Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Macromolecule ADN ARN Proteine 2015
Macromolecule ADN ARN Proteine 2015
Chesov
MACROMOLECULE
ADN, ARN, Proteine
1. ACIZII NUCLEICI
vs
dezoxiAdenozin trifosfat
dezoxiTimidin trifosfat
dezoxiGuanozin trifosfat
dezoxiCitidin trifosfat
Figur 2.1 Monomerii ADN
(C) Structura secundar a ADN dublu helix format din dou catene
polinucleotidice:
o
o
o
o
catenele sunt complementare, fiecare baz azotat Pu dintr-o caten se unete specific cu o baza
Py din cealalt catena, A cu T i G cu C;
catenele sunt unite prin puni de H, AT i G C;
catenele sunt antiparalele, una din catene este orientat opus vs cealalt (fig.2.3)
catenele sunt dublu spiralate deoarece fiecare nucleotid este aranjat fa de precedentul nucleotid
din caten sub un unghi de 36; n felul acesta catenele se ruleaz spre dreapta , formnd
o dubl spiral helicoidal cu 10 nucleotide pe o spir;
Direcia helixului
dreapta
dreapta
stnga
Unitatea repetat
1 pb
1 pb
2 pb
Rotaie/pb
33.6
35.9
60/2
Nr pb/helix
10.7
10.0
12
Diametrul
26
20
18
Conformaia
Caracteristica ARN i
duplexului ARN-ADN
Forma fiziologic a
ADN
Caracteristica unor
secvene de ADN,
probabil, implicate n
reglarea transcripiei
Proteinele nehistone sunt extrem de heterogene. Un grup foarte important de nonhistone sunt
proteinele situs specifice, prezentate n tabelul 2.2. Rolul lor principal este s asigure interaciunea
corect ADN-Protein sau Protein Protein n funcionarea corect a factorilor de transcripie. (Factorii
de transcripie asigur recunoaterea corect a genelor care activate vor determina sinteza setului de
proteine necesar celulei, esutului, organismului pentru o activitate vital sntoas. Fiecare protein situs
specific are domenii de interaciune cu ADN-ul , domenii de interaciune cu anumite clase de factori de
transcripie i combinnd-se diferit determin numeroase funcii distincte n celul prin expresia
difereniat a genelor.
1 kb = 1000 bp
1 Mb = 1000 kb = 1 000 000 bp
1 Gb = 1000 Mb = 1 000 000 kb = 1 000 000000 bp
2.3 Funciile ADN-ului
ADN-ul deine, pstreaz, transmite i realizeaz informaia genetic.
ADN-ul deine informaia genetic despre:
structura organismului
particularitile lui funcionale
particularitile de dezvoltare, reproducere, rspunsului la aciunea factorilor de mediu
interaciunea dintre diferite elemente ale aceluiai organism sau cu alte organisme.
10
Informaia genetic n ADN este nscris sub forma unei secvene prin succesiunea a
patru tipuri de baze azotate:
A, G, C, T
Bazele azotate se combin cte trei, formnd codoni - "cuvintele" codului genetic,
fiecare triplet codific un anumit aminoacid, de exemplu:
AAA Lys
CAG Gln
TGC Cys
GGA Gly
etc.
Astfel, succesiunea tripletelor dintr-un segment codant de ADN determin succesiunea
aminoacizilor dintr-un polipeptid.
Secvena codant - ...AAACAGTGCGGA...
ARNm translatie
ADN-ul transmite informaia genetic din generaie n generaie (de la celul la alte
celule sau de la o generaie de organisme la alte generaii de la prini la copii).
La baza motenirii i transmiterei I.G. st proprietatea unic a moleculei de ADN de
replicare:
1 molecul de ADN replicare
2 molecule de ADN
11
13
Diagrama
Replicarea ADN
Reparaia ADN
Transcripia
ADN
Translaia
ARNm
Complementar
Matricial
Unidirecionat
Antiparalel
Non-reparativ
Complementar
Matricial
Unidirecionat
Non-reparativ
14
Figura 2.12 Schema ponderii diferitor tipuri de secvene nucleotidice din Genomul Uman (caracteristica lor o vei
gsi n tema "Gene'' ). Secvene codante de proteine (exoni) sunt doar 40 Mb, ce constituie 1,5% din tot ADNul.
