminoacizi alifatici nepolari cu catenă ramificată.
Valina este biosintetizată de plante pornind de la acidul piruvic. Valina se găsește în multe
proteine, mai ales în interiorul proteinelor globulare, ajutând la împachetarea 3D a acestora.
Aportul de valină menține vigoarea mentală, coordonarea musculară și calmul emoțional. Există
o controversă legată de faptul că leucina este un aminoacid care stimulează direct sinteza
proteinelor în mușchi. Mai mult, excedentul de leucină poate fi periculos și poate induce diareea,
apariția dermatitelor, instalarea demenței și uneori decesul (4d).
Leucina şi alanina sunt aminoacizi frecvent întâlniți în elementele de structură secundară
denumite α-elicoidale (din proteine care leagă ADN-ul, leucina apare în mod repetat la fiecare al
șaptelea rest). Dintre aminoacizii cu catenă ramificată izoleucina posedă un centru chiral
suplimentar pe catena laterală. În plante și bacterii aspartatul este un precursor al izoleucinei.
Metionina este un aminoacid nepolar care intervine (sub formă formilată; fiind inserat
primul în lanțul proteic) în cadrul biosintezei proteinelor din bacterii, mitocondrii și cloroplaste.
Este codat de codonul de start AUG localizat pe ARN-ul mesager. N-formilmetionina este primul

7
 Biochimie - Curs 2 - 2024

aminoacid care apare în cadrul biosintezei proteinelor din E. Coli. Metionina este un intermediar
în biosinteza carnitinei, taurinei sau fosfatidilcolinei.
Metionina este un precursor al S-adenozil-metioninei (SAM), o moleculă importantă în
metabolismul celular al mamiferelor. Acest compus este folosit în reacțiile de metilare (de
transfer al grupării –CH3).
Aminoacizii aromatici sunt fenilalanina, tirozina şi triptofanul.
Resturile aromatice (fenilalanina, tirozina şi triptofanul) pot fi detectate prin intermediul
spectroscopiei în domeniul ultraviolet (250-300 nm). Această proprietate este folosită în special
pentru estimarea concentraţiei peptidelor sau proteinelor care conţin aceste resturi sau pentru
studiul împachetării acestor macromolecule.
Fenilalanina este un aminoacid nepolar și un precursor metabolic al tirozinei. Boala
genetică numită fenilcetonurie are drept consecință metabolizarea defectuoasă a fenilalaninei.
Fenilcetonuria (idioția fenilpiruvică) este cauzată de un defect genetic al unei enzime care
catalizează transformarea fenilalaninei în tirozină. Drept rezultat, în fluxul sangvin se
acumulează o cantitate apreciabilă de fenilalanină și produșii acesteia de metabolizare (acid
fenil-piruvic, acid fenil-acetic și acid fenil-lactic). Concentrația ridicată de fenilalanină inhibă o
altă enzimă, fapt care va induce diminuarea sintezei melaninei (un pigment de la nivelul pielii,
părului, țesutului pigmentat care stă la baza irisului ochiului și peretelui de dincolo de urechea
internă). Drept urmare pacienții cu fenilcetonurie se disting prin următoarele trăsături: tenul
deschis, părul blond și ochi albaștri.
Aspartamul este un îndulcitor care poate fi metabolizat în organism la aspartat,
fenilalanină și metanol. Din acest motiv nu este recomandat pentru consum în cazul persoanelor
diagnosticate cu fenilcetonurie.
Atât fenilalanina cât și tirozina sunt precursorii fumaratului și acetoacetatului.
Tirozina este un aminoacid neesențial care poate fi fosforilat în proteine în cadrul
proceselor de semnalizare. În celulele dopaminergice ale creierului o enzimă (tirozin hidroxilaza)
convertește tirozina la L-DOPA, un intermediar precursor al dopaminei. Mai mult, dopamina
este un precursor al norepinefrinei, epinefrinei, hormonilor tiroidieni (T3-triiodotironină și T4-
tiroxină) și melaninei (pigment al firului de păr, irisului și pielii).