15
16
17
ARNt (transport)
ARNr (ribosomal)
ARNhn (heterogen
nuclear)
ARNsn (mic nuclear) ARNsno (mic nucleolar) ARN telomerazic
ARNmi (micro)
ARNsi (mic de
interferen)
ARNsc (mic
citoplasmatic)
ARNc (complementar) ARN
catalizator=ribozime
ARNg (guide, ghid)
tip de aminoacid. Structura secundar a ARNt are o configuraie specific, numit frunz de
trifoi, format din trei bucle funcionale.
microARN este reprezentat de secvene de cteva zeci de nucleotide i intr n
componena enzimelor ce catalizeaz metabolismul acizilor nucleici.
ARN heterogen nuclear este ntlnit doar la eucariote i reprezint transcripii primari
sau produii intermediari ai processing-ului.
Majoritatea tipurilor de ARN sunt produii transcripiei anumitor segmente de ADN gene, iar
produii transcripiei sunt supui processing-ului (maturizare). n timpul processing-uluiARNul
capt structura i forma funcionala.
tipul de celul;
perioada ciclului celular;
perioada ontogenetic a organismului;
sexul organismului;
factorii de mediu.
19
n figura 3.7 sunt prezentate etapele generale ale expresiei unei gene nucleare codificatoare de protein. (1) Gena
este transcris ntr-un ARN precursor - preARNm, ce reprezint copia complementar a unei catene de ADN i,
astfel copia identic a celeilalte catene, numit caten codogen. Deoarece genele structurale nucleare conin
secvene codificatoare exoni, i necodificatoare introni, preARNm are aceiai structur alternarea exonilor (e)
i intronilor (i). Numrul, structura i mrimea exonilor difer de la gen la gen, depinde de proteina programat.
(2) preARNm este supus processing-ului, care asigur stabilizarea capetelor ARNului i nlturarea specific a
intronilor splicing-ul. La caprul 5' al ARN este adugat CAPul (un GTP 7Me, printr-o legatur nespecific
5'ppp5'. La captul 3' al ARN este adugat o secven de circa 200 de nucleotide cu Adenin, numit coad
PolyA. (3) ARNm este transferat din nucleu n citoplasm pe ribosomi, unde cu ajutorul moleculelor de ARNt (4)
este translat ntr-o secven polipeptidic de aminoacizi. (5) Polipeptidul sintetizat este preluat de chaperone,
maturizat i transferat la locul de destinaie.
Splicing-ul reprezint o etap important a processing-ului ARNm i a expresiei difereniate a unei gene cu
specificitate de esut, perioad ontogenetic. nlturarea intronilor i unirea exonilor este realizat de ribozime (U1U6) i reglat de factori proteici specifici celulei n care se expreseaz gena. Splicingul alternativ asigur
combinarea specific a exonilor pentru obinerea diferitor variante de ARNm i izoforme de proteine (familii de
proteine cu structur si funcie specific celulei). Astfel 1 gen mai multe variante ARNm mai multe variante
de proteine (fig.3.8).
20
21
n celul se pot ntlni cel puin 20 de tipuri de ARNt pentru fiecare aminoacid, i cel mult 61 de tipuri
pentru fiecare codon din ARNm.
Fig.3.10 Moleculele de ARNt transport cte un aminoacid specific spre ribozomi. Totodat ARNt cu ajutorul
tripletului anticodon descifreaz complementar codonii din ARNm. Deoarece codul genetic este degenerat (pentru
cei 20 de aminoacizi sunt 61 de codoni) unii aminoacizi sunt codificai de doi, trei, patru, ase codoni. Astfel n celul
ar trebui s existe mai muli ARNt pentru acelai aminoacid. Spre exemplu pentru Leu (leucin) sunt 6 codoni i 6
ARNt; pentru Gly (glicin) sunt 4 codoni i 4 ARNt.
Tabel 3.2 Corelaia dintre codoni i anticodoni, dintre numrul de aminoacizi i numrul moleculelor de
ARNt (a) transportatoare de aminoacizi i (b) translatoare a codonilor din ARNm.
Aminoacizi
Met
Phe
Glu
His
Cys
Lys
Val
Gly
Thr
Ser
Codoni ARNm
AUG
UUU
UUC
GAA
GAG
CAU
CAC
UGU
UGC
AAA
AAG
Anticodoni ARNt
UAC
AAG
AAA
CUU
CUC
GUA
GUG
ACA
ACG
UUU
UUC
Aminoacizi
Trp
Asp
GUU
GUC
GUA
GUG
GGU
GGC
GGA
GGG
ACU
ACC
ACA
ACG
CAA
CAG
CAU
CAC
CCA
CCG
CCU
CCC
UGA
UGG
UGU
UGC
Ala
UCU
UCC
UCA
UCG
AGU
AGC
AGA
AGG
AGU
AGC
UCA
UCG
Gln
Tyr
Asn
Ile
Pro
Leu
Arg
22
Codoni ARNm
UGG
GAU
GAC
CAA
CAG
UAU
UAC
AAU
AAC
AUU
AUC
AUA
GCU
GCC
GCA
GCG
CCU
CCC
CCA
CCG
UUA
UUG
CUU
CUC
CUA
CUG
GCU
CGC
CGA
CGG
AGA
AGG
Anticodoni ARNt
ACC
CUA
CUG
GUU
GUC
AUA
AUG
UUA
UUG
UAA
UAG
UAU
CGA
CGG
CGU
CGC
GGA
GGG
GGU
GGC
AAU
AAC
GAA
GAG
GAU
GAC
CGA
GCG
GCU
GCC
UCU
UCC
ARNt este unit specific cu un anumit aminoacid cu ajutorul enzimei aminoacil-ARNtsintetaza. n celul exist 20 de tipuri aminoacil-ARNtsintetaze.
Figura 3.12 Organizarea molecular a ribozomilor procariotici i eucariotici, inclusiv i cel mitocondrian.
23
24
4. PROTEINELE
Proteinele sunt substane organice macromoleculare formate din lanuri de aminoacizi
care prezint diferite aranjamente spaiale mai simple sau mai complexe. Fiecare protein are
secvena ei unic de aminoacizi, determinat de secvena nucleotidic a genei.
4.1 Structura proteinelor
(A) Aminoacizii monomerii proteinelor - conin doua grupri funcionale: gruparea
amino (-NH2) i gruparea acid (carboxil -COOH) de unde provine i denumirea lor. n
alctuirea proteinelor intr 20 de -aminoacizi. Doar aceti 20 de aminoacizi sunt specificai de
codul genetic. Ali aminoacizi care ar putea fi ntlnii n proteine provin din modificarea
chimic a unuia din cei 20 aminoacizi.
Toi cei 20 aminoacizi (vezi tabel 4.1) prezint o structur comun i anume carbonul
la care sunt ataate gruprile NH2, COOH i un radical (notat R) care difer la fiecare
aminoacid.
CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legat de Carbonulalfa este denumit -carboxil, similar gruparea NH2;
legat la Calfa poart denumirea de grupare -amino. Aminoacizii sunt unii ntre ei prin legturi
peptidice (CO NH).
Structura tridimensionala pe care o protein o adopta, servete, de regul, scopului
destinat proteinei respective. Dac structura unei proteine este complex atunci i funcia
acesteia este complex.
Tabel 4.1 Prezentarea i clasificarea aminoacizilor dependent de proprietile lor fizico-chimice
Aminoacizi hidrofobi
Aminoacizi nepolari
Alanina
(Ala / A)
Valina
(Val / V)
Leucina
(Leu / L)
Izoleucina
(Ile / I)
Prolina
(Pro / P)
Metionina
(Met / M)
Fenilalanina
(Phe / F)
Triptofan
(Trp / W)
25
Aminoacizi hidrofili
Aminoacizi polari fr sarcin
Glicina
(Gly / G)
Serina
(Ser / S)
Cisteina
(Cis / C)
Asparagina
(Asn / N)
Treonina
(Thr / T)
Glutamina
(Gln / Q)
Tirozina
(Tyr / Y)
Aminoacizi acizi
Aspartat
(Asp / D)
Glutamat
(Glu / E)
Aminoacizi bazici
Histidina
(His / H)
Lizina
(Lyz / K)
Arginina
(Arg / R)
26
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar
Structura secundar
n cazul proteinelor globulare care prezint predominant structuri -spirale, aceste elice
devin ncolcite n structuri supramoleculare (superelice) care sunt definite ca structuri teriare
ale proteinelor globulare.
Cele mai multe proteine prezint o organizare structural parial helicoidal, regiuni cu
structura de -helix pot alterna cu regiuni ce prezint alt tip de structur secundar. Procentul de
-helix n structura proteinelor oscileaz ntre 0 - 10% n actina i -globulin, ntre 10 - 20% n
ribonucleaz, ntre 20 - 30% la pepsin i histone, ntre 30 - 45% la ovalbumin i fibrinogen,
ntre 60 - 80% la mioglobin i hemoglobin i respectiv ntre 80 - 100% n tropomiozin.
A.
-spiral
B. -pliat
28
Structura teriar
Structura teriar este generat de legturi slabe (de hidrogen, ionice, Van derWaals)
i/sau legturi puternice (legturi disulfidice) ce se stabilesc ntre radicalii aceluiai lan
polipeptidic. Acest nivel de organizare determin formarea unor structuri compacte.
Unitatea fundamental a structurii teriare este domeniul. Domeniul proteic reprezint
un fragment din lanul polipeptidic mpachetat ntr-o entitate funcional cu organizare secundar
i teriar proprie. Proteinele mari au mai multe domenii (fiecare avnd o anumit funcie) legate
prin regiuni cu structur neordonat. Sunt proteine formate dintr-un singur domeniu sau din
cteva zeci. Diferite domenii ale unei proteine sunt asociate cu diferite funcii.
Domeniile sunt uniti independente din punct de vedere structural i au caracteristicile
unei proteine globulare mici. Proteinele de mici dimensiuni pot avea unul, dou sau trei domenii.
n schimb, titina, care este o protein enorm din muchi, de 3000 kilodaltoni, prezint 260 de
domenii.
Dependent de secvena de aminoacizi din structura primar un lan polipeptidic poate
adopta pe anumite poriuni structura -helix, pe alte poriuni -pliat sau zone cu arhitectur
neregulata fa de cele anterioare. Aceasta face ca poriuni situate la distan ntr-un lan
polipeptidic s ajung n imediata vecintate. In consecin diferii radicalii pot stabili legturi
ntre ei, n funcie de structura lor. Structura teriar prezint un grad mare de labilitate n raport
cu diferii factori fizici, chimici, desfacerea legturilor implicate n organizarea structurii teriare
determin denaturarea proteinelor, proces nsoit de regul de pierderea proprietilor biologice.
Printre proteinele cu structur teriar se numr mioglobina i un grup de receptori
transmembranari care au rolul de a intermedia transmiterea unui semnal provenit de la o
molecul de semnalizare cum este de exemplu un hormon.
Structura cuaternar
Un exemplu tipic pentru organizarea structurii cuaternare este globina din Hemoglobin
(Hb) care are o molecul tetramer format din patru lanuri polipeptidice, fiecare cu structura sa
primar, secundar i teriar bine definit. Alte proteine cu structura cuaternar sunt: ADNpolimeraza, canalele ionice, nucleozomi i nanotubuli, care sunt complexe multiproteice.
Structura cuaternar este generat de legturi de hidrogen, ionice, Van der Waals i
uneori de legturi disulfidice ce se stabilesc ntre radicalii diferitor lanuri polipeptidice (fig.4.7).
a - legtura peptidic;
b - legtura ionica;
c - puni de hidrogen;
d - interaciuni hidrofobe;
e - puni disulfidice
31
steroizi, proteinkinazele.
Hsp100 (Clp) ATP-aza
asigur termotolerana, resolubilizarea agregatelor, faciliteaz proteoliza
Calnexina, calreticulina
asigur maturarea glicoproteinelor n reticulul endoplasmic
asigur controlul calitii
Chaperoninaasist mpachetarea corect a lanului polipeptidic (fig.4.8).
Conformarea greit (eronat) a proteinelor celulare
Proteinele conformate greit (eronat) pot rezulta spontan din mutaia genei ce codific
proteina respectiv. Acestea se pot agrega i forma fibre - b () plisate insolubile sau amiloid.
Aceste fibre se acumuleaz n esuturi ceea ce duce la modificri morfologice cum ar fi
acumulrile de amiloid.
De exemplu mutaiile la pacienii cu deficit de 1-antitripsin duc la formarea unei
proteine conformat greit, care este ncarcerat n celul. Pacienii cu nivel sczut al acestui
inhibitor de proteaz dezvolt ciroz hepatic i emfizem pulmonar.
Proteinele ocului termic (Heat shock proteins - HSPS) sunt un grup de chaperone.
Cteodat mutaiile n aceste proteine determin boli la om. Unii pacieni cu Boala CharcotMarie-Tooth, una din cele mai frecvente boli neuromusculare, au mutaii n HSPS.
Proteinele conformate greit determin boli neurodegenerative cauzate de
acumularea agregatelor proteice (amiloide) care determin degenerarea neuronal i atrofia
creierului. mpachetarea greit poate fi: spontan, sau cauzat de mutaii la nivelul genelor sau
din cauza proteolizei anormale (exemplu: Boala Alzheimer, Boala Creutzfeldt-Jakob)
32
Degradarea proteinelor
Proteinele din mediul intracelular pot fi direcionate spre degradare prin calea ubiquitinproteasom (fig.4.10).
a.
Ubiquitina, o protein globular de
dimensiuni mici, se leag covalent de proteina
care urmeaz a fi degradat (proteina int).
b.
Ubiquitinarea ulterioar a proteinei int
duce la poliubuquitinare.
c.
Proteinele int poliubiquitinate sunt
ulterior recunoscute de un complex proteolitic
multiproteic, de dimensiuni mari, cunoscut ca i
proteasom.
d.
Proteasomul degradeaz proteinele n
peptide mici, care ulterior sunt degradate n
precursori de aminoacizi sau prezentai pe
suprafaa celular n calitate de peptide mici
pentru recunoaterea imun.
Figura 4.10 Etapele degradrii proteinelor pe calea ubiquitin-proteasom
Alternativ unele proteine sunt degradate ntr-o manier dependent de secvenele PEST. Proteinele care au secvene
PEST la captul N (P prolin, E-glutamt, S-serin, T treonin) sunt direcionate spre degradare rapid de ctre
proteaze nespecifice imediat dup sintez.
33
Proteinele conjugate conin pe lng proteinele simple i alte molecule denumite grupe
prostetice. n funcie de natura gruprii prostetice se cunosc urmtoarele tipuri de proteine
conjugate:
- Nucleoproteide formate din proteine legate de acizi nucleici ADN, ARN (exemplu
cromatina este un DNP - dezoxiribonucleoproteid, ribozomii sunt RNP ribonucleoproteide).
- Glicoproteide proteine legate de monozaharide sau oligozaharide (proteine
membranare, colagen, - globuline).
- Fosfoproteide n care grupa prostetic este acidul fosforic (exemplu: enzime alosterice
reglate prin fosforilare, cazeina din lapte)
- Lipoproteide - formate din lipide neutre, fosfolipide sau colesterol (se gsesc n plasma
sangvin i au rol de transport al lipidelor n organism: VLDL, HDL, LDL, etc)
- Hemoproteide n care grupa prostetic este un complex al fierului bivalent cu un colorant
porfirinic (hemul); se gsete n hemoglobin i citocromi i are rolul de a transporta
oxigenul de la plmni la esuturi.
- Metaloproteide n care grupa prostetic este un metal (Fe, Ca, Zn) care este cofactor
pentru multe enzime (alcool dehidrogenaza, citocrom oxidaza, etc.)
4.5 Rolul biologic al proteinelor
Proteinele sunt molecule foarte importante deoarece reprezint substratul molecular al tuturor
structurilor, funciilor i nsuirilor organismului viu. Ele ndeplinesc diferite roluri cum ar fi:
-
Mioglobina este o heteroprotein monomeric (cu structur teriar) alctuita din hem si
un lan polipeptidic numit globin. Ea este prezent n muchiul cardiac i scheletic i are rol n
stocarea i transportul oxigenului la acest nivel. Bolile asociate cu mioglobina includ anuria i
anumite tumori maligne.
Colagenul este component al esuturilor conjunctive fiind prezent n oase, dini, cartilaje,
tendoane, ligamente, tegument i vasele sangvine. n cantitate mic, se gsete practic n orice
esut. Este format din 3 lanuri care se mpletesc pentru a forma un triplu helix. Colagenul
conine aproape 1000 de aminoacizi dintre care o treime sunt glicina. Secvena de aminoacizi
este regulat, aproape fiecare al treilea aminoacid este reprezentat de glicin.
La sinteza defect a colagenului tip I, bolnavii sufer de Osteogeneza imperfect, acetia
au multiple probleme clinice: fragilitate osoas (cu o predispoziie la fracturi multiple din
copilrie), pierdere de auz, i sclera distinctiv albastr.
Un alt grup de anomalii determinate de sinteza sau structura defect a colagenului tip V
se ntlnesc n cazul sindromului Ehlers-Danlos. Unul dintre subtipurile acestuia, Ehlers-Danlos
tip VI, rezult prin defectul enzimei lisil-hidroxilaza. n rezultat defectul sintezei de colagen se
manifest prin piele hiperextensibil, laxitate a articulaiilor, i defecte n vasele sangvine.
Cheratina este o protein structural a celulelor epiteliale din straturile exterioare ale
pielii, pr, unghii, este foarte stabil, bogat n resturi de cistein, care permit formarea
legturilor disulfidice ntre lanurile polipeptidice adiacente. Compoziia de aminoacizi din
cheratin difer de cea a colagenului. Lanurile peptidice ale cheratinei sunt aranjate n cantiti
aproximativ egale de foi plisate antiparalele i paralele. Bolile asociate cu cheratina 14 tip I:
epidermoliza buloas simplex i dermatopatia pigmentoas reticular. Epidemoliza buloas se
manifest prin apariia de vezicule la traumatisme fizice ca urmare a citolizei celulelor
epidermice bazale. Simptomele dermatopatiei pigmentoas reticular includ lipsa de glande
sudoripare, pr subire, unghii casante, piele pestri, i lipsa amprentelor digitale.
Elastina constituie esutul fibros, cu o elasticitate comparabil cu a cauciucului. Ca si
colagenul, fibrele de elastin sunt compuse din aminoacizi simpli, mai ales leucin, glicin i
prolin. Boli asociate cu elastina includ sindromul Williams-Beuren. Copiii afectai de sindromul
Williams-Beuren au nite caracteristice specifice, precum o voce rguit, sunt subdezvoltai,
sensibili la zgomot i au probleme de vedere. De obicei au un retard intelectual i o dezvoltare
ntrziat.
Insulina este un hormon polipeptidic care este produs de celulele ale pancreasului.
Forma matur are 51 de aminoacizi. Insulina regleaz metabolismul glucozei prin controlul
concentraiei de glucoz din snge. Diabetul zaharat tip2 i hiperproinsulinemia sunt unele din
bolile asociate cu mutaia n gena insulinei.
Spectrina este o protein periferic (endoprotein); form de bastona; echivalent n alte
celule - fodrina. Funcioneaz n stabilitatea membranelor eritrocitare, mutaiile n aceast gen
au fost asociate cu diferite tipuri de sferocitoz (pierderea formei eritrocitelor) ceea ce duce la
liza eritrocitelor, ca rezultat apare anemia hemolitic i hepatomegalia.
Fibrinogenul este o protein din plasma sngelui. Fibrinogenul este convertit n fibrin,
protein insolubil n timpul procesului de coagulare. Procesul de coagulare este iniiat de
enzima trombina, prin scindarea a cteva legturi peptidice ale fibrinogenului; Coagularea are
loc numai n prezena ionilor de calciu. Din cauza fibrinogenului defect se pot asocia urmtoarele
boli: amiloidoza visceral familial, disfibrinogenemia i afibrinogenemia.
35
36